(仅供参考)基因检测技术在个性化医疗中的应用

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位点:5个SNP位点
靶基因
CYP450 2C9 VKORC1
等位基因位点
430C>T(﹡2) 1075A>C(﹡3) 1080C>G(﹡5) 1173C>T -1639G>A
昶通医疗
华法林敏感性检测
◄ CYP2C9和VKORC1基因多态性——华法林敏感性
昶通医疗
◄ 细胞色素P450代谢细胞内药物反应 CYP2C19基因检测
昶通医疗
主要终点事件
血栓再发率
CYP2C19基因检测
研究数据表明:在接受氯吡咯雷治疗的人群中,CYP2C19基因突变者支架血栓形成和死亡风 险均显著高于非突变患者。
昶通医疗
CYP2C19基因检测
法国:2208个急性心梗患者 对于因为急性心梗而服用氯吡格雷的病人,那些携带CYP2C19基因突变(*2、*3、*4、
基因检测
结果分析/检测报告
4.血液病分子诊断 5.遗传学分子诊断检测
Βιβλιοθήκη Baidu
—慢性粒细胞白血病(CML)
—男性生精障碍&遗产病检测
BCR/ABL融合基因 表达阳性
Y染色体微缺失检测
AZF基因家族共有AZFa、AZFb、AZFc三 个座位,其中任何一个座位的微缺失都 可导致生精障碍
慢性粒细胞白血病检测标志 物,同时在ALL,AML等疾 病也有表达
doi:10.1136/heartjnl-2011-300867.316 Holmes DR, Dehmer GJ, Kaul S, et al. J Am Coll Cardiol 2010;56:321–41
第四节
肿瘤靶向药物基因检测
肿瘤晚的期病NS理CL分C的型治和疗分现子状分型
EGFR PIT3KKCA
—HBV高精度、HCV高精度、HBV分型与耐药、HCV分型
HBV基因(载 量)
耐药位点突变 (YMDD)
未突变或非耐 药位点突变
停用对应耐药 药物
可以继续使用 此类药物
8/28/2015
HCV基因(载 量)
HCV基因分型
制定治疗方案
第三节
个性化用药
20
个体化用药
循证医学
病人
A药
ADR
健康体系
B药
抗疟疾药
氯胍
抗真菌药
伏立康唑
孕激素
黄体酮
昶通医疗
CYP2C19基因检测
◄ CYP2C19不同基因型相关药物反应
质子泵抑制剂(PPIs) 神经类药物 抗真菌药物 抗血小板聚集药物
昶通医疗
CYP2C19基因检测
◄ CYP2C19基因分型与氯吡格雷用药剂量控制
p 氯吡格雷(波立维)是目前世界范围内使用最广泛的噻吩吡啶类抗血小板药,用于急 性冠脉综合征、冠脉支架术和冠心病的一级二级预防,可以减少心血管疾病患者心脏 病发作、卒中以及死亡的风险。
为什么要检测EGFR突变?
IPASS: 根据突变状态的疗效分析
Gefitinib EGFR M+ (n=132)
1.0
Gefitinib EGFR M- (n=91) Carboplatin / paclitaxel EGFR M+ (n=129)
Carboplatin / paclitaxel EGFR M- (n=85)
*5)的患者比非携带者有更高的心血管不良事件发生的风险。这种风险在做冠脉支 架术的病人中更为显著。
昶通医疗
CYP2C19基因检测
CYP2C19(*2, *3, *4, or *5)携带其中任何二个等位基因个体,比非携带者风险增加3.58倍!
昶通医疗
◄ CYP2C19基因检测指导氯吡格雷使用实践 CYP2C19基因检测
中国慢性乙肝治疗指南,20810版
精准的HBV载量检测更早发现病毒学突破
中国慢性乙肝治疗指南,2010版
精准的HBV载量检测更早发现病毒学突破
中国慢性乙肝治疗指南,2010版
精准的HBV载量检测更早发现病毒学突破
中国慢性乙肝治疗指南,2010版
HCV RNA的正确分型和精确载量检测是HCV治疗管理的 关键参数
耳聋基因 GJB2,SLC26A4,12SrRNA检测
GJB2的突变是导致先天性耳聋的主要原因; SLC26A4是导致迟发型耳聋的主要基因; 12SrRNA是导致药物性耳聋的主要基因。
0.8
Probability 0.6 of PFS
0.4
0.2
0.0 0
4
8
12
16
20
24
Time from randomisation (months)
影响EGFR基因突变检测结果的因素
Ø 肿瘤异质性 临床样本中肿瘤细胞与正常细胞混杂
遗传异质性
正常细胞混杂
42
Ø 常用检测方法
方法学
优势
局限
Sanger测序 焦磷酸测序 新一代测序 ARMS-PCR HRM 数字PCR 荧光原位杂交
l 疗效不同-浪费资源和时间 l 常见和不可预知的药物不良反应
循证医学
个体化医学
个体化用药
病人
分子诊断
目标药
ADR
l 量体裁衣治疗 l 提高疗效,减少不良反应
常见个体化用药检测: l 氯吡格雷多态性基因检测等 l 华法林敏感性基因检测等 l 阿司匹林用药基因检测等
21
◄ CYP2C9和VKORC1基因多态性——华法林敏华感法性林敏感性检测
◄ CYP2C19中国人群突变频率
CYP2C19基因检测
基因型 *1/*1(636GG,681GG
) *1/*2(636GG,681GA)
*1/*3(636GA,681GG)
*2/*2(636GG,681AA)
*3/*3(636AA,681GG)
*2/*3(636GA,681GA)
备注 EM
代谢 速度
昶通医疗
u细胞色素P450(Cyp450s)是改变药物化学结构以利于排 除的酶类。
u定位于肠壁、内皮组织、肝和其他组织的细胞内,有50 种以上的基因表达。
ucyp450结构,表达和功能的遗传差异导致药物和营养吸 收、清除的不同。
uCYP450系统主要有CYP1A2、2A6、2B6、2C、2D6、 2EI和3A等,它们分别占肝脏P450总量的13%、4%、 0.2%、20%、l-2%、7%和30%。
基因检测技术在精准医学中的应用
中山大学达安基因股份有限公司 阳梅芳 2015.8
目录
1 精准医疗与个体化医疗背景 2 感染性疾病分子诊断 3 个体化用药基因检测 4 肿瘤靶向药物基因检测 5 分子检测发展趋势
第一节
精准医疗与个体化医疗背景
3
1990-2003 30亿美元
人类基因组计划
基因组医学

IM

PM

中国人频率 (n=283)
42.4% 43.4%
14.2%
o 目前,在已发现的CYP2C19 25个突变等位基因中,至少有10个造成了酶活性的改变, 其中慢代谢型以CYP2C19﹡2、 CYP2C19﹡3为主,快代谢型以 CYP2C19﹡17为主。
o 检测﹡2、﹡3两个位点,可覆盖99%以上中国突变人群。
中国慢性乙肝治疗指南,2010版
HCV RNA的正确分型和精确载量检测是HCV治疗管理的 关键参数
丙型肝炎RGT治疗关键时间节点治疗
丙型肝炎RGT治疗关键时间节点治疗
关键治疗节点数据缺失--治疗4周/12周HCV RNA数据
• 丙肝治疗的路线图(RGT)策略是根据患者基因型、基 线病毒载量,以及治疗期间的病毒学应答情况判定的, 因此关键时间点数据对制定疗程和判断疗效至关重要
昶通医疗
◄ 临床上常用的经由CYP2C19代谢的药物
CYP2C19基因检测
血小板凝集抑制剂 氯吡格雷
质子泵抑制剂
奥美拉唑;兰索拉唑;泮托拉唑
抗抑郁药
氟西汀;西酞普兰;艾司西酞普兰;阿米替林;氯米帕明、西咪嗪;吗氯贝胺;曲米帕明;依替唑仑
抗癫痫药
安定;氯巴占;苯妥英钠;苯巴比妥;丙戊酸
抗肿瘤药
环磷酰胺
氯吡格雷无效风险大大增加, 易发生心血管事件。 考虑换用新药替格瑞洛(已在 国内上市)或普拉格雷 PCI术后联用其他抗血小板药 物,如西洛他唑,双联抗血小 板治疗改为三联治疗。
昶通医疗
SA Scott, K Sangkuhl, EE Gardner, et al. Clinical Pharmacology & Therapeutics 2011;4 accept Chen Hui, et al. Heart 2011;97:A107
精准医学概念
建立在了解个体基因、环境以及生活方式基础上, 预测疾病的易感性,对疾病进行特异性诊断,评估药物 的反应性,并依此为患病个体制定特异性治疗方案,真 正做到“精准用药”和“少用药”
精准检测
精准治疗
基因检测的目的
疾病诊断及分型
治疗及预后判断
风险预测
第二节
感染性疾病分子诊断
7
精准的乙肝治疗方案依赖精准的HBV-DNA检测
CYP2C19基因检测
快代谢 (*1/*1),45%
中间代谢
慢代谢
(*1/*2、*1/*3),40% (*2/*2、*2/*3、*3/*3),15%
CYP2C19基因对氯吡格雷 药效无影响。 ACS及 PCI术后使用常规 氯吡格雷剂量(75mg/d)
高血栓风险病人可考虑增 加剂量; PCI术后1周至1月内使用 双倍氯吡格雷剂量 (150mg/d),之后改为 75mg/d常规剂量;换用 替格瑞洛或普拉格雷
DDR2
EGFRvIII
EGFR1
未知
大细胞癌
腺癌
鳞癌
VEGFR AKT PDGFR
FGF R INSR
RET
EGF R
未知
B-raf
K-ras
鳞癌 腺癌
8/28/2015
病理分型
分子分型
EGFR信号通道
8/28/2015
EGFR基因突变检测是NSCLC靶向用药的必检项目
8/28/2015
EGFR酪氨酸激酶区突变种类
氯吡格雷只有在肝脏中转化为有活性的代谢产物后,才能激发药物活性。
昶通医疗
◄ CYP2C19基因分型与氯吡格雷用药剂量控制 CYP2C19基因检测
p 氯吡格雷(波立维)是目前世界范围内使用最广泛的噻吩吡啶类抗血小板药,用于急 性冠脉综合征、冠脉支架术和冠心病的一级二级预防,可以减少心血管疾病患者心脏 病发作、卒中以及死亡的风险。
基因分型金标准,测序长度 长
金标准,测序长度较Sanger 短
对样本要求肿瘤细胞含 量大于50%
不能做长片段分析
同时大规模平行测序,可反 映DNA丰度
检测灵敏度与测序深度 相关;已知驱动基因数 量有限
灵敏度高,可检测到肿瘤细 只能检测已知位点的突
胞中突变比例低于1%
变类型
灵敏度高,特异性强,扩增 和检测同时进行
华法林(Warfarin)在临床上常用于治疗血栓性疾病 ,是目前国 内外最常用的长效抗凝药,具有抗凝和溶栓的双重作用。
华法林血浆药物浓度和疗效存在明显的个体差异和种族差异。 ü 鉴别对华法林药物敏感性增加的患者 ü 能够快速确定华法林剂量范围 ü 保证疗效,减少出血风险。
美国FDA批准在使用Warfarin前需检测CYP2C9和VKORC1 等位基因状态
昶通医疗
◄华法林作用机理
昶通医疗
华法林敏感性检测
23
◄ CYP2C9和VKORC1基因多态性——华法林敏感性
凝血酶原时间 (PT) 国际标准化比率 (INR)
VKORC1、CYP2C9
更有效、迅速地调整华法林维持剂量 达到疗效的同时减少华法林的出血风险
Warfarin敏感性基因检测试剂盒
检测目的基因:CYP2C9 和VKORC1
• 病毒检测方法学 高敏感检测方法是丙肝疗效判定、RGT执行的关键因素
HCV RNA灵敏度可能导致部分pEVR患者被误判 为cEVR
16
pEVR误判为cEVR 可能导致所谓的“复发率” 升高
17
pEVR患者有必要延长疗程 延长HCV RNA阴 性维持时间有助于减少复发,获得SVR
18
感染性疾病分子诊断
灵敏度很高,高耐受PCR抑 制剂,绝对定量,分析自动 化,直接计算靶点突变率
根据图谱不能判断特异 性的变异体,需测序辅 助
核酸浓度高的样本不合 适,重复性差,目前用 于科研的较多
可多种标记荧光,空间定 对操作和判读要求比较
位,可以检测复杂核型

灵敏度 20% 10% 10% 1% 1%
0.001-0.0001% ~
检测的CYP2C19基因分型 *1(野生型) *2(c.681G>A) *3(c.636G>A)
S-美芬妥英羟化酶 正常酶活 酶丧失活性 酶丧失活性
东方人弱代谢表型 (PM)的99%以上
FDA建议药师可以通过检测CYP2C19的基因型来了解患者波立维的代谢能力,对于波立维 弱代谢者可给患者选用其它抗凝血药物。
43
基本流程
c.2573T>G (p.L858R)
标本
DNA测序
基于PCR技术
候选人群筛查
Re提al取-time实D时NAPCR
DNA测序 荧光PCR-优化寡核苷酸探针法
液相芯片
(Pyrosequencing)
焦磷酸测序
其它技术
双环引物与探针法
L858R(21外显子
Taqman-ARMS法
DNA提取
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