配体受体结合汇总.

• 静电相互作用在配体 - 受体结合发挥一个显著的 1 作用。它们是长程、随距离变化的为r ，因此特 别重要对于分子识别。在整个分子中的电荷分布， 每个分子可被认为具有不仅一个净电荷。在配体 - 受体模型研究中，局部电荷通常分配到原子中 心。相同电荷排斥和不同电荷相吸。因此，许多 积极和消极的方面构成一个库仑静电能量配体 受体复合物，下式给出：
配体受体结合
目 录
配体受体结合函数 配体 - 受体结合模型 溶剂对配体受体结合的影 响
物理性质决定的配体 - 受体结合
通则
配体——受体在活体内的交互取决于大量的多样的因素。
一旦配体和受体足够接近,配体可以分散和到 达到对应受体的结合位点。这需要配体和受体 之间的识别。这可能是由配体和受体之间的长 程静电相互作用,然后由短程氢键和范德华相 互作用。这些相互作用广泛变化。水分子将被 绑定取代，虽然有些可能留存在表面和居中绑 定影响。
• 其中，έ0是自由空间的介电常数，έ为周围 介质的相对介电常数，并且QL和QR是局部 原子点电荷的配体和受体。 • 库仑定律适用于均匀电介质。如果该系统的 所有的原子都明确建模，包括溶剂中所有水 分子和离子，并且系统进行分子动力学模拟， 通常使用έ=1。然而，通常的水分子和离子 被隐含处理和水性溶剂模拟成为一个连续统 一体έ≈80。离子被假定为一个玻尔兹曼分布。 在这种情况下，该溶剂介质的介电常数不同 于分子溶质。。
• 在晶体结构中学习配体 - 受体表面的包装方式和 水合模式。一些界面是很好填充水分子（例如， 见，图c）。有序界面水分子位点往往在既定位置 上，水分子可以调节受体和配体之间的氢键（图 b）。特别有序水分子位点有时被认为是溶质的固 有部分。界面水分子位点可以改变一个结合位点 的特异性，因为它们有能力接受和捐赠达四个氢 键。如示于（图a）的例子中，界面的水分子可允 许相当疏水受体位点与配体相互作用并适应其氢 键的能力。
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配体 - 受体结合模型
• 在配体 - 受体结合的第一种模型，埃米 尔· 菲舍尔提出，受体和配体组合在一起就 像锁和钥匙.在这个比喻中，可以方便的观 看锁和钥匙之间的区别。然而，在锁和钥 匙的画面，受体和配体是刚性的实体。在 现实中，结合是伴随某种程度的构象变化 的。这可以在“拉链”或者“手到手套” 的类比来形容受体 - 配体相互作用。构象 变化可以被认为是一种由于结合不同优势 构象的诱导契合。构象选择合奏分子中的 结合和未结合状态或两者的组合。一些结 合模型都是在药物设计特别感兴趣的。
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溶剂对配体受体结合的影响
溶剂周围的配体和受体对它们的结合有非常 重要的影响。与像甲醇或脂质膜的疏水性内 部非极性环境相比在像水的极性溶剂中结合 亲和力非常不同。这是因为结合总是涉及配 体 - 受体相互作用和配体 - 溶剂和受体 - 溶剂 相互作用之间的竞争。周围的离子强度和pH 会影响配体和受体之间的静电相互作用的强 度。Viscogens和拥挤代理也可以影响配体 受体结合。它们可通过它们的粘度影响结合 亲和力或通过动力学改变介电性能。
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配体受体结合函数
配体L和受体R： 结合过程对应的处理确定所述双分子缔合速 率常数，导通率，Kon。在解除绑定过程决定 了双分子解离速率常数，解离速率，Koff。
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实施方法
ห้องสมุดไป่ตู้
系统的受体配体结合。 （a）在锁和钥匙模型中， 配体（绿色）恰好装配到受体结合位点（紫色）。 （b）该配体与受体弱相关联和诱导产生的结合 构象变化。（c）配体优先结合于该受体的某些 一致构象。
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物理性质作用的配体 - 受体结合
• 配体 - 受体结合包括通过配体置换的配体 水分子和受体—水分子的相互作用受体和 水与水的相互作用。范德华相互作用贡献 毫不逊色于配体 - 受体亲和力。
受体 - 配体络合中的水。 （a）主要尿蛋白-I（MUP-I）与结合的配体（PDB代 码1I06）。两水域（紫色球）的配体结合囊（表面表示）的疏水性环境使得极 性基团的相互作用呈现在亲脂性信息素上（棒表示）。 （b）该周质的复杂寡肽 结合蛋白与OPPA肽（LysGluLys）（PDB代码1JEU）。蛋白质的唯一活性中心 残基如图（棒表示）。水分子（紫色球）调解它的肽配体之间的相互作用（周 质寡肽结合蛋白）。 （c）蛋白激酶C的相互作用蛋白（PKCI）二聚物（PDB 代码1KPA）具有干燥表面与大多数晶体观察水分子（紫色球）形成的界面周围 的环。