基于COI基因探讨雉科6个属的分类地位

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材料与方法
试验材料为雉科 4 属 7 种 81 个鸟类的血液， 扩 增、 测定其 COI 序列， 并从 GenBank 和 BOLD 下载了 21 属 46 种 159 条雉科鸟类 COI 基因序列， 本研究共 涵盖了雉科 21 属 46 种 240 条 COI 序列， 见表 1。 1 ． 1 DNA 提取 抽取血液样本的上层血清后， 取 10 μL 的去除 血清的血液样本采用酚氯仿抽提法提取总 DNA， 用 －20 ℃ 保存。 0． 8% 琼脂糖凝胶电泳检测， 1． 2 PCR 扩增
1 ） 中央高校基本科研业务费专项资金（ DL09CA01 ） 。 1985 年 1 月生， 第一作者简介： 刘园园， 女， 东北林业大学野生 动物资源学院， 硕士研究生。 通信作者： 白素英， 东北林业大学野生动物资源学院， 副教授。 E－mail： syb01@ 163． com。 收稿日期： 2011 年 9 月 26 日。 责任编辑： 潘 华。
刘园园张Biblioteka 伟白素英蔡晓琪
李
立
（ 东北林业大学， 150040 ） 哈尔滨，
（ 湖南省野生动物救护繁殖中心）
BOLD 中获取 21 摘 要 试验测定了雉科 4 属 7 种的 81 条 COI 序列， 获得片段长度为 690 bp， 并从 Genbank、 属 46 种的相应序列， 进行了序列和系统发生分析 。通过计算属间遗传距离 ， 并以中华秋沙鸭 （ Mergus squamatus ） 、 ME 法和 ML 法对雉科 46 种鸟类构建系统发育树 ， 马来闭壳龟（ Cuora amboinensis） 为外群， 用 NJ 法、 来探讨雉科内 存在争议属的分类问题 。结果表明： 血雉与鹑类关系更近； 雪鸡属与石鸡属关系很近 ； 山鹑属始终与鹌鹑属聚在一 起； 勺鸡属与雉鹑属相邻而自成一个支 ； 原鸡属与竹鸡属和鹧鸪属始终聚在一起 ； 山鹧鸪属最先分化出来 ， 在整个 雉科类群的基部。 关键词 雉科； COI 基因； 分类地位 分类号 Q959． 7 Phylogenetic Relationships Among Six Genera in Phasianidae Based on COI Genes / Liu Yuanyuan，Zhang Wei，Bai Suying，Cai Xiaoqi（ School of Wildlife Resources，Northeast Forestry University，Harbin 150040 ，P． R． China ） ； Li Li （ Wildlife Conservation and Breeding Center of Hunan Province ） / / Journal of Northeast Forestry University． － 2012 ， 40 （ 6 ） ． －89 ～ 94 A study was conducted to discuss the phylogenetic relationships among Ithaginis，Tetraogallus，Perdix，Pucrasia， Gallus and Arborophila in Phasianidae，which have remained controversial． Eightone COI genes （ 690 bp ） of 7 species form 4 genera were sequenced，and the homologous sequences of 46 species in 21 genera were downloaded from Genbank and BOLD． Genetic distances were calculated and phylogenetic trees of 46 species of birds in Phasianidae were made by the methods of NJ，ME and ML to investigate the classification of controversial genera，using Mergus squamatus and Cuora amboinensis as outgroups． Results show that Ithaginis is relatively close to Perdicini； the relationship between Tetraogallus and Alectoris is very close； Perdix and Coturnix cluster together； Pucrasia and Tetraophasis is adjacent； Gallus，Bambusicola and Francolinus cluster together； Arborophila is at the base of Phasianidae group，and it is the first genus to diverge from other species． Keywords Phasianidae； COI genes； Phylogenetic relationships
双向测序。
Genbank 序列号 / BOLD 序列号
本研究选用的雉科鸟类和外群的序列信息
AY666409 ，DQ432706 ，FJ465298 ，GQ4813 16 ，GQ481315 ，GQ481314 ，GQ481313 ， FJ8 08621 ，USNM550484 ，FJ752426 FJ465299 GU951807 FJ752425 FJ194942 ，FJ752424 ，GQ922643 ，GQ922644 FJ752423 EU165706 1B－973 ，AB073301 BISE－Aves248 ，GQ481648 ，GQ481649． MKP 1444 1B－4569 ， 1B－4570 ，AP003195 ，FJ808632 ，GQ481650 ，GQ481651 ，GQ481652 ， GQ481653 ，HM102295 ，KRIBB 1520． GQ150381 ，GQ150382 GQ150379 ，GQ150380 GQ150378 ，GQ150383 ，GQ150385 ，GQ150386 ，GQ150387 EU165707 GQ482330 ，GQ482331 ，FJ752431． BISE－Aves194 ，BISE－Aves474 ，DQ433069 ，DQ433070 ，DQ433890 ，DQ433891 ，NHMO－ BC404 ，NHMO－BC403 ，GU951808 ，GQ482332 ，DQ433893 ，DQ433892 GQ482760 1B－1015 ， 1B－1029 GQ922647 ，FJ799728 ，GQ922645 ，GQ922 646 ，FJ752428 1B－2330 ， 1B－2331 1B－153 ，FJ752434 ，GQ922603 ，GQ922604 ，GQ922605 ，GQ922606 ，GQ922607 ， GQ922608 ，GQ922609 ，GQ922610 ，JF834896* ． FJ752433 ，GQ922630 ，GQ922631 ，GQ92263 2 ，HQ221859 ，JF834897* ． 1B－927 ，GQ922639 ，GQ922640 GQ922614 ，GQ922613 AB086102 ，AP003317 ，AP003318 ，AP003319 ，AP003321 ，AP003322 ，AP003323 ， AP003580 ，AY235570 ，AY235571 ，DQ648776 ，FJ80863 ，GQ922621 ，PW002 ，X52392 AP003325 AP006746 ，AP003320 ，AP006741 AP003324 GQ922649 GQ871234 AB164627 EU417810 ，GQ922618 ，GQ922619 ，GQ9226 20 ，JF834901* ，JF834902* ，JF834903* 1B－474 ，GQ922611 ，GQ922612 ，GQ922638 EU417811 AY666332 ，AY666562 ，BISE－Aves80 ，BISE－Aves464 ，EF515775 ，FJ752430 ，GQ482362 ～ GQ482364 ，GQ922650 ，GQ922651 ，KRIB B 48 ，KRIBB719 ，KRIBB723 ，KRIBB2915 ， NHMO－BC402 AB164626 EU417812 GQ922648 ，FJ752429 AB164624 ，JF834900* AB164623 ，JF834898* ，JF834899* AB164622 1B－15 ， 1B－367 ， 1B－368 ， 1B－369 1B－361 ， 1B－362 ， 1B－363 ，GU187969 ，JF8349 06* 1B－365 1B－364 ，FJ752427 ，GQ922633 ，GQ922634 ，GQ922635 ，JF834904* ，JF834905* GQ482159 EF011465
雉科（ Phasianidae ） 鸟类大都雌雄异色， 雄性具 有艳丽的装饰性羽毛， 雌性多具棕褐色的隐蔽色。 血雉、 雪鸡、 斑翅山鹑和山鹧鸪的尾较翅短， 尾羽的 换羽顺序从中央到外侧， 这些特点与鹑族各属相同； 勺鸡与原鸡雌雄异色， 被划为雉族， 而这 6 个属的分 类地位一直存在争议。 线粒体 DNA 中的细胞色素 C 氧化酶亚基 I（ cytochrome oxidase subunit I，COI ） ， 其突变速度是核 DNA 突变速度的 10 倍， 由于线粒体遗传为母系遗 传发生基因重组的可能性就低。进化主要以碱基替 换为主， 含有系统发育信号。 COI 不但能够保证足 ［1 ］ 够的变异， 而且又容易用通用引物扩增 ， 已经用 。 本文通过测定雉 于鸟类系统发生关系的研究 科鸟类的 COI 序列， 并结合 GenBank 和 BOLD 中的 雉科鸟类 COI 序列， 为研究雉科存在争议比较大的 6 属的分类地位问题提供一定的分子理论依据 。