数量遗传学软件使用总结

植物数量遗传软件总结

Mapmaker，JoinMap，WinQTLCart，PowerMarker，TASSEL，Structure

刘兵

1.分别利用Mapmaker和JoinMap软件对数据marker and trait data.xls（F2群体，300个个体，29个分子标记，1个数量性状，标记编码中0、1和2分别表示aa、Aa和AA基因型）进行分析，构建分子标记连锁图。（要求：列出主要的步骤和结果，并对结果进行说明；提交转换后的电子版数据文件，即Mapmaker的raw格式数据文件和JoinMap的loc格式数据文件）（30分）

解答：Mapmaker的主要操作步骤：

（1）、之前准备一个 .PRE格式文件，见附件。

（2）、准备文件f.RAW，导入数据文件，pd f 。

（3）、s all

（4）、assign

（5）、list chrom

（6）、看是否还有标记没有定位到染色体上的，假如有，用指令s unassigned和list status，假如没有，用 links指令。（7）、s chrom1

（8）、three point

（9）、order

（10）、s order1

（11）、map

（12）、error detection on

（13）、map

（14）、error detection off

（15）、framework chrom1

（16）、place

（17）、draw chromosome

（18）、s chrom2

（19）、重复步骤（8）到步骤（17）。

（20）、s chrom3

（21）、重复步骤（8）到步骤（17）。

（22）、quit

Mapmaker所得结果：

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chrom1 framework:

Markers Distance

10 M10 18.2 cM

25 M25 4.6 cM

29 M29 5.7 cM

21 M21 1.5 cM

1 M01 13.0 cM

28 M28 6.8 cM

13 M13 10.2 cM

5 M05 ----------

67.5 cM 9 markers log-likelihood= -621.10

结果分析：可以看出标记M10、M25、M29、M21、M01、M28、M13、M12、M05位于同一个连锁群上，并以此顺序排列在染色体上，标记之间的距离如上所示，总长度为67.5cM，似然值为-621.10。

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chrom2 framework:

Markers Distance

15 M15 11.9 cM

22 M22 5.1 cM

11 M11 6.6 cM

2 M02 15.0 cM

14 M14 8.6 cM

4 M04 9.8 cM

7 M07 14.9 cM

26 M26 16.2 cM

9 M09 ----------

88.1 cM 9 markers log-likelihood= -730.79

结果分析：可以看出标记M15、M22、M11、M02、M14、M04、M07、M26、M09位于同一个连锁群上，并以此顺序排列在染色体上，标记之间的距离如上所示，总长度为88.1cM，似然值为-730.79。

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chrom3 framework:

Markers Distance

20 M20 6.4 cM

18 M18 11.5 cM

16 M16 10.3 cM

23 M23 15.5 cM

3 M03 10.1 cM

6 M06 10.5 cM

19 M19 5.3 cM

27 M27 12.8 cM

24 M24 6.7 cM

17 M17 18.0 cM

8 M08 ----------

107.3 cM 11 markers log-likelihood= -870.23

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结果分析：可以看出标记M20、M18、M16、M23、M03、M06、M19、M27、M24、M17、M08位于同一个连锁群上，并以此顺序排列在染色体上，标记之间的距离如上所示，总长度为107.3cM，似然值为-870.23。

JoinMap的主要操作步骤：

（1）、New project

（2）、Dataset | Create new dataset，检查数据是否正确的步骤，Highlight errors，假如检查无误，创建一个f.loc数据文件，Create population node，见附件。（注意：在这里可以对Calculate options 进行设置）

选择Calculate options，参数设置为：Parameter to use:independence LOD,Mapping algorithm:Regression mapping和ML mapping,在Regression mapping选卡中，选择Mapping function:Kosambi,s。

（3）、根据数据的格式，可以选择Edit|transpose进行转置。