基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测

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（．安徽大学计算智能与信号处理教育部重点实验室，安徽合肥２０３；１３０９２．安徽科技学院计算机系，安徽凤阳２３０）３１０
摘要：了从蛋白质结构数据库中提取经验知识，行蛋白质作用位点预测，出了以蛋白质序列谱作为特征向量，为进提采用
中图法分类号：Ｐ９Ｔ３
文献标识码：Ａ
文章编号：００７２２１）５１３．４１０．０４（０１０ —８３０
Ｐｅｉｔｎｏｒｔｉｔｒｃｉｎｓｔｓｓｎｆｒｔｎｏｏｕｉｎｒｏｓｒａｉｎｒｄｃｉｆｏｅｎｉｅａｔｏｉｉｇｉｏｍａｉｆｖｌｔａｙｃｎｅｖｔｏｐｎｅｕｎｏｅｏｏ
计算机工程与设计Ｃｍｕｒｎｉｅｎｄｅｇ２１，ｏ３，ｏ１３ｏｐｔＥｇｅｒｇｎＤｓｎ０１Ｖ１２Ｎ．８３ｅｎｉａｉ．５
基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测
程节华，程家兴杜秀全，
Ｕｓｎｒｔｉ—ｅｕｎｅｐｏｌｓｈａｕｅｖｃｏｓｏｐｅｉｔｒｔｉｔｒｃｉｎｓｅ．Ｓａｔｇｆｏｔｅｐｏｅｎｓｑｅｃｖｌｔｅｉｇｐｏｅｎｓｑｅｃｒｆｅａｅｆｔｒｅｔｒｒｄｃｏｅｎｉｅａｔｉｓｔｒｎｍｒｔｉｅｕｎｅｌｅ，ｏｓ — ｉｔｅｔｐｎｏｔｉｒｈｅ
２０３，Ｃｉａ．ｅａｔｎｆｏｕｅ，ＡｈｉｃｎｅｎｅｈｏｏｙＵｉｒｔ，Ｆｎｙｎ３１０Ｃｉａ３０９ｈｎ；２ＤｐｒｍｅｔＣｍｐｔｏｒｎｕＳｉｃｄＴｃｎｌｇｎｖｓｅａｅｉｙｅｇａｇ２３０，ｈｎ）
ＡｂｔａｔＴｘｒｃｘｅｅｃｎｗｌｄｅｆｏＰｓｒｃ：ｏｅｔａｔｐｒｎｅｋｏｅｇｒｍＤＢａｄｐｅｉｔｎｏｐｏｅｎｉｔｒｃｉｎｓｔｓａｄｓｇ￣ｏｆＶＭｒｓｎｅ．ｅｉｎｒｄｃｉｆｒｔｉｅａｔｅ，ｅｉｎｍｅｄｏｏｎｏｉＳｉｐｅｅｔｄｓ
支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方ห้องสมุดไป่ตู้法。从蛋白质一级序列出发，以序列上邻近残基的序列谱为输入
特征向量，采用支持向量机方法构建预测器，来预测蛋白质相互作用位点，测精度达到７．％，关系数Ｃ预０７相４Ｃ＝０１１。实．９９验结果表明，用蛋白质序列谱，利结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的关键词：白质相互作用位点；进化保守性；序列谱；支持向量机；蛋白质结构数据库蛋
ＣＨＥＮＧｉ— ｕ，ＣＨＥＧｉ— ｉｇ，ＤＵｕｑａＪｅｈａ’ －ＮＪａｘｎＸｉ— ｕｎ
（．ｙａｏａｏｙｏｔｌｇｎＣｍｕｉｇａｄＳｇａＰｏｅｓｇ１Ｋｅｂｒｔｒｆｎｅｉｔｏｐｔｉｎｌｒｃｓｉ，ＭｉｉｒｆｄｃｔｎＬＩｌｅｎｎｎｎｓｏｕａｏ，ＡｎｕＵｉｅｓｙＨｆｔｙＥｉｈｉｎｖｒｉ，ｅｅｔｉ
ｑｅｃｐｃａｅｕｎｅｏｅｇｂｒｇｒｓｄｅｓｉｐｔｆａｕｅｖｃｏｓｔｒｄｃｒｔｉｎｅａｔｏｉｓＰｅｉｔｎａｃｒｃｆｕｎｅｓｅｔｌｓｑｅｃｆｎｉｈｏｎｅｉｕｓａｎｕｅｔｒｅｔｒｏｐｅｉｔｏｅｎｉｔｒｃｉｎｓｔ．ｒｄｃｉｃｕａｙｏｒｉｐｅｏ
７．％，ＣＣＯ１１．ＴｈｅｕｔｈｗａｅｕｅｏｐｏｅｎｓｑｅｃｐｃｒｍａｃｍｂｎｄｗｉＶＭｌｏｉｍｏｒｔｉ — ｒｔｉ０４７．９９ｅｒｓｌｓｏｔｔｈｓｆｒｔｉｅｕｎｅｓｅｔｔ，ｏｉｅｔＳｓｈｔｈａｇｒｔｆｒｏｅｎｐｏｅｎｈｐｉｔｒｃｉｎｓｔｒｄｃｉｎｍｅｈｄｉｆｃｉｅｎｅａｔｉｐｅｉｔｏｔｏｅｅｔ．ｏｅｓｖＫｅｒｓｐｏｅｎｐｏｅｎｉｔｒｃｉｎｓｔｓｅｏｕｉｎｃｎｅｖｔｏ；ｓｑｅｃｒｆｌ；Ｓｙｗｏｄ：ｒｔｉ－ｒｔｉｅａｔｏｅ；ｖｌｔｏｓｒａｉｎｎｉｏｅｕｎｅｐｏｅｉＶＭ；ＰＤＢ
０引言
在 “ 基因组时代 ” 蛋白质结构和功能的分析研究是现后，代科学研究人员面临着的一个既复杂、体而又紧迫的任务。具这是因为蛋白质功能的执行都离不开蛋白质的空间结构以及蛋白质与蛋白质或蛋白质与配体之间的相互作用。测蛋白预质相互作用的位点在理论和实践上都具有重要的意义。蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计、号传导网络、白质信蛋