如何用NCBI和uniprot数据库查找目的蛋白的氨基酸序列或目的基因的碱基序列

NCBI 良心教程,寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

NCBI 良心教程，寻找基因转录本序列及相
3.点击search 进入该界面关编码蛋白
提及NCBI 我们大家都不陌生，研究物种基因功能可都靠它呢。

在NCBI 的快速搜索下，基因转录本序列以及相关编码蛋白信息那也是手到擒来。

然而当我们查找某个基因的相关信息时，就会发现该基因有很多个转录本。

所以尽管基因查询很简单，但要精确定位到自己所需的转录本核酸序列及蛋白信息仍是一个问题，今天小编就手把手教大家如何通过经NCBI 搞定此难题，以栗子为主，包学包会。

步骤
1.打开pubmed：https:///pubmed
2.选择基因并输入你要查找的基因名称，这里以TP53 基因为例：
4.点击第一个TP53 进入以下界面
5.下拉到NCBI Reference Sequences (RefSeq)区域，mRNA and Protein(s)下显示的就是该基因的转录本及其编码的蛋白：
6.一直下拉会发现该基因共有15 个转录本
案例
以第一个转录本为例来告诉大家怎样查找转录本的核苷酸序列及其编码的蛋白质的氨基酸序列。

7.点击NM_000546.5 后会出现以下界面
8.下拉到ORIGIN 区域即为该转录本的核苷酸序列
9.返回到以下界面
10.点击NP_000537.3 后会看到以下界面
11.下拉到ORIGIN 区域即为该转录本编码的蛋白质的氨基酸序列
获得该转录本的ORF 序列12.返回到以下界面
13. 点击CCDS11118.1 后会出
现
14.下拉到Nucleotide Sequence 区域即为该转录本的ORF 序列，Translation 区域是该转录本编码的蛋白质的氨基酸序列。

NCBI如何查找序列

NCBI如何查找序列NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物技术信息服务的综合性数据库。

该数据库包含了大量的基因序列、蛋白质序列、文献等信息。

要查找序列，可以使用NCBI提供的不同工具和资源，包括基本功能、BLAST（基本局部序列比对工具）和Entrez等。

1.基本功能：NCBI提供了一个称为"Basic Search"的引擎，可以使用关键字、序列ID、序列描述等进行。

只需要在框中输入关键字，系统将返回与该关键字相关的所有序列。

可以通过筛选选项进一步缩小范围，例如组织选择、物种选择、发表年份等。

这对于查找特定的序列非常有用。

2.BLAST（基本局部序列比对工具）：BLAST是NCBI提供的一种用于快速和比对生物序列的工具。

它可以比对给定的序列与NCBI数据库中的序列进行相似性。

用户只需将目标序列输入到框中，选择BLAST数据库和其他设置，小工具将返回与目标序列相似的其他序列和相关信息，包括序列标识符、比对分数、比对位置等。

3. Entrez：Entrez是NCBI提供的一个综合性数据库引擎，可以用于不同类型的生物信息，包括序列、文献、生物样本等。

用户可以在框中输入关键字，并选择要的数据库类型。

对于序列，选择"Nucleotide"、"Protein"或"Gene"数据库类型。

此外，用户还可以使用高级选项进行更精确的。

结果将包括与关键字相关的序列、文献、记录和其他相关信息。

此外，NCBI还提供一些其他工具和资源，可以进一步帮助用户查找和分析序列，如NCBI数据浏览器、Gene数据库、SRA数据库等。

这些工具和资源可以根据具体需求进行使用。

总之，通过NCBI提供的基本功能、BLAST工具和Entrez系统，用户可以方便地查找到自己需要的生物序列。

蛋白质数据库使用说明

引言：蛋白质数据是生物信息学领域中非常重要的资源之一，它提供了大量关于蛋白质序列、结构、功能以及相互作用等方面的信息。

本文旨在介绍如何使用蛋白质数据库，帮助用户更好地利用这一资源进行研究。

概述：蛋白质数据库是一个集成了许多蛋白质信息的在线资源，用户可以通过搜索、浏览、等方式获取所需的信息。

其中，常用的蛋白质数据库包括NCBI、UniProt、PDB等。

这些数据库提供了丰富的蛋白质数据，并且不断更新以满足用户需求。

正文内容：1.数据库搜索功能1.1.关键词搜索1.1.1.输入蛋白质名称1.1.2.输入序列片段1.1.3.输入关键词1.2.高级搜索选项1.2.1.提供更精确的搜索结果1.2.2.支持过滤和排序功能1.2.3.可以根据相关字段进行搜索2.数据库浏览功能2.1.蛋白质分类2.1.1.按物种分类2.1.2.按功能分类2.1.3.按家族分类2.2.数据表格浏览2.2.1.查看蛋白质基本信息2.2.2.查看蛋白质序列2.2.3.查看蛋白质结构2.3.数据图谱浏览2.3.1.查看蛋白质相互作用网络2.3.2.查看蛋白质结构域分布2.3.3.查看蛋白质功能注释3.数据库功能3.1.蛋白质序列数据3.1.1.全部序列3.1.2.特定物种的序列3.2.蛋白质结构数据3.2.1.已解析的蛋白质结构3.2.2.蛋白质结构预测结果3.3.蛋白质相互作用数据3.3.1.已验证的相互作用数据3.3.2.预测的相互作用数据4.数据库工具与资源4.1.序列比对工具4.1.1.BLAST4.1.2.PSIBLAST4.2.结构预测工具4.2.1.SWISSMODEL4.2.2.Phyre24.3.功能注释资源4.3.1.GeneOntology4.3.2.InterPro4.4.数据库交互接口4.4.1.提供API接口4.4.2.支持数据提交与5.数据库更新与维护5.1.数据更新频率5.2.数据质量保证5.3.用户反馈与支持5.4.数据库版本与历史记录总结：蛋白质数据库为研究人员提供了丰富的蛋白质信息资源，通过搜索、浏览、等功能，用户可以轻松地获取需要的数据。

巧用数据库我是如何使用NCBI，UCSC，Ensembl，Uniprot四个数据库的？

巧⽤数据库我是如何使⽤NCBI，UCSC，Ensembl，Uniprot四个数据库的？我们吉凯基因⽹上商城()中引物产品对应的基因⽬前已经覆盖NCBI refseq数据库、mirbase数据库、circbase数据库中human，mouse，rat的所有基因以及Ensembl数据库的部分基因。

但今天呢，我们不说我们的引物产品，也不谈数据之间的差别，就说说这⼏个数据库到底能做什么？⽏庸置疑，NCBI，UCSC，Ensembl，UniProt四个数据库功能⾮常强⼤，下⾯给⼤家介绍下我⾃⼰⽤的最多的功能。

NCBI 中BLAST⼯具NCBI中的Nucleotide BLAST、Protein BLAST、BLAST Genomes（对应图中的1、2、3），这三种⽐对⼯具⽤的最多，其余两种blastx、tblastn（对应图中的4和5），⽤的相对较少，但是不得不说，真的好⽤！！1.Nucleotide BLAST（BLASTN）：nucleotide–nucleotide BLAST，核苷酸与核苷酸⽐对⼯具，可以序列之间⽐对，也可以与NCBI nucleotide database⽐对；2.Protein BLAST（BLASTP）：protein–protein BLAST，蛋⽩序列与蛋⽩序列⽐对⼯具。

可以序列之间⽐对，也可以与NCBI Protein database⽐对；3.BLAST Genomes：核苷酸与选择的基因组之间的⽐对；4.blastx：核苷酸与蛋⽩序列⽐对，将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋⽩质与蛋⽩质数据库中的序列进⾏⽐对，对分析新序列和EST很有⽤；5.tblastn：将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进⾏⽐对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有⽤；只有将两个数这五种⽐对⼯具相信⼤家都⽤过，那么⽐对结果怎么看呢？以tblastn举例。

⽐对结果中需要注意Query Coverage和Identities两个数值，只有将两个数值结合起来看，才能很好地说明序列的⽐对情况。

ncbi使用方法

ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。

以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。

2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。

3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。

4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。

5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。

6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。

7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。

8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。

一步一步教你使用NCBI查找DNA

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个全球顶级的生物医学数据库，提供了大量的基因序列和相关的生物信息。

在这个教程里，我们将介绍如何在NCBI中基因转录本序列以及相关编码蛋白。

第一步：访问NCBI网站首先，打开你的浏览器，并输入 "NCBI"，然后点击按钮。

在结果中，选择并点击进入 "NCBI - National Center for Biotechnology Information" 的官方网站。

第二步：选择数据库在NCBI的官方网站中，你可以看到很多不同的数据库。

对于本教程，我们将使用 "GenBank" 数据库来基因转录本序列以及相关编码蛋白。

点击页面左上角的 "Databases" 菜单，然后选择 "Nucleotide" 数据库，它是用于基因序列的数据库。

第三步：基因转录本序列在 "Nucleotide" 页面中，你会看到一个框，可以输入你感兴趣的基因的名称或相关关键词。

在框中输入基因的名称或相关关键词，然后点击按钮。

此时，你将看到与该基因相关的转录本序列的结果列表。

除了查找基因转录本序列，你还可以使用NCBI相关的编码蛋白质序列。

在 "Nucleotide" 页面中，选择 "Protein" 或 "Protein database" 选项卡。

在框中输入与你感兴趣的蛋白质相关的关键词，并点击按钮。

此时，你将看到与该蛋白质相关的转录本或基因的结果列表。

点击结果列表中感兴趣的蛋白质，你将进入蛋白质的详细页面。

在这个页面上，你可以找到该蛋白质的序列以及其他相关信息。

总结：在NCBI中基因转录本序列及相关编码蛋白可以通过以下步骤完成：1.访问NCBI官方网站；2.选择 "GenBank" 数据库；3.你感兴趣的基因的名称或相关关键词；4.点击结果中的转录本，查看序列和其他详细信息；5.如果你想相关编码蛋白质，选择 "Protein" 选项卡，并输入相关关键词；6.点击结果中的蛋白质，查看蛋白质序列和其他相关信息。

一步一步教你使用 NCBI 查找DNAmRNAcDNAProteinpromoter引物设计BLAST 序列比对等

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对

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现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

NCBI如何查找序列

1下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。

我也推荐大家使用这个序列。

4．点击上述三条序列第一条序列（即 reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在 Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。

我推荐大家选择 GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA格式只有基因序列。

6．在 Sequence Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。

点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。

你会看到: mRNAjoin(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA 片断，由于内含子的存在，所以 mRNA 在DNA 序列上分成了几段。

uniprot查属种的蛋白数目方法

uniprot查属种的蛋白数目方法在生物学研究中，了解特定属种的蛋白质数量是很重要的。

Uniprot是一个广泛使用的蛋白质数据库，提供了大量关于蛋白质的信息。

下面将介绍使用Uniprot查找特定属种的蛋白质数量的方法。

首先，打开Uniprot网站，并点击页面顶部的"搜索"选项卡。

在搜索框内输入你想要查找的属种名称，例如"人类"。

在下拉菜单中选择"Organism"作为搜索字段。

按下"搜索"按钮后，Uniprot将会显示与该属种相关的蛋白质信息列表。

在此列表中，你可以获得关于每种蛋白质的详细信息，包括蛋白质名称、序列、功能等。

要获取该属种的蛋白数目，可以在页面顶部的搜索结果摘要中查找包含"Reviewed (Swiss-Prot)"或"Unreviewed (TrEMBL)"标签的条目。

这些标签表示经过评审的蛋白质（Reviewed）或未经评审的蛋白质（Unreviewed）。

计算蛋白数目时，只需注意这些评审状态并统计相应标签下的条目数即可。

可以使用浏览器的查找功能（通常是按下键盘上的"Ctrl+F"键）来找到包含这些标签的条目数。

总结来说，使用Uniprot查找特定属种的蛋白数目方法为：在Uniprot网站上搜索该属种名称并选择"Organism"作为搜索字段，找到评审状态为"Reviewed"和"Unreviewed"的蛋白质条目，并统计它们的数量。

这样，你就能获取特定属种的蛋白数目信息了。

(整理)在NCBI里查询物种基因与蛋白质序列

8.前面选择Protein,输入物种名如Poria cocos,搜索出来如下内容，
9.选择标题，如选择2，
10.进入之后为如下内容。
（5）阐述划分评价单元的原则、分析过程等。
规划编制单位应当在报送审查的环境影响报告书中附具对公众意见采纳与不采纳情况及其理由的说明。
4）按执行性质分。环境标准按执行性质分为强制性标准和推荐性标准。环境质量标准和污染物排放标准以及法律、法规规定必须执行的其他标准属于强制性标准，强制性标准必须执行。强制性标准以外的环境标准属于推荐性标准。
11.点击FASTA,
以森林为例，木材、药品、休闲娱乐、植物基因、教育、人类住区等都是森林的直接使用价值。
[例题-2006年真题]下列关于建设项目环境影响评价实行分类管理的表述，正确的是（）
7.作出评价结论
（3）环境影响评价中应用环境标准的原则。
（2）区域、流域、海域的建设、开发利用规划。环境影响篇章或说明
1.进入NCBI
2.选择：Nucleotide,输入物种拉丁名如Poria cocos
3.查询得如下：
4.选择该标题
5.进入之后就是一下画Βιβλιοθήκη ，6.点击下图中的FASTA，
7.进入之后就是以下内容，也是最终结果，其中，物种名为：Poria cocos ,登录号为：EF397600，基因序列为：GACCTCAG...........
（1）非煤矿矿山的建设项目（注：对煤矿建设项目有单独特别规定）；12.进入之后为如下内容，其中物种名为：Wolfiporia cocos
，登陆号为：AFR13038.1，蛋白质序列为：MSSSSAKVQKRQKFEAVFPVLRDEL。。。。。。。。。。。
2）间接使用价值。间接使用价值（IUV）包括从环境所提供的用来支持目前的生产和消费活动的各种功能中间接获得的效益。

用uniprot检索蛋白序列

用uniprot检索蛋白序列
Uniprot是世界上最大的蛋白质数据库之一，包括了大量的蛋白质序列、功能、结构和相互作用等信息。

在进行生物信息学研究的过程中，常常需要从Uniprot中检索蛋白质序列，以便进行后续的分析和研究。

在使用Uniprot检索蛋白序列时，首先需要进入Uniprot网站并进行
注册，注册完成后，即可开始使用Uniprot提供的各种功能。

在检索
蛋白序列之前，可以先根据需要设置相关的检索条件，例如蛋白名称、序列长度、生物学功能、亚细胞定位和物种等信息，以提高检索效率
和准确性。

在输入检索条件后，Uniprot会返回符合条件的蛋白质列表，用户可
以根据需要选择感兴趣的蛋白质进行查看和下载。

同时，Uniprot还
提供了详细的蛋白质信息，包括基因名称、功能注释、结构域、同源
序列、文献引用和序列特性等，这些信息可以帮助研究人员更深入地
了解蛋白质的生物学特性和功能。

Uniprot不仅提供了蛋白质序列的检索和下载服务，还提供了多种工
具和数据库，例如序列比对、序列注释、蛋白结构、基因本体论、互
作网络和化学生物学等，这些工具和数据库可以帮助研究人员深入地
探究蛋白质的结构和功能。

同时，Uniprot还定期更新数据库，保持
其信息的完整性和准确性。

综上所述，Uniprot是一个非常有价值的蛋白质数据库，在生物信息学研究中发挥着重要的作用，可以帮助研究人员更加深入地了解蛋白质的生物学特性和功能。

同时，通过Uniprot检索蛋白序列，研究人员可以为后续的生物信息学研究提供有力的支持和帮助。

如何用NCBI和uniprot数据库查找目的蛋白的氨基酸序列或目的基因的碱基序列

运用NCBI数据库查找目的蛋白序列或目的碱基序列
第1种方法
1.打开NCBI官网，并选择Gene菜单，如下图。

2.在搜索栏内输入想要查找的蛋白名称或基因名称，此处以基因RSK2为例，如图。

3.在搜索结果中查找目的蛋白，注意Description栏会标明物种信息，以human为例，Aliases 栏会列出目的蛋白的各种别名。

4.在Searchresult页面中点击你要找的蛋白名称（Name/Gene ID），进入页面并在页面找到“”“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”条目，并在其子条目中找到“mRNA and Protein(s) ”，查找mRNA碱基序列点击NM，查找蛋白氨基酸序列点击NP，以下以查找mRNA碱基序列为例如下：
点击NM-004586.2进入页面后如下：
在页面下方会列出mRNA的序列：
第2中方法
1.进入Uniplot数据库，在搜索栏中直接输入要查找的基因或蛋白名称，如下图：
2.进入以下页面：
3.在搜索结果Entry name栏中会列出不同物种选项，且会有Protein names及Gene names，点击所要选择物种蛋白，进入以下页面。

4.点击页面页面左侧的Sequence栏，并找到Sequence databases，其下面表格中有RefSeq i，其中包含NP及NM。

5.此处以查找mRNA为例，点击NM，页面会跳转至NCBI的查找页面，如下：。

生物信息学数据库NCBI的检索与利用

生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
Running Saved Searches and Checking for New Results Sorting Searches
Deleting a Search
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
My NCBI — Using Preferences
and disease.
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
NCBI - Entrez 检索平台
① 词间默认逻辑关系为AND ② 短语检索加引号“”; ③ 使用的逻辑运算符有AND、OR 和 NOT; ④ 支持截词检索, 截词符用*表示
生物信息学数据库NCBI的检索与利用
plantfungalalgal生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用蛋白质序列蛋白质序列碱基序列碱基序列序列开始标志序列开始标志序列终止标志序列终止标志生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用字段字段含义含义解释解释locusaccessiondefinitionkeywordssourceorganismreferenceauthorstitlejournalcommentsmedlinefeaturesbasecountoriginidentifieraccessionnumberdescriptionkeywordsorganismspeciesorganismclassificationreferencenumberreferenceauthorsreferencetitlereferencelocationdatabasecrossreferencemedlinenumberfeaturetableheaderdata序列名称性质描述序列接受号序列定义关键词来源种属来源分类参文条目参文作者参文题目参文出处交叉索引medline号序列性质表头数据碱基数目序列开始标志序列终止标志terminationlinegenbank的主要字段及其含义的主要字段及其含义生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用检索字段限制检索字段限制分子类型选择分子类型选择基因位置限定基因位置限定序列片段限定序列片段限定数据更新数据更新日期限定日期限定检索框检索框功能键功能键信息来源信息来源生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索修改检索式的方便生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用pubmed生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用允许用户根据不同的数据库进行特殊字段的检索生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索修改检索式的方便生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用点击history可以浏览检索历史并能进行组配检索生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库ncbi

NCBI使用简明教程，一步一步教会你使用

NCBI使用简明教程，一步一步教会你使用
NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美国国立生物技术信息中心，是一个内容丰富、功能强大的数据库工具。

几乎每个生命科学研究者都需要使用NCBI，很多刚接触生命科学研究的小伙伴经常会问：如何使用NCBI 查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对等等？
针对这些问题，我们收集、整理此教程，为科研工作者提供一份相对专业和简明的资料，以作基础参考之用！
主要内容分4部分，包括：
1、如何查找基因序列、mRNA、Promoter
2、如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列
3、运用 STS 查找已经公布的引物序列
4、如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性。

ncbi中查找基因序列的方法和三个登录号

ncbi中查找基因序列的方法和三个号码一．例子：查找酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）里的海藻糖合成酶基因（tps1）即可出现很多条目，找到Saccharomyces cerevisiae的就是NC_001134了，点击后就进入该基因所在染色体的界面了，再在“编辑”中“查找”tps1就可以看该基因所在的位置，再点击CDS或者GeneID:852423都可以出现相关链接！当然，如果你在文献查到目的蛋白的序列号如NP_009684.1或者GeneID:852423，那分别在Search后选择Protein或者Gene也可以出现相关链接！二．基因CDS区界面的3个号码/entrez/viewer.fcgi?val=50593115&from=488899&to=490386& view=gbwithparts找到后，我发现该界面有3个标记，一个是NC_001134 ，其次是gi:50593115，最后是FEATURES中的gene中的/db_xref= “GeneID:852423”，他们分别是什么号码，用在什么地方呢？尝试中，终于发现，在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是NC_001134，最终go 到该基因所在染色体全长序列的信息，所以NC_001134应该是该染色体的登录号吧？在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是50593115，最终go到该基因所在染色体全长序列的信息，所以50593115应该是该染色体的号吧？在Search“Gene”时，for后面是852423，最终go到该基因的信息，所以852423应该是该基因的登录号吧？所以我们如果要记住目的基因在ncbi中的位置就记住这个GeneID！其他像NP_009684当然是基因编码的蛋白质的登录号啦，不说了。