实验五蛋白质序列分析
生物化学实验报告(实验五)
天津科技大学生物化学实验报告专业：班级：姓名学号组别第组实验项目同组人完成时间年月日【实验名称】《垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳分离蛋白质》【实验目的】学习SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳法(SDS—PAGE)测定蛋白质的分子量的原理和基本操作技术。
【实验原理】蛋白质的性质：三种物理效应：、、。
1、2、3、成绩：教师签字：批阅日期：聚丙烯酰胺凝胶电泳的四个不连续：、、、。
1、2、3、4、蛋白质的分子量与电泳迁移率之间的关系是：Mr=K(10-b·m)logMr=LogK—b·Rm式中Mr——蛋白质的分子量；logK——截距；b——斜率；Rm——相对迁移率。
实验证明，蛋白质分子量在15,000～200,000的范围内，电泳迁移率与分子量的对数之间呈线性关系。
蛋白质的相对迁移率Rm＝蛋白质样品的迁移距离／染料(溴酚蓝)迁移距离。
这样，在同一电场中进行电泳，把标准蛋白质的相对迁移率与相应的蛋白质分子量对数作图，由未知蛋白的相对迁移率可从标准曲线上求出它的分子量。
SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)法测定蛋白质的分子量具有简便、快速、重复性好的优点，是目前一般实验室常用的测定蛋白质分子量的方法。
【材料与设备】1.仪器设备DYCZ-24D垂直板电泳槽(北京市六一仪器厂),电泳仪,微量移液器2.材料烧杯(250mL、500mL)、量筒(500mL、250mL)、培养皿3.主要试剂（1）标准蛋白混合液：内含磷酸化酶(Mw94,000)，牛血清蛋白(Mw67,000)，肌动蛋白(Mw43,000)，磷酸酐酶(Mw30,000)和溶菌酶(Mw14,000)（2）30％凝胶贮备液：Acr30g，Bis0.8g,加蒸馏水至100mL（3）分离胶缓冲液(1.5mol／L):Tris18.15g,加水溶解,6mol/L HCl调pH8.9,定容100mL（4）浓缩胶缓冲液(0.5mol／L):Tris6g,加水溶解，6mol/L HCl调pH6.8，并定容到100mL（5）5×电极缓冲液(pH8.3)：SDS lg，Tris6g，Gly28.8g，加水溶解并定容到1000mL。
蛋白质结构测定实验报告
一、实验目的1. 理解蛋白质结构测定的基本原理和方法。
2. 掌握蛋白质一级结构和三维结构的测定方法。
3. 了解蛋白质结构测定在生物学研究中的应用。
二、实验原理蛋白质是生命活动中的重要分子，其结构决定了其功能。
蛋白质结构测定是研究蛋白质结构和功能的重要手段。
蛋白质结构测定主要包括一级结构测定和三维结构测定。
1. 蛋白质一级结构测定：蛋白质一级结构是指氨基酸的排列顺序。
测定蛋白质一级结构的方法有化学裂解法、蛋白酶水解法、高效液相色谱法等。
2. 蛋白质三维结构测定：蛋白质三维结构是指蛋白质分子在空间中的形态。
测定蛋白质三维结构的方法有X射线晶体衍射法、核磁共振法、冷冻电镜法等。
三、实验材料1. 蛋白质样品：人血清白蛋白（HSA）、牛血清白蛋白（BSA）等。
2. 试剂：硫酸铵、氯化钠、丙酮、乙腈等。
3. 仪器：高效液相色谱仪、核磁共振仪、X射线晶体衍射仪、冷冻电镜等。
四、实验步骤1. 蛋白质一级结构测定（1）将蛋白质样品进行化学裂解，得到多肽片段。
（2）使用高效液相色谱仪对多肽片段进行分离，得到单个多肽。
（3）对单个多肽进行质谱分析，得到氨基酸序列。
2. 蛋白质三维结构测定（1）将蛋白质样品进行X射线晶体衍射实验，得到蛋白质晶体。
（2）对蛋白质晶体进行X射线衍射，得到衍射图谱。
（3）根据衍射图谱，计算蛋白质分子的三维结构。
3. 蛋白质结构分析（1）使用核磁共振仪对蛋白质样品进行NMR实验，得到蛋白质分子的三维结构。
（2）将NMR实验结果与X射线晶体衍射结果进行对比，验证蛋白质结构。
五、实验结果与分析1. 蛋白质一级结构测定通过高效液相色谱仪和质谱分析，成功测定了人血清白蛋白和牛血清白蛋白的氨基酸序列。
2. 蛋白质三维结构测定通过X射线晶体衍射实验，成功得到了人血清白蛋白和牛血清白蛋白的三维结构。
3. 蛋白质结构分析通过NMR实验，成功得到了人血清白蛋白和牛血清白蛋白的三维结构。
与X射线晶体衍射结果进行对比，验证了蛋白质结构。
蛋白物质鉴定实验报告
一、实验目的1. 掌握蛋白质的鉴定方法。
2. 学会使用双缩脲试剂进行蛋白质鉴定实验。
3. 了解蛋白质鉴定实验的原理及注意事项。
二、实验原理蛋白质是由氨基酸组成的大分子化合物，具有复杂的结构和多种生物学功能。
蛋白质的鉴定主要基于其特有的氨基酸序列和空间结构。
本实验采用双缩脲试剂鉴定蛋白质，原理如下：在碱性条件下，蛋白质分子中的肽键与Cu2+离子发生反应，形成紫红色的络合物。
络合物的颜色深浅与蛋白质的浓度成正比，从而实现蛋白质的定量分析。
三、实验材料1. 蛋白质样品：鸡蛋清、牛奶、豆奶等。
2. 双缩脲试剂：A液（含0.1g/mL NaOH溶液）、B液（含0.01g/mL CuSO4溶液）。
3. pH试纸、试管、移液器、滴管、白瓷板等。
四、实验步骤1. 准备样品：分别取鸡蛋清、牛奶、豆奶等蛋白质样品，用蒸馏水稀释至适当浓度。
2. 检测蛋白质含量：取3支试管，分别加入0.5mL鸡蛋清、牛奶、豆奶样品，再加入1mL蒸馏水。
3. 添加双缩脲试剂：向每支试管中加入1mL A液，摇匀。
4. 观察颜色变化：静置5分钟，观察溶液颜色变化。
5. 比色：取3支试管，分别加入1mL A液、B液，摇匀。
将上述样品试管与比色管进行比对，观察颜色深浅。
五、实验结果与分析1. 鸡蛋清、牛奶、豆奶样品在加入双缩脲试剂后，溶液颜色均呈紫红色，说明蛋白质含量较高。
2. 比色结果显示，鸡蛋清样品颜色最深，牛奶次之，豆奶最浅。
这可能是因为鸡蛋清中的蛋白质含量最高，牛奶次之，豆奶最低。
六、实验讨论1. 本实验中，双缩脲试剂对蛋白质的鉴定具有较高的灵敏度，能够有效区分不同蛋白质样品。
2. 实验过程中，应注意pH值对蛋白质鉴定的影响。
本实验采用碱性条件，有利于蛋白质与Cu2+离子发生反应。
3. 实验结果受蛋白质样品浓度、试剂比例等因素影响。
在实验过程中，应严格控制这些因素，以确保实验结果的准确性。
七、实验结论通过本实验，我们掌握了蛋白质的鉴定方法，学会了使用双缩脲试剂进行蛋白质鉴定实验。
蛋白质序列比较中的图形表示及其相似性分析
摘要摘要蛋白质结构预测是生物信息学中的重要课题，而蛋白质序列是蛋白质结构预测的基础。
由此蛋自质序列的比较分析就显得尤为重要。
我们在这里主要探讨的就是蛋白质序列比较中的图形表示方法和在此基础上的相似性分析方法。
本文总结了蛋白质序列比较的一些已有方法和算法后，就其中的蛋白质序列的图形表示进行了详细研究，给出了３维和６维这两种图形表示方法，一种方法具有直观的优点，另一种方法具有完备描述序列特征的长处。
接着，在６维图形表示的基础上，做出其相似性分析，给出某个蛋白质序列的各种距离矩阵，并就Ｌ／Ｌ矩阵给出它的最大特征值和信息熵这两个量，由于６维图形表示有三种不同形式，所以每一个蛋白质序列的最大特征值和信息熵都是一个三维向量，然后就这些向量来进行序列间的比。
较。
得出的比较结果与已有的结果很相似。
最后就相似性补充了两个蛋白质序列间最长公共子序列问题。
这种图形表示方法及其相似性分析对于蛋白质序列的比较是一种新的推动力。
关键词：序列比较，图形表示，相似性分析，最长公共子序列————查堡墨三茎兰堡圭兰焦堡塞ＡｂｓｔｒａｃｔＴｈｅｓｔｍｃｔ＇ＬＥｅｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｉｓｔｈｅｉｍｐｏｒｔａｎｔｐｒｏｂｌｅｍｏｆｂｉｏｌｏｇｙｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．Ａｎｄｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｉｓｔｈｅｂａｓｅｏｆｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｓｏｔｈｅｃｏｍｐａｒｉｓｏｎａｎｄａｎａｌｙｓｉｓｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅａｒｅｐｒｏｖｉｄｅｄｗｉｔｈｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ．２Ｔｈｅｍｅｔｈｏｄｓｏｆｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎａｎｄｔｈｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｓｉｍｉｌａｒｉｔｙａｒｅｔｈｅｌｅａｄｉｎｇｓｔｕｄｙｏｂｊｅｃｔｓｉｎｔｈｉｓｐａｐｅｒ．ＴｈｉｓｐａｐｅｒＳｕＩＴＩＳｕｐｔｈｅｍｅｔｈｏｄｓａｎｄａｌｇｏｒｉｔｈｍｓｏｆｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ．Ｔｈｅｎ３Ｄａｎｄ６Ｉ）ｇｒａｐｈｉｃａｊｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎａｌｅｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙｐｒｅｓｅｎｔｅｄ．Ｔｈｅｆｏｒｍｅｒｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｈａｓｉｎｔｕｉｔｉｏｎａｌｍｅｒｉｔ．Ｔｈｅｏｔｈｅｒｈａｓｔｈｅｔｈｅｓｔｒｏｎｇｐｏｉｎｔｔｈａｔｉｔｃａｎｃｏｍｐｌｅｔｅｌｙ＆ｓｃｒｉｂｅｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｃｈａｒａｃｔｅｒｓ．Ｂａｓｅｄｏｎｔｈｅ６ＤＦａｐＭｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ，ｔｈｅａｕｔｈｏｒｇｉｖｅｓｔｈｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ．Ａｔｆｉｒｓｔｍａｎｙｄｉｓｔａｎｃｅｎ１撕ｃｃｓｏｆａｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅａｒｅｇｉｖｅｎ．ＴｈｅｎｔｈｅｌｅａｄｉｎｇｅｉｇｅｎｖａｌｕｅａｎｄｔｈｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｅｎｔｒｏｐｙｃｏｍｅｆｒｏｍｔｈｅＬ／Ｌｍａｔｒｉｃｅｓ．Ｓｉｎｃｅｔｈｅｒｅａｒｅｔｈｒｅｅｄｉｆｆｅｒｅｎｔｐａｔｔｅｒｎｓａｂｏｕｔｔｈｅ６Ｄ乒ａｐｈｉｃａｌｍｐｍｓｅｍａｆｉｏｎ，ｔｈｅｌｅａｄｉｎｇｅｉｇｅｎｖａｔｕｅａｎｄｔｈｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｅｈｔｒｏｐｙｏｆａｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｂｏｔｈａｒｅａ３－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎｖｅｃｔｏｒ．Ｔｈｅｎｔｈｅａｕｔｈｏｒｃｏｍｐａｒｅｓｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｕｓｉｎｇｔｈｅｓｅ３－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎｖｅｃｔｏｒｓ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｆｒｏｍｔｈｅｃｏｍｐａｒｉｓｏｎａｃｃｏｒｄｗｉｔｈｒｅｓｕｌｔｓｉｎｅｘｉｓｔｅｎｃｅ．Ａｔ１＆ｓｔ，ｆｏｒｔｈｅｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ，ｔｈｅａｕｔｈｏｒｇｉｖｅｓｈｏｗｔｏｇｅｔｔｈｅｌｏｎｇｅｓｔｃｏｍｍｏｎｓｕｂｓｅｑｕｅｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎｔｗｏｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．ＴｈｅＦａｐＭｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｓａｎｄｔｈｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｓｉｍｉｌａｒｉｔｙａｒｅｎｅｗｉｍｐｕｌｓｅｔｏｔｈｅｃｏｍｐ缸ｅｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ，ｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ，ａｎａｌｙｓｉｓｏｆｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ，ｌｏｎｇｅｓｔｃｏｍｍｏｎｓｕｂｓｅｑｕｅｎｃｅＨ蛋白质序列比较中的图形表示及其相似性分析０前言０．１引言随着人类基因组计划（ＨＧＰ）实施的进一步深入，生命科学已步入后基因组时代。
蛋白质检验实验报告
一、实验目的1. 掌握蛋白质的定性检验方法。
2. 学习使用双缩脲试剂进行蛋白质的定量分析。
3. 了解蛋白质在生物体中的重要功能及其检测的意义。
二、实验原理蛋白质是由氨基酸通过肽键连接而成的大分子化合物，具有复杂的空间结构和多样的生物活性。
蛋白质的检验方法主要包括定性检验和定量分析。
1. 定性检验：通过观察蛋白质与特定试剂反应产生的颜色变化，判断蛋白质的存在与否。
2. 定量分析：利用双缩脲试剂与蛋白质中的肽键反应，生成紫色络合物，根据颜色深浅测定蛋白质的含量。
三、实验材料与试剂1. 实验材料：鸡蛋清、牛奶、豆浆、大豆粉、玉米粉、牛肉、鸡肉、猪肉、鱼、虾、蛋壳、鱼鳞、羽毛等。
2. 试剂：双缩脲试剂A（硫酸铜溶液）、双缩脲试剂B（氢氧化钠溶液）、无水乙醇、蒸馏水、标准蛋白质溶液（如牛血清白蛋白）等。
四、实验步骤1. 蛋白质定性检验- 取少量待测样品，加入双缩脲试剂A，振荡均匀。
- 加入双缩脲试剂B，振荡均匀。
- 观察溶液颜色变化，与标准蛋白质溶液颜色对比，判断蛋白质的存在与否。
2. 蛋白质定量分析- 准备一系列已知浓度的标准蛋白质溶液。
- 分别吸取一定量的标准蛋白质溶液和待测样品，加入双缩脲试剂A和B。
- 在相同条件下，测定溶液的吸光度。
- 以标准蛋白质溶液浓度为横坐标，吸光度为纵坐标，绘制标准曲线。
- 根据待测样品的吸光度，从标准曲线中查得蛋白质浓度。
五、实验结果与分析1. 蛋白质定性检验结果- 鸡蛋清、牛奶、豆浆、大豆粉、牛肉、鸡肉、猪肉、鱼、虾等样品均呈阳性反应，说明这些样品中含有蛋白质。
- 蛋壳、鱼鳞、羽毛等样品呈阴性反应，说明这些样品中蛋白质含量较低或不含蛋白质。
2. 蛋白质定量分析结果- 通过绘制标准曲线，可以计算出待测样品中蛋白质的浓度。
六、实验讨论1. 本实验采用双缩脲试剂进行蛋白质的检验，操作简便，结果可靠。
2. 蛋白质在生物体中具有重要的生理功能，如构成细胞结构、运输营养物质、调节生理活动等。
实验五：分光光度法测定血清蛋白含量解析
电脑绘制标准曲线图方法
新建一个EXCEL，一行输吸光度，一行输标准系列 的含量，用鼠标选定这两行，点击菜单栏的“插入”， 选择“图标”（或直接点工具栏的“图表向导”），在弹 出的对话框里点“X-Y散点图”，点击完成 选择在出现的图标上任意一个点，在这个点上点击 右键，在弹出的对话框里点击“添加趋势线”，在弹 出的“添加趋势线”对话框里点击“选项”那一页，选取 “显示公式”“显示R2”，点击完成后，再看你的图， 标紫外分光光度计。 （二）试剂 1．0.15mol/L NaCl溶液，用蒸馏水定容。 2．被检血清。
实验内容
用0.15mol/L NaCl溶液将血清作100倍稀释， 选用光径为1cm的石英比色杯，分别在 280nm和260nm波长两处测定溶液的吸光 度（A），根据Lowry-Kalckar公式或 Warburg-Christian公式计算此溶液的蛋白 质浓度，再乘以稀释倍数100得到血清蛋白 质的真实浓度。
试剂：0.15mol/L Nacl溶液 、蛋白质标准溶 液 、蛋白质待测溶液 器材：紫外分光光度计 、石英比色杯、试 管架、试管、吸管、洗耳球、记号笔
实验步骤
取9支试管，分别用记号笔表上1-8和 U（待测）数字；按照下表格加入试剂
混匀，选用石英比色杯，在280nm处以第 一管调节零点，记录比色结果。 制作标准曲线，以吸光度为纵坐标，蛋白 质浓度为横坐标，绘制出280nm处的血清 蛋白质标准曲线 根据标准曲线查出所测蛋白质浓度
分光光度法测定 血清蛋白含量
实验目的
1.学习紫外分光光度法测定蛋白质含量的原 理。 2.掌握紫外分光光度法测定蛋白质含量的 实验技术。 3.掌握紫外-可见分光光度计的使用方法。
实验五 蛋白质浓度测定方法比较
实验五蛋白质浓度测定方法比较一．实验目的：了解蛋白质浓度的测定方法(Lowry法、紫外线吸收法和考马斯亮蓝显色法)，并比较它们的优缺点。
二．Lowry法（Folin-酚法）：1．实验原理：OH－磷钼酸、磷钨酸Pr+CuSO4Pr-Cu络合物（紫红色）蓝色复合物蛋白测定范围：25-250ug/ml 测定波长：660nm标准蛋白BSA 250ug/ml2．试剂和器材：3．操作方法：（2）以A660nm-[Pr] 作标准曲线：4．实验结果：从标准曲线上可求得待测蛋白浓度(平均)：116μg/ml三．紫外线（UV）吸收法：方法一：作图法1．实验原理：利用蛋白质在280nm 的紫外吸收特性(蛋白测定范围：0.1～1mg/ml) 2．操作步骤：标准蛋白BSA 1mg/ml （1）向各试管中依次加入各种试剂：4．实验结果：A280nm-[Pr]标准曲线0.10.20.30.40.50.60.700.20.40.60.81 1.2[Pr](mg/ml)A 280n m从标准曲线上可求得待测蛋白浓度(平均)：0.128mg/ml 方法二：经验公式法分别测出待测蛋白A260、A280蛋白质浓度（mg/ml ）＝1.45A280-0.74A260 或蛋白质浓度（mg/ml ）1.55A280-0.76A260 四．考马斯亮蓝显色法（Brad-forol 法）：1． 实验原理：[ Pr ] CBBG-250- Pr 复合物 A 595 测定Pr 范围： 0~250ug/ml标准蛋白BSA 250ug/ml 测定波长595nm 2．试剂和器材：考马斯亮蓝试剂；标准蛋白质溶液：250μg/ml BSA ；测试样品 试管及试管架，0.1及5ml 吸量管，恒温水浴，722型分光光度计。
3．操作步骤：（1）依次向各试管中加入各种试剂（2）以A595-[Pr]作出标准曲线： 4．实验结果：A595-[Pr]标准曲线00.10.20.30.40.50.650100150200250300[Pr](μg/ml)A 595从标准曲线上可求得待测蛋白浓度(平均)：117μg/ml 五、试验分析：Lowry 法是双缩脲法的进一步发展，是一种可靠的蛋白质含量测定法。
5实验五 凯氏定氮法检测食品中蛋白质含量
周次 课题 重点 难点 教学 目标 1、学习凯氏定氮法测定蛋白质的原理。 2、掌握凯氏定氮法的操作技术，包括样品的消化处理、蒸馏、滴 定及蛋白质含量计算等。 教学 方法 教学 手段 1．要求学生实验前认真预习实验内容，实验前教师检查并批改预 习报告，了解学生预习情况。 2．实验前先进行重点的讲解和示范基本操作、实验步骤中的注意 事项，实验过程中巡回指导。
1
教 学 过 程
三、实验步骤 1、样品消化 称取乳粉约 0.3g（±0.001g） ，移入干燥的 100mL 凯氏烧瓶中，加入 0.2g 硫酸铜 和 6g 硫酸钾，稍摇匀后瓶口放一小漏斗，加入 20mL 浓硫酸，将瓶以 450 角斜支于有 小孔的石棉网上，使用万用电炉，在通风橱中加热消化，开始时用低温加热，待内容物 全部炭化，泡沫停止后，再升高温度保持微沸，消化至液体呈蓝绿色澄清透明后，继续 加热 0.5h，取下放冷，小心加 20mL 水，放冷后，无损地转移到 100mL 容量瓶中，加 水定容至刻度，混匀备用，即为消化液。 试剂空白实验：取与样品消化相同的硫酸铜、硫酸钾、浓硫酸，按以上同样方法 进行消化，冷却，加水定容至 100mL，得试剂空白消化液。 2、定氮装置的检查与洗涤 检查微量定氮装置是否装好。 在蒸气发生瓶内装水约三分之二， 加甲基红指示剂数 滴及数毫升硫酸，以保持水呈酸性，加入数粒玻璃珠（或沸石）以防止暴沸。 测定前定氮装置如下法洗涤 2~3 次： 从样品进口入加水适量 （约占反应管三分之一 体积）通入蒸汽煮沸，产生的蒸汽冲洗冷凝管，数分钟后关闭夹子 a，使反应管中的废 液倒吸流到反应室外层，打开夹子 b 由橡皮管排出，如此数次，即可使用。 3、碱化蒸馏 量取硼酸试剂 20mL 于三角瓶中，加入混合指示剂 2~3 滴，并使冷凝管的下端插 入硼酸液面下，在螺旋夹 a 关闭，螺旋夹 b 开启的状态下，准确吸取 10.0mL 样品消化 液，由小漏斗流入反应室，并以 10mL 蒸馏水洗涤进样口流入反应室，棒状玻塞塞紧。 使 10mL 氢氧化钠溶液倒入小玻杯，提起玻塞使其缓缓流入反应室，用少量水冲洗立即 将玻塞盖坚，并加水于小玻杯以防漏气，开启螺旋夹 a，关闭螺旋夹 b，开始蒸馏。通 入蒸汽蒸腾 10min 后，移动接收瓶，液面离开凝管下端，再蒸馏 2min。然后用少量水 冲洗冷凝管下端外部，取下三角瓶，准备滴定。
实验五 DNS法分析蛋白质N-末端
DNS法分析蛋白质 末端氨基酸的原理 法分析蛋白质N-末端氨基酸的原理 法分析蛋白质
蛋白质的α-氨基与丹磺酰氯（DNS-Cl是一 种荧光物质）在碱性条件下反应，生成DNS-蛋 白质，经酸水解可生成DNS-氨基酸。通过聚酰 胺薄膜层析分析DNS-氨基酸，可确定蛋白质的 N-末端氨基酸。此法灵敏度高，也可用于蛋白 质的氨基酸组成的测定。
最初，蛋白质序列测定主要采用手工的埃德曼降解和环甲基 埃德曼降解和环甲基 化（Edman deglation - dansylation）方法（Edman，1950 年）。蛋白质序列测定的快速进展，应该归功于自动测序仪 的研制成功。与埃德曼和贝格于1967年发明的测序法相比， 1980年开始使用的自动测序仪的灵敏度提高了近1万倍。 质谱技术的发展为蛋白质序列测定开辟了新的途径。第一次 用这种方法测定完整的蛋白质分子是在1997年。质谱法测序 的突出优点是可以识别翻译后修饰 翻译后修饰而得到的特殊氨基酸。用 翻译后修饰 其它方法进行蛋白质序列测定时，这种修饰信息无法获得。 正是利用了质谱技术，人们得出了r-氨基丁酸处于凝血素N末端的重要结论。
实验方法
聚酰胺薄膜层析
点样 层析
ห้องสมุดไป่ตู้
注意事项
1、点样斑点不宜太大，用毛细管可分2-3次点，点 一次吹干一次。 2、层析时层析液不能没过斑点，要在斑点以下。 3、观察时，用铅笔圈好黄色亮点。
思
考
• 网上查询蛋白质结构分析最新动态． • 薄膜层析与其它层析法比较有那些优点？ • 选用展层剂的依据是什么？
蛋白质结构分析有关方法
• 蛋白质要求很纯 • 一级结构分析（氨基酸序列分析）：N、C末端的测定判断肽链数；拆分肽链；各肽 链氨基酸序列分析；二硫键位置的确定。 • 立体结构分析：各种光谱分析；X-光衍射 分析；质谱及核磁共振等分析。
蛋白质的分析实训报告
一、实训背景蛋白质是生命活动的基本物质之一，广泛存在于生物体内，具有多种生物学功能。
蛋白质分析是生物化学、分子生物学和生物工程等领域的重要研究内容。
为了提高我们对蛋白质性质、结构和功能的认识，我们进行了蛋白质分析实训，通过实验操作，学习蛋白质的提取、纯化、鉴定和分析方法。
二、实训目的1. 掌握蛋白质提取和纯化的基本原理和操作技术。
2. 学习蛋白质的鉴定和分析方法。
3. 培养实验操作能力和科学思维。
三、实训内容1. 蛋白质提取（1）材料：鸡蛋清、磷酸盐缓冲液、硫酸铵、离心机等。
（2）方法：将鸡蛋清加入磷酸盐缓冲液，加入硫酸铵，搅拌均匀，静置离心，收集沉淀。
（3）结果：得到白色沉淀，即为提取的蛋白质。
2. 蛋白质纯化（1）材料：上述提取的蛋白质、离子交换层析柱、缓冲液等。
（2）方法：将提取的蛋白质加入离子交换层析柱，用不同浓度的缓冲液进行洗脱，收集各洗脱峰。
（3）结果：得到纯化的蛋白质。
3. 蛋白质鉴定（1）方法：采用SDS-PAGE电泳技术对纯化的蛋白质进行鉴定。
（2）结果：观察到目的蛋白在特定位置出现条带，证明蛋白质鉴定成功。
4. 蛋白质分析（1）方法：采用Western blot技术对纯化的蛋白质进行定量分析。
（2）结果：通过比较目的蛋白与标准蛋白的条带强度，计算出目的蛋白的含量。
四、实训结果与分析1. 蛋白质提取通过实验，我们成功从鸡蛋清中提取出蛋白质。
实验过程中，我们学会了如何根据蛋白质的性质选择合适的提取方法，以及如何处理提取过程中的各种问题。
2. 蛋白质纯化在蛋白质纯化实验中，我们掌握了离子交换层析技术，成功地将目的蛋白从混合物中分离出来。
实验过程中，我们学会了如何选择合适的缓冲液和洗脱条件，以及如何判断蛋白质的纯度。
3. 蛋白质鉴定通过SDS-PAGE电泳技术，我们成功鉴定出目的蛋白。
实验过程中，我们学会了如何制备电泳样品、操作电泳仪以及观察电泳结果。
4. 蛋白质分析通过Western blot技术，我们对纯化的蛋白质进行了定量分析。
生物化学--实验五血清蛋白质醋酸纤维薄膜电泳定量分析
实验五血清蛋白质醋酸纤维薄膜电泳定量分析【目的要求】1.掌握血清蛋白电泳及其比色定量的基本原理、操作程序、技术要领和影响定量结果的主要因素及其排除2.熟悉血清蛋白醋纤膜电泳图谱的含义及临床意义。
3.了解血清蛋白醋纤膜电泳图谱的透明和扫描定量分析。
【实验原理】血清中各组分蛋白质的等电点均低于pH8.6，将其放在醋纤薄膜载体上，置于有pH8.6的电极缓冲液通过的电场中作电泳时都带负电荷、向正极移动。
由于它们等电点不同，荷电量不等，分子大小各异，在电场中移动速度不同而被彼此分离。
电泳膜经染色、漂洗后，便呈现出五条不连续的区带蛋白电泳图谱，从正极端起，依次为：清蛋白、α1-球蛋白、α2-球蛋白、β-球蛋白、γ-球蛋白。
由于蛋白质含量与吸附的染料有一定正比关系，据此，剪下各条谱带，用碱液洗下蛋白质吸附的染料，进行比色分析，即可求出血清样品中各区带蛋白质的百分含量。
此外，也可对透明处理过的电泳图谱进行扫描分析，依据扫描曲线中各区带的面积与总面积之比，亦可求算出各区带蛋白质的百分含量。
【实验准备】一、器材1.电泳仪和醋酸纤维薄膜电泳槽2.醋酸纤维薄膜（8.0×2.0 cm）3.721分光光度计4.万用电表5.加样器、无损伤薄膜镊、铅笔、滤纸、染液缸、漂洗缸、载玻片等6.试管（10cc）及试管架二、试剂1.pH为8.6，离子强度0.06的巴比妥电极缓冲液称取巴比妥钠12.76g，巴比妥1.66g，加水溶解并定容至1000ml即成。
2.氨基黑10B染色液取氨基黑10B 0.5g溶于50ml甲醇中，再加入冰醋酸10ml，蒸馏水40ml。
3.漂洗液用95%乙醇45ml加冰醋酸5ml、蒸馏水50ml混匀，室温贮存。
4.0.4mol/L NaOH溶液5.透明液：A液：15ml冰醋酸+85ml 95%乙醇；B液：25 ml冰醋酸+75ml 95%乙醇。
【实验操作】一、电泳详细操作步骤及要求见Ⅰ-03常规电泳技术训练。
生化大实验实验五 Folin–酚试剂法测定蛋白质含量
2.样品测定：取1.0mL样品溶液（约含20 ～250µg 2.样品测定：取1.0mL样品溶液（约含20 多肽或蛋白质）于试管中，加入5mL试剂甲，混 多肽或蛋白质）于试管中，加入5mL试剂甲，混 匀后同标准溶液测定。（本次实验样品取0.1加 匀后同标准溶液测定。（本次实验样品取0.1加 0.9ml蒸馏水再测定） 0.9ml蒸馏水再测定） 3.结果与计算：根据测定管吸光度查标准曲线，由 3.结果与计算：根据测定管吸光度查标准曲线，由 标准曲线计算样品蛋白含量。
这个测定法较双缩脲法灵敏得多，但要费较长时间。 对双缩脲反应发生干扰的离子同样容易干扰Lowry反应，而 对双缩脲反应发生干扰的离子同样容易干扰Lowry反应，而 且对后者的影响还要大得多。所测蛋白质样品中若含酚类及 柠檬酸均有干扰作用。浓度较低的尿素（约0.5％左右）、 柠檬酸均有干扰作用。浓度较低的尿素（约0.5％左右）、 胍（0.5％左右）、硫酸钠（1％）、硝酸钠（1 胍（0.5％左右）、硫酸钠（1％）、硝酸钠（1％）、三氯 乙酸（0.5％）、乙醇（5％）、乙醚（5％）、丙酮（0 乙酸（0.5％）、乙醇（5％）、乙醚（5％）、丙酮（0．5 ％）等溶液对显色无影响，这些物质浓度高时必须做校正曲 线。含硫酸铵的溶液只须加浓碳酸钠 - 氢氧化钠溶液即可显 色测定。若样品酸度较高，显色后色浅，则必须提高碳酸 钠 — 氢氧化钠溶液的浓度1～2倍。 氢氧化钠溶液的浓度1 进行测定时，加 Folin氏试剂要特别小心，因为 Folin氏 Folin氏试剂要特别小心，因为 Folin氏 试剂仅在酸性 pH条件下稳定，但上述还原反应只是在pH 10 pH条件下稳定，但上述还原反应只是在pH 的情况下发生，故当Folin氏试剂加到碱性的铜 的情况下发生，故当Folin氏试剂加到碱性的铜 - 蛋白质溶液 中时，必须立即混匀，以便在磷钼酸 - 磷钨酸试剂被破坏之 前，还原反应即能发生。
实验五葡聚糖凝胶柱层析分离纯化蛋白质ppt课件
教学目标:
❖了解：
1. 层析技术的基本原理。 2. 有效分配系数Kav的计算。
❖理解：
葡聚糖凝胶的选择和准备。
❖掌握：
1. 凝胶层析的原理和操作方法。 2. 有效分配系数Kav的意义。
❖ 较小的分子则可以渗透进入凝胶颗粒内 部，然后再扩散出来，经历的流程长， 流动速度慢，后流出。
经营者提供商品或者服务有欺诈行为 的，应 当按照 消费者 的要求 增加赔 偿其受 到的损 失，增 加赔偿 的金额 为消费 者购买 商品的 价款或 接受服 务的费 用
凝胶层析的数理关系
外水体积Vo 凝胶体积Vg
四、样品收集
1. 样品一旦加入柱床面后马上用 烧杯收集流出液，（注意柱床上 要不断加水，保持1cm高水层） 直到两种蛋白全部洗脱。
2. 倒出凝胶，清洗层析柱。
经营者提供商品或者服务有欺诈行为 的，应 当按照 消费者 的要求 增加赔 偿其受 到的损 失，增 加赔偿 的金额 为消费 者购买 商品的 价款或 接受服 务的费 用
使用教材：
《生物化学与分子生物学实验技术》，杨安钢主 编，高等教育出版社，2008年第1版
参考资料：
《生物化学》，贾弘褆主编，人卫出版社，2005 年第1版
推荐网站：
1. 第三军医大学生物化学与分子生物学教研室： http://192.168.4.133:8002/
2. 美国国立生物技术信息中心：
☻葡聚糖凝胶（Sephadex）
G型（G-X: X数字代表 LH型交联度与吸水量）
☻聚丙稀酰胺凝胶（Polyacrylamide）
质谱法蛋白质测序
质谱法蛋白质测序一、样品制备样品制备是质谱法蛋白质测序的第一步，其目的是将蛋白质样品转化为可被质谱仪分析的形式。
通常采用的方法包括酶解、化学裂解和激光解吸等。
酶解是目前应用最广泛的方法，通过特定的蛋白酶将蛋白质裂解为多个肽段，以便后续的质谱分析。
二、电离和离子化电离和离子化是将样品转化为带电粒子束的过程。
在质谱法中，通常采用电子轰击、激光解吸、化学电离等方法将样品离子化。
这些方法能够将样品中的原子或分子转化为带电粒子，形成离子束。
三、质量分析质量分析是质谱法蛋白质测序的关键步骤之一。
通过质量分析器，如四极杆、双曲面离子阱或傅里叶变换离子回旋共振等，对离子束进行质量和能量的分析。
通过这种分析，可以得到每个离子的质量和能量的精确信息。
四、数据解析数据解析是将质量分析器得到的数据转化为可读的信息，即鉴定蛋白质中的氨基酸序列和修饰情况。
这一步通常采用计算机算法对数据进行解析，包括峰识别、噪声过滤、背景扣除等。
通过数据解析，可以得到每个肽段的分子量、电荷态和可能的修饰情况等信息。
五、数据库搜索数据库搜索是将解析得到的数据与已知的蛋白质数据库进行比对，以确定蛋白质的身份和氨基酸序列。
常用的数据库包括Uniprot、NCBI等。
通过比对，可以找到与实验数据匹配的蛋白质，进而确定其氨基酸序列。
六、肽指纹图谱分析肽指纹图谱是蛋白质在质谱仪中裂解后产生的肽段的分子量和电荷态的图谱。
通过肽指纹图谱分析，可以鉴定蛋白质的修饰情况，如磷酸化、糖基化等。
此外，肽指纹图谱还可以用于鉴定蛋白质的剪接变异体和基因多态性等。
七、蛋白质鉴定蛋白质鉴定是利用质谱法对未知蛋白质进行鉴定的过程。
在蛋白质鉴定中，首先需要将蛋白质裂解为多个肽段，然后对这些肽段进行质谱分析。
通过比对已知数据库中的肽指纹图谱，可以确定未知蛋白质的氨基酸序列和修饰情况。
此外，蛋白质鉴定还可以用于研究蛋白质的结构和功能，以及寻找疾病标记物和治疗靶点等。
蛋白质鉴定的实验报告
一、实验目的1. 学习和掌握蛋白质的鉴定方法。
2. 了解蛋白质在生物体中的重要性及其功能。
3. 通过实验，验证蛋白质鉴定方法的有效性。
二、实验原理蛋白质是生物体的重要组成部分，具有多种生物学功能。
蛋白质的鉴定主要依据其氨基酸组成、分子量、溶解度等特性。
本实验采用双缩脲试剂法对蛋白质进行鉴定。
双缩脲试剂法是一种常用的蛋白质定量方法，其原理为：蛋白质分子中含有大量的肽键，在碱性条件下，双缩脲试剂中的铜离子与肽键发生反应，形成紫红色络合物。
该络合物颜色的深浅与蛋白质的浓度成正比。
三、实验材料与仪器1. 实验材料：- 蛋白质样品：牛血清蛋白、鸡蛋清蛋白、牛奶蛋白等。
- 双缩脲试剂A：硫酸铜溶液。
- 双缩脲试剂B：氢氧化钠溶液。
- 标准蛋白质溶液：已知浓度的牛血清蛋白溶液。
2. 实验仪器：- 移液器：用于移取溶液。
- 比色皿：用于盛放待测溶液。
- 分光光度计：用于测定吸光度。
- 烧杯：用于配制溶液。
四、实验步骤1. 配制双缩脲试剂：取硫酸铜溶液和氢氧化钠溶液，按照一定比例混合，制成双缩脲试剂。
2. 配制标准蛋白质溶液：根据实验要求，配制一定浓度的标准蛋白质溶液。
3. 取蛋白质样品：分别取牛血清蛋白、鸡蛋清蛋白、牛奶蛋白等样品，按照一定比例稀释。
4. 测定吸光度：a. 将标准蛋白质溶液和样品溶液分别加入比色皿中。
b. 加入适量的双缩脲试剂A和B，摇匀。
c. 将比色皿放入分光光度计中，在特定波长下测定吸光度。
5. 绘制标准曲线：以标准蛋白质溶液的浓度为横坐标，对应的吸光度为纵坐标，绘制标准曲线。
6. 计算蛋白质浓度：根据样品溶液的吸光度，从标准曲线上查得相应的蛋白质浓度。
五、实验结果与分析1. 标准曲线的绘制：根据实验数据，绘制标准曲线，观察曲线的线性程度。
2. 蛋白质浓度的计算：根据样品溶液的吸光度，从标准曲线上查得相应的蛋白质浓度。
3. 结果分析：通过比较不同样品的蛋白质浓度，分析蛋白质的种类、含量及生物学功能。
蛋白质序列测序序列
蛋白质序列测序序列
蛋白质序列测序是确定蛋白质分子中氨基酸残基顺序的过程。
通过测序，可以获得蛋白质的完整氨基酸序列，这对于理解蛋白质的结构、功能和进化关系至关重要。
蛋白质序列测序的主要方法包括：
1. 化学测序法：这是一种传统的测序方法，通过使用化学试剂对蛋白质进行水解和衍生，然后通过色谱或电泳技术分离和鉴定氨基酸残基。
2. 质谱法：质谱法是一种基于质量分析的测序方法。
通过将蛋白质碎片化，并测量碎片的质量，可以确定氨基酸残基的顺序。
3. 核酸测序法：对于一些含有核酸序列的蛋白质，如核糖核酸酶，可以通过核酸测序的方法来确定蛋白质序列。
4. 生物信息学方法：利用生物信息学工具和数据库，可以通过比对已知蛋白质序列来推测未知蛋白质的序列。
蛋白质序列测序的结果通常以氨基酸序列的形式表示，其中每个氨基酸用其单字母缩写表示。
例如，一段典型的蛋白质序列可能是"MLEKFQNIVL"。
蛋白质序列测序对于蛋白质研究具有重要意义。
它可以帮助我们了解蛋白质的结构和功能、研究蛋白质-蛋白质相互作用、探索蛋白质家族的进化关系以及开发新的药物和生物技术。
生化大实验实验五Folin–酚试剂法测定蛋白质含量
进行测定时，加 Folin氏试剂要特别小心，因为 Folin氏 试剂仅在酸性 pH条件下稳定，但上述还原反应只是在pH 10 的情况下发生，故当Folin氏试剂加到碱性的铜 - 蛋白质溶液 中时，必须立即混匀，以便在磷钼酸 - 磷钨酸试剂被破坏之 前，还原反应即能发生。
【操作步骤】
各管混匀后加入5mL试剂甲，混匀，于37℃放置10分 钟。再加入0.5mL试剂乙（Folin氏试剂），立即振摇均匀， 在37℃保温30分钟，然后于500nm或650nm比色测定。以 吸光度为纵坐标，蛋白质浓度为横坐标绘制标准曲线。
这个测定法较双缩脲法灵敏得多，但要费较长时间。 对双缩脲反应发生干扰的离子同样容易干扰Lowry反应，而 且对后者的影响还要大得多。所测蛋白质样品中若含酚类及 柠檬酸均有干扰作用。浓度较低的尿素（约0.5％左右）、 胍（0.5％左右）、硫酸钠（1％）、硝酸钠（1％）、三氯 乙酸（0.5％）、乙醇（5％）、乙醚（5％）、丙酮（0．5 ％）等溶液对显色无影响，这些物质浓度高时必须做校正曲 线。含硫酸铵的溶液只须加浓碳酸钠 - 氢氧化钠溶液即可显 色测定。若样品酸度较高，显色后色浅，则必须提高碳酸 钠 — 氢氧化钠溶液的浓度1～2倍。
2.样品测定：取1.0mL样品溶液（约含20 ～250μg 多肽或蛋白质）于试管中，加入5mL试剂甲，混 匀后同标准溶液测定。（本次实验样品取0.1加 0.9ml蒸馏水再测定）
3.结果与计算：根据测定管吸光度查标准曲线，由
标准曲线计算样品蛋白含量。
【试剂】
1.标准蛋白质溶液：可用结晶牛血清白蛋白，配制 成250μg/mL的溶液。 2. Folin - 酚试剂的配制（均用分析纯试剂）： 试剂甲：由下述四种溶液配制，（1）4％碳 酸钠（Na2CO3）溶液；（2）0.2mol/L氢氧化钠 溶液；（3）1％硫酸铜（CuSO4·5H2O）溶液； （4）2％酒石酸钾钠溶液（或酒石酸钾、酒石酸 钠）。在使用前，将（1）与（2）等体积混合配 成碳酸钠 — 氢氧化钠溶液，将（3）与（4）等体 积混合配成硫酸铜 — 酒石酸钾钠溶液。然后将这 两种溶液按50： 1的比例混合， 即为Folin — 酚 试剂甲。该试剂只能用一天，过owry法）测定蛋白质含量
生物信息学实验教程
生物信息学实验教程实验一、基因、蛋白质序列分析【实验目的】1、掌握基因、蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析及其电子表达谱3、蛋白基因的引物设计【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素(adiponectin)蛋白质序列；2、使用网站对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；3、蛋白基因的引物设计【实验方法】1、人脂联素基因、蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez)；（2）在Search后的选择栏中选择nucleartide\protein；（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant genetranscript 1 [Homo sapiens])后显示序列详细信息；（6）将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)；（7）进入UNIGENE数据库分析其电子表达谱2、进入网站对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：3、利用prime prime5.0设计此基因PCR引物4、独立完成NYGGF4、LYRM1两个基因的上述操作。
【作业】1、提交使用上述软件对人脂联素、NYGGF4、LYRM1蛋白质序列进行基本性质分析及其电子表达谱蛋白质实验二、序列结构预测【实验目的】1、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；2、了解蛋白质结构预测。
【实验内容】1、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；2、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析；3、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。
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• 收集50多个文献中提供的氨基酸标度 • 默认值以Hphob. Kyte & Doolittle做疏水性分析
• ProtScale能计算超过50种蛋白质的特性。仅一项需要额外设
定的参数是输入框的宽度，该参数将指示系统每次运行计算
和显示的残基数，其缺省值为9。如果想考虑跨膜螺旋特性，
该参数设置应为20，因为一个跨膜螺旋通常有20个氨基酸长
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21
四 蛋白质亚细胞定位预测
• 亚细胞定位与蛋白质的功能存在着非常重要的联系。亚细胞定位 预测基于如下原理：(1)不同的细胞器往往具有不同的理化环境,它 根据蛋白质的结构及表面理化特征,选择性容纳蛋白。(2)蛋白质表 面直接暴露于细胞器环境中,它由序列折叠过程决定,而后者取决于 氨基酸组成。因此可以通过氨基酸组成进行亚细胞定位的预测。
基因与蛋白质组学数据分析
实验五：蛋白质序列分析
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1
实验项目五：蛋白质序列分析
一、 实验目的和要求： • 掌握蛋白质基本性质分析；基本理化性质和疏水
性分析。 • 掌握蛋白质信号肽的预测，亚细胞定位的预测，
跨膜结构及卷曲螺旋结构的预测。 • 了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的
三 信号肽预测
• 蛋白质合成后要运送到细胞中不同的部位，有的 蛋白质要通过内质网膜进入内质网腔内，最终成 为分泌蛋白。
• 分泌蛋白的N端都有一段约15~35个氨基酸的疏水 性肽段，其功能是引导蛋白质多肽链穿过内质网 膜进入腔内，称为信号肽（signal peptide）。
• 按照氨基酸组成及其位置特征，可将信号肽分为4 大类：
功能域
用户自定义区段
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7
点击不同功能域得到以下结果
氨基酸数目 相对分子质量 理论 pI 值
氨基酸组成
正/负电荷残基数
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8
原子组成 分子式
总原子数 消光系数
半衰期
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9
9
不稳定系数
脂肪系数 总平均亲水性
<40 stable >40 unstable
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基于实验经验值的计算机分析方法
软件 Bioedit
网络工具ProtParam， Compute PI
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3
基于一级序列的组分分析
氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考
ExPASy（ Expert Protein Analysis System ） 开发的 针对蛋白质基本理化性质的分析：
打开protein.txt， 将一条蛋白质序列 粘贴在搜索框中
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13
计算窗口（7-11） 相对权重值
权重值变化趋势 是否归一化
氨基酸标度
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14
所用氨基酸 标度信息
分析所用参 数信息
输出结果Leabharlann 学习交流PPT15
图形结果
文本结果
参数
每个位置 的得分
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16
蛋白质序列分析
– 直接填写Swiss-Prot/TrEMBL AC号(accession number) • 如果分析新序列：
– 直接在搜索框中粘贴氨基酸序列
输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号
打开protein.txt，
将蛋白质序列
粘贴在搜索框中
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6
输出结果
• 输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号—分不同的功能域肽段 • 以P02699为例
1. 分泌信号肽
2. 脂蛋白信号肽
3. Pilin-like信号肽 4. 细菌素和细菌素信号肽
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17
蛋白质序列分析
• 信号肽主要由三个domain组成：N-region、Hregin和C-region.
• N-region为正电荷区域，至少含有一个精氨酸(R) 或赖氨酸(K).
• H-region为疏水核，一般长为12~14个氨基酸.
输入序列的FASTA文件
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20
人的内质网驻留蛋白信号肽预测
曲线颜色
C score: 剪切位点分值 S score: 信号肽分值 Y score: 综合剪切位点分值
此处C值最大；S值陡峭； Y值最高峰。预测为信号 肽剪切位点
文本结果，YES代表该蛋 白包含信号肽,剪切位点 位于29，30残基处
• 推荐使用PSORT()II软件对PDCD5蛋白的细胞内定位进行预测。 PSORT将动物蛋白质定位于10个细胞器：(1)细胞浆，(2)细胞骨架， (3)内质网，(4)胞外，(5)高尔基体，(6)溶酶体，(7)线粒体，(8)胞 核，(9)过氧化物酶体(peroxisome)和(10)细胞膜。
– Protparam 工具
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4
蛋白质理化性质分析
• Protparam 工具
计算以下物理化学性质： • 相对分子质量 理论 pI 值 • 氨基酸组成 原子组成 • 消光系数 半衰期 • 不稳定系数 脂肪系数 • 总平均亲水性
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5
主要选项/参数
序列在线提交形式： • 如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列
蛋白质功能预测 • 掌握基于序列同源性分析的蛋白质功能预测。
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2
（一）蛋白质基本理化性质分析
蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础
蛋白质的基本性质：
• 相对分子质量 • 等电点（PI） • 半衰期 • 总平均亲水性
氨基酸组成 消光系数 不稳定系数 ……
实验方法：
• 相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验 • 缺点：费时、耗资
10
（二）蛋白质疏水性分析
• 疏水作用是蛋白质折叠的主要驱动力 • 分析蛋白质氨基酸亲疏水性是了解蛋白质折叠的
第一步 • 氨基酸疏水分析为蛋白质二级结构预测提供佐证 • 是分析蛋白质跨膜区重要一步
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11
蛋白质亲疏水性分析
• ProtScale工具
• 氨基酸标度
– 表示氨基酸在某种实验状态下相对其他氨基酸在某些性 质的差异，如疏水性、亲水性等
度
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主要选项/参数
序列在线提交形式： • 如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列
– 直接填写Swiss-Prot/TrEMBL AC号(accession number) • 如果分析新序列：
– 直接在搜索框中粘贴氨基酸序列 以P02699为例
输入SwissProt/TrEMBL AC号
• C-region包含信号肽酶(SPase)的剪切位点，在剪切 位点的-1位和-3位上多为中性的丙氨酸，该区域 也称为富含丙氨酸区域.
N HC
N端
C
端
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三 信号肽的预测
• 常用工具
• SignaIP（）
• 通过神经网络方法的组合 • 预测信号肽的位置及相应切点
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人的内质网驻留蛋白信号肽预测 Q9BS26