计算化学及其应用 05 MO计算中的基组

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计算化学及其应用 05 MO计算中的基组

计算化学及其应用 05 MO计算中的基组

类氢离子径向分布函数
径向部分: Gaussian型函数(GTF)
1/ 4 3 g s (r ) 2 / exp( r 2 ) 5 3 1/ 4 g x (r ) 128 / x exp( r 2 ) 7 3 1/ 4 2 g xx (r ) 2048 / 9 x exp( r 2 ) 7 3 1/ 4 g xy (r ) 2048 / xy exp( r 2 )
相关一致基组(第二周期)
(sp)组 cc-pVDZ [3s2p] 极化函数 1d
cc-pVTZ
cc-pVQZ
[4s3p]
[5s4p]
2d1f
3d2f1g
相关一致基组的精确度
极化函数
3级 3d2f1g
2级 1级
2d1f 1d
6-31G**(中等基组)
半经验
……
基组
单Zeta 双Zeta
0级 1级
三Zeta
• 把它代入电子总数的表达式并且重新组合各项
2 i*i d N e
i * 2 { ci }{ ci } d N e i occ occ



* { 2ci ci } { d } P S N e
occ i
2级

Zeta数目
近似等级
赝势, 有效势基组
• • •


在化学作用中, 内层轨道没有大的变化 价层轨道同时受到核和内层电子的作用 可以构造一个赝势, 来代替来自核和内层电子对价 层电子的静电势 可以用更少的基函数来描写原子(但是却引入了其 它近似) 对于重元素, 赝势可以把难以处理的相对论效应给 包括进去, 改善了计算结果

计算化学及其应用05MO计算中的基组

计算化学及其应用05MO计算中的基组

高精度计算对基组的要求和挑战
高精度计算需要大规模、高质量的基组
高精度计算要求使用大规模、高质量的基组以获得更准确的电子结构和性质。然 而,这样的基组通常需要更多的计算资源和更高的计算技巧。
基组的可移植性和普适性
高精度计算通常需要在不同的体系和环境下进行,因此要求基组具有良好的可移 植性和普适性。然而,现有的基组往往针对特定的体系和性质进行优化,难以满 足高精度计算的需求。
02
详细阐述了基组的选择对计算结果的影响,包括计算精度和计算效率 等方面。
03
通过实例分析了不同基组在计算化学中的应用,如分子结构、反应机 理、光谱性质等。
04
总结了基组在计算化学中的发展趋势和挑战,如发展高精度、高效率 的基组,提高基组的适用性和普适性等。
对未来研究的建议和展望
探索基组与其他计算方法的结合,如密度泛函 理论、分子动力学模拟等,以进一步提高计算
高斯型基组(Gaussian Type Orbita…
基于高斯函数的基组,适用于分子轨道计算,具有较高的计算精度和效率。
压缩高斯型基组(Contracted Gaussia…
通过减少基组中的高斯函数数量,提高计算效率,同时保持一定的计算精度。
密度泛函理论中的基组
局域密度近似(Local Density Appro…
可移植性原则
选择的基组应具有较好的可移 植性,能够适用于不同的计算 方法和程序。
针对性原则
针对特定的研究体系和问题, 选择专门设计的基组或进行基
组的定制和优化。
基组优化的策略和技术
基组扩展
基组压缩
通过增加基组的规模和复杂性来提高计算 的准确性,如增加极化函数、弥散函数等 。
在保证计算准确性的前提下,通过减少基 组的规模和复杂性来提高计算效率,如使 用压缩基组、拟合势等。

《计算化学的应用》课件

《计算化学的应用》课件
计算化学在材料科学中的运用有 助于预测新材料的性质和性能, 加速材料研发进程。
环境科学
计算化学在环境科学中的应用有 助于研究污染物在环境中的迁移 、转化和降解过程,为环境保护 提供支持。
2023
PART 05
总结与展望
REPORTING
总结
1 2 3
计算化学的发展历程
从早期的量子力学理论到现在的机器学习算法, 计算化学在理论和实践上都有了长足的进步。用》 ppt课件
2023
目录
• 计算化学简介 • 计算化学的基本原理 • 计算化学的应用实例 • 计算化学的未来展望 • 总结与展望
2023
PART 01
计算化学简介
REPORTING
计算化学的定义
01
计算化学是通过理论计算和计算 机模拟方法研究化学反应过程和 物质性质的科学。
蒙特卡洛方法
01
蒙特卡洛方法是一种基于概率统计的数值计算方法 ,通过随机抽样来求解数学问题。
02
在计算化学中,蒙特卡洛方法常用于模拟分子体系 的性质,如反应速率、化学平衡等。
03
蒙特卡洛方法的优点是能够处理复杂的系统,且对 计算机资源要求较低。
2023
PART 03
计算化学的应用实例
REPORTING
污染物毒性评估
通过计算模拟,可以对污染物的毒性进行评估,为环境健康风险评 估提供依据。
气候变化模拟
通过计算模拟,可以模拟气候变化对环境的影响,为应对气候变化 提供理论支持。
2023
PART 04
计算化学的未来展望
REPORTING
高性能计算的发展
超级计算机
随着技术的进步,超级计算机的 运算速度和存储能力不断提升, 为大规模计算化学模拟提供了强

计算化学-4.从头计算法原理

计算化学-4.从头计算法原理

无需经验参数
可解释性强
从头计算法不需要引入经验参数,只需要 根据量子力学原理进行计算即可,因此计 算过程相对客观。
由于从头计算法基于量子力学原理,因此 其计算结果具有很强的可解释性,能够深 入揭示分子的性质和行为。
缺点
计算量大
由于从头计算法需要基于量 子力学原理进行大量的数学 运算,因此计算量较大,需 要高性能计算机才能完成。
薛定谔方程的求解难度,提高计算效率。
在从头计算法中,根据不同的近似方法,可以得到不 同的波函数和电子密度,进而描述分子的电子结构和
性质。
03
从头计算法的实施步骤
基组选择
基组是用于描述电子状态的函 数集,选择合适的基组是计算
化学中的重要步骤。
基组大小(基组轨道数)会 影响计算精度和计算量,通 常需要根据计算精度要求和
在从头计算法中,通过求解薛定谔方程得到波 函数,进而计算电子密度,以描述分子的电子 结构和性质。
近似方法
量子力学中的薛定谔方程是一个高度非线性的偏微分 方程,求解难度较大。为了简化计算过程,从头计算
法中采用了一些近似方法。
最常用的近似方法包括:Born-Oppenheimer近似、 Hartree近似和Pauli近似等。这些近似方法可以降低
环境化学
从头计算法可以模拟和预测有毒 有害物质的性质和行为,为环境 污染治理和保护提供理论支持。
从头计算法的历史与发展
历史
从头计算法最早起源于20世纪50年代,经过几十年的发展,已经成为计算化学 领域的重要分支。
发展
随着计算机技术的不断进步和算法的改进,从头计算法的精度和可靠性不断提 高,应用范围也不断扩大。未来,从头计算法将继续发展,并与其他计算化学 方法相结合,为解决复杂化学问题提供更多有效的手段。

计算机在化学化工中的应用技术

计算机在化学化工中的应用技术
利用核磁共振现象研究 物质分子结构和动态行 为的分析方法。
X射线衍射分析
通过测量X射线在晶体 中的衍射角度和强度, 研究物质晶体结构和化 学成分的分析方法。
05
计算机在化学教育中的辅助作用
多媒体教学课件设计与制作
课件内容设计
结合化学教学大纲和实际需求,设计内容丰富、结构清晰 的课件,包括文字、图像、动画、视频等多媒体元素。
数据分析方法
运用统计学、机器学习等方法对数据进行探索性 分析和建模分析,提取有用信息并解释结果。
数据可视化
通过图表、图像等方式将数据直观地展现出来, 帮助用户更好地理解数据和分析结果。
计算机辅助色谱分析技术
色谱峰识别与定量计算
利用计算机图像处理技术自动识别色谱峰,并通过算法计算峰面 积、峰高等参数进行定量分析。
数据挖掘与分析
利用大数据技术对化学数据进行挖掘和分析,发现新的化学反应、 材料性能等规律。
个性化医疗与精准用药
通过分析患者的基因、代谢等数据,实现个性化医疗和精准用药。
量子计算对化学研究的推动作用
量子化学模拟
利用量子计算机模拟分子的量子力学行为,揭 示化学反应的本质和机理。
新材料设计
通过量子计算模拟,预测和设计具有特定性能 的新材料。
个性化教学策略实施
根据学生的认知特点和学习需求,采用个性化的教 学策略和方法,如分层教学、小组合作等,提高教 学效果和质量。
教学评价与反馈机制建立
建立完善的教学评价和反馈机制,及时了解 学生的学习情况和问题所在,调整教学策略 和方法,实现教学相长。
06
计算机在化学研究中的前沿领域
人工智能在化学研究中的应用
交互功能实现
利用计算机编程技术,实现课件的交互功能,如学生答题、 教师批注、实时反馈等,提高课堂互动性和学生参与度。

化学基本量和化学计算

化学基本量和化学计算

化学基本量和化学计算化学基本量是指在化学反应中,反应物和产物之间的数目关系。

这些数目关系反映了化学反应的定量特征,是化学计算的基础。

在化学计算中,我们需要根据化学反应的化学方程式,通过化学基本量来计算反应物和产物之间的质量、物质的量和体积等关系。

一、化学基本量的概念和计算方法1.原子量原子量是指一个元素的原子在自然界中存在的相对质量。

化学元素的原子量可以通过化学元素周期表来查找。

原子量的单位是原子质量单位。

例如,氧的原子量是16 g/mol。

2.分子量分子量是指一个分子中所有原子的原子量之和。

分子量的单位是分子质量单位。

例如,二氧化碳的分子量是12+16+16=44 g/mol。

3.物质的量物质的量是指一个物质包含的化学组分的数量。

物质的量的单位是摩尔。

一个摩尔的物质的量等于其分子量或原子量的质量。

例如,一个摩尔的氧气质量为32g。

4.摩尔比摩尔比是指一个物质中化学组分的摩尔数与其他化学组分摩尔数之间的比值。

摩尔比可以根据物质的量来计算。

例如,对于化学反应2H2 +O2 → 2H2O,摩尔比为2:1:2,表示2 mol的氢气和1 mol的氧气反应生成2 mol的水。

二、化学计算化学计算就是根据化学方程式和化学基本量的关系来计算化学反应中各种物质的质量、物质的量和体积等。

1.质量计算质量计算可以通过物质的量和分子量来计算。

例如,当已知反应物的物质的量和分子量时,可以使用以下公式计算反应物的质量:质量=物质的量×分子量2.物质的量计算物质的量计算可以通过质量和分子量来计算。

物质的量=质量÷分子量3.摩尔比计算摩尔比计算可以根据化学反应的化学方程式和已知反应物或产物的物质的量来计算其他反应物或产物的物质的量。

例如,对于化学反应2H2 + O2 → 2H2O,已知氢气的物质的量为2 mol,可以使用以下公式计算氧气和水的物质的量:氧气的物质的量= 2 mol × (1 mol O2 ÷ 2 mol H2)水的物质的量= 2 mol × (2 mol H2O ÷ 2 mol H2)4.体积计算体积计算可以通过物质的量和摩尔体积来计算。

《计算化学》课程教学大纲

《计算化学》课程教学大纲

5.1, 6.3
3
M3
目标3:通过课程的实践,掌握一些与计算化学相关的软件操作,程序运行结果解读,信息提炼能力,培育认识和发现问题的能力和以及使用英语组织研究结果的能力。

5.1, 6.3
三、课程内容
序号
章节号
标题
课程内容/重难点
支撑课程目标
课内学时
教学方式
课外学时
课外环节
1
0
绪论
0.1重新认识化学学科特点;计算机发展对化学学科的意义;0.2计算化学应用成果示例,计算化学能解决的化学问题;0.3本课程涵盖范围,本课程的学习方法和基本要求
4
讲授
0
自学
四、考核方式
序号
考核环节
操作细节
总评占比
1
指定上机任务完成情况
1.考察学生是否能够按照指定案例独立完成跟踪性练习任务。2.考察学生是否能够根据指定运行任务完成所需上机操作。3.考察学生是否能够熟练、有效获取关键信息,并完成简单化学性质研究题目,撰写简单的模拟报告。
50%
2
大作业
考察学生是否能根据课堂学习、教材、文献或其它科技资料提炼选定前沿课题所对应的化学问题,并设计并执行计算化学研究方案,撰写研究报告,得到初步结论,提出自己的见解。
介绍相关关键字、选项、文件编辑以及结果解读。
M1,M3
1
讲授,上机
0
自学
18
6.2
关于过渡态搜寻
过渡态的意义;过渡态在势能面中的特征;关键字与选项;相关结果解读。
M1,M3
1
讲授,上机
0
自学
19
6.3
其它任务简介
NBO电荷分析;激发态计算;溶剂化效应;核磁共振;上机自己练习某些简单案例。

计算化学--总结ppt课件

计算化学--总结ppt课件
4
化学模型的应用
1.模型的建立
2.分子的稳定构形
3.分子的各种谱图 3.化学反应的机理
4.分子中的化学键
5
2 GaussView使用简介
一、构建高斯的输入文件 二、以图的形式显示高斯计算的结果
6
3 单点能计算
单点能计算是指对给定几何构型的分子的能量以及性质进行计算。可用 于: 1.计算分子的基本信息 2.分子构型优化前的检查 3.由较低等级计算得到的优化结果上进行高精度的计算 4.计算条件下,体系只能进行单点计算 5.单点能的计算可以再不同理论等级,采用不同基组
异 采用经典物理对分子进行处理,方法便 基于薛定谔方程,采用量子化学方法对分子进
宜。
行处理,主要有半经验方法和从头算方法。
缺点:具有针对性、忽略电子
缺点:从头算的计算量很大
同 1.计算分子的能量 2.进行几何优化 3.计算分子内运动的频率
密度泛函(Density Functional Methods) 采用泛函(以函数为变量的函数)对薛定谔方程进行求解。由于此方法包含 了电子相关,其计算结果要比HF方法好,计算速度也快。
8
5 频率计算
1.红外和拉曼光谱(频率和强度) 频率分析的计算要采用能量对原子位置的二阶导数 2.为难进行的优化计算力常数 力常数是能量对坐标的导数 3.确认所优化构型的性质 无虚频表明所得结构式具有极小值的构型,一个虚频表明优化得到的是 过渡态,两个以上的虚频表明优化所得到的是高阶鞍点。 4.计算零点能和热能(用于对总能量的矫正)以及其他的如熵和函等热力学 性质。 计算的输入:同时设置几何优化和频率分析(Opt+Freq)
反应的模拟计算;耦合簇方 法和QCI方法提供高于MP4等 级的处理电子相关的方法

cp2k aimd基组和泛函

cp2k aimd基组和泛函

cp2k aimd基组和泛函CP2K是一种非常强大的量子化学计算软件包,用于模拟原子、分子和固体材料的性质。

它通过解决薛定谔方程来计算材料的电子结构,并可以使用不同的基组和泛函来优化计算结果。

在CP2K中,使用的基组通常是高斯型基函数(Gaussian-type basis functions),它可以用来近似描述分子的电子波函数。

基组的选择非常重要,因为它直接影响到计算的精度和效率。

在选择基组时,我们通常考虑基组的大小(即基函数的数量),以及基函数的形状和分布。

基组可以分为小基组(small basis set)和大基组(largebasis set)。

小基组通常包含少量的基函数,适用于快速的初步计算和大规模的并行计算。

大基组则包含更多的基函数,可以提供更高的精度,但计算量也更大。

选择适当的基组需要考虑计算任务的要求,如能量、几何构型、振动频率等。

在CP2K中,可以使用不同的泛函来描述电子之间的相互作用。

泛函是近似计算交换-相关能(exchange-correlation energy)的方法。

常用的泛函有局域密度近似(LDA)、广义梯度近似(GGA)和混合泛函(hybrid functionals)等。

LDA是一种简单的泛函,它基于均匀电子气的能量密度近似。

虽然LDA在某些情况下可以提供准确的结果,但在处理化学键断裂、开壳层体系和含有过渡金属的体系等方面可能不够精确。

GGA是一种改进的泛函,它通过考虑电子密度的梯度来更好地描述电子之间的相互作用。

GGA相对于LDA具有更高的计算精度,但仍然存在一些问题,如对于开壳层体系的处理。

混合泛函是将LDA和GGA与一些解析准确的方法结合起来的一种方法。

它通过引入部分HF(Hartree-Fock)交换能来提高计算精度。

常用的混合泛函有B3LYP和PBE0等。

在选择适当的泛函时,我们需要考虑计算的精度和计算的效率。

LDA和GGA通常计算速度较快,适用于大规模并行计算。

计算化学

计算化学

计算化学(computational chemistry)是理论化学的一个分支。

计算化学的主要目标是利用有效的数学近似以及电脑程序计算分子的性质(例如总能量,偶极矩,四极矩,振动频率,反应活性等)并用以解释一些具体的化学问题。

计算化学这个名词有时也用来表示计算机科学与化学的交叉学科。

理论化学泛指采用数学方法来表述化学问题,而计算化学作为理论化学的一个分支,常特指那些可以用电脑程序实现的数学方法。

计算化学并不追求完美无缺或者分毫不差,因为只有很少的化学体系可以进行精确计算。

不过,几乎所有种类的化学问题都可以并且已经采用近似的算法来表述。

理论上讲,对任何分子都可以采用相当精确的理论方法进行计算。

很多计算软件中也已经包括了这些精确的方法,但由于这些方法的计算量随电子数的增加成指数或更快的速度增长,所以他们只能应用于很小的分子。

对更大的体系,往往需要采取其他一些更大程度近似的方法,以在计算量和结果的精确度之间寻求平衡。

研究领域计算机在化学中的应用。

又称计算机化学。

包括5 个主要研究领域:①化学中的数值计算。

即利用计算数学方法,对化学各专业的数学模型进行数值计算或方程求解,例如,量子化学和结构化学中的演绎计算、分析化学中的条件预测、化工过程中的各种应用计算等。

②化学模拟。

包括:数值模拟,如用曲线拟合法模拟实测工作曲线;过程模拟,根据某一复杂过程的测试数据,建立数学模型,预测反应效果;实验模拟,通过数学模型研究各种参数(如反应物浓度、温度、压力)对产量的影响,在屏幕上显示反应设备和反应现象的实体图形,或反应条件与反应结果的坐标图形。

③模式识别在化学中的应用。

最常用的方法是统计模式识别法,这是一种统计处理数据、按专业要求进行分类判别的方法,适于处理多因素的综合影响,例如,根据二元化合物的键参数(离子半径、元素电负性、原子的价径比等)对化合物进行分类,预报化合物的性质。

模式识别广泛用于最优化设计,根据物性数据设计新的功能材料。

结构化学实验-HMO方法

结构化学实验-HMO方法

休克尔分子轨道法1 目的要求(1) 运用HMO 程序计算若干平面共轭分子的电子结构。

(2) 通过HMO 程序的具体运算,加强对这一基本原理的理解,培养学生运用分子轨道概念解决实际问题的能力。

(3) 熟悉微型计算机和磁盘操作系统。

2 基本原理(1) HMO 方法的基本原理:休克尔分子轨道法是量子化学近似计算方法之一,它以简便迅速著称,适宜于计算平面共轭分子中的π电子结构。

在分析有机共轭分子的稳定性、化学反应活性和电子光谱,及研究有机化合物结构与性能的关系等方面有着广泛应用。

该方法主要运用了下列基本假定:①σ-π分离近似。

对于共轭分子,构成分子骨架的σ电子与构成共轭体系的π电子由于对称性的不同,可以近似地看成互相独立的。

②独立π电子近似。

分子中的电子由于存在相互作用,运动不是独立的,但若将其它电子对某电子的作用加以平均,近似地看成是在核和其它电子形成的固定力场上运动,则该电子的运动就与其它电子的位置无关,是独立的。

③LCAO-MO 近似。

对于π体系,可将每个π分子轨道Ψk 看成是由各原子提供的垂直于共轭体系平面的p 原子轨道i ϕ线性组合构成的,即∑=ii ki k C ϕψ (1)在上述假定下,可列出π体系单电子Schrodinger 方程kk E H ψψκπ=ˆ (2) 将(1)式代入(2)式,利用变分原理,可得久期方程式:()()()0112121211111=-++-+-n n n C ES H C ES H C ES H()()()0222222212121=-++-+-n n n C ES H C ES H C ES H………………………………………………………………()()()0222111=-++-+-nnn nn n n n n C ES H C ES H C ES H此方程组有非零解的充分条件 1121211111n n ES H ES H ES H --- 02222222211112=------nn nn n n nn n n n ES H ES H ES H ES H ES H ES H此行列式亦称为久期行列式。

计算化学及其应用 06 电子组态

计算化学及其应用 06 电子组态

SCF的初始猜测
• 半经验计算 (默认) • 改变轨道占据方式 (GUESS=ALTER) • 在小基组计算结果读入轨道 (GUESS=CHECK) • 从附近的计算中读入轨道 (对几何优化是默 认的) • 混合 HOMO 和 LUMO (GUESS=MIX) • 稳定性分析 (STABLE=OPT)
H H QM H MM H QM / MM
• QM 和 MM 区在力学方面和电子方面(静电和极化) 都有相互作用 • 如果键在QM和MM区之间穿过分界线:
– 用连接原子把QM区的键封住 – 用冻结或杂化轨道来结束QM的键
单重态和三重态
• Pauli 原理要求波函数必须是反多重的, (1,2)=-(2,1) • 波函数包括空间和自旋两部分 • 如果空间部分是对称的, 那么自旋部分必须是反对称 的 • 这只有一种情况, 单重自旋态
– [(1)(2)-(1)(2)]/21/2
• 如果空间部分是反对称的, 那么自旋部分必须是对称 的 • 这有三种情况, 三重自旋态
• CISDT – 单重, 双重和三重激发态
– 仅限于小分子, 大概 O3V3 个行列式
• 完全 CI – 所有可能的激发态
– ((O+V)!/O!V!)2 个行列式 – 在基组给定的情况下, 得到精确的相关能 – 大概限于14个轨道上分布14个电子
CIS
Ht i Ei t i H ij i H j d
计算化学及其应用
电子组态 Electron configuration
Hartree-Fock波函数的类型
• 闭壳层, RHF
– 自旋限制 Hartree-Fock – 和 自旋电子占据同一个空间轨道

计算化学的应用

计算化学的应用

作者简介:程云峰(1980-),男,吉林人,广西大学化学化工学院在读硕士研究生联系人:龙翔云(1946-),男,湖南人,广西大学化学化工学院,教授,从事量化研究,E -mail:lwtjing@g 收稿日期:2006-11-15计算化学的应用程云峰,龙翔云,曹艳军(广西大学化学化工学院,广西南宁 530004)摘 要:随着计算化学方法不断完善和计算机技术迅猛发展,计算化学在化学研究中占有越来越重要的地位。

本文集中对实用性强、精度高的ab initio HF SCF,微扰M P 和密度泛函(DFT )等计算方法的特点和应用做了介绍。

关键词:量子化学;从头算;密度泛函理论中图分类号:O 6-04 文献标识码:A 文章编号:1671-9905(2007)04-0026-03随着化学理论的日臻成熟和计算机技术的发展,计算化学已被广泛用于分子结构、快速反应动力学和微观反应机理(分子反应动态学)等研究领域[1~3]。

它可以成功用于过渡态和反应途径;光、电、磁等性质;IR,NM R 和X 射线等光谱;晶体、催化和生物制药等[4~8]。

其方法和结果都显示出了其它研究手段无法比拟的优越性。

1 计算化学方法与应用在化学理论不断完善和计算机技术迅猛发展的同时,计算化学所计算的体系越来越大,计算的精度也越来越高,要获得好的理论结果就要有正确可靠的计算方法,针对不同的体系、不同的要求,选择合适的精度进行计算。

本文将集中对ab initio H F SCF,微扰MP 和密度泛函(DFT)这些实用性强、精度高的计算方法的特点和应用做一介绍,而其它更精确的方法由于需要庞大的计算资源,所能实现的研究体系很小,故不作详细论述。

111 Ab initio Hartree -Fock (HF)SCF 方法从头算法[9]在上个世纪70年代被逐渐开展,是求解多电子体系问题的量子理论全电子计算方法。

在/Born -Oppenheim er 近似、H artree(独立电子)近似和非相对论近似0基础上,不借助任何经验参数,通过求解HF 方程,进而得到各类体系的微观信息。

科学计算在化学反应动力学中的应用

科学计算在化学反应动力学中的应用

科学计算在化学反应动力学中的应用一、引言化学反应动力学研究反应速率与反应机理的关系,可有效指导化学工业生产以及现代生命科学等领域的研究。

然而,由于实验条件的限制以及反应过程可变性较强,导致其研究历来受到困扰。

随着计算机科学与数学的发展,科学计算在化学反应动力学中的应用逐渐增多。

本文将探讨科学计算在化学反应动力学中的应用。

二、计算化学在反应动力学中的应用计算化学是一门科学,它采用了数学和计算机技术,借助计算机模拟手段研究化学领域中的各种现象和问题。

计算化学可以模拟物质的三维结构和其性质的变化,在反应动力学领域中发挥着重要作用。

1. 分子动力学模拟分子动力学模拟是一种基于牛顿力学的计算方法,通过模拟材料中原子的运动过程,获得材料的性质和结构信息。

分子动力学模拟可以模拟涉及多组分和氦动力学流体的复杂化学反应。

例如,使用分子动力学模拟方法,研究主链聚合反应中,单体形式和官能团位置对聚合反应速率和机理影响,可以获得反应中化学键的形成和断裂等信息。

此外,通过模拟反应物和中间体的构形和动力学行为,可以预测反应的难易程度和反应性能变化的趋势,为调整反应条件和优化反应路径提供指导。

2. 量子化学计算量子化学计算是在基于物理的框架内利用量子力学计算化学反应的理论和方法。

在量子化学计算中,化学反应被建模为分子中原子和分子之间电子的运动。

这种计算方法可以预测反应速率常数、反应热以及反应势垒等反应动力学参数。

例如,研究由拓扑导出的反应路径以及活性位点组成,可以在量子力学水平上预测化学反应中分子之间的相互作用,进而推导出反应速率规律和反应路径信息。

此外,根据反应物和中间体的构形和动力学行为,结合量子力学计算方法,可以精确预测反应性质变化的程度和趋势,为化学反应的优化提供指导。

三、分子动力学模拟在反应动力学中的应用分子动力学模拟在反应动力学中发挥重要作用。

本节将详细介绍分子动力学模拟在以下三个方面的应用:1. 反应速率的预测通过分子动力学模拟方法模拟化学反应过程,得到反应物-中间体-产物之间的相互作用和动态行为。

《计算化学理论和应用》 (1)

《计算化学理论和应用》 (1)

1 exp(im) 2
(2l 1) (l m 2 (l m
1/
)! )!
2
Pl
m
(cos
)
Beijing Normal University
Rnl
(r)
[( 2Z na0
)3
(n l 1)! 2n[(n l)!]3
]exp(
2
)
l
L2l 1 n1
(
)
2Zr / na0
Beijing Normal University
5.8kcal/mol
N
N
使用单一的原子轨道来描述分子轨道带来计算误差
Beijing Normal University
极化基组 6-31G* 6-31G**
Beijing Normal University
Beijing Normal University
Beijing Normal University
Beijing Normal University
类氢原子轨道的具体形式
nml Rnl (r)Ylm ( ,)
Rnl
(r)
[( 2Z na0
)3
(n l 1)! 2n[(n l)!]3
] exp(
2
)l
L2l 1 n1
(
)
2Zr / na0
Ylm
(
,
)
lm
(
)m
(
)
m ()
lm
(
)
Slater Type Orbital (STO)
Slater建议用于原子轨道径向部分的函数
Rnl
(r)
(2
n1
)2

计算化学及其应用

计算化学及其应用

计算化学及其应用摘要:随着计算化学方法不断完善和计算机技术迅猛发展,计算化学在化学研究中占有越来越重要的地位。

本文着重介绍了从头算方法,M O ller Plemet{MP)方法,密度泛函理论等计算方法的特点,并论述了计算化学的应用和前景,以及由计算化学带来的深远影响。

关键词:计算化学;量子化学,计算方法,应用计算化学(computational chemistry)是理论化学的一个分支。

计算化学的主要目标是利用有效的数学近似以及电脑程序计算分子的性质 (例如总能量,偶极矩,四极矩,振动频率,反应活性等)并用以解释一些具体的化学问题。

理论化学泛指采用数学方法来表述化学问题,而计算化学作为理论化学的一个分支,常特指那些可以用电脑程序实现的数学方法。

计算化学并不追求完美无缺或者分毫不差,因为只有很少的化学体系可以进行精确计算。

不过,几乎所有种类的化学问题都可以并且已经采用近似的算法来表述。

理论上讲,对任何分子都可以采用相当精确的理论方法进行计算。

很多计算软件中也已经包括了这些精确的方法,但由于这些方法的计算量随电子数的增加成指数或更快的速度增长,所以他们只能应用于很小的分子。

对更大的体系,往往需要采取其他一些更大程度近似的方法,以在计算量和结果的精确度之间寻求平衡。

计算化学的主要有从头算方法,M O ller Plemet{MP) 方法,密度泛函理论等。

从头算方法(Ab initio methods) [1],是指基于量子力学理论的,完全由理论推导而得,不使用基本物理常数和原子量以外的实验数据、以及经验或者半经验参数的求解薛定谔方程的方法。

大多数情况下这些第一原理方法包括一定的近似,而这些近似常由基本数学推导产生,例如换用更简单的函数形式或采用近似的积分方法。

大多数从头算方法都使用波恩-奥本海默近似,将电子运动和原子核运动分离以简化薛定谔方程。

计算经常分两个步骤进行:(1) 电子结构计算,(2) 化学动力学计算。

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1 Y00 s 4 3 3 z Y10 pz cos 4 4 r 5 5 1 2 Y20 d z 2 (3cos 1) (3z 2 r 2 ) 2 16 16 r
基组的角度部分
5D/6D与7F/10F
• 5D/6D:
– x2, y2, z2 →(x2+y2+z2)→s轨道 – xy, yz, zx
计算化学及其Βιβλιοθήκη 用单电子性质 One Electron Properties
分子轨道的概念
• 波函数的整体性: 体系的电子是整体分布在 整个空间的 • 波函数的可分性: 电子在整个能量区间或空 间是有相对分布的 • 按照能量划分, 得到不同的分子轨道 ˆ – 按分子轨道能量划分: Fi ii • 按照空间划分, 得到定域的分子轨道

这也称为单zeta基组 (zeta, , 是Slater型轨道的 指数)
双Zeta基组 (DZ)
• • • • • 最小基组中的每个基函数都变成两个 一组比较紧(离原子核近, 指数大), 另一组比较松 (离原子核较元素, 指数比较小) 因此在描写电子云方面, 径向上有一定的伸缩性 如果原子在分子中失去一部分电子, 其密度就会 收缩 如果原子得到一些电子, 其密度就会膨胀
• 定域分子轨道形成一个正交归一函数集合, 占据 与非占据之间也正交 • 仅仅分布在1到2个原子上, 至多3个原子上 • 可以与化学上的电子分布的直观概念联系起来: Lewis结构, 杂化, 成键(, 键) • 可以用于改进算法, 因为它具有相当的可加性
– 计算量不再随N4增加, 而是相当线性地增加
s
基组


基组就是给一些原子确定出的一组指数和 收缩系数 基组的类型
– – – – – 最小基组 双zeta, 三zeta基组等 阶层分裂基组 极化函数 弥散函数
最小基组
• • • 只有中性原子的轨道壳层才给定基函数 比如对C元素有1s, 2s, 2px, 2py, 2pz STO-3G
– 3 GFT拟合一个STO – STO的指数从原子计算得到, 用一些典型的分子来 调整
q A Z A M AB
B
原子电荷
Mulliken的PS矩阵
PS A PS A B PS A Z eA PS A B PS A Z PS B PS B Z PS B Z PS Z eB eZ
A-B间电子数: Mulliken键级
各个原子 上电子数
Wiberg和Mayer键级

共价键的键级可以定量地反映键的强弱 Mulliken键级与我们的经验键级没有定量的关系 Wiberg键级及其推广Mayer键级

(PS)→(PS)2
Wiberg键级与经验键级基本一致, Mayer键级与经验键级完全一致 例如:H-H (1.0), C-H (0.99), C=C (2.01) 对不同基组有一定的稳定性 应用:近似估计原子之间共价键成份 Gaussian03的NBO中可以输出Wiberg键级
Effect of Polarization Functions
弥散函数
• 把指数很小的函数添加到基组中 • 需要的情形: 阴离子, 电负性高的原子F, Cl, 计算电子亲和能和气相酸度, 弱作用(氢键, 范德华作用) • 6-31+G – 对非氢原子添加弥散s和p函数 • 6-31++G – 对氢原子添加弥散s函数且对非 氢原子添加弥散s和p函数
计算化学及其应用
MO计算中的基组 Basis Sets for Molecular Orbital Calculations
LCAO 近似

• • •
Hartree-Fock轨道的数值解法只能对原子和双原 子分子使用 双原子分子的轨道类似与原子轨道的线性组合 比如, H2中的Sigma键 1sA + 1sB 对多原子分子, 其轨道必须用原子轨道的线性组 合(LCAO)来近似表示
类氢离子径向分布函数
径向部分: Gaussian型函数(GTF)
1/ 4 3 g s (r ) 2 / exp( r 2 ) 5 3 1/ 4 g x (r ) 128 / x exp( r 2 ) 7 3 1/ 4 2 g xx (r ) 2048 / 9 x exp( r 2 ) 7 3 1/ 4 g xy (r ) 2048 / xy exp( r 2 )
双Zeta基组使得在径向上有一定伸缩性
C1=1, C2=0
+
Zeta1 Zeta2
C1<1, C2<1
C1
远核
+ C2
近核
C1=0, C2=1
价层分裂基组

• •

只有价层的基组加倍(基函数越少, 计算越快, 计 算成本越小) 内层轨道用最小基组, 因为它们原子化合成分子 的过程中几乎不变 3-21G (1s用3个GTF, 近核的2s, 2p用2个GTF, 远 离核的2s, 2p用1个GTF) 6-31G (1s用6个GTF, 近核的2s, 2p用3个GTF, 远 离核的2s, 2p用1个GTF)
• 离域分子轨道和定域分子轨道可以通过一个酉 变换联系起来
NBO中的自然定域分子轨道
乙烷的CH和*CH
原子电荷
• 在化学家中, 电子的转移和共享是最直接的 化学成键图像 • 电子转移对应于原子电荷, 共享对应于于共 价键的键级 • 在分子轨道理论中, 没有原子的概念, 每个 电子是分布于整个分子体系中 • 因此确定“分子中的原子”就是把分子轨 道理论与化学直观联系起来的桥梁
不同能量的分子轨道(离域)
i (r ) ci (r )
• 分子轨道是离域的, 分 布在整个分子上正交 归一的 • 可以在图形界面下画 出三维的分子轨道图, 其中|i(r)| = c • i(r) 有正负值 • 正负号只有相对的意 义, 没有绝对的意义

定域分子轨道
• 7F/10F:
– – – – x3, xy2, xz2 →x(x2+y2+z2) y3, y2z, y2x →y(x2+y2+z2) p轨道 z3, z2x, z2y →z(x2+y2+z2) xyz
径向部分: Slater型函数(STO)
1/ 2 3 1s (r ) 1s / exp( 1s r ) 1/ 2 5 2 s (r ) 2 s / 96 r exp( 2 s r / 2) 1/ 2 5 2 px (r ) 2 p / 32 x exp( 2 p r / 2)
• 把它代入电子总数的表达式并且重新组合各项
2 i*i d N e
i * 2 { ci }{ ci } d N e i occ occ



* { 2ci ci } { d } P S N e
occ i
分子中的原子轨道(AOIM)
• 从分子轨道理论得到原子电荷和键级的关键的确 定“分子中的原子”! • 分子中的原子类似与自由原子, 因此其原子轨道应 该是最小原子轨道, 而不是计算必须使用的双Zeta 或更高的基组 • 相对于自由原子, 分子中的原子的原子轨道要收缩 (失去电子时)或膨胀(得到电子时), 这由分子波函 数来确定, 并不是事先指定的 • 这样得到的原子轨道称为分子中的原子轨道, 把分 子波函数用这种轨道投影出来, 再进行Mulliken集 居数分析
极化函数
• 角动量更大的函数添加到基组中时, 轨道在角度 方向就有了更大的可变性
– 比如对氢原子加上p函数, 对C原子加上d函数 – 如果不加极化函数, 即使使用大基组, Hartree-Fock计 算得到的NH3的结构是平面型的 – 没有极化函数时, 环丙烷的张力太大
• • •
6-31G(d) (也写作 6-31G*) – 对非氢原子添加d函 数 6-31G(d,p) (也写作6-31G**) – 对氢原子添加p函 数且对非氢原子添加d函数 DZP – 带极化函数的DZ
相关一致基函数
• • • •
• • •
一系列逐渐增大的基组,考虑了电子相关效应 其径向和角度两方面的近似是相互一致的, 可用它外推到基组极限 cc-pVDZ – DZ 且对非氢原子添加d函数, 对氢原子 添加p函数 cc-pVTZ – 价层三重分裂函数, 且对非氢原子添加2 个d函数和1个f函数, 对氢原子添加2个p函数和1个 d函数 cc-pVQZ, cc-pV5Z, cc-pV6Z 还可以再添加弥散函数 (aug-cc-pVXZ)
STO和GTF的比较
•在r比较大时, 衰减太快
•在核处没有尖点 •优点: 所有的双电子积分都 可以用公式直接计算
收缩Gaussian基函数
• • 用GTF的线性组合来构造一个更适合进行分子计算的基 函数 一个GTF称为一个素基函数(primitive basis function)
(r ) d s g s ( s , r )





Gaussian型函数的多中心积分
• GTO乘积定理: 双中心函数乘积=单中心函数
2 exp(arA ) exp(brB2 ) K exp( (a b )rP2 )
PA b AB, PB a AB, ab ab ab AB 2 K exp ab
Mulliken集居数分析
• 把总的电子密度分割到各个原子或基函数上 • 每个轨道都是归一的
i*i d 1
• 对于闭壳层分子, 每个占据轨道上有2个电子 (Ne 是电子总数)
2 i*i d N e
i
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