生物信息学基本分析

核酸序列的基本分析

运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对基因做酶切谱分析。

碱基同源性分析

运用NCBI信息库的BLAST程序对基因进行碱基同源性分析(Translated query vs.protien database(blastx))网站如下：/BLAST/

参数选择：Translated query-protein database [blastx]；nr;stander1

开放性阅读框（ORF）分析

利用NCBI的ORF Finder程序对基因做开放性阅读框分析，网址如下：

/projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：Genetic Codes：1 Standard 对蛋白质序列的结构功能域分析

运用简单模块构架搜索工具（Simple Modular Architecture Research Tool,SMART）对基因的ORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。该数据库由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。

网址如下：http://smart.embl-heidelberg.de/ 运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析

参数选择：Search Database：CDD v2.07－11937PSSM

Expect：0.01

Filter：Low complexity

Search mode：multiple hits 1－pass

同源物种分析

用DNAMAN软件将蛋白质序列相关基因序列比对，根据结果绘出系统进化树，并进行分析。

蛋白质一级序列的基本分析

运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对基因ORF翻译的蛋白的一些基本性质，对分子量、等电点、氨基酸组成等作出分析。

二级结构和功能分析

信号肽预测

利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器蛋白质序列的信号肽（signal peptide）预测，进入Prediction Serves 页面。

网址如下：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

参数选择：

Eukaryotes；Both；GIF (inline)；Standard；

疏水性分析

利用瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics，SIB）的ExPASy服务器上的ProtScale程序对ORF 翻译后的氨基酸序列做疏水性分析

网址如下：

/cgi-bin/protscale.pl

参数选择：

Hphob. / Kyte & Doolittle

蛋白质溶解能力和PROSITE motif search 的分析

利用美国哥伦比亚大学（Columbia University）的PredictProtein服务器（PHD）对ORF 翻译后的氨基酸序列通过发邮件的方式获得蛋白质溶解能力和PROSITE motif search 分析的结果。

网址如下：

/pp/submit_def.html

磷酸化位点分析

磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的NetPhos2.0 Server程序做磷酸化位点分析。NetPhos2.0 Server程序是基于神经网络算法，对蛋白序列中的Ser、Thr和Tys三种氨基酸残基可能成为的磷酸化位点作出预测，网址如下：

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/

跨膜区分析

蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的TMHMM Server v. 2.0程序进行蛋白序列跨膜区分析。

网址如下：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

参数选择：

Extensive with graphics

亚细胞定位

通过WoLF PSORT工具基于其氨基酸序列预测蛋白质亚细胞定位点

网址如下：

http://wolfpsort.seq.cbrc.jp/

参数选择：

Fungi；From Text Area

二硫键分析

运用scratch protein Predictor 对蛋白质的二硫键做出分析。

网址如下：

/~baldig/scratch/index.html

参数选择：

Dlpro(Disulfide Bonds)

二级结构预测

运用PBIL LYON-GERLAND信息库对蛋白质序列进行二级结构预测（Secondary structure prediction），主要用Hopfield神经网络（HNN）预测。

网址如下：

http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin ... /NPSA/npsa_hnn.html

/bbs/viewthread.php?tid=1023556