免费分子生物学软件

免费分子生物学软件

互联网上有许多免费分子生物学软件，一些是在线使用的，也有一些可以下载在PC机上使用。
(一)质粒作图软件(P1asmidProcessor)
PlasmidProcessor是一种免费绘制质粒图软件，可以绘制线状或环状DNA。用户定义限制位点、基因段与多克隆位点，还可插入或删除DNA片段，支持剪贴板、打印和存盘功能。下载站点：http：//u.fi/_kiviraum/plasmid/plasmid．html。
(二)蛋白质分析软件(AnTheProt)
AnTheProt包括蛋白质研究领域的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白质序列分析与特性预测，包括：进行蛋白质序列二级结构预测；在蛋白质序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白质序列的所有理化特性曲线；在互联网或本地蛋白质序列数据库中查找类似序列；计算蛋白质序列相对分子质量，计算蛋白质序列滴定曲线与等电点及计算信号肽潜在的断裂位点等许多功能。网址为：http：//www.ibcp.fro
(三)DNA分析软件(DNAT001)
DNATool是一个可免费使用3个月的DNA序列分析软件，3个月后需交费注册才能继续使用。其功能有：序列编辑与类似序列查找，建立自己的序列数据库进行查找、多序列比较、序列翻译、蛋白质序列分析、引物设计与分析、基因表达序列分析(SAGE)功能等，还包括DNA分析常用的功能，如碱基百分组成、相对分子质量计算等。下载网址：http：//www.crc.dk/phys/A0lB04_dnatools.htm。
(四)序列编辑比较软件(S~qPup)
SeqPup是序列编辑与分析软件。功能包括多序列比较、单序列编辑、各种序列格式文件读取与将序列输入到不同的序列格式文件、序列整理打印(可加框与阴影，加标记等)、序列编辑、互补序列、DNA到蛋白质序列或蛋白质序列到DNA。它还可以外挂其他分析软件，例如外挂多序列比较同源性，生成进化树的Clustalw等，可自己定义外观应用软件。SeqPup的站点为：http：///IUBio-Software+Dat/molbio/seqpup/javsa/seqpup-doc.html。
(五)序列格式转换软件(ForCon)
ForCon是核酸与蛋白质不同序列格式文件的转换软件，可双向转换各种常见的多序列格式文件。下载站点为：http：//bioc-www．Uia.ac.be/u/jraes。
(六)序列格式转换软件(SeqVerter)
SeqVerter也是一个序列格式转换软件，它可以同时打开多个序列文件、查看序列、选择序列的一部分进行格式转换、将来自不同文件的序列并入一个多序列文件以及将序列从一个多序列文件中分成不同单序列文件。下载网站：http：//。
(七)多序列比较软件(C1ustalW)
ClustalW用来对核酸与蛋白质序列进行多序列比对，生成进化树。下载站点ftp

：//ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW。
(八)多序列比较软件(MACAW)
MACAW是一种多序列比较同源性软件。下载站点：ftp：///pub/macaw.
(九)进化树生成与分析软件(PHYLIP)
PHYLIP用来进行进化树分析。它可以分析DNA与蛋白质序列，并可绘制进化树。
程序含有许多选项可以精确控制与分析。下载网站地址为：http：///phylip.html。
(十)进化树打印软件(TreeView)
TreeView可以读出PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树，并输出到打印机。下载站点为：http：///rod/treeview.html。
(十一)同源序列检索软件(FASTA)
FASTA可快速在数据库检索比较同源序列，将一条序列与另一条序列进行比较或在数据库中查找同源序列并输出，在Intemet上有许多的在线FASTA查找服务，也可下载后离线使用。下载站点：ftp：///pub/fast/dos。