蛋白质数据库

蛋白质数据库

生物芯片北京国家工程研究中心

湖南中药现代化药物筛选分中心

暨湖南涵春生物有限公司

常用数据库名录

1、蛋白质数据库

PPI - JCB 蛋白质与蛋白质相互作用网络

Swiss-Prot - 蛋白质序列注释数据库

Kabat - 免疫蛋白质序列数据库

PMD - 蛋白质突变数据库

InterPro - 蛋白质结构域和功能位点

PROSITE - 蛋白质位点和模型

BLOCKS - 生物序列分析数据库

Pfam - 蛋白质家族数据库[镜像：St. Louis (USA), Sanger Institute, UK, Karolinska Institutet (Sweden)] ?PRINTS - 蛋白质Motif 数据库

ProDom - 蛋白质结构域数据库 (自动产生)

PROTOMAP - Swiss-Prot蛋白质自动分类系统

SBASE - SBASE 结构域预测数据库

SMART - 模式结构研究工具

STRING - 相互作用的蛋白质和基因的研究工具

TIGRFAMs - TIGR 蛋白质家族数据库

BIND - 生物分子相互作用数据库

DIP - 蛋白质相互作用数据库

MINT - 分子相互作用数据库

HPRD - 人类蛋白质查询数据库

IntAct - EBI 蛋白质相互作用数据库

GRID - 相互作用综合数据库

PPI - JCB 蛋白质与蛋白质相互作用网络

2、蛋白质三级结构数据库

PDB - 蛋白质数据银行

BioMagResBank - 蛋白质、氨基酸和核苷酸的核磁共振数据库?SWISS-MODEL Repository - 自动产生蛋白质模型的数据库ModBase - 蛋白质结构模型数据库

CATH - 蛋白质结构分类数据库

SCOP - 蛋白质结构分类[镜像: USA | Israel | Singapore | Australia]

Molecules To Go - PDB数据库查询

BMM Domain Server - 生物分子模型数据库

ReLiBase - 受体/配体复合物数据库 [镜像： USA]

TOPS - 蛋白质拓扑图

CCDC - 剑桥晶体数据中心 (剑桥结构数据库 (CSD))

HSSP - 蛋白质二级结构数据库

MutaProt - PDB数据库中点突变的比较

SWISS-3DIMAGE - 蛋白质和其他生物分子的三维图像?BioImage - 生物图像数据库 (包含生物大分子图像) 3、蛋白质组数据库和链接

2－D胶数据库以及与2－D胶相关的数据库

蛋白质组链接

4、与核酸相关的数据库

EMBL - EMBL核酸序列数据库 (EBI)

Genbank - GenBank核酸序列数据库 (NCBI)

DDBJ - 日本DNA数据库

dbEST - dbEST(表达序列标签)数据库 (NCBI)

dbSTS - dbSTS(序列标签位点)数据库 (NCBI)

AsDb - 异常剪切数据库

ACUTS - DNA非转录保守序列数据库

密码子数据库

EPD - 真核生物启动子数据库

HOVERGEN - 颈椎动物同源基因数据库

IMGT - 免疫遗传学数据库 [镜像： EBI]

ISIS - 内含子序列信息

RDP - 核糖体数据库

gRNAs db - gRNA数据库

PLACE - 植物DNA顺势调控元件数据库

PlantCARE - 植物中DNA顺势调控组件数据库

ssu rRNA - 欧洲核糖体RNA数据库－小核糖体

lsu rRNA - 欧洲核糖体RNA数据库－大核糖体

5S rRNA - 5S核糖体RNA数据库

tmRNA Website - tmRNA站点

tmRDB - tmRNA数据库

tRNA - tRNA剪切（ Bayreuth大学）

uRNA db

RNA editing - RNA剪切位点

RNAmod db - RNA修饰数据库

TelDB - 多介质端粒数据库

MPDB - 分子探针数据库

VectorDB - 载体序列数据库

5、糖类

FCCA - 糖类论坛

GlycoSuiteDB - 多聚糖数据库

Monosacharide browser - Space filling Fischer projection for monosaccharides

Thorkild's lectin page - 凝集素通道

6、特殊物种数据库:

人类：

OMIM - 孟德尔遗传在线－－人类

GENATLAS - 人类基因图集

GeneClinics - 医学基因学库

GDB - 基因组数据库

GeneCards - 人类基因整合信息数据库

UDB - 人类基因图谱数据库

Ensembl人类基因组浏览器

UCSC人类基因组工作草图

TIGR HGI - TIGR人类基因组索引

Hs UniGene - GenBank中的人类转录本

STACK - 序列标签比对

/doc/2f10050145.html, - 人类基因预测

GenLink - 人类基因组资源数据库

GeneLynx - 人类基因组

HUGE - 人类未知基因－大型蛋白质反转录得到的cDNA (KIAA...) HUNT - 人类异常转录本

CGAP - 癌症基因组解剖学

MGC - 哺乳动物基因

SCDb - 干细胞数据库

Homophila - 人类疾病基因与果蝇基因对比数据库

Human Protein Atlas - 人类正常组织蛋白质与癌细胞蛋白质表达与位点的比较

Chr at Rutgers - Rutgers的人类染色体信息

Chr at Sanger - Sanger Center的人类染色体信息

Chr Swiss-Prot list - Swiss-Prot的染色体信息

脊椎动物：

OMIA - 孟德尔遗传在线－－动物

MGI - 小鼠基因组学信息 [镜像： Australia]

Ensembl小鼠基因组浏览器

TIGR MGI - TIGR小鼠基因索引

Mm UniGene - GenBank 中的小鼠转录本(EST clusters) ?MGC - 哺乳动物基因

Mouse gene knockouts db - 小鼠基因敲除数据库