流感病毒基因重配

进化树
1、通过最大近似法构建病毒进化树。整个进化树可以通 过较长的主干分支分为九个（I-IX）有差别的拓扑结构区 域，每个长分支相连的病毒株簇差异程度较大，对应自 展通常为100%。 2、通过邻接法来计算每个节点的自展值来评价其稳健程度， 我们把节点的自展值大于70%的分为一簇，这样我们可 以把这些病毒分成十个（A-J）不同进化支
进化支分析
D(1940-1947)
与B、C同在第二区域
D(1940-1947)
单独在第三区域
D(1940Leabharlann Baidu1947)
与E一起在第三区域
E(1950-1957)
单独在第四区域
E(1950-1957)
与D在第三区域
F与G
讨论
1、对H3N2的全基因组分析发现了存在大量有差异 的亚型分支有共同传播和内部高频率的同源重配 的特点 2、通过对来自1930-1950年的H1N1病毒基因序列 进行分析，也发现了一些不同亚型的共同传播和 明显的同源重配事件，这表明表明H3N2进化的复 杂性和H1N1相似
构树
1、对八个片段的主要编码区域进行队列构造，PB2 (2,277 nt)、PB1 (2,271 nt), PA (2,148 nt), HA 1,698 nt), NP(1,494 nt), NA (1,407 nt), M1 (756 nt), and NS1 (690 nt)，小的M2,NS2蛋白的翻译序列的阅读框和其他有重叠， 因此在本次分析中没有包含 2、用PAUP程序通过最大相似法来构造进化树，推断八个基 因片段结构。在每个构造中，通过MODELTEST定义每个 片段的最合适核苷酸代替模型，modeltest一般作为可逆 的 GTR +I + γ4模型，GTR:每个可替换类型的频率，I:不 变位点的概率， γ4:四种速度变化率的伽马分布
Multiple Reassortment Events in the Evolutionary History of H1N1 Influenza A Virus Since 1918
H1N1流感病毒自1918年以来的进化史中的大 量重配事件
摘要
•本文分析1918到2006年的71例全基因组序列信息，这些病 毒株来自17个不同的国家和5大洲，通过分析得出从1918年 来，重配在H1N1基因进化上有重要作用，尤其是同源重配 •重配导致了1947和1951年的大流行。通过对1947年的病毒 株基因序列分析发现，不同的的基因片段有不同的进化史， 尤其是HA和NA。HA片段与最近流行的病毒有较强的关联而 NA片段与早期流行的病毒有较强的关联，这表明HA片段在最 近有过广泛的重配。对1951年的流感病毒分析也发现了重配 事件
讨论
1947和1951年的主要流行的流感病毒进行基因序列分析： 没有出现的全新的基因片段，这表明涉及到的重配片段在 一些流行的流感病毒基因片段中有很重要作用
1947年流感病毒A/Fort Monmouth/1/47
结构特点： 1、与进化支d有较强的关联性 2、进化分析表明，由1943-1945年主要流行的 H1N1病毒的PB1,NA,M和未被观察到的流感病毒 PB2,PA,HA ,NP,NS重组而来。
材料及方法
基因片段信息从 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/F LU.html)下载，筛选出的流感病毒主要为澳大利亚、新西兰、 美国在1995-2005间报道的 入选标准： 1、同时间、地点有紧密的进化关系 2、直接来源于猪 剔除标准： 1、没有全基因序列 最后的到了71例有代表性的全长流感病毒A/H1N1
3、 特殊片段：NA片段和HA 片段 4、氨基酸改变最少的主干：#4
拓扑结构分析
#4
与病毒消失的二十年较吻合
推测流感病毒很有可能是从实验室意外的再次人群中的
通过血清学和部分片段分析表明，1970再次出现的病毒株在全基因序 列上和来自1940的病毒株有紧密的联系，尤其是A/Roma/1949
介绍
1、流感流行有两个阶段，1918-1957 ，1977至今。期间 有四次爆发流行，1928-1929,1932-1933,1936-1937， 1943-1944。 2、从1918至今的进化方式，1950年消失二十年，在1970 年突然出现的原因，与H3N2一起流行的原因 3、1947年H1N1流行，由于HA的改变造成抗原发生改变， 使得当时疫苗失效，导致了很高的死亡率 4、1950年又爆发一次大的流行，其死亡率超过了1957年 和1968年的总和
进化树拓扑结构特点
1、时序性：虽然重配可能导致病毒在进化树上的位置放生变化，但是 八个片段中包含的病毒几乎相同，进化树上的病毒排列有明显的时间 顺序 2、 区域合并：PB1、NA、M 片段，第二和第三区域合并成了第二区域， PB2、NA、M 由于进化支G、F的紧密关系导致第六和第七区域合并 成第六区域，NA片段中第四和第五区域也被合并
毒力改变原因： 1、有差异的病毒片段重配导致病毒发生变化 2、PB2,PA,HA,NP,NS片段上发生基因突变导致病 毒的毒力和传染力增强， 3、旧NA片段的保留使感染病毒的死亡率降低
1951年流感病毒A/Albany/12/1951
结构特点：基于进化支E的进化分析，1951年的流感病毒是 由新的PB1、PA、NP、NS、M、NS和1940年 的流感病毒的PB2,HA重组而成 分析原因： 1、六个片段发生了改变，这就可以解释1951的流感病毒相 较1940的HA片段仅发生了微小改变，但是引起了一个很 大的流行 2、在美国和加拿大1951年的大流行病毒有很强的传播能力， HA片段被保留但是在PB1和PA上多了两种聚合酶，他们 导致了病毒的复制能力增强但是对于病毒的抗原性无改变