Gaussian 软件安装方法整理成功版

Gaussian 软件安装方法整理成功版

2011-05-10 15:06:37| 分类：Gaussian | 标签：gaussian install |字号订阅

GAUSSIAN 09

1. Obtain Gaussian 09

Gaussian 09 is a commercial software product and must be purchased from Gaussian, Inc. Both source code and pre-compiled binary versions of Gaussian 09 are available.

2. Setup gaussian group and add authorized users to this group

$ su

# cd /etc

# cp -p group group.bak

# cp -p gshadow gshadow.bak

# grep 499 group

# groupadd -g 499 gaussian

# usermod -a -G gaussian webmo

# usermod -a -G gaussian smith

# usermod -a -G gaussian jones

3. Copy binary distribution from CD-ROM

# mount /mnt/cdrom

# cd /usr/local

# cp -p /mnt/cdom/tar/*.TGZ .

# umount /mnt/cdrom

4. Extract files

# tar xzvf *.TGZ

# chown -R :gaussian g09

# exit

5. setup the envirmental parameters for G09 in /etc/bashrc file

vi /etc/bashrc file

## Gaussian 09 setup

export g09root=/usr/local

export GAUSS_SCRDIR=/usr/local/g09/scratch

export GAUSS_EXEDIR=/usr/local/g09

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/g09

export PATH=/usr/local/g09:$PATH

source $g09root/g09/bsd/g09.profile

6. Setup the properties for some important files:

chmod -R 710 ./g09

chmod -R 777 ./g09/scratch/

chmod -R 755 ./g09/bsd/g09.profile

$ source /etc/bashrc

7. Run a test job from the command line

$ cd ~

$ mkdir g09

$ cd g09

$ cp -p /usr/local/g09/tests/com/

$ cp -p /usr/local/g09/tests/ia64/test001.log test001.log.ia64

$ g09 < > test001.log.linux

$ tail test001.log.ia64

$ tail test001.log.linux

8. 安装完高斯gaussian运行后的错误提示及可能的解决方法

8.1.出现“cannot execute binary file”的错误提示

很有可能安装的高斯版本与当前linux系统的位数不符合，比如64位的高斯装在32位系统上就会出这样的错误提示。也有可能是安装文件错误或操作系统缺少某些库。

查看当前redhat Linux版本是32位还是64位的命令：

用getconf LONG_BIT，而非getconf WORD_BIT。32位模型下，一般是ILP32，即int，long，pointer都是32位长；64位模型下，一般是LP64，即long，pointer是64位，而int可能还是32位，也可能是64。

此外，也可以使用命令“uname -a”或“uname -m”，若结果里有i386或者i686则表示当前Linux系统是是32位的，若结果中有x86_64则表示是64位的。

8.2.“Probably out of disk space”错误提示

具体为：

Erroneous write during file extend. write 448 instead of 4096

Probably out of disk space.

Write error in NtrExt1: No such file or director

有可能是GAUSS_SCRDIR部分对应的临时文件夹的权限有问题，用chmod 777 -R foldername 命令可以解决权限为题。另外，如果是Red Hat 的话，在root权限下输入以下语句或者在/etc/rc.local文件末尾加入：

echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space

8.3.no such file or directory

安装完毕运行g03时出现了“bash:./userid/g03/g03/bsd/g03.profile:no such file or directriy”或者“g03 :commands is not found”的错误提示，有可能是没有正确设置Gaussian的路径。对照着重新设置，最后再重新source一下bash或csh文件。

另外，我还遭遇过这种情况：无法在/tmp/文件里创建文件，原因是不知什么时候被我把/tmp/userid/这个目录删除了。这是只要在/tmp/下新建一个具有读写删除权限的名为userid的目录即可解决问题。注意，这里userid泛指当前登录计算机的用户名。