第一章DNA与染色体的结构

合集下载
  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
核苷酸链: 基本单位 核甘酸(nucleotide)
两个核甘酸之间由 3′,5′-磷酸二酯键相连。
链的方向
核苷酸之间的连接方式:
一个核苷酸的5′-磷酸 与下一位核苷酸的3′-OH 形成3′,5′-磷酸二酯键,
构成不分支的线性大分子, 其中磷酸基和戊糖基构成 DNA链的骨架,
可变部分是碱基排列顺序。
作用:还不清楚(基因调控)
四链DNA 富G的DNA能够形成四链体DNA结构。 K离子的结合使四联体螺旋最稳定。
四、DNA结构的动态性
不同DNA结构形式相互转变的现象。
天然状态下以B型为主,
但在某些区段或某种条件下会出现A型、Z型、三链、四 链等,
从而处于动态变化之中。
第二节 DNA的超螺旋结构
如DNA仅部分变性,它的复性就表现在快速的一级反应, 如DNA已完全变性,它就表现为缓慢的二级反应。
不完全变性DNA的复性只是已分开部分的双股链间碱基 的重新配对。
复性的速度与DNA的大小、离子强度、浓度有关。
热变性过程和两种冷却过程示意图
PCR Machine
(三)、分子杂交 (hybridization)
C(3′) 內折
B-DNA
A
B
Z
碱基倾角
Handedness
A
B
Z
大、小沟
三链DNA
在二级结构的基础上,DNA的高级结构如三链DNA,四链DNA也陆续被 发现。 DNA在结构上呈现多态性,这种多态性是对双螺旋结构的发展和补充。
当某一DNA或RNA寡核苷酸与DNA高嘌呤区可结合形成三链, 能特异地结合在DNA的大沟中,并与富含嘌呤链上的碱基形成氢键。
变性后DNA溶液的紫外(260 nm)吸收作用增强的效应。 天然DNA和变性DNA的吸收值相差可达34%。
Tm = ℃ of Ct = C0/2 = OD增加值的中点温度(一般为85-95℃)
一般PCR实验技术中把变性温度定为94℃。
Tm值(DNA熔解、解链温度)
指把DNA的双螺旋结构 降解一半时的温度。
发夹结构
茎环结构
C
十字结构
* 较短的回文序列可能是作为一种信号
如:限制性内切酶的识别位点; 一些调控蛋白的识别位点。
例如限制性内切酶 EcoRⅠ的识别位点 5′--G︱AATTC-- 3′ 3′--CTTAA︱G-- 5′
二、DNA的二级结构
双螺旋参数
· 右手螺旋,直径2.0nm; · 螺距为3.4nm(任一条链 绕轴一周所升降的距离);
不同序列的DNA,Tm值不同。
DNA中G-C含量越高, Tm值越高。
DNA解链温度与GC含量的关系
80
70
M.phlei(草分支杆菌)
60
Serratia(沙雷ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ属)
50 40
Calf thymus S. Pneumoniae
E.coli(大肠杆菌) Salmon sperm(鲑鱼精子) Yeast
被切割的DNA链 1
1
2
2
对ATP的需求 否



依赖于DNA的ATP酶 否



产生负超螺旋 否

松弛负超螺旋 是

松弛正超螺旋 否







1) 拓扑异构酶Ⅰ(topoisomerase I) 共价连接 Tyrosine-5’P
结合到 一条链 上形成 复合物
切断一 条链形 成酶和 蛋白的 复合体
最早在SV40和多瘤病毒中发现。 1965年Vinograd等 用电镜发现SV40和多瘤病毒的环形DNA的超螺旋。
超螺旋 是所有线性或环形DNA 的共有的重要特征。
左手超螺旋/正超螺旋 (Positive supercoil )
右手超螺旋/负超螺旋 (Negative supercoil)
超螺旋的形成
DNA双螺旋结构中, 一般每转一圈有10个核苷酸对, 平时双螺旋总处于能量最低状态。
若正常DNA双螺旋额外地多转或少转几圈, 使每一圈的核苷酸数目大于或小于10, 就会出现双螺旋空间结构的改变, 在DNA分子中产生额外张力。
若此时双螺旋的末端是固定的或是环状分子, 双链不能自由转动,额外的张力不能释放, 导致DNA分子内部原子空位置的重排,造成扭曲, 出现超螺旋。
Southern blot:DNA杂交; 探针:带有一定标记(示踪物)的DNA分子; Northern blot:RNA杂交; Western blot: Protein。
第四节 DNA的理化性质
形状、大小
形状:双股线型分子, 有些为环型, 少数为单股环型。
大小:真核>1010, 一般随生物由低级到高级的进化由小到大递增。
B. 两条链的碱基都位于中间,碱基平面与螺旋轴垂直。 C. 两条链对应碱基呈配对关系
A=T G≡C D. 螺旋直径 2nm ,螺距 3.4nm ,
每一螺距中含 10 bp,相对转动角度360。 E. 双螺旋分子的表面大沟和小沟交替出现。
三、DNA二级结构的多态性
Watson和Crick提出的DNA双螺旋结构属于B型双螺旋, 它是以在生理盐溶液中抽出的DNA钠盐纤维, 在92%相对湿度下进行X-射线衍射图谱为依据进行推测的, 这是DNA分子在水性环境和生理条件下最稳定的结构。
一般这些碱基在核酸中的含量稀少, 在各种类型核酸中的分布也不均一。
如DNA中的修饰碱基主要见于噬菌体DNA, RNA中以tRNA含修饰碱基最多。
A
T

T
A



G
C
C
G
C
A
RNA
DNA
重复序列 高度重复序列
重复频率高(几十万-几百万), 5-300bp; 中度重复序列 平均重复几百次, 平均长度300-700bp; 低度重复序列 不重复或只重复几次到几十次,如一些基因等。
SSR(Simple Sequence Repeats)标记, 微卫DNA, 是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位 组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。 由于每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列。 长度一般在200bp以下。
反向重复序列(inverted repeatitive sequence or inverted repeats,IR), 又称回文序列。
核酸在溶液中由于磷酸基而带负电荷, 电泳时由负极→正极
DNA: PH>11.5 解双链(变性) PH<4 降解(脱嘌呤);
RNA: PH>11.5 降解
第五节 染色体(chromosome)
人染色体
染色体:遗传物质的主要载体, 主要由DNA和蛋白质组成;
同一物种内每条染色体上所带 DNA量一定, 但不同染色体或不同物种间变化 很大;
一条链 穿越
重新 连接
结果:连接数增加1个
L=2
L=3
2)拓扑异构酶Ⅱ-Top II 旋转酶( gyrase ) TopⅡ亚类之一 引入负超螺旋
作用于双链
涉及双链的断裂和连接
--每次使DNA的连接 数改变2
3)拓扑异构酶的生物学功能
a、恢复由一些细胞过程产生的超螺旋 如:复制叉前面正超的消除; 转录酶前正超的消除,后面负超的产生。
*固相分子杂交 (1975 E. M. Southern)
毛细管 碱液
核酸转移
原理
基于DNA分子的双链变性后重新合成双螺旋结构。
即:具有一定同源性的DNA单链分子 或DNA单链分子与RNA分子, 在去掉变性条件后互补的区段能够退火复性 形成双链DNA分子 或DNA/RNA异质双链分子。 这一过程称为核酸的分子杂交。
第一章 DNA与染色体的结构
本章内容:
第一节 DNA结构的多态性与动态性 第二节 DNA的超螺旋结构 第三节 DNA的变性、复性与分子杂交 第四节 DNA的理化性质 第五节 染色体
第一节 DNA结构的多态性与动态性
一、一级结构
指 DNA 的 共 价 结 构 和 核 苷 酸顺序,就是4种核苷酸的 连接及其排列顺序。 即:DNA的化学组成。
(二)DNA分子的复性 (anneal or renaturation)
变性DNA在适当条件下,两条彼此分开的链 又可以重新缔合成双螺旋结构的过程(退火)。
D.S DNA
Denaturation Renaturation
S.S DNA
复性过程依赖于单链分子间的随机碰撞。
DNA的变性和复性是可逆的。
5'末端的 磷酸基团
3',5'– 磷酸二酯键
3'末端 的羟基
OO P O-
O
5' CH2
4'
H
3'
O -O P
O O
G 1'
HH
2'
H
O
5' CH2
4'
H
3'
-O
O P
O O
A 1'
HH
2'
H
O
5' CH2
4'
H 3'
O
-O
O P
O
A 1'
HH
2'
H
O 5' CH2
4'
H
-O
O P
O O
T
1'
HH
2'
粘度
DNA分子具有粘度, DNA分子愈大,粘稠度愈高; 单链或RNA的粘度小。
沉降特性
引力场中下沉, 浮密度 RNA>DNA>pro, 可通过超速离心分离。
紫外吸收
碱基(碱基的苯环上的共轭双键)具有紫外吸收功能。
DNA紫外吸收波长260nm; 蛋白质的紫外吸收波长为280nm;
酸碱性
不涉及到其一级结构的改变。
1. 条件 加热, 极端pH, 有机溶剂( 尿素、 酰胺 ), 低盐浓度等。
2. 变性过程的表现
是一个爆发式的协同过程, 变性作用发生在一个很窄的温度范围。
导致一些理化性质发生剧烈变化。
变性DNA,理化性质发生剧烈变化 1)溶液粘度降低; 2)溶液旋光性发生改变; 3)增色效应(hyperchromic effect)
30
Bacteriophage T4(噬菌体)
20 AT-DNA
10
60
70
80
90 100
TmoC
其它影响因素
均一性 核酸分子越长,Tm值越大; 序列均匀,变性同步性较好,解链温度范围较窄。 离子强度 离子强度较低时,Tm值较低,融点范围也较宽, 因此DNA制剂不应保存在离子强度过低的溶液中。 pH 小于4或大于11, 不利于碱基氢键形成。
并为二倍体(性细胞为单倍体)
组蛋白(结构蛋白)+ DNA(含大量重复序列)
核小体(nucleosome )
念珠状组装
染色质 + 非组蛋白(+ RNA)
DNA: 约27% 组蛋白和非组蛋白:约66% RNA:约6%
· 每圈有10个核苷酸(碱基);
· 两个碱基之间的垂直距离 是0.34nm。 螺旋转角是36度;
· 有大沟和小沟 配对碱基并不充满双螺旋空间, 且碱基对占据的空间不对称。
双螺旋结构稳定力
横向是碱基对间的氢键; 纵向是碱基平面间的碱基堆积力(base-stacking force)。
结构要点
A. 两条反向平行的核苷酸链共同盘绕形成双螺旋的骨 架, 糖-磷酸-糖构成螺旋主链,右手螺旋。
所有的DNA超螺旋都是由DNA拓扑异构酶产生的。 拓扑异构体:只在连接数上有差别的同种DNA分子
称为这种DNA的拓扑异构体。 拓扑异构酶(topoisomerase ) 催化DNA由一种拓扑异构体转变成另一种拓扑异构体的酶类。
拓扑异构酶的类别和特性
性质
Ⅰ型
原核生物
真核生物
Ⅱ型
原核生物
真核生物
b、防止细胞DNA的过度超螺旋 多种拓扑异构酶的作用 严格控制体内负超螺旋维持在5%水平。
所以,种拓扑异构酶的单向突变对细胞来说是致命的, 因而一般两种拓扑异构酶的突变水平相当。
第三节 DNA的变性、复性与分子杂交
(一)DNA分子的变性
变性(denaturation 或融解 melting)
DNA双螺旋区的氢键断裂, 使双螺旋的两条链完全分开变成单链, 这一过程叫做变性。
H
O 5'CH2 O
4'
H 3'
OH
T 1'
HH
2'
H
核苷酸
每个核苷酸 =1个戊糖 +1个磷酸分子 +1个碱基。
腺苷酸
碱基包括 双环结构的嘌呤(Purine) 和单环结构的嘧啶(pyrimidine)。
此外,核酸分子中还发现数十种修饰碱基,又称稀有碱基。
它是指上述五种碱基环上的某一位置被一些化学基团(如甲基 化、甲硫基化等)修饰后的衍生物。
一般来说只有在有丝分裂过程中 才能通过显微镜观察到,其它时 期均以染色质(chromatin)的形 式存在。
染色体特征
分子结构相对稳定; 能够自我复制,
使亲、子代间保持连续性; 能够指导蛋白质的合成,
从而控制生命过程; 能够产生可遗传的变异; 原核生物只有一条;
真核生物不同物种内染色体数目 不同,
若湿度改变或DNA钠盐变为钾盐、铯盐则会发生构象变化, 形成 A、C、D、E等右手双螺旋
和左手双螺旋Z构象等形式。
DNA结构的多态性 存在多种结构参数不同的DNA双螺旋结构的现象。
原因 多核苷酸链的骨架含有许多可转动的单键, 如磷酸二酯键的两个P-O键、糖苷键、戊糖环各个键。
A-DNA
戊糖的构象
相关文档
最新文档