内参基因选择相关软件剖析

配对进行筛选，最终选出适当数目的合适基
因。
参考文献：Normalization of Real-Time Quantitative Reverse TranscriptionPCR Data: A Model-Based Variance Estimation Approach to Identify Genes Suited for Normalization, Applied to Bladder and Colon Cancer Data Sets， 2004， cancer research
NormFinder 程序是用于选择合适内参基 因的工具，由 Claus 等 2004 年编写其运行 原理与 geNorm 程序类似，产生基因表达稳 定值,然后根据稳定值排序，最终将表达稳 定值最小的基因作为最稳定的基因。其缺点 是只能选择一适的内参基因作标准。而 geNorm 程序通过基因配对的形式,筛选出最 不稳定基因，然后将剩下基因重新排序重新
内参基因选择相关软件
相关软件
GeNorm程序
NormFinder 程序
获得最稳定的内参基因
BestKeeper 程序
GeNorm程序是Jo Vandesompele于 2002年编写的专门用qPCR方法选择内参基 因的程序。geNorm程序核心原理是：不同 实验条件或不同组织细胞中，2个理想看家 基因表达水平的比值在所有样本中应当一 致，表达水平比值变异度的增加意味着看 家基因表达稳定性的下降。该程序将某一 看家基因与其他看家基因表达水平的两两 比值经对数变换后，计算其平均标准差作 为基因表达稳定度的平均值M。对所有候 选看家基因的表达稳定度进行排序，看家 基因的M值越小，表示该看家基因的表达 越稳定。GeNorm程序可以用于筛选任何组 细胞的任意数量内参基因，选择出2个以上， 而不是传统地使用单一内参基因，有利于 系统偏差的校正，得到更可靠的相对定量 结果。另外geNorm程序可以利用对标准化 因子进行差异分析确定所需看家基因的最 适数目。
GeNorm计算公式
BestKeeper是Michael等(2004)编写的针对 内参基因和目标基因进行选择的程序。 BestKeeper软件可以比较100个样品中10个内 参基因和10个目标基因的表达水平。具体操 作是把原始数据输入BestKeeper 软件的Excel 表格中，内参基因和目标基因进行单独分析。 BestKeeper程序在每个基因之间产生配对的 相关系数和BestKeeper指数（每个候选基因 Ct值的几何平均数），根据其值的大小进行
参考文献： Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes， 2002， Genome Biology
例如：
比较。其优点是不但可以分析内参基因的稳
定性，而且可以比较目标基因的表达水平。
参考文献：Determination of stable housekeeping genes, differentially regulated target genes and sample integrity: BestKeeper–Excel-based tool using pair-wise correlations， 2004， Biotechnology Letters
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