生物信息学检索系统PPT课件
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搜索 ▪ 序列分子量搜索 ▪ 区域搜索 ▪ 通配符搜索
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2. SRS
▪ SRS（Sequence Retrieval System） 是EMBL研制的一个基于WEB的查询系 统,是目前生物信息界应用最为广泛的数 据库系统。
▪ SRS在中国的镜像站点建立在北京大学 生物信息中心。
14
15
16
SRS与ENTREZ的区别
布林逻辑运算 结果信息量 查询速度
NCBI AND,OR,BUT 小
快
SRS &, I, !
大
慢
17
18
19
20
21
22
学习总结
经常不断地学习,你就什么都知道。你知道得越多,你就越有力量 Study Constantly, And You Will Know Everything. The More
三、数据库检索工具简介
▪ Entrez ▪ SRS
1
1、Entrez
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi
Entrez的特点
▪ 链接的数据库多 ▪ 使用方便 ▪ 实际匹配、相近匹配、查询结果按匹配
程度排列
2wenku.baidu.com
Entrez集成的各种数据库
核酸序列 蛋白质序列 生物大分子结构 基因组数据 生物分类数据库 孟德尔人类遗传学数据（OMIM） Pubmed
3
Entrez
4
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/
5
Entrez的查询方式
➢快速查询 ➢限定查询 ➢其他查询方式
批处理查询 交叉引用的信息查询 E－mail查询
6
Entrez基本查询功能
▪ 主题词（Subject）搜索 ▪ 短语（phrase）搜索 ▪ 文献作者（Authous）搜索 ▪ 序列独特识别信息（Unique Identifiers）
You Know, The More Powerful You Will Be
23
结束语
当你尽了自己的最大努力时，失败也是伟大的， 所以不要放弃，坚持就是正确的。
When You Do Your Best, Failure Is Great, So Don'T Give Up, Stick To The End 演讲人：XXXXXX 时 间：XX年XX月XX日
24
13
▪ SRS采用全菜单驱动方式
• 包括EMBL、EMBL_NEW、SwissProt、 PIR等一级数据库
• 还包括许多二级数据库 如蛋白质家族和结构域数据库Prosite、限 制酶数据库ReBase、PDB序列子集数据库 NRL_3D、真核基因启动子数据库EPD、 E.coli 数据库ECD、酶名称和反应数据库 ENZYME、生物计算文献数据库 SEQANALREF等，还有与功能、疾病相关 的数据库，总共有80个数据库。
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2. SRS
▪ SRS（Sequence Retrieval System） 是EMBL研制的一个基于WEB的查询系 统,是目前生物信息界应用最为广泛的数 据库系统。
▪ SRS在中国的镜像站点建立在北京大学 生物信息中心。
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SRS与ENTREZ的区别
布林逻辑运算 结果信息量 查询速度
NCBI AND,OR,BUT 小
快
SRS &, I, !
大
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学习总结
经常不断地学习,你就什么都知道。你知道得越多,你就越有力量 Study Constantly, And You Will Know Everything. The More
三、数据库检索工具简介
▪ Entrez ▪ SRS
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1、Entrez
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi
Entrez的特点
▪ 链接的数据库多 ▪ 使用方便 ▪ 实际匹配、相近匹配、查询结果按匹配
程度排列
2wenku.baidu.com
Entrez集成的各种数据库
核酸序列 蛋白质序列 生物大分子结构 基因组数据 生物分类数据库 孟德尔人类遗传学数据（OMIM） Pubmed
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Entrez
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/
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Entrez的查询方式
➢快速查询 ➢限定查询 ➢其他查询方式
批处理查询 交叉引用的信息查询 E－mail查询
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Entrez基本查询功能
▪ 主题词（Subject）搜索 ▪ 短语（phrase）搜索 ▪ 文献作者（Authous）搜索 ▪ 序列独特识别信息（Unique Identifiers）
You Know, The More Powerful You Will Be
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结束语
当你尽了自己的最大努力时，失败也是伟大的， 所以不要放弃，坚持就是正确的。
When You Do Your Best, Failure Is Great, So Don'T Give Up, Stick To The End 演讲人：XXXXXX 时 间：XX年XX月XX日
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▪ SRS采用全菜单驱动方式
• 包括EMBL、EMBL_NEW、SwissProt、 PIR等一级数据库
• 还包括许多二级数据库 如蛋白质家族和结构域数据库Prosite、限 制酶数据库ReBase、PDB序列子集数据库 NRL_3D、真核基因启动子数据库EPD、 E.coli 数据库ECD、酶名称和反应数据库 ENZYME、生物计算文献数据库 SEQANALREF等，还有与功能、疾病相关 的数据库，总共有80个数据库。