SSR亲子鉴定技术
ssr分子标记原理
ssr分子标记原理SSR分子标记原理引言：SSR分子标记（SSR molecular tagging）是一种用于分析和鉴定生物体内特定分子的技术。
它基于分子生物学和生物化学的原理，通过特定的标记物，可以在细胞、组织或体液中准确地检测和定位目标分子。
本文将介绍SSR分子标记的原理及其在科研和医学领域的应用。
一、SSR分子标记的原理SSR分子标记是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术。
它利用了DNA序列中的简单重复序列（simple sequence repeat, SSR），即由1-6个碱基重复组成的核酸序列。
SSR序列在基因组中广泛存在，具有高度变异性和遗传稳定性，因此可以作为DNA分子标记的候选序列。
SSR分子标记的原理可以简单概括为以下几个步骤：1. DNA提取：从样品（如细胞、组织或体液）中提取总DNA。
2. SSR标记物设计：根据目标分子的序列信息，设计特异性引物，引物的两端分别包含互补的SSR序列。
3. PCR扩增：利用PCR技术，使用设计好的引物对DNA进行扩增，扩增产物中包含了目标分子的序列和SSR序列。
4. 电泳分析：将PCR扩增产物进行电泳分析，根据SSR序列的长度变异性，可以将不同样品中的目标分子进行定性和定量分析。
二、SSR分子标记的应用SSR分子标记技术在科研和医学领域具有广泛的应用价值，以下是几个典型的应用案例：1. 遗传多样性研究：SSR分子标记可以用于研究不同物种或不同个体间的遗传多样性。
通过对多个基因座进行SSR分子标记，可以获得物种或个体的遗传背景信息，进而推断种群结构、基因流动和进化关系等。
2. 基因定位和图谱构建：SSR分子标记可以用于构建遗传图谱，帮助研究人员定位和克隆感兴趣的基因。
通过SSR标记物在遗传图谱上的位置，可以确定目标基因的大致区域，为后续的克隆工作提供有力的指导。
3. 疾病诊断和预后评估：SSR分子标记在医学诊断中的应用也日益广泛。
通过对特定基因的SSR序列进行分子标记，可以检测和鉴定与疾病相关的突变或多态性。
桃品种鉴定ssr分子标记法
桃品种鉴定ssr分子标记法咱们今天聊聊一个非常“厉害”的话题——桃品种的鉴定，尤其是通过SSRs（简单序列重复分子标记）来做鉴定。
说起来，这个技术啊，可能对很多人来说有点陌生，毕竟咱们平时吃桃子，大多数都是拿到超市随便挑个吃。
但是你想过没有，市面上卖的桃子，品种不一样，口感差距可大了！有些脆甜的让人一口接一口，而有些则是又酸又涩，让人一脸“嫌弃”。
这就是为什么桃品种鉴定这么重要的原因。
你看啊，桃子这东西，种类可多了。
就拿国内的桃品种来说，从脆桃、油桃、晚熟桃到各种各样的地方品种，都数不胜数。
你想，农民们辛辛苦苦栽培了一年，想卖个好价钱，结果一不小心把品种给搞错了，那可就麻烦了。
尤其是那些追求高品质、高产量的果农，桃子的品种准确性简直是关系到“生死存亡”的问题。
所以啊，这时候就需要一些科学的手段来帮忙了。
这时候，SSRs就像是咱们的“侦探”一样，帮忙解决了品种鉴定的问题。
SSRs其实是一种通过DNA标记来识别品种的技术。
你可千万别觉得DNA很复杂，咱们就用最通俗的话说，SSRs就像是给桃子做个“身份证”，把它的独特特征给记录下来。
有了这个“身份证”，以后咱们想知道这桃子是不是某个品种，就可以通过DNA来对比验证。
就像是你拿出身份证，警察叔叔一看，立马知道你是谁，哪里人，干啥的，身份一清二楚。
有了这种技术，桃品种的鉴定变得非常简单，精准度也大大提高。
要知道，传统的桃品种鉴定方法，往往是靠外观来判断。
问题来了，这外观差别有时候可大可小，特别是那些长得比较像的品种，几乎分不清楚。
有时候即使在同一个品种里，果实的形状、大小、颜色也可能有所不同，简直让人看得眼花缭乱。
不过，SSRs可不一样，它不看外表，专门从桃子基因的角度去识别。
你说这技术有多牛，是不是跟现代科技越来越亲密呢？再说了，咱们这个SSR分子标记法，操作起来也挺简单的，至少比以前那种繁琐的手工操作要方便得多。
咱们要从桃子上采集一些叶片，别看这叶片小小的，它的DNA可是藏得不少。
简单重复序列标记名词解释
简单重复序列标记（Simple Sequence Repeat，SSR）是一种基于PCR技术的分子标记技术，用于检测DNA序列中的重复序列。
这些重复序列通常由几个到几十个核苷酸组成，并且在基因组中以串联的形式重复出现。
SSR标记的原理是利用PCR技术扩增这些重复序列，并通过凝胶电泳或毛细管电泳检测扩增产物的大小，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。
SSR标记具有多态性高、重复性好、共显性等优点，因此在遗传学、基因组学、进化生物学和遗传育种等领域得到了广泛应用。
例如，SSR标记可以用于研究物种的遗传多样性、亲缘关系和系统发育，也可以用于基因定位和分子标记辅助育种。
在SSR标记的应用中，通常需要设计特定的引物来扩增特定的重复序列。
这些引物可以通过已知的基因组序列或EST序列来设计，也可以通过生物信息学的方法来预测和设计。
在PCR扩增后，可以通过凝胶电泳或毛细管电泳来分离扩增产物，并通过一些特定的软件来分析扩增产物的大小和数量，从而确定不同个体或种群之间的遗传多样性。
此外，SSR标记还可以用于法医鉴定、亲子鉴定和人类遗传学研究等领域。
例如，通过检测犯罪现场遗留的DNA样本中的SSR标记，可以确定犯罪嫌疑人的身份或亲缘关系。
在人类遗传学研究中，SSR标记可以用于研究人类基因组的遗传多样性和进化历程。
总之，简单重复序列标记是一种重要的分子标记技术，在多个领域得到了广泛应用。
随着技术的不断发展和完善，SSR标记的应用前景将更加广阔。
利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子纯度
利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子纯度
SSR（Simple Sequence Repeat）是一种遗传标记技术，可以用来判断植物基因型间
的差异。
本文将介绍如何利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子的纯度。
首先，选择一批种子，将其进行去壳、洗涤和晾干等处理。
然后，利用PCR扩增技术，通过引物对种子进行DNA分子的扩增。
在SSR分析中，需要针对选择的SSR位点进行扩增。
SSR位点是指基因组DNA序列中
的短重复序列，可以在同一物种的不同基因组DNA中显示出不同的长度变异。
因此，只有
在同一品种中，扩增出来的重复序列长度才会一样。
通过这种方式，可以鉴定出种子的同
质性。
在实验中，可以利用多态性SSR引物对扩增产物进行电泳分析，得到不同长度的DNA
条带。
根据电泳分析的结果，可以鉴定出种子的同质性。
同时，还可以利用亲本DNA鉴定方法，以确保扩增的DNA片段来自同一亲本。
亲本DNA鉴定可以通过对亲本DNA序列的比较来确定共同的SSR位点和DNA长度。
这样，可以
避免在PCR扩增过程中可能出现的意外结果或人为干扰等问题。
在SSR技术的应用中，一般会选择10-15个SSR引物，以确保结果的可靠性。
此外，
重复实验也可以减少数据误差。
通过以上步骤，可以利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子的同质性，保证种子的纯度，促
进西瓜甜瓜的品种改良与推广。
SSR分子标记
细胞通讯和信息传导
杨一 细胞通讯是指在生物体内细胞与细胞之间的联络、 识别以及相互作用称细胞通讯。 信息 传递是指通过受体将外来信号刺激传至胞内， 产生一系列新的信息分子和有规律的生化级联 反应，最终对细胞和整个生物体的生理功能进行调控的过程，称为受体介导的信息传递。 1. 细胞复杂的信息传导在生物学中有重大的意义： ① 细胞间的信息传递性是维持机体正常机能的基本机制之一 细胞是生物体结构和功能单位， 是生命活动的基本单位， 生命活动绝大部分生化反应是 在胞内进行的。大约在 15 亿年以前，结构简单的原核细胞演化成结构复杂的真核细胞，以 多个真核细胞为基础构成了高等的、复杂的、多细胞的生物有机体。多细胞生物学特点是细 胞产生了特化，同时又能协作，使众多细胞联合成一个协调的整体。多细胞机体内细胞间的 信息传递是维持机体正常机能的基本生物学机制之一。高等生化清楚可辨的特化细胞 200 多种，这些特化细胞具有很多微细差异构成了不同的细胞系统，在所有系统中有 2 个系统： 免疫细胞系统和神经系统。 ② 特化了的细胞的协作和协调 1）免疫细胞系统具有化学识别能力，能够识别“异己” ，消灭其致病作用，当病毒 细胞侵入体内，辅佐细胞提呈 TDAg、TiAg 激活 TC 介导细胞免疫应答(CML)、BC 介导细胞体 液免疫应答(Ig)消灭致病作用。ICC(免疫活性细胞)吞噬病毒、细菌，首先涉及到识别异己的 能力，如何识别并把信息传递给其它 ICC，这就涉及细胞通讯和信息传递问题。 2）神经系统功能是传递兴奋，它迅速将感受器⇌CNS，使多细胞高等生物适应周围 环境，且使 C 各部分协调一致。这种 IS 识别“异己”到消灭“异己” ，神经细胞传递“兴奋” 都属细胞通讯和信息传递范畴。 ③ 人体通讯的三大干线和两类信息物质及三种传递方式 假若大脑是人的通讯总站，人的细胞通讯和信息传递至少有 3 大干线： “硬线”NS； “软线” IS；经络系统。 目前， 了解比较深入的细胞外信息物质有两大类， 一类是甾体激素， 它们可以通过膜脂双层， 自由进入细胞与胞浆或核内相应受体反应，从而影响基因活动。另一类包括蛋白质、多肽、 生物胺等其它小分子，它们共同特点是不能通过脂双层，其信息传递方式有如下几种： 1）简单直接摄入，如 Na+、K+、ATP 酶转运细胞内 Na+、K+可视为特殊信息物 质、 影响细胞内代谢过程。 2）与载体蛋白结合后进入细胞、如 VitB12 和胆固醇。 3）通过受体跨膜信息传递。 2. 信息传递 ①信息传递——通过受体将外来信号刺激传至胞内， 产生一系列信息分子和有规律的生 化级联反应，最终对细胞和整个生物体的生理功能进行调控的过程，称（受体介导的） 信息传递。 ②信息分子——传递信息的媒介称为信息分子。 ③信息传递的方式，可分为： 1） 直接传递——如局部化学介质，在邻近小群 C 之间传递信息； 2） 间接传递——如激素细胞因子（第一信使）→膜 R 结合，活化，→偶联蛋白（G 蛋白）效应酶活化→级联反应→细胞功能性应答。
基于SSR优化反应体系的茄子亲子鉴定
基于SSR优化反应体系的茄子亲子鉴定王利英;乔军;石瑶;李素文【期刊名称】《山西农业科学》【年(卷),期】2011(039)008【摘要】利用分子标记SSR建立快速、准确可靠的纯度检测技术是控制杂交种纯度的有效措施.通过对茄子SSR反应体系进行优化,从40对备选引物中进一步筛选共显性多态标记,开展茄子的分子标记鉴定研究,试验结果显示,有7对SSR多态标记在2个杂交种及亲本中表现一致,且为共显性,条带清晰,可以作为茄子的亲子鉴定标记,便于明确父母本来源及杂交种纯度,提高育种效率.%To establish rapid and accurate purity detection technique using SSR marker is an effective measure for eggplant seed purity control. Seven primers were selected from 40 pairs of SSR, which gave stable and polymorphic amplification profiles. The amplification bands of hybrids were complementary with that of the parents. The SSR identification system established in this paper could be used to identify parents of eggplant and purity of hybrids seed rapidly for breeding efficiency improvement【总页数】5页(P782-785,790)【作者】王利英;乔军;石瑶;李素文【作者单位】天津科润蔬菜研究所,天津300384;天津科润蔬菜研究所,天津300384;天津科润蔬菜研究所,天津300384;天津科润蔬菜研究所,天津300384【正文语种】中文【中图分类】S641.1【相关文献】1.正交设计优化茄子SSR反应体系 [J], 韩洪强;李怀志;刘杨;陈火英2.基于CGE技术的甘蔗SSR-PCR反应体系优化 [J], 桂意云;陈忠良;秦翠鲜;汪淼;刘丽敏;李杨瑞;黄东亮3.基于CGE技术的甘蔗SSR-PCR反应体系优化 [J], 桂意云;陈忠良;秦翠鲜;汪淼;刘丽敏;李杨瑞;黄东亮;4.茄子基因组DNA提取及ISSR-PCR反应体系优化 [J], 杜黎明;毛伟海;包崇来;胡天华;朱琴妹;胡海娇5.茄子ISSR-PCR反应体系优化及验证 [J], 梁任繁;王益奎;李文嘉;黎炎;吴永官因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
ssr标记鉴定玉米品种亲子关系的研究
ssr标记鉴定玉米品种亲子关系的研究
玉米（Zeamays）是一种世界上最重要的作物之一，它的种植
正在发展日趋先进的科学技术，使育种学家和种子生产商能够利用抗性基因来改良植物的表型。
在维持品种的稳定性的同时，了解农作物的亲子关系非常重要。
最近，利用SSR（simple sequence repeats）标记鉴定了玉米品种的亲子关系，为基于DNA技术研究品种数据库提供了一种有效的方法。
SSR分析可以准确测定不同品种的亲缘关系，而且主要针对多拷贝的DNA序列，从而可以有效地提高特定基因的位点标记的检测精度。
为了评估SSR技术应用于玉米品种鉴定的有效性，在本研究中，我们选择了20个水稻杂交组合，并使用7个常用SSR标记。
本研究中使用的所有标记位点均可以有效检测玉米品种间的遗传分化和亲
子关系，检测率都非常高，达到97.5%。
此外，两个品种中样本间SSR 分型的多样性证明了这种技术能够有效地检测和鉴定玉米品种间的
亲缘关系。
本研究的结果表明，使用SSR标记鉴定玉米品种的亲子关系是一种有效的方法，并且具有优良的可行性和高分辨率。
同时，这种技术还可以有效地筛选出优良的单系杂交种，作为育种的起点，以提高新品种的性能。
从了解品种亲缘关系的角度出发，现实中利用SSR技术来进行玉米品种鉴定具有重要意义，为工程应用提供了基础材料。
今后研究中，
将有更多的SSR标记开发，才能满足不同品种研究者对SSR技术应用的要求。
总之，利用SSR标记鉴定玉米品种亲子关系具有可行性和高精度，能够有效改善玉米作物的育种工作。
未来，这种技术将持续发展，会为育种和遗传研究带来更多机会和收获。
SSR亲子鉴定技术
水产动物传统选育方法
不同家系分开繁殖 饲养在不同tank中
每个家系选择一部 分子代放于pond 或tank中混合饲养
待长到一定大小时 进行物理标记
一定时期后收获， 数据测量，不同家 系子代性状比较
传统物理标记方法的缺点： 需要个体长大一定大小时才能植入，之前各家系个体都必须 分开单独饲养，从而消耗大量的物力和财力； 家系前期的单独饲养时，不同缸之间会产生环境效应，影响
Genemap® 4.0 software
影响微卫星亲子鉴定的因素
1. 无效等位基因(Null allele) 的存在
Null allele指不被PCR 扩增的等位基因,常常是由引物结合
部位的点突变、插入或缺失引起，另外DNA模板质量不 好或者量太少也可能导致PCR失败。
微卫星是中性标记,遵循孟德尔遗传定律,即等位基因独立
合、稳定性好、遵循孟德尔分离定律、共显性遗
传、易于PCR 扩增等特点使其成为了作为亲子鉴
定的首选分子标记方法。
微卫星亲子鉴定方法已经广泛的用于鱼类遗传选
育项目中。
SSR分子标记的开发
PCR扫描法 菌落原位杂交法 富集法 EST筛查法Roche 454 焦 磷酸测序 Illumina Solexa 合成测序 ABI SOLiD 连 接法测序
此法常见于人类亲子鉴定 人类的血型通常分为 A 、 B 、 O 和 AB 四种。血型 的遗传借助于细胞中的染色体。ABO 血型系统的基
因位点在第 9 对染色体上。人的 ABO 血型受控于 A 、 B 、 O 三个基因，但每个人体细胞内的第 9 对染色 体上只有两个 ABO 系统基因，即为 AO 、 AA 、 BO 、 BB 、 AB 、 OO 中的一对等位基因，其中 A 和 B 基因为显性基因， O 基因为隐性基因。
利用ssr标记进行基因定位的方法
利用ssr标记进行基因定位的方法你知道基因吗？就是那些在我们身体里，像一本超级复杂的百科全书一样，决定了你我长得怎么样、喜欢吃什么、甚至哪儿最容易发胖。
嘿，说起来，基因定位可是个不小的工程。
不过，今天咱们不聊怎么找到那个“特别的基因”，而是聊聊一个特别有意思的工具——SSR标记！这种东西就像个“基因侦探”，能帮你快速找到基因的“住址”，简直厉害得不得了。
首先呢，得知道SSR是什么。
你别看它名字有点像是啥高大上的科学术语，其实它的全称就是“简单序列重复”。
简单来说，就是在基因组里那些重复出现的简单序列，就像你每天刷朋友圈看到的那些重复的广告一样。
不过，这些“广告”对科学家们可有大用武了！科学家发现，虽然它们看似简单重复，但它们的变化非常有意思，不同个体之间的重复序列数目可以大不相同。
这就是SSR标记的基础。
SSR标记如何帮助咱们定位基因呢？其实嘛，想象一下你去逛一个大市场，每个摊位上卖的东西不一样，但你特别有眼力，能通过摊位上独特的标志，立马知道这个摊位卖的是什么。
SSR标记就像这些“摊位标志”，它能帮助科学家准确地把某个基因的位置找出来。
更重要的是，它们不像其他基因标记那样需要过多的实验条件，操作起来特别方便，就像你在厨房里用个小小的刀具，轻松剁菜一样。
大家可能会问，咋用SSR标记进行基因定位呢？其实方法还挺简单的！咱们得先拿到研究对象的DNA，就像在市场上选个摊位，选定了之后就开始对这个DNA做个小小的“检查”。
这个检查可不是我们去体检，什么量血压什么的，而是用一种叫做PCR的技术，把DNA的特定部分做个放大。
通过放大，科学家就能看到那些SSR区域，数一数它们重复的次数。
别看这些重复的序列很简单，但它们在每个人、每个物种里都有很大的差异，甚至能区分出亲戚之间的差异呢！所以，科学家可以通过这些“标志”来确定一个个体的基因是否和另一个个体一致，甚至能够精准定位到特定的基因。
听起来是不是有点像侦探破案？没错！SSR标记的一个最大好处就是它非常灵活，适用于各种各样的物种。
SSR标记在亲本和孤雌生殖后代鉴定中的应用的开题报告
SSR标记在亲本和孤雌生殖后代鉴定中的应用的开
题报告
一、选题背景及意义
SSR (Simple Sequence Repeats)即单序列重复，在基因组中普遍存在，是基于反复序列的DNA分子标记。
SSR标记具有高度的可塑性、富集性、多态性等特性，广泛应用于分子遗传学研究、基因组学、育种和种质资源鉴定等领域。
亲本鉴定及孤雌生殖后代鉴定是应用SSR标记的重要研究方向。
亲本鉴定即通过分子标记技术鉴定有性繁殖物种中个体之间的亲缘关系，这在动植物育种过程中具有重要的应用价值。
而孤雌生殖后代鉴定则是指未经受精卵发育成熟的雌性个体所产生的后代的亲本鉴定，具有很高的理论兴趣和实际应用价值。
二、研究内容及方法
本研究以不同材料为研究对象，应用SSR技术对亲本鉴定及孤雌生殖后代鉴定进行分子标记，研究其在物种鉴定、种质资源利用、亲缘关系分析等方面的应用。
具体研究步骤如下：
1. 确定研究对象，收集有关材料，并进行DNA提取和PCR扩增。
2. 选择合适的SSR引物，进行PCR扩增和电泳分析，获得数据。
3. 运用分子遗传学及统计学方法，对SSR数据进行聚类分析、亲缘关系分析等，确定亲本关系和孤雌生殖后代的亲本。
三、预期结果及意义
通过本次研究，能够深入探究SSR在亲本鉴定及孤雌生殖后代鉴定中的应用，发掘分子标记鉴定技术在生物学领域的重要作用。
同时，结
果还将为物种保护、种质资源利用、育种、种子工程等领域提供一定的理论及实践依据。
SSR分析遗传多样性
SSR分析遗传多样性SSR（Simple Sequence Repeat，简称SSR），也称为微卫星分子标记，是一类单核苷酸序列的重复结构，广泛分布在基因组中。
SSR具有高度多态性、遗传稳定性好、易于分析和重复性高等优点，因此在遗传多样性研究中得到广泛应用。
首先，选择适当材料是进行SSR分析的基础。
一般来说，选择具有代表性的材料样本，包括不同种群、地理分布范围广等特点的样本，以最大程度地反映种群的遗传多样性。
样本采集时应注意确保样本的纯度，避免杂交或污染。
同时，还要保证样本数量足够，以提高分析的准确性与可靠性。
其次，进行实验方法。
SSR分析主要包括DNA的提取、PCR扩增和基因分型三个步骤。
DNA提取是获取样本基因组DNA的关键步骤，要注意选择适当的提取方法，以保证提取的DNA质量和纯度。
PCR扩增是从样本DNA中扩增出所需的微卫星DNA序列，需要根据相关文献选择适当的引物。
在PCR扩增过程中，要注意避免扩增偏倚，并进行质控措施以确保扩增产物的准确性。
基因分型是利用PCR扩增得到的扩增产物进行电泳分析，可以采用聚丙烯酰胺凝胶电泳或毛细管电泳等方法。
电泳分析结果可用于构建遗传图谱、计算遗传相似性和种群遗传结构等。
最后，进行数据分析。
根据电泳分析结果，我们可以计算各个样本的等位基因频率和遗传多样性指数等。
等位基因频率是指不同等位基因在样本中的占比，可以用于估计种群的遗传多样性和变异程度。
遗传多样性指数包括多态信息内容（PIC）、香农信息指数（I）和Weir&Cockerham's Fst等。
PIC是一种测量位点多态性的指标，I是一种描述群体内基因多样性的指标，Fst则是一种测量种群间基因流动程度的指标。
这些指标的计算可以借助计算机软件进行。
总结来说，SSR分析遗传多样性是一种重要的分子标记技术，其研究流程包括材料选择、实验方法和数据分析等步骤。
通过SSR分析，可以揭示不同种群之间的遗传多样性特征，为种质资源鉴定、基因组定位和保护物种等方面的研究提供重要依据。
SSR技术原理-方法及步骤
SSR技术1. SSR简介说明：简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)，简单重复序(SSR)也称微卫星DNA，其串联重复的核心序列为1-6 bp，其中最常见是双核苷酸重复，即(CA) n和(TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同，重复单位数目10-60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。
SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR 产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。
在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序列，称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守，可设计双引物进行PCR扩增，揭示其多态性。
SSR具有以下一些优点：(l)一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；(2)微卫星呈共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；(3)所需DNA量少。
显然，在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DNA序列的信息。
如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序。
SSR的分类：根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：1）完全型(perfect)，指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。
如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT；2）不完全型(imperfect)，指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3 。
如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT；3）复合型(compound) ，指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。
如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。
基于SSR优化反应体系的茄子亲子鉴定
Ｐ ｔｒ ｉ ｅｔ ｆ ｇ ｐ ａ ｔ（ ｏａ ｕ ｍｅｏ ｇ ｎ ． ａｅｎｔ Ｔ ｓ ｏ ｇ ｌｎ Ｓ ｌｎ ｍ ｌｎ ｅ ａＬ ） ｙ Ｅ
Ｂａ ｅ ｎ Ｏ ｐ ｉ ｉｅ Ｓ Ｒｅ ｃ ｉｎ Ｓ ｓｅ ｓ ｄ ｏ ｔｍ ｚ ｄ Ｓ Ｒ ａ ｔ ｙ ｔｍ ｏ
Ａｂ ｔ ａ ｔ Ｔ ｓａ ｌ ｈ ｒｐ ｄ ａ ｄ ａ ｃ ｒ ｔ ｕ ｉ ｅ ｅ ｔ ｎ ｔｃ ｎｑ ｅｕ ｉ ｇＳ Ｒ ｍａ ｋ ｒ ｓａ ｆ ｃｉｅ ｍｅ ｓ ｒ ｏ ｇ ｐ ａ ｔ ｓｒ ｃ ： ｏｅ ｔ ｂ ｉ ａ ｉ ｎ ｃ ｕ ａｅ ｐ ｒ ｙ ｄ ｔｃ ｉ ｈ ｉ ｕ ｓ Ｓ ｒ ｅ ｎ ｅ ｅ ｔ ａ ｕ ｅｆ ｒ ｇ ｌ ｎ ｓ ｔ ｏ ｅ ｎ ｉ ｖ ｅ ｓ ｅ ｕ ｔ ｏ ｔ １ Ｓ ｖ ｎ ｐ ｍｅ ｓｗｅ ｅｓ ｌｃｅ ｒ ｍ ０ ｐ ｉ ｆＳ Ｒ， ｈ ｃ ａ ｅ ｓ ｂ ｅ ａ ｄ ｐ ｌ ｍｏ ｐ ｉ ａ ｌ ｃ ｔ ｎ ｐ ｏｉ ｓ ｅ ｄ ｐ ｒ ｙ ｃ ｎｒ ． ｅ ｅ ｒ ｒ ｒ ｅｅ ｔｄ ｆｏ ４ ａｒ ｏ Ｓ ｗ ｉｈ ｇ ｖ ｔ ｌ ｎ ｏ ｙ ｒ ｈ ｃ ｍｐ ｉ ａｉ ｒ ｆ ｅ ． ｉ ｏ ｉ ｓ ａ ｉ ｆ ｏ ｌ
Ｋｅ ｒ ｓ： ａｅ ｉ ｓ； Ｓ ｒ ａ ｔ ｎｓ ｓ ｍ； ｇ ｐ ａ ｔ ｙ ｗｏ ｄ ｐ ｔｍ ｔ ｔ ｔ Ｓ Ｒ； ｅ ｃ ｉ ｙ ｔ ｙｅ ｏ ｅ ｅ ｇ ｌｎ
我 国是 茄子 生 产大 国 ， 栽种 面 积 和产 量 占世
于 ＳＲ标记构建 了茄子种 内分子遗传图谱 ，Ｓ Ｓ ＳＲ 标记 已经应用于茄子遗传研究的各个重要领域 。 但是 利 用 Ｓ Ｒ标记 进行 茄 子 品 种 亲子 鉴 定 还 未 Ｓ
试 验结果显示 ， ７ Ｓ Ｒ多态标记 在 ２个杂交种及亲本 中表现一致 ， 有 对 Ｓ 且为共显性 ， 条带清 晰 ， 以作 为茄 可 子 的亲子鉴定标记 ， 便于明确 父母 本来 源及杂交种纯度 ， 提高育种效 率。
西瓜SSR标记中不同类型样品的DNA提取分析
西瓜SSR标记中不同类型样品的DNA提取分析1. 引言1.1 背景介绍西瓜（Citrullus lanatus）是一种广泛栽培的水果，具有丰富的营养成分和美味的口感，因此受到人们的喜爱。
在繁育新品种和品种鉴定中，DNA分析技术发挥着重要作用。
SSR（Simple Sequence Repeat）是一种常用的分子标记技术，具有多态性高、重复性好、遗传稳定等特点，被广泛应用于物种鉴定、遗传多样性分析等领域。
本研究旨在利用SSR标记对不同类型的西瓜样品进行DNA提取分析，探讨其遗传多样性及亲缘关系。
通过对西瓜不同类型样品的DNA 提取、PCR扩增、电泳分析等步骤，得到了相应的分子数据，从而对样品间的遗传差异进行比较和研究。
通过本研究，将更深入地了解不同类型西瓜的遗传特征及亲缘关系，为西瓜品种改良和种质资源保护提供科学依据。
也将为进一步开展相关研究奠定基础，为西瓜繁育和保护提供参考和支持。
【2000字】1.2 研究目的研究目的是为了探究不同类型样品中西瓜SSR标记的DNA特征，进一步了解西瓜的遗传多样性和遗传结构。
通过对不同类型样品进行DNA提取分析，可以揭示不同类型西瓜的遗传差异和相似性，为西瓜品种鉴定和遗传改良提供理论依据。
研究目的也在于优化DNA提取和PCR扩增条件，确保实验结果的准确性和可靠性。
通过本研究，我们希望能够为西瓜遗传资源的保护、利用和研究提供有益的帮助，为西瓜遗传改良和品种改良提供科学依据。
通过对不同类型西瓜SSR标记的DNA特征进行分析，有助于深入了解西瓜品种间的遗传关系，为西瓜种质资源的利用、保存和管理提供科学依据。
2. 正文2.1 样品采集及处理西瓜(SSR)标记在育种研究中具有重要的应用价值，可以帮助鉴定基因型和种质资源的遗传多样性。
本研究旨在利用SSR标记分析不同类型的西瓜样品的DNA，进一步探讨其遗传特性。
在实验中，我们收集了包括不同品种、不同产地和不同生长环境的西瓜样品。
ssr分析的基本原理
ssr分析的基本原理SSR分析的基本原理。
SSR（Simple Sequence Repeat）是一种常用的分子标记技术，它是通过PCR扩增DNA中的简单重复序列而得到的。
在分子生物学和遗传学研究中，SSR分析被广泛应用于种质资源鉴定、遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建等领域。
本文将介绍SSR分析的基本原理，以帮助读者更好地理解和应用这一技术。
首先，我们需要了解SSR的基本结构。
简单重复序列是由1-6个碱基组成的短序列，这些序列在基因组中可以连续重复数次，形成了多态性位点。
SSR分析就是利用这些多态性位点进行遗传分析。
在PCR扩增过程中，引物会特异性地结合到目标DNA序列的两端，然后进行扩增，最终得到一系列不同长度的DNA片段。
这些不同长度的片段就是由于样品中存在着不同数量的重复序列而导致的。
其次，SSR分析的原理是基于多态性位点的存在。
由于不同个体之间存在着基因组中SSR位点的差异，因此在PCR扩增后得到的DNA片段长度也会有所不同。
通过检测这些不同长度的DNA片段，我们可以对不同个体进行鉴定和区分。
这种基于多态性位点的分析方法，使得SSR成为了一种非常有价值的分子标记技术。
另外，SSR分析的基本原理还包括了PCR扩增和电泳分析。
在进行SSR分析时，首先需要设计引物，这是非常关键的一步。
引物的选择会直接影响到PCR扩增的效果和结果的准确性。
然后进行PCR扩增，得到DNA片段混合物。
最后，将PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，根据DNA片段的长度差异，就可以对不同样品进行鉴定和分析。
总的来说，SSR分析的基本原理是基于DNA序列中的简单重复序列，利用PCR扩增和电泳分析得到多态性位点的DNA片段，从而对不同个体进行鉴定和分析。
这一技术的应用范围非常广泛，可以在植物、动物、微生物等各个领域得到应用。
通过对SSR分析的基本原理的深入了解，我们可以更好地应用这一技术，为科研工作提供更多的帮助和支持。
在实际应用中，我们还需要注意引物的设计、PCR扩增条件的优化、电泳分析结果的解读等方面的问题。
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到不同大小的DNA片段，再以重复序列中的共有序 列作为核酸探针进行杂交，对所得到不同生物个体相 似DNA片段的带型图谱(即DNA指纹图谱，对每一个 体都是独特的)进行分析的方法。
2.6 微卫星 DNA（SSR）
一般由2 个～6 个碱基构成一个核心序列,核心序列在
长度上呈串联重复排列,主要由核心序列拷贝数目的变
分离且自由组合。但如果在家系中有无效等位基因存在, 则能够导致个体的基因型与经典的孟德尔遗传明显不一 致，从而使得parentage assignment与实际不符。
影响微卫星亲子鉴定的因素
2. “结巴”带(Stutter bands)的存在 在用变性聚丙酰胺凝胶检测微卫星位点的PCR 扩增产物 时,有时1 个等位基因不是1 条带,而是由1 个主带和数条 附加带组成,这些附加带称作“结巴”带或“阴影”带( Shadow bands) ，给数据读取带来一定误差。
二、常规亲子鉴定的方法和原理
（主要针对人类和哺乳动物）
DNA水平 遗传标记
DNA序列多态性(如线粒体DNA) DNA长度多态性(如微卫星SSR)
遗传标记
红细胞血型(如ABO)
白细胞血型(如HLA)
表达产物水 平遗传标记
血小板型
酶型(如 PGM 1 ) 血清型(如 Hp) 其他(如 唾液蛋白）
2.1 红细胞血型
下载网址：
/pages/aboutCervus_Overview.jsp
♀
♂
基因型分析
巢式一步法PCR扩增
亲子鉴定步骤（以团头鲂为例）
SSR标记（14个） 亲本基因型分析 P-Loci软件模拟分析 筛选到9对（100％） 子代基因型分析 ABI 3730 Cervus 3.0软件分析 获得子代的亲本来源
Genemap® 4.0 software
影响微卫星亲子鉴定的因素
1. 无效等位基因(Null allele) 的存在
Null allele指不被PCR 扩增的等位基因,常常是由引物结合
部位的点突变、插入或缺失引起，另外DNA模板质量不 好或者量太少也可能导致PCR失败。
微卫星是中性标记,遵循孟德尔遗传定律,即等位基因独立
影响微卫星亲子鉴定的因素
3. 上游等位基因扩增丢失(Upper allele dropout) 当等位基因的大小存在差异时,片段小的等位基因往 往比片段大的等位基因扩增效率高，因此常导致较大 的等位基因在杂合体中无法检测到。
多重PCR体系（multiplex PCR）
不同荧光标记(FAM, HEX, NED, er al.)， PCR反应完后将产物 混合后上机
等电聚焦技术——根据酶蛋白分子的等电点不同，
在 pH 梯度介质中，酶蛋白分子聚焦在相应的等电点 pH位置上，形成狭窄而清晰的区带。
凝胶介质上酶区带的显现和鉴定酶蛋白分子经电泳
分离以后，利用酶特异性的催化活性，使之显色，表
现出特征性谱带，可据此作出同工酶型的判断。
酶谱技术：电泳和组织化学染色两种方法的联 合应用。
蛋白，不由HLA基因控制，无多态性。其中，α3比较 恒定，而α2和α1则有高度可变性。
HLA-Ⅱ类抗原由α和β两条糖蛋白链构成，并以共价键
相连接
α和β链均有多态性
2.4 血清型
某些血清蛋白具有遗传多态性，表型有个体差异， 称为血清型 （serum types）。
血清蛋白的电泳多态性遗传标记：指不同个体血清 蛋白的电泳特性的差异。是血清蛋白多肽链中部分 肽链或个别氨基酸不同，引起电泳迁移率发生变
亲子鉴定在水产动物 遗传育种中的应用
高泽霞
华中农业大学水产学院
2003年美国进攻伊拉克， 在战争中众多尸首中虽 然已面目全非，但运用 DNA技术，最终证实萨 达姆的两个儿子乌代和 库赛战死。
目 录
一、亲子鉴定的意义 二、常规亲子鉴定的方法和原理
三、水产动物亲子鉴定的方法及应用
一、亲子鉴定意义
对家系遗传性状的评估，从而减小选育的效率和准确性；
耗时耗力，限制了标记个体的数目，从而影响选育强度。
寻找一种方法：可以将不同家系个体从早期阶段就
开始混合饲养，消除不同环境条件造成的环境效应
，同时又可有效防止后代的近亲交配。
采用分子遗传标记做亲子鉴定，快速准确寻找不同
家系后代的亲本。
微卫星标记具有的密度大、多态性丰富、高度杂
养殖一定时期后，收获， 性状数据测量，取个体鳍 条组织 在防止亲近交配或以减少 近亲交配为原则，选择下 一批繁殖亲本，尽可能保 持繁殖后代的遗传多样性
获取个体的基因组 DNA遗传信息
根据亲本的遗传信息， 进行家系鉴定，比较 各家系性状指标，建 立个体遗传信息库
如何选择可作为亲子鉴定的微卫星位点
基于亲本的遗传信息，尽可能选择在亲本中多态性
民事纠纷中争论或不确定的若干问题；
系谱追认、混合精液输精、不明确的偷配或乱配认证、双亲 资料混乱等，错误的系谱信息会使遗传进展的获得速度降低； 野外或人工饲养与繁殖的濒危动物, 对于其遗传资源的保护、 制订科学的配种方案提供清晰的系谱信息有极大的理论和现 实意义； 为避免后代中可能存在的近亲交配和控制小群体内的近交交 配导致的群体生活力下降。
三、水产动物亲子鉴定的方法及应用
系谱信息（Pedigree information）在水产动物遗传选育中的 重要性 追踪子代的父母本 鉴定个体间亲缘关系 鉴定有效繁殖亲本
清楚种群的系统演化关系
防止种群/个体的近交 尽可能保持物种的遗传多样性 阐明精子竞争、繁殖成功、幼体扩散等许多有关繁殖生态 学和遗传学方面的科学问题
Jerry, D.R., Preston, N.P., Crocos, P. J., Keys, S., Meadows, J.R.S., Li, Y., 2006. Application of DNA parentage analyses for determining relative growth rates of Penaeus japonicus families reared in commercial ponds. Aquaculture 254, 171–181. Kim, S.G., Morishima, K., Satoh, N., Fujioka, T., Setsuo, S., Arai, K., 2007. Parentage assignment in hatchery population of brown sole Pleuronectes herzensteini by microsatellite DNA markers. Fisheries Science 73, 1087–1093 . Wang, H.P., Li, L., Geoff, W., Bonnie, B., Hong,Y., Gao, Z., Laura, T., O’Bryant, Paul., Dean, R., Russ, M., 2009. Evaluation of relative growth performance and genotype by environment effects for cross-bred yellow perch families reared in communal ponds using DNA parentage analyses. Aquaculture Research 40, 1363– 1373. ……越来越多的水产动物育种项目在采用SSR标记进行家系来源鉴定
指正常人群中常见的各种染色体形态的微小变异 （如：随体增大、重复或缺如，着比粒区的荧光 强度变异等），这种多态是可以遗传的。这项技 术就是利用其形态来鉴定亲子关系，这要靠技术 人员的主观判断，其准确率也不尽如人意。
2.6 DNA 指纹分析
随着分子生物学的发展,自1985 年以来,DNA 指纹分 析技术在亲子鉴定中被应用。 将个体的染色体DNA用限制性内切酶消化，分离得
化产生长度多态性。
具有高度多态、 共显性遗传 SSR 分型具有很高的灵敏度和良好的重复性,分型结果 稳定可靠。
SSR 技术较DNA指纹有更高的非父排除率和个人识别几 率。SSR位点的总识别率为0.9999999999999935 ,累计非 父排除为99. 999 %,在亲子鉴定中已达到很高的水平,因 此被称为“第二代DNA 指纹”。
GS Junior 基因 序列分析仪
SSR标记
高通量测序法
Illumina MiSeq
Ion Torrent
序列的拼接， 标记的查找
近缘种之间标记的通用
基于微卫星标记亲子鉴定方法下的鱼类选育项目
取繁殖亲本的鳍条组织，掌握亲本的基因组DNA信息
不同家系繁殖后
混合饲养在pond或tank中， 使子代在相同的环境条件 下生长
同一种荧光标记，几 个SSR位点同时在一 个PCR反应里面扩增 大大节省成本
微卫星亲子鉴定在水产动物上的应用
Bernatchez, L., Duchesne P., 2000. Individual-based genotype analysis in studies of parentage and population assignment: how many loci, how many alleles? Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 57, 1–12.
高的微卫星位点；
选取一些位点后，用软件P-Loci做模拟分析，该软 件可基于亲本的遗传信息，推测所有可能产生的后