蛋白质折叠优秀课件

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生物物理学蛋白质的折叠-02课件PPT

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旋光物质对左旋和右旋圆偏振光的吸收不同, 造成 传播速度不同, 振幅不同, 合成光矢量叠加后将不 是线偏振光而是椭圆形。
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用CD研究细胞色素C的折叠
a-helix formation is more rapid than tertiary structure rearrangements of aromatic sidechains in the folding of cytochrome c. The kinetics of these changes were determined by CD at 222 and 289 nm
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更为精化的H-P 晶格模型: Toy模型
H = ??
氨基酸基团之间的夹角是任意的
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Experimental Methods 蛋白折叠的实验方法
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CD (圆二色谱)
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CD (圆二色谱)
• 光学活性物质对左、右旋圆偏振光的吸收 率不同,其光吸收的差值ΔA (Al - Ad) 称为该 物质的圆二色性(circular dichroism ,简写作 CD)
Protein Folding
第二讲 蛋白质的折叠(2)
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Contact order (CO, 接触序)
the Cα-Cα distance cut-off is 4 Å 即产生局部有效接触的氨基酸基团的Cα 原子不超过这个距离范围
2
Conclusion 01: CO模型指出,对于两态折叠蛋白, 局部有效接触(CO)越多,接触序 的值越小,折叠速率(k)越快.
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色谱 (Chromatography)
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利用色谱捕获双硫键形成的中间态

第4章 蛋白质折叠

第4章 蛋白质折叠
后来,有人把这设想的一级结构决定空间结构
的密码叫作“第二遗传密码”。
完整的提法应该是遗传密码的第二部分, 即蛋白质中氨基酸序列与其空间结构的对应 关系,国际上称之为第二遗传密码或折叠密 码。
第二遗传密码的特点
简并性
在第一遗传密码中有所谓“简并性”,即同一
AA可以由不同密码子所编码,如CGA 和AGC 都编码为Arg,UCC 和AGU都编码为Ser等。
到底非天然构象的什么特征能被分子伴侣识别呢?
确切的原因还未知,目前只知道在天然构象
中,疏水残基多半位于分子的内部而形成疏水核,
去折叠后就可能暴露出来,或者在新生肽段的折叠
过程中,会暂时形成在天然构象中本应该存在于分 子内部的疏水表面,因此认为分子伴侣最有可能是 与疏水表面相结合。
分子伴侣的类型
=GropES+GropEL
凋亡,从而改善氧合功能,降低病死率。
增加心脏组织中Hsp70基因的表达,可使心脏具有
抵抗缺血或内毒素损伤的作用
近几年 ,有关Hsp70的研究已成为分子生物
学的一大热点,并逐渐成为临床多种疾病 治疗的新途径。由于Hsp能够对各种形式的
组织细胞损伤提供保护作用,随着研究的
深人,应用药物或基因工程等技术诱导Hsp 作为肺损伤的治疗方法颇具前景。
DNA 遗传信息的传递
肽链
RNA
Proteins
实质上是多肽链

有活性的蛋白 质天然构象
遗传信息的传递应该是从核苷酸序列到有完 整结构的功能蛋白质的全过程。
第二遗传密码
多肽链的一级结构决定它的空间结构,既然前
者决定后者,一级结构和空间结构之间肯定存
在某种确定的关系,这是否也像核苷酸通过 “三联密码”决定氨基酸顺序那样有一套密码 呢?

蛋白质折叠

蛋白质折叠

扩散-碰撞-粘合机制
Diffusion-Collision-Adhesion Model)
蛋白质的折叠起始于伸展肽链上的几个位点,在这些位 点上生成不稳定的二级结构单元或疏水簇,主要依靠局 部序列(3-4个残基)相互作用来维系。
疏水簇以非特异性布朗运动方式扩散、碰撞、相互黏附, 导致大的结构生成并增加稳定性。
Anfinsen's dogma
➢ 按照自组装学说,一级结构决定空间结构的密码 叫作“第二遗传密码”。
➢ 按照自组装学说,每个蛋白多肽翻译从基因序列 开始生成线性的氨基酸链,这种多肽没有三维 结构。然而链中氨基酸具有总的化学特征:疏 水的,亲水性,或带电,可被认为蛋白质折叠 机制
➢ 按照自组装学说,每一步折叠都是正确的,充分 的,必要的。实际上折叠过程是一个正确和错 误途径相互竞争过程。边合成边折叠同时进行 的协调的动态过程。
热休克蛋白
热休克蛋白 Heat Shock Proteins (HSPs),是 细胞在应激原特别是高温诱导下生成的一 组蛋白质。广泛存在各生物中。
许多热休克蛋白具有分子伴侣活性。
按照蛋白的大小共分为五类,分别为 HSP100,HSP90,HSP70,HSP60 以及小 分子热休克蛋白。HSP分子量都在80~ 110kD、68~74kD和18~30kD之间。不同 分子量的HSP在细胞内的分布也有所不同
每条途径的折叠速度都较快, 与单一途径折叠方 式相比, 多肽链速度较快, 另一方面, 外界生理 生化环境的微小变化或突变等因素可能会给单 一折叠途径造成较大的影响 这些变化可能给某 条折叠途径带来影响, 但不影响另外的折叠途径, 因而不会从总体上干扰多肽链的折叠
分子伴侣(chaperon)
概念:伴随蛋白质构象正确形成的一类蛋白 质。

蛋白质结构-3ppt课件

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3. 合成不同长度的新生肽片断: 在不同的阶段终止正在核糖体上合成的蛋白质肽链,
从而得到一系列不同长度的肽片断(都是以N-端开头), 然后观察他们的折叠过程。
(二)研究方法:
快速动力学方法与蛋白质空间结构研究方法相结合,捕捉 蛋白质折叠的中间状态,拼出折叠过程
快速动力学方法:停流法(stopped flow) 温度跃迁法(temperature jump) 超快光谱法等
I (x,y) = log [ P(x/y) / P(x) ] 若: y对x无影响,则 P(x/y) =P(x) ,并且I (x,y) =0
y有利于x的产生,则 P(x/y) P(x), I (x,y) 0 y不利于x的产生,则 P(x/y) <P(x),I (x,y) < 0
若y较复杂,分成若干个相关联或独立的事件,则其信息分 解方程扩展为:
(4) Stress-90:
功能不十分清楚,一般只与少数几种底物蛋白作用,如: 几种蛋白激酶,钙调素等
(5) 分子内伴侣: 枯草杆菌的Ser蛋白酶(胞外酶) N 信号肽-----前导肽(77aa)------酶蛋白 C
指导分泌
分子内伴侣
成熟蛋白
(三)分子伴侣的功能
① 稳定新生肽链未折叠构象,帮助新生肽链正确折叠 ② 帮助寡聚蛋白亚基的正确组装 ③ 维持蛋白处于可转运构像,辅助跨膜运输 ④ 参与抗逆反应 ⑤ 个别分子伴侣兼有折叠酶的作用: 如:E. coli分子伴侣 触发因子:脯氨酰异构化酶
识别未折叠或错误折叠的蛋白并以单体形式与其结 合,在ATP存在下,帮助正确折叠
此外,细胞质中的Hsp70能与核糖体上正在合成的 新生肽链结合,使多肽以完全伸展的状态进行跨膜运输。 Stress-70家族成员:Dna k, Dna J (E. coli);

讲稿3-蛋白质的折叠

讲稿3-蛋白质的折叠

第三章蛋白质的折叠进行正确的折叠和组装未折叠、错误折叠和部分折叠或组装从内质网运输到高尔基体选择性地留在内质网最终运输到细胞表面或其他部位。

或者从高尔基体运回内质网。

运回细胞质在蛋白体(ptoteasome)中降解。

第一节概论Anfinsen的实验:变性使蛋白质丧失其活力,这是它的三维结构受到破坏的结果。

原有的4个二硫键还原成8个疏基酶的活力由于复性而恢复结论:aa排列顺序决定特定的空间结构;天然三维结构得到重新建立,它是多肽链自发折叠的结果。

折叠形成正确的三维空间结构才可能具有正常的生物学功能。

如果折叠在体内发生故障, 形成错误的空间结构;不但将丧失其生物学功能, 甚至会引起疾病。

异常的三维空间结构引发折叠病:疯牛病、老年性痴呆症、囊性纤维病变、家族性高胆固醇症、家族性淀粉样蛋白症、某些肿瘤、白内障等等。

那么,【问题】aa顺序能否代表着功能 ? ? ?多肽链的aa顺序并不能直接表现出功能,功能只是多肽链折叠成特定的三维结构后才出现的,但多肽链的aa包含了它折叠全部信息。

蛋白质折叠的研究(图)的应用价值未折叠状态 U中间状态I天然构象N狭义的定义研究蛋白质特定三维空间结构形成的规律、稳定性和与其生物活性的关系。

“aa顺序决定蛋白空间结构”原则核糖体上释放的多肽链,按照一级结构中aa侧链的性质,自主卷曲,形成一定的空间结构。

过去观点蛋白质空间结构的形成靠其一级结构决定,不需要另外的信息。

近来发现细胞内蛋白质正确装配都需“分了伴娘”蛋白帮助才能完成。

贡献:对新生肽段能够自发进行折叠的新发现从根本上修正了传统的概念。

归功于X射线、晶体衍射和各种波谱技术以及电子显微镜技术等。

尤其是NMR(核磁共振)用于研究蛋白质,能极为详细的研究蛋白质分子的动力学,即动态的结构或结构的运动与蛋白质分子功能的关系。

NMR技术已经能够在秒到皮秒的时间域上观察蛋白质结构的运动过程:包括:主链和侧链的运动;在各种不同的温度和压力下蛋白质的折叠和去折叠过程。

第4章 蛋白质折叠

第4章 蛋白质折叠
8mol/L尿素(niào sù)或 6mol/L盐酸胍及β-巯基乙 醇
透析去掉尿素及β-巯基乙 醇,让变性酶的巯基在空气 中缓慢氧化,恢复其原有的 二硫键(4个) 和次级键,酶 的活性又逐渐恢复(95~ 100%)。
SH
SH
牛胰核 糖核酸 酶
SH
SH
SH
SH
SH
SH
110
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随机重组:8个SH形成4个二硫键的概率是: 1/7×1/5×1/3=1/105 核糖核酸酶不仅重新折叠了,而且(ér qiě)选择 了105种可能方式中正确的一种。
I型HSP40
II型HSP40
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HSP40(DnaJ)
2个锌指, I型独有 底物 结合 位置
HSP70 (DnaK)
底物结合位置 C端
I型HSP40
II型HSP40
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核苷酸结合位置(N端)
底 物
HSP40与HSP70相互作用示意图
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Hsp70的其他(qítā)功 能
▪ Hsp70作为一种重要的内源性保护因子,可提高肺组 织对各种损伤的耐受性。肺组织中Hsp70表达的增加 可减轻肺水肿及炎性反应,减少(jiǎnshǎo)肺组织细胞 凋亡,从而改善氧合功能,降低病死率。
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60年代,Anfinsen提出氨基酸序列(xùliè)决定了 蛋白质特定三维空间结构的著名假说。
self-assembly的主导学说: 蛋白质的氨基酸序列已经(yǐ jing)包含了它 的三维结构的全部信息(一级结构决定高 级结构)
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体外实验结论(jiélùn)扩展到 体内:
细胞内新合成的多肽链,在其合成终了之后 (zhīhòu),不需要别的分子的帮助,也不需要额 外能量的补充,就应该能够自发地折叠而形成它 的三维结构。

第四章 蛋白质的折叠(Folding) 生物物理学课件

第四章   蛋白质的折叠(Folding) 生物物理学课件
白质折叠的理论及技术作为指导
5
研究背景
加德赛克在新几内亚岛发 现了一种奇怪的疾病 ,当地 的土著人称之为“kuru”。由 于找不到病因,被当地人称 为“终极巫术”。
Kuru在当地的含义是颤 抖,因某种未知的寒冷或恐 惧而颤抖。一旦Kuru的颤抖 开始,就不可逆转,诅咒会 越来越烈,直至死亡为止。 Kuru的诅咒非常残酷:先是 不可抑制的颤抖,然后丧失 行走能力及无法言语,接着 瘫痪。但中了巫术的人至死 心智都很清醒,不会陷入昏 睡状态,因此格外痛苦。
6
卡里顿·加德赛克
美国国立卫生研究 院病毒和神经研究 室主任,因发现神 经性传染性疾病的 新病因和传播新机 制而获得1976年诺 贝尔医学/生理学奖。
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牛胰核糖核酸酶的一级结构
二 硫 键
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牛胰核糖核酸酶的变性和复性
变性剂
复性
巯基 乙醇
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蛋白质的变性作用(Denaturation)
蛋白质分子受到某些物理因素如热、紫 外照射、高压和表面张力等或化学因素如有 机溶剂、脲、盐酸胍、酸、碱等的影响,会 发生一些性质上的变化,如生物活性的丧失, 一些内埋的侧链基团的暴露,溶解度、粘度、 扩散系数以及其他的一些物理化学性质的改 变,分子结构松散,易于被蛋白酶水解,这 一现象称为蛋白质的变性作用。
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熔球中间态的最普遍特征
(1)多肽链的尺寸比无规卷曲小得多,略大于完 全折叠态;
(2)由远紫外CD测得的二级结构的平均组成同折 叠态相似;
(3)由近紫外CD与NMR可测得其侧链处于均一的 环境中,与之相反的是,完全折叠态内部各侧链处 于不同的、非对称的环境中;
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熔球中间态的最普遍特征
(4)许多酰胺基与溶剂交换氢原子的速度比折叠态要 快,比去折叠态要慢;

蛋白质的折叠PPT课件

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二级结构的形成与维持
α-螺旋
由连续的肽链围绕中心轴 旋转形成,具有高度的规 律性和稳定性。
ห้องสมุดไป่ตู้
β-折叠
肽链通过平行的或反平行 的排列形成,稳定性较高。
β-转角
肽链在连续的转折处形成, 有助于维持蛋白质的二级 结构。
分子伴侣的作用
帮助新生肽链折叠
分子伴侣可以与新生肽链结合,帮助 其正确折叠成稳定的三维结构。
详细描述
电子显微镜技术通过加速电子束照射样品并 在电磁透镜中聚焦成像,能够观察蛋白质的 整体形态和亚细胞结构。该技术可以提供高 分辨率的三维图像,有助于理解蛋白质的折 叠和组装过程。
分子动力学模拟
总结词
分子动力学模拟是一种计算机模拟方法,用于模拟蛋白质折叠和变构的动力学过程。
详细描述
分子动力学模拟通过计算机程序模拟原子间的相互作用和运动,可以模拟蛋白质折叠的整个过程,并预测蛋白质 的稳定构象。这种方法有助于理解蛋白质折叠的机制和动力学特性,为药物设计和蛋白质工程提供理论支持。
防止不正确折叠
协助蛋白质运输和分泌
在细胞内运输和分泌蛋白质的过程中, 分子伴侣起到关键作用,确保蛋白质 在正确的时间和地点发挥功能。
分子伴侣可以识别并防止错误折叠的 蛋白质聚集,确保蛋白质的正确组装。
蛋白质折叠的能量学
自由能变化
蛋白质折叠过程中伴随着自由能 的变化,自由能的变化决定了蛋 白质折叠的平衡态和动力学过程。
蛋白质三级结构的形成
蛋白质三级结构是指整条肽链中全部氨基酸残基的相对空 间位置,也就是整条肽链的三维构象。
三级结构的形成通常是通过多种相互作用力来实现的,如 氢键、疏水相互作用和离子键等。这些相互作用力在肽链 的不同部分之间形成稳定的空间构象,从而使肽链折叠成 具有特定三维结构的蛋白质。
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所谓“晶核”实际上是由一些特殊的氨基酸 残基形成的类似于天然态相互作用的网络结 构,这些残基间不是以非特异的疏水作用维 系的,而是由特异的相互作用使这些残基形 成了紧密堆积。晶核的形成是折叠起始阶段 限速步骤。
拼版模型 (Jig-Saw Puzzle Model)
中心思想是多肽链可以沿多条不同的途径进行 折叠, 在沿每条途径折叠的过程中都是天然结构 越来越多, 最终形成天然构象
细胞内的蛋白质折叠
➢ 体内折叠过程往往与翻译共启始,因此,N-末 端蛋白开始折叠,而C-末端部分仍在合成。 ➢ 氨基酸序列与折叠密切相关 ➢ 化学修饰往往与肽链的折叠密切相关 ➢ 折叠是有序的、由疏水力推动的协同过程。 ➢ 最近的理论提出了蛋白质折叠氢键的贡献 ➢ 伴侣分子在折叠中起着辅助性的作用 ➢ 折叠在越膜转运过程中:解开折叠后才能越膜。
进一步碰撞形成具有疏水核心和二级结构的类熔球态中 间体。
球形中间体调整为致密的、无活性的类似天然结构的高 度有序熔球态结构。
最后无活性高度有序熔球态转变为完整有活力的天然态
成核-凝聚-生长模型
(Nuclear-Condensation-Growth Model)
肽链中的某一区域可以形成“折叠晶核”, 以它们为核心,整个肽链继续折叠进而获得 天然构象。
扩散-碰撞-粘合机制
Diffusion-Collision-Adhesion Model)
蛋白质的折叠起始于伸展肽链上的几个位点,在这些位 点上生-4个残基)相互作用来维系。
疏水簇以非特异性布朗运动方式扩散、碰撞、相互黏附 ,导致大的结构生成并增加稳定性。
➢在折叠时,在环境条件(温度,溶剂和组成等 )一定 ,天然结构是一个独特的、稳定的和动力 学自由能最低的。
➢Anfinsen原理:Anfinsen's dogma,自组装( self-assembly)学说,“自组装热力学假说”,是 分子生物学的一个假设:顺序决定构象。Anfinsen 因此而获得1972年诺贝尔化学奖。
蛋白质折叠的问题
蛋白质折叠:热力学和动力学问题 在生理条件下多肽链折叠是热力学上有利的
过程 多肽链折叠是一个动力学的问题 一个在热力学上可以成立的反应由于动力学
能障在实际上未必可以完成。 蛋白质在体外折叠和在细胞内折叠的问题 理论研究和实验研究的问题
蛋白质折叠的原理
Anfinsen学说:自组装(self-assembly)
蛋白质折叠优秀课件
蛋白质合成的基本步骤
蛋白质折叠前后
蛋白质折叠定义
➢蛋白质折叠:狭义是蛋白质特定三维空间结构形 成的规律、稳定性和与其生物活性的关系。 ➢蛋白质折叠是物理过程。多肽折叠成特定功能 的三维结构, ➢“分子伴侣”的发现和鉴定改变了蛋白质折叠 研究的经典概念
蛋白质折叠的发现
➢1961年Anfinsen表现核糖核酸酶 可变性后重折 叠,同时保持酶活性,从而表明蛋白折叠所有要 求的信息在其一级结构内。
Condensation-Growth Model) 拼版模型(Jig-Saw Puzzle Model)
框架模型(Framework Model)
假设蛋白质局部构象依赖于局部的氨基酸序列 在多折叠的起始阶段, 先迅速形成不稳定的二
级结构单元,称为“flickering cluster” 随后二级结构靠近, 形成稳定的二级结构框架 最后二级结构框架相互拼接,渐紧缩,形成三
级结构。 这个模型认为即使是一个小分子的蛋白也可以
一部分一部分的进行折叠, 其间形成的亚结构域 是折叠中间体的重要结构。
疏水塌缩模型
(Hydrophobic Collapse Model)
在疏水塌缩模型 中,疏水作用力被认为是 在蛋白质折叠过程中起决定性作用的力的 因素。
在形成任何二级结构和三级结构之前首先 发生很快的非特异性的疏水塌缩。
Ellis1987年提出了蛋白质“辅助性组装学说”。体内蛋白 质折叠往往需要其他辅助因子参与,并伴有ATP的水解 。因此,蛋白质折叠是一个热力学过程,也受动力学控 制。
有的学者基于有些相似氨基酸序列的蛋白质具有不同的 折叠结构,而一些不同氨基酸序列的蛋白质在结构上却 相似的现象,提出了mRNA二级结构可能作为一种遗传 密码从而影响蛋白质结构的假说。
目前为止,对蛋白质折叠机制的认识仍是不完整的,甚 至有些方面还存在着错误的观点。
蛋白质折叠与生物信息流
在生物体内,生物信息流动可分为两个部分: 第一部分是存储于DNA序列中的遗传信息通
过转录和翻译传入蛋白质的一级序列中,这是 一维信息之间的传递,三联子密码介导了这一 传递过程 第二部分是肽链经过疏水塌缩、空间盘曲、侧 链聚集等折叠过程形成蛋白质的天然构象,同 时获得生物活性,从而将生命信息表达出来 蛋白质折叠是一维信息向三维信息的转化过程
蛋白质折叠的途径
蛋白质折叠的途径
独立折叠 热休克蛋白70辅助蛋白质折叠 HSP70和伴侣协助配合下折叠
蛋白质折叠的理论模型
框架模型(Framework Model) 疏水塌缩模型(Hydrophobic Collapse
Model) 扩散-碰撞-粘合机制 (Diffusion-
Collision-Adhesion Model) 成核-凝聚-生长模型(Nuclear-
Anfinsen's dogma
➢ 按照自组装学说,一级结构决定空间结构的密码 叫作“第二遗传密码”。
➢ 按照自组装学说,每个蛋白多肽翻译从基因序列 开始生成线性的氨基酸链,这种多肽没有三维 结构。然而链中氨基酸具有总的化学特征:疏 水的,亲水性,或带电,可被认为蛋白质折叠 机制
➢ 按照自组装学说,每一步折叠都是正确的,充分 的,必要的。实际上折叠过程是一个正确和错 误途径相互竞争过程。边合成边折叠同时进行 的协调的动态过程。
每条途径的折叠速度都较快, 与单一途径折叠方 式相比, 多肽链速度较快, 另一方面, 外界生理 生化环境的微小变化或突变等因素可能会给单 一折叠途径造成较大的影响 这些变化可能给某 条折叠途径带来影响, 但不影响另外的折叠途径 , 因而不会从总体上干扰多肽链的折叠
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