中科大 Materials Studio 培训教程9(包你学会!)请将这一系列全看完,一定有收获。
中科大MaterialsStudio培训教学课件
Sketch Atom 按钮 可以画任意元素的原子,默认画碳原子。下面要将双碳 原子侧链接到环上。
在绘图工具栏(Sketch toolbar) 上单击Sketch Atom 按钮 ,松开,然后鼠 标移动到环的3D文档中,这时鼠标看起来象一只“铅笔”。将“铅笔”移到环的一 个碳原子上,这个碳原子变蓝。左键单击此碳原子,将键连接到该原子上。移动“ 铅笔”并在3D的合适位置单击左键,设置另一个碳原子。键自动加在此碳原子与环 之间。将“铅笔”移到另一位置,双击左键,又画出一个碳原子。这样就作出了连 到碳环上的一个双碳原子链。
选择相应的对象单击
* 在TON 结构上单击选中的原子此原子颜色改变,说明被选中
* 单击一个键此键的颜色改变,说明被选中
键被
选中
原子被选中
* 按住鼠标左键沿斜线托拽,可以选择一定区域内的所有对象,包括原子和键
此区域的 原子和键 都被选中
* 在结构中的某个原子或键上双击鼠标可以选择整个结构 * 在3D Viewer 上无TON 结构的地方单击或双击鼠标则取消对象的选择。 * 需要将结构保存为project的一部分时,单击3D Viewer 的 ,再按 Yes 按钮。 * File / Save Project ,Windows / Close All
To monitor and adjust distances
下面建造苯甲酰胺结构:
1. 生成新的3D文档 在菜单上选择File / New并且选择3D Atomistic 后单击OK此时文件名称出现在左
侧的Project Explorer 中,名称为3D Atomistic.xsd,在其上单击鼠标右键,选择 Rename ,将名称改为my-benzamide。
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None
PPT文档演模板
Dashed line
Line
Stick
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Lighting
在TON.xsd 的 3D Viewer 上单 击右键,选择 Lighting 选项,该选 项将指定加光情况。在此选项卡内 可以设定三个光源,并改变光源的 照射位置(照射位置用箭头显示)。
msi ?
PPT文档演模板
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2.调整显示方式 在 3D Viewer 上按右键,出右键菜单,选 Display Style ,Display Style 对话
框中的各选项的意义如下:
Atom 栏: Display Style: Line:线状模型。 Stick:棍状模型。 Ball and stick:球棍模型。 CPK:球堆砌模型。 Polyhedron:多面体堆积模型(晶体)。
Materials Studio 使用了多种类型的文件,如3D Atomistic and Mesoscale、 text、chart、 HTML、 study table、grid、script、 和 forcefield documents。在 后面进行计算时,这些文件将逐个显示在projects中,反映了计算的过程。 现在 的教学中, 主要出现的是 3D Atomistic 类型的文件。
3. 改变3D结构的视图
可以使用3D Viewer 工具栏上的工具来改变3D 视图。
3D Viewer工具栏
通过选择相应的工具并在3D 结构上拖动来改变结构视图。
Rotate:旋转结构视图。使用三键鼠标,右键是旋转操作。 Zoom:向上或者右侧拖动可以增大所选结构的视图;向下或者向左侧拖动会缩小所 选结构的视图。使用三键鼠标,也可用鼠标上的滚轮进行3D结构的放大、缩小。 Translation:将结构沿着不同的方向平移。 对于三键鼠标来说,左键执行所选操作,右键则是旋转操作,同时按下左健和右键 则会完成缩放操作。此外还可以将键盘和鼠标联用来完成上述操作。
中科大-Materials-Studio-培训教程-5(包你学会)请将这一系列全看完-一定有收获。精讲
从“开始” 或快捷图 标打 开MS。
找到class3, 按“打开”按 钮
输入AlAs,这将是 新的Project的名字。
在 Project Explorer中,右击根目录AlAs,选择New | 3D Atomistic Document。
1 eV=0.036749308 Ha=23.0605 kcal/mole=96.4853 kJ/mole
CASTAP几何优化任务
CASTAP几何优化任务允许改善结构的几何,获得稳定结构 或多晶型物。通过一个迭代过程来完成这项任务,迭代过程中 调整原子坐标和晶胞参数使结构的总能量最小化。
CASTAP几何优化是基于减小计算力和应力的数量级,直到 小于规定的收敛误差。也可能给定外部应力张量来对拉应力、 压应力和切应力等作用下的体系行为模型化。在这些情况下反 复迭代内部应力张量直到 与所施加的外部应力相等。
引言 本指南介绍了CASTEP是如何使用量子力学方法来确定材料的晶体结构,使用者
将学会如何构建晶体结构,设定一个CASTEP几何优化任务,然后分析计算结果。
内容 1. 构建AlAs的晶体结构 2. 设置并进行CASTEP计算 3. 分析结果 4. 比较计算的结构参数和实验数据
(1)图示电荷密度 (2)图示态密度和带结构
CASTAP动力学任务
CASTAP动力学任务允许模拟结构中原子在计算力的影响下将如何移动。
在进行CASTAP动力学计算以前,可以选择热力学系综和相应参数,定义模拟 时间和模拟温度。
选择热力学系综
对牛顿运动定律积分允许探索体系恒值能量表面(NVE动力学)。然而,在 体系与环境进行热交换条件下发生最本质的现象。使用NVT系综(或者是确定性 的Nosé系综或者是随机性的Langevin 系综)可模拟该条件。
中科大-Materials-Studio-培训教程-7(包你学会!)请将这一系列全看完-一定有收获。
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显示出bulk Pd的结构,我们把显示方式改为Ball and Stick。在Pd 3D Model document中右键单击,选择Display Style,在Atoms标签中选择Ball and Stick,关闭对 话框。
现在使用CASTEP来优化 bulk Pd。为了减少计算量, 将晶胞转换为原胞。
(1).准备项目
在D或E盘中建立class 5文件夹。运行MS,在class 5中建立名为Pd_
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为便于管理项目,我们先在项目中准备三个子文件夹。在Project
Explorer的根图标Pd_CO上右键单击,选择New / Folder。再重复此操作二次。 在New Folder上右键单击,选择Rename,键入Pd bulk。在其它的文件上重 复此操作过程,把它们依次更名为Pd(110)和(1x1) CO on Pd(110)。
注意真空层的方向在oc
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结构由2D 变为3D,并且一个真空层被加到原子的上方。
真 空 层
C B
O A
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旋转此3D图,注意OA、OB、 OC的方向与X、Y、Z三个坐 标轴不同。真空层沿OC方向。
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右击3D 模型,选择Lattice Parameters,选择Advanced 标签,按下Reorient to standard 按钮,关闭此对话框。
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Pd 的起始对称性是P1,但是 随着CO 分子的引入发生了改变。 可以通过运用Find Symmetry工具 找到并加上对称性。
选择工具条上的Find Symmetry 工具,按下Find Symmetry 按钮,然后按下 Impose Symmetry按钮。 现在的对称性是PMM2。
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2.调整显示方式 在 3D Viewer 上按右键,出右键菜单,选 Display Style ,Display Style 对话
框中的各选项的意义如下:
Atom 栏: Display Style: Line:线状模型。 Stick:棍状模型。 Ball and stick:球棍模型。 CPK:球堆砌模型。 Polyhedron:多面体堆积模型(晶体)。
3. 在此可改变模块和 图示工具的设置值。 初学者慎用。
在layer builder中试 试。
二. 打开并且观察3D 文档 目的: 介绍Materials Studio 中文档 documents 的概念 模块: Materials Visualizer 前提: 已生成一个Project
Materials Studio 使用了多种类型的文件,如3D Atomistic and Mesoscale、 text、chart、 HTML、 study table、grid、script、 和 forcefield documents。在 后面进行计算时,这些文件将逐个显示在projects中,反映了计算的过程。 现在 的教学中, 主要出现的是 3D Atomistic 类型的文件。
3D Viewer工具栏
通过选择相应的工具并在3D 结构上拖动来改变结构视图。 Rotate:旋转结构视图。使用三键鼠标,右键是旋转操作。 Zoom:向上或者右侧拖动可以增大所选结构的视图;向下或者向左侧拖动会缩小所 选结构的视图。使用三键鼠标,也可用鼠标上的滚轮进行3D结构的放大、缩小。 Translation:将结构沿着不同的方向平移。 对于三键鼠标来说,左键执行所选操作,右键则是旋转操作,同时按下左健和右键 则会完成缩放操作。此外还可以将键盘和鼠标联用来完成上述操作。
Materials-Studio培训学习教程资料
Materials-Studio培训学习教程资料MaterialsStudio 培训学习教程资料在当今科技迅速发展的时代,材料科学的研究和应用变得越来越重要。
而 MaterialsStudio 作为一款功能强大的材料模拟软件,为科研人员和工程师提供了有力的工具。
对于想要深入学习和掌握这款软件的人来说,一套系统全面的培训学习教程资料是必不可少的。
首先,我们来了解一下 MaterialsStudio 软件的基本情况。
它涵盖了众多的模块,能够对材料的结构、性能、热力学等方面进行精确的模拟和分析。
无论是在化学、物理、材料科学还是工程领域,都有着广泛的应用。
那么,一份好的 MaterialsStudio 培训学习教程资料应该包含哪些内容呢?基础知识部分是重中之重。
这包括软件的安装与配置,让学习者能够顺利地在自己的电脑上搭建起学习和工作的环境。
同时,要详细介绍软件的界面和操作流程,让初学者能够快速熟悉各个功能区域和操作按钮。
对于材料结构的建模,教程资料应当有清晰的步骤和示例。
从简单的晶体结构构建,到复杂的分子体系建模,都要逐步引导学习者掌握。
并且,要讲解如何优化模型结构,以获得更准确的计算结果。
在性能计算方面,要涵盖诸如能带结构、态密度、光学性质等重要内容。
通过实际案例,演示如何设置计算参数,解读计算结果,并分析材料的性能特点。
热力学性质的计算也是不可忽视的一部分。
比如,相图的绘制、热膨胀系数的计算等,这些内容对于研究材料的稳定性和相变过程具有重要意义。
除了理论知识和操作方法,实际案例的分析也是教程资料的关键组成部分。
通过实际的科研项目或工程应用案例,让学习者能够看到MaterialsStudio 在解决实际问题中的强大能力。
同时,也能帮助他们更好地理解和运用所学的知识。
为了让学习者更好地掌握所学内容,教程资料还应当配备相应的练习和作业。
这些练习可以是针对某个具体知识点的小题目,也可以是综合性的项目,让学习者在实践中巩固和提高。
中科大 Materials Studio 培训教11(包你学会!)请将这一系列全看完,一定有收获。
0 No impurity peaks allowed. 1 impurity peak/the first 20, 2 impurity peaks/ the first 40, 3 1 impurity peaks/ the first 60, etc. 2 impurity peaks among the first 10, 3 impurity peaks among 2 the first 20, 4 impurity peaks among the first 30, etc. 2 impurity peaks among the first 5, 3 impurity peaks among 3 the first 10, 4 impurity peaks among the first 15, etc. 2 impurity peaks among the first 3.5, 3 impurity peaks 4 among the first 7, 4 impurity peaks among the first 10.5, etc. 2 impurity peaks among the first 2, 3 impurity peaks among 5 the first 4, 4 impurity peaks among the first 6, etc. Like Level 4, but 2 additional impurity peaks allowed at low 6 2-theta Like Level 5, but 4 additional impurity peaks allowed at low 7 2-theta
9. 如果起始尝试的晶格产生的衍射与实验图相差很远, 则晶格常数或零点需要比较大的改动,但这只是在模 拟峰型与实验峰型相近的时候可行。如果上述方法精 修失败,可以考虑增加W,直到峰型相近,然后再选 择U, V, W进行精修。 10. 如果实验图的峰非常锐(比如同步辐射上得到的衍射 谱),减小峰宽参数的初始值是比较有效的方法,前 提是晶格常数已经知道得比较准确。 11. 样品展宽(尺寸和应变)和仪器展宽对峰宽的影响相 似,所以不建议同时精修两者,否则结果会难预料。 12. 要避免仪器展宽的影响,可以设U=V=0, W很小(比如 10-6)。 13. 如果精修过程中参数没什么变化,可以尝试改变初始 值再作精修,如果回到原来的值,就可以认为是比较 合适的参数。
Materials Studio 培训教程
Materials Studio 培训教目录Materials Studio 快速入门教程⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯2 Visualizer 模块快速入门教程⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11用第一性原理预测AlAs 的晶格参数⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯36 CO 分子在Pd(110)表面的吸附⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯43Pd(110)面上的CO 分子电荷密度变化⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯55模拟CO_Pd(110)体系的STM 图⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯61使用DMol3 中的离域内坐标对固体进行几何优化⋯⋯⋯⋯⋯⋯64 用LST/QST 搜索过渡态⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯69气体在聚合体中扩散的测量⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯76聚合物与金属氧化物表面的相互作用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯86计算共存相之间的界面张力⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯96运行简单的MesoDyn 模拟⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯99使用粉末衍射图进行分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯108指标化粉末衍射图⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯117无机物的Rietveld 精修⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯125使用Reflex Plus 来解析3-氯-反-苯乙烯酸的结构⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯133 无机化合物FIN31 的结构确定⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯142创腾科技有限公司Neotrident Technology Limited 2Materials Studio 快速入门教程该教程将介绍Materials Studio 软件的基本功能,在这一部分,你将学到:1.生成Projects2.打开并且观察3D 文档3.绘制苯甲酰胺分子4.观察并且处理研究表格文档5.处理分子晶体:尿素6.建造Alpha 石英晶体7.建造多甲基异丁烯酸盐8.保存Project 并结束1. 生成Projects(1).运行Material Visualizer从运行菜单中运行或者在桌面点击快捷方式。
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功函数计算 1。输入一个软件自带的已知体结构,或用 sketching 和 crystal building 工具建立一 个新结构。 Geometry optimize the bulk structure using CASTEP. Cleave the required crystallographic surface using the Cleave Surface dialog so that the thickness provides a meaningful representation of the bulk. Build a vacuum slab using the Build Vacuum Slab Crystal dialog, you should ensure that the distance between the surface and the end of the vacuum is great enough that there can be no potential interactions between the surface and the next layer. Choose Modules | CASTEP | Calculation from the menu bar. Select the Setup tab. Choose the Geometry Optimization task. Fix Cartesian atomic positions of some atoms in the middle of the slab using the Edit Constraints dialog, accessible from the Modify menu. Select either the LDA or GGA Functional from the dropdown list (see the theory section for more information on functionals). Click the Run button. Follow the steps in the Displaying the averaged potential chart for work function calculations topic.
To set up a work function calculation Either import a structure of the bulk material from a pre-existing file or construct a new structure using the sketching and crystal building tools in the Materials Visualizer. Geometry optimize the bulk structure using CASTEP. Cleave the required crystallographic surface using the Cleave Surface dialog so that the thickness provides a meaningful representation of the bulk. Build a vacuum slab using the Build Vacuum Slab Crystal dialog, you should ensure that the distance between the surface and the end of the vacuum is great enough that there can be no potential interactions between the surface and the next layer. Choose Modules | CASTEP | Calculation from the menu bar. Select the Setup tab. Choose the Geometry Optimization task. Fix Cartesian atomic positions of some atoms in the middle of the slab using the Edit Constraints dialog, accessible from the Modify menu. Select either the LDA or GGA Functional from the dropdown list (see the theory section for more information on functionals). Click the Run button. Follow the steps in the Displaying the averaged potential chart for work function calculations topic.
对块层进行计算时,为了反映体材料的性质,块层的厚度至少在 0.8-1nm。为了避免块层相邻表面间静电势的相互干扰,并使静电势达 到其渐进值,真空层的厚度至少为3nm。 计算思路:对一定的晶体结构,求出总电子能量最低
的电荷密度分布(x’),再根据右式计算位置x处的电势 (x)。
( x)dV ( x) 4 0 x x
W EF V0
真空
金属
0
x
. 二. 功函数的计算模型 . . 构造如右图所示的2维无限阵列,计算 的材料就是图中的板,板间是真空层。用 CASTEP计算此体系的EF 和板间的静电势 3 nm 分布(r),在平行表面的方向上对静电势取 slab 平均,从而在板间得到V0 ,进而得到W。 由于功函数W的数值依赖于晶体结构和 晶面取向,所以计算时需先优化体材料的晶 0.8-1 nm 体结构,再绘制2维阵列。可以优化块层表 面和块层内部的原子坐标,也可以不优化。 . . . 通过这些选择,人们可以研究表面弛豫对功 函数的影响。一般建议利用constraints,固定块层中间的原子,使 其保留体材料的结构。
功函数的计算
一、热电子发射和功函数
W 热电子发射的电流密度为 j AT exp k BT —— Richardson定律
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A:常数
V
W:功函数(或脱出功),将固体 中的电子移至其表面、并处于 自由状态所需的最低能量。
W V0 EF
V0:真空能级(势阱的深度) W : 2~6 eV。此值与晶体方向 有关,变化范围约1eV。
显示成球棒结构
转化为原胞
性质不选
优化成功
Save project, close all 打开优化后 的W
恢复为晶胞,准备切面
其它表面。足够厚,表示体性质。Save project,工作窗口仅 保留表面结构。
30
斜拉鼠标,选中中间的一 些原子。现在弛豫表面一 层的原子。严格计算应该 slab取厚
检查后,恢复按照 Element显示颜色
w4d4
绿色,表层原子。
另一表层,两层 等价,两边对称。 找不对称的。
W 4.39(111) 4.56(001)
不优化