NGS高通量测序公司实验组(内部培训教材)课程1
《NGS基础培训》课件
数据分析
对原始数据进行处理、分析和 解读，提取有用的信息。
样本准备
样本类型
根据研究目的和实验需 求选择合适的样本类型
，如血液、组织等。
样本采集
确保采集过程的无菌操 作，避免污染和交叉感
染。
样本保存
选择适当的保存方式， 确保样本在实验前后的
稳定性和一致性。
样本量
根据实验需求确定所需 的样本量，确保实验结 果的可靠性和可重复性
伦理问题
隐私权保护
NGS技术可能涉及个人基因信息，需 确保这些信息不被滥用或泄露。
基因歧视
防止基于基因信息的歧视，确保公平 对待。
临床试验和患者权益
确保临床试验的公正性和患者的知情 同意权。
基因编辑技术的伦理界限
关于基因编辑技术的使用范围和目的 ，应明确其伦理界限。
法律问题
知识产权保护
法律责任和赔偿
对基因的表达产物转录本进行注 释，包括转录本的序列、表达量
、变异等信息。
蛋白质注释
对蛋白质进行注释，包括蛋白质 的序列、结构、功能等信息。
变异检测
单核苷酸变异（SNV）
检测基因组中单个碱基的变异。
结构变异（SV）
检测基因组中的大片段结构变异，如拷贝数 变异、倒位、易位等。
插入和缺失（INDEL）
检测基因组中的片段插入和缺失。
。
数据质量控制
数据完整性
评估原始测序数据的完整性， 确保数据没有缺失或损坏。
数据准确性
对测序数据进行质量评估，确 保数据的准确性和可靠性。
数据重复性
评估测序数据的重复性，确保 数据的一致性和可重复性。
数据可比性
对不同样本或实验条件下的数 据进行可比性分析，确保数据
2022实操培训第1讲高通量测序上机实验实操演示
2022实操培训第1讲高通量测序上机实验实操演示作为疾控工作者，您是不是也想了解给流调工作提供帮助的测序实验是怎么开展的呢？作为实验室工作人员，您是否也想接触更多型号的测序仪呢？作为生物信息分析师，您是不是也好奇您日常接触的测序数据究竟是如何从实验产生的呢？在本次的培训中，我们共制作了三款不同测序仪的上机实操视频，方便各位同仁了解不同型号的测序仪的异同，以及上机操作注意事项。
供大家参考~华大测序仪MGIseq200上机实验实操演示：Illumina测序仪Miseq上机实操演示：三代测序仪Nanopore上机实操演示：PS：小伙伴们本来还准备了建库实操视频（16S文库构建和WGS 文库构建），可是仍在纠结于不够完美。
配音和字幕都没有做好，因此本次就暂不放出啦。
待明年培训的时候再与大家相会吧~ 讲师介绍：强裕俊，中国疾病预防控制中心传染病预防控制所测序工程师，研究方向病原微生物和宏基因组学，长期从事于病原微生物高通量测序相关工作，拥有多年3730、454、Miseq、BGIseq、Nonapore等不同型号测序仪相关工作经验及处理各类样本量近万份，参与发表SCI 文章数篇。
本系列所有资料，仅用于内部学习交流，未经授权，不可他用。
长按关注公众号名称：微微悦明科学的乐趣是获得新知识的喜悦~高通量测序、大数据病原微生物检测和监测健康大数据行业资讯记录与分享前期课程链接：国庆献礼-2022测序和生信理论课程集锦2022理论培训课第1讲高通量测序基础知识和原理简介2022理论培训课第2讲生物信息常用资源和工具使用演示2022理论培训第3讲 mNGS病原检测-宏基因组测序和报告解读2022理论培训课第4讲细菌基因组进化与溯源分析2022理论培训课第5讲微生物基因组数据库和数据分析云平台。
赛福基因公开课第四节《高通量测序（NGS）数据分析中的质控》
赛福基因公开课第四节《高通量测序（NGS）数据分析中的质控》大家好，很高兴今天有机会和大家一起来探讨高通量数据分析中质量控制的相关知识和技术。
这次探讨的内容包括三个方面：高通量测序和数据分析的基本流程，高通量数据分析中的原始数据质控和高通量数据分析中的比对结果质控。
首先，为什么需要做质量控制呢？我们知道，要想有一个好的分析结果，必须要有一个质量好的数据。
理想的情况是：高通量测序的结果里只有我们想要的序列,而且每个序列碱基的可信度都是100%。
但现实并非如此。
比如在建库过程中的各种物理化学原因或污染，测序仪本身的缺陷等，都会造成测序结果里有不利用分析的序列存在，比如碱基的质量过低或者含有其他来源的污染序列。
为了后续生信分析的的可靠性，就要把这些不利于分析序列部分或整条清除。
那怎样来查看数据质量，怎样处理不理想的数据以得到相对可靠的分析结果呢？首先我们来看看高通量数据分析的基本流程，看看哪些步骤应该做质控。
第一个部分：高通量测序和数据分析的基本流程。
在高通量数据测序和分析的流程中，首先，要从需要测序的组织里提取DNA，然后将提取的DNA片段化。
如果要测全基因组（全基因组测序即WGS）的话，这些片段就可以直接用来扩增和测序。
如果只要测外显子区域（全外显子测序即WES）的话，就要利用这些片段和探针对外显子区进行捕获和富集，然后对捕获的外显子区DNA进行测序。
如果这些测序得到的结果里只含有我们需要的序列而且测序仪识别的每个碱基都正确的话，下面所需要做的只是将序列比对到参考基因组，从比对结果里识别DNA变异，最后对识别到的变异进行功能注释用来寻找致病的变异。
但事实上，通过全基因组测序或全外显组测序得到的结果里不只是含有我们需要的序列，而且碱基的可信度也不是100%。
所以，为了得到可靠的生信分析结果，我们就必须做质控（quality control）。
如右边的示意图所示，质控包括拿到数据之后对原始数据的质控和比对到参考序列以后对原始比对结果的质控。
2015高通量测序培训课程-常见NGS方案实验流程及常见问题解析-讲义
8000rpm，30sec
离心力不可过大！
倒废液：倒前准备吸水纸；切勿伸入废液瓶；沾液时不同样 品管切勿使用同一位置。
×
√
洗涤
操作方法：
加入740ml PW溶液 8000rpm，30sec 倒废液（要求同前）
操作要求：
悬空滴加 尽量只使用1个枪头 枪头一旦触碰样本，立刻弃掉，严段化 STEP2 • 末端修复加dATP STEP3 • 连接测序接头 STEP4 • PCR扩增
DNA片段化
末端修复加 dATP
连接测序接 头
PCR扩增
打断方法
Covaris System (AFA)
Nebulizer
打断范围 100bp-500bp 400bp-800bp
Ta序
25℃ 30min 72℃ 20min
连接测序接 头
PCR扩增
DNA磷酸化 激酶
P P
磷酸化的目的 填补连接缺口，提高连接效率
DNA片段化
末端修复加 dATP
连接测序接 头
PCR扩增
Illumina 接头
P5 Index
Rd1 Seq Primer
T
Y型接头的目的 减少接头自连的可能性！
转录因子研究 ➢ RIP-Seq
NGS基本流程
ST4 •生物信息分析
样本前处理
样本前处理都做些什么？ 核酸提取（DNA/RNA)
样本类型有哪些？ 1. 人，动物的血液及器官组织等。 2. 植物（根茎叶，胚芽，种子等）。 3. 微生物（细菌，真菌）。
SDS
ProteinaseK
Tris-HCl (pH 8.0)：提供碱性反应条件，防止DNA酸解。 EDTA终(p浓H度8.0)：大分子10螯0m合M 二价阳离子5，0m抑M 制DNase加活样1性%本(w前。/v加) 入
NGS基础培训课件
生物信息分析问题
总结词
生物信息分析是ngs数据分析的核心步骤，但也存在一些问题。
详细描述
生物信息分析主要包括数据预处理、比对、变异检测和注释等方面。数据预处理主要包括质量控制、降噪和过 滤等步骤；比对主要包括与参考基因组进行比对和可视化等步骤；变异检测主要包括单核苷酸变异、插入缺失 和结构变异等检测；注释主要包括基因和通路富集分析、疾病关联分析和突变类型分析等步骤。
建库原理
核酸提取
核酸提取的目的是富集目标序列，去除其他杂质。
末端修饰
在建库过程中，需要将DNA或RNA某种方法将中的序列进行富集和去除不需要的序列。
03
ngs数据分析流程
下一代测序技术是继第一代测序技术Sanger后，发展起来的 高通量测序技术，能够一次处理大量序列信息。
测序流程
下一代测序的流程主要包括样本准备、构建、测序反应 、数据分析等环节。
测序原理
链终止法
链终止法是利用核苷酸特异性的终止剂，使得ddNTP可以终止DNA聚合酶的 延伸反应。
高通量测序
高通量测序是下一代测序技术的主要特点，能够在短时间内对大量序列进行 测序。
数据预处理
质量控制
使用FastQC等工具对原始数 据进行质量控制，检测数据中 是否存在可疑序列、高通量测
序的偏差等。
去除批次效应
将不同批次的数据进行归一化处 理，以去除批次效应，便于后续 分析。
数据过滤
根据质量控制结果，对数据进行过 滤，去除低质量的数据。
序列比对
选取比对算法
使用比对算法将序列与参考基 因组进行比对，如Bowtie、
随着技术的不断进步，NGS在生命科学研究中的 应用领域越来越广泛，从基因组学到转录组学、 表观组学等多个领域。
《NGS基础培训》课件
2023《ngs基础培训》课件contents •ngs基本概念及发展历程•ngs工作原理及测序技术•ngs在临床疾病研究中的应用•ngs在生物进化研究中的应用•ngs在环境科学中的应用•ngs技术在未来医学中的应用前景目录01ngs基本概念及发展历程下一代测序技术(NGS)是一种高通量的生物学技术，可以对基因组进行大规模、并行、快速、准确的测序。
NGS技术具有高速度、高通量、高灵敏度、高准确性、低成本和可重复性等优点。
ngs定义与特点ngs发展历程人类基因组计划完成了人类基因组的初步测序。
2005年2007年2010年2012年第一台下一代测序仪(Solexa)问世，标志着NGS时代的到来。
测序技术的快速发展，使得一天内能够完成人类基因组的测序。
单分子测序技术(PacBio RS)的出现，打破了基因组测序的限制。
ngs应用领域生物进化研究等药物研发和个性化治疗罕见疾病研究遗传疾病诊断和预防肿瘤诊断和治疗02ngs工作原理及测序技术总结词双端测序技术是NGS中应用最为广泛的技术之一，可以有效测定生物体基因组的变异情况。
详细描述双端测序技术是一种基于高通量测序平台的技术，它可以从生物体的两端同时进行测序，从而获得基因组的正反方向序列。
这种方法可以大大提高测序的精度和效率，同时减少测序成本。
双端测序技术总结词单端测序技术是一种简单有效的NGS技术，适用于对特定基因或DNA片段进行深入研究。
详细描述单端测序技术只对DNA的一条链进行测序，因此可以快速获得大量序列数据，并且可以有效降低测序成本。
但是这种方法无法测定基因组的整个序列，需要结合其他技术进行分析。
单端测序技术序列组装和基因组构建是NGS技术的关键环节，对于后续的基因组分析和研究至关重要。
详细描述序列组装是将测序得到的数千个序列片段进行拼接和排列，从而得到完整基因组序列的过程。
基因组构建是在序列组装的基础上，根据生物体的基因组结构特点构建基因组图谱的过程。
《NGS基础培训》课件
CATALOGUE目录•NGS技术概述•NGS实验流程•NGS数据解读•NGS技术的生物信息学应用•NGS技术的实际应用案例•NGS技术的未来发展趋势及前景展望NGS技术的发展历程2018年，NGS技术已经成为了生物医药领域的研究热点，并逐渐应用于临床实践。
NGS技术的应用场景NGS技术可以快速、准确地检测基因变异，为遗传病、肿瘤等疾病的诊断和治疗提供依据。
基因组学研究微生物学研究肿瘤学研究免疫学研究NGS技术可以用于微生物种群结构分析、病原菌检测等，有助于感染性疾病的诊断和治疗。
NGS技术可以用于肿瘤基因检测、耐药性分析等，为个性化治疗提供依据。
NGS技术可以用于免疫分型分析、免疫治疗等，有助于免疫相关疾病的诊断和治疗。
NGS技术的优势与局限性优势NGS技术具有高通量、高灵敏度、高分辨率等优点，可以同时检测多个基因位点，为复杂疾病的诊断和治疗提供更全面的信息。
局限性NGS技术也存在一些局限性，如数据解析的复杂性和准确性问题，以及高昂的技术成本和设备成本等。
此外，对于某些特定类型的样本，如低质量的样本或难以提取的DNA样本，NGS技术的适用性也受到限制。
03质量控制样本准备01样本采集02样本处理建库流程文库构建对处理后的核酸进行文库构建，包括片段化、末端修复、加接头等步骤。
富集通过PCR扩增或其他方法，对文库中的目标序列进行富集，提高测序的准确性。
质量控制对构建好的文库进行质量评估，如浓度、纯度、插入大小等，以确保满足测序要求。
010302测序流程测序仪运行数据产出质量控制数据分析流程数据预处理基因组组装基因注释数据分析学习NGS数据的基本格式和结构，包括FASTQ、BAM、VCF等常见格式。
了解NGS数据基本格式掌握序列质量和数据质量的概念及评估方法，以便后续的数据分析。
理解序列质量和数据质量学习基因组注释文件（如GFF/GTF）的基本结构和内容，便于解析基因组位置和结构信息。
掌握基因组注释文件读懂NGS数据了解NGS数据中可能存在的质量问题，如序列质量低、测序深度不足等，掌握处理和筛选高质量数据的方法。
《NGS基础培训》课件
通过将正常基因导入病变细胞，补偿缺陷基因，从而治疗遗 传性疾病和某些癌症。
05
ngs面临的挑战与未来发展
数据安全与隐私保护
1 2
数据加密与安全存储
采用数据加密技术和安全存储设备，确保测序 数据不被窃取或篡改。
数据匿名化
通过匿名化处理，减少敏感信息暴露，保护个 人隐私。
3
合规性与法规遵守
遵守相关法律法规和伦理规范，确保个人基因 数据得到合法使用和保护。
通过对肿瘤组织进行NGS检测，发现患者的突变基因，为靶向治疗提供依据，如 非小细胞肺癌中的EGFR突变。
指导靶向药物选择
根据肿瘤基因检测结果，医生可以针对性地选择靶向药物，提高治疗效果并减少 副作用。
个性化医疗与精准预防
个性化治疗方案
根据患者的基因特征和疾病状况，制定个性化的治疗方案， 提高治疗效果并减少不良反应。
THANKS
谢谢您的观看
数据质量控制与评估
总结词
数据质量控制与评估是NGS数据分析中非常重要的环 节，通过质量控制可以评估数据的质量、准确性和一 致性。
详细描述
数据质量控制是通过专门的软件，如FastQC、Trim Galore等，对NGS数据进行质量评估。这些软件可以 根据数据的基本特征和质量指标，如序列长度、质量 值、GC含量等，对数据进行过滤、修剪和优化。同时 ，通过使用多个样本的比较分析，可以评估数据的一 致性和准确性。最终得到高质量的NGS数据分析结果 。
NGS技术可以对微生物群落进行基因组测 序，研究微生物多样性和功能。
02
ngs工作原理及测序技术
双端测序技术
总结词
双端测序技术是NGS测序技术中的一种，可以同时对正向和反向序列进行测序。
NGS基础培训课件
利用生物信息学工具对高质量序列 数据进行比对、组装、变异检测等 分析，以获得基因组组装、基因注 释、变异检测等结果。
03
ngs相关技术
短读长测序技术
总结词
高效、快速、简便
详细描述
短读长测序技术是一种高效的基因测序方法，其使用高通量的测序仪对基因组进行测序。该技术具有快速、简 便等优点，可以在短时间内完成大量基因组的测序。短读长测序技术一般使用聚合酶链式反应(PCR)扩增特定 的DNA片段，然后对这些片段进行测序。
长读长测序技术
总结词
高分辨率、低误差率
详细描述
长读长测序技术是一种基因测序方法，该技术使用一 种名为"连接酶"的酶将DNA片段连接起来，然后对这 些连接后的DNA片段进行测序。长读长测序技术具有 高分辨率、低误差率等优点，可以更准确地检测基因 变异和染色体结构变异。该技术在基因组组装、基因 注释和疾病研究等方面具有广泛的应用。
临床应用合规性挑战
01
总结词
02
详细描述
03
总结词
临床应用合规性是NGS技术在 医学领域应用中必须考虑的重 要因素。
临床应用合规性包括多个方面 ，如伦理审查、数据安全和隐 私保护、检测标准和流程等， 需要严格遵守相关法规和标准 。
应对临床应用合规性挑战需要 从多个角度进行考虑和规范， 包括制定完善的技术规范和标 准、加强监管和审查力度等。
检测方法
通过对肿瘤组织样本进行NGS 检测，分析肿瘤细胞的基因变
异情况，如EGFR、BRAF、 KRAS等。
适用人群
适用于肿瘤患者，特别是需要 进行靶向治疗、免疫治疗等个
性化治疗的患者。
检测目的
帮助医生确定治疗方案、判断 预后和复发风险。
高通量测序基础学习培训
富集的外泌体
• 干冰运输即可。也可以送4ml左右血浆或血清， 我们来富集。
1. 一般每组至少3个样本
2. 取样的代表性及准确性
• 取材时间、部位、处理条件等方面尽可能保持一致 • 准确记录，并按要求（低温、迅速）采集、制备、贮存、运输进行实验处
理
3. 样本编号
• 比如：癌症病人组可用编号 C_01； C_02； C_03……；正常病人组可用 编号 N_01； N_02
2） 2100 bioanalyzer检测片段大小：其峰值大小应该是目的片段大 小加上接头的序列长度。
示例1 2100 bioana分析
• 数据质控和筛选过滤，得到高质量数据 • 根据不同的测序类型进行差异基因分析、功能注
释、预测新的基因等
• 判断是否存在降解应以2100 bioanalyzer模拟电泳图为准 • 植物样品检测结果为 25S/18S ，具有相同的参考意义
RIN值 浓度、总量
• RNA Intergrity Number，RNA完整性指数，满分为10分 • 建议使用符合RIN值≥ 7且rRNA 28S/18S≥ 0.7
• 起始总RNA浓度≥ 100 ng/µl • 起始总RNA量 ≥ 2 µg/样品（如小RNA测序） • 或起始总RNA量 ≥ 20 µg/样品（如转录组测序）
示例1 2100 bioanalyzer峰图和模拟电泳图
示例2
（报告一）
样序列打 碎成200-500bp的
小片采用特异性染料结合的方式特异性的检测样本浓度 来实现精确定量。
主要测序平台
Illumina 高通量测序平台，主要由HiSeq测序仪和MiSeq测序仪组成。
HiSeq 2500平台
• 转录组测序、小RNA测序
NGS基础培训 ppt课件
qPCPCR 标准品制备
✓ 工作原理：在PCR反应体系中加入 荧光基团，利用荧光信号累积实时 监测整个PCR进程；
✓ 合格标准：一般在求在2-30nM之 间，微生物建库要求在4-30nM之 间。
基因组DNA轻微降解
基因组DNA中度降解
基因组DNA严重降解
PPT课件
8
问题样本的常见特征-污染
基因组DNA胶孔污染
基因组RNA污染
PPT课件
9
RNA样本的常见问题-降解、污 染
M1 1
标1 标2
基因组污染
严重降解 中度降解 轻微降解
PPT课件
10
样本-RNA
PPT课件
11
样本异常判定基准2出库的标准3定量
4
混库和Pooling注意
PPT课件
1
核酸样本优良的区分
总量、纯度、完整性
PPT课件
2
精品资料
• 你怎么称呼老师？ • 如果老师最后没有总结一节课的重点的难点，你
是否会认为老师的教学方法需要改进？
• 你所经历的课堂，是讲座式还是讨论式？ • 教师的教鞭 • “不怕太阳晒，也不怕那风雨狂，只怕先生骂我
笨，没有学问无颜见爹娘 ……”
• “太阳当空照，花儿对我笑，小鸟说早早早……”
A230，A260, A280
A230：碳水化合物在230 nm具有最高吸收峰的吸收 波长； A260：核酸在260 nm具有最高吸收峰的吸收波长； A280：蛋白质在280 nm波长处有最高吸收峰；
纯DNA或者RNA：A260/A230=2.5✓ 作用：定性检测的片段长度；检查压胶器，压 胶
检查仪器设备是否可 用
✓ 工作原理：基于微流控芯片实验技术；
如何读懂一份NGS检测报告 PPT培训课件
I-II类变异有详细解读
➢ Ⅲ类变异（尚无相关临床证据） ➢ IV类变异（已知无临床意义，报告未列）
The Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 19, No. 1, January 2017
CAPP-seq
Guardant 360
5000X 40000X
<0.01%
读懂NGS报告，最后了解 报告是否真实可靠
靠谱的NGS报告：清晰明了的检测信息+详细的质控信息
送检临床样本，却出现质控不过关的情况？
单基因异常分析—罕见耐药突变EGFR L747P
患者基本信息： 61岁男性患者，吸烟史30年，120支/年；病理 诊断：腺癌；IV期，多处肋骨及脊柱转移。
燃石NGS液体活检结果提示为EGFR L747P
治疗方案： 一线， 六个周期的培美曲塞+顺铂化疗，PD。
二线，EGFR-TKI（厄洛替尼）1个月，PD。 带有EGFR-L747P突变的NSCLC对于TKI不敏感
NGS应用的局限性
读懂NGS报告，你首先需要知道 报告核心信息有哪些？
核心结构
➢Summary小结 ➢体细胞突变 对应有何药物？ ➢胚系突变 遗传风险？ ➢TMB/MSI等结果 免疫治疗获益？ ➢质控 样本是否符合要求
1：总体小结
信息提取
临床信息：肺癌，血浆样本 有临床意义变异：NTRK基因融合 肿瘤突变负荷：7.9个突变/Mb 胚系致病变异：无 样本质量评估：合格
CDH1(40~83%)、STK11(29%)、BMPR1A、SMAD4、MUTYH、MLH1/MSH2/MSH6/PMS2/EPCAM、SDHA、SDHB(77%)、SDHC、 SDHD(86%)、SDAF2、MET、PDGFR、KIT
NGS基础培训
样本建库的判定基准 出库的标准定量混库和Pooling注意
核酸样本优良的区分
A230，A260, A280
A230：碳水化合物在230 nm具有最高吸收峰的吸收波 长； A260：核酸在260 nm具有最高吸收峰的吸收波长； A280：蛋白质在100倍 作 清洗电极 检查压胶器，压 胶 加marker、ladder ，样 检查仪实验技术；
纯DNA：A260/A280=1.8 纯RNA：A260/A280=2.0
DNA>1.8 有蛋白质污染（<1.6）； RNA<2.0 有蛋白污染（<1.8），> 2.2时，说明RNA已经水解成单核酸了。
RIN(RNA Integrity Number)
RNA的降解则表现为核糖体RNA带的弥散，以Agilent 2100进行毛细管电泳并以软件 的RIN(RNA Integrity Number)分数评估，10为RNA完整性最好，0为最差。
合格标准：插入片段偏差在20%以下， 主峰明显、无杂峰，无接头和无引物 二聚体。释至3nM /ul按每条Lane产 出算比例Pooling
坚持扩大稀释比例原则
样本-DNA
问题样本的常见特征-降解
基因组DNA轻微降解
基因组DNA中度降解
基因组DNA严重降解
样本-RNA
样本异常-颜色
轻微颜色异常
中度颜色异常
深度颜色异常
真核mRNA样本建库标准参考
真核LncRNA样本建库标准参考
真核miRNA样本建库标准参考
真核DNA样本建库标准参考
真核外显子样本建库标准参考-基因组稀释液的准 备实验前的准备工作
样品倍乘稀释 Mix分装 qPCR反应液的准备 并混匀 上机操作 数据处理
玩转NGS实验室第二期如何建设高通量测序实验室(上)
玩转NGS实验室第二期如何建设高通量测序实验室（上）高通量测序技术的快速发展，使得高通量测序实验室在生物医学研究中扮演着重要的角色。
如何建设一个高效的高通量测序实验室，成为了许多研究者的需求。
本文将介绍如何建设一个高通量测序实验室，并分为两部分进行介绍。
本篇为上篇，主要介绍实验室硬件设施的选购和搭建。
一、设备选购1. 高通量测序仪：高通量测序实验室的核心设备，需要根据实验室的需求进行选购。
目前市面上有多种高通量测序仪可供选择，如Illumina HiSeq X Ten、Illumina NovaSeq、Pacific Biosciences SMRT 等。
需要根据实验室需求、实验规模、预算等因素进行选择。
2.样品预处理设备：样品预处理设备主要用于DNA/RNA的提取、纯化、扩增和文库制备等过程。
常用的设备有自动提取仪、PCR仪、文库制备仪等。
根据实验室的需求和样本量进行选购。
3.数据处理设备：高通量测序产生的大量数据需要进行处理和分析。
需要配备高性能服务器和存储设备，以保证数据的高效处理和存储。
二、实验室搭建1.实验室空间规划：根据设备选购情况和实验室的需求，规划实验室的空间布局。
需要考虑实验室样品处理区、测序仪设备区、数据处理区、实验操作区等不同功能区域的布置。
2.实验室环境控制：高通量测序实验对环境的要求较高，需保证温度、湿度、噪音等的控制。
需要配备空调系统、除湿机、噪音隔离设备等。
同时，还需要划定实验室操作区和非操作区，以减少污染源对样品的干扰。
3.电力供应：高通量测序实验室对电力的需求较大，需要配备稳定的电力供应和不间断电源。
同时，需要保证电源的可靠性和安全性，以防止电力故障对实验产生不利影响。
4.安全设施：高通量测序实验室需要配备相应的安全设施，如火灾报警器、消防设备、安全柜等。
确保实验室的安全性和工作人员的安全意识。
5.数据传输和存储：高通量测序产生的大量数据需要进行传输和存储。
需要配备高速网络设备和大容量的数据存储设备，以保证数据的高效传输和安全存储。
《NGS基础培训》PPT课件
检查压胶器，压 胶
✓ 工作原理：基于微流控芯片实验技术；
✓ 合格标准：插入片段偏差在20%以下， 主峰明显、无杂峰，无接头和无引物 二聚体。
加marker、ladder ，样品
上机操作
清洗电极并进行 数据处理
可编辑课件检查库检表，并准备 检查试剂和芯片是否 够用，并平衡到室温
检查仪器设备是否可 用NGS相关注意事项1样本建库的判定基准2出库的标准3定量
4
混库和Pooling注意
可编辑课件
核酸样本优良的区分
可编辑课件
A230，A260, A280
A230：碳水化合物在230 nm具有最高吸收峰的吸收 波长； A260：核酸在260 nm具有最高吸收峰的吸收波长； A280：蛋白质在280 nm波长处有最高吸收峰；
可编辑课件
真核DNA样本建库标准参考
可编辑课件
真核外显子样本建库标准参考-基因组
可编辑课件
真核外显子样本建库标准参考-单细胞
可编辑课件
真核外显子样本建库标准参考-特殊样本可编辑课件判定-定性测序策略 PE150
测序策略对片段的限制范围
最适片段范围(加接头120bp)
风险片段范围(加接头120bp)
纯DNA或者RNA：A260/A230=2.5
>2.5 仪器带来的误差； <2.5 样品被碳水化合物（糖类）、盐类或有机溶剂污染，需要纯化样品 （<2.0）。
纯DNA：A260/A280=1.8 纯RNA：A260/A280=2.0
DNA>1.8 有蛋白质污染（<1.6）； RNA<2.0 有蛋白污染（<1.8），>可编2辑.课2件时，说明RNA已经水解成单核酸了。
基于NGS的肺癌组织基因检测与液体检测的一致性分析及对免疫治疗疗效的预测价值介绍演示培训课件
NGS技术可以检测肺癌患者血液中的肿瘤标志物，如癌胚抗原、细胞角蛋白19片段等 ，为肺癌的诊断和治疗提供重要信息。
液体活检
通过NGS技术对肺癌患者的血液、尿液等液体样本进行检测，可以实现肺癌的无创诊 断和实时监测，为患者提供更加便捷的检测方式。
NGS技术在两种检测中的比较
样本获取方式
NGS技术在免疫治疗疗效预测中的应用
NGS技术在肺癌基因检测中的应用
NGS技术可用于检测肺癌患者的基因突变、基因表达等，为免疫治疗提供个性化 的治疗建议。
NGS技术在免疫治疗疗效预测中的价值
通过NGS技术检测患者的基因变异等信息，可以预测患者对免疫治疗的反应，从 而为医生制定治疗方案提供参考。
NGS技术对免疫治疗疗效的预测结果和讨论
基于NGS的肺癌组织基因检测 与液体检测的一致性分析及对
免疫治疗疗效的预测价值
汇报人:XXX
2024-01-10
目
CONTENCT
录
• 引言 • 肺癌组织基因检测与液体检测概述 • NGS技术在肺癌组织基因检测和液
体检测中的应用 • 基于NGS的肺癌组织基因检测与液
体检测的一致性分析
目
CONTENCT
提取肺癌患者体液（如血液、尿液等）中的外泌体，检测其携带的蛋白
质、RNA等生物标志物，反映肿瘤的生物学特性。
组织基因检测与液体检测的比较
样本获取
组织基因检测需要获取肺癌组织样本，通常通过手术或穿刺活检获取；液体检测则通过抽 取患者外周血或其他体液进行检测，相对更便捷。
检测灵敏度与特异性
组织基因检测具有较高的灵敏度和特异性，能够直接反映肿瘤组织的基因组特征；液性相对较低。
05
NGS技术对免疫治疗疗效的预测价值
《NGS基础培训》课件
主要应用于基因组学、转录组学、表观组学等领域，涉及疾病诊断、生物进化、农业育种 等方向。
ngs测序原理及技术
01
NGS测序原理
NGS测序主要采用大规模并行测序技术，将DNA或RNA序列在短时
间内进行大量测序，得到大量的序列数据。
02
NGS测序技术分类
NGS测序技术主要分为链终止法、可逆终止法和边合成边测序法等几
ngs技术在其它领域中的应用
农业领域
NGS技术可以对动植物进行基因测序，发现优良性状基因和品种 改良的分子基础等，有助于提高农业生产效率。
环境科学领域
NGS技术可以对环境中的微生物群落进行基因测序，分析微生物 生态结构和功能等，为环境保护和治理提供帮助。
生物安全领域
NGS技术可以对生物安全相关的微生物进行基因测序，鉴定病原 微生物种类和进化关系等，为生物安全防范和应急处理提供支持 。
建库原理
了解建库的基本原理和建库的 必要性。
建库步骤
掌握建库的基本步骤和注意事项 。
建库常见问题
了解建库中可能遇到的问题和解决 方法。
ngs基础实验-测序
测序原理
了解测序的基本原理和测序技 术的应用。
测序步骤
掌握测序的基本步骤和注意事 项。
测序常见问题
了解测序中可能遇到的问题和 解决方法。
ngs基础实验-数据分析
NGS技术可以对人类基因组进行测序，发现导致遗传疾病的基因 变异等，为临床诊断和治疗提供依据。
肿瘤诊断和治疗
NGS技术可以对肿瘤进行基因测序，发现突变基因和免疫治疗靶 点等，有助于肿瘤的诊断和治疗方案的制定。
感染性疾病诊断
NGS技术可对病毒、细菌等病原微生物进行基因测序，提高感染性 疾病的诊断准确性和速度。
高通量基因测序原理及操作流程培训PPT课件
采图 信号收集
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Load： 采图 1 X NaOH 完成后
25℃
Load： 2×SSPE
25℃
洗脱结束， 进入下cycle
第8页/共11页
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测序过程的总结
➢1、3步骤：杂交；连接；信号收集。 ➢2、常用酶：T4连接酶（30℃）。 ➢3、2种滤光片：绿色滤光片—CY3；黄色滤光片—TR。 ➢4、4种反应Buffer：2×SSPE；Reaction Buffer；1 X Buffer N
❖ 原理 ❖ 流程图
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原理
I.
杂交：利用碱基互补原理，通过退火将anchor结合于测序样品末端的已知序列；
II. 连接：随后在T4 ligase的作用下，使与待测位点碱基互补的荧光探针与anchor 连接并与样品互补结合；
III. 收集信号：收集与样品结合后的荧光探针在特定激发光下发出的荧光信号，由荧 光信号的种类确定样品上所测位点的碱基种类。
next cycle
New Anchor
5’ DNA 3’ Beads
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流程图
杂交
连接 T4 ligase的作用使与 信号收集
待测位点碱基互补的 收集与样品结合后
退火将anchor结 荧光探针与anchor连 探针在特定激发光
合于样品末端 接并与样品互补结合 下发出的荧光信号
第5页/共11页
（ NaOH）；Washing Buffer
➢5、1Base，2Cycle：Cycle1 —A(TR)、G（CY3）；Cycle2—C（TR）、T
（CY3）。
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谢谢您的观看！
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techniques）
一代测序仪
ABI-377
二代测序仪
至今
1985 1981
一个例子
测序技术的发展
1975 - Southern DNA 杂交技术 1977 - Sanger双脱氧链终止法测序技术 Maxam、Gilbert’s 化学法DNA测序技术 1980 -自动化原位寡核苷酸合成仪
1985 - Cetus公司的 Mullis发明 PCR 技术
2 4 8 16 32 64 1,048,576
3 cycle = 8 Amplicon
4 cycle = 16 Amplicon
5 cycle = 32 Amplicon
6 cycle = 64 Amplicon
6 20
7 cycle = 128 Amplicon
30
1,073,741,824
Illumina技术的主要错误-机器误差
Illumina技术数据的格式
Illumina技术数据的质量控制
数据产品的 主要属性
1.读长 2.插入片段
信息分析与技术应用
孤儿基因簇-药物筛选
RNA结构-基因功能
GWAS分析-基因功能预测及动植物育种
微生物群落分析-医学应用
ctDNA检测-无创产前
Thanks
Digestion reveals restriction cleavage sites as “gaps”, under fluorescent microscopy, after staining with intercalating dye
目前的技术主流
目前主流测序平 台-二代illumina
PE 101+8+101
Illumina技术的主要错误-测序原理
Illumina技术的主要错误-建库过程
No. of
1 cycle = 2 Amplicon
No. Amplicon Copies of Target
Cycles
2 cycle = 4 Amplicon
1 2 3 4 5
三代测序仪
Other Technology
.
Cells gently lysed to extract long genomic DNA molecules (>150 kb) – pieces of microbial chromosomes DNA captured in parallel arrays of single DNA molecules using microfluidic device
NGS实验部培训1
锐翌பைடு நூலகம்物科技 陈璟 2016/10/10
未来d BT
1890 前 机械 1911-1946 电子管 1947-1958 晶体管
1959-1970 集成电路
1971-1979 微处理器
1980-至今 现代PC
IT and BT