【通用】曙光集群用户使用手册.doc

1. 登录和文件传输

登录方式为ssh，与telnet功能类似，推荐的登录工具为putty或者Secure Shell （/html/download/ser/20070917/35112.html，绿色版无需安装）

在地址栏输入本集群的登录地址(node1对应的局域网IP)，点击“打开”，就会出现登录窗口，输入用户名、密码即可。

文件传输为sftp，与传统ftp类似，但其协议更安全可靠，推荐工具为filezilla。

（https:///p/filezilla/download?filename=FileZilla_3.3.2_win32.zip，绿色版无需安装）

输入登录地址222.222.21.29，输入用户名和密码，端口填22（本软件支持ftp，端口为21），点击快速连接，即可使用，操作办法与常用ftp工具类似。

2. 图形窗口支持

Linux推荐使用vnc。vnc可以将用户的操作状态保持在服务器端，即使断开连接也不会影响到正在进行的操作、计算等。

登录到linux服务器中，在命令行运行vncserver。第一次运行时需要输入VNC登陆用的密码：

根据提示输入新的vnc密码。此密码与用户登录密码无关，将在登录vnc时需要。

此处提示的node1:2即为vnc成功打开的端口。

运行vncclient，输入登录服务器地址和端口号，点确定，输入前面设置的密码，即进入了图形窗口。

注意：

1、在第一次启动了vncserver之后，vnc的连接一直可用，全部图形窗口保持在Linux 服务器上。因此，只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可，由于用户较多，请勿启动多个。

2、如果需要使用node2的图形界面，可执行ssh -X node2。

3. 作业提交

3.1. Fluent

3.1.1. 图形方式运行

首先通过VNC登陆到图形界面，如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm，输入以下命令即可运行：

此处myhosts为用户指定的host文件，内容如下所示：

node1

node1

node1

node1

node2

node2

node2

node2

-t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。

在图形界面下导入cas和data文件，修改和设置边界条件等并计算(和在windows下操作单机版Fluent相同，略)：

注：通过VNC使用图形界面方式运行fluent时，无需保持PC机与服务器的连接，只要vncserver没有重新启动，即可随时连接到原有的窗口。

3.1.2. 命令行方式运行

建立script1文件：

script1内容如下：

（注：其中fl5m1.cas为cas文件名，根据实际进行修改；solve/iterate 25 表示迭代25步，也可根据需要修改步数。）

用命令行进行fluent计算：

此处myhosts为用户指定的host文件，内容如下所示：

node1

node1

node1

node1

node2

node2

node2

node2

-t8即指定8个核心参与计算，分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。

3.1.3. 作业调度方式运行

注：PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交

1．编译脚本script1，内容如下（与上面脚本运行方式相同）：

file/rcd fl5m1.cas.gz

solve/iterate 25

/file/wcd fl5m1_final.dat

parallel/timer/usage

exit

yes

2．编辑pbs脚本fluent.pbs，内容如下：

#!/bin/bash

#PBS -N job1-8cpu

#PBS -l nodes=1:ppn=8

#PBS -j oe

INPUTFILE=script1

OUTPUTFILE=script1.log

cd $PBS_O_WORKDIR

#

# pib.dapl indicate using ib protocal and the udapl way. t8 indicates using

# 8 processors

#

NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`

date

fluent 3d -t$NP -cnf=$PBS_NODEFILE -g -i $INPUT >& $OUTPUT

date

exit 0

提交作业：qsub fluent.pbs

用qstat -a和pbsnodes -a以及top命令查看作业是否正常排队运行。

注：红色字体部分需要根据实际情况改动，黑色字体为固定格式的内容。

3.1.

4. 获取计算结果

1．如果用图形界面的方式运行fluent，可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他某个目录下，然后用ftp软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进行后处理。

2．如果用命令行的方式运行fluent，dat文件自动保存到当前目录，文件名由script1文件的内容决定（例如“file/wcd fl5m1_final.dat”则表示dat文件为fl5m1_final.dat），用软件将dat文件下载到终端pc机上，即可进行后处理。