生物信息学第四次作业
生物信息学课后习题
绪论1、生物信息学的概念及其组成部分生物信息学（Bioinformatics）：是一门交叉学科，包含了生物信息的获取、处理、储存、分析、解释和应用在内的所有方面，它综合运用了生物学、计算机科学和数学等多方面的知识和方法，来阐述和理解大量生物学数据所包含的生物学意义，并应用于解决生命科学研究和生物技术相关产业中的各种问题。
生物信息学的三个组成部分:①建立可以存放和管理大量生物信息学数据的数据库②研究开发可用于有效分析与挖掘生物学数据的方法、算法和软件工具③使用这些工具去分析和解释不同类型的生物学数据2、生物信息学的主要研究领域①生物数据的建立与搜索②序列比较与相似性搜索③基因组结构注释④蛋白质结构与功能的预测⑤基因组数据分析⑥比较基因组合系统发生遗传学分析⑦功能基因组和蛋白质组学数据分析⑧信号传导、代谢和基因调节途径的构建与描述3、初级数据库二级数据库的概念说出几个数据并说明包含什么数据一级数据库（primary database）：数据直接来源于实验获得原始数据，只经过简单的归类、整理和注释。
例如GenBank、EMBL、DDBJ、SWISSPORT、PDB二级数据库（secondary database）：在一级数据库、实验数据和理解分析的基础上针对特定的目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。
例如human genome databases GDB转录因子数据库等4、简述核酸序列的测序①DNA测序一般原理DNA测序一般采用全自动的荧光标记链终止反应完成，该法利用了DNA聚合酶能从脱氧核糖核苷酸（dNTP）延伸但不能从双脱氧核糖核苷酸（ddNTP）延伸的特性，通过加入限量的荧光标记过的双脱氧核苷酸来产生有特定终止碱基的嵌套DNA片段，然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）分离并通过扫描仪读取序列（300-800bp）②基因组测序策略—分而治之---shortgun因为测序反应每次只能测300-800bp故先将基因组分割成一定大小的片段，然后对这些片段分别测序，测完后再将这些片段拼接起来—鸟枪法（shortgun）③一次性测序例如：表达序列标签（EST）是其中的代表，它对随机挑选的cDNA克隆进行两端一次测序得到300-500bp的片段，代表cDNA的一部分。
大学生生物信息学考试模拟题及解析
大学生生物信息学考试模拟题及解析一、单选题（每题 3 分，共 30 分）1、生物信息学中，用于分析 DNA 序列的常见软件是（）A BLASTB ClustalWC Primer PremierD MEGA2、以下哪种数据库主要存储蛋白质结构信息（）A GenBankB PDBC UniProtD SWISSPROT3、在基因预测中，开放阅读框（ORF）是指（）A 从起始密码子到终止密码子的一段序列B 具有特定功能的一段基因序列C 编码蛋白质的基因序列D 以上都不对4、进行系统发育分析时，常用的构建进化树的方法是（）A 邻接法B 最大简约法C 最大似然法D 以上都是5、以下哪种算法常用于序列比对（）A 动态规划算法B 贪心算法C 分治法D 回溯算法6、生物信息学中，用于分析基因表达数据的常用方法是（）A 聚类分析B 回归分析C 方差分析D 以上都是7、以下哪个不是常见的生物信息学文件格式（）A FASTAB GenBankC PDBD CSV8、在蛋白质序列分析中，用于预测蛋白质二级结构的方法是（）A 同源建模B 从头预测C 基于机器学习的方法D 以上都是9、进行基因功能注释时，常用的数据库是（）A GOB KEGGC ReactomeD 以上都是10、以下哪种技术可以用于大规模测序（）A Sanger 测序B 二代测序C 三代测序D 以上都是答案及解析：1、答案：A解析：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是用于比较生物序列相似性的工具，常用于分析 DNA 序列。
ClustalW 主要用于多序列比对；Primer Premier 常用于设计引物；MEGA 用于构建进化树。
2、答案：B解析：PDB（Protein Data Bank）是主要存储蛋白质结构信息的数据库。
GenBank 主要存储核酸序列；UniProt 和 SWISSPROT 主要存储蛋白质序列信息。
生物信息学作业(一)
生物信息学实验作业一1、了解NCBI、DDBJ、EMBL上网的方法自学各网站相关介绍。
答：（1）、NCBI: （National Center of Biotechnology Information，简称NCBI）美国国立生物技术信息中心。
其主页为：。
NCBI 是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。
他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。
这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。
在1992年10月，NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。
NCBI 受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库。
同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。
BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。
NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。
所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW 或FTP来获得。
NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。
主要任务：（1）建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统（2）实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究（3）加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
生物信息学课程作业
生物信息学作业1. Align the leghemoglobin protein from soy bean and myoglobin from human with global and local alignment software (ex. needle and water) respectively and interpret the results.ANSWER:(1)Use Needle to Align the two sequence：Aligned_sequences: 2# 1: CAA38024.1# 2: NP_001157488.1# Matrix: EBLOSUM62# Gap_penalty: 10.0# Extend_penalty: 0.5# Length: 203# Identity: 43/203 (21.2%)# Similarity: 58/203 (28.6%)# Gaps: 90/203 (44.3%)# Score: 30.0(2)Use Water to Align the two sequence：Aligned_sequences: 2# 1: CAA38024.1# 2: NP_001157488.1# Matrix: EBLOSUM62# Gap_penalty: 14# Extend_penalty: 4# Length: 32# Identity: 11/32 (34.4%)# Similarity: 15/32 (46.9%)# Gaps: 0/32 ( 0.0%)# Score: 35两种软件虽然使用同一罚分标准但得分不同。
因为Needle程序实现标准pairwise全局比对，而Water则是局部比对。
全局比对因为是比对全长序列，所以空位罚分多，得分较局部比对低。
2. Evaluate the significance of the local protein alignment score of question 1 with PRSS and interpret the result.参数如下：Statistics: (shuffled [200]) MLE statistics: Lambda= 0.1886; K=0.0575statistics sampled from 1 (1) to 200 sequencesParameters: VT160 matrix (16:-7), open/ext: -12/-2在两个不同网站选不同矩阵均未得到E值，原因可能是两条序列的同源性很低。
生物信息考试题及答案
生物信息考试题及答案一、单项选择题（每题2分，共20分）1. DNA双螺旋结构是由哪位科学家提出的？A. 孟德尔B. 达尔文C. 沃森和克里克D. 爱因斯坦答案：C2. 下列哪种生物信息学数据库主要用于存储蛋白质序列信息？A. GenBankB. PDBC. Swiss-ProtD. KEGG答案：C3. 以下哪个选项不是生物信息学的主要研究领域？A. 基因组学B. 蛋白质组学C. 系统生物学D. 量子物理学答案：D4. 在生物信息学中，BLAST是一种用于什么目的的算法？A. 序列比对B. 蛋白质结构预测C. 基因表达分析D. 代谢途径重建5. 以下哪种生物信息学工具用于基因预测？A. ClustalWB. BLASTC. GeneScanD. FASTA答案：C6. 以下哪个选项是生物信息学中用于描述基因表达模式的术语？A. SNPB. GOC. microRNAD. EST答案：D7. 以下哪种生物信息学数据库主要用于存储基因表达数据？A. GenBankB. GEOC. PDBD. Swiss-Prot答案：B8. 以下哪个选项不是生物信息学中用于蛋白质功能预测的方法？A. 同源性搜索B. 蛋白质结构预测C. 蛋白质家族分类D. 基因组测序答案：D9. 在生物信息学中，以下哪个选项是用于描述基因组中非编码区域的A. IntronB. ExonC. Intergenic regionD. Promoter答案：C10. 下列哪种生物信息学工具用于蛋白质-蛋白质相互作用网络分析？A. STRINGB. ClustalWC. MEGAD. BLAST答案：A二、多项选择题（每题3分，共15分）1. 以下哪些是生物信息学中常用的序列比对工具？A. BLASTB. ClustalWC. FASTAD. MEGA答案：ABCD2. 以下哪些数据库是生物信息学中常用的？A. GenBankB. PDBC. Swiss-ProtD. PubMed答案：ABCD3. 以下哪些是生物信息学中用于基因表达分析的方法？A. qRT-PCRB. MicroarrayC. RNA-seqD. Mass spectrometry答案：ABC4. 以下哪些是生物信息学中用于蛋白质结构预测的方法？A. Homology modelingB. Ab initio modelingC. ThreadingD. Docking答案：ABC5. 以下哪些是生物信息学中用于系统生物学分析的工具？A. BioCycB. KEGGC. ReactomeD. STRING答案：ABCD三、简答题（每题5分，共20分）1. 描述基因组学和蛋白质组学的主要区别。
生物信息学知到章节答案智慧树2023年华东理工大学
生物信息学知到章节测试答案智慧树2023年最新华东理工大学第一章测试1.随着人类基因组计划的完成，以下哪些基因组计划是近期启动的计划参考答案:中国十万人基因组计划;G10K;我们所有人计划;英国十万人基因组计划2.统计学是一门独特学科，不是生物信息学研究工具和手段之一。
参考答案:错3.生物信息学研究任务之一包括SNP的发现和鉴定，对于疾病机理和药物开发靶点发现具有重要意义。
参考答案:对4.随着越来越多大规模测序项目的完成，其中最重要的科学使命之一就是要通过比较基因组学方法了解物种的起源和进化过程参考答案:对5.高等生物基因组中含有大量的非编码区，以及可能含有大量的外源病毒序列，只有通过生物信息学方法，解析其中功能和区域，为将来可能通过基因组编辑技术进行疾病机制解析提供基础参考答案:对第二章测试1.国际核酸数据库由EMBL，DDBJ和GenBank组成，它们在1988年形成国际核酸数据库联合中心，对数据进行参考答案:数据同步更新;数据格式相同;三方共享2.GenBank对于核酸数据的显示方式有以下几种参考答案:GBK;ASN.1;FASTA;Graph3.Uniprot KB对于生物数据在不同数据库中的链接、调用和标签转换具有非常重要的作用参考答案:对4.生物信息学的研究对象中包括各种数据库，比如参考答案:PDB;KEGG;Uniprot;GenBank5.BLAST是基于局部比对算法，采用渐进式比对方法，对数据分成字段等思路进行的成对比对方法参考答案:对第三章测试1.全局序列比对用于整体相似性程度较低、在较小区域内有局部相似性的两个序列比对。
参考答案:错2.以下哪些属于蛋白质打分矩阵？参考答案:遗传密码矩阵;PAM矩阵;BLOSUM矩阵;疏水矩阵3.传统的基于动态规划的局部性比对性算法采用的是精确的序列比对，虽然有着较好的比较结果，但是算法的时间复杂度较高。
参考答案:对4.在蛋白质数据库中比对蛋白质序列，需要选择一下那种blast模式？参考答案:blastp5.多序列比对就是两条以上的序列进行比对，可以用于进化树分析、寻找保守区域等。
《生物信息学》题集
《生物信息学》题集一、选择题（每题3分，共30分）1.生物信息学的主要研究对象是什么？A. 蛋白质结构B. 基因序列C. 生态系统D. 细胞代谢2.下列哪项技术不是生物信息学中常用的数据库技术？A. BLASTB. GenBankC. PubMedD. SWISS-PROT3.在生物信息学中，进行多序列比对时常用的软件是什么？A. MATLABB. ClustalWC. ExcelD. PowerPoint4.哪种算法常用于基因表达数据的聚类分析？A. K-meansB. DijkstraC. A*D. Floyd5.生物信息学中，下列哪项不是常用的序列分析技术？A. PCRB. 测序C. 质谱分析D. 芯片技术6.下列哪项不是生物信息学在医学领域的应用？A. 疾病诊断B. 药物设计C. 天气预报D. 个性化医疗7.下列哪项技术常用于生物大分子的结构预测？A. NMRB. X射线衍射C. 同源建模D. 质谱分析8.在生物信息学中，下列哪项不是基因注释的内容？A. 基因功能B. 基因表达水平C. 基因在染色体上的位置D. 基因的长度9.下列哪项技术不是高通量测序技术？A. Sanger测序B. Illumina测序C. 454测序D. SOLiD测序10.下列哪项不是生物信息学在农业领域的应用？A. 作物育种B. 病虫害防治C. 土壤成分分析D. 农产品品质改良二、填空题（每题2分，共20分）1.生物信息学是一门交叉学科，它主要涉及______、计算机科学和数学等领域。
2.在生物信息学中，______技术常用于基因序列的相似性搜索。
3.生物信息学在药物研发中的主要应用包括______和药物靶点的预测。
4.在基因表达数据分析中，______是一种常用的数据标准化方法。
5.生物信息学中，______技术常用于蛋白质结构的预测和分析。
6.在生物信息学数据库中，GenBank主要存储的是______数据。
生物信息学期末期末复习
■一、选择题：1.以下哪一个是mRNA条目序列号：A.J01536■.NM_15392C.NP_52280D.AAB1345062.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是：■.UnigeneB.EntrezC.LocusLinkD.PCR3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗？■可能B.不可能4.下面哪种数据库源于mRNA信息：■dbESTB.PDBC.OMIMD.HTGS5.下面哪个数据库面向人类疾病构建：A.ESTB.PDB■.OMIMD.HTGS6.Refseq和GenBank有什么区另1J：A.Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列B.GenBank提供的是非冗余序列■.Refseq源于GenBank,提供非冗余序列信息D.GenBank源于Refseq7.如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择：A.OMIMB.Entrez■PubMedD.PROSITE8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法，下列哪种说法正确：A.因为GenBank的数据比EMBL更多，Entrez给出的搜索结果将更多B.搜索结果很可能一样，因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样■搜索结果应该相当，但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于：■N/W/YB.Q/W/YC.F/W/YD.Q/N/W10.直系同源定义为：■不同物种中具有共同祖先的同源序列B.具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列C.同一物种中由基因复制产生的同源序列D.同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列11.下列那个氨基酸最不容易突变：A.丙氨酸B.谷氨酰胺C.甲硫氨酸■半胱氨酸12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变：A.1%B.20%■.80%D.250%13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同：A.全局比对通常用于比对DNA序列，而局部比对通常用于比对蛋白质序列B.全局比对允许间隙，而局部比对不允许C.全局比对寻找全局最大化，而局部比对寻找局部最大化■全局比对比对整体序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。
生物信息学作业题
生物信息学作业题生物信息学作业题绪论1．什么是生物信息学？2．生物信息学有哪些主要研究领域？第一章生物信息学的分子生物学基础1．DNA的双螺旋结构要点是什么？2．什么是基因组和蛋白质组？对它们的研究有何意义？第二章生物信息学的计算机基础1．简述网络操作系统的类型。
第三章核酸序列分析1．什么是全局比对？2．什么是局部比对？有哪些优点？第四章分子进化分析1．分子进化分析具有哪些优点？2. 简述分子进化的中性学说。
第五章基因组分析1. 什么是基因组学？其主要研究内容是什么？2．简述基因预测分析的一般步骤。
第六章蛋白质组分析1. 蛋白质组学的概念和主要研究的大致方向是什么？2. 蛋白质组功能预测的程序是怎样的？第七章生物芯片数据分析1. 什么是生物芯片?2. 生物芯片有哪些方面的应用?第八章核酸与蛋白质结构预测1. RNA二级结构典型的预测方法有哪些？2. 基于统计学的预测蛋白质二级结构的方法有哪些？第九章生物信息学平台与工具软件1. 请利用Clustal X软件对下列6条蛋白质序列进行多重比对（比对结果用BioEdit软件打开，用“截图”方式显示比对结果）。
>1mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk>2mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl>3mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk>4mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl>5mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk>6mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl2. 现有一ZmPti1b蛋白质序列，请用DNAMAN软件分析其二级结构，给出分析结果。
生物信息学上机实验4 用DNAMAN软件进行引物设计
生物信息学上机实验四用DNAMAN软件设计PCR引物一、目的要求DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
通过本实验，使学生掌握PCR引物的设计方法。
二、实验准备DNAMAN的使用说明书（word文档）一份、DNAMAN软件5.2.2版本、实验分析所用的4个序列见下面。
三、实验内容1、将待分析4个序列装入4个Channel，熟悉Channel的使用方法2、显示“序列（2）”的反向互补序列、互补序列、反向序列3、分析“序列（3）”的限制性酶切位点4、设计一对引物扩增“序列（1）”中的微卫星重复区域四、作业将上述前5项操作所得结果保存到电脑桌面，发到xiaopingjia@（1）CCAGA TGAGCGTGCGTTCGTTCCACGTACGTGTGCTGTGTGAGACGACACA TCT GCACCTGCACGTCAGCACGTACGTGCACCCGGTA TGTGTGCGCGTGTACTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGAGA TGAGGCCGGA TTCAGGA GCTGCGAGCTCA TAGGCCACAGTCACAGAA TTGCAACGGTACTTCAGTTCAGTCA TCTCCTAGTCCTTGAGAG（2）GGAAAAAAGA TACGTA TGTACA TA TACGTGTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGCAAAGACA TTGA TA TTGTTGCTGGTGGCGAGGTTGA TGCGCACAGCTCACTCCCGCGCTGACTGACACG（3）GGTCAGCAGAAAGCA TGCCGTAGTCAAACGA TCGACCTAGCTAGTAGCAGTGTG TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGCAAAAACCTAGACCTTAGCAGCCTAG（4）CCTGA TTTGGA TCCAACAAAA TGCA TTTGACCA TA TAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCACAGTCACAGAA TTGCAACGGTACTTCAGTTCAGTCA TCTCCTAGTCCTTGAGAG（2）题 SEQ DNAMAN2: 172 bp;Composition 57 A; 62 C; 22 G; 31 T; 0 OTHERPercentage: 33.1% A; 36.0% C; 12.8% G; 18.0% T; 0.0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 52.42 dsDNA: 106.04COLOURSsequence = 1features = 0ORIGIN1 CGTGTCAGTC AGCGCGGGAG TGAGCTGTGC GCATCAACCT CGCCACCAGC AACAATATCA 61 ATGTCTTTGC TTCACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA 121 CACACACACA CACACACACG TACACGTATA TGTACATACG TATCTTTTTT CCSEQ DNAMAN2: 172 bp;Composition 57 A; 62 C; 22 G; 31 T; 0 OTHERPercentage: 33.1% A; 36.0% C; 12.8% G; 18.0% T; 0.0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 52.42 dsDNA: 106.04COLOURSsequence = 1features = 0ORIGIN1 CCTTTTTTCT ATGCATACAT GTATATGCAC ATGCACACAC ACACACACAC ACACACACAC 61 ACACACACAC ACACACACAC ACACACACAC ACACACACAC TTCGTTTCTG TAACTATAAC 121 AACGACCACC GCTCCAACTA CGCGTGTCGA GTGAGGGCGC GACTGACTGT GCSEQ DNAMAN2: 172 bp;Composition 31 A; 22 C; 62 G; 57 T; 0 OTHERPercentage: 18.0% A; 12.8% C; 36.0% G; 33.1% T; 0.0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 53.79 dsDNA: 106.04COLOURSsequence = 1features = 0ORIGIN1 GCACAGTCAG TCGCGCCCTC ACTCGACACG CGTAGTTGGA GCGGTGGTCG TTGTTATAG T 61 TACAGAAACG AAGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT 121 GTGTGTGTGT GTGTGTGTGC ATGTGCATAT ACATGTATGC ATAGAAAAAA GG（3）题 Restriction analysis on DNAMAN3Methylation: dam-No dcm-NoScreened with 180 enzymes, 19 sites foundAluI AG/CT 1: 40BbvI GCAGCNNNNNNNN/ 1: 151BsaOI CGRY/CG 1: 32Bst71I GCAGCNNNNNNNN/ 1: 151DdeI C/TNAG 1: 135DpnI GA/TC 1: 31Fnu4HI GC/NGC 1: 140MaeI C/TAG 4: 37, 41, 129, 144MboI /GATC 1: 29NlaIII CATG/ 1: 17NspI RCATG/Y 1: 17PvuI CGAT/CG 1: 32Sau3AI /GATC 1: 29SphI GCATG/C 1: 17TaqI T/CGA 1: 32XorII CGAT/CG 1: 32List by Site Order17 NlaIII 31 DpnI 37 MaeI 140 Fnu4HI17 SphI 32 TaqI 40 AluI 144 MaeI17 NspI 32 PvuI 41 MaeI 151 BbvI29 Sau3AI 32 BsaOI 129 MaeI 151 Bst71I 29 MboI 32 XorII 135 DdeINon Cut EnzymesAatII Acc65I AccI AccII AccIII AclIAcyI AflII AflIII AgeI AhaIII Alw26IAlw44I AlwNI ApaBI ApaI ApaLI AscIAsp718I AsuI AsuII AvaI AvaII AvrIIBalI BamHI BanI BanII BbeI BbvIIBclI BglI BglII Bpu1102I BsaHI Bsc91IBsiI BsmI Bsp1286I Bsp1407I BspHI BspMIBspMII BssHII BstD102I BstEII BstNI BstXIBsu36I Cfr10I CfrI ClaI Csp45I CspICvnI DraI DraII DraIII DrdI EagIEam1105I Ecl136II Eco31I Eco47III Eco52I Eco56IEco57I Eco72I EcoHI EcoICRI EcoNI EcoRIEcoRII EcoRV EheI EspI FnuDII FokIFseI HaeII HaeIII HgaI HgiAI HhaIHindII HindIII HinfI HinP1I HpaI HpaIIHphI I-PpoI KpnI MaeII MaeIII MboIIMfeI Mlu113I MluI MnlI MscI MseIMspA1I MspI MstI MstII NaeI NarINcoI NdeI NheI NlaIV NotI NruINsiI NspBII PacI PflMI PinAI PleIPmaCI PmeI PpuMI PssI PstI PvuIIRleAI RsaI SacI SacII SalI SapISauI ScaI SciI ScrFI SduI SfaNISfiI SgrAI SmaI SnaBI SpeI SplISpoI SrfI SspI SstI SstII StuIStyI SunI SwaI ThaI Tth111I Tth111IIVspI XbaI XcmI XhoI XhoII XmaIXmaIII XmnIRestriction sites on DNAMAN3MaeIAluIMaeIXorIIBsaOIPvuITaqINspI DpnISphI MboINlaIII Sau3AI1 GGTCAGCAGAAAGCATGCCGTAGTCAAACGATCGACCTAGCTAGTAGCAGTGTGTGTGTGCCAGTCGTCTTTCGTACGGCATCAGTTTGCTAGCTGGATCGATCATCGTCACACACACAC61 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAAAMaeIMaeI DdeI Fnu4HI121 GCAAAAACCTAGACCTTAGCAGCCTAGCGTTTTTGGATCTGGAATCGTCGGATC（4）题Primer List29 CGTGTGCTGTGTGAGAC 51.9癈 and 224 GGAGATGACTGAACTGAAG 50.1癈30 GTGTGCTGTGTGAGACG 51.9癈 and 224 GGAGATGACTGAACTGAAG 50.1癈32 GTGCTGTGTGAGACGAC 50.7癈 and 224 GGAGATGACTGAACTGAAG 50.1癈。
《生物信息学》大作业参考模板-2016
《生物信息学》大作业 参考答案
芍药 ACS 基因的生物信息学分析
姓名： 班级： 学号： 2016 年 4 月 11 日
一、芍药 ACS 基因序列及其编码的蛋白的功能 乙烯是存在于植物体内的唯一的一种气态植物激素，调控植物花、果和叶片的衰老进程。乙烯的合成 主要在转录水平上受到 ACS（ACC synthase，ACC 合酶）和 ACC 氧化酶的调控，ACS 将 SAM（S-adenosyl
a r t i c l e i n f o
Article history: Received 17 November 2015 Accepted 23 November 2015 Available online 26 November 2015 Keywords: ACC synthase Ethylene biosynthesis Flower senescence Oncidium Gower Ramsey Gene cloning Expression analysis
Biochemical and Biophysical Research Communications 469 (2016) 20vailable at ScienceDirect
Biochemical and Biophysical Research Communications
图 1 芍药 ACS 基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列 下载的论文“Molecular cloning and expression analysis of an 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase gene from Oncidium Gower Ramsey” 为 2016 年发表于 Biochemical and Biophysical Research Communications 的最新英文文章（见下页） 。 （2 分）
生物信息学课后题及答案【VIP专享】
生物信息学课后习题及答案（由10级生技一、二班课代表整理）一、绪论1.你认为，什么是生物信息学？采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。
2.你认为生物信息学有什么用？对你的生活、研究有影响吗？（1）主要用于：在基因组分析方面：生物序列相似性比较及其数据库搜索、基因预测、基因组进化和分子进化、蛋白质结构预测等在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学研究：SARS、人类基因组计划、基因组计划：基因芯片。
（2）指导研究和实验方案，减少操作性实验的量；验证实验结果；为实验结果提供更多的支持数据等材料。
3.人类基因组计划与生物信息学有什么关系？人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为基因组计划的一项重要的工作。
而这些数据信息的管理、分析、解释和使用促使了生物信息学的产生和迅速发展。
4简述人类基因组研究计划的历程。
通过国际合作，用15年时间（1990-2005）至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图，确定人类DNA的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其他生物进行类似研究。
1990，人类基因组计划正式启动。
1996，完成人类基因组计划的遗传作图，启动模式生物基因组计划。
1998完成人类基因组计划的物理作图，开始人类基因组的大规模测序。
Celera公司加入，与公共领域竞争启动水稻基因组计划。
1999，第五届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度。
2000，Celera公司宣布完成果蝇基因组测序，国际公共领域宣布完成第一个植物基因组——拟南芥全基因组的测序工作。
2001，人类基因组“中国卷”的绘制工作宣告完成。
2003，中、美、日、德、法、英等6国科学家宣布人类基因组序列图绘制成功，人类基因组计划的.目标全部实现。
2004，人类基因组完成图公布。
研究生《生物信息学》作业模板
研究生《医学生物信息学》作业班级：专业：姓名：一、实验目的:（1）掌握中文文献全文的检索和获得方法。
（2）掌握Pubmed数据库文献的检索和交大图书馆英文数据库全文的获得方法。
（3）掌握核酸序列搜索的方法。
（4）掌握核酸序列相似性分析的方法。
（5）掌握PCR引物设计软件的原理、使用及特点。
（6）掌握蛋白质序列搜索的方法。
（7）掌握蛋白质序列分析常用软件的使用方法。
二、研究背景:AIB1基因为近年来发现的p160类固醇受体转录共激活因子SRC-1家族成员，是新定义的一个原癌基因[1]。
该基因表达的蛋白在许多生物学过程中发挥重要作用，如细胞生长，增殖，分化，性成熟，女性生殖功能等[2]。
近年发现，该基因的表达异常与多种肿瘤的发生发展有关，以在乳腺癌中研究最多。
AIB1基因的高表达与乳腺癌的发生和发展有关[3]。
AIB1蛋白通过与雌激素受体相互作用，能强烈地增强雌激素受体的促进靶基因转录的效应，进而引起细胞增殖和肿瘤形成，此外，AIB1蛋白还在多条信号传导通路中发挥作用[4]。
AIB1基因(amplified in breast cancer1)又称为ACTR，TRAM1，RAC3，SRC3，NCoA3，P/CIP等。
本人选择其为研究对象。
三、实验方法、步骤及结果:1．在中国知网（CNKI）中查找中文文献：2．在PubMed中查找英文文献：登陆NCBI主页，网址：/guide/，选择gene数据库4. 使用NCBI网站中的BLAST工具进行序列比对登陆/，选择核酸序列比对nucleotide BLAST，界面显示如下，输入登录号，AF012108，点击“BLAST”。
结果如下：共有2条核苷酸序列和2条基因组序列和其匹配：第一条核苷酸序列为“Homo sapiens nuclear receptor coactivator 3 (NCOA3), transcript variant 2, mRNA”，登录号：NM_006534。
生物信息学(上海海洋大学)智慧树知到课后章节答案2023年下上海海洋大学
生物信息学（上海海洋大学）智慧树知到课后章节答案2023年下上海海洋大学上海海洋大学第一章测试1.生物信息学涉及到以下哪些学科？答案:生物统计学; 生物学;计算机科学2.生物大分子序列里包含了哪些信息？答案:序列信息;功能信息;进化信息;结构信息3.中心法则论述的是遗传信息的流动法则，是指生物大分子的序列决定结构，结构决定功能。
答案:错4.数据是经过加工的信息，对我们做判断和决策有用。
答案:错5.以下哪些观点不是达尔文的《物种起源》提出来的？答案:上帝创造万物6.人类基因组工作草图是什么时候发表的？答案:20017.学好生物信息学最重要的途径是多练习多实践。
答案:对8.世界上最主要的测序公司之一华大基因，是在哪个国家成立的？答案:中国9.以下哪位科学家提出了分子钟假说？答案:泡林 Pauling10.以下哪些组学研究属于生物信息学研究内容？答案:转录组学;基因组学;表观组学;蛋白质组学第二章测试1.以下哪个数据库不是NCBI的子数据库？答案:genecard2.以下哪些数据库属于一级结构数据库？Genbank ;PDB3.在线生物大分子数据库，不可以通过以下哪种方式进行数据查询？答案:电话查询4.在对基因进行查询的时候，如果我们查询的是“cell division[GO]”，我们是通过一下哪种信息对基因进行查询？答案:基因的功能5.蛋白质的profile描述的是具有多个motif的蛋白质家族中，它们具有哪些Motif，以及这些motif的空间分布答案:错6.蛋白质三级结构的实验测定方法包括( )电子显微镜;核磁共振;X光衍射7.ENSEMBL中的gene tree，收集的是同源基因序列答案:对8.KEGG包括以下几类子数据库（）答案:chemical information;system information;genomic information; health infromation9.PDB是一个基于功能域进行分类的蛋白质序列数据库。
生物信息学智慧树知到课后章节答案2023年下山东第一医科大学
生物信息学智慧树知到课后章节答案2023年下山东第一医科大学绪论单元测试1.生物信息学涉及的学科有哪些（）。
A:计算机科学 B:生物学 C:工程学 D:数学答案:计算机科学;生物学;工程学;数学第一章测试1.生物学史上第一部关于生物进化的划时代著作是（）。
A:《自然史》 B:《植物杂交试验》 C:《天演论》 D:《物种起源》答案:《物种起源》2.第一个测定蛋白质结构的科学家是（）。
A:富兰克林 B:桑格尔 C:沃森 D:克里克答案:桑格尔3.生物信息学之父（）A:林华安 B:摩尔根 C:桑格尔 D:孟德尔答案:林华安4.生物信息学的主要研究内容不包括( )A:新算法和统计学方法研究 B:数据分析与解释 C:研制能有效利用数据的工具 D:研究概率论答案:研究概率论5.诺贝尔奖由于DNA螺旋结构颁给了那三位科学家（）。
A:沃森 B:克里克 C:富兰克林 D:威尔金斯答案:沃森;克里克;威尔金斯6.《植物杂交试验》提出遗传因子的概念。
（） A:错 B:对答案:对7.遗传因子的现代概念就是基因。
（）A:错 B:对答案:对8.蛋白质是遗传物质。
（）A:对 B:错答案:错9.20世纪70年代，生物信息学开始了真正的开端，标志是：序列比对与生物信息分析方法。
( )A:对 B:错答案:对第二章测试1.双脱氧链终止法是谁提出的（）。
A:沃森 B:缪勒 C:桑格尔 D:杨振宁答案:桑格尔2.常用的核酸序列储存格式是（）。
A:fasta B:ab1 C:doc D:phd 答案:fasta3.二代测序仪不包括（）A:Roche公司454测序仪 B:ABI公司的SOLiD测序仪 C:ABI3730XL荧光自动测序仪 D:Illumina公司Solexa基因组分析仪答案:ABI3730XL荧光自动测序仪4.Illumina公司Solexa基因组分析仪产出的数据格式为( )A:fasta B:ab1 C:phdD:fastq 答案:fastq5.生物分子与信息的种类包括（）。
计算机在生命科学中的应用第四次作业2
对硫矿硫化叶菌的一段未知功能蛋白的基因进行引物设计前言：PCR技术的的运用，要点包括三部分，模板、引物和体系。
模板是扩增的基础，引物是PCR技术的关键点，在现在实验条件下，模板和体系一般都有商品化的技术支持，因此，能否设计出好的引物就成了PCR反映的关键1.利用软件Vector NTI Explore 对硫矿硫化叶菌DNA序列进行酶切找到含目的基因的较小的片段2.利用软件Vector NTI Explore进行引物设计引物Sulfolobus solfataricus P2（硫矿硫化叶菌）的一段DNA 序列。
3. 引物设计的原则：（1）长度在18~35bp，GC含量在40%~60%之间，内部无发卡结构，Tm值接近72℃；（2）引物之间避免形成二聚体；（3）引物3’端和模板之间不应少于12个连续碱基相匹配；（4）在模板基因内部不应有和引物对中任一条引物相似的片断；有时需要在引物的3’端加上适当的酶切位点。
（5）引物3′端不能选择A，最好选择T。
（6）引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。
实验内容：试验中用到的古生菌的序列长12389bp，其中80-709bp是要得到的未知功能蛋白质的基因序列，利用Vector NTI Explorer分析酶切位点，依次用PStI、EcoRI和ClaI处理，在使用另一种酶处理之前，先用琼脂糖凝胶电泳分离目的DNA片段，最后得到1——1429的DNA片段，是理想的PCR模板。
再次使用Vector NTI Explorer分析，设计PCR 引物，使用PCR扩增得到目的DNA。
实验步骤：1, 要用限制性内切酶将多余的片段切去。
找出目的基因所在的片段712389 bp44))I (11685)Av a a I (12094)这是Sulfolobus solfataricus P2（硫矿硫化叶菌）DNA 序列利用软件Vector NTI 所能找到的所有酶切位点：由给出的切割位点课已看出，在整条基因序列中PstI的切割微点只有一个，所以首先用此限制酶切割，可以得到3370bp之前的整条片段。
《生物信息学》练习题及答案
《生物信息学》练习题及答案1、在Genbank中查找以下6个植物蛋白序列：protein1:NP_974673.2;protein2:NP_187969.1;protein3: NP_190855.1;protein4:NP_565618.1;protein5: NP_200511.1;protein6:NP_191407.1(以FASTA格式)。
（1）用EBI上的ClustalW2工具对其进行多序列比对，分析各蛋白序列之间的同源性。
序列比对结果比对结果表明：protein1:NP_974673.2和protein4: NP_565618.1的亲缘关系最近。
（2）利用Phylip软件，选择距离法构建其进化树（要求写出具体的建树步骤）。
1．将蛋白序列保存为FASTA格式，存于txt文档；2.用Clustalx打开txt文本，保存为*.phy文件；3.用seqboot程序打开phy文件，输出结果文件*_seqboot4.用protdist程序打开*_seqboot文件，输出为*_protdist文件5.用neighbor程序打开*_protdist文件,输出为*_neighbor 文件6.用consense程序打开*_neighbor文件,输出为*_consense 文件7.用dratree程序打开*_consense文件得到进化树。
（注：由于seqboot软见无法正常运行，因此进化树无法显示）（3）任意选取其中的一个蛋白进行蛋白质一级序列分析、二级结构预测及三维结构的模拟。
选择protein3:NP_190855.1一级结构网址：/doc/479b86d06edb6f1afe001f6e.html /tools/protparam.htmlNumber of amino acids:456氨基酸数目Molecular weight:51154.5相对分子质量Theoretical pI:8.69理论pI值Amino acid composition氨基酸组成Ala(A)306.6%Arg(R)286.1%Asn(N)153.3%Asp(D)275.9%Cys(C)51.1%Gln(Q)183.9%Glu(E)286.1%Gly(G)378.1%His(H)163.5%Ile(I)163.5%Leu(L)429.2%Lys(K)327.0%Met(M)51.1%Phe(F)173.7%Pro(P)163.5%Ser(S)4610.1%Thr(T)214.6%Trp(W)81.8%Tyr(Y)194.2%Val(V)306.6%Pyl(O)00.0%Sec(U)00.0%(B)00.0%(Z)00.0%(X)00.0%正/负电荷残基数Total number of negatively charged residues(Asp+Glu): 55Total number of positively charged residues(Arg+Lys): 60Atomic composition:原子组成Carbon C2270Hydrogen H3531Nitrogen N645Oxygen O686Sulfur S10Formula:C2270H3531N645O686S10分子式Total number of atoms:7142总原子数Extinction coefficients:消光系数Extinction coefficients are in units of M-1cm-1,at280 nm measured in water.Ext.coefficient72560Abs0.1%(=1g/l)1.418,assuming all pairs of Cys residues form cystines Ext.coefficient72310Abs0.1%(=1g/l) 1.414,assuming all Cys residues are reducedEstimated half-life:半衰期The N-terminal of the sequence considered is M(Met). The estimated half-life is:30hours(mammalian reticulocytes,in vitro).>20hours(yeast,in vivo).>10hours(Escherichia coli,in vivo).Instability index:不稳定系数The instability index(II)is computed to be48.99This classifies the protein as unstable.Aliphatic index:75.26脂肪系数Grand average of hydropathicity(GRAVY):-0.554总平均亲水性蛋白质亲疏水性分析所用氨基酸标度信息Ala:1.800Arg:-4.500Asn:-3.500Asp:-3.500Cys:2.500 Gln:-3.500Glu:-3.500Gly:-0.400His:-3.200Ile:4.500 Leu:3.800Lys:-3.900Met:1.900Phe:2.800Pro:-1.600 Ser:-0.800Thr:-0.700Trp:-0.900Tyr:-1.300Val: 4.200:-3.500:-3.500:-0.490分析所用参数信息Weights for window positions1,..,9,using linear weight variation model:1234567891.001.001.001.001.001.001.001.001.00edge center edge跨膜结构预测结果（没有跨膜结构）信号肽分析：二级结构预测三级结构预测网站/doc/479b86d06edb6f1afe001f6e.html/~phyre2、在拟南芥基因组数据库中（/doc/479b86d06edb6f1afe001f6e.ht ml/）查找编号分别为At4G33050,At3G13600，At3G52870或At2G26190基因，针对所查找的基因进行初步的生物信息学分析（每人任选其中一个基因）。
2019年高三生物最新信息卷四201905230346
2019年高考高三最新信息卷生物（四）注意事项：1、本试卷分第Ⅰ卷（选择题）和第Ⅱ卷（非选择题）两部分。
答题前，考生务必将自己的姓名、考生号填写在答题卡上。
2、回答第Ⅰ卷时，选出每小题的答案后，用铅笔把答题卡上对应题目的答案标号涂黑，如需改动，用橡皮擦干净后，再选涂其他答案标号。
写在试卷上无效。
3、回答第Ⅱ卷时，将答案填写在答题卡上，写在试卷上无效。
4、考试结束，将本试卷和答题卡一并交回。
一、选择题（共6小题，每题6分，共36分，在每小题的四个选项中，只有一个选项是符合题目要求的）1．下列叙述正确的是A．线粒体膜上存在转运葡萄糖的载体B．细胞分裂间期，染色体复制需DNA聚合酶和RNA聚合酶C．细菌和青蛙等生物在无丝分裂过程中需进行DNA复制D．核孔保证了控制物质合成的基因能够从细胞核到达细胞质2．下图是用32P标记噬菌体并侵染细菌的过程，有关叙述正确的是A．过程①32P标记的是噬菌体外壳的磷脂分子和内部的DNA分子B．过程②应短时保温，有利于吸附在细菌上的噬菌体与细菌分离C．过程③离心的目的是析出噬菌体外壳，使被感染的大肠杆菌沉淀D．过程④沉淀物的放射性很高，说明噬菌体的DNA是遗传物质3．某兴趣小组将小鼠分成两组，A组注射一定量的某种生物提取液，B组注射等量的生理盐水，两组均表现正常。
注射后若干天，分别给两组小鼠注射等量的该种生物提取液，A组小鼠很快发生了呼吸困难等症状；B组未见明显的异常表现。
对第二次注射后A组小鼠的表现，下列解释合理的是A．提取液中的物质导致A组小鼠出现低血糖症状B．提取液中含有过敏原，刺激A组小鼠产生了特异性免疫C．提取液中的物质阻碍了神经细胞与骨骼肌细胞间的兴奋传递D．提取液中的物质使A组小鼠细胞不能正常产生ATP4．下列叙述正确的是A．基因转录时，解旋酶与基因相结合，RNA聚合酶与RNA相结合B．非姐妹染色单体的交叉互换导致染色体易位C．秋水仙素通过促进着丝点分裂使染色体数目加倍D．镰刀型细胞贫血症的形成体现了基因通过控制蛋白质的结构直接控制生物体的性状5．兴趣小组将酵母菌分装在500ml培养瓶后，置于不同培养条件下进行培养，下列相关叙述错误的是A．在80h到100h内③中酵母菌增长率基本不变B．140h内①中酵母菌种群的增长倍数（N t/N t-1）基本不变C．利用血球计数板计数时，压线的个体左上两边记在方格内D．④和⑤出现差异的原因可能是培养瓶中葡萄糖的量不同6．2018年的诺贝尔奖获得者詹姆斯·艾利森发现在T细胞表面有一种名为CTLA-4的蛋白质可以发挥“分子刹车”的作用，当CTLA-4被激活后，免疫反应就会终止，如果使它处于抑制状态，则能使T细胞大量增殖，集中攻击肿瘤细胞，这样有望治愈某些癌症。
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BLAST数据库相似性搜索1.以人血红蛋白beta亚基（HBB_HUMAN）为检测序列，搜索Swiss-Prot数据库中所有哺乳动物的血红蛋白，找出前10个高分匹配，列表说明搜索结果。
由结果看出，匹配度较高的大多数都是血红蛋白beta亚基，匹配度最高的当然是人血红蛋白beta亚基本身的蛋白序列，第二最相似的是西部低地大猩猩，依次为长臂猿、长尾叶猴、王疣猴、红脸蜘蛛猴、黑掌蛛猴、日本猕猴、白脸狐尾猴、棕色绒毛猴。
前10个高分匹配都是灵长目的，与人类亲缘关系最近，因而血红蛋白beta亚基相似度较高。
2.以大鼠血红蛋白alpha亚基（HBA_RAT）为检测序列，用BlastP、PSI-Blast和DELAT-Blast分别搜索RefSeq数据库中大鼠珠蛋白家族成员（注意选择适当的计分矩阵、设置适当的E值）。
BlsatP结果：PSI-Blast结果(PSI blast Iteration 2)：DELAT-Blast结果：3.以大鼠血红蛋白alpha亚基（HBA_RAT）为检测序列，用tBlastN搜索RefSeq数据库中大鼠珠蛋白基因家族mRNA序列。
参考Hardison论文和大鼠基因组数据库RGD中相关信息，下载非预测序列，提取其编码区序列，进行多序列比对，并构建系统发育树，分析结果。
将下载的序列用Mega进行比对，构建系统发育树如下图：由图可以看出，共提取了14条珠蛋白家族编码区序列。
4个beta亚基在一个分支，它们结构上比较相似；随机对比了100次，gamma A与epsilon 2这两个亚基始终在一起，说明这两个亚基极为相似，差异位点很少，而这两个亚基又与epsilon 1对比了100次有98次是在一起的，说明它们之间也很相似；这7个亚基无论对比多少次，总是在一起，说明它们的序列上有很相似的结构，使它们能够比对到一起。
alpha 1和alpha 2总是在一起，它们之间的差异位点很少，序列基本相同；三个alpha亚基始终在一起，它们与zeta的相似度较高，对比100次有75次是和zeta亚基在一起。
Cytoglobin、myoglobin、neuroglobin这三个亚基与其他亚基相似度低一些。
大鼠基因组数据库RGD中大鼠珠蛋白家族有17个，但本次只提取出14个。
Hardison 论文中类β珠蛋白包含βγε亚基，类α珠蛋白中包括αζθ亚基，所建系统发育树与此结果一致。
4.搜索RefSeq数据库中人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族mRNA序列，下载非预测序列，提取其编码区序列;对上述三个物种所有珠蛋白基因编码区序列进行多序列比对，并构建系统发育树，分析结果。
对这三个物种的所有珠蛋白家族进行基因编码区序列进行多序列比对，并构建系统发育树如图，可以看出这三个物种的neuroglobin和人的mu亚基与其他亚基的序列相似性是最低的。
三个物种的myoglobin在一个分支，cytoglobin在一个分支，说明它们各自在分化上很相似。
alpha亚基、theta亚基、zeta亚基在一个大分枝上，gamma、epsilon、beta、delta亚基这几个在一个大分支，说明它们之间的同源性很高，可能是由alpha或者beta亚基复制变异而来，因而相似性高。
由图也可看出这三个物种的血红蛋白相似性很高、珠蛋白家族的亚基种类也相似，三个物种的相似相同亚基基本在一个大分支上，同源性高。
Mm beta adult t chain (Hbb-bt)Mm beta adult s chain (Hbb-bs)Mm beta adult major chain (Hbb-b1)Mm beta adult minor chain (Hbb-b2)Rn beta (Hbb)Rn beta adult major chain (Hbb-b1)Rn beta globin minor gene (LOC100134871)Rn beta-globin (LOC689064)Hs beta (HBB)Hs delta (HBD)Mm beta bh2 (Hbb-bh2)Mm Y beta-like embryonic chain (Hbb-y)Rn epsilon 1 (Hbe1)Hs epsilon 1 (HBE1)Hs gamma G (HBG2)Hs gamma A (HBG1)Rn epsilon 2 (Hbe2)Mm Z beta-like embryonic chain (Hbb-bh1)Rn gamma A (Hbg1)Mm cytoglobin (Cygb)Rn cytoglobin (Cygb)Hs cytoglobin (CYGB)Hs myoglobin (MB) transcript variant 3Hs myoglobin (MB) transcript variant 1Hs myoglobin (MB) transcript variant 2Rn myoglobin (Mb)Mm myoglobin (Mb) transcript variant 3Mm myoglobin (Mb) transcript variant 1Mm myoglobin (Mb) transcript variant 2Mm X alpha-like embryonic chain in Hba complex (Hba-x)Rn zeta (Hbz)Hs zeta (HBZ)Mm theta 1B (Hbq1b)Mm theta 1A (Hbq1a)Hs theta 1 (HBQ1)Hs alpha 2 (HBA2)Hs alpha 1 (HBA1)Mm alpha adult chain 1 (Hba-a1)Mm alpha adult chain 2 (Hba-a2)Rn alpha (LOC287167)Rn alpha 1 (Hba1)Rn alpha 2 (Hba2)Hs mu (HBM)Hs neuroglobin (NGB)Mm neuroglobin (Ngb)Rn neuroglobin (Ngb)5.以你课题相关的蛋白质为检测序列，搜索Swiss-Prot或RefSeq数据库，分析搜索结果，阅读相关文献，找出同一物种中可能的旁系同源序列和近缘物种中可能的直系同源序列。
Ras蛋白家族包括很多蛋白，如ran，但是在UniProt库中检索不到褐飞虱的ran蛋白，检索褐飞虱的ras蛋白，只检索到一个Rheb蛋白，而在其他相近物种中找不到，所以选择了肌动蛋白（actin）来进行序列比对与同源序列查找。
已测定（预测的）的褐飞虱肌动蛋白有4条蛋白序列：actin1、actin2、actin3、muscle actin。
actin1、actin2和actin3的蛋白序列长度相同，相似性很高，而muscle actin 的长度仅为它们的1/2不到，这一小段与它们的同源性也很高，有可能是经过分化而形成的短的肌动蛋白种类。
Score Identities1 ABY48097.1actin 3 gb|ABY48097.1|376 787 bits(2032)376/376(100%)2 ABY48093.1actin 1 gb|ABY48093.1|376 746 bits(1927)355/376(94%)3 ABY48096.1actin 2 gb|ABY48096.1|376 733 bits(1891)345/376(92%)4 ADB92676.1Muscle actin gb|ADB92676.1|166 321 bits(823)155/166(93%)No Accession Protein names species Sequence ID Length Identities1 NP_001136108.1actin related protein 1 豌豆蚜ref|NP_001136108.1|376 372/376(99%)2 EGI64830.1Actin, clone 205 巴拿马切叶蚁gb|EGI64830.1|376 371/376(99%)3 NP_524367.1actin 88F 黑腹果蝇ref|NP_524367.1|376 369/376(98%)4 CAO98769.1beta-actin 丰年虾emb|CAO98769.1|376 371/376(99%)5 AAZ31061.1actin6 埃及伊蚊gb|AAZ31061.1|376 370/376(98%)6 NP_001119725.1actin, muscle-type A2 家蚕ref|NP_001119725.1|376 372/376(99%)7 AAV65298.1actin 桑天牛gb|AAV65298.1|376 370/376(98%)8 ABW08108.1actin 始红蝽gb|ABW08108.1|376 371/376(99%)9 ABU41077.1actin 鲑疮痂鱼虱gb|ABU41077.1|376 370/376(98%)10 CAB99474.1actin 大型蚤emb|CAB99474.1|376 371/376(99%)11 ABW03225.1beta actin 甘蓝夜蛾gb|ABW03225.1|376 369/376(98%)12 ACV32627.1beta-actin 红褐斑腿蝗gb|ACV32627.1|376 370/376(98%)13 ETN60496.1actin 达氏按蚊gb|ETN60496.1|376 369/376(98%)14 AGJ84696.1actin 1 灰飞虱gb|AGJ84696.1|376 371/376(99%)15 AEB26312.1actin 棉铃虫gb|AEB26312.1|376 371/376(99%)由结果可以看出，与褐飞虱肌动蛋白序列相似性高的物种很多都是昆虫，褐飞虱属于半翅目昆虫，半翅目也有很多，蝽类、蚜虫、灰飞虱等都属于半翅目，也有其他鳞翅目、膜翅目、直翅目、鞘翅目、双翅目的昆虫等。
相近物种的蛋白同源性高。
6.从植物转录因子数据库（PlantTFDB）中下载棉花转录因子蛋白质序列和编码区序列数据，构建本地BLAST数据库。
以拟南芥转录因子SPL3的DNA结合结构域氨基酸序列为检索序列，用BLASTP和TBLASTN进行搜索，以拟南芥转录因子SPL3的DNA 结合结构域编码区核苷酸序列为检索序列，用BLASTN、BLASTX、TBLASTX进行搜索。
列表说明搜索结果，总结上述不同搜索程序的适用范围。