BIOLOG测试土壤微生物多样性的方法

BIOLOG 测试土壤微生物多样性的方法

需要提前灭菌的试剂和器物

1. pH 7.0 0.05M 磷酸缓冲液： KH 2PO 4

2.654克＋K 2HPO 4 6.962克加蒸馏水至1000毫升。具体需要量为：10-1需要每瓶100ml ；10-2和10-3在只做2次重复时为每瓶45ml 。

2. 其他材料准备： 5ml 移液管，称量纸，1ml 枪头，V 型槽

实验步骤

无菌操作称取10g 新鲜土置于100 ml 灭菌0.05M 磷酸缓冲液中，在每分钟70次左右的振荡机振荡30分钟。在超净台上吸取1ml 稀释液加入有9ml 无菌缓

冲液的试管中，做成10-2的稀释液，同此法稀释到10－3稀释度。将10-3的稀释

液倒入灭菌的V 型槽中，用8通道加样器向BIOLOG GN 96孔板各孔中分别添加150 ul 稀释后的悬液（使用加样枪的prog1）。每个土壤样品做3个重复。25℃恒温培养，在24、36、48、60、72、84、96、108、120、132、144小时后使用BIOLOG EMAX 读板仪读取各孔在750 nm 和590 nm 波长下的光吸收。

数据处理

在microlog3系统中将数据导出存为txt 文本，再用excel 软件导入，进行减对照孔、将负数调整为0等基本操作。同时计算AWCD ，考察AWCD 随时间变化曲线。最后选取合适的时间点，将数据转入SPSS 、SAS 等统计软件进行多样性指数的计算和主成分分析。

平均吸光度AWCD 可以评判微生物群落对碳源利用的总的能力

其中A i 为第i 孔的相对吸光度，A A1为A1孔的相对吸光度

Shannon 指数H ’用于评估丰富度

（2）

其中Pi 为第i 孔的相对吸光值与整个平板相对吸光值总和的比率

Simpson 指数，用于评估优势度的指数，常用其变型Gini 指数来评价多样性 其中Pi 为第i 孔的相对吸光值与整个平板相对吸光值总和的比率

Mcintosh 指数U

基于群落物种多维空间距离的多样性指数。实际上是一致性的量度 ∑=)(2ni U

其中ni 是第i 孔的相对吸光值，N 是相对吸光值总和

U 的均匀度 S

N N U N J U --= 其中N 是相对吸光值总和, S 为发生颜色变化的孔的数目

主成分因子分析（PCA ）是采取降维的方法，使用少数的相互无关的综合指标反映原统计数据中所包含的绝大多数信息。 95)(1∑-=A i A A AWCD ∑⋅-=)ln('Pi Pi H ∑

-=2

)(1Pi D