实验四：介观动力学模拟
Practice8表面活性剂聚集行为的介观模拟
Practice 8表面活性剂聚集行为的介观模拟在一定浓度下，表面活性剂在溶液中能够自发聚集形成胶束，并具有与液体相似的内核。
通常，当表面活性剂的浓度增加到大于10倍的临界胶束浓度（cmc）时，形成的胶束呈棒状或虫状（wormlike），且虫状胶束具有一定的柔韧性。
随着浓度的继续增大，棒状胶束变成六角状相，最终形成层状结构。
表面活性剂的这些聚集状态赋予体系许多独特的性质和重要的工业应用，因而引起实验和理论化学家的兴趣。
本次实验以表面活性剂体系为例，研究表面活性剂在溶液中的聚集行为。
本次实验使用耗散粒子动力学（DPD）方法和介观动力学（MesoDyn）方法进行介观模拟。
介观模拟方法既允许在较大的时间步长和空间尺度下进行模拟，又可把快速的分子动力学与宏观性质的热力学弛豫连接起来，可以研究实验上难以观测到的动力学行为。
DPD方法模拟表面活性剂在溶液中的聚集行为1.计算模拟参数设置：DPD模块不需要预先绘制分子的3D模型，而是直接打开DPD Calculation 对话框设置计算参数。
首先在Species标签页设置模拟体系的粗粒类型（图1），表面活性剂分子SAA以“H 1 T 1”表示（注意空格，下同），水分子Water以“W 1”表示，也就是说在此体系中包含两种分子SAA和Water，其中前者的结构中包含两个珠子H（头基）和T（尾基），而后者只包含一个珠子W。
注意此处需要删除除了H、T和W之外其余所有的Bead types类型。
然后在Interactions标签页设定相互作用参数（图2）。
表面活性剂头和尾与水分子之间的相互作用有所不同，因而相互作用参数也不同。
图2中Repulsions矩阵为DPD主要的相互作用参数，定义了Species中各种粗粒间的相互作用，数值越大则排斥力越大。
弹性常数（spring constant）表示珠子之间的柔性程度，保持其为程序默认的4.0。
之后在System标签页设定研究体系（图3），设定SAA的数量为5，Water为95，格子大小为20×20×20，密度为3。
介观尺度模拟方法在材料科学中的应用实例
介观尺度模拟方法在材料科学中的应用实例材料科学是一门研究材料性质和结构以及其在各种工程应用中的表现的学科。
随着计算机技术和模拟方法的进步，介观尺度模拟方法逐渐成为材料科学研究中的重要手段之一。
本文将以介观尺度模拟方法在材料科学中的应用实例为主题，深入探讨其在材料领域的价值和意义。
材料的性质和行为是由微观结构和相互作用决定的，而微观结构又受到材料的制备工艺和条件的影响。
传统实验方法难以直接观测和控制材料微观结构，而介观尺度模拟方法则能够通过物理和数学模型模拟材料的微观结构和行为，帮助研究人员深入了解和预测材料的性质和行为。
在材料科学中，介观尺度模拟方法主要包括分子动力学模拟（Molecular Dynamics, MD）、蒙特卡罗模拟（Monte Carlo, MC）、相场方法（Phase Field Methods, PFM）、格子玻尔兹曼方法（Lattice Boltzmann Methods, LBM）等。
这些方法基于不同的理论和原理，适用于不同的材料以及不同尺度和时间范围的模拟问题。
以分子动力学模拟为例，该方法利用牛顿运动方程对材料中原子或分子的运动进行模拟。
通过分子动力学模拟，可以研究和预测材料的微观结构、热力学性质、力学性能等。
比如，研究人员可以通过模拟黏土材料中水分子与黏土颗粒之间的相互作用，进一步理解黏土的力学行为和水分迁移特性。
蒙特卡罗模拟则利用随机抽样和概率统计方法，研究材料中的随机过程和热力学平衡。
例如，在合金材料中，研究人员可以通过蒙特卡罗模拟来预测不同元素的分布和相互作用，为合金材料的设计和优化提供指导。
相场方法是一种基于自由能的连续介观模型，广泛应用于界面和相变等领域的研究。
相场方法能够描述材料的相分离、晶体生长和相界面的演化。
研究人员可以利用相场模拟来研究复杂体系中的相变行为，例如合金凝固、聚合物相分离等。
格子玻尔兹曼方法是一种基于微观粒子动力学的介观模拟方法，适用于模拟多孔介质中流体的传输行为。
材料界面现象的动力学模拟研究
材料界面现象的动力学模拟研究材料科学是现代工程技术的基础和支柱，其发展历程已成为现代科学发展的重要组成部分。
材料界面现象是材料学中非常重要的一个研究领域，不仅直接影响着诸如元器件、绝缘材料、涂层材料等电子业务中的产品，更是决定着材料的结构和性能。
因此，研究材料界面现象及相关问题变得越来越重要。
本文将探讨材料界面现象的动力学模拟研究。
动力学模拟方法是研究材料科学和物理学的重要方法之一。
由于材料界面现象是一个复杂的系统，需要考虑多方面因素，例如原子结构、缺陷行为、界面处氧化等因素。
因此，动力学模拟方法可以为我们提供很好的实验手段。
在动力学模拟方法中，分子动力学模拟（MD）和相场模拟（PF）是两种常用的方法。
分子动力学模拟基于牛顿第二定律，其可以模拟材料中原子的运动，从而可以得到材料的相应性质。
而相场模拟则是一种宏观模拟方法，其通过计算材料中成份的变化来模拟材料的相变行为。
分子动力学模拟分子动力学模拟基于能量守恒原理和质量守恒原理，将材料中的分子作为基本单元，考虑分子之间的相互作用，从而模拟出材料的微观结构和运动规律。
分子动力学模拟可以模拟不同类型的材料，例如石墨烯、金属、陶瓷等，其可以模拟不同类型材料的动力学过程、物理性质和机械性质等。
分子动力学模拟的关键在于如何建立材料的分子模型。
具体而言，需要确定材料的晶体结构和化学成份，再将其转化为分子模型。
分子模型的建立需要涉及到众多物理量和参数，例如晶体常数、力场和势能函数等。
通过对这些参数的调节可以得到不同的材料性质，使得分子动力学模拟成为一种非常灵活的方法。
分子动力学模拟在材料界面现象研究中具有很大的优势。
例如，在催化剂研究中，可以通过分子动力学模拟来研究化学反应动力学过程和反应机理，从而引导催化剂的优化设计。
此外，在材料界面的缺陷研究中，分子动力学模拟可以通过研究材料中的空位、滑移层等缺陷，推测出缺陷对材料性质的影响。
相场模拟相场理论是一种宏观相变模拟方法，其基于吉布斯自由能的定义，通过计算材料中成份的变化来模拟材料的相变行为。
水溶液的介观结构与形成机理虚拟仿真实验实验报告
水溶液的介观结构与形成机理虚拟仿真实验报告引言介观结构是指介于宏观和微观之间的结构，针对水溶液而言，介观结构更加关注溶质与溶剂分子之间的相互作用以及溶解过程中的形成机理。
为了更好地理解和研究水溶液的介观结构和形成机理，我们进行了虚拟仿真实验，并撰写了本报告。
实验目的1.探究水溶液中溶质与溶剂分子的相互作用；2.研究水溶液中溶解过程的形成机理；3.分析水溶液的介观结构。
实验方法1.选择适当的分子模拟软件，如LAMMPS、GROMACS等；2.构建模拟系统，包括溶质和溶剂分子，根据需要可以添加离子等其他分子；3.设定模拟参数，如温度、压力、模拟时间等；4.进行模拟实验，观察模拟系统中溶质与溶剂分子的相互作用和溶解过程；5.分析实验数据，得出结论。
实验结果与讨论溶质与溶剂分子的相互作用通过模拟实验，我们观察了水溶液中溶质分子和溶剂分子的相互作用。
通过分子间力场势能计算，我们可以得知不同溶质与溶剂之间的相互吸引或排斥程度。
实验结果显示，极性溶质通常与水分子有较强的相互作用，而非极性溶质则往往与油脂类分子等非极性溶剂有较好的相容性。
水溶液的溶解过程形成机理溶解是指溶质分子与溶剂分子之间的相互作用，导致溶质分子离开固体相形成溶液的过程。
通过模拟实验，我们可以观察到溶质分子逐渐与溶剂分子发生相互作用，直至完全稳定分散在溶剂中。
实验结果显示，在溶解过程中，溶质分子与溶剂分子之间形成了氢键、离子键或范德华力等相互作用，这些相互作用力有助于稳定溶解过程。
水溶液的介观结构介观结构是指介于宏观和微观之间的结构，研究水溶液的介观结构可以帮助我们了解溶质在溶剂中的分布情况。
通过模拟实验，我们可以观察到水溶液中溶质分子的聚集行为，如形成微乳液或胶体颗粒等。
实验结果表明，溶质分子的结构和溶液中的温度、浓度等因素密切相关，不同的条件下溶质分子会表现出不同的自组装行为。
结论通过虚拟仿真实验，我们深入研究了水溶液的介观结构与形成机理。
动力学模拟的主要步骤
动力学模拟的主要步骤那动力学模拟呢，一开始得确定模拟的系统。
这就像是你要搭建一个小世界，你得先想好这个世界里都有啥呀。
比如说，是一堆原子呢，还是一些分子，得把这些参与的“小成员”都确定好。
这一步可不能马虎哦，要是少了哪个关键的“小成员”，那后面模拟出来的结果可能就会差之千里啦。
接着呢，要给这个系统设定初始条件。
这就好比给这个小世界一个初始的状态。
比如这些原子或者分子的初始位置、初始速度啥的。
你想啊，如果一开始就乱套了，那这个小世界的发展肯定也不正常呀。
就像玩游戏，开局的布局和状态要是不对，后面可就难搞喽。
然后呢，就是选择合适的力场啦。
力场就像是这个小世界里的规则制定者。
它决定了这些原子或者分子之间是怎么相互作用的。
不同的力场适用于不同的系统哦。
选错了力场，就像是在足球比赛里用了篮球的规则，那整个游戏就乱套啦。
再之后就是进行模拟计算啦。
这个时候计算机就开始忙乎起来啦，根据前面设定的那些条件和规则，开始计算这个系统随着时间的推移会发生什么样的变化。
这就像是看着这个小世界慢慢发展，看原子们怎么跑来跑去，分子们怎么相互碰撞、结合或者分开。
这个过程可能会有点漫长呢，就像等一朵花开一样，要有耐心。
最后呀，得对模拟的结果进行分析。
这就像是看完一场电影后，要总结一下电影讲了啥一样。
看看模拟出来的数据是不是符合我们的预期，有没有发现什么新的有趣的现象。
要是结果不太对，那可能就得回头看看前面的步骤是不是哪里出了岔子。
动力学模拟虽然有点复杂，但就像一场有趣的探索之旅呢。
每一步都很重要，就像拼图一样，少了一块都拼不出完整的画面。
宝子，这么一讲是不是感觉也没那么神秘啦？。
动力学模拟实验详解
分子平衡与动态行为的动力学模拟实验详解吴景恒实验目的：（1）掌握Hyperchem中的分子建模方法（2）掌握运用分子力学进行几何优化的方法，能正确设置力场参数及几何优化参数（3）掌握分子动力学、Langevin动力学及Monte Carlo模拟方法， 能正确设置模拟参数（4）通过动力学或Monte Carlo模拟，获取低能量的结构和热力学参数实验注意：（1）穿实验服；实验记录用黑色，蓝色或蓝黑色钢笔或签字笔记录；实验数据记录不需要画表格（2）实验前请先仔细阅读前面的软件使用介绍，然后逐步按照实验步骤所写内容进行操作（3）截图方法：调整视角至分子大小适中，按下键盘上的PrintScreen按键截图，从“Windows开始菜单”打开“画图”工具，按Ctrl+v或“编辑-粘贴”，去掉四周多余部分只留下分子图形，保存图片（4）所有保存的文件全部存在E盘或D盘根目录用自己学号命名的文件夹下，不要带中文命名，实验完毕全部删除，不得在计算用机上使用自己携带的U盘或其他便携存储设备！Hyperchem使用介绍：本次实验用到的工具：Draw：描绘分子工具，在工作区单击画出原子，拖拽画出成键原子，在分子键上单击更改成键类型，双击会出现如下元素周期表用于选择不同原子建立分子Select：选择原子工具，选中的原子或键会呈现绿色，在原子上单击左键选择对应原子/分子（选择模式对应在Select 菜单下Atoms/Moleculars更改），在原子上右击取消选择该原子，在工作区单击选择全部分子，在工作区右击取消全部分子；同时选中（确保Select – Multiple Selections为选中状态）两个原子时在状态栏显示键长（单位为Å），同时选中三个原子显示键角，同时选中四个原子显示二面角Rotate out-of-plane：平面外旋转工具，转换视角用Rotate in-plane：平面内旋转工具，转换视角用Translate：平移工具，转换视角用Mgnify/Shrink：放大镜工具，转换视角用Model Builder：分子建模工具，左三分别用于画C, N, O原子，最右为建立分子模型实验步骤：一、建立丙氨酸两性离子模型（1）根据不同建模方法用下面其中一种方法搭建分子模型：1、在工作区画出丙氨酸两性离子基本构型（氢原子可先不画）2、从Databases – Amino Acids – Ala建立大致模型再添加羟基氧和氨基氢原子（2）分别双击两个C-O键，更改其键型为共轭键；单击工具栏建立分子模型工具（或Build – Add H & Model Build），建立模型后还少一个氢原子的，确认Build – Allow Arbitrary Vsalence为选中状态，手动增加氢原子上去后再点击一次建立分子模型工具或Build – Add H & Model Build：（3）点击Select – Atoms使其为选中状态，选择C-O两个原子记录键长数据；取消选择，选择Cα-C'-O三个原子记录键角数据；取消选择，选择N-Cα-C'-O四个原子记录二面角数据（有两个氧原子，键长和键角只需记录一个，两组二面角都记录）（4）取消选择，Display – Labels选中Charge并确定，请根据建模方法的不同设定不同电荷：1、手工建立模型取消选择，选中两个氧原子，直接画分子的在Build – Set Charge中设置原子电荷为-0.5，然后取消选择，选中氮原子，设置原子电荷为1.0（注意，手工建模的不需要按下面“2、直接从菜单建立丙氨酸模型”所述设置原子电荷）：2、直接从菜单建立丙氨酸模型只需设置新增氧原子与新增氢原子电荷与同类型原子相同，其他原子维持原状（不需对逐个原子进行如图所示电荷设置）：（5）点击Setup – Molecular Mechanics... 选择AMBER力场：点击Options，作如下图的设值：（6）点击Display – Labels – 选中Type并确定，检查是否有原子类型标记为“*”符号；若有，选择未被正确设置的原子，点击Build – Set Atom Type...从弹出窗口为该原子设置为与同类型原子一样的原子类型（如氨基上的氢设为H）（7）再次检查结构，确认已通过单击工具栏建立分子模型工具或Build – Add H & Model Build为原子建好模型；分别点击Display – Labels 选择Charge及Type检查电荷和原子类型是否已正确无误（8）同时选中N-Cα-C'-O四个原子，点击Select – Name Selection...将其命名为ncco（9）点击File – Save As...，在保存类型下拉菜单中选择HyperChem (*.HIN)格式，将其保存为ala.HIN二、丙氨酸两性离子在气相和液相中的几何优化及分子叠合（1）点击Compute – Single Point计算单点能，记录Energy, Gradient两个数值：点击Compute – Geometry Optimization为分子作真空几何优化，“RMS gradient of: ... kcal/mol”设为0.1，“or: … maximum cycles”设为1800（后面所有几何优化按默认设置直接确定即可，不需再作改动），点击OK待至Converged=Yes，记录能量数值以及cycles和points值（后面做几何优化時一样记录cycles和points值）如上测量并记录C-O键长，Cα-C'-O键角，N-Cα-C'-O二面角数值点击File – Save As...，将分子存为ala-gas.HIN文件（2）点击Setup – Periodic Box... 作如下设值：点击OK，丙氨酸离子就被溶于12Å×10Å×12Å的溶剂盒子当中：（3）点击Setup – Molecular Mechanics... - Options作如下设值：同上点击Single Point 和 Geometry Optimization分别进行单点能量及几何优化的计算，分别记录上述能量数值如出现以下提示，请选择“否”并确认Setup – Molecular Mechanics... - Options已如上述完成设定：测量并记录C-O键长，Cα-C'-O键角，N-Cα-C'-O二面角数值（4）液相优化丙氨酸离子后，点击File – Save As...，把分子保存为ala-liq.HIN文件点击Select – Molecules使其为选中状态，单击丙氨酸两性离子使其呈选中状态：然后点击Select – Complement Selection反选周围水分子：按键盘上的Delete键并确定删除水分子，点击Display – Show Periodic Box取消显示盒子边界（5）再次选中液相中优化的丙氨酸离子，点击Display – Color Atoms...在以下选项中选择其中一个给分子上色（尽量选择对比度高易分辨的颜色）：点击File – Merge...选择先前保存的ala-gas.HIN文件合并进工作区，按上述步骤把气相下优化的丙氨酸分子上另一种颜色（6）点击Select – Atoms使其为选中状态，用选择工具分别依次选择两个分子的N, Cα和C’原子（先选择分子一的N原子然后选择分子二的N原子，再选择分子一的Cα原子...如此类推）：点击Display – Overlay叠合两丙氨酸分子：观察叠合结果并写入报告，注意分别标明气相和液相优化的分子为何种颜色；截图，保存图片为Overlay.png；注意不要保存叠合后的分子文件！三、丙氨酸两性离子的分子动力学模拟及蒙特卡罗模拟（1）分子动力学：点击File – Open...点击“否”不保存叠合后的分子文件，然后打开先前保存的ala-liq.HIN文件，点击Compute - Molecular Dynamics...设置如下：点击Averages...把EKIN, EPOT, ETOT, ncco移至最右并点OK；若没有ncco请参照上面第一大点第（8）小点进行设置，下同：点击Proceed，观察分子的运动情况；分子动力学完毕后点击Rescale，如上法截图保存中间结果窗口部分为MD.png，点击Done结束；分别做一次Single Point 和 Geometry Optimization计算记录能量及梯度值，不需保存分子文件（2）Langevin动力学：点击File – Open...打开ala-gas.HIN文件，点击Compute - Langevin Dynamics...作如下设置：同上点击Averages...把EKIN, EPOP, ETOT, ncco移至最右并点OK；点击Proceed，动力学完毕后点击Rescale，截图保存中间结果窗口部分为LD.png；分别做一次Single Point 和 Geometry Optimization计算记录能量及梯度能量值，不需保存分子文件（3）Monte Carlo模拟：点击File – Open...打开ala-liq.HIN文件，点击Compute – Monte Carlo...作如下设置：点击Averages...把ACCR, EPOT, D ACCR, ncco移至最右并点OK：点击Proceed，待动力学完毕后点击Rescale，截图保存中间结果窗口部分为MC.png；分别再做一次Single Point 和 Geometry Optimization计算记录能量及梯度能量值，不需保存分子文件四、记录不同建模方法的实验数据记录邻组建立初始模型后的气相单点计算，气相优化后和液相优化后三个能量值（只需要Energy值）五、结束实验检查下面数据是否已被正确记录：1、丙氨酸离子的初始模型，气相优化和液相优化后的C-O键长，Cα-C'-O键角，N-Cα-C'-O二面角2、丙氨酸离子气相和液相的初始模型及优化后的能量记录（Energy, Gradient, cycles和points）；分子动力学， Langevin动力学和 Monte Carlo模拟后的Single Point 和 Geometry Optimization的能量及梯度值3、丙氨酸离子气相和液相优化结果的分子叠合图；分子动力学， Langevin动力学和 Monte Carlo模拟能量曲线图4、使用不同建模方法法的另一组的能量数据打开”网上邻居-综合 在 Zh00 上-2012-物化计算机实验”，找到以当天日期命名的文件夹，在下面新建以自己学号命名的文件夹，把Overlay.png, MD.png, LD.png, MC.png复制到里面，把原始数据记录取至前台检查签名（原始数据记录请务必写上姓名！），签名后在前台用U盘把自己的实验图片复制下来或发送到自己邮箱里面（教师用计算机学生不得操作！）实验完毕删除自己在用机上所有留下的有关文件，关闭计算机，收拾桌椅并带好个人携带物品离开实验室实验报告：一、实验原始数据记录应附在实验报告的最后，不能直接作为实验报告的内容部分二、实验图片应打印好作为实验报告的内容部分并标上图片标题和注释，不能附在实验报告的最后三、实验报告所有数据必须用表格形式列出，并应对所有已记录的数据进行分析，此外还应包括以下内容：1、分别比较气相和液相下优化的丙氨酸两性离子的结构的异同（观察叠合后的分子），请结合记录的键长键角二面角数据分析异同具体是如何产生的2、试比较分析分子动力学和Monte Carlo模拟后的单点能计算和几何优化结果跟初始模型结果，包括Energy, Gradient, cycles和points数值的比较3、分析在分子动力学模拟和Langevin动力学的模拟的过程中N-Cα-C'-O的变动情况四、思考题（连同给定的书本上的思考题写入实验报告）：1、两种不同建模方法区别在哪里，计算结果又有什么不同？请作具体的分析2、力场设置里面的Dielectric(Epsilon)是什么意思，其下两个选项在气相跟液相优化分别是用的不同设置又是什么意思，设置不同会引起什么差别？（可查阅Hyperchem的使用手册）3、力场设置里面的Cutoffs是什么意思，其下选项在气相跟液相优化分别是用的不同设置又是什么意思，设置不同会引起什么差别？（可查阅Hyperchem的使用手册）4、分子动力学跟Langevin动力学的模拟结果图有什么异同？他们的原理和计算公式具体区别在哪里5、Monte Carlo模拟中为什么没有加入EKIN和ETOT作图，如果对其作图会得到怎样的结果？。
介观尺度的计算模拟方法
介观尺度的计算模拟方法摘要：一、引言1.介观尺度的概念及重要性2.计算模拟方法的必要性二、介观尺度计算模拟方法的基本原理1.计算方法概述2.模拟方法概述三、常见介观尺度计算模拟方法1.分子动力学模拟2.蒙特卡洛模拟3.有限元分析四、介观尺度计算模拟方法的应用领域1.材料科学2.生物医学3.环境工程五、我国在介观尺度计算模拟领域的研究进展1.政策支持与资金投入2.代表性研究成果与团队六、面临的挑战与未来发展方向1.计算资源与算法优化2.数据驱动与人工智能的融合3.多尺度、多物理场的耦合模拟正文：一、引言随着科学技术的不断发展，介观尺度的研究越来越受到广泛关注。
介观尺度作为微观世界与宏观世界的桥梁，不仅具有理论价值，而且在新材料、生物医学、环境工程等领域具有广泛的应用前景。
为了深入研究介观尺度的性质和规律，计算模拟方法应运而生。
本文将介绍介观尺度的计算模拟方法及其在我国的研究进展。
二、介观尺度计算模拟方法的基本原理介观尺度计算模拟方法主要包括计算方法和模拟方法。
计算方法主要包括第一性原理计算、密度泛函理论等，通过求解微观粒子间的相互作用方程，获得介观尺度的物理性质。
模拟方法则是通过构建介观尺度的模型，借助计算机技术模拟实际系统的演化过程，从而揭示其宏观性质。
三、常见介观尺度计算模拟方法1.分子动力学模拟：通过求解牛顿方程，模拟分子在介观尺度下的运动轨迹，从而研究系统的热力学性质和力学行为。
2.蒙特卡洛模拟：通过随机抽样方法，模拟粒子在介观尺度下的输运过程，分析系统的统计性质。
3.有限元分析：将介观尺度问题分解为有限个单元，利用数值方法求解单元内的场变量，从而获得整个系统的宏观性能。
四、介观尺度计算模拟方法的应用领域1.材料科学：通过计算模拟研究新材料的力学、热学、电学等性能，为材料设计提供理论依据。
2.生物医学：模拟细胞、组织等生物体系的结构和功能，揭示疾病发生和发展机制，为药物研发和治疗方法提供指导。
水溶液的介观结构与形成机理虚拟仿真实验实验报告(一)
水溶液的介观结构与形成机理虚拟仿真实验实验报告(一)水溶液的介观结构与形成机理虚拟仿真实验实验报告作为一名资深的创作者，我参与了一项有关“水溶液的介观结构与形成机理”的虚拟仿真实验。
以下是我的实验报告：实验目的通过虚拟仿真实验，探究水溶液的介观结构和形成机理，深入了解水分子之间的相互作用力和溶质分子在水溶液中的行为。
实验内容1.创建模拟环境：使用LAMMPS软件建立水溶液的模拟环境，并设定合适的模拟时间和温度。
2.模拟分析：使用VMD软件对模拟结果进行可视化分析，了解水分子的分布和运动情况。
3.数据处理：使用Origin软件对模拟数据进行处理和分析，如可视化绘制分子轨迹、径向分布函数等。
实验结果1.水分子的分布：通过VMD软件观察发现，水分子围绕着溶质分子形成水合壳，形成一定的结构化网络。
2.水分子的运动：水分子在水溶液中的运动方式比较复杂，既有碰撞，又有相互作用力的作用，影响其运动轨迹和速度。
3.溶质分子的行为：溶质分子具有特定的亲疏水性质，在水溶液中可能会发生溶解、离解、水合等行为。
实验结论通过本次虚拟仿真实验，我们深入了解了水溶液介观结构的形成机理及其影响因素，水分子之间相互作用力和溶质分子的行为规律。
这对于我们更好地理解水和溶液的性质、探索化学与生命科学等领域的研究具有重要的意义。
实验优缺点优点1.虚拟仿真实验提供了一种安全、经济、高效的实验方法，避免了实验中可能会出现的安全风险和高成本的实验费用。
2.虚拟仿真实验可以帮助我们更好地了解和掌握真实实验的基本原理和实验流程，提高实验操作技能和实验设计能力。
3.虚拟仿真实验促进了实验教学方法的创新，更加注重学生的实践和体验，激发了学生的兴趣和学习动力。
缺点1.虚拟仿真实验同真实实验相比存在着一定的模型简化和误差不确定性的问题，可能会影响实验的准确性和可靠性。
2.虚拟仿真实验可能会缺少一些真实实验所具有的情境感、主观感受等因素，不利于学生对实验过程的深入思考和综合评价。
实验四：介观动力学模拟_27396教学内容
实验四：介观动力学模拟_27396《计算材料学》实验讲义实验八：介观动力学模拟一、前言1、介观模拟简介长期以来，化学家致力于从分子水平研究物质及其变化，而化学工程工作者主要研究物质在宏观体系的行为，介观层次的化学正是联系微观及宏观的桥梁，是从分子到材料的必由之路，同生命过程也有密切的关联。
由于介观模拟能够模拟的空间尺度（纳米到微米）、时间尺度（纳秒到微秒）更大，应用介观模拟方法可以模拟更加复杂的体系，例如：高分子熔体，高分子稀溶液自组装，表面活性剂溶液自组装，磷脂膜等胶体化学，高分子，生物大分子相关的内容。
目前介观模拟的方法很多，例如耗散颗粒动力学模拟方法(dissipative particle dynamics，DPD)，它是根据Hoogerbrugge和Koelman提出的一种针对柔性(soft)球模型流体动力学的模拟，并通过引入粒子间的谐振动势，来模拟聚合物的性质；元胞动力学方法（CDS），基于重整化群理论，对时间相关的Ginzburg-Landau方程直接用数值计算的方法在离散空间上进行描述。
其中单个元胞的演化通常用双曲正切函数表示；动态密度泛函方法（DDFT或MesoDyn），应用于高分子体系，建立在粗粒化高斯链模型的基础上，实际上是一个动态的自洽场方法，使用了朗之万方程（Langevin’s equation）来描述体系演化的动力学。
（1）MS-Mesocite简介MS Mesocite是一个基于粗粒度模拟方法的、可以对广泛体系进行模拟研究的分子力学工具集，模拟的对象大小尺寸在纳米到微米尺度范围，相应地，模拟变化的时间范围落在纳秒至微秒区间。
MS Mesocite的模拟对象遍及多种工业领域，比如复合材料、涂料、化妆品以及药物控缓释等，它可以提供流体在平衡态下、在有剪切力存在下以及其它受限制条件下的结构与动力学性质。
MS Mesocite的突出特点是使用完全区别于传统介观模拟技术，转而采用力场(Forcefield)方法—比如MS Martini力场—来描述粗粒度之间的相互作用，从而得到体系的结构、和动力学特性，分析函数主要有角度分布，密度分布，径向分布函数，二面角分布，均方根位移等。
水溶液的介观结构与形成机理虚拟仿真实验实验报告
水溶液的介观结构与形成机理虚拟仿真实验实验报告一、实验目的本次实验旨在通过虚拟仿真实验的方式，深入了解水溶液的介观结构及其形成机理，探究不同因素对水溶液介观结构的影响。
二、实验原理1. 溶液的介观结构溶液是由溶质和溶剂组成的混合物，其中溶质是指能够在溶剂中形成分子间作用力而被完全包围的物质。
在水溶液中，水分子是主要的溶剂，而其他物质则充当了溶质。
当水分子与其他物质发生作用时，它们会聚集形成介观结构。
2. 溶解度和热力学因素溶解度是指在一定条件下，在过饱和状态下最多可以将多少量的某种物质完全地溶解于一定量的给定溶剂中。
热力学因素主要包括熵效应和焓效应。
对于熵效应来说，随着物质从晶体状态转变为离散分子状态，其自由度增加，使得熵增加；对于焓效应来说，则是由于化学键断裂和形成所带来的能量变化。
3. 水溶液的形成机理水溶液的形成是由于水分子与其他物质之间相互作用的结果。
这些相互作用可以是静电作用、氢键作用、疏水作用等。
其中，氢键作用是最为常见和重要的一种相互作用。
它是指一个带有部分正电荷的氢原子与一个带有部分负电荷的原子或分子之间所形成的一种弱化学键。
三、实验步骤1. 打开虚拟仿真实验平台，并选择“水溶液介观结构与形成机理”实验项目。
2. 进入实验界面后，首先需要选择不同类型的离子和分子，并调整它们在水中的浓度。
3. 点击“开始模拟”按钮，等待模拟程序运行完成后，观察溶液中各个组分之间的相互关系和排列方式。
4. 尝试改变浓度、温度等参数，并观察其对溶液介观结构的影响。
5. 点击“保存数据”按钮，将实验结果保存至本地计算机上。
四、实验结果及分析通过本次实验，我们可以得到如下结论：1. 溶解度随着温度的升高而增加，这是由于热力学因素的影响。
2. 溶解度随着浓度的升高而增加，但当浓度超过一定限制时，会发生相分离现象。
3. 不同类型的离子和分子之间存在不同类型的相互作用，从而形成不同的介观结构。
4. 水分子与其他物质之间主要通过氢键作用相互作用。
介观物理的理论和实验研究
介观物理的理论和实验研究介观物理是物理学中的一个重要分支，其研究对象是介于微观和宏观之间的物理现象。
在介观物理研究中，理论和实验相辅相成，互相促进，以期深入理解物质结构与性质之间的关系。
一、介观物理的概述介观物理是介于微观和宏观之间的一个领域，其研究的对象通常是尺寸在10纳米到100微米之间的物质。
这个范围是物理学研究中的一个关键阶段，因为在这个尺度范围内，物质的性质既受到微观粒子的影响，又是宏观特征的总和。
二、介观物理的研究方法1. 数学模型：介观物理的研究往往要依靠数学模型。
对于这些模型，需要进行分析和仿真以确定其行为。
2. 实验室技术：介观物理的实验通常需要使用精密仪器和技术。
例如，扫描电子显微镜和隧道电子显微镜可用于观察纳米尺寸的物体。
3. 计算机模拟：介观物理的研究还需要使用计算机模拟，以模拟和预测物质在不同条件下的行为。
三、介观物理的实验研究1. 纳米光学纳米光学是一种利用纳米结构改变光学行为的方法。
这项技术广泛应用于光学传感和纳米光子学方面。
具体应用包括生物传感器和开发新型电子元器件等。
2. 硅纳米加工硅纳米加工是一种主要用于设计微机电系统（MEMS）和纳米器件的加工技术。
其特点是使用光刻技术将图案从光刻掩模转移到硅表面，然后进行干法或湿法刻蚀，最终形成所需形状和结构。
3. 纳米电子学纳米电子学是一种利用纳米尺寸的器件构造电子元器件的技术。
在纳米电子学中，晶体管的尺寸越来越小，从而提高了芯片的集成度，改善了芯片性能。
四、介观物理的理论研究1. 介观物质的物理学介观物质的物理学是一种研究介观尺度物质的物理性质和现象的学科。
其主要研究内容包括介观物质的电学、热学、力学、光学和磁学等方面。
2. 介观体系的非平衡动力学介观体系的非平衡动力学是研究复杂介观体系的运动方式和动力学行为的学科。
此类体系通常有着高度相互耦合的成分，其动态行为充满了干扰和杂乱。
3. 海森堡模型海森堡模型是一种描述量子自旋介质行为的数学模型。
界面反应动力学的实验研究
界面反应动力学的实验研究界面反应动力学是研究反应在两个相之间发生的速率和机理的学科。
在化学、材料科学和生物学等领域中，界面反应动力学的研究对于理解和控制化学反应、材料合成以及生物过程等具有重要意义。
本文将介绍一项实验研究，旨在探索界面反应动力学的基本特征和影响因素。
实验设计方面，我们选择了一种常见的界面反应系统：液体相中的气体溶解反应。
具体而言，我们选择了二氧化碳气体在水中的溶解反应作为研究对象。
该反应是一个快速的平衡反应，可以通过测量溶解气体的浓度来研究界面反应的动力学过程。
实验过程中，我们使用了一台装有搅拌器的反应釜，以确保反应体系的均匀混合。
首先，我们将一定量的水加入反应釜中，并通过搅拌器将其搅拌均匀。
然后，我们向反应釜中通入一定量的二氧化碳气体，同时使用溶解度计测量溶解气体的浓度随时间的变化。
实验结果显示，溶解二氧化碳气体的速率随时间的增加而减小。
这表明界面反应的速率是随时间递减的，符合反应动力学的经典理论。
我们进一步分析了溶解速率与溶解度之间的关系，发现其符合亨利定律。
亨利定律指出，在一定温度下，气体溶解度与气体的分压成正比，且比例常数与温度有关。
这一结果进一步验证了实验的可靠性，并为进一步研究界面反应动力学提供了基础。
在实验过程中，我们还对影响界面反应动力学的因素进行了研究。
首先，我们改变了溶解二氧化碳气体的初始浓度，发现溶解速率与初始浓度成正比。
这表明初始浓度是影响界面反应速率的重要因素之一。
其次，我们调节了反应体系的温度，发现溶解速率随温度的升高而增加。
这符合经典的阿伦尼乌斯方程，即温度对反应速率的影响可以用指数函数来描述。
通过这项实验研究，我们深入了解了界面反应动力学的基本特征和影响因素。
界面反应动力学的研究对于理解和控制化学反应、材料合成以及生物过程等具有重要意义。
未来，我们可以进一步研究其他界面反应系统，探索更多的动力学特征和机理，为相关领域的应用和发展提供理论基础和实验依据。
化学反应动力学模拟实验
化学反应动力学模拟实验在化学实验中，化学反应动力学模拟实验是一种常见且重要的实验方法。
通过这种实验，我们可以了解化学反应发生的速度规律，探索反应物浓度、温度等因素对反应速率的影响，进而推断出反应机理。
本文将介绍化学反应动力学模拟实验的原理、方法和应用。
首先，化学反应动力学模拟实验是通过控制实验条件，观察反应物质量的变化，从而研究化学反应速率与反应条件的关系的实验方法。
通常，我们可以选择不同的反应物浓度、温度等条件，观察反应速率的变化，进而确定反应的速率方程。
速率方程可以帮助我们理解反应的进行过程，揭示反应物质的具体作用机制。
其次，进行化学反应动力学模拟实验时，需要准备好实验装置和试剂。
一般来说，实验装置包括反应容器、温度控制装置、搅拌器等。
试剂方面，则需要准确称取反应物的质量，并按照一定的比例混合。
在实验过程中，我们可以通过测定反应物质的浓度变化或者生成物质的浓度变化来确定反应的速率。
通过对实验数据的分析，我们可以推导出反应速率方程，从而揭示反应机理。
在实际应用中，化学反应动力学模拟实验具有广泛的应用价值。
首先，它可以帮助我们研究新的化学反应过程，探索新的反应物或反应条件，从而为新材料的研究和开发提供重要参考。
其次，化学反应动力学模拟实验还可以用于环境保护领域。
通过研究化学反应速率与环境因素的关系，我们可以更好地理解环境中化学反应的发生过程，有针对性地采取措施减少污染物的排放。
另外，化学反应动力学模拟实验还可以用于药物化学的研究。
通过研究药物的分子结构与活性之间的关系，我们可以优化药物配方，提高药物的疗效。
总的来说，化学反应动力学模拟实验是一种重要的实验方法，通过这种方法，我们可以深入了解化学反应速率的规律，探究反应机理，为新材料的研究和开发、环境保护和药物设计等领域提供有力支持。
希望通过这篇文章的介绍，读者们对化学反应动力学模拟实验有一个更加清晰的认识，进而加深对化学实验的理解和认识。
化学动力学反应的实验和模拟方法
化学动力学反应的实验和模拟方法化学反应是物质间能量和物质交换的过程,其速率的快慢直接决定着反应的完成时间。
化学反应速率是化学动力学的核心问题,因此如何确定反应速率常常是化学实验中的重点研究方向之一。
化学动力学反应的实验和模拟方法在化学研究中扮演着重要的角色。
实验方法主要有两种,一种是连续测量法,另一种是时间分析法。
连续测量法是按照一定时间间隔,在化学反应过程中测量特定物理量的变化情况,通过数据的线性拟合来求得反应速率;而时间分析法则是在一定时间内停止反应,然后用某种方法来定量测量反应物的剩余量,从而得出反应速率。
这两种方法各有优缺点,选择何种方法取决于实验目的和反应特点。
在实验室研究中,我们经常需要对反应系统进行模拟。
反应过程中,浓度的变化是一个非常重要的参数。
因此,模拟反应过程时,需要使用一定的数学方法来模拟反应物质在空间和时间上的分布,而机器学习和神经网络等方法则被用来实现模型的优化。
在模型优化时,文献中广泛应用了遗传算法优化、支持向量机和深度学习等算法。
例如,支持向量机等分类方法可用来将化合物分为易于转化和不易于转化的两类,或者将反应速率分为快、中、慢三个类别；而深度学习等方法则可以实现对反应过程中复杂物质的预测。
此外,还可以考虑将反应过程建模为网络,模拟反应过程中各种复杂的交互作用关系。
总的来说,化学动力学反应实验和模拟方法的应用,已经成为化学学科研究领域不可或缺的一部分。
新型反应物和新的反应环境等因素将不断地为化学反应提供新的挑战,而全球不断发展的计算机科学技术,将为化学反应研究提供强有力的支持。
希望今后在化学动力学反应的研究方向上,随着科学技术的不断发展,能够推动此项技术在更广泛的领域得到广泛应用和深入研究。
介观系统中的动力学特性及其研究方法分析
介观系统中的动力学特性及其研究方法分析一、概述二、介观系统中常见的动力学过程1. 扩散动力学2. 点过程3. 脉冲过程三、介观系统动力学特性的研究方法1. 普适性特征分析2. 时间序列分析3. 空间格点模型四、结论概述介观系统是指介于微观和宏观系统之间的一类系统，它具有大量的微观粒子组成，但又不足以被视为宏观系统。
介观系统广泛存在于物理、化学和生物学等不同领域，并在这些领域中发挥着重要作用。
介观系统中常见的动力学过程介观系统中常见的动力学过程包括扩散动力学、点过程和脉冲过程等。
扩散动力学扩散动力学是介观系统中最常见的动力学过程之一。
它可以用于描述分子、热量和其他物质分布不均的系统中的扩散行为。
扩散过程产生了很多基本性质，例如Fick定律以及扩散方程等，并在材料科学、生物学等领域中得到广泛应用。
点过程点过程是介观系统中的另一种重要动力学过程。
它通常用于描述许多小系统中粒子数量的变化。
例如，在生物学中，它可以用于描述细胞生长和分裂过程。
点过程产生了很多与计数统计学相关的基本性质，比如泊松分布等。
脉冲过程脉冲过程是介观系统动力学中的另一类过程，它通常描述的是介观系统中的能量/物质的传输过程。
脉冲过程可以包含许多不同的物理现象，如传热现象和传输线的模拟等等。
介观系统动力学特性的研究方法介观系统中的动力学特性通常会采用普适性特征分析、时间序列分析和空间格点模型等研究方法。
普适性特征分析普适性特征分析是介观系统动力学研究中最常用的方法之一。
它通过分析系统在不同大小/时间尺度上的特征来研究介观系统动力学特性。
这种方法的主要思想是，即使系统的微观细节可能不同，介观尺度下的某些特征可能是相似的。
时间序列分析另一种常用的介观系统动力学特性分析方法是时间序列分析。
该方法旨在描述一个时间序列中某些统计特征的行为方式。
这种方法可以描述系统的周期性、趋势以及随机性，是描述许多物理系统动力学过程的常见方法。
空间格点模型空间格点模型是另一种常用的介观系统动力学特性分析方法。
PP与PA6共混相容性的分子、介观动力学模拟
PP与PA6共混相容性的分子、介观动力学模拟吴飞;杨帆;张鹏;李彦周;陈占春【摘要】The compatibility and mesoscopic formation of poly (propylene)/poly (amide-6) blends (with mixing ratio of10/90,30/70,50/50,70/30 and 90/10) were studied by molecular dynamics (MD) and mesoscopic dynamics (MesoDyn).Compared Flory-Huggins parameter (xAB) with critical parameter,the radial distribution functions of the inter-molecular carbon atomic pairs which obtained by MD simulations,the results showed that in the mixing of 10/90 and 90/10PP/PA6 blends were miscible,the others were immiscible.The MesoDyn simulations were used to simulated the order parameter and iso-density profile in order to investigated the mesoscopic formation.The results showed that order parameter were less than 0.1 when PP/PA6 mixing ratio were 10/90 and 90/10,the rest were greater than 0.1.The MesoDyn simulated results was highly match with MD simulation,which proved the accuracy of computer simulations.%运用分子动力学(MD)和介观动力学(MesoDyn)方法,分别从微观和介观层面研究不同PP/PA6(10/90、30/70、50/50、70/30、90/10)共混比的相容性和结构相貌.MD模拟中比较Flory-Huggins参数(xAB)和临界作用参数(xC)以及分子间C-C原子对径向分布函数.结果显示:当PP/PA6混合比为10/90和90/10时相容性较好,其他混合比的相容性很差.为获得介观层次混合体系的相貌结构,运用MesoDyn方法研究混合物平衡态的等密度图并计算混合物的有序度参数,结果发现:PP/PA6共混比为10/90和90/10时混合物有序度参数略小于0.1;而其他混合比体系的有序度参数都大于0.1,介观模拟得到的结果和微观模拟的结果高度一致,验证了计算机模拟的准确性.【期刊名称】《科学技术与工程》【年(卷),期】2017(017)023【总页数】5页(P13-17)【关键词】分子动力学模拟;介观动力学模拟;相容性【作者】吴飞;杨帆;张鹏;李彦周;陈占春【作者单位】太原理工大学机械工程学院,煤矿综采装备山西省重点实验室,太原030024;太原理工大学机械工程学院,煤矿综采装备山西省重点实验室,太原030024;太原理工大学机械工程学院,煤矿综采装备山西省重点实验室,太原030024;太原理工大学机械工程学院,煤矿综采装备山西省重点实验室,太原030024;太原理工大学机械工程学院,煤矿综采装备山西省重点实验室,太原030024【正文语种】中文【中图分类】O641.3微观结构和介观形态决定了高分子合金的综合性能，开发优良高分子合金的关键是控制其微观形态结构。
介观尺度聚合物动力学模拟
介观尺度聚合物动力学模拟一、介绍随着化学、物理、材料学等科学领域的不断发展，液体聚合物在材料、生物、化学等领域广泛应用，但其微观结构和动力学行为的研究仍需发展。
介观尺度聚合物动力学模拟是一种能够研究聚合物微观结构和动力学行为的研究方法，该方法已经得到广泛应用。
本文将介绍介观尺度聚合物动力学模拟的基本原理、研究方法、应用及发展前景。
二、基本原理介观尺度聚合物动力学模拟是一种从宏观到微观的多尺度计算方法，用于模拟聚合物的结构和动力学行为。
该方法通常采用一种统计物理学的方法，将聚合物视为粗粒子或连续介质，通过计算微观单位的运动动力学行为，模拟了宏观过程中的动力学行为。
基于介观尺度聚合物动力学模拟的理论，可以从单分子、分子集聚形成高分子结构，再到整个复杂的聚合物体系进行模拟和预测其在可控条件下调控过程中的行为。
这一过程涉及到多种计算方法，如分子动力学方法、Monte Carlo方法和随机游动方法等。
三、研究方法1. 分子动力学方法分子动力学方法是一种基于牛顿力学的计算方法，用于模拟固体、液体和气体等多种物质的运动。
在聚合物的模拟中，该方法将聚合物视为粗粒子模型，通过计算聚合物的粗粒子在接触后受到的力和运动，模拟整个聚合物体系的运动。
在这个过程中，需要考虑很多因素，如聚合物粗粒子模型的设计，体系温度、体积、压强和模拟时间等等。
2. Monte Carlo方法Monte Carlo方法是一种基于统计学的计算方法，在聚合物模拟中主要用于计算高分子的构象，这种构象指聚合物分子的不同排列方式和空间位置。
在聚合物模拟中，采用基于Metropolis算法的Monte Carlo方法，通过调整聚合物分子的取向和位置，模拟整个高分子结构的构象状态。
3. 随机游动方法随机游动方法是基于随机过程领域的研究方法。
通过分析聚合物分子的随机游动行为，模拟整个聚合物的动力学行为。
在聚合物模拟中，该方法用于研究聚合物的扩散和输运特性，以及聚合物空间结构的特点。
自扩散泳微观转动马达的介观模拟
自扩散泳微观转动马达的介观模拟∗沈明仁;刘锐;厚美瑛;杨明成;陈科【期刊名称】《物理学报》【年(卷),期】2016(065)017【摘要】转动的微尺度马达是一类重要的微流器件。
近年来，因为其重要的应用及理论价值引起了学术界的广泛关注。
本文提出了一种新型的自扩散泳驱动的微观转动马达模型。
通过介观动力学模拟，验证了该模型的有效性。
模拟结果表明，该自扩散泳微观转动马达可以单向地自驱动转动，并且转动速度和马达表面发生的催化化学反应速率(即自产生的浓度梯度场强弱)、以及液体分子与马达之间的相互作用有关。
此外，研究了两个转动马达共存时的运动行为，重点考察了马达之间的流体力学相互作用和浓度梯度场效应对马达转动的影响。
该自扩散泳微观转动马达为设计实用的微流器件提供了新的思路和参考，也为研究活性胶体系统的集体行为提供了理想模型。
%Artificial micro-scale or nano-scale machines that are capable of converting energy to mechanical work, have long been pursued by science and engineering communities for their potential applications in microfluidics, biology and medicine. From a physics point of view, they are also ideal models to investigate fundamental statistical phenomena in non-equilibrium active matters. Inspired by bio-machines and bio-motors like ATP synthase and flagellum motors, we propose a simple design of rotary motors based on pure self-diffusiophoresis effects. The basic design of the rotor consists of three colloidal beads with different surface properties, which leads to different interactions between the beads andsolvent molecules. Chemical reactions are imposed on the surface of one of the beads, which creates a source of one of the two solvent molecules and generates a local concentration gradient. The other two beads connected to the catalytic bead have different affinities to the solvent molecules, which leads to asymmetric diffusiophoretic forces on the two non-catalytic beads. A net torque is thus obtained from difference of the diffusiophoretic forces between the two non-catalytic beads. In our simulation, we employ hybrid molecular dynamics (MD) simulations and multiparticle collision dynamics (MPC) to investigate the motion of microrotors. The binary fluid is composed with A-type and B-type solvent particle whose interactions are described by multi-particle collision dynamics while beads-particle interactions are modeled by molecular dynamics. In MPC, all fluid particles execute alternating streaming and collision steps. During streaming steps, the solvents move ballistically. During collision steps, particles are sorted into square cells and only interact with particles in the same cell under a specific stochastic rotation rule. MPC algorithm locally conserves mass, linear momentum, angular momentum and energy, and properly captures thermal fluctuation, mass diffusion, dissipation and hydrodynamic interactions. In our simulation, standard MPC parameters are employed which correspond to a liquid-like behavior of fluid. In MD, beads-solvent interactions are described by Lennard-Jones potential with different parameter combinations and the equations of motion is integrated by velocity-Verlet algorithm. To perform hybrid molecular dynamic simulations with multi-particle collisiondynamics, between two MPC collision steps, 50 MD steps are implemented for the solvent particles that are in the interaction range of colloidal beads. We first investigate the solvent concentration distribution around static microrotor, and confirm that the catalytic bead generates a steadystate local concentration gradient. Net angular displacements are obtained when the rotor is allowed to rotate freely. The rotational direction and speed of the micorotor are determined by bead-solvent interactions, the rotor geometry, the solvent viscosity and the catalytic reaction ratio. We also study the scenario in which two rotors are placed in close vicinity to each other. We find that the coupling between the concentration fields around the rotors reduces the rotational speed of both rotors.【总页数】10页(P170201-0-170201-9)【作者】沈明仁;刘锐;厚美瑛;杨明成;陈科【作者单位】中国科学院物理研究所，软物质物理重点实验室，北京凝聚态物理国家实验室，北京 100190;中国科学院物理研究所，软物质物理重点实验室，北京凝聚态物理国家实验室，北京 100190;中国科学院物理研究所，软物质物理重点实验室，北京凝聚态物理国家实验室，北京 100190;中国科学院物理研究所，软物质物理重点实验室，北京凝聚态物理国家实验室，北京 100190;中国科学院物理研究所，软物质物理重点实验室，北京凝聚态物理国家实验室，北京 100190【正文语种】中文【相关文献】1.模拟化学驱微观渗流的介观方法 [J], 李小波;吴淑红;宋杰;李华;孟照娟2.基于介观分析的纳米石墨毡水自扩散 [J], 孙红;王瑞宙;于东旭;王逊3.微观量子器件中分子马达单向转动的条件机理研究 [J], 宋亚峰;朱勤生;焦壮壮;孔雄雄;李辉杰4.复杂流体中Janus微马达自扩散泳特性的实验研究 [J], 李娜娜; 郑旭; 李战华5.PEG/N-100中增塑剂扩散性能的微观与介观模拟 [J], 陈思彤;董可海;王鑫;裴立冠;孔令泽;夏成因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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《计算材料学》实验讲义粗粒度模拟实验名称：介观动力学模拟一、前言1、介观模拟简介长期以来，化学家致力于从分子水平研究物质及其变化，而化学工程工作者主要研究物质在宏观体系的行为，介观层次的化学正是联系微观及宏观的桥梁，是从分子到材料的必由之路，同生命过程也有密切的关联。
由于介观模拟能够模拟的空间尺度（纳米到微米）、时间尺度（纳秒到微妙）更大，应用介观模拟方法可以模拟更加复杂的体系，例如：高分子熔体，高分子稀溶液自组装，表面活性剂溶液自组装，磷脂膜等胶体化学，高分子，生物大分子相关的内容。
目前介观模拟的方法很多，例如耗散颗粒动力学模拟方法(dissipative particle dynamics，DPD)，它是根据Hoogerbrugge和Koelman提出的一种针对柔性(soft)球模型流体动力学的模拟，并通过引入粒子间的谐振动势，来模拟聚合物的性质；元胞动力学方法（CDS），基于重整化群理论，对时间相关的Ginzburg-Landau方程直接用数值计算的方法在离散空间上进行描述。
其中单个元胞的演化通常用双曲正切函数表示；动态密度泛函方法（DDFT或MesoDyn），应用于高分子体系，建立在粗粒化高斯链模型的基础上，实际上是一个动态的自洽场方法，使用了朗之万方程（Langevin’s equation）来描述体系演化的动力学。
（1）MS-Mesocite简介MS Mesocite是一个基于粗粒度模拟方法的、可以对广泛体系进行模拟研究的分子力学工具集，模拟的对象大小尺寸在纳米到微米尺度范围，相应地，模拟变化的时间范围落在纳秒至微秒区间。
MS Mesocite的模拟对象遍及多种工业领域，比如复合材料、涂料、化妆品以及药物控缓释等，它可以提供流体在平衡态下、在有剪切力存在下以及其它受限制条件下的结构与动力学性质。
MS Mesocite 的突出特点是使用完全区别于传统介观模拟技术，转而采用力场(Forcefield)方法—比如MS Martini力场—来描述粗粒度之间的相互作用，从而得到体系的结构、和动力学特性，分析函数主要有角度分布，密度分布，径向分布函数，二面角分布，均方根位移等。
同时，您还可以使用力场编辑工具对MS Mesocite的力场进行编辑，以获得满足特殊要求的力场，从而拓展了MS Mesocite的应用范围。
应用mesocite进行动力学模拟时，最主要的是得到精确的力场。
Martini力场，是由Marrink提出的，可以应用于生物分子体系。
Martin力场中包括四种主要的力场类型：极性（polar-P）、非极性（apolar-C）、无极性（nonpolar-N）、带电（charged-Q）。
每种力场类型又分为若干子类型，极性和非极性根据极性高低下分有五种类型（用下坐标1-5表示），无极性和带电的更具氢键结合能力分为四种类型（d-氢键供体，a氢键受体，da-两个都有，o-都没有），这样使得Martini 力场能够更加精确的描述体系性质，应用于更多不同的有机分子体系。
二、实验目的1、了解介观模拟方法及应用领域2、了解Martini力场的3、掌握mesocite基本原理4、掌握mesocite模块的基本操作三、实验内容以下以介观动力学模拟脂质双分子层为例，熟悉mesocite的基本操作。
1、打开MS，选择created new project，键入CG-bilayer作为工程的名称，点击OK。
本实例是在软件所有参数在默认的情况下进行的，选择Tools-Settings Organizer，选中CG-bilayer，点击Reset。
2、建脂质分子，建模过程要用到Mesostructure toolbar，如在工具栏中没有此建模工具，点击菜单栏中的view-toolbar-mesostructure，调出此建模工具。
（1）点击Bead Types按钮，打开Bead Types 对话框。
点击Properties…按钮，打开Bead Type Properties 对话框，点击Defaults…按钮，设置Mass为72，Radius为2.35，关闭Bead Type Defaults和Bead Type Properties对话框。
在Bead Types对话框中，定义一下珠子类型：C、GL、PO和NC，关闭对话框。
（2）点击Mesomolecule按钮，打开Build Mesomolecule对话框。
定义粗粒化分子，依次选择4个C、1个GL、1个PO、1个GL和4个C，确定不选Randomize order within repeat unit，点击Build按钮。
在Mesomolecule.xsd文件中左击PO珠子，删除Build Mesomolecule对话框中所有的珠子。
选中Add to branch points，点击more…按钮，打开Mesomolecule Branches 对话框。
设置Number of branches to attach为1，关闭对话框。
在Build Mesomolecule对话框中选择1个NC。
点击Build按钮。
（在显示面板中右击，选择Label，打开label对话框，在properties一栏中选择BeadTypeName，点击Apply，可以检测建立的粗粒化分子是不是正确，可以对比下图。
（3）关闭Build Mesomolecule对话框。
在Project Explorer，把Mesomolecule.xsd 文件名改为DPPC.xsd。
我们得到以下粗粒化分子结构：3、更改Martini力场，分配力场，优化脂质分子。
（1）选择Modules -Mesocite - Forcefield Manager或点击Mesocite tools，选择Forcefield Manage，选择MS Martini，点击>>，打开力场文件。
在Project Explorer 中，把文件名改为MSMartiniCIS.off。
（2）打开MSMartiniCIS.off文件，点击Interactions。
在Show interaction下拉选项中选择Angle Bend。
在空白框中，设置Fi 和Fk 到Na 以及Fj 到Qa。
改变Functional Form 为Cosine Harmonic设置TO为120，KO为10.8。
保存并关闭力场文件。
（3）选择Modules | Mesocite | Calculation或点击Mesocite tools选择Calculation;打开Mesocite Calculation对话框，点击Energy，在Forcefield的下拉选项中选择Browse...，在Choose Forcefield对话框中选择MSMartiniCIS.off。
（4）打开DPPC.xsd文件。
按下ALT键，双击任意C类型珠子，选中所有的C 类型珠子。
在Mesocite Calculation对话框中，点击More...打开Mesocite Proparationoptions对话框，选择C1，点击Assign按钮。
重复此步，为GL、PO、NC分配力场，分配类型如下表所示：BeadTypeName MS Martini Forcefield Type ChargeC C1 0GL Na 0PO Qa -1.0NC Q0 1.0选择PO珠子，在Properties Explorer中，设置Charge为-1，同样把NC设置为1。
（5）在Mesocite Calculation对话框中，点击Setup，改变Task为Geometry Optimization。
点击Run按钮。
得到以下结构：（6）在工具栏中，选择Measure/Change按钮，下拉选项中点击Angel，依次点击左边的C-GL-PO,同样选择右边的PO-GL-C。
此时会显示出两个接近156.50的角度，选在两个角度，在Properties Explorer中，设置Angels为230。
按下ALT键，双击角度，按下Delete。
得到以下分子结构：（7）参照第二步，定义珠子W，用Build Mesomolecule建模工具，建立一个仅包含W的粗粒化分子。
更改文件名为solvent.xsd。
4、建立双分子层结构。
（1）选择Build | Build Mesostructure | Mesostructure Template或点击Mesostructuretoolbar中的Mesostructure Template，打开Build Mesostructure Template对话框。
改变X、YExtents为64，Z Extent为100。
在Filler中，键入solvent。
点击Build按钮。
在Build Mesostructure Template对话框中，改变Former type为Slab。
改变Depth为44.15，Orientation为Along Z。
选中Enable surface packing;在Filler中键入lipid。
点击Add，关闭对话框。
（2）选择Build | Build Mesostructure | Mesostructure或点击Mesostructuretoolbar中的Mesostructure ，打开Build Mesostructure对话框。
solvent filler 中的Mesoscale Molecule，选择solvent.xsd。
lipid filler选择优化的DPPC.xsd。
点击Packing，设置Length scale (L)为1，Density为0.00836；不选Randomize conformations。
在Packing中，点击More...按钮，打开Bead Packing Options对话框；双击打开已经优化过的DPPC.xsd。
选择NC，点击Create bead Head set from selection按钮。
按下CTRL + D取消选定，之后按下CTRL键，选择尾部的两个C珠子。
在Bead Packing Options对话框中，改变Bead tag为Tail，点击Create bead Tail set from selection。
关闭对话框。
标记后的DPPC结构如下：（3）双击mesostructure template.msd。
在Build Mesostructure对话框中，点击Build 按钮。
得到下图所示结构：（4）在菜单栏中选择File | Export...，打开Export对话框，在保存类型下拉选项中选择Materials Studio 3D Atomistic Files (*.xsd)，点击Options...按钮，打开MSD/MTD Export Options对话框，设置Length scale为1，点击OK。