blast2.2.28-详解---本人亲测-20170424
ITS2二级结构系统发育信息在茄属药用植物DNA条形码鉴定中的应用价值
ITS2二级结构系统发育信息在茄属药用植物DNA条形码鉴定中的应用价值ITS2是中药鉴定的核心DNA条形码之一，基于ITS2的中药鉴定方法已被纳入《中国药典》，但分辨力不足仍是制约其推广应用的主要因素，因此需要进一步挖掘其有助于中药鉴定的遗传信息。
在细胞内，ITS2以二级结构形式发挥功能，这种结构所蕴含的丰富遗传信息是核酸序列所无法体现的。
该研究以茄属Solanum 26个物种的40个样本为研究对象来探究ITS2二级结构在茄属药用植物鉴定中的价值。
作者利用PicXAA-R，MASTR和LocARNA软件来比对二级结构，利用RNAstat软件将二级结构信息转为系统发育信息，最后利用最大简约法进行建树分析。
研究结果表明将ITS2二级结构转化为系统发育信息后信息位点增加了88.57%，物种关系树上50%，75%，90%以上支持率的支系分别增加了19.05%，66.67%，66.67%，从而很好地解决了茄属几种药用植物的鉴定问题。
鉴于以上结果，作者建议将ITS2二级结构信息作为系统发育信息的有益补充加入到目前DNA条形码分析中。
标签：DNA条形码；ITS2二级结构；药用植物；茄属[Abstract]Internal transcript spacer 2 （ITS2）is one of the broadly used standard core barcodes and also the only nuclear barcode in identification of Chinese traditional medicine. Although the DNA barcode method based on ITS2 is popular and has been used in Chinese Pharmacopoeia，its low discriminatory efficiency is still a problem to its extensive application. Therefore，further study is still necessary to explore its phylogenetic information for medicinal plants identification. In cells，ITS2 activity is based on its secondary structure. The secondary structures are particularly useful in phylogenetic analysis because they include information not found in the primary sequence. In this study ITS2 secondary structure of 40 samples from 26 species were predicted and used to explore their utility in addressing the identification problems of Chinese traditional medicine in Solanum. The secondary structures were predicted and aligned，and their consensus models were generated using the three different software of LocARNA，MASTR and PicXAA-R. RNAstat software was used to transform the secondary structures into 28 symbol code data for maximum parsimony （MP）analysis. The results showed that the phylogenetic information increased 88.57% after ITS2 secondary structure information has been added，and then the support values above 50%，75% and 90% in the tree increased 19.05%，66.67% and 66.67%，respectively，indicating that the identification of Solanum medical plants has been well resolved. Thus，our analysis suggests that ITS2 secondary structure information should be incorporated into the current DNA barcoding analysis as a beneficial supplement of phylogenetic information.[Key words]DNA barcode；ITS2 secondary structure；medical plants；SolanumDNA條形碼技术作为一种新兴的分子鉴定技术，近年来受到广泛的关注。
Blast分析报告
Blast分析报告引言Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的生物信息学工具，用于比对和比较生物序列。
本报告旨在分析和解释Blast结果，帮助读者理解序列的相似性和演化关系。
方法为了进行Blast分析，首先需要准备两个序列：查询序列和参考序列。
查询序列是我们要研究的序列，而参考序列是已知的序列。
Blast会将查询序列与参考序列进行比对，并计算序列之间的相似性。
在本次分析中，我们使用了NCBI（National Center for Biotechnology Information）提供的在线Blast工具。
具体的分析步骤如下：1.登录NCBI网站并进入Blast页面。
2.将查询序列输入到指定的文本框中。
3.选择参考序列数据库。
4.点击“运行Blast”按钮，等待分析结果。
结果经过Blast分析，我们获得了以下结果：1.序列相似性分析：Blast会将查询序列与参考序列进行比对，并计算序列之间的相似性。
结果以百分比的形式表示相似度。
较高的相似度表明序列之间有较高的共同点。
2.演化关系分析：Blast还可以帮助我们了解序列之间的演化关系。
通过比较序列中的保守区域和变异区域，我们可以推断序列的起源和演化路径。
讨论根据Blast分析结果，我们可以得出以下结论：1.查询序列与参考序列的相似性较高。
根据相似性百分比可以判断两个序列之间的关系，例如亲缘关系或功能相似性。
2.查询序列可能与参考序列在演化上存在一定的共同点。
通过比较序列中的保守区域和变异区域，我们可以推断序列的起源和演化路径。
3.查询序列与参考序列之间的差异可能与物种间的差异相关。
通过进一步的分析，可以探究这些差异对生物体功能的影响。
结论本次Blast分析报告旨在帮助读者理解序列的相似性和演化关系。
通过Blast工具，我们可以快速准确地比对和比较生物序列。
通过对结果的分析，我们可以推断序列的起源和演化路径，并进一步探究序列间的差异对生物体功能的影响。
马驽巴贝斯虫ddPCR检测方法的建立
·简报·Chinese Journal of Animal Infectious Diseases中国动物传染病学报摘 要：马驽巴贝斯虫（Babesia caballi ）病是马属动物的一种血液原虫病，被农业农村部列为二类动物疫病。
本研究旨在建立一种针对马驽巴贝斯虫病的ddPCR 检测技术。
利用马驽巴贝斯虫特异性引物及探针对反应体系进行优化，测试了方法的特异性、稳定性及灵敏性，对30份可疑样品进行了初步检测。
结果显示，该方法具有较好的稳定性，最低定量检测限可达3.3 copies/μL ，对30份样品进行检测，马驽巴贝斯虫病阳性率为63.33%（19/30）。
表明所建立的方法可成功用于马驽巴贝斯虫的检测。
关键词：马驽巴贝斯虫；ddPCR ；检测中图分类号：S858.21文献标志码： B文章编号：1674-6422（2022）02-0153-06Development of ddPCR for Detection of Babesia caballiCHEN Shaobo 1, YANG Fan 1, JING Wenkui 1, WANG Yiqin 1, KANG Xiaoping 2,CHANG Hong 1, NIE Zhijun 1(1. Technology Center of Erenhot Costoms, Erenhot 011100, China; 2. State Key Laboratory of Pathogen and Biosecurity, Institute ofMicrobiology and Epidemiology, Academy of Military Medical Sciences, Beijing 100071, China)收稿日期： 2019-11-16基金项目：原内蒙古检验检疫局自主立项科技项目（NMCIQ-IK2017-001）；海关总署科研计划项目（2019HK042）；传染病重大专项（2018zx10711001-003-001）作者简介：陈少博，男，硕士，主要从事动物及其产品的检验检疫工作通信作者：陈少博，E-mail：*********************马驽巴贝斯虫ddPCR 检测方法的建立陈少博1，杨 帆1，荆文魁1，王伊琴1，康晓平2，常 鸿1，聂芝君1（1.二连海关技术中心，二连浩特011100；2.军事科学院 军事医学研究院微生物流行病研究所，北京010071）2022,30(2): 153-158Abstract: Babesia caballi is one of the etiological agents of equine babesiosis, which was listed as the second-class epidemic disease by Ministry of Agriculture and Rural Affairs of China. In this study, a ddPCR method was developed for detection of B. caballi infection by using a pair of specifi c primers and a probe. This method was tested for optimal specifi city, stability and sensitivity. The results showed that this method was signifi cantly reproducible, and its detection limit was 3.3 copies/μL, In addition, 30 suspicious blood samples were tested using this method and the positive rate was 63.33% (19/30) for B. caballi .Key words: Babesia caballi ; ddPCR; detection马驽巴贝斯虫病是由马驽巴贝斯虫引起的一种血液原虫病，由蜱作为中间宿主而传播。
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消毒技术规范2002
消毒技术规范Technical Standard For disinfection(2002年版)中华人民共和国卫生部二○○二年十一月消毒技术规范Technical Standard For disinfection(2002年版)中华人民共和国卫生部二○○二年十一月第一部分Part 1总则General Principle第二部分Part 2消毒产品检验技术规范Technical Standard for testing disinfection Products第三部分Part 3医疗卫生机构消毒技术规范Technical standard for Disinfection of Medicaland Health Structures第四部分Part 4疫源地消毒技术规范Technical Standard for Disinfection ofepidemic focus消毒技术规范目录第一部分总则1.1 引言 (1)1.2 适用范围 (1)1.3 术语 (1)1.4 消毒产品功效检验的基本原则和要求 (3)1.4.1 消毒产品检验基本要求 (3)1.4.2 消毒产品理化检验基本要求 (7)1.4.3 消毒产品毒理学实验基本原则 (8)1.4.4 医疗卫生机构消毒、灭菌基本要求 (9)1.4.5 疫源地消毒基本要求 (12)第二部分消毒产品检验技术规范2.1 消毒产品消毒效果检验技术规范 (15)2.1.1 消毒剂杀微生物试验 (15)2.1.2 消毒剂模拟现场和现场消毒鉴定试验 (43)2.1.3 空气消毒效果鉴定试验 (53)2.1.4 水的消毒效果鉴定试验 (56)2.1.5 灭菌与消毒器械消毒功效鉴定试验 (62)2.1.6 灭菌与消毒指示器材鉴定试验 (75)2.1.7 灭菌医疗用品包装材料鉴定试验 (80)2.1.8 抗（抑）菌试验 (83)2.1.9 一次性使用医疗用品产品细菌和真菌污染的检测 (94)2.1.10 隐形眼镜护理液鉴定试验 (99)2.1.11 一次性使用卫生用品鉴定试验 (102)2.2 消毒产品理化检验技术规范 (109)2.2.1 消毒产品原料或单方制剂的测定法 (109)2.2.2 复方消毒产品有效成分含量测定的指导原则 (123)2.2.3 消毒产品稳定性测定 (124)2.3 消毒产品毒理学实验技术规范 (126)2.3.1 急性经口毒性试验 (126)2.3.2 急性吸入毒性试验 (128)2.3.3 皮肤刺激试验 (129)2.3.4 急性眼刺激试验 (131)2.3.5 阴道黏膜刺激试验 (132)2.3.6 皮肤变态反应试验 (134)2.3.7 亚急性毒性试验 (135)2.3.8 致突变试验 (136)2.3.9 亚慢性毒性试验 (146)2.3.10 致畸胎试验 (147)2.3.11 慢性毒性试验 (148)2.3.12 致癌试验 (149)2.3.13 毒理学试验结果的最终判定 (150)第三部分医疗卫生机构消毒技术规范3.1 消毒与灭菌方法 (152)3.2 手术器械和用品的灭菌 (168)3.3 输注器材的灭菌 (169)3.4 一般诊疗用品的消毒 (170)3.5 内镜的消毒灭菌 (171)3.6 医务人员手的消毒 (173)3.7 皮肤与黏膜的消毒 (174)3.8 医院室内空气的消毒 (175)3.9 餐具和卫生洁具的消毒 (176)3.10 物体和环境表面消毒 (178)3.11 检验相关物品的消毒 (179)3.12 口腔诊疗器具与环境的消毒与灭菌 (182)3.13 织物的消毒 (183)3.14 污水的消毒处理 (184)3.15 污物的消毒处理 (188)3.16 尸体及其相关环境的消毒 (192)第四部分疫源地消毒技术规范4.1 常用消毒方法 (206)4.2 消毒面积与体积的测算 (206)4.3 消毒剂的应用 (207)4.4 紫外线强度及消毒剂浓度简易测定法 (211)4.5 各种污染对象的常用消毒方法 (212)4.6 疫区饮用水的消毒与管理 (214)4.7 疫源地消毒效果的微生物学评价 (216)4.8 各种传染病疫点消毒要求 (218)附录A消毒试验用试剂和培养基配方 (226)附录B疫点终末和随时消毒工作记录表 (233)1.1 引言根据《中华人民共和国传染病防治法》、《中华人民共和国传染病防治法实施办法》和《消毒管理办法》制订本规范。
研控科技 YKD2405PR 总线型步进驱动器 用户手册说明书
目录前言 (1)1概述 (2)1.1产品介绍 (2)1.2特性 (2)1.3应用领域 (2)1.4产品命名规则 (3)2性能指标 (4)2.1电气特性 (4)2.2使用环境 (4)3安装 (5)3.1安装尺寸 (5)3.2安装方法 (5)4 驱动器端口与接线 (6)4.1接线示意图 (6)4.2端口定义 (7)4.2.1状态指示灯 (7)4.2.2控制信号输入/输出端口 (7)4.2.3电源输入/电机输出端口 (8)4.2.4拨码开关 (8)4.2.5 MODBUS总线端口 (8)4.3输入/输出端口操作 (8)4.4拨码开关设定 (10)4.5 RS485通讯端口 (12)5适配电机 (13)5.1电机尺寸 (13)5.2技术参数 (13)5.3电机接线图 (14)6 MODBUS通讯协议 (15)6.1 MODBUS寄存器地址定义 (15)6.2 MODBUS常用功能码 (21)6.2.1读保持寄存器命令03 (21)6.2.2写单个寄存器命令06 (22)6.2.3写多个寄存器命令16 (22)6.2.4通讯错误码 (23)6.2.5应用示例 (24)7运动控制功能介绍 (26)7.1位置模式 (26)7.2速度模式 (27)7.3多段位置模式 (27)7.3.1 位置段参数介绍 (27)7.3.2 多段位控制方式 (28)7.4多段速度模式 (29)7.4.1 速度段参数介绍 (29)7.4.2 多段速度控制方式 (29)7.5回原点功能 (30)7.6运动控制命令 (31)7.6.1 启动命令（0x0027） (31)7.6.2 停止命令（0x0028） (31)7.6.3 回原点命令（0x0030） (32)8报警排除 (33)9版本修订历史 (34)10保修及售后服务 (35)10.1保修 (35)10.2售后服务 (35)前言感谢您使用本公司总线型步进驱动器。
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完整版,BLAST相关术语及参数详解
Alignment:序列比对.将两个或多个序列排在一起,以到达最大一致性的过程〔对于氨基酸序列是比拟它们的保守性〕,这样可以评估序列间的相似性和同源性.Algorithm:算法.在计算机程序中包含的一种固定过程.Bitscore:二进制.二进制值S,源于统计性质被数量化的打分系统中产生的原始比对分数So由于二进制值相对于打分系统已经被标准化,它们常用于比拟不同搜索之间的比对分数.BLOSUM:模块替换矩阵.在替换矩阵中,每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中观察到的替换的频率而获得的.每个矩阵被修改成一个特殊的进化距离.例如,在BLOSUM62矩阵中,是使用一致性不超过62%的序列进行配对来获得打分值的.一致性大于62%的序列在配对时用单个序列表示,以防止过于强调密切相关的家族成员.Conservation:保守.指氨基酸或DNA〔普遍性较小〕序列某个特殊位置上的改变,并不影响原始序列的物理化学性质.Domain:结构域.蛋白质在折叠时与其他局部相独立的一个不连续的局部,它有着自己独特的功能.DUST:一个低复杂性区段过滤程序.Evalue:E值.期望值.在一个数据库中所搜索到的打分值等于或大于S的不同比对的个数.E值越低,说明该打分值的显著性越好.Filtering:过滤,也叫掩蔽〔masking〕.指对那么经常产生乱真的高分数的核甘酸或氨基酸序列区域进行隐藏的过程.Gap:空位.在两条序列比对过程中需要在检测序列或目标序列中引入空位,以表示插入或删除.为了防止在比对时出现太多的空位,可以在收入空位的同时,从比对的打分值中减去一个固定值〔空位值〕.在多余的核甘酸或氨基酸周围引入空位时,也要比照对的打分值进行罚分. GlobalAlignment:整体联配.对两个核甘酸或蛋白质序列的全长进行的比对.H:相对嫡值.目标残基和底物残基频率的相对嫡记作H.H可以衡量某个位置〔这个位置可以通过概率来区分比对〕上由于偶然因素而得到的平均信息〔用字节表示〕.H值越高,短的比对就越可以通过概率来区分；H值越低,需要的比对长度越长.Homology:同源性.由共同的祖先所遗传得到的相似性.HSP:High-scoringsegmentpair,高打分值片段.在一个给定的搜索中,没有空位的局部比对能得到最高的比对打分值.Identity:一致性.两个〔核甘酸或氨基酸〕序列比对时不变局部的长度.K:K值.用来计算BLAST程序中打分函数的一个统计参数.它可以看作搜索空间大小的一个自然衡量尺度.K 值通常用于将原始比对值S转换为二进制值S'.Lambda:入值.用来计算BLAST程序中打分函数的一个统计参数；它可以看作打分系统的一个自然衡量尺度.入值通常用于将原始比对值S转换为二进制值S'.LocalAlignment:局部联配.对两个核甘酸或蛋白质序列的一局部所进行的比对. LowComplexityRegion〔LCR〕:低复杂性区域.指组分〔包括均聚物、短周期重复片段〕区域和有许多单个或多个残基的区域.SEG程序用来筛选或过滤氨基酸序列中低复杂性区域.DUST程序用来筛选或过滤核甘酸序列中的低复杂性区域.Masking:掩蔽.也叫过滤〔filtering〕,指为了提升对序列相似性搜索是时的敏感性,而从序列中移除重复的或低复杂性区域的过程.Motif:模体或序列模式.蛋白质序列中短的保守区域.它们是结构域中保守性很高的局部.MultipleSequenceAlignment:多序列比对.三个或三个以上的多个序列之间的比对,如果序列在同一列有相同结构位置的残基和〔或〕祖传的残基,那么会在该位置插入空位.ClustalW是一种最为广泛使用的多序列比对程序之一.Optimalalignment:最正确联配.两个序列之间有最高打分值的排列.Orthologous:直系同源.指不同种类的同源序列,它们是在物种形成事件中从一个祖先序列独立进化形成的；可能有相似功能,也可能没有.Pvalue:P值.在比对时,获得某个打分值或更高的打分值的可能性.通过数据库中具有相同长度或组分的随机序列之间的比对,可以得到高打分值的片段的预期分布,将它与观察到的比对打分值S相连,就可以计算出P值.显著性最高的P值应该接近于零.P值和E值用不同的方法来表示比对的显著性.PAM:PercentAcceptedMutation,可接受点突变.一个用于衡量蛋白质序列的进化突变程度的单位.一个PAM的进化距离表示蛋白质序列中平均1%的氨基酸残基发生突变的概率.PAM〔x〕替换矩阵是一个查找表,其中每个氨基酸残基的替换打分值是基于进化趋异程度为x的紧密相关蛋白的替换频率而计算的.Paralogous:共生同源.指在单个种类中由于基因复制事件而产生的同源序列.Profile:表达谱.一种罗列了蛋白质序列的每个位置上每个氨基酸出现频率的表格.这些频率是通过包含指定结构域的序列进行屡次比对而得到的.参见PSSM.PSSM:Position-specificscoringmatrix,特定位点记分矩阵.PSSM给出了在目标序列中寻找特定的相配对的氨基酸的对数比分值.参见Profile.Query:检测.输入序列〔或其他搜索项〕与数据库中的所有条目进行的比拟.RawScore:初值.指通过计算替换和空位所得打分值之和而得到的联配值S.替换打分值以查找表的形式表示.空位打分彳1是通过计算空位开放罚分G和空位拓展罚分L求和而得到的.对于长度为n的空位,空位罚分值是G+Ln.空位罚分G与L的选择完全是根据经验,通常G选择一个较高的数值〔10~15〕,L选择一个较低的数值〔1~2〕.参见PAM、BLOSUM.Similarity:相似性.指核甘酸或蛋白质序列的相关程度.两个序列之间的相似性是基于相同和〔或〕保守序列所占的百分比的.在BLAST中,相似性指一个正定的打分值矩阵.SEG:一种过滤氨基酸序列中低复杂性区域的程序,在比拟中被过滤掉的氨基酸用“煤示.在BLAST2.0的blastp子程序中,SEG过滤是默认执行的.Substitution:替换.在指定的位置不相同的氨基酸进行联配.如果联配的残基有相似的物理化学性质,那么替换是保守的.SubstitutionMatrix:替换矩阵.替换矩阵中的彳I［与氨基酸对中的第i个氨基酸突变为第j个氨基酸的概率成比例.构建这样的矩阵需要组装一个大的、含有不同的成对排列的氨基酸样本.如果样本足够大,其统计性显著,那么得到的替换矩阵可以反映经过某一阶段进化后的突变概率的真实值.UnitaryMatrix:酉矩阵,幺正矩阵.也称为单位矩阵.是一个只有在字符相同时才能得到正打分值的打分系统.Subsequence;用来设定查询序列中进行比对的子序列.Descriptions:对核甘酸或者蛋白质序列的描述.Alignments:比对结果.QueryNumber:查询序列的个数.JobID:是在进行BLAST比对的过程中程序自动生成的流水号,用来唯一标识一次比对过程.利用JobID可以快速找回你曾经进行过的比对结果.QueryID:查询序列的ID.SubjectID:与查询序列比对的序列的ID.Length:比对序列的长度.Identities:一致性.指两个〔核甘酸或氨基酸〕序列比对时不变局部的长度.Q.start:查询序列的起始位置.Q.end:查询序列的终止位置.Q.Length:查询序列的长度.S.start:与查询序列相比对的序列的起始位置. S.end:与查询序列相比对的序列的终止位置. S.Length:与查询序列相比对的序列的长度.。
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V1.1目录第1章概述 ............................................................................... 1-11.1引言1-11.2使用条件...................................................................................................................1-31.2.1电源.......................................................................................................................1-31.2.2环境温度与湿度 ....................................................................................................1-31.2.3预热.......................................................................................................................1-31.3体积与重量...............................................................................................................1-3第2章基本技术指标 ................................................................. 2-12.1技术指标...................................................................................................................2-12.2比较方法说明 ...........................................................................................................2-22.2.1面积比较 ...............................................................................................................2-22.2.2面积差比较............................................................................................................2-22.2.3电晕放电比较........................................................................................................2-32.2.4相位差比较............................................................................................................2-3第3章面板说明及显示说明....................................................... 3-13.1前面板说明...............................................................................................................3-13.2后面板说明...............................................................................................................3-23.3基本显示区域说明....................................................................................................3-3第4章测量显示键[DISP]说明.................................................... 4-14.1测量显示界面 ...........................................................................................................4-14.2测量显示界面的符号约定 ........................................................................................4-14.3测量显示界面主菜单下软键说明 .............................................................................4-14.3.1显示设置 ...............................................................................................................4-24.3.2比较设置 ...............................................................................................................4-24.3.3测量功能 ...............................................................................................................4-34.3.4辅助功能 ...............................................................................................................4-34.3.5统计功能 ...............................................................................................................4-44.3.6修改.......................................................................................................................4-4第5章测量设置键[SETUP]说明................................................. 5-15.1测量设置界面符号约定 ............................................................................................5-15.2测量设置界面 ...........................................................................................................5-15.2.1步骤（Step）.........................................................................................................5-25.2.2模式（Mode）.......................................................................................................5-25.2.3 CH1-CH8(TH2883S8-5)，CH1-CH4(TH2883S4-5)通道配置..................................5-35.2.4采样速率（Samp）-模式选择为普通模式时可设置 .............................................5-35.2.5测试脉冲（Test Imp）-模式选择为普通模式时可设置.........................................5-35.2.6消磁脉冲（Erase Imp）-模式选择为普通模式时可设置.......................................5-35.2.7电压调整（Volt ADJ）-模式选择为普通模式时可设置 ........................................5-35.2.8起始电压（Start Volt）-模式选择为破坏模式时可设置........................................5-45.2.9终止电压（End Volt）-模式选择为破坏模式时可设置.........................................5-45.2.10电压步进（Volt Step）-模式选择为破坏模式时可设置 ......................................5-45.2.11比较器（Comparator）........................................................................................5-45.2.12位置（Position）（面积，面积差，电晕）..........................................................5-55.2.13位置（Position）（相位差） ................................................................................5-55.2.14差值（Limit）（面积，面积差，相位差）..........................................................5-55.2.15差值（Limit）（电晕）........................................................................................5-55.3波形设置界面 ...........................................................................................................5-65.3.1步骤（Step）.........................................................................................................5-65.3.2模式（Mode）.......................................................................................................5-75.3.3标波名（）-模式选择为标准采样时有效...............................................5-85.3.4步骤名（StepNO.）-模式选择为标波复制和对比测试时有效..............................5-85.4内部文件界面 ...........................................................................................................5-85.5外部文件界面 ......................................................................................................... 5-11第6章系统设置键[SYSTEM]说明.............................................. 6-16.1系统界面...................................................................................................................6-16.1.1显示屏亮度(Brightness) .........................................................................................6-26.1.2合格/不合格显示（Pass/Fail） ..............................................................................6-26.1.3合格报警（Pass Alarm）.......................................................................................6-26.1.4不合格报警（Pass Alarm） ...................................................................................6-26.1.5按键声音（Key Sound） .......................................................................................6-26.1.6拷屏区域（Hard Copy） .......................................................................................6-26.1.7密码（Password） .................................................................................................6-36.1.8 Language .................................................................................................................6-36.1.9风格(Theme) ..........................................................................................................6-36.1.10日期（Date） ......................................................................................................6-36.1.11时间（Time）......................................................................................................6-46.2参数界面...................................................................................................................6-46.2.1波形显示（Wave Disp）........................................................................................6-46.2.2触发模式（Trig Mode）........................................................................................6-56.2.3延迟时间（Delay Time） ......................................................................................6-56.3接口界面...................................................................................................................6-56.3.1 I/O ..........................................................................................................................6-66.3.2 TH2883S RS232C接口...........................................................................................6-66.3.3 USB通讯接口 ........................................................................................................6-86.3.4 LAN通讯接口...................................................................................................... 6-116.4关于界面................................................................................................................. 6-13第7章使用指南 ........................................................................ 7-17.1按键使用...................................................................................................................7-17.1.1滚轮的使用............................................................................................................7-17.1.2显示页面切换........................................................................................................7-17.2基本测量...................................................................................................................7-17.2.1无标准测试............................................................................................................7-27.2.2标波采样测试........................................................................................................7-27.3破坏测试...................................................................................................................7-27.4技术应用...................................................................................................................7-27.4.1测试对象 ...............................................................................................................7-27.4.2判据的选择............................................................................................................7-37.4.3判据的设置............................................................................................................7-37.4.4标准的选取............................................................................................................7-47.4.5面积差图 ...............................................................................................................7-4第8章命令参考 ........................................................................ 8-18.1命令结构...................................................................................................................8-18.2符号约定与定义 .......................................................................................................8-28.3命令参考...................................................................................................................8-38.3.1 DISPlay子系统命令...............................................................................................8-38.3.2 IVOLTage子系统命令 ...........................................................................................8-68.3.3 SRATE子系统命令................................................................................................8-88.3.4 COMParator子系统命令 ........................................................................................8-88.3.5 TRIGger子系统命令 ............................................................................................ 8-148.3.6 STATistic子系统命令 .......................................................................................... 8-158.3.7 WADJust子系统命令........................................................................................... 8-158.3.8 SWAVE 子系统命令 ........................................................................................... 8-168.3.9 FETCh?子系统命令.............................................................................................. 8-178.3.10 MEASure 子系统命令........................................................................................ 8-208.3.11 ABORt 子系统命令 ........................................................................................... 8-218.3.12 MMEMory 子系统命令 ..................................................................................... 8-228.3.13 MeasSTEP 子系统命令...................................................................................... 8-238.3.14 WaveSTEP 子系统命令 ..................................................................................... 8-248.4出错信息................................................................................................................. 8-26第9章分选接口使用说明 .......................................................... 9-19.1基本信息...................................................................................................................9-19.2电气特征...................................................................................................................9-29.2.1直流隔离输出........................................................................................................9-29.2.2直流隔离输入........................................................................................................9-39.3 HNADLER接口板跳线设置 .....................................................................................9-4第10章成套与保修 ................................................................. 10-110.1成套...................................................................................................................... 10-110.2保修...................................................................................................................... 10-1第1章概述感谢您购买和使用我公司产品，在您使用本仪器前请根据说明书最后一章“成套和保修”的事项进行确认，若有不符请尽快与我公司联系，以维护您的权益。
Blast使用教程详解
Blast相关的问题
怎么获得blast服务,怎么使用的问题？
为什么使用blast，可以获得什么样的信息？ 其他问题：实际使用时选择哪种方式（网 络，本地化），参数的选择，结果的解 释…
11
Blast资源
1.NCBI主站点：
/BLAST/(网络版) ftp:///blast/ (单机版)
13
两种版本的Blast比较（一）
网络版本 包括NCBI在内的很多网站都提供了在线 的blast服务，这也是我们最经常用到的 blast服务。网络版本的blast服务就有方便， 容易操作，数据库同步更新等优点。但是 缺点是不利于操作大批量的数据，同时也 不能自己定义搜索的数据库。
14
两种版本的Blast比较（二）
单机版 单机版的blast可以通过NCBI的ftp站点获得， 有适合不同平台的版本（包括linux，dos 等）。获得程序的同时必须获取相应的数 据库才能在本地进行blast分析。单机版的 优点是可以处理大批的数据，可以自己定 义数据库，但是需要耗费本地机的大量资 源，此外操作也没有网络版直观、方便， 需要一定的计算机操作水平。
生物序列的相似性搜索
－blast简介及其应用
2005年3月
生物信息学常见的应用与软件
序列数据的保存格式与相关数据库资源 在数据库中进行序列相似性搜索
多序列比对
进化树构建与分子进化分析 Motif的寻找与序列的模式识别 RNA二级结构，蛋白质二、三级结构的预测 基因芯片的数据分析
2
内容提要
1.基本概念 相似性，同源性 2.Blast介绍 Blast资源和相关问题 3.Blast的应用 网络版，单机版 4.深入了解Blast(改进程序，算法基础) 5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）
大学生就业通用胜任力模型建构与验证
浙江理工大学硕士学位论文
５ ｄｉｍｅｎｓｉｏｎｓ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ２ １ ｃｏｍｐｅｔｅｎｃｙ ｉｔｅｍｓ．Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ ｏｆ ｓｅｌｆ－ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ
ｉｎｃｌｕｄｅｄ ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ ｔｈｅｏｒｙ ｗｉｔｈ ｐｒａｃｔｉｃｅ，ｌｅａｒｎｉｎｇ ｆｒｏｍ ｏｔｈｅｒｓ，ｄｒａｗｉｎｇ ｌｅｓｓｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｐａｓｔ，ｂｅｉｎｇ ｏｐｅｎ—ｍｉｎｄｅｄ，ｗｉｌｌｉｎｇ ｔｏ ｓｔａｒ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｇｒａｓｓｒｏｏｔｓ，ａｃｃｅｐｔｉｎｇ ｏｐｉｎｉｏｎｓ ｏｆ
ｅｘｉｓｔｉｎｇ ｙｅｔ ｎｏｗ，ａ ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅ ｆｏｒ ｇｒａｄｕａｔｅｓ ｗａｓ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ａｃｃｏｒｄｉｎｇ ｔｏ ｔｈｅ ｔａｓｋ ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ－ｃｏｎｔｅｘｔｕａｌ ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ ｍｏｄｅｌ ａｔ ｆｉｒｓｔ．
Ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｓｔｕｄｉｅｓ ａｂｏｖｅ，ｔｈｅ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎｓ ｗｅｒｅ ｏｂｔａｉｎｅｄ： （１）Ｔｈｅ ｇｅｎｅｒａｌ ｃｏｍｐｅｔｅｎｃｙ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｇｒａｄｕａｔｅｓ’ｅｍｐｌｏｙａｂｉｌｉｔｙ ｗａｓ ｃｏｍｐｏｓｅｄ ｏｆ
（２）Ｔｈｅ ｇｅｎｅｒａｌ ｃｏｍｐｅｔｅｎｃｙ ｏｆ ｇｒａｄｕａｔｅｓ’ｅｍｐｌｏｙａｂｉｌｉｔｙ ｈａｄ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｅｆｆｅｃｔ ｏｎ ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ：ｓｅｌｆ－ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ ｃａｐａｃｉｔｙ ａｎｄ ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌ ａｂｉｌｉｔｙ ｈａｄ ｔｈｅ ｍｏｓｔ
ＩＩ
浙江理工大学硕士学位论文
Ｇｅｎｅｒａｌ Ｃｏｍｐｅｔｅｎｃｙ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ ａｎｄ Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ
Blast使用入门
引用次数：36501
引用次数：35799
引用次数：12894
引用次数：4179
移除Query序列中之低复杂度以及有串接重复现象的区域
Query word
将长序列转换成短序列
W=1
KNTMYVIIILTWNLTMTNDMKNHRCHSTTRTLMTNIRKTH
W=4
KNTM YVII ILTW NLTM TNDM KNHR CHST TRTL MTNI RKTH
全局比对 Smith-Waterman算法 局部比对
Fasta算法
Blast算法
建立评分矩阵
Pam250
blosum62
执行比对 （动态规划算法） Needleman-Wunsch Smith-Waterman
确定最佳途径
当面向数据之海的时候，该怎么办？
生物信息学：努力在数据的海洋里畅游
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) is a set of similarity search programs that explore all of the available sequence databases for protein or DNA. BLAST (基本局部相似性比对搜索工具 ) 是一套用来探索可供使用的序列 数据库中所有DNA或者蛋白质的 相似性搜索程序 Local：局部 研究对象：DNA或者蛋白质 搜多对象：数据库
Blast
Query sequence
Database
Subject sequence Subject sequence Subject sequence Subject sequence ……
1. 兼顾搜寻的速度以及搜寻结果的精确度 2. BLAST使用启发式搜索代替动态规划算法来找出相关的序列， 在速度上比完全只使用动态规划大约快上50倍左右
Blast结果的详细解析
Blast结果的详细解析Posted on 2009 年 7 月 9 日 by boyun要使用程序对blast结果进行解析、分析，就必须对BLAST的结果形式有深入的了解，本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构，供参考。
这里的指的是blast默认的结果，也是我们应用最多的结果。
3.14.1. 结果文件的结构一个BLAST的结果文件，大致结构如下：每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Reference信息。
接下来包含一个或多个Query，每个query包含以下内容：Query informationSequences producing significant alignmentsSubjectsQuery information是对一个query 序列的基本信息描述，Sequences producing significant alignments是对所有subjects的简要list。
每个subjects 是query序列在数据库中比对上的一条序列。
3.14.2. HEADER每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Reference信息。
blast结果解读-header3.14.3. QUERY每个blast结果文件包含一个或多个Query，每个query包含以下内容：Query informationSequences producing significant alignmentsSubjectsblast结果解读-Query3.14.4. QUERY INFORMATIONQuery information是对一个query 序列的基本信息描述。
该部分包括 Name：Fasta序列对于序列描述的部分（见本文档部分说明）?Accession：接收号，或者location?Description：序列描述?Length：序列的长度?Database：用户使用的数据库信息?3.14.5. SEQUENCES PRODUCING SIGNIFICANT ALIGNMENTS该处的信息是所有subjects的简要list。
新手上路，一文秒懂Blast结果图（附序列比对网址）
新手上路，一文秒懂Blast结果图（附序列比对网址）转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台众所周知，同源性是预测基因和蛋白质功能的主要线索，而序列同源性的判断则离不开两个或多个序列之间相似性的检测。
一般来说，序列间的相似度越高，它们是同源序列的可能性就越高。
其中，序列比对无疑是评估序列相似性的最简单方法。
显然，Blast就是序列比对检测的中坚力量。
Blast自1990年首次亮相以来，凭借从各大数据库（EST、PDB数据库等）获取信息的能力，迅速成为序列比对界的领头羊。
老实说，Blast的界面非常友好，点击相应模块后，大家只需在序列框中丢上自己的靶序列，勾选好物种基因组，点击搜索即可！可看着结果界面涌现出的几十个、数百个甚至数千个候选匹配序列，不少选择困难症的童鞋表示头疼不已：结果辣么多，究竟哪个才是最优解？本文以NM_001206932为例，分解BLAST结果页面，让大家迅速摆脱Blast新手身份。
Blast结果解析首先会看到一个表头，即本次比对的基本信息，如比对类型、序列长度、所选的数据库等等。
如果所选的数据库不合适，请及时迷途知返哦。
接下来就是Blast的结果显示图（Graphic Summary）：颜色比例尺，其中相似度从高到低排列分别为：红、紫、绿、蓝、黑，红色区域越多则表示有较好的比对结果。
而在Blast结果的描述区域，两个衡量标准最为重要：Max Score 和E值（E value），前者匹配片段越长，相似性越高则Score值越大；后者是得到上述Score值的概率的大小。
E值越小表示随机情况下得到该Score值的可能性越低。
而点击相应注释名称，又或者在结果显示图（Graphic Summary）中点击对应的线条，均可以查看比对结果的详细信息。
其中，Expect(E值)、Identities（一致性）、Gaps（缺失或插入）三项是评价blast结果的标准。
E值接近零或者为零时，具体上就是完全匹配了；一致性：匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
利用BLAST工具寻找新基因
案例分析
具体措施：将CU539131.1在Alignments（比对信 息）中出现的序列（红色标出部分）作为输入项在 一个非冗余（nr）数据库中逐一进行BLASTP搜索。
案例分析
BLAST主页
案例分析
在这里也可切换BLAST的不同功能
CU539131.1的第一条sbjct序列
非冗余的蛋白质序列库 （nr）
按照上述方法初步判定，除了下图中标注出 的6个基因，其他的均有可能是新基因
案例分析
此处选择 ACSSTION为CU539131.1的Human gut
metagenome（人类肠道宏基因组）
案例分析
Step3：用数据库搜索来判断它是否是真的 新蛋白质 用CU539131.1进行BLASTP 搜索，搜索的结果表明它和其 它一些蛋白质相当近源，但它 在GenBank数据库中还没有 被注释过。
个人认为逐个序列的验证
是最经典而有效的方法： 具体来说，就是点击最右边 一列Accession，进入该基 因的详情页面，主要看 FEATURES，如果 FEATURES 下面只有 source（有的还有gap 或 misc_feature等 ），不含 有Protein、Region、Site、 CDS等注释属性，则可初 步判定它是未被注释的新基 因。
案例分析
接下来我们把 CU539131.1的其他几个sbjct 序列逐个进行BLASTP，步骤同上。
案例分析
考虑到最后一个sbjct序列太短，没有参考价 值，个人认为可以忽略。
案例分析
CU539131.1的三个主要sbjct片段 验证 结果均未找到该物种的相同蛋白，从某种意 义上，我们就可以确定CU539131.1所对应的 基因是一个新基因。
如何看懂NCBI-BLAST输出结果
如何看懂NCBI BLAST输出结果2010-11-13 10:38:11| 分类：生物信息分析| 标签：blast |字号大中小订阅本文转自：写在解读报告之前的，首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致，Blast 是通过两两比对，找到数据库中与输入序列最相似的序列，或者说是最相似的序列片段。
那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪些相似的序列，然后就是如何相似，这些相似又可以告诉我们哪些信息等。
当然Blast可以衍生出许多的用途，但都是建立在找到相似性序列（片段）的基础上的。
最新的BLAST结果报告解读，本文以BLASTP为例子，说明如何来解读BLAST 结果。
示例BLAST地址：比对用的例子：>gi|16758036|ref|NP_445782.1| ribosomal protein L21 [Rattus norvegicus] MTNTKGKRRGTRYMFSRPFRKHGVVPLATYMRIYKKGDIVDIKGMGTVQKG MPHKCYHGKTGRVYNVTQH AVGIIVNKQVKGKILAKRINVRIEHIKHSKSRDSFLKRVKENDQKKKEAKEKG TWVQLNGQPAPPREAHFVRTNGKEPELLEPIPYEFMA数据选择：nr比对时间：2009年9月9日12:46:23解读报告前需要掌握的概念：alignments 代表比对上的两个序列hits 表示两个序列比对上的片段Score 比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高E Value 值越小，越可信，相对的一个统计值。
Length 输入序列的长度Identities 一致性，就是两个序列有多少是一样的Query 代表输入序列Sbjct 代表数据库中的序列结果详细说明菜单与基本信息NCBI Blast结果-菜单与基本信息1.下一步操作的菜单，你可以调整参数，重新比对、保存你的搜索条件以便下次比对、调整报告显示的参数，以更符合你的要求、下载你比对的结果；2.此次比对的标题，优先是你填写的，如果没有填写可能是你输入fasta序列头（大于号后面的），如果这个也没有找到，NCBI会自动生成一个；3.你输入序列的信息，包括标识号、描述信息、类型、长度；4.数据库的信息以及你选择的Blast程序；5.查看其他报告，比如摘要、分类、距离树、结构、多重比对等。
BLAST相关内容
BLAST程序进行数据分析主要内容1.基本概念2.常用BLAST程序介绍3. BLAST算法简介4. BLAST常用参数设置5.本地BLAST的安装步骤6.本地BLAST的使用1、基本概念相似性(Similarity)是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同或相似碱基或氨基酸残基占全部比对碱基或氨基酸残基的比例的高低，属于量的判断。
同源性(Homology)是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。
只有当两个蛋白质在进化关系上具有共同的祖先时，才可称它们为同源的，属于质的判断。
相似性和同源性的关系当相似程度高于50%时，比较容易推测检测序列和目标序列可能是同源序列；而当相似性程度低于20%时，就难以确定或者根本无法确定其是否具有同源性。
总之不能把相似性和同源性混为一谈。
所谓“具有50%同源性”，或“这些序列高度同源”等说法，都是不确切的，应避免使用。
序列相似性比较和同源性分析序列相似性分析：就是用来计算待研究序列与某序列之间的相似性程度，常用的软件包有BLAST、FASTA等；序列同源性分析：是将待研究与来自不同物种的序列中进行进化分析，以确定该序列与其它序列间的亲源关系。
常用的程序包有Phylip 及Mega等进化分析软件；全局比对与局部比对全局比对寻找序列在全长范围内最佳比对（两个完整序列S1和S2之间的最佳比对）适用于两个整体相似性较高的序列。
常用算法如：Needleman-Wunsch algorithm(Needle)在线程序如： Needle局部比对寻找序列在局部区域的最高比对打分。
常用算法如：Smith-Waterman algorithm， blast,fasta等局部相似性比对的生物学基础蛋白质功能位点往往是由较短的序列片段组成的，尽管在序列的其它部位可能有插入、删除等突变，但这些关键的功能部位的序列往往具有相当大的保守性。
而局部比对往往比整体比对对这些功能区段具有更高的灵敏度，因此其结果更具生物学意义。
TD信息元素详解
信息元素功能性定义作者：李欣目录目录 (1)信息元素功能性定义 (11)1 核心网信息元素 (11)1.1 CN Information elements (11)1.2 CN Domain System Information (11)1.3 CN Information info (11)1.4 IMEI (11)1.5 IMSI (GSM-MAP) (11)1.6 Intra Domain NAS Node Selector (11)1.7 Location Area Identification (12)1.8 NAS message (12)1.9 NAS system information (GSM-MAP) (12)1.10 Paging record type identifier (12)1.11 PLMN identity (12)1.12 PLMN Type (12)1.13 P-TMSI (GSM-MAP) (12)1.14 RAB identity (12)1.15 Routing Area Code (12)1.16 Routing Area Identification (13)1.17 TMSI (GSM-MAP) (13)2 UTRAN 移动信息元素 (13)2.1 Cell Access Restriction (13)2.2 Cell identity (13)2.3 Cell selection and re-selection info for SIB3/4 (13)2.4 Cell selection and re-selection info for SIB11/12 (13)2.5 Mapping Info (14)2.6 URA identity (14)3 UE 信息元素 (14)3.1 Activation time (14)3.2 Capability Update Requirement (14)3.3 Cell update cause (15)3.4 Ciphering Algorithm (15)3.5 Ciphering mode info (15)3.6 CN domain specific DRX cycle length coefficient (15)3.7 CPCH Parameters (15)3.8 C-RNTI (15)3.9 DRAC system information (15)3.10 Void (16)3.11 Establishment cause (16)3.12 Expiration Time Factor (16)3.13 Failure cause (16)3.14 Failure cause and error information (16)3.15 Initial UE identity (16)3.16 Integrity check info (16)3.17 Integrity protection activation info (17)3.18 Integrity protection Algorithm (17)3.19 Integrity protection mode info (17)3.20 Maximum bit rate (17)3.21 Measurement capability (17)3.22 Paging cause (17)3.23 Paging record (17)3.24 PDCP capability (17)3.25 Physical channel capability (18)3.26 Protocol error cause (18)3.27 Protocol error indicator (18)3.28 RB timer indicator (18)3.29 Redirection info (18)3.30 Re-establishment timer (18)3.31 Rejection cause (18)3.32 Release cause (18)3.33 RF capability FDD (19)3.34 RLC capability (19)3.35 RLC re-establish indicator (19)3.36 RRC transaction identifier (19)3.37 Security capability (19)3.38 START (19)3.39 Transmission probability (19)3.40 Transport channel capability (20)3.41 UE multi-mode/multi-RAT capability (20)3.42 UE radio access capability (20)3.43 UE Timers and Constants in connected mode (21)3.44 UE Timers and Constants in idle mode (21)3.45 UE positioning capability (21)3.46 URA update cause (21)3.47 U-RNTI (21)3.48 U-RNTI Short (21)3.49 UTRAN DRX cycle length coefficient (21)3.50 Wait time (21)3.51 UE Specific Behavior Information 1 idle (21)3.52 UE Specific Behavior Information 1 interRAT (22)4 无线承载信息元素 (22)4.0 Default configuration identity (22)4.1 Downlink RLC STATUS info (22)4.2 PDCP info (22)4.3 PDCP SN info (22)4.4 Polling info (22)4.5 Predefined configuration identity (23)4.6 Predefined configuration value tag (23)4.7 Predefined RB configuration (23)4.8 RAB info (23)4.9 RAB info Post (23)4.10 RAB information for setup (23)4.11 RAB information to reconfigure (24)4.12 NAS Synchronization indicator (24)4.13 RB activation time info (24)4.14 RB COUNT-C MSB information (24)4.15 RB COUNT-C information (24)4.16 RB identity (24)4.17 RB information to be affected (24)4.18 RB information to reconfigure (25)4.19 RB information to release (25)4.20 RB information to setup (25)4.21 RB mapping info (25)4.22 RB with PDCP information (25)4.23 RLC info (25)4.24 Signaling RB information to setup (26)4.25 Transmission RLC Discard (26)5 传输信道信息元素 (26)5.1 Added or Reconfigured DL TrCH information (26)5.2 Added or Reconfigured UL TrCH information (27)5.3 CPCH set ID (27)5.4 Deleted DL TrCH information (27)5.5 Deleted UL TrCH information (27)5.6 DL Transport channel information common for all transport channels (27)5.7 DRAC Static Information (27)5.8 Power Offset Information (28)5.9 Predefined TrCH configuration (28)5.10 Quality Target (28)5.11 Semi-static Transport Format Information (28)5.12 TFCI Field 2 Information (28)5.13 TFCS Explicit Configuration (28)5.14 TFCS Information for DSCH (TFCI range method) (29)5.15 TFCS Reconfiguration/Addition Information (29)5.16 TFCS Removal Information (29)5.17 Void (29)5.18 Transport channel identity (29)5.19 Transport Format Combination (TFC) (29)5.20 Transport Format Combination Set (29)5.21 Transport Format Combination Set Identity (29)5.22 Transport Format Combination Subset (29)5.23 Transport Format Set (29)5.24 UL Transport channel information common for all transport channels (30)6 物理信道信息元素 (30)6.1 AC-to-ASC mapping (30)6.2 AICH Info (30)6.3 AICH Power offset (30)6.4 Allocation period info (30)6.5 Alpha (30)6.6 ASC Setting (30)6.7 Void (31)6.8 CCTrCH power control info (31)6.9 Cell parameters Id (31)6.10 Common timeslot info (31)6.11 Constant value (31)6.12 CPCH persistence levels (31)6.13 CPCH set info (31)6.14 CPCH Status Indication mode (31)6.15 CSICH Power offset (32)6.16 Default DPCH Offset Value (32)6.17 Downlink channelisation codes (32)6.18 Downlink DPCH info common for all RL (32)6.19 Downlink DPCH info common for all RL Post (32)6.20 Downlink DPCH info common for all RL Pre (32)6.21 Downlink DPCH info for each RL (32)6.22 Downlink DPCH info for each RL Post (33)6.23 Downlink DPCH power control information (33)6.24 Downlink information common for all radio links (33)6.25 Downlink information common for all radio links Post (33)6.26 Downlink information common for all radio links Pre (33)6.27 Downlink information for each radio link (33)6.28 Downlink information for each radio link Post (33)6.29 Void (33)6.30 Downlink PDSCH information (33)6.31 Downlink rate matching restriction information (34)6.32 Downlink Timeslots and Codes (34)6.33 DPCH compressed mode info (34)6.34 DPCH Compressed Mode Status Info (34)6.35 Dynamic persistence level (34)6.36 Frequency info (34)6.37 Individual timeslot info (35)6.38 Individual Timeslot interference (35)6.39 Maximum allowed UL TX power (35)6.40 Void (35)6.41 Midamble shift and burst type (35)6.42 PDSCH Capacity Allocation info (35)6.43 PDSCH code mapping (36)6.44 PDSCH info (36)6.45 PDSCH Power Control info (36)6.46 PDSCH system information (36)6.47 PDSCH with SHO DCH Info (36)6.48 Persistence scaling factors (36)6.49 PICH Info (36)6.50 PICH Power offset (37)6.51 PRACH Channelisation Code List (37)6.52 PRACH info (for RACH) (37)6.53 PRACH partitioning (37)6.54 PRACH power offset (37)6.55 PRACH system information list (37)6.56 Predefined PhyCH configuration (38)6.57 Primary CCPCH info (38)6.58 Primary CCPCH info post (38)6.59 Primary CCPCH TX Power (38)6.60 Primary CPICH info (38)6.61 Primary CPICH Tx power (38)6.62 Primary CPICH usage for channel estimation (38)6.63 PUSCH info (38)6.64 PUSCH Capacity Allocation info (38)6.65 PUSCH power control info (39)6.66 PUSCH system information (39)6.67 RACH transmission parameters (39)6.68 Radio link addition information (39)6.69 Radio link removal information (39)6.70 SCCPCH Information for FACH (39)6.71 Secondary CCPCH info (39)6.72 Secondary CCPCH system information (40)6.73 Secondary CPICH info (40)6.74 Secondary scrambling code (40)6.75 SFN Time info (40)6.76 SSDT cell identity (40)6.77 SSDT information (40)6.78 STTD indicator (40)6.79 TDD open loop power control (41)6.80 TFC Control duration (41)6.81 TFCI Combining Indicator (41)6.82 TGPSI (41)6.83 Time info (41)6.84 Timeslot number (41)6.85 TPC combination index (41)6.86 TSTD indicator (41)6.87 TX Diversity Mode (41)6.88 Uplink DPCH info (41)6.89 Uplink DPCH info Post (42)6.90 Uplink DPCH info Pre (42)6.91 Uplink DPCH power control info (42)6.92 Uplink DPCH power control info Post (42)6.93 Uplink DPCH power control info Pre (42)6.94 Uplink Timeslots and Codes (42)6.95 Uplink Timing Advance (42)6.96 Uplink Timing Advance Control (43)7 测量信息元素 (43)7.1 Additional measurements list (43)7.2 Cell info (43)7.3 Cell measured results (43)7.4 Cell measurement event results (44)7.5 Cell reporting quantities (44)7.6 Cell synchronization information (44)7.7 Event results (44)7.8 FACH measurement occasion info (45)7.9 Filter coefficient (45)7.10 HCS Cell re-selection information (45)7.11 HCS neighboring cell information (45)7.12 HCS Serving cell information (45)7.13 Inter-frequency cell info list (46)7.14 Inter-frequency event identity (46)7.15 Inter-frequency measured results list (46)7.16 Inter-frequency measurement (46)7.17 Inter-frequency measurement event results (47)7.18 Inter-frequency measurement quantity (47)7.19 Inter-frequency measurement reporting criteria (47)7.20 Inter-frequency measurement system information (47)7.21 Inter-frequency reporting quantity (47)7.22 Inter-frequency SET UPDATE (48)7.23 Inter-RAT cell info list (48)7.24 Inter-RAT event identity (48)7.25 Inter-RAT info (48)7.26 Inter-RAT measured results list (48)7.27 Inter-RAT measurement (49)7.28 Inter-RAT measurement event results (49)7.29 Inter-RAT measurement quantity (49)7.30 Inter-RAT measurement reporting criteria (49)7.31 Inter-RAT measurement system information (50)7.32 Inter-RAT reporting quantity (50)7.33 Intra-frequency cell info list (50)7.34 Intra-frequency event identity (50)7.35 Intra-frequency measured results list (50)7.36 Intra-frequency measurement (50)7.37 Intra-frequency measurement event results (51)7.38 Intra-frequency measurement quantity (51)7.39 Intra-frequency measurement reporting criteria (51)7.40 Intra-frequency measurement system information (51)7.41 Intra-frequency reporting quantity (52)7.42 Intra-frequency reporting quantity for RACH reporting (52)7.43 Maximum number of reported cells on RACH (52)7.44 Measured results (52)7.45 Measured results on RACH (52)7.46 Measurement Command (52)7.47 Measurement control system information (53)7.48 Measurement Identity (53)7.49 Measurement reporting mode (53)7.50 Measurement Type (53)7.51 Measurement validity (53)7.52 Observed time difference to GSM cell (53)7.53 Periodical reporting criteria (53)7.54 Primary CCPCH RSCP info (54)7.55 Quality measured results list (54)7.56 Quality measurement (54)7.57 Quality measurement event results (54)7.58 Quality measurement reporting criteria (54)7.59 Quality reporting quantity (54)7.60 Reference time difference to cell (54)7.61 Reporting Cell Status (55)7.62 Reporting information for state CELL_DCH (55)7.63 SFN-SFN observed time difference (55)7.64 Time to trigger (55)7.65 Timeslot ISCP info (55)7.66 Traffic volume event identity (55)7.67 Traffic volume measured results list (55)7.68 Traffic volume measurement (55)7.69 Traffic volume measurement event results (56)7.70 Traffic volume measurement object (56)7.71 Traffic volume measurement quantity (56)7.72 Traffic volume measurement reporting criteria (56)7.73 Traffic volume measurement system information (56)7.74 Traffic volume reporting quantity (56)7.75 UE internal event identity (56)7.76 UE internal measured results (57)7.77 UE internal measurement (57)7.78 UE internal measurement event results (57)7.79 UE internal measurement quantity (57)7.80 UE internal measurement reporting criteria (57)7.81 Void (58)7.82 UE Internal reporting quantity (58)7.83 UE Rx-Tx time difference type 1 (58)7.84 UE Rx-Tx time difference type 2 (58)7.85 UE Transmitted Power info (58)7.86 UE positioning Ciphering info (58)7.87 UE positioning Error (58)7.88 UE positioning GPS acquisition assistance (59)7.89 UE positioning GPS almanac (59)7.90 UE positioning GPS assistance data (59)7.91 UE positioning GPS DGPS corrections (59)7.92 UE positioning GPS ionospheric model (59)7.93 UE positioning GPS measured results (59)7.94 UE positioning GPS navigation model (60)7.95 UE positioning GPS real-time integrity (60)7.96 UE positioning GPS reference time (60)7.97 UE positioning GPS UTC model (61)7.98 UE positioning IPDL parameters (61)7.99 UE positioning measured results (61)7.100 UE positioning measurement (61)7.101 UE positioning measurement event results (61)7.102 Void (62)7.103 UE positioning OTDOA assistance data for UE-assisted (62)7.104 Void (62)7.105 UE positioning OTDOA measured results (62)7.106 UE positioning OTDOA neighbor cell info (62)7.107 UE positioning OTDOA quality (63)7.108 UE positioning OTDOA reference cell info (63)7.109 UE positioning position estimate info (64)7.110 UE positioning reporting criteria (64)7.111 UE positioning reporting quantity (64)7.112 T ADV info (65)8 其它信息元素 (65)8.1 BCCH modification info (65)8.2 BSIC (65)8.3 CBS DRX Level 1 information (65)8.4 Cell Value tag (65)8.5 Inter-RAT change failure (65)8.6 Inter-RAT handover failure (66)8.7 Inter-RAT UE radio access capability (66)8.8 Void (66)8.9 MIB Value tag (66)8.10 PLMN Value tag (66)8.11 Predefined configuration identity and value tag (66)8.12 Protocol error information (66)8.13 References to other system information blocks (66)8.14 References to other system information blocks and scheduling blocks (67)8.15 Rplmn information (67)8.16 Scheduling information (67)8.17 SEG COUNT (67)8.18 Segment index (67)8.19 SIB data fixed (67)8.20 SIB data variable (67)8.21 SIB type (67)8.22 SIB type SIBs only (67)9 ANSI-41 Information elements (68)10 Multiplicity values and type constraint values (68)信息元素功能性定义消息是由多个信息元素组合而成，信息元素根据其功能的不同划分为：核心网域信息元素、UTRAN 移动信息元素、UE 信息元素、无线承载信息元素、传输信道信息元素、物理信道信息元素和测量信息元素。
BLAST使用教程
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)NCBI采用的一套对蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具(当然很多其它生物学数据库都提供了BLAST检索入口)。
您只需提交您的序列，通过BLAST查询就顷刻间从公开数据库中无数的的序列里找到相似序列。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。
BLAST功能是什么？BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。
BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。
BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。
从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在内了。
BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。
所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。
GCG及EMBOSS等软件包中包含有五种BLAST：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
喇叭耳机CRY6151_V7.1使用说明书
4.12.1 字体设置.............................................................51 4.12.2 坐标属性设置.....................................................52
blast算法介绍
-
查询序列中一些低复杂度区域会带来假阳性，例如： 微卫星序列 CACACACACACACACA AAAAAAAAAAAA KLKLKLKLKLKLKL 因此需要用如下字母去掩盖这些区域 Ns（核酸） Xs（蛋白）
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将查询序列与一系列统一长度的随机序列进行比对 时，分值通常符合Gumbel极值分布。
找种子序列
在数据库中定位种子
延伸匹配
把查询序列划成kmer,找所有覆盖到的种子序列 k-mer words长度w,最后得到n-w+1个字串
一般来说： 对蛋白w=3，核酸w=11
种子越短： 灵敏度越高 计算速度越慢
1.根据查询序列划分出的字串 2.这些单词分数高于neighborhood word score threshold（T）的邻 居字串 （这个分数根据计分矩阵得到，我们这里以BLOSUM62矩阵为例）
数据库中某些蛋白相关性较小，搜索效果差 PSI-BLAST比常规算法更敏感，主要用于搜索与我 们感兴趣蛋白远缘相关的蛋白。
用常规的 blastp 搜索数据 库 构建多序列比 对，为每个比 对建立一个专 门的序列谱 （profile） 检验比对后 每个匹配的 统计显著性
利用profile 搜索原来的 数据库
亢雨笺 2013年11月1日
生物中最被关注的DNA、 RNA、蛋白质，都具有 线性的序列信息
研究序列相似性
关注其功能、演化历史
无法通过穷举得到所有的两两比对结果 动态规划 一个大问题可以分成若干个子问题 寻找每个子问题的最优解，就是最终的最优解
例如有两条序列 AAG和AGC进行比对
子问题：每个残基的比较 A C
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BLAST 2.2.28详解本人亲测
1程序下载
链接到：ftp:///blast/executables/blast+/2.2.28/
下载最新的BLAST+ 程序包，推荐版本ncbi-blast-2.2.28+-win32.exe,版本：ncbi-blast-2.2.28+-win32.exe适用于windows32 位系统，ncbi-blast-2.2.28+-win64.exe 适用Windows 64位系统，请注意选择。
2安装流程
建议安装在非系统盘，如将下载的BLAST 程序安装到D:\blast-2.2.28+ ，生成bin、doc两个子目录，其中bin是程序目录，doc是文档目录，这样就安装完毕了。
如图1
图1 程序安装位置
3用户环境变量设置
右键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”(图1)，在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即“D:\blast-2.2.28+\bin”。
此时点击“新建”－变量名“BLASTDB”，变量值为“D:\blast-2.2.28+\db”(即数据库路径)。
如图2
图2 用户环境变量设置
4查看程序版本信息
点击Windows的“开始”菜单，点击“运行”，输入“cmd”（图3-1，图3-2），调出MS-DOS命令行，在命令行中输入“D:”，输入后按下enter键就进入D盘中,输入cd blast-2.2.28+，转到D:\blast-2.2.28+\。
安装目录，输入命令“blastn-version”即可查看版本（图3-3）：
图3查看程序版本信息
看到图3 显示说明本地blast已经安装成功。
5blast-2.2.28+本地数据库的构建
数据的获取
法1 ：直接从NCBI 或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是fasta，名字可以自己随便命名，具体做法下面有说明）。
法2 ：从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为ftp:///blast/db/FASTA/其中nr.gz为非冗余的数据库，nt.gz为核酸数据库，month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。
下载的month.nt.gz先用winrar 解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化。
法3 ：利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl
程序。
上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是NCBI中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。
数据的格式化
本文以1.fasta作为查询序列，以puccinia_striiformis-pst_78_1_proteins.fasta 作为数据库文件为例进行讲解。
首先将puccinia_striiformis-pst_78_1_proteins.fasta放到D：\blast-2.2.28+\db文件夹下，然后调出MS-DOS命令行，转到D:\blast-2.2.28+\db文件夹下运行以下命令：格式化puccinia_striiformis-pst_78_1_proteins.fasta命令：
makeblastdb.exe -in puccinia_striiformis-pst_78_1_proteins.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl
-in参数后面接将要格式化的数据库，-parse_seqids, -hash_index 两个参数一般都带上，主要是为blastdbcmd取子序列时使用，-dbtype后接所格式化的序列的类型，核酸用nucl，蛋白质用prot，如图4、5。
图4 数据库文件的构建
图5 除了源文件外，文件夹内出现了数据库文件
6序列间的相似性检索
BLAST+系列程序均要求查询序列以fasta格式存在，fasta格式已经程序事实上的序列标准被广泛采用，几乎所有的序列处理程序都要求fasta格式。
所谓FASTA格式是指DNA序列第一行开始于一个标识符：">"，紧接着（没有空格）是对该序列的唯一描述（即ID），然后一个空格，接着是对该序列的描述（也可以没有），从第二行开始就是一行行的序列，中间的空格，换行没有影响。
为了方便阅读，每一行序列最好不要超过80个字母。
详细的说明请看着这里/MPprimer/Fasta_help.html。
本文以1.fasta作为查询序列，以puccinia_striiformis-pst_78_1_proteins.fasta作为数据库文件为例进行讲解。
首先将1.fasta放到D：\blast-2.2.28+文件夹下，然后调出MS-DOS命令行，转到D:\blast-2.2.28+文件夹下运行以下命令（图6-1）：blastp.exe-taskblastp-query1.fasta-dbpuccinia_striiformis-pst_78_1_proteins.fasta-o ut2.txt，相关参数说明：blastp.exe程序执行命令，exe前的程序根据自己的需要而换。
-task 后面选择你所要用的程序，blastn, blatp, tblastx等；
-query 后接查询序列的文件名称；
-db 后接格式化好的数据库名称；
-out 后接要输出的文件名称及格式；
结果如图6-2所示，出现大小为176kb的文本文件，打开文件展示如图6-3所示的序列同源搜索结果。
图6 序列间的相似性搜索
1、blastp命令的执行；
2、命令执行完导出2.txt结果；
3、导出的2.txt打开后
的部分截图。