外显子捕获结题报告

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外显子捕获-高通量测序技术用于法洛四联症胎儿遗传学检测

外显子捕获-高通量测序技术用于法洛四联症胎儿遗传学检测刘翠云;王艳;孙瑞红;罗春玉;张菁菁;成建;梁栋;马定远;胡平【摘要】目的用外显子捕获-高通量测序(exon-capture high-throughput sequencing,EC-HTS)技术寻找法洛四联症(tetralogy of fallot,TOF)胎儿可能存在的遗传学致病性证据,并探讨其在产前分子遗传学诊断中的价值.方法选择经超声心动图发现且G显带和微阵列比较基因组杂交(array-based comparative genomic hybridization,aCGH)分析结果均正常的9例TOF胎儿作为研究对象,以63个人类已知的先天性心脏病致病基因作为检测靶点制作捕获芯片,用EC-HTS技术进行检测,数据经过Calling、数据库比对、软件分析得到最终病理性突变位点;并用Sanger测序对其进行验证.结果在9例胎儿中共检测到单核苷酸多态性(SNP)位点732个,结果经过生物信息学分析得到致病性突变位点3个:CITED2c.574_579 del AGCGGC(p.S192_G193de1纯合突变,CHD7c.2550_2554 delGAGAA(p.K850Nfs*6)杂合突变,NOTCH2 c.4918T＞C(p.F1640L)杂合突变.Sanger测序结果验证了这3个突变位点的真实存在,父母溯源检测发现这3个点突变均为新发突变.结论用靶向性EC-HTS技术发现了3例TOF胎儿存在病理性基因突变,可能为其致病的遗传学病因.【期刊名称】《临床检验杂志》【年(卷),期】2015(033)006【总页数】4页(P405-408)【关键词】高通量测序技术;外显子捕获;法洛四联症;基因突变;CHD7;NOTCH2;CITED2【作者】刘翠云;王艳;孙瑞红;罗春玉;张菁菁;成建;梁栋;马定远;胡平【作者单位】南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断中心,南京210004;南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断中心,南京210004;南京医科大学第一临床医学院检验系,南京210004;南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断中心,南京210004;南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断中心,南京210004;南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断中心,南京210004;南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断中心,南京210004;南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断中心,南京210004;南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断中心,南京210004【正文语种】中文【中图分类】R725.4法洛四联症(tetralogy of fallot, TOF)是一种典型的复杂先天性心脏病类型，约占先天性心脏病的7%～10%。

转录组测序结题报告

转录组测序结题报告转录组测序结题报告篇一：转录组测序问题集锦转录组测序问题集锦转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合，转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。

Roche GS FLX Titanium 、Illumina Solexa GA IIx和AB SOLID 4均可以对转录组进行测序，Roche GS FLX Titanium与Illumina Solexa GA IIx和AB SOLID 4相比，拥有更长的读长和较小的数据量，适用于表达量较高基因的RNA全长测序。

但是对低表达丰度的基因，可能需要多次测序才能得到足够的数据，成本比较高，而Illumina Solexa GA IIx和AB SOLID 4数据读取量大，能够得到较高的覆盖率，可以较好的降低成本。

若是位置基因组序列的物种，则Roche GS FLX Titanium测序更有优势，其较长的读长便于拼接，获得更好的转录本数据。

转录组测序可以供研究者在转录本结构研究（基因边界鉴定、可变剪切研究等），转录本变异研究（如基因融合、编码区SNP研究），非编码区域功能研究（Non-coding RNA研究、miRNA前体研究等），基因表达水平研究以及全新转录本发现等方面进行深入研究。

研究转录组的方法有哪些？目前研究转录组的方法主要三种，基于杂交技术的cDNA 芯片和寡聚核苷酸芯片，基于sanger测序法的SAGE (serial analysis of gene expression)、LongSAGE和MPSS(massively parallel signature sequencing)，基于第二代测序技术的转录组测序，又称为RNA-Seq。

转录组测序比其他研究方法有哪些优势?（1）可以直接测定每个转录本片段序列、单核苷酸分辨率的准确度，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题；（2）灵敏度高，可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本；（3）可以对任意物种进行全基因组分析，无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析，同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并准确地识别可变剪切位点及cSNP，UTR区域。

全外显子捕获测序的杂交和封闭原理

全外显子捕获测序的杂交和封闭原理
做外显子捕获测序实验时，会用到Cot DNA，blocker(封闭接头序列)，探针（DNA/RNA均可），链霉素磁珠等，它们具体起什么作用呢？下面，我们就来聊聊这个问题。

就实验原理来讲，外显子捕获测序的基本流程是：1.先对各个样品独立构建常规测序文库；2：等摩尔比例混合各个待杂交的文库；3：在杂交缓冲液体系内加入文库、杂交探针、Cot DNA、Blocker等；4.加入链霉素磁珠抓取杂交复合状态DNA；5：在洗脱缓冲液中洗脱目标文库，并扩增。

下图是正常建好的文库示意图。

大家都知道，DNA是双链互补配对的。

当加热打开DNA双链变性为单链DNA之后，慢慢降低温度，单链DNA会根据互补配对原则自然还原回双链状态（也就是退火过程）。

那么，可以想象一下，当很多不同的DNA文库混合在一起的时候，进行退火操作，可能会产生什么样子的DNA结合状态呢？下图说明了其中可能存在的3种情况。

由上图可知，不论哪种状态，都不可能捕获到目标DNA。

其实，情况2、3的杂交状中，P5或者P7端还可以杂交第三个、第四个等等分子。

所以，加入Blocker就是为了阻止P5、P7端的杂交，从而阻止非特异性杂交。

Cot DNA则是为了阻止原来互补配对的单链杂交回来。

带Biotin修饰的探针是为了杂交靶序列，链霉素磁珠是为了吸附Biotin修饰的杂交复合物。

全外显子基因检测报告解读

全外显子基因检测报告解读全外显子基因检测是一种最新的基因检测技术，它可以检测出所有外显子（编码蛋白质的区域）的突变情况，从而为疾病的诊断、治疗及防止健康问题提供重要的信息。

以下是一份全外显子基因检测报告的详细解读。

一、基本信息报告的第一页通常会列出基本信息，包括受检者姓名、性别、年龄、样本编号、检测日期等。

另外还会有一个简要的概述，告诉你检测的目的、方法和结论。

如果报告中涉及复杂的技术术语，可以先阅读概述来了解基本情况。

二、基因突变检测结果接下来的几页将列出所有被检测的基因以及它们的突变情况。

可能会有几百个基因需要检测，因此这部分的信息通常会分成多页，并按字母顺序排列。

对于每个基因，报告将列出它的基本信息，比如基因名称、编码的蛋白质名称、突变频率等。

然后，报告将列出每个检测到的突变，并给出它们的类型、位置和临床意义。

突变信息会根据重要性排序，首先展示疾病相关的突变，然后是与药物反应和其他健康问题相关的突变。

对于每个突变，报告还会提供相关文献的参考，你可以根据这些参考了解更多关于该突变的信息。

同时，报告还将给出每个突变的相关遗传学术语的详细解释，帮助你更好地理解突变的含义。

需要注意的是，突变不一定等同于疾病或健康问题。

对于大部分突变，它们仅是个别变异或常见变异。

而仅有少数突变才是真正的病因。

因此，在评估突变的风险时，需要综合考虑突变的类型、位置、临床意义以及与该突变相关的其他因素。

三、全基因组分析全基因组分析通常是报告的最后一个部分。

它会列出可能和受检者背景相关的健康问题和风险。

例如，基于该受检者基因组数据的预测，可能提示有高风险的健康问题，例如糖尿病、心脏病等。

此外，还会给出一些健康建议，例如建议采取特定的饮食、运动和生活方式。

需要注意的是，全基因组分析的准确性和实用性仍需进一步研究。

目前，科学家们尚未完全了解人类全部基因对健康的影响，而全基因组分析只提供了有限的信息。

因此，报告中的这部分内容应被视为参考，其结果和建议应和受检者的医生共同讨论和制定治疗计划。

人全外显子组序列捕获及第二代测序

人全外显子组序列捕获及第二代测序概述外显子组是指全部外显子区域的集合，该区域包含合成蛋白质所需要的重要信息，涵盖了与个体表型相关的大部分功能性变异。

外显子组序列捕获及第二代测序是一种新型的基因组分析技术：外显子序列捕获芯片（或溶液）可在同一张芯片上以高特异性和高覆盖率捕获研究者感兴趣的目标外显子区域，后续利用Solexa/SOLiD/Roche 454测序直接解析数据。

与全基因组重测序相比，外显子组测序只需针对外显子区域的DNA 即可，覆盖度更深、数据准确性更高，更加简便、经济、高效。

可用于寻找复杂疾病（如：癌症、糖尿病、肥胖症等）的致病基因和易感基因等的研究。

同时，基于大量的公共数据库提供的外显子数据，我们能够结合现有资源更好地解释我们的研究结果。

目前，SBC提供的外显子组序列捕获芯片是NimbleGen Sequence Capture 2.1M Human Exome Array及Agilent SureSelect Target Enrichment System（Human Exome）。

技术路线以Nimblegen外显子捕获结合Solexa测序为例加以说明：基因组DNA首先被随机打断成500bp左右的片段，随后在DNA片段两端分别连接上接头。

经过PCR库检合格后的DNA 片段与NimbleGen 2.1M Human Exome Array芯片进行杂交。

去除未与芯片结合的背景DNA 后，将经过富集的外显子区域的DNA片段洗脱下来。

这些DNA片段又随机连接成长DNA片段后，再次被随机打断并在其两端加上测序接头，经过LM-PCR的线性扩增，在经qPCR质量检测合格后即可上机测序。

外显子组测序的实验流程示意图（）生物信息学分析流程图研究内容1．外显子组捕获与测序将基因组DNA随机打断成片段，通过与人全外显子捕获芯片杂交富集外显子区域，通过第二代测序技术对捕获的序列进行测序。

2．基本数据分析数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Base calling），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、Reads数量、数据产量。

全外显子及靶向文库捕获测序在多囊肾病基因诊断中的应用比较

全外显子及靶向文库捕获测序在多囊肾病基因诊断中的应用比较刘维强;张慧敏;李浩贤;孙筱放【摘要】目的比较全外显子和靶向文库捕获高通量测序对多囊肾病相关基因的检测效率.方法对6份多囊肾病标本(包括一份低比例嵌合变异标本)分别进行全外显子捕获或靶目标捕获2种方法建立文库,Illumina HiSeq 2000仪器连续双向测序.结果以PKD1、PKD2和PKHD1 3个基因作为目标序列,靶向捕获法平均测序深度为190倍,5倍以上测序深度占全部有效序列的85.59％,靶区域覆盖度95％以上,但PKD1第一外显子仍有200～300 bp区域不能覆盖;全外显子捕获法平均测序深度为28.34倍,5倍以上测序深度占全部有效序列的55.35％,目标区域覆盖度较低,PKD1外显子覆盖度小于40％. 结论靶向文库捕获测序法具有较高的敏感性、准确性,更适合PKD基因变异的检测,但高通量测序技术对PKD1基因检测仍有不足之处.【期刊名称】《分子诊断与治疗杂志》【年(卷),期】2017(009)005【总页数】7页(P301-307)【关键词】多囊肾病;靶向捕获;全外显子【作者】刘维强;张慧敏;李浩贤;孙筱放【作者单位】广州医科大学附属第三医院,广东省产科重大疾病重点实验室,广东省普通高校生殖与遗传重点实验室,广东,广州510150;广州医科大学附属第三医院,广东省产科重大疾病重点实验室,广东省普通高校生殖与遗传重点实验室,广东,广州510150;广州医科大学附属第三医院,广东省产科重大疾病重点实验室,广东省普通高校生殖与遗传重点实验室,广东,广州510150;广州医科大学附属第三医院,广东省产科重大疾病重点实验室,广东省普通高校生殖与遗传重点实验室,广东,广州510150【正文语种】中文多囊肾病（polycystic kidney disease，PKD）是指在肾脏中发生多个充满液体的囊肿并导致肾脏结构和功能损害的疾病，这种囊肿还可以累及到其他器官［1］。

全外显子基因检测报告pdf

全外显子基因检测报告pdf近年来，随着科技的不断进步，全外显子基因检测成为了一种越来越受欢迎的基因检测方法。

全外显子基因检测是一种通过测序技术对人类基因组中的所有外显子进行检测的方法，可以帮助人们了解自己的基因组信息，预测潜在的遗传疾病风险，并为个体化医疗提供重要的依据。

全外显子基因检测报告是这一检测方法的结果呈现形式之一，通常以PDF格式呈现。

这种报告通常包含了个体的基因组信息、检测结果以及相关的解读和建议。

全外显子基因检测报告PDF的生成需要经过多个步骤，包括样本采集、DNA提取、测序、数据分析和结果解读等。

首先，样本采集是全外显子基因检测的第一步。

通常采用的样本类型是血液或唾液，通过专业的采集工具和方法，采集到足够的DNA样本。

采集到的样本会被送往实验室进行后续的处理。

接下来，实验室会对样本进行DNA提取。

DNA提取是将样本中的DNA分离出来的过程，通常采用化学方法或机械方法进行。

提取到的DNA会被保存并用于后续的测序。

测序是全外显子基因检测的核心步骤。

通过高通量测序技术，实验室可以对个体的基因组进行全面的测序，包括所有的外显子区域。

测序完成后，会生成大量的测序数据。

数据分析是全外显子基因检测的关键环节。

通过对测序数据进行处理和分析，可以得到个体的基因组信息，包括基因突变、变异位点等。

数据分析需要借助专业的生物信息学工具和算法，对海量的测序数据进行筛选和解读。

结果解读是全外显子基因检测报告PDF的重要组成部分。

通过对数据分析结果的解读，可以得出个体的基因组信息和相关的遗传疾病风险评估。

结果解读需要由专业的遗传学家或医生进行，以确保准确性和可靠性。

最后，全外显子基因检测报告PDF会根据结果解读生成，并提供给个体或医生。

这份报告通常包含个体的基因组信息、检测结果、遗传疾病风险评估以及相关的建议和指导。

个体可以通过阅读报告了解自己的基因组情况，预测潜在的遗传疾病风险，并根据报告中的建议进行个体化的医疗和健康管理。

ATP7B基因外显子测序结果分析开题报告

ATP7B基因外显子测序结果分析开题报告
标题：ATP7B基因外显子测序结果分析
背景：
ATP7B基因是编码下丘脑肝性脑病(Copper Metabolism Disorder，CMD)的重要基因之一，CMD又称威尔逊病，是一种常染色体隐性遗传性疾病，患者体内铜离子的代谢失衡导致其在肝脏、脑、眼等器官积累，
从而引起多种临床表现。

研究目的：
本研究旨在利用外显子测序技术，分析ATP7B基因的变异情况，进一步挖掘其与CMD的关系。

研究方法：
使用Illumina HiSeq平台对25名匿名CMD患者进行外显子测序，
整合生物信息学方法对ATP7B基因进行分析，包括变异类型、基因突变
率（SNVs、INDELs）、氨基酸替换及变异位点分布等。

采用人群频率数据库、疾病数据库、功能预测工具等对ATP7B基因变异进行分析与注释。

预期结果：
本研究将揭示ATP7B基因的遗传变异情况，进一步以系统生物学的角度整合多个数据库及预测工具，建立ATP7B基因遗传变异与CMD疾病发生发展的关系模型；该研究将有望深化我们对CMD疾病及ATP7B基因的认识，为CMD疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。

关键词：ATP7B基因；外显子测序；变异分析；下丘脑肝性脑病。

人全外显子测序结题报告

人全外显子测序结题报告成都生命基线科技有限公司目录一、分析方法 (3)1.1 全外显子组测序 (3)1.2 生物信息分析概述 (3)1.3 数据过滤 (4)1.4 比对 (4)1.5 InDels 附近区域的局部重比对 (4)1.6 碱基质量值校正(BQSR) (4)1.7 变异检测 (5)1.8 过滤变异结果 (5)1.9 变异结果注释与预测 (5)1.10 网络资源 (5)二、项目流程 (6)2.1 实验流程 (6)2.2 信息分析流程 (6)三、项目结果报告 (7)3.1 测序数据产出 (7)3.2 目标区域上的比对结果统计 (8)3.3 数据质控 (10)3.4 SNP结果 (10)3.5 InDel 结果 (11)四、参考文献 (13)五、帮助 (14)5.1 FASTQ格式说明 (14)5.2 比对结果格式说明 (14)5.3 如何实现基因组变异可视化 (15)5.4 如何选择用于验证的变异 (15)5.5 如何寻找候选变异 (15)5.6 交付目录及结果文件说明 (16)5.7 如何解压缩文件 (16)六、常见问题 (17)一、分析方法1.1 全外显子组测序质量合格的基因组 DNA 样品通过超声波高性能样品处理系统（Covaris）随机打断成主峰是 200bp-300bp 左右的片段。

随后进行 DNA 片段末端修复，3’端加上“A”碱基，两端加上文库接头。

接头连接后的文库进行线性扩增（LM- PCR ）制备成杂交文库。

取适量的杂交文库与外显子芯片进行捕获富集，洗脱掉未富集的片段后进行扩增。

扩增产物经Agilent 2100 bioanalyzer 仪器（Agilent DNA 1000 Reagents）和 QPCR 质控，质控合格后即可上机测序。

我们使用 Illumina HiSeq 系列平台，对每个合格的文库进行高通量测序，并保证每个样品的数据量达标。

测序得到的原始图像数据，经 Illumina 碱基识别软件（Base Calling）转化为原始序列数据（raw reads），即双末端 reads（paired-end reads），数据以 FASTQ 文件格式存储，称之为 raw data。

全外显子测序结题报告

全外显子测序结题报告客户项目编号上海祥音生物科技有限公司目录1.项目概述 (3)2.建库测序流程 (3)2.1.DNA样本检测 (3)2.2.建库捕获 (3)2.3.库检及上机测序 (3)3.数据分析 (4)3.1.分析流程 (4)3.2.数据库信息 (4)3.3数据分析软件 (5)4.分析结果 (5)4.1.原始数据 (5)4.2.质量控制 (7)4.3.质量评估 (9)4.4.重要指标统计 (15)4.5变异检测结果 (21)5.参考文献 (28)1.项目概述2.建库测序流程2.1.DNA样本检测对DNA样品的检测主要包括3种方法：(1)琼脂糖凝胶电泳分析DNA降解程度以及是否有RNA及蛋白等污染。

(2)Nanodrop检测DNA的纯度（OD260/280比值）。

(3)Qubit对DNA浓度进行精确定量。

一般OD值在1.8~2.0之间，含量在1.5ug以上的DNA样品用来建库结果更好。

2.2.建库捕获Agilent SureSelect Human All Exon V6是 Agilent自主研发的全外显子捕获芯片，该产品汲取多个权威数据库（如RefSeq，OMIM_cds）的核心内容，具有更大的捕获区间，更高的捕获效率，保证外显子编码区的高覆盖率及SNP检出率。

将全外显子区域进行捕获并富集后，使用主流的 illumina、Life Technology 等测序平台进行高通量测序。

实验严格按照生产流程进行操作。

2.3.库检及上机测序1)取1μl文库使用Qubit dsDNA HS Assay Kit进行定量，记录文库浓度，文库浓度约在1-10ng/μl；2)取1μl样品使用Agilent2100Bioanalyzer system（Agilent DNA1000Kit）进行文库片段长度测定，文库长度约在220-320bp之间；3)使用高通量测序平台进行测序。

3.数据分析3.1.分析流程获得原始测序序列(Sequenced Reads)后，在有参考序列或参考基因组(GRCh37/hg19)的情况下，进行信息分析流程，大致包括以下两个部分：1)测序数据质量评估：主要对数据量、碱基质量、比对率、覆盖率、捕获率、均一性等指标进行统计，评估建库测序是否达到了标准，符合标准则进行后续分析。

全外显子组捕获测序技术在单基因遗传病研究和诊断中的意义_柯海萍

全外显子组捕获测序技术在单基因遗传病研究和诊断中的意义柯海萍1，2，杜振方2，张咸宁2（1.宁波天一职业技术学院，宁波315100； 2.浙江大学医学部生化与遗传学系，杭州310058）摘要：外显子组（exome）即一个个体的基因组DNA上所有蛋白质编码序列（外显子）的总和。

人类外显子组序列仅占人类整个基因组序列的1%，约为30Mb，包括18万个左右的外显子，估计85%的人类致病突变都位于这1%的蛋白质编码序列上。

在单基因病的致病基因定位和克隆研究中，通常采用的家系连锁分析法及定位克隆技术是最有效、最准确的方法之一。

但是，如果患病亲属的人数有限，或不外显、外显不全，或基因突变是自发产生的，则连锁分析多半失效。

这是单基因疾病分子遗传学研究中常常难以克服的“瓶颈”。

然而，对各种遗传病患者的外显子组进行测序分析，所针对的是与疾病最相关的“蛋白质编码序列”区域，捕捉的是疾病的大部分致病突变信息，具有所需样本数量少、低费用、高通量的优势和特点，故可以大大加快鉴定人类疾病基因的进程。

另外，对于外显子数目庞大的致病基因（如DMD、FBN1、PKD1等），用全外显子组测序技术进行基因诊断，则比传统的PCR+Sanger测序法更为经济。

关键词：外显子组；全外显子组测序；单基因病；基因诊断中图分类号：R394.3文献标识码：A文章编号：1006－9534（2012）06－0001－04Whole exome sequencing in the researches and diagnosis of monogenic disorders．KE Hai－ping1，2，DU Zhen－fang2，ZHANG Xian－ning2．（1．Ningbo College of Health Sciences Ningbo315100，2．Department of Biochemistry and Genetics，Zhejiang U-niversity School of Medicine，Hangzhou310058）Abstract：Exome is the collection of all exons，i．e．the protein－coding sequencing，within the genomic DNA of an individual．Exome constitutes around1%of the entire human genome or30megabases（Mb），split across approximately180 000exons．It esti-mated that about85%variants located on these protein－coding regions．Traditionally，the family linkage analysis and positional clo-ning methods are used to identify the disease－causing gene for Mendelian disorders．However，because of the difficulty in collection of an adequate number of affected individuals and families for a statistically powerful study，or incomplete/non－penetrance of the dis-ease，or de novo mutations for sporadic cases，these approaches are not applicable．Thus，the whole exome－capture sequencing （WES）represents a cost－effective，reproducible and robust strategy for the sensitive and specific identification of variants in protein －coding changes in individual human genomes．In addition，during the gene testing for larger gene of monogenic defects such as DMD，FBN1，PKD1，WES is more cost－effective than PCR followed by Sanger sequencing technique．Key words：Exome；Whole exome sequencing（WES）；Monogenic disorder；Gene test按照国内医学遗传学界的传统，遗传性疾病一般可划分为染色体病、单基因病、线粒体遗传病、多基因病和体细胞遗传病五大类。

lncRNA结题报告模板

9.6.1 l ncRNA差异表达分析统计结果
9.7 靶标预测分析
9.7.1 No vel l ncRNA的Cis作用靶标预测及功能注释 9.7.2 No vel l ncRNA的Tra ns靶标预测及功能注释 9.7.3 W GCNA预测Tra ns靶标 9.7.4 No vel l ncRNA靶基因调控网络分析
不同时期、不同组织或不同个体间差异表达的mRNA和lncRNA。对于mRNA，进行
功能注释，进而得到mRNA在生物体中参与生命活动的一个清晰的生物信息图
谱,mRNA的深层分析包括差异表达分析、可变剪接分析、新转录本预测和变异分
析等其他个性化分析；对于lncRNA，深层分体rRNA，向反应体系中加入 Fragmentation Buffer 使 RNA 片断化成为短片段，再以片断后的 RNA 为模板，用六碱基随机引物（ Random Hexamers ）合成 cDNA 第一链，并加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和 DNA Polymerase I 合成 c D N A 第二链，经过 QiaQuick PCR 试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱经末端修复、加碱基A，加测序接
sam p l e 1 g r o up 1
de scr i p ti o n
Illumina高通量测序结果最初以原始图像数据文件存在，经 C A S A V A 软件进行碱基识别（Base Calling）后转化为原始测序序列（Sequenced Reads），我们称之为Raw Data，其结果以FASTQ（简称为fq）文件格式存储。FASTQ文件包含每条测序序列（Read）的名称、碱基序列以及其对应的测序质量信息。
在FASTQ格式文件中，每个碱基对应一个碱基质量字符，每个碱基质量字符对应的ASCII码值减去33（Sanger质量值体系），即为该碱基的测序质量得分。

外显子基因检测报告怎么看

外显子基因检测报告是一种通过分析外显子区域的基因变异来评估个体遗传风险的检测方法。

这种检测报告通常包含了大量的信息，对于非专业人士来说可能会比较复杂。

然而，通过一步步的思考，我们可以更好地理解和解读这份报告。

下面将介绍一些如何看待外显子基因检测报告的步骤。

第一步：了解报告的基本信息首先，我们需要了解报告中的基本信息，包括被测试者的姓名、年龄、性别等个人信息，以及报告的日期和编号等。

这些信息可以帮助我们准确地识别报告的对象和报告的版本。

第二步：查看检测结果概览在报告的开头部分，通常会有一个检测结果的概览，其中包含了一些主要的检测结果和评估。

我们可以先浏览这个概览，以了解整体的情况，并对报告中的内容有一个初步的了解。

第三步：详细查看每个基因位点的分析结果报告的主要部分通常是对每个基因位点的分析结果的详细说明。

这些基因位点可能与特定的疾病风险、药物代谢能力以及其他生理特征相关。

我们可以逐个基因位点地浏览这些结果，并查看每个位点的基因型（如AA、AC、CC等）以及与之相关的风险评估。

第四步：理解风险评估针对每个基因位点，报告通常会提供一种风险评估，以说明个体在某种疾病或药物反应方面的风险水平。

这些评估通常以低、中、高等级别来表示。

我们需要理解这些评估的含义，并将其与自身的情况进行对比。

第五步：关注相关建议和注意事项除了风险评估外，报告中可能还会提供一些相关的建议和注意事项。

这些建议可能涉及生活方式、饮食、运动等方面，有助于个体采取适当的措施来降低风险或改善健康状况。

我们应该认真阅读这些建议，并根据实际情况进行适当的行动。

第六步：咨询专业人士如果在阅读报告过程中遇到了困惑或疑问，我们可以寻求专业人士的帮助。

专业人士可以对报告结果进行解读，并提供更详细的建议和解释。

他们可以帮助我们更好地理解报告中的信息，并为我们的健康决策提供支持和指导。

总结：通过以上的步骤，我们可以更加系统地看待和理解外显子基因检测报告。

外显子捕获具体步骤以及各试剂的作用

外显子捕获具体步骤以及各试剂的作用
• 引言 • 外显子捕获实验步骤 • 各试剂的作用 • 外显子捕获技术的应用与展望 • 结论
01
引言
目的和背景
目的
外显子捕获技术是一种用于检测基因突变的方法，通过捕获基因组中的外显子区域，对目标基因进行测序，以发现与疾病相关的突变位点。
背景
随着基因组学和分子生物学研究的深入，外显子捕获技术在遗传性疾病、肿瘤等研究领域得到了广泛应用。了解外显子捕获技术的具体步骤和各试剂的作用，有助于更好地应用该技术进行相关研究。
样本准备
样本类型
外显子捕获实验所需的样本可以是新鲜组织、冻存组织、石蜡包埋组织或细胞系。
样本处理
在取样后应尽快将组织放入液氮或-80℃冰箱中保存，以保持基因组稳定性。对于新鲜组织，需将其剪成小块并清洗去除血液和杂质。
基因组DNA提取
从样本中提取高质量的基因组DNA是外显子捕获实验的前提，常用的方法有酚/氯仿抽提法和试剂盒法。
个体化治疗和精准医疗
外显子捕获技术还可以用于个体化治疗和精准医疗领域。通过对个体基因组的分析，了解个体的遗传变异和疾病易感性，为个体化治疗和精准医疗提供依据。这有助于提高治疗效果，减少副作用，并为患者提供更加个
性化的治疗方案。
05
结论
外显子捕获技术的优势与局限性
优势
外显子捕获技术能够高效地检测基因组中的变异，包括单核苷酸变异（SNV）、插入和缺失（INDEL）、拷贝数变异（CNV）等。此外，该技术还可以检测基因组中的结
捕获探针的作用
01
捕获探针是一段特定的DNA或RNA序列，用于识别和结合目标核酸片段。
02
在外显子捕获实验中，捕过与目标基因序列的特异性结合，捕获探针能够帮助富集目

全基因组外显子测序捕获黏多糖贮积症Ⅶ型的致病基因 GUSB

全基因组外显子测序捕获黏多糖贮积症Ⅶ型的致病基因GUSB孙玲玲;喻祥奇;朱鹏;戴勇;韦晓莲;任景慧;袁红【摘要】目的：鉴定黏多糖贮积症Ⅶ型患者的致病基因，为产前诊断提供新的方法。

方法应用全基因外显子组技术捕获该患者致病基因，结合现代生物信息学方法，采用Sanger测序验证基因突变位点是否存在该患者家系成员和健康人基因组内。

结果发现该患者基因β‐葡萄糖醛酸酶（G U SB ）（g ．65444706G＞A ）突变，健康人未见该突变，该碱基的突变导致苏氨酸变成丝氨酸，从而导致GUSB活性缺乏或GUSB量的不足。

结论基因GUSB （g ．65444706G＞A ）突变是该患者的致病基因，全基因组外显子测序能解决传统定位克隆技术常常面临该病家系患者太少、病例散发、基因位点的异质性、外显不全及候选基因太多等难题，为该病产前诊断提供了新的途径。

%Objective To identify the pathogenic gene of the patients with mucopolysaccharidosis Ⅶ (MPSⅦ) to provide a new method for the prenatal diagnosis .Methods The whole genome exome technology was applied to capture the pathogenic gene of the patients ;by combining with the methods of modern bioinformatics ,the Sanger sequencing was used to verify whether the gene mutation locus existing in the genome of the patient′s family mem‐bers or the normal people .Results Theβ‐glucuronidase (GUSB) (g .65444706G> A) gene mutation existed in the patients ,but the normal ones had no this mutation .The mutation of the base caused threonine changibng to azaserine , and thus led to the absence of GUSB activity or the insufficiency of GUSB amount .Conclusion The GUSB gene (g .65444706G>A) mutation is the pathogenic gene in thispatients .The whole genome exome sequencing can solve many problems of the traditional positional cloning technology ,such as too few of the patients in the family members of this disease ,sporadiccases ,heterogeneity of the genetic locus ,incomplete exon and too many candidate genes , which provides new approach in the prenatal diagnosis of this disease .【期刊名称】《检验医学与临床》【年(卷),期】2016(013)007【总页数】3页(P883-884,887)【关键词】Ⅶ型黏多糖贮积病;致病基因;全基因组外显子测序【作者】孙玲玲;喻祥奇;朱鹏;戴勇;韦晓莲;任景慧;袁红【作者单位】广东省深圳市坪山新区妇幼保健医院妇产科 518118;广东省深圳市人民医院/暨南大学第二临床医学院临床医学研究中心518020;广东省深圳市坪山新区人民医院中心实验室 518118;广东省深圳市坪山新区人民医院中心实验室518118;广东省深圳市坪山新区人民医院中心实验室 518118;广东省深圳市人民医院妇产科B超室 518020;广东省深圳市人民医院妇产科B超室 518020【正文语种】中文黏多糖贮积症Ⅶ型(MPS Ⅶ)是溶酶体贮积症中非常重要的一类，是一种先天性常染色体隐性遗传病，发病率为1/84 000～1/130 000[1]。

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外显子捕获结题报告2010-11-22内容1 项目信息 (1)2 工作流程介绍 (2)2.1 Agilent液相捕获平台 (2)2.2 NimbleGen 液相捕获平台 (3)2.3 生物信息分析流程 (4)3 分析报告 (5)结果 (5)3.1 标准生物信息分析 (5)3.1.1 数据产出统计 (5)3.1.2 目标区域单碱基深度分布图 (6)3.1.3外显子捕获测序的均一性 (7)3.1.4一致序列组装和SNP检测 (7)3.1.5 SNP注释 (8)3.1.6插入/缺失(indels)检测 (9)3.1.7插入/缺失(indels)注释 (9)3.2个性化分析 (9)3.2.1氨基酸替换预测 (9)3.2.2群体SNP检测和等位基因频率估计 (12)3.2.3孟德尔遗传病分析 (13)3.2.4 NGS-GW AS 分析 (14)3.2.5正向选择信号的检测 (14)4 数据分析方法说明 (15)4.1信息分析软件及常用参数介绍 (15)4.2参考数据库 (16)4.3数据文件格式 (17)1 项目信息2 工作流程介绍采用Aglient SureSelect外显子靶向序列富集系统和NimbleGen SeqCap EZ人全外显子捕获系统。

这两个系统都采用液相系统进行高特异性和高覆盖率的外显子区域捕获。

2.1 Agilent液相捕获平台图2.1 Aglient外显子捕获和测序流程基本流程：首先将基因组DNA随机打断成150-200bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头制备杂交文库。

文库经纯化后经过LM-PCR的线性扩增与SureSelect Biotinylated RNA Library (BAITS)进行杂交富集，再经过LM-PCR 的线性扩增，文库检测合格后即可上机测序（Hiseq2000测序仪）。

对每个捕获文库进行高通量测序并保证测序深度达到要求，原始图像文件经过Illuminabasecalling Software 1.7进行碱基读取，获得读长为90bp双末端序列（reads）。

2.2 NimbleGen 液相捕获平台图2.2 NimbleGen外显子捕获和测序流程基本流程：首先将基因组DNA随机打断成200-300bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头制备杂交文库。

文库经纯化后经过LM-PCR的线性扩增与Biotinylated DNA Library进行杂交富集，再经过LM-PCR的线性扩增，文库检测合格后即可上机测序（Hiseq2000测序仪）。

对每个捕获文库进行高通量测序并保证测序深度达到要求，原始图像文件经过Illumina basecalling Software 1.7进行碱基读取，获得读长为90bp双末端序列（reads）。

2.3 生物信息分析流程测序完成之后，下机数据为fastq文件格式，随后对数据进行信息分析，分析流程如下：图2.3 外显子测序信息分析流程（1）SOAPaligner是华大自主研发的比对软件，用于将高质量的原始reads比对到参考基因组上，详细说明见信息分析软件及参数介绍部分，或者登录网站/，仅比对到参考基因组的reads用于后续分析。

（2）计算得到的Coverage和Depth是指目标区域的覆盖度和测序深度，计算时所用的数据是所有比对到参考基因组的reads。

3 分析报告结果3.1 标准生物信息分析3.1.1 数据产出统计基本数据分析统计结果主要包括：测定的序列（reads）长度、reads数量、数据产量、reads序列与参考基因组序列比对结果、目标外显子区域测序深度及覆盖度分析、目标外显子区域SNP检测及注释等。

具体统计结果参照表3.1。

表 3.1 统计量详细说明统计量定义及计算方法Target region (bp) 设计探针覆盖的区域，作为目标区域，用于捕获外显子Raw reads 测序得到的原始reads个数Raw data yield (Mb) 原始reads产量，即所有碱基个数(以Mb为单位) Reads mapped to genome 比对到参考基因组上的reads个数Reads mapped to target region 比对到目标区域上的reads个数Data mapped to target region (Mb) 比对到目标区域上的碱基个数(以Mb为单位) Mean depth of target region 目标区域的平均深度Coverage of target region (%) 目标区域的覆盖度Average read length (bp) 平均read长度Rate of nucleotide mismatch (%) 碱基错配率Fraction of target covered >= 4x 目标区域深度>= 4x的碱基覆盖度Fraction of target covered >=10x 目标区域深度>= 10x的碱基覆盖度Capture specificity (%)唯一比对到参考基因组的reads中，唯一比对到目标区域的reads所占的比例Reads mapped to flanking region比对到侧翼区(每段目标区域两侧扩展200bp)的reads数Mean depth of flanking region 侧翼区域的平均深度Coverage of flanking region 侧翼区域的覆盖度Fraction of flanking region covered >= 4x 侧翼区域深度>= 4x的碱基覆盖度Fraction of flanking region covered >= 10x 侧翼区域深度>= 10x的碱基覆盖度Fraction of unique mapped bases on ornear target 唯一比对到目标区域和侧翼区域的碱基比例Duplication rate reads重复率Mean depth of chrX X染色体的平均深度Mean depth of chrY Y染色体的平均深度Sample gender 样本性别Gender test result 性别测试结果3.1.2 目标区域单碱基深度分布图图 3.1 目标区域的单碱基深度分布图横坐标代表测序深度，纵坐标代表目标区域上对应深度的碱基数占总碱基数的百分比。

目标区域的单碱基分布近似服从泊松分布。

3.1.3外显子捕获测序的均一性图 3.2 目标区域的累积深度分布图横坐标代表累积测序深度，纵坐标代表目标区域上大于或等于对应累积深度的碱基数占总碱基数的百分比。

根据表中基本数据的统计量及单碱基深度分布图和累积深度分布图，除了可以得到通过外显子捕获的样本基本信息外，还可以判断捕获的数据是否符合要求，即进行质控。

3.1.4一致序列组装和SNP检测对于soap比对之后的结果，我们采用SOAPsnp软件进行一致序列组装，得到每个位点的基因型，进而进行SNP检测。

生成文件如下：CNS文件(*.cns)：包含位点的基因型等详细信息。

SNP文件(*.snp、*.snp.filter)：其中*.snp包含*.cns中所有的可能SNP位点，即基因型与参考序列基因型不一致的位点；*.snp.filter包含最终的SNP集合，即对*.snp中所有SNP位点按一定标准（如质量值、深度等）进行过滤后所得到的高置信度的SNP结果。

3.1.5 SNP注释对最终检测出的SNP结果，即*.snp.filter中所有SNP进行注释分类，每个SNP 的详细信息见gff文件，gff文件的详细说明见数据文件格式说明部分。

对SNP的统计信息见表3.2。

表 3.2 SNP统计Categories SampleIDNumber of genomic positions for calling SNPs(1)87,444,832 Number of high-confidence genotypes (2)63,608,643 Number of high-confidence genotypes in target regions 33,006,340 Number of known dbSNP sites in target region 192,415Coverage of known dbSNP sites (3)178963 (93.01%)Number of detected SNPs on targetNumber of detected SNPs near targetTotal number of SNPs 45,671 Synonymous-coding 8,036 Missense 6,817 Nonsense 51 Readthrough 9 Splice site (4)347 Intron 27,1515' UTRs(5)1,3813' UTRs 1,548 Intergenic 331 注：(1)Number of genomic positions for calling SNPs：指*.cns文件中的所有位点，即包括捕获的目标区域和前后200bp的侧翼区域。

(2)Number of high-confidence genotypes：*.cns文件中质量值不低于20的碱基数(3)Number of high-confidence genotypes in target regions：*.cns文件中，目标区域内质量值不低于20的碱基数(4)Number of known dbSNP sites in target region：目标区域内所有在dbSNP数据库中已知SNP位点数。

(5)Coverage of known dbSNP sites：在目标区域内，我们所定义的高可信度的位点(即*.cns文件中碱基质量值不低于20的位点)所覆盖到的已知SNP位点数（dbSNP）的比例。

(6)Total number of SNPs：最终得到的高可信度(采用一定的过滤标准过滤之后的结果)的SNP位点数。

(7)Splice site：外显子与内含子交界处4bp的内含子SNP位点？(8)5' UTRs：指初始密码子上游200bp；3' UTRs则指终止密码子下游200bp；3.1.6插入/缺失(indels)检测通过对获得的测序reads重新组装，可发现外显子区的插入与缺失(InDels)。

重新组装是运用SOAPdenovo (Li et al. Genome Res, 2010)软件，随后，通过LASTZ 软件将组装的一致性序列比对到参考基因组上。