重建系统发育树(PAUP的ML法和贝叶斯法)

重建系统发育树(PAUP的ML法和贝叶斯法)

1 多重序列比对

将待比对的序列以fasta格式保存,利用clustalx2.1或MEGA中的clustalW 软件进行多序列比对｡

2 保守区的选择

将1得到的序列提交Gblock在线服务器

(http://www.phylogeny.fr/one_task.cgi?task_type=gblocks),得到保守区的序列.fasta,并通过MEGA软件将其转换为.nex;

3 核苷酸替换饱和度检测

用DAMBE 软件验证替换饱和｡只要比较ISS和ISS.c 值大小及显著与否,即可｡当ISS小于ISS.c 且p=0.0000(极显著),就说明没序列替换未饱和,可以建树｡

4 核苷酸替换模型的选择

在进行系统发育分析过程中,建树序列的进化模型选择是至关重要的一步,尤其对进化模型敏感的ML法和BI法｡通过MrMTgui 软件选择核酸替代模型｡4.1 安装PAUP､ModelTest (或MrModelTest) 软件,然后再安装MrMTgui 软件｡配置MrMTgui,分别设置PAUP､ModelTest和MrModelTest路径｡

4.2 运行PAUP

点击Run Paup,选择2中.nex文件｡

当模型参数值计算完毕,程序会提示是否立即启动分析,选择“否”,先保存scores文

件｡然后选择,运行MrModeltest,就得到模型数据了｡一种是基于hLRT 标准选择的模型,另一种是基于AIC标准选择的模型,一般选择AIC标准｡

4.3添加模型参数,添加到建树的文件 .nex｡

5 使用PAUP软件重建ML树（运行时间较长）

将用AIC标准选择的模型参数直接拷贝到Nexus文件的最后｡

参数设置:

set criterion=likelihood 转化为似然法｡

outgroup 1 2 …….设定外类群

bootstrap nreps=1000 keepall=yes brlens=yes 此命令设定循环次数为1000次(具体次数可根据实际情况自定),保存枝长｡

describetrees 1/plot=both brlens=yes 此命令设定了描述树的方式,即phylogram和cladogram均显示,显示枝长｡

最后用 savetrees from=1 to=1000 保存树｡

6 贝叶斯树

6.1在Nexus文件的最后加入一个MrBayes block｡(MEGA输出Nexus格式文件不能被Mrbayes识别,因此要进行修改)

格式修改前：

格式修改后：

6.2运行mrbayes.exe,在命令行界面中输入转换或者修改的Nexus文件,点击回车,最后生成 *.tre,即最终的BI树｡用Figtree 查看生成 .tre

在运行1000代后都会显示 Average standard deviation of split frequencies｡

注：当这个值 < 0.01 时,说明两次运行的结果差异显著,Convergence 已经达到,这时可以输入 no 终止运行;这个值<0.05也可以,但不能>0.05。