常用的生物信息学软件的介绍和文献依据
生物学常用软件简介
AC
accession number giving origin of sequence
DT
dates of entry and modification
KW
key cross-reference words for lookup up this entry
OS, OC source organism
RN, RP, RX, RA, RT, RL literature reference or source
DR
i. d. In other databases
CC
Description of biological function
பைடு நூலகம்
FH, FT information about sequence by base position or range of positiions
生物学常用软件简介
前言
生物信息学是一门新兴的交叉学科，它将数 学和计算机知识应用于生物学，以获取、 加工、存储、分类、检索与分析生物大分 子的信息，从而理解这些信息的生物学意 义。
上面是狭义的生物信息学含义,也是现阶段生 物信息学的基本工作.
内容概要
一 生物信息学软件的主要功能简介
1.数据的基本处理 2.序列的比对 3.基因/基因组的注释 4.Snp分析 5.进化分析 6.基因表达分析 7.蛋白质结构预测
2.序列的比对 序列比对（alignment）：为确定两个或多个序列
之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定 的规律排列。
将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。 序列中可以插入间隔（通常用短横线“-”表示）。 对应的相同或相似的符号（在核酸中是A, T（或 U）, C, G，在蛋白质中是氨基酸残基的单字母表 示）排列在同一列上。
生物信息学软件的使用教程与数据分析
生物信息学软件的使用教程与数据分析生物信息学是一门结合生物学和计算机科学的学科，通过利用计算机科学和统计学的方法来研究生物学中的大规模生物分子数据。
在生物研究中，大量的生物信息数据被产生，如基因组测序数据、蛋白质结构数据、转录组数据等，这些数据的分析对于理解生物过程和疾病发生机制至关重要。
生物信息学软件是专门用于处理和分析这些生物信息数据的工具。
本文将介绍一些常见的生物信息学软件的使用教程和数据分析方法。
1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：BLAST是最常用的序列比对工具之一，用于在数据库中寻找类似序列或通过序列相似性比对两个或多个序列。
BLAST可以用于查找一个给定的序列是否存在于一个已知的数据库中，也可用于快速比较两个序列的相似性，并寻找具有高度相似性的区域。
在使用BLAST时，首先需要选择合适的数据库，然后输入待比对的序列，设置相似性阈值和其他参数，最后运行BLAST程序并分析结果。
2. NCBI（National Center for Biotechnology Information）工具：NCBI提供了许多生物信息学工具，如BLAST、Entrez等。
Entrez是一个可检索多种生物信息学数据库的工具，包括GenBank（存储核酸序列）、PubMed（存储科学文献摘要与索引）、Protein（蛋白质序列数据库）等。
通过使用NCBI提供的工具，可以比对和分析大量的生物序列和相关的生物信息。
使用NCBI工具时，可以通过访问NCBI网站或使用命令行工具来查询和分析数据。
3. R和Bioconductor：R是一种用于统计计算和数据可视化的自由软件环境，而Bioconductor是一个在R环境中为生物学研究提供的开源生物信息学软件包。
R和Bioconductor提供了丰富的统计和生物信息学分析方法，可用于分析基因表达数据、基因组测序数据、蛋白质结构数据等。
生物信息学软件 (2)
生物信息学软件
生物信息学软件是一类专门用于处理、分析和解释生物学
数据的软件工具。
这些软件通常用于基因组学、蛋白质组学、转录组学和代谢组学研究中。
以下是一些常用的生物
信息学软件：
1. BLAST：用于快速在数据库中搜索相似序列的工具，对
于序列比对和亲缘关系分析非常有用。
2. ClustalW：用于多序列比对的软件，可以比较多个序列
之间的相似性和差异。
3. GROMACS：用于分子动力学模拟和分子力学计算的软件，可以模拟蛋白质、核酸等生物分子的结构和动态行为。
4. PHYLIP：用于构建进化树和系统发育分析的软件，可以根据序列的差异性推断出生物物种之间的进化关系。
5. R：一种统计软件，提供了广泛的生物信息学功能和数据处理方法。
6. Cytoscape：用于网络分析和可视化的软件，可以分析和可视化基因调控网络、蛋白质相互作用网络等。
7. NCBI工具包：由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一组工具，包括BLAST、Entrez等，用于生物序列和文献检索。
8. Galaxy：一个基于云计算的生物信息学分析平台，提供了大量的工具和工作流，方便生物学家进行数据分析和可视化。
9. MetaboAnalyst：用于代谢组学数据分析的软件，可以进行代谢物注释、统计分析、通路分析等。
10. Geneious：用于序列分析和比对、系统发育分析、基因预测等多种生物信息学任务的集成软件。
以上只是一小部分常用的生物信息学软件，随着科学研究的进展，新的软件工具不断涌现。
常用生物数据分析软件
常用生物数据分析软件生物数据分析软件是用于处理、分析和解释生物学实验中产生的大规模数据的工具。
这些软件通常具有统计分析、数据可视化和生物信息学工具等功能，它们在生物学研究、医学诊断和药物开发等领域都有广泛的应用。
本文将介绍一些常用的生物数据分析软件。
1.R：R是一种免费且开源的编程语言，它提供了丰富的生物数据分析和可视化工具，如统计分析、机器学习、生物信息学和图形绘制等。
R 语言拥有庞大的用户社区和丰富的包资源，适用于各种生物学数据分析任务。
2. Python：Python是另一种常用的编程语言，它也具备强大的生物数据分析能力。
Python拥有多个生物学数据处理和分析库，如NumPy、Pandas和BioPython等。
Python的易学性、可扩展性和广泛的应用领域使其成为生物学数据分析的首选工具之一3.MATLAB：MATLAB是一种专业的科学计算和数据可视化软件，在生物学数据分析领域有广泛的应用。
它提供了丰富的统计分析和机器学习工具包，可用于生物数据的处理、分析和建模等任务。
4.SPSS：SPSS是一种常用的统计分析软件，它具有直观的用户界面和广泛的统计分析功能。
SPSS可以对生物学数据进行描述性统计、方差分析、回归分析和聚类分析等，并生成相应的报告和图表。
5.SAS：SAS是一种专业的统计分析软件，也被广泛用于生物学数据分析。
SAS拥有强大的数据管理和数据分析功能，可用于处理和分析大规模的生物学数据集。
6. Partek Genomics Suite：Partek Genomics Suite是一种专门用于基因组学和转录组学数据分析的软件。
它提供了丰富的生物学数据分析工具和流程，可用于差异表达分析、通路分析和功能注释等任务。
7. Ingenuity Pathway Analysis (IPA)：IPA是一个用于通路分析和功能注释的软件。
它能够对基因表达数据进行通路分析和功能注释，并提供生物学上下游调控网络的图形可视化。
生命科学中常用的软件及其应用
生命科学中常用的软件及其应用生命科学是一个涉及多个学科交叉的领域，其中运用到的软件非常丰富。
这些软件可以帮助生命科学研究人员完成从基因组测序到蛋白质结构分析的各种复杂任务。
在这篇文章中，我们将介绍一些生命科学中常用的软件及其应用，帮助读者更好地了解这个领域。
1. BLASTBLAST（基本局部序列比对工具）是基因组测序领域中最常用的软件之一。
它可以在数据库中进行序列比对，并根据相似性评分进行排序和过滤。
BLAST的应用非常广泛，包括在基因组测序和蛋白质结构分析中用于序列比对，DNA和蛋白质序列注释，以及进化分析等。
2. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一个功能强大的基因组分析软件，可以用于基因组测序和生物信息学分析。
它可以处理各种不同类型的数据，包括RNA测序数据、DNA测序数据和蛋白质序列数据。
使用该软件，科学家可以进行基因组组装、基因表达分析、SNP检测、CNV分析等多种复杂的分析任务。
3. PyMOLPyMOL是一个用于分子可视化和分析的软件。
它可以用于可视化蛋白质、DNA和RNA结构，以及与其他分子的相互作用。
在生物学研究中，PyMOL被广泛用于研究蛋白质结构和功能。
化学公式、分子等多种形式，都能够被轻松制作出来。
4. RR是一个免费的数据分析软件，主要用于统计分析、数据可视化和预测模型的建立。
在生命科学中，R被广泛用于基因表达分析、蛋白质结构预测、生存分析等多个领域。
它是生命科学研究者进行大规模数据分析的首选工具之一。
5. CytoscapeCytoscape是一款网络分析软件，用于研究生物分子间的相互作用，例如蛋白质-蛋白质相互作用，基因调控网络等。
Cytoscape具有丰富的图形界面，可以使用各种插件来进行网络建模、可视化和分析。
6. HMMERHMMER是用于进行隐马尔可夫模型（HMM）建模和分析的工具软件。
在生命科学领域，HMMER被用于进行蛋白质序列比对和蛋白质家族分类。
Bioconductor简介及其在生物信息学中的应用
封面页（设计好之后可以删掉这个文本框哦）Bioconductor 简介及其在生物信息学中的应用郑广勇上海生命科学研究院主要内容Bioconductor 软件介绍Bioconductor 软件应用◆基因芯片分析中的应用BioconductorBioconductor 是一个基于R语言的生物信息软件包，主要用于生物数据的注释、分析、统计、以）及可视化（Bioconductor 软件包的安装Bioconductor(1) Experiment Data ; (2) Software ; (3) Annotation Data基因芯片实验流程Gene-chip experiment Picture scan Raw picture芯片数据分析流程质量控制数据预处理 差异表达基因筛选 聚类分析信号通路富集分析 功能富集分析数据预处理通过数据预处理，过滤掉低质量数据获取表达值数据，主要包括以下几个方面：数据背景处理数据标准化综合表达量计算差异表达基因分析 Fold-change值T检验经验贝叶斯（Empirical Bayes)Wilcoxon秩和检验回归模型方法差异表达基因筛选方法Fold-change最简单的判断差异基因的方法，在没有重复试验的条件下很常用。
差异表达基因筛选方法T检验较常用的统计方法, 用于判断某一基因在两个样本中其表达是否有显著性差异, 不要求等方差，要求有重复试验差异表达基因筛选方法经验贝叶斯（Empirical Bayes)T-检验的一种改进方法，将标准差及信号强度的关系使用线性模型进一步强化，提高了准确率，目前比较常用的一种方法Wilcoxon秩和检验是一种非参数的检验方法,该方法要比T-检验更加稳健, 更适合非正态分布的数据线性回归模型通过线性模型模拟不同实验条件下的基因表达情况，其给出的回归方程不仅包括筛选差异表达基因部分, 还包括数据的预处理部分Bioconductor芯片分析包affy对数据进行表达值计算，质量控制，标准化等simpleaffy对表达数据进行质量控制，T检验，筛选出差异表达基因；affyPLM对芯片数据进行读取，质量控制，标准化；gcRMA对芯片数据进行读取，质量控制，标准化；limma采用回归模型方法进行差异表达基因筛选，读取数据，数据质量控制，标准化，用回归模型的方法筛选差异表达基因等，针对双通道数据比较全面的一套处理步骤；表达谱数据聚类分析在基因表达数据分析中, 根据处理对象与目标的不同，将聚类方法分为三类: 基于基因的聚类(Gene-based clustering)基于样本的聚类(Sample-based clustering)双向聚类(Biclustering)基因本体数据库基因本体数据库() 是GO组织构建的一个结构化的标准生物学模型，旨在建立基因及其产物知识的标准词汇体系，涵盖了基因的细胞组分（cellular component）、分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process）。
基于生物大数据技术的生物信息学分析工具介绍
基于生物大数据技术的生物信息学分析工具介绍生物信息学是一门综合应用生物学、计算机科学和统计学的交叉学科，旨在研究和理解生物体内的各种生物大分子（例如DNA、RNA和蛋白质）的结构、功能和相互作用。
随着高通量测序技术的发展，生物学实验产生的数据量呈指数级增长，从而催生了生物信息学领域的快速发展。
为了更好地处理和分析这些大规模的生物数据，生物信息学分析工具应运而生。
在本文中，我将介绍几个基于生物大数据技术的生物信息学分析工具。
1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学中广泛使用的工具，用于在数据库中搜索生物序列的相似性。
它可以将一个给定的DNA或蛋白质序列与数据库中的其他序列进行比对，从而找到相似的序列。
BLAST可以用于比对已知序列和未知序列之间的相似性，从而帮助解析未知序列的功能和进化关系。
2. Clustal OmegaClustal Omega是一种用于进行多序列比对的工具。
多序列比对是生物信息学中常用的技术，旨在确定多个序列之间的共有保守区域和变异区域。
Clustal Omega使用改进的多序列比对算法，可以高效地处理大规模的序列数据，并生成准确的比对结果。
这些比对结果可以用于研究序列的演化关系、结构域的保守性和功能区域的变异性。
3. PEAKSPEAKS是一种用于蛋白质组学数据分析的软件工具。
它可以从质谱数据中识别和鉴定蛋白质，并预测蛋白质的修饰位点和结构域。
PEAKS提供了多种分析模式和算法，适用于不同类型的质谱数据和生物学问题。
它可以帮助研究人员更好地理解蛋白质的功能和相互作用，在疾病诊断和药物研发方面具有重要的应用价值。
4. DESeq2DESeq2是一种用于差异表达基因分析的统计学工具。
它可以从RNA测序数据中识别和比较不同条件下的差异表达基因。
DESeq2根据数学模型和统计方法，可以准确地判断哪些基因在不同条件下的表达水平存在显著差异。
常用生物数据分析软件
常用生物数据分析软件在生物科学领域中，数据分析是一项重要的任务。
随着技术的进步，生物学研究的数据规模不断扩大，例如基因组测序数据、蛋白质互作数据、表达谱数据等。
为了处理和分析这些大规模的生物学数据，许多生物数据分析软件被开发出来。
本文将介绍一些常用的生物数据分析软件。
1.R：R是一个流行的统计分析和图形化软件，也是生物学家常用的数据分析工具之一、R具有强大的数据分析功能和广泛的统计工具包，适用于各种生物学数据分析任务，例如基因表达分析、蛋白质结构预测、基因组测序等。
2. Python：Python是一种通用的编程语言，也被广泛用于生物数据分析。
Python拥有丰富的生物信息学工具包，例如Biopython，可用于处理和分析蛋白质序列和结构、基因组测序数据等。
Python还具有强大的数据处理和可视化能力，适用于各种生物学数据分析任务。
3. NCBI工具：NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供一系列在线工具用于生物数据分析。
NCBI提供的工具包括BLAST用于序列比对、Entrez用于文献检索、GenBank用于基因组测序数据等。
这些工具对于进行一些常见的生物数据分析任务非常有用。
4. Bioconductor：Bioconductor是一个用于生物数据分析的开源软件包集合。
Bioconductor提供了许多R语言工具包，包括用于基因表达分析、蛋白质互作网络分析等。
这些工具包提供了丰富的生物学统计学和机器学习算法，可以帮助研究人员进行高质量的生物数据分析。
5. Cytoscape：Cytoscape是一个用于生物网络分析和可视化的软件。
它可以用来分析和可视化蛋白质互作网络、基因调控网络等。
Cytoscape提供了许多插件和工具，使得生物网络分析更加方便和高效。
6. Galaxy：Galaxy是一个用于生物数据分析的在线平台。
它提供了许多常用的生物数据分析工具，并提供了一个用户友好的界面，使得生物学家可以无需编程就能进行复杂的生物数据分析任务。
NCBI_功能详细介绍
NCBI_功能详细介绍NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是美国国立卫生研究院（NIH）的一个部门，旨在为科学家、研究者和医生提供生物信息学数据库和工具，以促进生物医学研究和医疗实践的发展。
NCBI提供了一系列的数据库和工具，涵盖了基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的多个领域，为用户提供了许多功能和资源。
以下是NCBI提供的一些主要功能：1. PubMed：PubMed是一个免费的生物医学文献数据库，收录了来自全球各地的医学和生物医学研究的学术文章和论文摘要。
它是全球最大的生物医学文献数据库之一，每年更新数量庞大的文献。
研究人员、医生和学生可以使用PubMed来查找相关的研究论文，以支持他们的研究和临床实践。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个用于比对和分析生物序列的工具。
它可以对输入的DNA或蛋白质序列与数据库中的序列进行比对，以寻找相似的序列片段或相应的功能注释。
BLAST被广泛用于基因组学、生物技术和分子生物学的研究中。
4. Entrez：Entrez是一个综合性引擎和浏览器，用于访问NCBI提供的不同数据库中的信息。
用户可以使用Entrez工具来查找特定的文章、序列、结构、基因、文献、蛋白质、基因组、生物样本等信息，并浏览相关的文献和数据。
6. dbSNP：dbSNP是一个单核苷酸多态性数据库，记录了人类和其他物种的基因组中的单核苷酸变异信息。
它是一个重要的资源，用于研究人员研究遗传变异与疾病风险和治疗反应之间的关系，以及个体间的遗传差异。
总之，NCBI提供了许多重要的生物信息学数据库和工具，为科学家、研究者和医生提供了进行生物医学研究和临床实践所需的关键资源。
它在基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的研究中起到了非常重要的作用，并对生物医学领域的发展做出了巨大贡献。
生物信息学常用数据资源介绍
生物信息学常用数据资源介绍生物信息学是一门将大量数据和信息与生命科学相结合的学科，随着技术的不断发展，越来越多的生物信息学数据资源得到了广泛应用，使得生物信息学研究呈现出爆发式增长的态势。
在接下来的文章中，我将介绍一些常用的生物信息学数据资源。
1. 基因组浏览器基因组浏览器是生物信息学研究中非常常见的一种工具，在基因组浏览器中，用户可以利用多种查询方式快速定位以及查找基因序列、变异位点、基因表达等数据，具体的使用方法可以参考NCBI、UCSC和ENSEMBL等公共数据库。
2. 数据库公共数据库是生物信息学在数据共享和协作方面发挥重要作用的平台之一，NCBI、ENSEMBL、UniProt和GenBank等是生物信息学具有代表性的公共数据库，这些数据库为用户提供了一系列的基因组、转录组、蛋白质、代谢物等多种数据资源，这些数据可以帮助研究者进行基因预测及分析，杂交研究、协同研究等多种生物信息学研究。
3. 软件工具与数据库不同的是，软件工具主要起到数据分析与处理的作用。
对于不同的数据分析任务，不同的软件工具适应程度也不同，因此在生物信息学研究过程中需要不断尝试和探索，比如在转录组分析中，DESeq2和edgeR是非常常用的工具。
4. 人类基因组计划人类基因组计划是一项耗时多年，费用庞大的生命科学研究计划，目的是把人类的基因组解码，并制定新的医学治疗方案等。
在该项目结束后，因为庞大的数据量，成千上万名的研究者可以在其基础上继续开展基因组学研究，这进一步推动了生命科学领域的发展。
5. 元分析数据集随着生物信息学领域的快速发展，元分析数据集作为新工具出现了。
它是由几个相对独立的研究组合而成，旨在研究特定生物过程的数据，比如癌症发病的前因后果，它们包括多个数据来源和测序仪，提供了更全面、多元化的基因数据，为进一步研究确定新的生物标志物和治疗方法提供了更加可靠的基础。
综上，以上我们介绍了一些生物信息学研究中使用频率较高的数据资源，它们共同构成了生物信息学领域的基础设施，在加速科研发展、优化研究流程、减少人力物力成本等方面发挥重要作用，一方面可以帮助科研工作者得到更准确的结果，另一方面又能为更广泛的生命科学研究打开更广的视野。
生物信息学软件
生物信息学软件随着基因组学、蛋白质组学和转录组学等技术的发展，生物信息学软件在生命科学研究领域中发挥着越来越重要的作用。
本文主要介绍生物信息学软件的概念、分类和应用。
一、生物信息学软件概述生物信息学软件是在生命科学研究领域中应用计算机技术对生物信息进行分析和处理的软件。
目前，生物信息学软件已广泛应用于生物信息分析、基因诊断、新药发现、生物进化研究等方面。
生物信息学软件一般可以分为以下几类。
1、序列分析软件序列分析软件主要用于处理和分析DNA、RNA和蛋白质序列。
该类软件可以进行序列比对、序列组装、基因识别、功能注释、序列转录本组装等工作。
比如常用的序列比对软件包括BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）、ClustalW 等。
2、结构分析软件结构分析软件主要用于处理和分析蛋白质结构。
该类软件可以进行蛋白质结构预测、蛋白质折叠模拟、蛋白质分子对接、蛋白质分子动力学模拟等工作。
比如常用的蛋白质结构预测软件包括Phyre2、I-TASSER等。
3、系统生物学软件系统生物学软件主要是通过对生物系统的建模和模拟来研究生物系统的结构和功能。
该类软件可以进行代谢通路建模、蛋白质相互作用网络构建、信号通路建模等工作。
比如常用的代谢通路建模软件包括KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）、MetaboAnalyst等。
4、分子进化软件分子进化软件是基于分子序列或分子结构进行物种和基因家族进化分析的软件。
该类软件可以进行分子进化树构建、分子时钟估算、分子进化率计算等工作。
比如常用的分子进化软件包括MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）、PhyML等。
5、生物信息管理软件生物信息管理软件主要用于生物数据的收集、存储和管理。
该类软件可以进行生命科学文献库维护、生物信息数据更新等工作。
常用生物信息学软件介绍
常用生物学软件简介1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。
网址：/2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。
BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。
(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍
运行EndNote后，出现的第一个界面如下：
我们可以新建一个数据库：
如何将文献导入数据库
1. 电脑里的本地文献 选择Import File出现以下界面：
选择一个文件导入
双击该文献的标题
由于导入本地文献要编辑文件信息比较繁琐， 所以一般选择通过网络导入。这里，英文和中文 文献又有所区别，首先讲一下如何通过网络导入 英文文献：
7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠 成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结 构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自 身不能有连续4个碱基的互补。 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′ 端 的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Cross dimer） 的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量 使其△G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易 导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使 PCR 反应不能正常进行。
打开Primer5.0，会出现如下界面
选择File ⇒New ⇒DNA Sequence或者File ⇒Open ⇒DNA Sequence，输入或者打开所需的序列。
这里我们主要讲引物设计这个功能，点击Primer， 则会出现以下界面：
点击Search
引物类型
搜索模式
5’引物位置范围
点击输出到本地文件并保存。打开Endnote,选择Import File出现以下界面：
点击输入，则将该文献信息导入到了Endnote里
双击导入的文献，查看文献信息 由于Endnote上没有中文数据库（没找到），所以我们要将 所导入的文献下载下来，将其复制到File Attachments下面
常用的生物学软件有哪些？
常用的生物学软件有哪些？生物学在医学科研中的作用非常重要。
如下是几个方面的举例：●细胞生物学：细胞是身体的基本单位，在医学领域中研究细胞生物学可以更好地了解疾病的发生机制和治疗方法。
●微生物学：微生物是疾病传播的主要来源，了解微生物的形态、结构以及与人类和自然界的关系等可以帮助医生做出正确的治疗方案。
●分子生物学：分子生物学是在分子水平研究生命现象、生命本质、生命活动及其规律的一门生命学科，广泛应用于医学领域。
例如，分子生物学技术已经逐步成为医学领域不可或缺的诊疗工具，如PCR、基因测序等。
●生物医学应用：生物科技的发展也给医学研究提供了更多的可能性。
例如，基于水凝胶递送RNA的生物医学应用已经成为当前研究的热点。
总之，生物学在医学科研中扮演着至关重要的角色，进一步拓展了我们对疾病的理解和治疗方法的可能性。
以下是常用的生物学软件：BLAST - 生物信息学中用于DNA或蛋白质序列比对的工具ClustalW - 用于多序列比对的工具PyMOL - 分子模拟软件，用于生成、编辑、可视化小分子和大分子R - 统计学软件，用于数据分析、绘图、建模等ImageJ - 数字图像处理软件，用于生物学实验数据的分析和图像处理UCSF Chimera - 分子可视化软件，用于生物分子的可视化和分析Cytoscape - 生物网络结构分析和可视化软件GROMACS - 生物分子动力学模拟软件，用于分析分子的运动和相互作用GeneSpring - 基因芯片分析软件，用于基因表达数据分析这仅仅是常用的生物学软件中的一小部分，不同的生物学研究领域可能需要不同的软件。
生物大数据分析的常用工具和软件介绍
生物大数据分析的常用工具和软件介绍生物大数据的快速发展和应用需求推动了生物信息学工具和软件的不断发展。
这些工具和软件提供了一系列功能，如序列分析、基因表达分析、蛋白质结构预测、功能注释等，帮助研究人员从大量的生物数据中提取有意义的信息。
下面将介绍一些常用的生物大数据分析工具和软件。
1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是最常用的序列比对工具之一，用于比对一条查询序列与已知序列数据库中的序列。
通过比对确定序列之间的相似性，从而推断其功能和结构。
BLAST具有快速、准确、用户友好的特点，适用于DNA、RNA和蛋白质序列的比对。
2. GalaxyGalaxy是一个基于Web的开源平台，提供了许多生物信息学工具和软件的集成。
它提供了一个易于使用的界面，使得用户可以通过拖放操作完成复杂的数据分析流程。
Galaxy支持不同类型的数据分析，包括序列比对、组装、注释、表达分析等。
3. R包R是一个功能强大的统计语言和环境，用于数据分析和可视化。
R包提供了许多用于生物数据分析的扩展功能。
例如，"Bioconductor"是一个R软件包，提供了丰富的生物数据分析方法和工具，包括基因表达分析、序列分析、蛋白质分析等。
4. GATK（Genome Analysis Toolkit）GATK是一个用于基因组数据分析的软件包，主要用于研究DNA变异。
它包含了各种工具和算法，用于SNP检测、基因型调用、变异注释等。
GATK还在处理复杂变异（如复杂多态位点）和群体遗传学分析方面具有独特的优势。
5. CytoscapeCytoscape是一个用于生物网络分析和可视化的开源平台。
它可以用于可视化和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因共表达网络、代谢网络等。
Cytoscape提供了丰富的插件，使得用户可以根据自己的需要进行网络分析和可视化。
6. DAVID（Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery）DAVID是一个用于功能注释和富集分析的在线工具。
生物信息学数据分析的工具与技术研究
生物信息学数据分析的工具与技术研究生物信息学是对生物学数据进行处理和分析的一门科学，随着基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等高通量技术的快速发展，生物信息学在生物学研究中发挥了重要的作用。
为了从海量的生物学数据中获得有用的信息，研究人员使用各种工具和技术进行数据分析。
本文将介绍几种常用的生物信息学数据分析工具与技术。
1. BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比对和识别生物序列相似性的计算工具。
BLAST可以在数据库中搜索与已知序列相似的序列，并给出相似性计算得分。
BLAST被广泛应用于DNA、RNA和蛋白质序列的比对和注释，是生物信息学研究中最重要的工具之一。
2. R语言R语言是一种开源的统计分析软件，被广泛应用于生物信息学数据分析。
R语言提供了丰富的统计分析和数据可视化的函数和包，能够处理各种类型的生物学数据，如基因表达数据、基因组测序数据等。
研究人员可以利用R语言进行数据清洗、预处理、统计分析和结果可视化等工作。
3. PythonPython是一种通用的高级编程语言，也被广泛应用于生物信息学数据分析。
Python生态系统中有许多强大的包和库，如numpy、pandas和matplotlib等，能够快速高效地处理和分析大规模的生物学数据。
Python还提供了丰富的生物信息学工具包，如Biopython和scikit-learn等，用于生物序列分析、结构预测和机器学习等领域。
4. RNA-seq数据分析工具RNA-seq（RNA测序）是一种用于检测和量化转录组的高通量测序技术，对于研究基因表达调控和生物进化等方面具有重要意义。
在RNA-seq数据分析中，常用的工具包括Tophat/Cufflinks、DESeq和edgeR等。
它们能够将原始的RNA测序数据转化为基因表达水平，帮助研究人员发现差异表达基因和通路分析等。
5. GWAS分析工具GWAS（全基因组关联研究）是一种通过比较大量个体基因组中的单核苷酸多态性（SNPs）与表型特征关联性的方法，用于发现与疾病或复杂性状相关的遗传变异。
常用生物软件大汇总(精)
常用生物软件大汇总(精)生物软件是生物信息学领域的重要支撑，在研究生物学的相关问题时，我们可以借助生物软件来辅助我们完成分析、解析数据。
在生物信息学研究中，许多问题都需要使用相应的生物软件来解决。
为此，我们汇总了一些常用的生物软件，从基础的序列分析、序列比对、结构分析到系统进化学等多个方面，供广大生物学者参考。
基础序列分析1. BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health，NIH）开发的一种基于比对的序列搜索程序，可用于比对、搜索和分析生物序列数据库。
可以通过输入一个序列，自动在数据库中快速搜索与之相似的序列。
BLAST广泛应用于基因注释、功能预测、系统进化等领域。
2. Clustal OmegaClustal Omega是一款用于多序列比对的开源软件，它采用了无穷大距离算法和HMM（Hidden Markov Models）对齐技术，能够同时比对多个序列。
该软件具有高效性、准确性、易用性等特点。
序列比对1. MAFFTMAFFT（Multiple Alignment using Fast Fourier Transform）是一款用于序列比对的软件，它为几个序列比对提供一致性方法，具有很高的速度和准确性。
2. MUSCLEMUSCLE（Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation）是一种用于多序列比对的软件，具有高效、快速和准确的特点。
它通常比其他常用比对软件比对效果更好。
序列分析1. BiopythonBiopython是一款广泛使用的开源软件，它提供了一系列功能模块，用于生物学序列分析、序列搜索、序列比对等任务，支持多种文件格式，包括FASTA、GenBank、SwissProt等。
同时，Biopython还支持常用的生物信息学操作，比如生物序列翻译、基因组注释、进化分析等。
生物信息学分析工具使用指南
生物信息学分析工具使用指南生物信息学是一门综合性学科，涵盖了生物学、计算机科学和数学等多个学科领域。
生物信息学的发展为生命科学研究提供了强大的工具和方法，其中生物信息学分析工具是其中最重要的一部分。
本文将介绍常用的生物信息学分析工具，并提供使用指南。
一、序列分析工具1. BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种快速比对局部序列相似性的工具。
它主要用于对基因、蛋白质及其他生物序列进行比对和标定。
使用BLAST，我们可以找到与已知序列相似的未知序列，并推测其功能。
使用提示：将待比对序列输入BLAST程序中，选择合适的数据库进行比对。
根据结果的相似性、E值和比对长度等指标进行评估和选择。
结果的解读需要结合生物学背景知识进行分析。
2. ClustalWClustalW是一种常用的多序列比对软件，可用于比对DNA、RNA和蛋白质序列。
它能够找出多个序列之间的保守区域和差异区域，从而推测序列的结构和功能。
使用提示：将待比对序列输入ClustalW程序中，进行多序列比对。
可以选择不同的参数设置，如输出格式、权重矩阵和树状图构建等。
二、基因表达分析工具1. RNA-SeqRNA-Seq是一种常用的高通量测序技术，用于研究基因的表达。
它通过测量转录本的序列，可以定量、全面地分析基因表达的差异和变化。
使用RNA-Seq，可以发现新的转录本、剪切变异和基因融合等。
使用提示：选择合适的测序平台和实验流程，包括RNA的提取、文库构建和测序。
使用不同的数据分析软件，如Tophat、Cufflinks和DESeq2，可以进行数据质控、比对、转录本定量和差异表达分析。
2. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)GSEA是一种常用的基因集富集分析方法，用于揭示基因组中与特定生物学过程或功能相关的基因集。
使用GSEA，我们可以了解某个基因集在特定条件下的富集情况，从而推断其参与的生物学过程或通路。
常用生物软件大汇总
常用生物软件大汇总生物软件是指由计算机技术应用于生物学研究的软件工具。
随着生物学研究的深入，生物软件层出不穷，涵盖了生物信息学、分子建模、基因组学、蛋白质研究、系统生物学等多个领域。
下面是一份常用生物软件的大汇总。
1.生物信息学软件：-BLAST：用于比对核酸或蛋白质序列的工具，常用于序列相似性分析和序列注释。
- ClustalW：用于多序列比对的软件，可以研究序列间的保守性和变异性。
-MEGA：用于分子进化分析的软件，可以构建进化树和进行序列比对。
-EMBOSS：一个开源的生物信息学软件套件，提供了一系列分析工具，如序列比对、序列注释、基因预测等。
-GROMACS：广泛应用于分子动力学模拟的软件，用于研究蛋白质和其他生物大分子的结构和动力学性质。
2.基因组学软件：- UCSC Genome Browser：用于浏览和分析基因组数据的工具，提供了丰富的基因组注释信息和功能预测。
- Ensembl：一个集成了多个物种基因组数据和功能注释的数据库，针对多物种基因组比对和注释提供了丰富的工具。
- TopHat和Cufflinks：用于RNA-Seq数据分析的工具，可以进行基因表达量估计和剪接变异分析。
- NCBI GenBank和EMBL：两个常用的基因序列数据库，包含了大量基因组和蛋白质序列数据。
3.蛋白质研究软件：-PyMOL：一个用于可视化蛋白质结构的工具，可以进行蛋白质结构的可视化、分析和交互式操作。
- Rosetta：用于蛋白质结构预测和蛋白质折叠研究的软件，可以通过模拟和优化预测蛋白质的三维结构。
- Swiss-model：一个用于模拟蛋白质结构的工具，可以根据已知的蛋白质结构进行模拟和预测。
-PDB：以蛋白质结构为基础的数据库，提供了大量已知的蛋白质结构数据。
4.系统生物学软件：- Cytoscape：用于生物网络分析的工具，可以可视化和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因调控网络等。
-MATLAB和R：两个常用的统计和计算工具，可以用于生物网络建模、模拟和数据分析。
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核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析
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一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统
病毒的传播和重组事件
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NTAP
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DBChIP
用ChIP-seq检测转录因子的差异结合
Dendroscope
一个交互式大型系统发生树查看器
DIME
基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包
DendroPy
一个系统发生计算Python库
DrugViz
一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件
dsrc
FASTQ格式中DNA序列片段的压缩
相应的非文本数据
IGB
整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化
Interpol
一个蛋白质序列预处理R程序包
interPopula
一个访问HapMap计划数据集的Python API
IntervalStats
ChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估
IVEE
用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感
可视化并转变KEGG PATHWAY数据库为各种格式
KGML-ED
KEGG通路图的动态浏览和编辑
LeARN
检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台
limmaGUI
一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面
LogoBar
带有空位的蛋白质logos柱状图可视化
MACS
基于模型的ChIP-Seq峰识别软件
BALL
生物化学算法库
BALLView
用于分子建模研究和教育的一个工具
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分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包
Batch Blast
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批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序
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分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别
BEDTools
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一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件
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一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架
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从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别
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ChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘
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一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式
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基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor间的一个桥梁
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基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从ChIP-Seq
数据中提取转录因子靶点
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BioCoder
一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言
BioJava
Java语言编写的一个生物信息学开源框架
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生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析
（bioconductor）间的强力连接
Biopython
适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具
BioRuby
名称
简介
参考文献
备注
ALINE
一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器
AMDA
用于自动微阵列数据分析的一个R包
AmiGO
访问本体论和注释数据
AnnotationSketch
基因组注释绘图库，基因组特征可视化
Arcadia
代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示
ArchTEx
Conscript
RasMol到PyMOL的脚本转换器
CoXpress
基因表达数据中的差异共表达分析（R包）
Cytoscape ESP
使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物
网络的Cytoscape插件
Cytoscape Web
一个交互式基于网络的网络浏览器
DAnTE
一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具
ClutrFree
聚类树可视化与解释
COBrA
一个生物本体论编辑器
Cobweb
一个网络浏览和可视化Java小程序
ComBat
使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响
coMOTIF
一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架
ContEst
评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染
比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，
GFF格式文件
BEST
结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序
BIGpre
一个下一代测序数据质量评估程序包
BiNGO
一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件
Bio++
用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库
Jetset
挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因
JSBML
一个处理SBML的灵活Java库
jSquid
一个图形化在线网络浏览Java小程序
JViz.Rna
一个RNA二级结构可视化Java工具
KEGGgraph
一种用R和bioconductor绘制KEGG PATHWAY的图形方法
KEGGtranslator
FIMO
扫描一个给定motif的出现
Flapjack
图示的基因型可视化
flowViz
一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor包
FPV
使用Java 3D进行快速蛋白质可视化
FunNet
一个探索转录相互作用的整合工具
FX
一个云端RNA-Seq分析工具
GaggleBridge
协作的数据分析
Gap5
一个用户友好的、带有图形用户界面的基于Java的PDB文件编辑器
PeakRanger
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Phybase
一个使用物种树（species trees）进行系统发生分析的R包
BSMAP
全基因组重亚硫酸盐测序比对程序
BugView
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Caryoscope
在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个
开源Java应用程序
CEAS
顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释
CentiLib
网络中心性的综合分析和探索
EagleView
一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器
EASE
在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释
Easyfig
基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形
EMBOSS
欧洲分子生物学序列分析开放软件套件
EnzymeTracker
一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统