琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物(课堂PPT)

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实验三琼脂糖凝胶电泳ppt课件

实验三琼脂糖凝胶电泳ppt课件
2、将溶解的琼脂糖(约50℃)倒入制胶模具中,直至厚度为4-6 mm,插 入适当的梳子,在室温下冷却凝固。
3、充分凝固后小心垂直向上拔出梳子,以保证点样孔完好。将凝胶置入电 泳槽中,加0.5TBE电泳缓冲液至液面覆盖凝胶1-2 mm。
(二)点样
用微量取液器(P20)吸取质粒DNA样品2 l于点样板小孔中,再加入8 l TE及1 l的载样缓冲液,混匀后,小心加入点样孔,蓝色样品混合物将沉 入点样孔下部。同时点5 l MarkerⅢ作为分子量标准。
5、必须保证琼脂糖充分完全熔解,否则,会造成电泳图像模糊不清。 6、电泳槽中缓冲液使用次数过多,缓冲能力下降。特别是TAE缓冲液,
一般用2-3次就要更换,TBE缓冲液则可使用10次左右。 7、为了节约成本,没有跑过DNA的凝胶部分可切下来重复利用,但反复
熔化会降低分辨效率,建议时向哪一极移动? 2、什么是迁移率?影响迁移率的因素有哪些?什么是分辨率?
分辨率与凝胶浓度的关系? 3、DNA荧光染料的发光原理? 4、质粒DNA存在哪些构型?其迁移率有何差异? 5、loading buffer成分是什么?各成分有何作用?
注意:如何判断单酶切是否完全? 如何判断双酶切是否完全?
质粒DNA三种构型:环状超螺旋、开环和线性。 质粒电泳三条带:超螺旋、开环和复制中间体(即2个没有复制完全的质粒 连在了一起)。 同一种酶切后电泳谱带的规律:从高分子量到低分子量条带亮度逐渐减弱 由于DNA Marker与酶切产物所含成分不同,因此迁移率不一定相同!
不同波长的紫外光
短波紫外光:254nm 中波紫外光:302nm 长波紫外光:365nm
1、为什么分光光度计测定的浓度很高,但电泳检测浓度却很低?
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琼脂糖凝胶电泳原理 PPT

琼脂糖凝胶电泳原理 PPT

琼脂糖凝胶电泳结果分析及其应用
凝胶准备
胶床准备
铺胶
静置
胶床置于电泳槽中 加电泳缓冲液 拔梳子 上样
电泳 取出凝胶 拍照
琼脂糖凝胶电泳结果分析及其应用
琼脂糖凝胶电泳结果分析
结果初步分析 数量分析:条带的宽度,
荧光的亮度。 质量分析:纯度
分子量
影响因素: DNA分子的大小:实验证明,DNA片段迁移距离与其 分子量的对数成反比; 琼脂糖的浓度:一定大小的DNA片段在不同浓度的琼 脂凝胶中,电泳迁移率不相同; DNA分子的构型:不同构型的DNA在琼脂糖凝胶中的 电泳速度差别较大
⑵可提取大分子DNA 利用琼脂糖凝胶制成凝胶块提取基因组DNA能够获得足够大 胶上进行的电泳检测。
3、琼脂糖在其他方面的应用 ⑴ 、琼脂糖在免疫扩散法中的应用。 ⑵ 琼脂糖在双链DNA探针的合成方法中的作用琼脂糖凝胶电泳ຫໍສະໝຸດ 果分析及其应用口腔1402
琼脂糖凝胶电泳结果分析及其应用
琼脂糖凝胶电泳是常用的用于分离、鉴定DNA、 RNA分子混合物的方法,主要是应用琼脂糖凝胶 作为支持物的电泳法,借助琼脂糖凝胶的分子筛 作用,核酸片段因其分子量或者分子形状的不同, 电泳速度有差异而分离,利用DNA、RNA分子在 泳动时的电荷效应和分子筛效应,达到分离混合 物的目的。 与其他支持物电泳最主要区别是:它兼有“分子 筛”和“电泳”的双重作用。
大家有疑问的,可以询问和交流
可以互相讨论下,但要小声点
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琼脂糖凝胶电泳结果分析及其应用
1、DNA的制备. ⑴ 适合分离大片段DNA. 琼脂糖凝胶约可区分相差100bp的DNA片段,其分辨率虽比聚 丙烯酰胺凝胶低,但它制备容易,分离范围广,尤其适于分离大 片段DNA.普通琼脂糖凝胶分离DNA的范围为0.2-20kb,利用 脉冲电泳,可分离高达10^7bp的DNA片段.

琼脂糖凝胶电泳 ppt课件

琼脂糖凝胶电泳  ppt课件
• 有热可逆性
• 机械强度差,易破碎,浓度 不能太低。
• 易被细菌污染,不易保存, 临用前配制。
• 琼脂糖支持层上的区带易于 扩散,电泳后必须立即固定 染色。
• 与PAGE相比,分子筛作用小, 区带少。
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琼脂糖凝胶的配置
1. 根据电泳需要,配置合适浓度的电泳及制胶 缓冲液。一般为 1× TAE或0.5×TBE。
注意:用于电泳的缓冲液和用于制胶的缓冲液必须是相 同的。
2. 根据制胶量及凝胶浓度,在加有一定量的电 泳缓冲液的三角锥瓶中,加入准确称量的琼脂 糖粉。
注意:总液体量不宜超过三角锥瓶的50%容量。
3. 在微波炉中加热溶解琼脂糖
注意:必须保证琼脂糖充分完全溶解,否则,会造成电 泳图像模糊不清。加热时如胶液剧烈沸腾发泡,停止加 热。微波炉中加热时间不宜过长。
2) 分子大小相近的DNA带不 增加电泳时间,核准正确的凝胶
易分辨
浓度
DNA带缺失 3) DNA 变性
电泳前请勿高温加热DNA链,以 20mM NaCl Buffer稀释DNA
4) DNA链巨大,常规凝胶电泳 在脉冲凝胶电泳上分析 不合适
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注意:不要产生气泡,溶液温度太高(>60℃),会使得水 分过分蒸发,改变凝胶离子浓度,影响电泳效果。
6. 在室温下使胶凝固(大约30 分钟),然后放置 于电泳槽中进行电泳。
注意: 凝胶不立即使用时,用保鲜膜将凝胶包好在4℃ 下保存,或者放在制胶的缓冲液中,一般可保存2~5 天。
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琼脂糖凝胶缓冲液
电泳前于65℃加热DNA 5分钟,然后 在冰上冷却5分钟
不规则DNA带迁移 2) 电泳条件不合适
电泳电压不超过20V/cm;温度<30℃; 经常更换电泳缓冲液

实验琼脂糖凝胶电泳的原理与方法 PPT

实验琼脂糖凝胶电泳的原理与方法 PPT

六、血浆脂蛋白琼脂糖凝胶电泳
按电泳法分:
按超速离心法分:
乳糜微粒(CM)
乳糜微粒CM ( < 0、96 )
-脂蛋白 (-位) 极低密度脂蛋白VLDL(0、961、006)
前-脂蛋白(2-位) 低密度脂蛋白LDL (1、0191、063) -脂蛋白 (1-位) 高密度脂蛋白HDL(1、0631、21)
进行印迹转移电泳时,要注意缓冲液得离子强度要低,pH要远 离pI,使蛋白质带有较多电荷,一般用稳定性较好得Tris-缓冲体 系。还要注意凝胶与支持膜之间不能有气泡。适当提高电压或 电流可以提高转移速度,但亦会增加热效应,故电压或电流不可过 高。
五、交变脉冲电场凝胶电泳
一般琼脂糖凝胶电泳只能分离小于20kb得DNA。 这就是因为在琼脂糖凝胶中,DNA分子得有效直径超 过凝胶孔径时,在电场作用下,迫使DNA变形挤过筛孔, 而沿着泳动方向伸直,因而分子大小对迁移率影响不 大。如此时改变电场方向,则DNA分子必须改变其构 象,沿新得泳动方向伸直,而转向时间与DNA分子大小 关系极为密切。
D-半乳糖
3,6-脱水-L-半乳糖
琼脂糖链依分子内与分子间氢键及其它力得作 用使其互相盘绕形成绳状琼脂糖束,构成大网孔型凝 胶。
冷却
松散,随机地,盘绕地琼脂糖链
双螺旋结构区域与线性链相链接
淬火
溶胶状态
初级胶
最终得凝胶结构
琼脂糖为电泳支持物进行平板电泳,其优点如下: (1)琼脂糖凝胶电泳操作简单,电泳速度快,样品不需事
按支持物得装置形式不同,区带电泳可为: ➢平板式电泳,支持物水平放置,就是最常用得 电泳方式; ➢垂直板式电泳,聚丙烯酰胺凝胶常做成垂直 板式电泳; ➢垂直柱式电泳,聚丙烯酰胺凝胶盘状电泳即 属于此类; ➢连续液动电泳,首先应用于纸电泳,将滤纸垂 直竖立,两边各放一电极,溶液自顶端向下流, 与电泳方向垂直。

DNA的琼脂糖凝胶电泳资料ppt课件

DNA的琼脂糖凝胶电泳资料ppt课件
2)琼脂糖呈透明状,无紫外吸收,电泳后的样品可直 接用紫外检测;电泳后区带易染色,样品易洗脱,便 于定量测定。
3)操作简单,电泳速度快,样品不需事先处理就可进 行电泳。
琼脂糖凝胶电泳的应用
用于分子量较大的样品,如大分子核酸、病毒等的电泳分 离。现广泛应用于核酸的研究中。
按相对分子质量大小分离DNA 的凝胶电泳技术,是分析 鉴定基因工程重组DNA 分子的重要实验手段。
是现在通用的许多分子生物学研究方法,如DNA核苷酸 序列分析、限制性内切酶片段分析等的技术基础,受到科 学界的高度重视。
二、试剂与器材
电泳仪
缓冲液 琼脂糖
凝胶槽
梳子
电泳槽
溴酚蓝
取液器
试剂
1、Tris-硼酸-EDTA缓冲液(TBE缓冲液),pH8.3:称取 10.78gTris,5.50g硼酸,0.93g EDTA-Na2溶于去离子水, 定容至1000mL。
图像的实时观测
三、操作方法
1、琼脂糖凝胶液的制备:称1g 琼脂糖,置于三角烧 瓶中,加入100mL TBE缓冲液,瓶口扣上一小烧杯, 加热至微沸,琼脂全部融化。取出摇匀,即为1%琼脂 糖。
注意 要完全融化混匀
2、凝胶板的制备
置水平板于工作台面上,将样品槽模板(梳子)插进水
平板上凹槽内,距一端约0.5cm。梳子底边与水平板表
四、实验结果
打印凝胶电泳图,贴于实验报告上,并对实 验结果进行讨论,分析所测未知DNA的大小。
五、课后研讨题
1、总结本实验操作的关键环节和注意事项。 2、实验所用DNA染料EB具有潜在的致癌性,查阅
资料,查找可替代EB的染料并说明优缺点。 3、查阅资料,举例说明DNA琼脂糖凝胶电泳的应
用和发展。

琼脂糖凝胶电泳试验课件

琼脂糖凝胶电泳试验课件
0.3 0.7 0.9 1.2 1.5 2.0 5~60 ( kb) 0.8~10 0.5~7 0.4~6 0.2~4 0.1~3 100~2000 ( bp) 80~500 60~400 40~200 25~150 6~100
PAG
3.5 5.0 8.0 12.0 15.0 20.0
不同(空间) 不同(空间)类型核酸的凝胶电泳:
缓冲液的组成和离子强度直接影响迁移率。 传统最常用的是TAE,但其缓冲能力很低,长时间电泳需要正、负电极贮液槽之间 进行缓冲液循环,并经常更新TAE。
缓冲液的离子强度 离子强度与样品泳动速度成反比,电泳的最适离子强度一般 离子强度 在0.02~0.2之间。在高速离子强度下(如误加10×电泳缓冲液),溶液导 电性极高并明显产热,可能引起凝胶熔解及DNA变性。 缓冲液的pH值影响DNA迁移率,溶液的pH值远离样品等电点时,样 值 品荷电量越多,泳动越快,核酸电泳液常用偏碱性或中性条件,使核酸带 负电荷,向正极泳动。 在进行电泳时,荧光染料EB可插入到碱基中,从而增加线状和开环 DNA的长度,使其刚性更强,并会使线状DNA的迁移率降15%,另外温 度和碱基堆积也会影响DNA的迁移率。
2)凝胶孔径大小 )
琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶(polyacrylamide gel, PAG)是核酸凝胶电 泳常使用的支持材料,通过两种支持介质的浓度变化调整所形成凝胶的 分子筛网孔大小,能分离不同分子量的核酸片段。
凝胶
琼脂糖
胶浓度( ) 线状DNA分子的有效分 胶浓度(%) 线状 分子的有效分 离范围
三、实验原理
概言之:DNA分子带负电荷,在电场中受到电荷效应、分子筛效应向
正极移动过程中,因DNA分子的大小及构象差别而呈现迁移位置上的差异, 对于线形DNA分子,其电场中的迁移率与其分子量的对数值成反比,电泳 时加溴化乙锭,其与DNA结合形成一种荧光络合物,在254~365nm紫外照射 下可产生桔红色的荧光,可用于检测DNA。(此法可观察到凝胶中2ng左右 的DNA)。琼脂糖可制成不同孔径的凝胶,分离DNA的范围广,约 200bp~50kb。
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注意事项:
❖ EB是致癌物质,切勿用手接触,更不要污染 环境。
❖ 实验过程中操作要保持安静、镇定,注意样 品不能污染。
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实验仪器、材料与试剂
(一) 仪器 ❖ 1. 水平式凝胶电泳槽 ❖ 2. 稳压电泳仪 ❖ 3. 电炉 ❖ 4. 紫外检测仪 ❖ 5. 台式离心机
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(二) 材料 ❖ 实验一中的PCR产物
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❖ 琼脂糖是一种线性多糖聚合物。 ❖ 浓度越高,孔隙越小,其分辨能力就越强。
琼脂糖浓度(%)
0.3 0.6 0.7 0.9 1.2 1.5 12.0
线型DNA分子的分离范围 (Kb)
5~60
1~20
0.8~10
0.5~7
0.9~6
0.2~3
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0.1~2
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➢ DNA分子在琼脂糖凝胶中泳动时,有电荷效应与分 子筛效应。不同的DNA,分子量大小及构型不同, 电泳时的泳动率就不同,从而分出不同的区带。
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❖ 此外在琼脂糖凝胶电泳中其它注意事项还有:
❖ 1.)凝胶中加入EB进行电泳,便于紫外线下观 察电泳状态,但EB会导致线形DNA迁移率下降。
❖ 2.)电泳过程中,溴化乙锭向负极移动,与 DNA泳动的方向相反,较长时间的电泳会造成 靠正极方向的凝胶中溴化乙锭含量低,会对含 量较少的小分子DNA片段检测困难。处理方法 是:将凝胶在0.5ug/ml的EB溶液中染色30-45 分钟。
❖ 3.)判断正负极的另一方法是负极气泡(H2) 比正极气泡(O2)多一倍。
电泳指示剂溴酚兰在碱性液体中呈紫兰色,一 般与蔗糖、甘油或聚蔗糖400组成上样缓冲液。
作用: ①增加样品比重,以确保DNA均匀沉入加样孔内。 ②形成肉眼可见的指示带,预测核酸电泳的速度和位置。 ③使样品呈色,使加样操作更方便。
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实验步骤:琼脂糖凝胶制备
❖ 1. 洗净电泳槽、制胶槽、梳子、挡板,晾干。
❖ 琼脂糖凝胶电泳是基因工程操作中常规的实 验方法,它能检测少量的DNA(如用肉眼观 察,可检测到10 ng的DNA),且检测的范围 很广。
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➢ 琼脂糖是一种天然聚合长链状分子,沸水中溶解, 45℃ 开始形成多孔性刚性滤孔,凝胶孔径的大小决 定于琼脂糖的浓度。
➢ DNA分子在碱性环境中带负电荷,在加电场作用 下向正极泳动。DNA分子的迁移速度与相对分子质 量的对数成反比。
➢ 琼脂糖凝胶电泳法分离DNA,是利用分子筛效应, 迁移速度与分子量的对数值成反比关系,可依据 DNA分子的大小使其分离。该过程可以通过把分子 量标准参照物和样品一起进行电泳而得到检测。
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❖ 溴化乙锭在紫外光照射下能发射荧光,当 DNA样品在琼脂糖凝胶中从负极向正极泳动 时,溴化乙锭从正极向负极移动,这样溴化 乙锭分子就会嵌入DNA分子中形成络合物, 使DNA在紫外光下发射很强的荧光。在溴化 乙锭足够的情况下,荧光的强度正比于DNA 的含量,这样就可以检测DNA的浓度。
❖ 2. 插好挡板、梳子。
❖ 3. 根据实验所需称取0.4克琼脂糖,放入制胶 的容器中(一般用三角瓶),然后加入40ml 电泳缓冲液(1×TAE)。
❖ 4. 加热煮沸,使琼脂糖完全溶解。
❖ 5. 溶液冷至约60℃时,加入溴化乙锭4 μL (终 浓度为0.5 g/ml),轻轻摇匀,倒入制胶槽上, 检查有无气泡。
❖ 9.用移液器吸起离心管中溶液,移入凝胶的梳
孔中。
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❖ 10.插上导线,打开电泳仪电源,按照需要调节 电压至120V,电泳开始,观察电流情况或电泳 槽中负极的铂金丝是否有气泡出现。
❖ 11. 等溴酚蓝泳动至凝胶前沿后,将电压(或电 流)回零,关闭电源,停止电泳。
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❖ 6. 室温下约30-45分钟后,琼脂糖溶液完全凝 固,小心垂直拔出梳子和挡板,清除碎胶,将 凝胶放入电泳槽中。
❖ 7. 加入电泳缓冲液(1×TAE)至电泳槽中, 使液面高于胶面约1mm。
❖ 8.在DNA样品中加入2 μL (1/10体积)的10× DNA上样缓冲液(loading buffer),混匀,稍甩 一下,使溶液都处于离心管底。
❖ 12. 取出凝胶,在紫外观测仪上观察电泳结果。
❖ 13.. 根据需要切下DNA条带,放入1.5ml Ep管中, 放于4℃保存,以备下实验用。
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PCR产物的 琼脂糖凝胶电泳
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使用3 mg的DNA Marker DL 2,000(500 ng/条带)进行1% 的琼脂糖凝胶电泳后,各DNA条带自上至下分别为2kb,1Kb, 750bp,500bp,250bp,100bp。
溴化乙锭(EB)
是一种荧光染料,EB分子可嵌入核酸双链的碱基对之间, 在紫外线激发下,发出红色荧光。其荧光强度与DNA的含 量成正比。据此可粗略估计样品DNA浓度。 琼脂糖凝胶EB染色,肉眼可见核酸电泳带,其DNA量一般 >5ng。
注意事项:
EB是致癌物质,切勿用手接触,更不要污染环境。
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上样缓冲液
实验二 琼脂糖凝 胶电泳检测PCR产物
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1. 实验目的 2. 实验原理 3. 实验仪器、材料与试剂 4. 实验步骤 5. 实验结果及讨论
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实验目的
❖ 了解琼脂糖凝胶电泳的原理 ❖ 掌握琼脂糖凝胶的制作及进行电泳的方法
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实验原理
❖ 凝胶电泳是分离和纯化DNA片段最常用的技 术。根据制备凝胶的材料,分为琼脂糖电泳 和聚丙烯酰胺电泳。
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(三) 试剂
❖ 1.琼脂糖
❖ 2. TAE电泳缓冲液(50×) (pH8.0)
Tris 242g
冰醋酸 57.1ml
0.5mol/L EDTA(pH8.0) 100ml
❖ 3. 溴化乙锭溶液 10mg/ml水溶液,室温,棕色 瓶或铝铂纸包装保存。
❖ 4. 10×DNA样品上样缓冲液
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核酸染色剂
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关于琼脂糖凝胶电泳的实验技巧和方法 几点注意事项:
❖ 1.)加样时枪头不要碰坏凝胶壁,否则DNA的带 型将不会整齐,加样前要用枪头吸打凝胶孔中的 溶液,以赶走样品空中的气泡。
❖ 2.)每孔最大DNA上样量决定于DNA样品片段的 大小、数目及样品孔形状与容量。
❖ 3.)应注意每孔最大上样容量及样品孔体积,以 免加样时样品流入附近样品孔造成交叉污染,影 响结果分析。
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