细菌的分类与命名-微生物命名规则doc资料
细菌的分类与命名

细菌的分类与命名● 考点◇ 微生物在生物化学分类中的地位◇ 细菌的分类单位、系统和命名◇ 细菌的分类方法【内容讲解】一、微生物在生物化学分类中的地位(一)细菌与原核生物界细菌、衣原体、立克次体、螺旋体、放线菌、支原体归属于原核生物界其分类等级依次为界、门、纲、目、科、属、种(二)真菌与真菌界真菌是真核细胞型微生物,归属真菌界(三)病毒与病毒界病毒没有典型的细胞结构,归属于病毒界病毒的分类等级依次为科、属、种二、细菌的分类单位、系统和命名(一)细菌的分类单位◇ 细菌的分类等级为界、门、纲、目、科、属、种。
◇ 临床细菌检验常用的分类单位是科、属、种。
◇ 种是细菌分类的基本单位。
◇ 形态学和生理学性状相同的细菌群体构成一个菌种;性状相近、关系密切的若干菌种组成属;相近的属归为科,依次类推。
标准菌株:具有该种细菌典型特征的菌株◇ 在细菌的分类、鉴定和命名时都以标准菌株为依据◇ 标准菌株也可作为质量控制的标准(二)细菌的命名采用拉丁文双命名法:属名(名词大写) + 种名(形容词小写)(印刷用斜体)例: Mycobacterium tuberculosis中文名: 种名 + 属名例: 结核分枝杆菌(三)细菌的分类系统目前国际上普遍采用伯杰分类系统。
也有采用CDC(美国疾病预防和控制中心)分类系统。
三、细菌的分类方法(一)生理学与生物化学分类法1.传统分类法原则:生物的基本性质主次原则。
按细胞形态、革兰染色性、鞭毛及代谢特点作为较高一级分类依据。
科、属、种的分类主要依靠生化特性和抗原结构。
2.数值分类法原则:细菌的基本性质同等重要原则采用标准化、成品化和配套生化反应试剂条,检测细菌的数十个生理生化特性。
阴阳性结果—数字—电子计算机进行计算—比较、测定相似度—区分细菌的种群—确定细菌亲缘关系(二)遗传学分类法以细菌的核酸、蛋白质等在组成上的同源程度分类。
目前较为稳定的遗传学的分类方法有下列几种:1.DNA G+C mol测定,简称G-C比。
细菌的分类与命名

P酸序列 2)蛋白质分析 3)转化不转导试验 4)DNA中G+C克分子%测定 5)DNA-DNA杂合试验
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(二)细菌的分类法
1. 条目分类法 2. 数值分类法 3. DNA碱基组成相似性分类法
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(三)细菌种类及种以下的分类单位
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5. 株(Strain):又称品系,是丌同来源的某一细 菌的纯培养物。同一种细菌可有许多菌株,其主 要性状应完全相同,其次要性状可稍有差异。菌 株的名称没有一定的规定,通常用地名或动物名 的缩写加编号作菌株名。
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四、细菌命名的原则
属名用拉丁文的名词放在前,第一字母大写; 种名用拉丁文的形容词或名词所有格,放在属名之后,丌 大写。中文译名不此相反,即种名在前,属名在后。例如 结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis),前者为属 名,后者为种名。
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1. 种(Species):是生物分类的基本单位。它是生物在演 化阶段,具有相对稳定的一定性状特征的实体。凡属同种 的生物,均具有共同的基本性状特征。 2. 亚种(Subspecies):种内可能存在的某些性状上相互 差异的类别。 3. 变种(Variety):在个别主要基本性状上不种的典型特 征丌符的类别。 4. 型(Type)不亚型(Subtype):其地位低于亚种。型别 划分的指征仅仅是某一方面的性状,如血清型(实质是表 面蛋白结构的差异)。
细菌的分类不命名
本章要点:细菌的分类原则、分类单位、命名原则
主要名词解释:种、亚种、变种、型、株
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一、细菌的分类体系及依据
细菌的分类与命名-微生物命名规则

细菌得分类与命名细菌分类学细菌分类学(taxonomy)就是指对细菌进行分类、命名与鉴定得一门学科。
它得任务就是在全面了解细菌得生物学特征得基础上,研究它们得种类,探索其起源、演化以及与其她类群之间得亲缘关系,进而提出能反映自然发展得分类系统,并将细菌加以分门别类.它包括三个方面:分类(classification)、命名(nomenclature)与鉴定(identification)。
一、基本概念1、细菌分类就是根据每种细菌各自得特征,并按照它们得亲缘关系分门别类,以不同等级编排成系统。
分类有两种:①以细菌得形态与生理生化特性为依据得表型特征分类法,包括有传统分类法(classicalclassification)与数值分类法(numerical classification);②用化学分析与核酸分析,以细菌大分子物质(核酸、蛋白质)结构得同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic classification)或自然分类(natural classfication)。
2、细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称,使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名得法规,能保证所有得科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3、细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置与已知细菌比较其相似性,用对比分析方法确定细菌得分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌得名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌得分类等级与其她生物相同,依次为界(kingdom)、门(division)、纲(class)、目(order)、科(family)、属(genus)、种(species)。
细菌属于原核生物界(procaryotae),包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体.分类等级拉丁字尾比较固定,表示方法如下:目—ales、亚目-ineae、科-aceae、亚科—oideaae、族—eae、亚族-inae。
dl第7章 细菌的分类与命名

主讲:微生物学检验教研室
第七章 细菌的分类与命名
第一节 细菌的分类单位与命名
种、标准株 双命名法
第二节 细菌的分类方法
数值分类法
第一节 细菌的分类单位与命名
一、细菌的分类单位
❖ 分类等级:界、门、纲、目、科、属、种 1)种:细菌分类的基本单位。生物学性状相同的细
菌群体构成一个种;同一菌种的细菌在某些方面有 一些差异可分为亚种、亚种以下分型、亚型 2)株:不同来源的相同菌种称为菌株。其性状可以 完全相同,也可有某些差异。具有某种细菌典型的 生物学特征的菌株为该菌的标准株。标准株作为细 菌分类、鉴定、命名、质量控制的依据和标准
B.stearothermophilus Bacillus.subtilis(Ehreberg) Cohn 1872(在细菌分类
单元的后面附上命名人的姓氏、命名年代,括号 内为原命名人的姓氏。)
第二节 细菌的分类方法
❖ 传统分类方法
以细胞壁的结构特点作为最高一级分类依据,按 细胞形态、革兰氏染色性、鞭毛及生化特性作为 较高一级分类依据
二、细菌的命名
❖ 举例:
芽孢杆菌属(Bacillus原意为小杆菌)中的几个种: 枯草芽孢杆菌: Bacillus. subtilis 或 B.subtilis 蜡样芽孢杆菌: Bacillus.cereus 或 B.cereus 嗜热脂肪芽孢杆菌:Bacillus.stearothermophilus 或
第一节 细菌的分类单位与命名
二、细菌的命名
❖ 双命名法:即种的学名。包括属名、种名加词。它们 都是由拉丁文、希腊文或拉丁化的其他词组成,要求 印刷成斜体或书写时在名称下划线。
1)第一个词是属名,单数主格名词或作为名词的形容 词表示; 第一个字母大写或缩写为大写的单个或几个 字母表示
微生物的分类与命名

微生物的分类与命名微生物是指以肉眼不可见的微小形态存在的生物体,包括细菌、真菌、病毒等多种类型。
对微生物进行分类与命名是为了方便对其进行研究和了解其特性。
本文将介绍微生物的分类与命名,包括细菌、真菌和病毒的分类方法及相应的命名规范。
一、细菌的分类与命名细菌是最常见的一类微生物,广泛存在于自然环境中。
细菌的分类主要基于形态、生理特性、生长条件、代谢方式等多个方面。
1. 形态分类根据细菌的形态特征,可以将其分为球菌(cocci)、杆菌(bacilli)、弧菌(vibrios)、螺旋菌(spirilla)等类型。
其中,球菌为球状或椭圆状,杆菌为长形或短杆状,弧菌为弧形,螺旋菌为螺旋形。
2. 生理特性分类细菌的生理特性也是分类的重要指标之一。
比如,光合细菌(photosynthetic bacteria)能利用光合作用合成有机物质,厌氧细菌(anaerobic bacteria)能在缺氧条件下生存和繁殖。
3. 生长条件分类根据细菌的生长条件不同,可以将其分为嗜热菌(thermophile)、嗜酸菌(acidophile)、嗜盐菌(halophile)等类型。
嗜热菌适应高温环境,嗜酸菌适应酸性环境,嗜盐菌适应高盐浓度环境。
细菌的命名通常遵循国际细菌命名法规定的规范。
该规范要求使用拉丁文或拉丁化的词根作为细菌的属名(genus),并加上表征特定种类的表名(specific epithet)。
例如,大肠杆菌(Escherichia coli)中,“Escherichia”为属名,“coli”为表名。
二、真菌的分类与命名真菌是一类具有真核细胞结构的微生物,包括酵母菌和霉菌等。
真菌根据其生活方式、营养特性和菌丝形态等进行分类。
1. 营养分类真菌的营养方式主要分为 saprophytes(腐生菌)和 parasites(寄生菌)。
腐生菌通过分解死物质为自己提供营养,寄生菌则寄生于其他寄主生物体上。
2. 菌丝形态分类真菌的菌丝形态也是分类的依据之一。
细菌的分类及命名

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(二)数值分类法
是通过广泛比较分类单位的性状特征,然 后计算它们的相似性,再根据相似性的数 值划分类群的一种分类方法。
至少50-60个性状以上 同等重要 只能划分到类群
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方法步骤
根据较多特征分类,每一特征地位相同。 1、每一菌株为一操作单位,确定很多特征 (50—60 个)
鞭毛菌亚门 接合菌亚门 子囊菌亚门 担子菌亚门 半知菌亚门
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第八版 1995年
原生生物界
真核 生物域
假菌界 卵菌类
子囊菌门、担子菌门 真菌界 壶菌门、接合菌门
有丝孢真菌类
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酵母:lodder分类系统
菌种鉴定工作三部曲 1、获得该微生物的纯培养 2、测定一系列必要的鉴定指标 3、查找权威性鉴定手册
的细菌大于550 种。目前中国
各级疾病预防控制机构在细菌
学检验中比较多地应用了此项
技术
菌种
基本培养基 (液体)
检测、编码、查表、鉴定
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适用于API鉴定细 菌有700多种 30
API—细菌鉴定系统
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2、Enterotube 系统
不同培养基分装不同小槽中,同 步接种,培养后检测、查表、鉴定。
重要的G-细菌 1-11组
G+细菌 12-17组 光合菌、蓝细菌、古细菌等 18-25组
放线菌 26-33 组
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《伯杰氏系统细菌学手册》第2版,
分为5卷
古生菌域 泉古生菌门
广古生菌门
2门8纲---208个种
细菌的分类及命名-文档资料

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3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念
4、属名重复出现时,拉丁文可缩写,用 第一个字母,为避免混肴,也可用2个 字母。大肠杆菌(E.coli)
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5、只确定属名、未确定种名的某一株细菌, 其拉丁文学名可在属名之后加sp.(正体字); 如果同属未定种名的若干菌株,则用 spp. (species 的缩写, sp. 表示单数,spp. 表示复数 ) , 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种, Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
金黄色葡萄球菌的学名为 命名年份
Staphylococcus aureus Rosenbach
1884 属名葡萄球菌 种名金黄色 命名人的姓
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恶臭消化链球菌的学名
改名者
Peptostreptococcus foetidus ( Veillon )Smith
属名消化链球菌 种名恶臭 原命名者
恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的 ,后 Smith 重新定为现名。
Hale Waihona Puke 212)核酸分子杂交法DNA-DNA DNA-rRNA rRNA-rRNA
方法: 待测菌株dsDNA------ssDNA 参照菌株,同位素标记的ssDNA 检测杂合DNA的放射性强度,参照菌株自 身为DNA复性的放射性强度100%
DNA-DNA杂交同源性性 >60%为同种 >70%同一亚种 20~60%为同一属
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二、细菌的分类地位
1、过去属于植物界, 现在划为:原核生物
古菌 细菌
在兽医微生物中,古细菌不占重要 地位
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2、细菌还包括 衣原体、立克次氏体、霉形体、 螺旋体、放线菌等→对动物和人 具有致病作用 蓝细菌、紫色光合细菌等
微生物的分类与命名

该系统由美国疾病控制和预防中心
(center for disease control and prevention,
CDC)使用核酸杂交和核酸序列分析结
果编排 。
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三、细菌的分类方法
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一、生理学与生物化学分类法
1、传统分类法
19世纪以来,以细菌的形态、生理特征为 依据的分类奠定了传统的分类基础。
《国际系统菌学杂志》(International Journal of Systematic Bacteriology;IJSB): 发表新细菌命名提案。
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二、细菌的分类系统
1、《伯杰系统细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Systemic
Bacteriology)
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自 1923 年 《 伯 杰 鉴 定 细 菌 学 手 册 》 (Bergey’s mannual of determinative bacteriology) 第一版问世以来,每隔四五年修订一次,至 1974年已出版至第八版。
属:性状相近、关系密切的若干菌种 组成属。
科:相近的属归为一个科 。
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菌株:同一种不同来源的细菌称为该菌 的不同菌株。
标准株(standard strain:具有某种细菌 典型特征的菌株称为该菌的标准株。
细菌的分类与命名

细菌分类系统
《伯杰系统细 菌学手册》
根据细菌细胞 壁的结构特点 将原核生物界 分为四个菌门:
薄壁菌门-有 细胞壁的革兰 阴性菌
厚壁菌门-有 细胞壁的革兰 阳性真细菌
软壁菌门-缺 细胞壁的真细 菌(支原体)
疵壁菌门-古 细菌
细菌分类系统
01
《伯杰系统细菌学手册》
02
第1卷:医学、工业和普通微生物中
革兰阴性杆菌
葡萄糖发酵 +
+ 弧菌科
氧化酶 肠杆菌科
非发酵菌 双歧索引法
(一)传统分类法
01
优点:使用方便、分类 较明确。
02
缺点:对分类性状的选 择有一定主观性。
(二)数值分类法
借助计算机将细菌按其性状的相似程度进行分类,一般选用2050项以上的生理、生化指标逐一进行比较,通过计算机分析各 菌的相似度来划分种和属。
螺旋体 革兰阴性、需氧、微需氧、有动力
第1卷 1~11组
3 4 5 6
、螺形菌 革兰阴性、无动力、弯曲菌 革兰阴性、需氧、杆菌或球菌 革兰阴性、兼性厌氧、杆菌 革兰阴性、厌氧、杆菌或螺形菌
包括医学、工业、农 业重要的革兰阴性细菌
7 8 9 10 11
异化还原硫酸盐的细菌 革兰阴性、厌氧球菌 立克次体和衣原体 支原体 内共生菌
概念
型:按某种细微特征在种内进一步区分。血清型、噬菌 体型、生物型、细菌素型。用于流行病学的分析研究。
群:不是固定分类单位,按某种生物学特征,把相应的 菌株归在一起,组成群。例如:沙门菌血清分群。
命名法
细菌科学名称(学名)的命名法采用生物双名法(binominal nomenclature)。具备拉丁化文字的形式和明确的分类等级两个特点,即由 一个属名和一个种名构成。属名在前,种名在后。
第七章 微生物的分类命名及鉴定.

其特点是随机的和非系统的。
2、数值分类法
又称表现型分类法。其原理是将多种分类依据如形态、着色性、 有无鞭毛和芽孢、生化反应、营养需要及致病性等全部等同编号, 并将全部数据输入计算机,进行运算和比较,从数字角度来计算细 菌间的相似值,从而确定各种细菌间的亲缘关系。即将拟分类的细 菌按其性状相似程度归类定位。其特点是采用多项分类依据。
菌株
是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可以有许多菌株,其主 要性状应完全相同,其次要性状可稍有差异。
(三) 细菌的分类方法
1、传统分类法
该方法是采用传统的双歧法进行分类,即主要依据形态特征,
其次是生理生化特征,然后在细菌的各种性状中,选择一项或数 项被认为是最主要的基本性质,作为分类指征,在最高一级的分 类等阶上将细菌分成若干类别;然后在这些类别中选择数项次要 性状为指征,将细菌作次一等阶分类,依此类推,一直划分到种。
及蓝细菌、紫色光合细菌等。
(二) 细菌分类单元
细菌分类单位和动植物一样,也有纲、目、科、属、种,种是最基本的分 类单元,其次是属。
属
是具有共性的若干种的组合,应与其他属有明显的差异。不同属之间的 16SrRnA序列有较大的差异,但尚未提出差异的量化标准。
种
是微生物学分类的最基本单元,种可认为是一群性质相似的菌株,它 与其他菌株群体有明显差异。凡是16SrRNA序列同源性大于 97%的两株细菌 即可确定为同一种。
形 态 学 检 查
病 原 学 检 查
血 清 学 检 查
报告鉴定结果
(二)细菌的分离与鉴定
1、病料的采集
正确采集病料是细菌分离鉴定的重要环节。采集病料时力求在濒死时或 死后数小时内无菌或尽量减少杂菌污染进行采集。通常可根据所怀疑病的类型 和特性来决定采取哪些器官或组织的病料。一般要求采取病原微生物含量多、 病变明显的部位,同时易于采取,易于保存和运送。如果缺乏临诊资料,剖检 时又难于分析诊断可能属何种病时,应比较全面地取材,例如血液、肝、脾、 肺、肾、脑和淋巴结等,同时要注意带有病变的部分,如怀疑炭疽,则非必要 时不准作尸体剖检。
细菌的分类和命名

Medical Microbiology)医学微生物学(细菌生理学Bacterial Physiology学习目标●掌握:两个规律、三培养基、四个分期、五类条件和六种产物。
●熟悉:繁殖所需的营养物质,细菌对体内、外环境的广泛适应性,细菌的免疫系统,人工培养细菌的用途,细菌的分解代谢及其生化反应和用途,以及细菌分类和命名细菌在体外生长繁殖所需的五类条件细菌个体和群体的生长繁殖规律细菌群体的生长曲线的四个分期三种不同物理性状的培养基及其接种方法和用途细菌合成代谢产生的六种特殊的代谢产物及其医学意义补充学习和理解细菌的分类和命名Bacterial Classification and Nomenclature1. 细菌分类学(Bacterial Taxonomy)的定义●是对细菌进行分类的学科,是认识细菌最基本的方法,建立历史悠久且不断发展;包括三个相互关联的领域:细菌的分类(classification):依据细菌特性的相似性,对细菌分类并建立分类的理论基础和方法细菌的命名(nomenclature):给予细菌特定的分类等级和名称细菌的鉴定(identification):鉴定细菌的特性并将其分类2. 细菌的分类层次和定义●属(Genus) :由性状相近、关系密切的若干菌种组成;●种(Species):由生物学性状基本相同的细菌群体构成; 生物真核生物域古生菌域(Archarea Domain):原核生物界(Kingdom); 2门。
未发现病原菌细菌域(Bacteria Domain):原核生物界(Kingdom); 24门(Phylum); 纲(class),目(order),科(family),属,种型(Type):同一菌种的各个细菌,在某些特性方面仍可有差异,如抗原结构不同分血清型(serotype);对噬菌体的敏感性不同分噬菌体型(phage-type); 生化反应差异分生物型(biotype);等。
细菌的分类与命名-微生物命名规则

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它的任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上,研究它们的种类,探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系,进而提出能反映自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类。
它包括三个方面:分类(classification)、命名(nomenclature)和鉴定(identification)。
一、基本概念1.细菌分类是根据每种细菌各自的特征,并按照它们的亲缘关系分门别类,以不同等级编排成系统。
分类有两种:①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法,包括有传统分类法(classicalclassification)和数值分类法(numerical classification);②用化学分析和核酸分析,以细菌大分子物质(核酸、蛋白质)结构的同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic classification)或自然分类(natural classfication)。
2.细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称,使之在生产实践、临床实践和科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名的法规,能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3.细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性,用对比分析方法确定细菌的分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌的名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌的分类等级和其他生物相同,依次为界(kingdom)、门(division)、纲(class)、目(order)、科(family)、属(genus)、种(species)。
细菌的分类与命名-微生物命名规则之欧阳道创编

细菌的分类与命名细菌分类学细菌分类学(taxonomy)是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。
它的任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上,研究它们的种类,探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系,进而提出能反映自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类。
它包括三个方面:分类(classification)、命名(nomenclature)和鉴定(identification)。
一、基本概念1.细菌分类是根据每种细菌各自的特征,并按照它们的亲缘关系分门别类,以不同等级编排成系统。
分类有两种:①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法,包括有传统分类法(classical classification)和数值分类法(numerical classification);②用化学分析和核酸分析,以细菌大分子物质(核酸、蛋白质)结构的同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic classification)或自然分类(natural classfication)。
2.细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称,使之在生产实践、临床实践和科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名的法规,能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3.细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性,用对比分析方法确定细菌的分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌的名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌的分类等级和其他生物相同,依次为界(kingdom)、门(division)、纲(class)、目(order)、科(family)、属(genus)、种(species)。
细菌属于原核生物界(procaryotae),包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体和螺旋体。
分类等级拉丁字尾比较固定,表示方法如下:目-ales、亚目-ineae、科-aceae、亚科-oideaae、族-eae、亚族-inae。
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细菌的分类与命名细菌分类学细菌分类学(taxonomy)是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。
它的任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上,研究它们的种类,探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系,进而提出能反映自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类。
它包括三个方面:分类(classification)、命名(nomenclature)和鉴定(identification)。
一、基本概念1.细菌分类是根据每种细菌各自的特征,并按照它们的亲缘关系分门别类,以不同等级编排成系统。
分类有两种:①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法,包括有传统分类法(classical classification)和数值分类法(numerical classification);②用化学分析和核酸分析,以细菌大分子物质(核酸、蛋白质)结构的同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic classification)或自然分类(natural classfication)。
2.细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称,使之在生产实践、临床实践和科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名的法规,能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3.细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性,用对比分析方法确定细菌的分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌的名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌的分类等级和其他生物相同,依次为界(kingdom)、门(division)、纲(class)、目(order)、科(family)、属(genus)、种(species)。
细菌属于原核生物界(procaryotae),包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体和螺旋体。
分类等级拉丁字尾比较固定,表示方法如下:目-ales、亚目-ineae、科-aceae、亚科-oideaae、族-eae、亚族-inae。
种是细菌分类的基本单位,将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种;性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属;相近的属归为一科;依次类推。
在两个等级之间,可添加次要的分类单位,如亚门、亚纲、亚属和亚种等。
群和组不是正式分类等级,是泛指具有某种共同特性的某个集体,任何等级都可借用。
同一菌种的各个细菌,在某些方面仍有一定的差异,可再分成亚种(subspecies),亚种以下的分类等级为型(type),以区别某些特殊的特征。
例如抗原结构不同而分的血清型(serotype);对噬菌体敏感性不同的噬菌体型(phagetype);对细菌素敏感性不同的细菌素型(bacteriocin-type),生化反应和某些生物学性状不同的生物型(biotype)。
由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌,称为株(strain)。
株的建立是从一次单独分离物的单个原始菌落传代的纯培养物,例如从10个肺结核患者的痰液中分离出的10株结核分枝杆菌。
具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌(typical strain)或标准菌株(standard strain),它是该种菌株的参比菌株。
在细菌的分类、鉴定和命名时以模式菌为依据,也可作为质量控制的标准。
三、细菌命名法《国际细菌命名法典》(the international code of nomencluture of bacteria)1990年修订本(1992年ASM出版)是目前公认的命名法典,是在1975年出版的基础上,经历了10余年,3届国际微生物学会议的努力而通过的一部法典,它确认了1980年1月1日后,由国际系统细菌学杂志(IJSB)合法发表的细菌命名。
细菌的科学名称(学名)的生物双名式(binomen),具备拉丁化文字的形式和明确分类等级的两个特点,即有一个属名和一个种名构成。
属名在前,是名词,首字母大写;种名在后,是形容词,不论是否为人名或地名均须小写;两者均用斜体表示。
细菌学名的中文译名则种名在前,属名在后。
例如Mycobecterium tuberculosis(结核分枝杆菌)、Salmonella typhi(沙寒沙门菌)。
属名也可用第一个字母代表,如M tuberculosis、S typhi等。
有时某些常见的细菌也可用习惯通用俗名如tuberoulosis (结核杆菌)、typhoid bacilus(伤寒杆菌)等。
有时泛指某一属细菌而不特指其中的某个细菌则可在属名之后加上sp,如Mycobacterium sp,Salmonella sp,即表示分枝杆菌属和沙门菌属细菌(sp代表菌种species,复数用spp);如果使用1个亚种的名称,则在种名后再加亚种名如Klesbsiella penumoniae subspecies pneumoniae。
命名法典规定,新的细菌名称必须在IJSB发表后,经过世界公认的国际细菌命名裁定委员会公布,菌名批准目录刊登后正式应用。
凡有关细菌研究的学术论文必须使用上述正式命名的细菌学名。
细菌分类方法细菌的分类是在对细菌的大量分类标记进行鉴定和综合分析的基础上进行的。
用作细菌的分类标记有形态学、生理生化学、免疫化学和遗传学等方面的性状。
近年来,应用各种现代化技术和设备研究细胞的化学结构和化学组成,分析它们的来源关系,为发展细菌分类学开拓了前景。
一、按表型特征分类法细菌的形态、染色以及细菌的特殊结构是最早和最基本的分类依据,众多的理化特征如细菌生长条件、营养要求、需氧或厌氧、抵抗力、菌体成分、能否利用某些糖类和有机酸、蛋白质、氨基酸、代谢途径、代谢产生、呼吸酸、毒性酶、毒素、致病力等也一直作为分类依据。
目前,以生理生化学作为细菌分类方法有两种,即传统分类法和数值分类法。
(一)传统分类法19世纪以来,以细菌的形态、生理特征为依据的分类奠定了传统的分类基础,它选择一些较为稳定的生物学性状,如细菌的形态结构、染色性、培养特性、生化反应、抗原性作为分类依据,然后按主次顺序逐级区分。
这种方法使用方便,分类亦较为明确,但往往带有一定程度的盲目性。
(二)数值分类法20世纪60年代,随计算机的应用而发展的细菌分类方法。
它对细菌的各种生物学性状按“等重要原则”进行分类,一般需选用50项以上的生理、生化指标逐一进行比较,通过计算机分析各菌间相似度,划分细菌的属和种,并确定它们的亲缘关系。
二、遗传学分类法遗传学分类是以细菌的核酸、蛋白质等在组成的同源程度分类。
该分类法具有下述的优点:(1)对细菌的“种”有一个较为一致的概念;(2)使分类不会出现经常性或根本性的变化;(3)可制定可靠的细菌鉴定方案;(4)有利于了解细菌的进化和原始亲缘关系。
目前较稳定的基因型细菌分类法有如下几种。
(一)DNA G+C mol/%测定DNA分子两条链上4种碱基的总分子量为100,测定其中G+G或A+T摩尔百分比,能反映出细菌间DNA分子同源程度,习惯上以G+C作为细菌分类标记。
不同菌属间的G+Cmol%范围很大,在25%~75%之间,但同一种细菌G+Cmol%相当稳定,不受菌龄、培养条件和其他外界因素影响,亲缘关系越近的细菌,它们G+C mol/%越相近。
目前测定的技术多用加热变性法。
加热变性的DNA由于双链DNA分开,使A 260紫外吸收度增加。
紫外吸收度的增加与解链程度成正比。
用Tm表示DNA分子中50%解链时的温度,Tm随G+Cmol%的含量线性增加。
在通常条件下,G+Cmol%为40的DNA其Tm约为87℃,每增加1%G+Cmol 含量,Tm约增加0.4℃,因而通过Tm可测出G+Cmol%含量。
(二)核酸同源值测定同一种细菌的G+Cmol%固然应该相同,但G+Cmol%相同的却并不一定是同一细菌。
因为G+Cmol%不能反映其碱基的序列。
精确的办法是利用DNA分子杂交技术测定DNA分子的相似度。
其基本步骤均是先提取菌株的DNA,加热变性解链,然后将两种变性的DNA(其中一种为标记DNA或rRNA)混合液在一定的温度下保温复性,重新得到杂交的双螺旋DNA分子,鉴定其双螺旋结合率。
结合率的大小反映了DNA碱基序列的相似程度和菌种之间的亲缘关系的亲疏。
DNA/DNA杂交时,同一菌的结合率为100%,80%~90%的同源为同一种内、同一亚种的细菌,60%~70%的同源性为同一种内不同亚种的细菌,20%~60%则认为是同一属中的不同菌种。
(三)核蛋白体RNA碱基序列测定细菌核蛋白体RNA序列比较保守,其变化十分缓慢。
分离提取细菌16SrRNA,用T1核酸酶消化,分析寡核苷酸的碱基序列可测出rRNA的相关性。
绘制各类群关系和树状谱,从而确定种系的发生关系。
另一种研究核蛋白体RNA碱基序列的方法是rRNA-DNA杂交,其基本原理和DNA-DNA杂交方法相同,只是最后的结果表示方法不同,常用于两个有差距的微生物间测定,例如用rRNA-DNA 杂交将假单胞菌属至少可分成5群rRNA同源群。
细菌分类系统国际上普遍采用伯杰(Bergey)分类系统,自1923年《伯杰鉴定细菌学手册》(Bergey’s mannual of determinative bacteriology)第一版问世以来,每隔四五年修订一次,至1974年已出版至第八版。
1984年将其易版为《伯杰系统细菌学手册》(Bergey’s manual of systemic bacteriology),共分4卷。
在此新版中,对细菌的高级分类作了重新安排,以细菌细胞壁的结构特点,将原核生物界分为4个菌门:薄壁菌门(Gracilicutes)、厚壁菌门(Firmicutes)、软壁菌门(Tenericutes)和疵壁菌门(Mendosicutes)。
伯杰系统细菌学手册第1卷(1984年)登载医学、工业和普通微生物中重要革兰阴性细菌;第2卷(1986年)为放线菌外的革兰阳性菌,第3卷为古细菌、蓝藻菌和其他革兰阴性菌;第4卷为放线菌。
1994年出版《伯杰鉴定细菌学手册》第9版,该版摘录《伯杰系统细菌学手册》第1卷~4卷所有菌属的表型描述,把所有细菌根据类型排列成1~35群,除群11蓝藻菌保留“目”分类单位,其余细菌不设目,除了群5保留肠杆菌科、弧菌科和巴斯德菌科科名和群11蓝藻菌科外,其他均无科名,但以细菌表型为基础的4个主要类型和《伯杰系统细菌学手册》提出的4个菌门正好相对应。
临床上也有采用CDC系统分类,该系统由美国疾病控制和预防中心(center for disease control and prevention,CDC)使用核酸杂交和核酸序列分析结果编排,如肠杆菌科的CDC分类法。