高通量测序法检测胃癌患者融合基因LRP5_LITAF_徐晓凤
基于高通量测序技术的癌细胞突变谱分析
基于高通量测序技术的癌细胞突变谱分析癌症是一种恶性肿瘤，致死率较高，对人类生命健康造成了严重威胁。
虽然目前已有很多癌症治疗方法，但其有效性和可靠性仍面临挑战。
因此，研究癌症发生的机理以及癌细胞的基因变异情况，对探索癌症治疗新途径和提高治疗效果具有重要意义。
近年来，高通量测序技术的出现，为癌细胞突变谱分析提供了更为有效和高精度的方法，有助于我们深入了解癌症的病理生理和治疗方法。
高通量测序技术概述高通量测序技术是近年来快速发展的一种基因组学技术，也称为DNA测序，其主要目的是通过对样本DNA进行高速并行测序，实现全基因组捕获信息的获取和基因组结构、功能、调控等信息的研究。
应用领域十分广泛，包括全基因组测序、转录组测序、表观基因组测序等多个领域，尤其在癌症研究中表现突出。
高通量测序技术的主要优点是高灵敏度、高分辨率、高覆盖度、高可重复性等，能够在短时间内产生大量数据，对于细胞突变谱分析这种众多突变位点的分析更为有利。
癌症基因突变分析癌症是一种由癌细胞形成的疾病，其本质是由非正常细胞的不断增殖和积累所导致的。
癌症的发生与细胞基因组的变异密切相关，基因突变是其中主要的一种变异形式。
在人类基因组中，存在着很多与癌症相关的基因，其中部分基因的突变将直接参与到癌症的发生和发展中。
如TP53基因在各类癌症中均有较高的突变率，BRCA1/2基因则与乳腺癌相关。
对这些基因进行基因突变分析，有助于我们进一步认识其在癌症中的作用和表达机制。
癌细胞突变谱分析癌细胞的基因突变在癌症的发生和发展中起着重要作用。
癌症细胞会经历一系列基因突变事件，这些事件形成了细胞的突变谱。
癌症细胞的突变谱是由突变类型、频率等多个方面所构成的，通过对突变谱的分析，我们可以更深入地认识癌症的形成机理，将有助于我们制定针对性的治疗方案。
癌细胞突变谱分析的一般流程包括对肿瘤样本和正常纯化细胞进行高通量测序、突变检测、筛选、统计、比较等步骤。
例如，进行单碱基多态性和核苷酸替换的突变分析，有利于发现潜在的癌症驱动因子基因和突变机理。
二代基因测序技术在胃癌病理临床分析中的应用价值
二代基因测序技术在胃癌病理临床分析中的应用价值聂尊珍;郭英【期刊名称】《山西医科大学学报》【年(卷),期】2022(53)4【摘要】目的探索二代基因测序技术(next-generation sequencing,NGS)在胃癌病理临床分析中的应用价值。
方法选取西安大兴医院病理科2019—2020年术前均未经治疗的胃腺癌样本15例,分别进行苏木精-伊红染色(hematoxylin-eosin staining,HE)、免疫组化染色、NGS检测,探索NGS在胃癌病理临床分析中的应用价值,并进行文献复习。
结果免疫组化染色结果发现1例错配修复(mismatch repair,MMR)蛋白表达缺失,同时伴有原癌基因人类表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor-2,HER2)强表达,与NGS检测结果一致。
NGS检测发现1例罕见的BRIP1胚系突变,同时发现高频体细胞突变亚型包括TP53(11/15,62.5%)、MUC6(4/15,26.7%)、MUC16(4/15,26.7%)、CRP1B(4/15,26.7%)、PIK3CA(3/15,20%)等,另外在具有胃癌遗传特征的3例患者中发现TP53、CDH1、CDH9、MUC6和MUC16等体细胞突变。
随访15例患者,11例无病生存,4例死亡。
结论二代基因测序技术能同时、高效筛查出胃癌中多种基因、多位点或不同方式的基因突变,为胃癌的临床诊疗提供实验室依据。
【总页数】7页(P396-402)【作者】聂尊珍;郭英【作者单位】西安大兴医院病理科【正文语种】中文【中图分类】R735.2【相关文献】1.二代测序与分子克隆测序技术在HBV X基因准种变异研究中的应用及差异分析2.二代测序技术检测鼻咽癌相关基因突变与临床病理特征关系分析3.宏基因组二代测序技术检测脑脊液在结核性脑膜炎诊断中的应用价值的Meta分析4.肺泡灌洗液宏基因组二代测序技术在重症肺炎患者中的临床价值5.气管镜下宏基因组学二代测序技术在肺癌鉴别诊断中的临床应用价值因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
胃癌高通量测序临床应用中国专家共识(2023年版)解读PPT课件
推动精准医学在胃癌领域的发展
要点一
建立胃癌精准医学体系
要点二
加强胃癌精准医学临床研究
基于高通量测序等组学技术，结合临床信息和生物标志物 等，建立胃癌精准医学体系，为患者提供个性化的诊疗方 案。
开展大规模的胃癌学在胃癌领域 的广泛应用。
02
高通量测序技术在胃癌研究 中的应用
基因变异检测与分析
高通量测序技术可以检测胃癌细胞中 的基因突变、插入缺失、拷贝数变异 等多种类型的基因变异，有助于深入 了解胃癌的基因组特征。
基于高通量测序技术的基因变异检测 ，可以实现对胃癌的早期诊断、个性 化治疗和预后评估。
转录组学研究
转录组学是研究细胞中基因转录产物 及其调控规律的学科，高通量测序技 术可以全面、准确地检测胃癌细胞中 的基因表达谱。
02
在变异注释的基础上，检测驱动基因中的突变情况，包括突变
类型、频率和位置等。
驱动基因突变验证
03
利用独立样本或实验方法对检测到的驱动基因突变进行验证，
确保其准确性和可靠性。
临床意义解读及报告
1 2 3
临床意义解读
结合患者临床信息、病理分期、治疗反应等，对 检测到的驱动基因突变进行临床意义解读，为患 者提供个性化治疗建议。
加强质量控制
建立严格的质量控制体系，对测序平台、试 剂、数据分析流程等进行定期评估和监控， 确保高通量测序数据的稳定性和可靠性。
加强多组学数据整合分析
推动多组学数据共享
建立多组学数据共享平台，促进不同来源、 不同类型的数据整合和共享，提高数据的利 用效率和价值。
加强多组学数据分析方法 研发
针对胃癌高通量测序数据的特点，研发高效 、准确的多组学数据分析方法，深入挖掘数
高通量测序在癌症患者精准诊疗中的临床应用
肺癌靶向治疗成果参加16th WCLC交流
Poster1: Xiaochun Zhang, et al. Clinical Effects of Icotinib for Brain Metastasis in Chinese Non-Small Cell Lung Cancer Patients Harboring an EGFR Mutation. Journal of Thoracic Oncology 2015; 10(9): suppl 2 S644. Poster2: Xiaochun Zhang, et al. Efficacy and Tolerability Analysis of Icotinib in EGFR Mutation Positive and Unknown Advanced NSCLC Patients from Eastern Coastal China. Journal of Thoracic Oncology 2015; 10(9): suppl 2 S524.
8.6%
114例患者肿瘤类型构成
NGS检出常规驱动基因以外其它治疗靶点
Xiaochun Zhang, et al. J Clin Oncol 2015; 33 (15): suppl e22066.
肿瘤组织NGS检测
其它治疗靶点
PTEN EGFR PIK3CA HER2 BRCA1/2 FBXW7 others（n≤3）
诊断 右肺腺癌 cT1N3M1 Ⅳ期
肿瘤活检组织基因检测（ARMS PCR/qPCR)
检测项目 EGFR Kras ALK Ros1 HER2 c-MET VEGFR1 VEGFR2 VEGFR3
检测内容 18、19、20、21外显子 2、3外显子 基因融合 基因融合 扩增 扩增 mRNA表达 mRNA表达 mRNA表达
PCR—SSCP法检测胃癌P53基因突变
PCR—SSCP法检测胃癌P53基因突变
姜海行;韩萍
【期刊名称】《广西医科大学学报》
【年(卷),期】1996(013)003
【摘要】应用多聚酶链反应和单链构象多态性分析法（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）检测
１９例冰冻胃癌组织Ｐ５３基因第７外显子ＤＮＡ片段扩增及突变情况，同时应用免疫组化法（ＩＨＣ）检测相应胃癌石蜡包埋组织中Ｐ５３蛋白的表达。
结果发现４例（２１．１％）胃癌组织Ｐ５３基因第７外显子发生突变。
而Ｐ５３蛋白表达率达４７．４％（９／１９）。
Ｐ５３基因突变及Ｐ５３蛋白表达与肿瘤发生部位、组织学类型、淋巴结转移及肿瘤分期无关（Ｐ＞０．０５）。
提示在胃癌发生和演变过程中，Ｐ５３基因突变是重要事件，其中第７外显子是突变热区之一。
【总页数】3页(P14-16)
【作者】姜海行;韩萍
【作者单位】广西医科大学第一附属医院;广西医科大学第一附属医院
【正文语种】中文
【中图分类】R735.202
【相关文献】
1.应用PCR-SSCP法检测乳腺癌患者血中p53基因突变 [J], 肖晓光;王晶;刘新元
2.用PCR-SSCP及DNA测序法研究胃癌p53基因突变 [J], 徐珊;单祥年
3.银染PCR—SSCP法检测食管癌P53基因突变 [J], 崔爱玲;李建忠
4.免疫组化、PCR—SSCP共同检测同源胃癌组织K—ras／P21及p53基因突变[J], 陈言东;党彤;等
5.PCR-SSCP银染法检测吸烟大鼠肺组织p53、K-ras基因突变 [J], 薄其付;王晓丽;李若葆;王金平;李洪先
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高通量测序技术在癌症研究中的应用
高通量测序技术在癌症研究中的应用随着科技的迅速发展，高通量测序技术应用广泛，特别是在癌症研究中。
癌症是一种与基因有关的疾病，而高通量测序技术能够帮助研究人员更深入地了解癌症的基因变异及其影响，从而提高对癌症的治疗和预防水平。
一、高通量测序技术介绍高通量测序技术，又称为下一代测序技术，是近年来一种新型的基因测序技术。
与传统的Sanger测序相比，高通量测序技术更加快速、准确、可靠。
它的主要特点是利用高通量并行测序技术，将待测DNA片段分离出来，通过高通量并行化比对技术，得出测序结果。
二、癌症基因检测高通量测序技术可以用于检测基因及突变，因此在癌症研究中应用得非常广泛。
在过去，通过基因学研究癌症主要是通过单一基因进行研究，但是高通量测序技术的出现使研究人员能够同时针对多个基因进行研究。
这样，研究人员可以从整个基因组层次上了解癌症的基因表达及其突变。
三、个体化癌症治疗通过高通量测序技术在癌症研究中所得到的信息，可以使得癌症治疗能够更加个体化。
针对癌症患者的基因突变情况，研究人员可以根据不同的情况来制定相应的治疗方案。
这样，患者将得到更好的治疗效果，并减少治疗过程中的副作用。
四、基因编辑技术基因编辑技术是近年来发展迅速，是将CRISPR/Cas9等基因修饰工具与高通量测序技术相结合的结果。
基因编辑技术本身可使科学家删除、插入或更改相关基因表达。
这些改变可以帮助我们了解癌症发生的机制，以及如何避免或治疗这种疾病。
五、未来方向未来，随着高通量测序技术的不断进步和发展，我们将能够更加深入地研究癌症。
这些新的发现将不仅有助于改进癌症的诊断和治疗方法，也将有助于将癌症治疗引向更加精准的方向。
总之，随着高通量测序技术的应用，我们能够更加深入地了解癌症的基因变异及其影响，从而针对癌症制定更加个性化和有效的治疗方案。
未来，高通量测序技术将继续在癌症研究中发挥积极的作用，推动癌症治疗技术向前发展。
基于高通量测序技术的肿瘤分子诊断研究
基于高通量测序技术的肿瘤分子诊断研究在传统医学诊疗中，肿瘤的诊断和治疗都是依赖于组织学和临床表现的，但是这种方式仅凭所取得的数据和信息很难对肿瘤进行更深入的分析和研究。
随着现代科技的不断发展，高通量测序技术的应用已经深入到肿瘤诊疗的各个环节中，从分子水平上为肿瘤的诊断和治疗提供了坚实的支持。
本文将从高通量测序技术在肿瘤分子诊断中的应用和发展进行探究，以期为肿瘤治疗的进一步研究提供一定的参考。
第一部分：高通量测序技术简介高通量测序技术，顾名思义，就是一种高效率、大规模的DNA序列读取技术。
它最初的发展主要是服务于基础研究领域，但观察到该技术能够读取大量的DNA序列，近年来，高通量测序技术的应用开始扩展到疾病的诊断和治疗领域。
现在，高通量测序技术除了在相关研究领域发挥着重要作用外，也成为了疾病基因检测和诊疗的重要方法之一。
第二部分：高通量测序技术在肿瘤分子诊断中的应用高通量测序技术在肿瘤分子诊断领域有着广泛的应用，其中，基于高通量测序技术的DNA测序和RNA测序是两种常见的技术。
DNA测序：这是一种将全部基因组的DNA序列进行测量和分析的技术。
当引入肿瘤组织的DNA样本到高通量测序仪后，高通量测序仪就会将样本拆解为单独的DNA碎片，并将它们分别读取。
这些DNA碎片的读取称为“reads”(读数)。
高通量测序技术通常会产生上百万到数十亿个reads。
RNA测序：这是一种分析全转录组的RNA序列的技术。
肿瘤细胞中基因的表达会发生很大变化，并致使其RNA的表达水平也会发生变化。
基于RNA测序技术进行的转录组分析可以用来寻找这些基因差异表达，这有助于识别致癌基因的表达以及相关的生物过程。
第三部分：高通量测序技术在肿瘤分子诊断中的优势高通量测序技术在肿瘤分子诊断中的优势有很多，其中以下三点是显著的：准确性：高通量测序技术的读取要求峰值信噪比高于基准值，也就是说，它需要高度准确的读取。
高通量测序技术比传统的Sanger测序技术更可靠和准确。
胃癌患者P53血清学和免疫组化联合检测的临床意义
胃癌患者P53血清学和免疫组化联合检测的临床意义韩峰;奉典旭;沈江帆;王宝华【期刊名称】《中华临床医药杂志》【年(卷),期】2001(002)009【摘要】目的:探讨胃癌患者P53血清学和免疫组化联合检测的临床意义.方法:本组包括62例手术治疗的胃癌患者.ELISA法测定患者外周血和门静脉血P53抗体;免疫组化法检测胃癌组织中突变P53蛋白.结果:外周静脉血途径检测P53抗体阳性3例(4.8%,3/62),阳性率显著低于门静脉血途径阳性率(35.5%,22/62)和肿瘤组织P53蛋白阳性率(48.4%,30/62)胃癌术后早期复发者门静脉血P53抗体阳性、胃癌组织P53蛋白表达均显著高于未复发者.结论:联合门静脉血和癌组织P53突变检测可能有助于判断胃癌患者的预后.【总页数】3页(P22-24)【作者】韩峰;奉典旭;沈江帆;王宝华【作者单位】上海普陀区中心医院,普外科,200062;上海普陀区中心医院,普外科,200062;上海普陀区中心医院,核医学科,200062;上海普陀区中心医院,病理科,200062【正文语种】中文【中图分类】R73【相关文献】1.应用免疫组化技术检测胃癌组织p53、c-erbB-2、p21、nm23基因表达产物及其临床意义 [J], 李东复;陈永胜;李海生;王亮;卢琳琳2.胆管癌患者p53血清学和免疫组化联合检测的临床意义 [J], 丁谷华;孔雷;奉典旭;王宝华;蔡瑞霞;沈江帆;韩峰3.萎缩性胃炎血清学指标与基因p53、bc1-2联合检测的意义 [J], 徐光辉;刘斌;王泽衍;柏乃运;吴奇;王娟;仇敏洁4.p53、β-连环蛋白与IL-10联合检测对EB病毒相关性胃癌患者的预后评估的临床研究 [J], 汪维佳;廖志波5.免疫组化联合检测PLK1、p21和p53蛋白预测TP53基因状态：一个独立的乳腺癌预测因子 [J], Watanabe G;Ishida T;Furuta A;魏开鹏;邱建龙因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
高通量基因测序在胃肠道恶性肿瘤中的临床意义
高通量基因测序在胃肠道恶性肿瘤中的临床意义中文摘要转移患者基因突变率。
XRCC1基因和UGT1A1基因与是否有肝转移有统计学差异（P<0.05），有肝转移患者突变率为50.0%和56.3%，显著高于无肝转移患者。
（4）47例肠癌患者的中位PFS为10.5个月，OS为11.3个月。
经统计发现，在肠癌高通量测序基因中，KRAS基因突变与肠癌患者的PFS和OS有统计学差异(P<0.05)，无KRAS基因突变的患者中位生存期较长；同时发现，GSTM1基因和NQO1基因的突变与肠癌患者的OS有统计学差异(P<0.05)，两种基因无突变的患者OS较长。
其余基因突变与肠癌患者的PFS、OS无统计学差异（P>0.05）。
【结论】1.在胃癌中，APC基因、GSTP1基因、HER2基因、CCEN1基因、TYMS 基因、CYP3D6基因、UGT1A1基因和GSTM1基因的突变与胃癌患者的性别、分期、分化程度、高危因素和远处转移临床病理特征有密切关系。
无APC基因突变和无TP53基因突变的患者中位生存期较长。
2.在肠癌中，APC基因、HRAS基因、XRCC1基因及TYMS基因、FAT1基因、ERCC2基因、CHEK2基因、CDK12基因、BMPR1A基因、BLM基因、DPYD基因、AMER1基因、UGT1A1基因的突变与肠癌患者的性别、分期、病理类型、部位、分化程度、高危因素和远处转移临床病理特征有密切关系。
KRAS基因、GSTM1基因和NQO1基因无突变的患者生存期较长。
通过高通量基因测序发现基因突变与胃肠道肿瘤临床病理特征及生存期方面有密切关系，有助于了解患者基因状态，并可能为靶向治疗提供新的指导和方法。
【关键词】胃癌；肠癌；基因；病理特征；临床意义作者：吴秀珍指导老师：朱春荣The Clinical significance of high-throughput genesequencing in gastrointestinal cancerAbstract【Objective】The aim of this study was to investigate the relationship between the gene and the clinicopathological features by high-throughput gene sequencing in patients with gastrointestinal cancer, and to explore the relationship between the gene sequencing in the development,diagnosis and prognosis of gastrointestinal cancers.【Methods】 We retrospectively analyzed 79 cases of gastrointestinal cancer patients,who were treated in Suzhou University First Affiliated Hospital from December 1, 2013 to September 30, 2016.In the 32 cases of gastric cancer, including 23 males and 9 females; aged from32 to 74 years old, the median age was 61 years old.In the 47 cases of intestinal cancer, including 22 males and 25 females, aged from 27 to 72 years , The median age was 59 years old.The diagnosis of these patients were clear by the pathological examination and were received whole blood high-throughput gene sequencing.Through analyzing the correlation the gene sequencing results and pathological features to study its relationship and clinical significance.【Result】1. In gastric cancer(1) APC gene mutation in the sex and staging were statistically significant (P <0.05). There were 4 cases of APC gene mutation in female patients.The mutation rate was 44.4%, which was significantly higher than the APC gene mutation rate (8.7%) of male patients.The rate of APC gene mutation (41.7%) in patients with stage IV gastric cancer was higher than that in patients with stage III gastric cancer (5.0%). The mutation rate (0.0%) of GSTP1 gene in patients with stage IV gastric cancer was significantly lower than that in stage III gastric cancer (40.0%), the difference was statistically significant (P <0.05).(2) In the clinicopathological features of 20 cases of postoperative patients,the poorly differentiated carcinoma and medium-poorly differentiated carcinoma were closely related to the mutations of HER2 gene, CCEN1 gene, TYMS gene, GSTP1 gene and CYP3D6gene. The mutation rate above five genes was statistically different (P <0.05).In the medium-poorly differentiated carcinoma,the mutation rate of HER2 gene was 88.9%, the mutation rate of CCEN1 gene was 44.4%, the mutation rate of TYMS gene was 66.7%, the mutation rate of GSTP1 gene was 66.7% .They were higher than that of poorly differentiated carcinoma.The mutation rate (0.0%) of CYP3D6 gene in medium-poorly differentiated carcinoma was significantly lower than that in poorly differentiated carcinoma (45.5%).In addition, postoperative patients with or without tumor thrombus in the postoperative vessel of the UGT1A1 gene and the GSTM1 gene mutation was statistically different (P <0.05).The mutation rate of UGT1A1 gene (100.0%) and the mutation rate of GSTM1 gene (80.0%) were higher in patients with tumor thrombus.(3) TP53 gene and the presence of liver metastases were statistically significant (P <0.05).Mutation rate (100.0%) was higher in patients with liver metastases than in patients without liver metastases (52.0%).(4)The median PFS was 8.8 months, the median OS was 9.0 months of the 32 patients with gastric cancer. The statistical analysis showed that the mutation of APC gene was statistically different (P <0.05) in progression-free survival (PFS),Patients without APC mutations had a longer PFS. But there was no significant difference in the overall survival time (P> 0.05). TP53 gene changes were significantly different in PFS and OS (P <0.05). Patients with no mutations in the TP53 gene had a longer median survival .The other genes in gastric cancer were no significant difference in PFS and OS (P> 0.05).2. In intestinal cancer(1) The difference between APC gene mutation and sex was statistically significant (P <0.05).he mutation rate of APC gene in male intestinal cancer patients was 72.7%, which was significantly higher than that in female patients (32.0%). The mutation rates of HRAS gene, XRCC1 gene and TYMS gene were correlated with pathologic type (P <0.05). HRAS gene in adenocarcinoma gene mutation rate was 97.7%, compared with non-adenocarcinoma ,the gene mutation rate is high.The mutation rates of XRCC1 and TYMS genes were 23.2% and 20.9% in patients with adenocarcinoma, respectively, which were significantly lower than those in nonadenocarcinoma patients. In addition, FAT1 gene, ERCC2 gene, CHEK2 gene and pathological stage difference was statistically significant (P <0.05).The mutation rates of these three genes in stage I-II colon cancer were 44.4%, 55.6% and 33.3%, respectively.higher than that the mutation rate (2.6%, 15.8%, 2.6%) ofstage III-IV. In addition, FAT1 gene and ERCC2 gene mutation were also statistically different (P <0.05). The mutation rate of right colon cancer gene was 33.3% and 50.0%, respectively, which was significantly higher than that of left colon cancer gene mutation rate of 2.9% and 14.3%.(2) In the 26 cases of postoperative intestinal cancer patients,The difference of CDK12 gene and BMPR1A gene in T stage was statistically significant (P <0.05). The mutation rate of T2 gene was 50.0% in patients with intestinal cancer, which was higher than that in T3 and T4.The postoperative patients with or without tumor thrombus in the postoperative vessel of the MLH1 gene mutation was statistically different (P <0.05).The rate of gene mutation (75.0%) was higherin patients with tumor thrombus.ERCC2 gene and FAT1 gene mutation in the N stage of the difference was statistically significant (P <0.05).These genes mutation rates in the N0 stage were 50.0% and 40.0%,which were higher than N1, N2 stage.BLM gene and DPYD gene mutation in intestinal cancer differentiation was statistically significant (P <0.05).The rates of genes mutation in poorly differentiated and moderate-poorly differentiated carcinoma was 33.3% and 55.6%, respectively, which were higher than those in medium differentiated carcinoma.(3) AMER1 gene and ERCC2 gene were significantly different in lung metastasis (P <0.05).The mutation rate of AMER1 gene was 37.5% and the mutation rate of ERCC2 gene was 62.5% in patients with lung metastasis, which was higher than that in patients without lung metastasis.There was significant difference between XRCC1 gene and UGT1A1 gene in liver metastasis (P <0.05).The mutation rate of XRCC1 gene and UGT1A1 gene was 50.0% and 56.3% in patients with liver metastasis, which was significantly higher than that in patients without liver metastasis (P <0.05).(4) The median PFS of 47 patients with intestinal cancer was 10.5 months and OS was 11.3 months. The results showed that the mutations of KRAS gene in PFS and OS intestinal cancer patients were statistically different(P<0.05).Patients with no mutation KRAS gene had a longer median survival.And found that GSTM1 gene and NQO1 gene mutation in intestinal cancer patients with OS were statistically different(P<0.05).The two genes had no mutations in patients with longer OS. The other genes in intestinal cancer were no significant difference in PFS and OS (P> 0.05).【Conclusion】1. In gastric cancer ,The mutation of APC gene, GSTP1 gene, HER2 gene, CCEN1gene, TYMS gene, GSTP1 gene, CYP3D6 gene, UGT1A1 gene and GSTM1 gene were correlated with sex, staging , differentiation , distant metastasis of clinical and pathological characteristics.The median survival time was longer in patients without mutation in APC gene and TP53 genes.2.In intestinal cancer, the mutation of APC gene, HRAS gene, XRCC1 gene and TYMS gene, FAT1 gene, ERCC2 gene, CHEK2 gene, CDK12 gene, BMPR1A gene, BLM gene, DPYD gene, AMER1 gene, UGT1A1 gene were significantly correlated with pathological type, location, differentiation, risk factors,distant metastasis of clinical and pathological characteristics.The median survival time was longer in patients without mutation in KRAS gene, GSTM1 gene and NQO1 gene.Through the high-throughput gene sequencing, it is found that gene mutation is closely related to the clinicopathological features and survival of gastrointestinal neoplasms, which is helpful to understand the gene status of patients and may provide new guidance and methods for targeted therapy.【Key words】 Gastric cancer; Intestinal cancerr; Gene; Pathological features; Clinical significanceWritten by ： Wu Xiu-zhenSupervised by ：Zhu Chun-rong高通量基因测序在胃肠道恶性肿瘤中的临床意义目录引言 (1)资料与方法 (3)1.一般资料 (3)2.方法 (3)3.评价指标 (3)4.随访 (3)5.统计学分析 (4)结果 (5)1.胃癌临床病理特征与基因的相关性分析 (5)1.1 32例胃癌患者临床病理特征与相关基因的相关性（表1-1） (5)1.2 20例胃癌患者术后病理特征与基因的相关性分析（表1-2-1，表1-2-2） (6)1.3 32例胃癌患者远处转移与基因的相关性分析 (7)1.4 胃癌相关基因与PFS和OS的相关性分析 (8)2.肠癌临床病理特征与基因的相关性分析 (9)2.1 47例肠癌临床病理特征与相关基因的相关性分析（表2-1-1，表2-1-2） (9)2.2 26例肠癌术后临床病理特征与相关基因的相关性分析（表2-2-1，表2-2-2） (11)2.3 47例肠癌转移与基因的相关性分析 (13)2.4 47例肠癌患者PFS、OS与相关基因的相关性分析 (14)讨论 (17)一、胃癌临床特征与相关基因 (17)1.与胃癌患者性别及分期相关的基因 (17)2.与术后胃癌分化及高危因素相关的基因 (18)3.与胃癌PFS、OS相关的基因 (19)二、肠癌临床病理特征与相关基因 (20)高通量基因测序在胃肠道恶性肿瘤中的临床意义1.与肠癌性别有关的基因 (20)2.与肠癌病理类型有关的基因 (20)3.与肠癌分期有关的基因 (21)4.与肠癌术后T分期、N分期、高危因素有关的基因 (22)5.与肠癌术后分化程度有关的基因 (23)6、与肠癌远处转移有关的基因 (23)7、与肠癌的PFS、OS有关的基因 (24)三、总结与展望 (24)结论 (25)参考文献 (26)综述 (33)参考文献 (36)中英文对照缩略词表 (43)致谢 (44)引言胃癌（GC）是世界上第五位最常见的癌症,死亡率更高居第三[1]。
胃癌高通量测序临床应用中国专家共识(2023年版)解读PPT课件
本文将从共识的背景与意义、高通量 测序技术在胃癌研究中的应用、共识 的主要内容等方面进行解读，重点阐 述高通量测序技术在胃癌临床实践中 的指导意义和应用价值。
02 胃癌高通量测序技术概述
高通量测序技术原理及流程
高通量测序技术原理
基于DNA片段得到海量序列数据。
03 胃癌高通量测序临床应用价值
早期筛查与诊断辅助
提高早期胃癌检出率
通过高通量测序技术，可以实现对胃癌相关基因变异的快速、准确检测，有助于在早期 阶段发现胃癌，提高检出率。
辅助诊断
高通量测序技术可以检测肿瘤组织中的基因突变、基因表达异常等，为胃癌的诊断提供 重要辅助信息。
个体化治疗方案制定依据
基因拷贝数变异检测
通过高通量测序技术，检测胃癌相关基因的拷贝数变异情况，如基因扩增或缺失。这些变异可能影响基因的表达和功 能，与胃癌的进展和预后有关。
基因融合检测
利用高通量测序技术，检测胃癌中可能存在的基因融合现象。基因融合可能导致新的融合蛋白的产生， 从而影响胃癌细胞的生长和转移能力。
数据质量控制与标准化处理
指导靶向治疗
高通量测序技术可以检测胃癌患者的基因突 变情况，为患者提供个性化的靶向治疗方案 。
预测化疗药物敏感性
通过对胃癌患者的基因表达谱进行分析，可 以预测患者对化疗药物的敏感性，指导临床 用药。
预后评估及复发监测
评估预后
高通量测序技术可以检测与胃癌预后 相关的基因变异，为患者提供预后评 估信息。
专家共识的重要性
为了规范高通量测序技术在胃癌研究中的应用，提高胃癌的诊疗水平，中国专家制定了《胃癌高通量测序临床应 用中国专家共识（2023年版）》。该共识对于指导临床医生合理应用高通量测序技术，推动胃癌精准医疗的发展 具有重要意义。
高通量测序技术在癌症诊断中的应用
高通量测序技术在癌症诊断中的应用癌症是目前人类面临的一大挑战，其中晚期癌症病人的疗效很差，其治愈率通常不超过30%。
因此，如何早期发现和诊断癌症，以实现早期干预和治疗，变得越来越重要，这也是医学领域的研究热点之一。
而高通量测序技术的出现，则为癌症早期诊断和个性化治疗提供了新的思路和方法。
高通量测序技术是一种能够在短时间内快速的监测DNA序列、RNA序列、蛋白质序列等生物大分子序列的技术。
这种技术在医学领域中特别应用于癌症的研究。
高通量测序技术可以快速检测基因的变异、表达水平等信息，从而准确判断癌症的类型以及患者的基因组信息。
例如，如果一个基因发生了突变，它可能成为肿瘤抑制基因或肿瘤促进基因，在不同的组织中可能会表现出不同的表达水平和不同的突变类型。
而高通量测序技术能够帮助研究人员快速筛选这些变异，从而准确地判断癌症类型并提供合理的治疗方法。
除此之外，高通量测序还能够提取出癌细胞塑形、信号传导、代谢、细胞凋亡等方面的信息。
例如，研究人员可以通过高通量测序技术检测癌症患者的血液样本，发现某些患者体内的血细胞发生突变，从而识别出这些患者。
可以使用基因检测技术来检测这些癌症的基础。
其中基因组测序在癌症研究方面表现出高度的可靠性和有用性。
通过基因组测序，人们能够快速分析几百个甚至几千个基因，从而了解基因的变异和基因的位置，进而进一步探索这些变异或基因的功能，帮助人们快速诊断癌症。
在基因组测序中，体细胞突变和肿瘤中去剪切突变的筛选，不仅可以用于癌症的早期诊断，还可以用于血液疾病的个性化治疗。
此外，研究人员可以通过分析肿瘤的DNA序列，探索出特定的癌症引发的突变和影响蛋白质调节的基因。
这些信息不仅可以加深对癌症的认识，还可以为开发新型的抗癌药物提供参考。
例如，利用高通量测序技术可以检测出癌症患者体内的一些先天性变异，在新药的设计中考虑到这些变异，可以有效提高药物疗效。
尚有一些临床研究表明，利用高通量测序技术识别癌症之前的标志物，为癌症的早期诊断和治疗提供了更可靠、全面的检测手段。
野生型p53对肝癌细胞POLD1基因表达及细胞恶性表型的影响
野生型p53对肝癌细胞POLD1基因表达及细胞恶性表型的影响韦长元;刘起理;廖柳凤;徐恒;谭晓虹【期刊名称】《世界华人消化杂志》【年(卷),期】2011(19)23【摘要】目的:探讨野生型p53对人肝癌细胞SMMC-7721细胞增殖和细胞恶性表型影响的一种可能机制.方法:设计并构建p53特异性小干扰shRNA绿色荧光真核表达质粒(p53-siRNA)和表达EGFP-p53融合蛋白的p53绿色荧光真核增强表达质粒(pEGFP-p53),通过脂质体Lipofection-2000介导转染,将表达pEGFP-p53重组质粒、p53-siRNA及空载体pEGFP-C1转染入SMMC-7721细胞;经G418筛选,获得稳定细胞系7721-p53、7721-C1;7721-p53RNAi、7721-NC.通过RT-PCR检测转染后p53、POLD1mRNA表达水平.通过生长曲线测定,克隆形成实验,了解SMMC-7721细胞在p53表达水平改变后细胞癌性的变化.结果:与人肝癌细胞SMMC-7721比较,转染质粒pEGFP-p53的野生型p53高表达组,p53mRNA 表达量增高,POLD1基因的表达量降低;而转染pGPU6/GFP/neo-p53i-769的p53低表达组,p53mRNA表达量降低,POLD1mRNA表达量增高,其他组较空白对照无明显变化.对高表达野生型p53的人肝癌细胞系SMMC-7721-pEGFP-C1-p53,低表达野生型p53的人肝癌细胞系SMMC-7721-pGPU6/GFP/neo-p53i-769,和普通人肝癌细胞SMMC-7721分别进行MTT和平板克隆形成实验.MTT结果发现:SMMC-7721-pGPU6/GFP/neo-p53i-769的细胞其生长速度比普通肝癌细胞的要快,而SMMC-7721-pEGFP-p53的细胞较普通肝癌细胞生长速度较慢.克隆形成实验结果显示:pEGFP-C1-p53、pGPU6/GFP/neo-p53i-769组克隆形成率分别为38.1%和72.6%,与普通肝癌细胞SMMC-7721的克隆形成率52.6%相比,均有统计学差异(P<0.05).结果显示:在人肝癌细胞SMMC-7721中,野生型p53高表达组能够抑制POLD1的基因转录,并抑制细胞增殖活性;而低表达组能够促进POLD1的基因转录,促进细胞增殖.结论:p53对POLD1的调控作用可能是p53对肝癌细胞增殖和细胞恶性表型影响的一种新的机制.【总页数】7页(P2443-2449)【关键词】SMMC-7721;POLD1;p53;RNA干扰【作者】韦长元;刘起理;廖柳凤;徐恒;谭晓虹【作者单位】广西医科大学附属肿瘤医院;广西医科大学医学实验中心【正文语种】中文【中图分类】R285.5【相关文献】1.p53对肝癌细胞株Hep3B P-糖蛋白表达和耐药表型的影响 p53对肝癌细胞株Hep3B P-糖蛋白表达和耐药表型的影响 [J], 韩雨生;梁力建;黄洁夫;明文玉2.顺铂对人肝癌细胞凋亡及相关基因野生型p53、p21WAF1/CIP1和c-myc表达的影响 [J], 刘登洋;马力3.野生型p53对SMMC-7721细胞中POLD1基因的影响 [J], 刘起理;谭晓虹;徐恒;韦长元;洪伟4.016 腺病毒介导的野生型p53基因表达使非小细胞肺癌细胞对辐射敏感而对正常肺成纤维细胞无影响 [J], 杨英5.肝癌细胞转染野生型p53基因稳定表达后肝癌细胞出现自发凋亡 [J], 张晓东;王文亮因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
胃癌的分子诊断与分期技术
胃癌的分子诊断与分期技术胃癌是一种常见的恶性肿瘤，占据了全球癌症死亡的第五位。
早期诊断和准确分期对于胃癌患者的治疗和预后至关重要。
近年来，随着分子生物学和生物技术的不断进步，胃癌的分子诊断与分期技术得到了迅速发展。
一、胃癌的分子诊断技术胃癌的诊断通常依靠组织活检或血清标志物的检测。
然而，组织活检具有创伤性、操作复杂以及可能出现假阴性结果等局限性。
因此，寻找非侵入性、准确性高且可重复使用的分子诊断技术变得尤为重要。
1. 基因表达谱分析基因表达谱是指在特定条件下细胞内基因转录产生mRNA的数量级别，在胃癌中可以通过芯片技术或深度测序等方法获得。
通过比较肿瘤组织与正常组织的基因表达谱差异，可以筛选出与胃癌相关的候选基因，并进一步验证其作为诊断标记物的效果。
2. 微小RNA检测微小RNA（miRNA）是一类短链非编码RNA，在胃癌发生和发展过程中起着重要的调控作用。
通过测定血液或组织中特定miRNA水平的改变，可以实现胃癌的早期诊断和预后评估。
近年来，一些特定miRNA如miR-21、miR-125b等已被证明与胃癌的发生密切相关。
3. 血清蛋白标志物血清蛋白标志物是通过检测血清中某些蛋白质的水平来判断是否存在胃癌。
例如，CA72-4、CEA、CA19-9等临床上常用于胃癌的辅助诊断指标。
这些标志物具有操作简便、成本较低等优点，但其敏感性和特异性仍然需要进一步提高。
二、胃癌的分期技术胃癌术前准确分期对于选择合适的治疗方案以及评估患者预后至关重要。
传统上，分期主要依赖于影像学检查和手术切取标本进行病理学分析。
而今，随着医学影像技术和分子生物学方法不断进步，胃癌的分期技术也得到了极大的提升。
1. 影像学分期技术影像学分期技术是通过对胃癌患者进行超声、CT、MRI等扫描，观察肿瘤形态、浸润深度和淋巴结转移等信息，从而确定肿瘤的分期。
近年来，多排螺旋CT在胃癌分期中的应用得到了广泛认可。
2. 微创手术辅助诊断随着微创手术技术的快速发展，如内镜超声、腹腔镜等技术在胃癌的诊断和分期中发挥着重要作用。
胃癌相关基因高效筛选及其快速检测的方法建立的开题报告
胃癌相关基因高效筛选及其快速检测的方法建立的开题报告一、选题背景胃癌是一种较为常见的消化系统肿瘤，其发病率和死亡率在全球范围内均较高。
经过多年的研究，人们已经逐渐了解了胃癌的病因、发展和治疗方法，但对于胃癌的诊断和预后评估等方面仍存在不少挑战和困难。
因此，开发一种高效的胃癌相关基因筛选和快速检测方法具有重要的临床意义。
二、研究内容本研究旨在建立一种基于新一代测序技术的胃癌相关基因高效筛选和快速检测方法。
具体研究内容包括以下方面：1.针对胃癌相关基因的筛选和优化通过检索大量文献和数据库，筛选出可能与胃癌发生有关的基因，对其进行多维度的生物信息学分析，优选出最具有潜在生物学意义的基因。
2.建立单个基因测序和多基因测序两种检测方法采用Sanger测序和新一代测序技术，建立单个基因测序和多基因测序检测方法，并进行检测方法之间的比较分析。
3.优化检测流程及评估方法建立一套高效的胃癌相关基因检测流程，并对检测结果进行评估，包括准确性、灵敏度、特异性等指标的评估。
三、研究意义本研究将为胃癌的早期诊断、预后评估和个体化治疗等领域提供有力的技术支持，同时也为胃癌相关基因的深入研究和相关疾病的发病机制探究提供新的思路和方法。
四、研究方法和技术路线1.目标基因筛选和优化采用生物信息学分析工具对已知的与胃癌相关的基因进行筛选和分析。
2.建立基因检测方法建立Sanger测序和新一代测序技术的检测方法。
3.优化并比较检测方法对建立的检测方法进行优化，对比比较两种方法的准确性、灵敏度和特异性等指标。
4.建立检测流程及评估方法建立一套高效的检测流程，对检测结果进行评估。
五、预期成果1.筛选出与胃癌发生相关的基因，建立相应的检测方法。
2.优化检测方法的准确性、灵敏性和特异性。
3.建立一套高效的检测流程及评估方法。
4.初步检测结果证实该方法可行，为胃癌及其他相关疾病的早期诊断和治疗提供技术支持。
六、研究难点和挑战1.筛选复杂的基因组和环境因素间的关系，需要综合运用生物信息学和实验手段。
实时荧光定量PCR检测九香虫血淋巴液对肿瘤细胞凋亡相关基因表达的影响
实时荧光定量PCR检测九香虫血淋巴液对肿瘤细胞凋亡相关基因表达的影响杨佳琪・2段小凤1徐小茜1田建霞1郭建军2（1.铜仁职业技术学院，贵州铜仁554300；2.贵州大学昆虫研究所/贵州山地农业病虫害重点实验室，贵州贵阳550025）摘要：为了检测九香虫血淋巴液对肿瘤细胞凋亡的影响，本试验制取2.45mg-L-1、12.26mg-L-1浓度的血淋巴液，将其分别作用至人乳腺癌MCF-7及人胃癌SGC-7901细胞，并采用实时荧光定量PCR方法对作用前后的肿瘤细胞凋亡相关基因表达进行检测。
结果显示，经血淋巴液处理后的2种肿瘤细胞Caspase-9、Bax及Caspase-3基因表达和对照组细胞相比有明显上升，Bcl-2基因表达明显下降。
关键词：九香虫；肿瘤细胞；实时荧光定量PCR；基因中图分类号：S-3文献标识码：A DOI：10.19754/j.nyyjs.20210330009九香虫作为传统药用昆虫已多次出现在临床药用上，近年来其对肿瘤细胞特有的功效引发学者们研究热潮，诸多学者对九香虫引起肿瘤细胞凋亡进行研究，结果证明，九香虫可引起肿瘤细胞凋亡，但其作用机制仍需进行试验研究［1，2］。
故本试验采用特异性强以及灵敏性较好的荧光定量PCR方法从mRNA上检测九香虫血淋巴液作用于肿瘤细胞以后凋亡相关的基因表达，以此探究九香虫血淋巴液引起肿瘤凋亡的机制。
1试验材料与方法1.1主要仪器与试剂主要仪器与试剂见表1o1.2试验方法1.2.1供试细胞的处理分别培养人胃癌SGC-7901细胞与人乳腺癌MCF-7细胞至指数生长期，采取倍比稀释方法，使得2种细胞浓度至107个•mL-'o具体处理浓度及加样体积见表2,放置二氧化碳培养箱中培养24h,利用0.25%的胰酶进行消化后，使用PBS缓冲液洗涤肿瘤细胞2遍。
1.2.2制备RNA及测定其浓度利用TR1zol方法制取肿瘤细胞RNA,并对RNA 完整性进行测定，条件控制设定为110V,20min。
高通量及单细胞测序技术对癌症免疫治疗副作用评估的影响
高通量及单细胞测序技术对癌症免疫治疗副作用评估的影响随着癌症免疫治疗的广泛应用，了解和评估治疗副作用对患者的安全至关重要。
传统的副作用评估方法存在许多局限性，包括低通量和不足以捕捉细胞异质性等问题。
然而，高通量及单细胞测序技术的出现为我们提供了全新的可能性，有效地评估癌症免疫治疗的副作用。
高通量测序技术是一种全基因组测序技术，可以快速高效地进行大规模测序。
该技术能够帮助我们深入理解免疫治疗对免疫系统的影响，并识别副作用与免疫细胞之间的关联。
通过高通量测序，我们可以获得大量的遗传信息，包括基因表达、突变、拷贝数变异等，从而更全面地评估免疫治疗引起的副作用。
单细胞测序技术是另一种能够重塑癌症免疫治疗副作用评估的新工具。
相比之前的测序方法，单细胞测序技术能够在细胞水平上进行高通量测序，帮助我们识别和描述不同免疫细胞群体的亚群。
这对于免疫治疗的副作用评估尤其重要，因为不同类型的免疫细胞可能对治疗产生不同的响应。
单细胞测序可以帮助我们了解患者的免疫系统如何在免疫治疗过程中发生变化，并识别可能与治疗副作用相关的免疫细胞类型。
通过应用高通量及单细胞测序技术，我们能够更好地了解免疫治疗副作用在个体水平上的异质性。
通过分析大规模数据，我们可以确定与治疗副作用相关的遗传变异和免疫细胞亚群，并建立副作用预测模型。
这种个性化的副作用评估方法可以帮助医生在治疗开始前就预测患者的副作用风险，从而更好地为患者调整治疗策略，提高治疗效果和减少副作用。
此外，高通量及单细胞测序技术还可以帮助我们深入研究癌症免疫逃逸机制，并识别与免疫治疗耐药相关的分子或免疫细胞标志物。
这些信息的获取将有助于开发新的免疫治疗策略，以克服或减轻副作用，并提高治疗效果。
尽管高通量及单细胞测序技术在癌症免疫治疗副作用评估中具有巨大潜力，但是也面临一些挑战。
首先，这些技术的成本较高，需要相对复杂的实验操作和分析流程。
其次，数据分析难度较大，需要开发更强大的生物信息学工具，以从海量的数据中提取有用的信息。
CEACAM6高表达在胃癌患者中的潜在临床价值
CEACAM6高表达在胃癌患者中的潜在临床价值李建棣;杨丽桦;何融泉;赖倩瑶;陈思智;陈传良;李建军;陈祖轩【期刊名称】《岭南现代临床外科》【年(卷),期】2022(22)3【摘要】目的CEACAM6可促进胃癌进展,但机制尚不明确,本研究旨在评价CEACAM6表达意义并初步探究其潜在分子通路。
方法下载胃癌芯片和高通量测序数据,提取并计算CEACAM6 mRNA表达值标准化平均差(SMD),结合人类蛋白质图谱免疫组化染色结果,从基因和蛋白层面验证胃癌CEACAM6表达水平。
用汇总受试者工作特征曲线法评估CEACAM6表达对甄别胃癌的潜在价值。
用基因差异表达分析鉴定胃癌中异常表达的CEACAM6共表达基因,并注释功能;基于富集通路构建蛋白质交互网络,寻找枢纽基因。
最后比较胃癌患者CEACAM6和枢纽基因突变。
结果本研究共纳入胃癌数据集24个,整合了来自世界各地的1531例胃癌组织样本及686例正常胃组织样本。
CEACAM6在胃癌组织中被明显上调[SMD=0.72(0.47~0.97)],对胃癌有中等区分能力[AUC=0.82(0.78~0.85)],但其高表达水平在不同性别、年龄及肿瘤分期的胃癌患者中无显著差异。
CEACAM6共表达基因显著富集于“中间丝细胞骨架”“金属离子跨膜转运活性”与“胰腺分泌”中。
SPRR3可能为CEACAM6共表达枢纽基因,与CEACAM6有明显突变互斥现象。
结论CEACAM6在胃癌中表达上调,可作为胃癌筛查和治疗潜在靶点。
【总页数】10页(P213-222)【作者】李建棣;杨丽桦;何融泉;赖倩瑶;陈思智;陈传良;李建军;陈祖轩【作者单位】广西医科大学第二附属医院肿瘤内科;广西医科大学第一附属医院肿瘤内科;广西医科大学第二附属医院普通外科【正文语种】中文【中图分类】R735.2【相关文献】1.弹力纤维及E-cad蛋白在胃癌患者中的表达及临床治疗指导价值研究2.弹力纤维及E-cad蛋白在胃癌患者中的表达及临床治疗指导价值研究3.癌胚抗原糖类抗原199在胃癌患者血清中的表达及临床价值4.胃癌患者IL-11和Survivin高表达的临床病理学意义及其在癌进展和生存预后中的作用5.胃癌患者VEGF、VEGFR2高表达的临床病理学意义及其在胃癌进展与生存预后中的作用因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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2． 1 胃癌患者 ＲNA 测序数据结果 在胃癌组织和 癌旁组织中共检测到 2 229 个显著差异的基因及约 15 000 个 FPKM ＞ 1 基因的表达，其中在癌组织中 1 590个基因上调，709 个基因下调。随机取 1 例胃 癌患者癌组织和癌旁组织，用 ＲNA 测序技术对其全 部基因 转 录 进 行 测 序，结 果 分 别 得 到 5． 36 Gb 和 6． 12 Gb 序列，且约 80% 测定的序列可以定位到参 考基因组，平均覆盖度分别达到 38． 63 X（ X 为覆盖 倍数） 和 43． 22 X，见表 1。
基因突变、基因异常表达和表观遗传变异被认 为 是 胃 癌 的 致 病 因 素。 大 规 模 进 行 ＲNA 测 序 （ ＲNA-sequencing，ＲNA-Seq） 可 以 识 别 单 个 样 本 中 整个基因表达和结构变化，且有助于描述细胞转录 组的全部特征，所以 ＲNA 测序技术是研究不同转录 本表达变异状况的革新工具［1］。本研究针对早期胃 癌患者癌组织和癌旁组织进行了 ＲNA 测序，并对数 据进行了生物信息学分析，鉴定出各种基因转录变异 （ mＲNA 表达水平和结构变化） ，以期了解胃癌的发病 机制。并通过测序分析及蛋白质电泳技术鉴定新融 合基因 LＲP5-LITAF 的表达。
1 材料与方法
1． 1 研究对象 收集 2013 年 6 ～ 12 月靖江市人民 医院普通外科就诊的早期胃癌患者 8 例，男 5 例，女 3 例，年龄 36 ～ 78 岁，术前均未进行放化疗及药物 治疗，且根据 全 国 胃 癌 协 作 组 制 定 的《胃 黏 膜 活 检 病理诊断 标 准 》经 过 病 理 组 织 学 确 诊。 其 中，贲 门
关键词： 胃癌； 转录组； 融合基因； LＲP5-LITAF； 高通量测序
中图分类号： Ｒ735． 2
文献标志码： A
Determination of LＲP5-LITAF fusion gene in gastric cancer by transcriptome analysis XU Xiao-fenga ，WANG Jian-jiangb ，YE Jin-songa ，XU Li-fangc ，ZHU Yun-linga ，TAO Lana ，XUE Ying-chunb （ a． Clinical Laboratory， b． Department of General Surgery，c． Department of Gastroenterology，Jingjiang People's Hospital，Jingjiang 214500，Jiangsu，China） Abstract： Objective To investigate the change of fusion gene levels in the development of gastric cancer，explore the possible pathogenesy of gastric cancer． Methods ＲNAs in tumor tissues and matched normal tissues in the patients with gastric cancer were performed sequencing using Illumina high-throughput sequencer，and the levels and structural variations of differentially expressed genes were analyzed． Ｒesults One thousand five hundred and ninety up-regulated and 709 down-regulated genes were detected in gastric tumor tissues． These differentially expressed genes were enriched in gene ontology（ GO） related to cell cycle and tumor invasion and proliferation． Moreover，LＲP5-LITAF fusion gene was found in 40% （ 2 /5） of gastric tumor tissues． Conclusion Many differentially expressed genes and LＲP5-LITAF fusion gene were identified in gastric tumor tissues，which provided the foundation for the diagnosis and therapy of gastric cancer． Key words： gastric cancer； transcriptome； fusion gene； LＲP5-LITAF； high-throughput sequencing
癌 6 例，胃体癌 2 例。于手术时冷冻采集新鲜胃癌 组织和癌旁组织（ 距离癌组织 ＞ 5 cm） 样本，于 ＲNA 保存管中 － 80 ℃ 保存。 1． 2 ＲNA 测序 取癌组织和癌旁组织，按照 Trizol 试剂（ Invotrogen 公司） 说明书进行总 ＲNA 的提取， 并用 Agilent 生物分析仪（ 美国安捷伦公司） 对其质 量进 行 评 估。按 照 Illumina 标 准 实 验 流 程，通 过 TruSeq ＲNA 样本制备包 （ Illumina 公 司，型 号： F 115 bp 短序列长度进行双末端测序。 由 Illumina 公司完成。 1． 3 测序数据过滤和比对 数据过滤过程中删除 带有接头污染和低质量值碱基的短序列。用 Bowtie2． 0． 0 软件和 Tophat1． 3． 1 软件以基因组 hg19 和 转录本参考序列（ 下载自 UCSC 数据库： http： / / hgdownload． cse． ucsc． edu / goldenPath / hg19 / ） 比对过滤 后的序列。如果序列比对到核糖体 ＲNA 或者线粒 体 ＲNA，则不纳入后续的分析。通过可视化软件基
发现 1 590 个基因上调和 709 个基因下调； 功能富集分析表明，这些差异表达基因富集于细胞周期、肿瘤侵入与扩散有关的基
因实体（ gene ontology，GO） 注释中； 且在约 40% （ 2 /5） 的胃癌患者的癌组织中发现融合基因 LＲP5-LITAF 。结论 发现了胃癌
发病过程中的大量差异表达基因及融合基因 LＲP5-LITAF，为胃癌的辅助诊断及靶向治疗提供了初步实验依据。
徐晓凤a，王建江b，叶金松a，徐丽芳c，朱蕴玲a，陶岚a，薛迎春b （ 靖江市人民医院 a． 检验科，b． 普外科，c． 消化 科，江苏靖江 214500）
摘要： 目的 了解胃癌发病过程中融合基因表达水平的变化，探讨其在胃癌的发病机制中的作用。方法 用 Illumina 高通量
测序仪对早期胃癌患者组织及匹配的癌旁组织进行 ＲNA 测序，以检测差异基因表达水平及结构变化。结果 在胃癌组织中
· 月第 32 卷第 11 期 Chin J Clin Lab Sci，Nov． 2014，Vol． 32，No． 11
DOI： 10． 13602 / j． cnki． jcls． 2014． 11． 08
·临床实验诊断研究·
高通量测序法检测胃癌患者融合基因 LＲP5-LITAF
定的序列不应定位到核糖体蛋白或小分子核糖核蛋 白（ snＲNP） 。用 Circos 软件（ http： / / circos． ca / ） 显示 初步鉴定出的融合基因所在的染色体位置。 1． 7 基因融合验证 根据 GenBank 中的融合基因 LＲP5-LITAF 序列号（ AB017498． 1 和 NM_001136473． 1） ， 用 Primer Premier 5． 0 软件设计，由上海生工公司合 成。正 向 引 物 序 列： 5'-TGGATGGCAGCACCCGGA3'； 反向引物序列： 5'-CTTCCCATCAGGCCCCGT-3'。 PCＲ 产物片段大小为 313 bp。PCＲ 反应总体系为 100 μL，包括 10 × PCＲ buffer（ 含 1． 5 mmol / L Mg2 + ） 10 μL，模 板 DNA 2 μg，5 U / μL Taq DNA 聚 合 酶 （ TaKaＲa Bio 公司） 2． 5 μL，200 μmol / L dNTPs 7． 5 μL，100 pmol / L 上、下游引物各 5． 5 μL，ddH2 O 补 足至 100 μL。PCＲ 循环参数： 94 ℃ 1 min； 94 ℃ 20 s，55 ℃ 20 s，72 ℃ 1 min，共 40 个循环。经 10 g / L 的琼脂糖凝胶电泳（ DYY-6C，北京六一仪器厂） 观 察并拍照。
样本 癌旁组织 胃癌组织
作者简介： 徐晓凤，1964 年生，女，主任技师，大学本科，主要从事分子生物学研究。
临床检验杂志 2014 年 11 月第 32 卷第 11 期 Chin J Clin Lab Sci，Nov． 2014，Vol． 32，No． 11
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因组浏览器（ IGV2． 0． 26，http： / / www． broadinstitute． org / igv / ） 确认测定序列比对的结果。 1． 4 差异表达基因检测 为了鉴定胃癌相关的差 异表达基因（ differentially expressed genes，DEG） ，本 研究用 Cufflinks（ 1． 0． 3） 软件计算每一百万个比对 上的序列片段中比对到外显子的每一千个碱基上的 短序列个数（ fragments per kilobase of exon per million fragments mapped，FPKM） 来进行基因表达定量。 肿瘤组织与癌旁组织之间的 DEG 用显著性标准P ＜ 0． 05 进行鉴定。同时，针对筛选出来的 DEG，通过 网络 工 具 DAVID （ http： / / david． abcc． ncifcrf． gov / ） 进行基因实体（ gene ontology，GO） 注释和 KEGG 通 路富集分析，富集的显著性标准为错误发现率（ false discovery rate，FDＲ） ＜ 0． 05。 1． 5 可变剪接事件检测 用 MISO 软件检测测序 样本的可变剪接事件。可变剪接的类型包括： 可变 3'剪接位点（ alternative 3' splice sites，A3SS） ，可变 5' 剪接位点（ alternative 5' splice sites，A5SS） ，互相排 斥的外显子（ mutually exclusive exons，MXE） ，内含子 保 留 （ retained intron，ＲI ） 和 外 显 子 跳 跃 剪 接 （ skipped exons，SE） 。按照如下条件进一步确定差 异表达的亚型： （ 1） 基因表达差值 ＞ 0． 2； （ 2） 贝叶斯 因子 ＞ 10； （ 3） 内含测定序列 ＞ 1，互斥测定序列 ＞ 1，内含测定序列和互斥测定序列总数超过 10。 1． 6 融合基因识别 通过 defuse 软件和 TopHat 软 件融合识别融合基因。defuse 软件过滤过程遵循文 献［2］中所述的方法。TopHat 软件鉴定融合基因的 过滤标准如下： （ 1） 载体衔接测定序列数 ＞ 3； （ 2） 测