【通用】曙光集群用户使用手册.doc

1. 登录和文件传输登录方式为ssh，与telnet功能类似，推荐的登录工具为putty或者Secure Shell （/html/download/ser/20070917/35112.html，绿色版无需安装）在地址栏输入本集群的登录地址(node1对应的局域网IP)，点击“打开”，就会出现登录窗口，输入用户名、密码即可。

文件传输为sftp，与传统ftp类似，但其协议更安全可靠，推荐工具为filezilla。

（https:///p/filezilla/download?filename=FileZilla_3.3.2_win32.zip，绿色版无需安装）输入登录地址222.222.21.29，输入用户名和密码，端口填22（本软件支持ftp，端口为21），点击快速连接，即可使用，操作办法与常用ftp工具类似。

2. 图形窗口支持Linux推荐使用vnc。

vnc可以将用户的操作状态保持在服务器端，即使断开连接也不会影响到正在进行的操作、计算等。

登录到linux服务器中，在命令行运行vncserver。

第一次运行时需要输入VNC登陆用的密码：根据提示输入新的vnc密码。

此密码与用户登录密码无关，将在登录vnc时需要。

此处提示的node1:2即为vnc成功打开的端口。

运行vncclient，输入登录服务器地址和端口号，点确定，输入前面设置的密码，即进入了图形窗口。

注意：1、在第一次启动了vncserver之后，vnc的连接一直可用，全部图形窗口保持在Linux 服务器上。

因此，只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可，由于用户较多，请勿启动多个。

2、如果需要使用node2的图形界面，可执行ssh -X node2。

3. 作业提交3.1. Fluent3.1.1. 图形方式运行首先通过VNC登陆到图形界面，如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm，输入以下命令即可运行：此处myhosts为用户指定的host文件，内容如下所示：node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。

在图形界面下导入cas和data文件，修改和设置边界条件等并计算(和在windows下操作单机版Fluent相同，略)：注：通过VNC使用图形界面方式运行fluent时，无需保持PC机与服务器的连接，只要vncserver没有重新启动，即可随时连接到原有的窗口。

3.1.2. 命令行方式运行建立script1文件：script1内容如下：（注：其中fl5m1.cas为cas文件名，根据实际进行修改；solve/iterate 25 表示迭代25步，也可根据需要修改步数。

）用命令行进行fluent计算：此处myhosts为用户指定的host文件，内容如下所示：node1node1node1node1node2node2node2node2-t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。

3.1.3. 作业调度方式运行注：PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交1．编译脚本script1，内容如下（与上面脚本运行方式相同）：file/rcd fl5m1.cas.gzsolve/iterate 25/file/wcd fl5m1_final.datparallel/timer/usageexityes2．编辑pbs脚本fluent.pbs，内容如下：#!/bin/bash#PBS -N job1-8cpu#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -j oeINPUTFILE=script1OUTPUTFILE=script1.logcd $PBS_O_WORKDIR## pib.dapl indicate using ib protocal and the udapl way. t8 indicates using# 8 processors#NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`datefluent 3d -t$NP -cnf=$PBS_NODEFILE -g -i $INPUT >& $OUTPUTdateexit 0提交作业：qsub fluent.pbs用qstat -a和pbsnodes -a以及top命令查看作业是否正常排队运行。

注：红色字体部分需要根据实际情况改动，黑色字体为固定格式的内容。

3.1.4. 获取计算结果1．如果用图形界面的方式运行fluent，可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他某个目录下，然后用ftp软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进行后处理。

2．如果用命令行的方式运行fluent，dat文件自动保存到当前目录，文件名由script1文件的内容决定（例如“file/wcd fl5m1_final.dat”则表示dat文件为fl5m1_final.dat），用软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进行后处理。

3.2. Ansys作业3.2.1. 图形方式运行通过vnc登录以后，运行launcher121，即可进入ansys界面，选择相关的模块点击run 即可。

3.2.2. 命令行方式运行在命令行方式下，不能进行交互的图形操作，所有的命令需要通过命令流来实现。

假设写好的命令流文件为input.inp，运行方式如下：单节点：ansys121 -np 16 -i input.inp >& output.log &多节点运行：ansys121 -dis -machines node1:16:node2:16 -i input.inp >& output.log &3.2.3. 作业调度方式运行编写一个pbs脚本ansys.pbs如下所示：#PBS -j oe###################what you just need and could edit are between the two lines#######################PBS -N my_ansys_test#PBS -l nodes=1:ppn=16INPUTFILE=wing.inpOUTPUTFILE=wing.log###############################################theend##############################################cd $PBS_O_WORKDIRnp=1for NODE in `cat $PBS_NODEFILE`; dohost=$NODEif [ ! -z $lasthost ]; thenif [ $host = $lasthost ]; thennp=`expr $np + 1`elseif [ -z $mList ]; thenmList=$lasthost:$npelsemList=$mList:$lasthost:$npfififilasthost=$hostdoneif [ -z $mList ]; thenmList=$lasthost:$npelsemList=$mList:$lasthost:$npfiansys121 -dis -machines $mList -i $INPUTFILE -o $OUTPUTFILE写完以后提交方式与fluent相同，qsub ansys.pbs即可。

3.3. CFX作业3.3.1. 图形方式运行在图形窗口中运行cfx5即可。

3.3.2. 命令行方式运行CFX支持PVM和MPI两种方式的并行，通常MPI的性能更好一些，建议采用。

同时还有Local和Distributed两种运行模式，单机上建议采用Local模式，而跨节点时只能采用Distributed模式。

cfx5solve命令可直接进入求解模式。

cfx5solve -def Benchmark.def -par-dist 'node1*8'在本机上用8个核心并行cfx5solve -def Benchmark.def -par-dist 'node1*8,node2*8'采用2个节点各8个核心进行分布式并行计算3.3.3. 作业调度方式运行[test@node34 cfxbm]$ cat pbs_cfx.ib#!/bin/bash#PBS -N CFX_8cpu#PBS -l nodes=1:ppn=8INPUTFILE=Benchmark.defOUTPUTFILE=Benchmark.log############################################################## ########## You don't need to modify the lines below ######################################################################## PeHostfile2MachineFile(){cat $1 | while read line; do# echo $linehost=`echo $line`# add here code to map regular hostnames into ATM hostnamesif [ -z $mList ]; thenmList=$host"*1"elsemList=$mList,$host"*1"fiecho $mListdone}CFX_PBS_NODEFILE="/tmp/cfx_`whoami`_$PBS_JOBID"PeHostfile2MachineFile $PBS_NODEFILE | sed "s#bnode#node#g" >$CFX_PBS_NODEFILENPROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE`cd $PBS_O_WORKDIRcfx5solve -def $INPUTFILE -par-dist `tail -n1 $CFX_PBS_NODEFILE`写完脚本就可以按如下方式提交作业：[test@node34 cfxbm]$ qsub cfx.pbs3.4. ABAQUS作业3.4.1. 图形方式运行在图形窗口中运行abaqus cae即可。