《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》要点
二代测序方法列入首部《中国非小细胞肺癌RET基因融合临床检测专家共识》强烈推荐范围
二代测序方法列入首部《中国非小细胞肺癌RET基因融合临床检测专家共识》强烈推荐范围近日，中国首部《中国非小细胞肺癌RET基因融合临床检测专家共识》（以下简称“共识”）正式发布。
“共识”的发布顺应精准诊疗发展大背景，为中国受体酪氨酸激酶RET（Rearranged during Transfection）基因融合临床检测的规范化奠定了基础。
作为驱动癌症产生的“始因”之一，携带某些融合基因/剪切变异的患者相关靶向药预后较好，使得相关变异事件的有效检出深受临床重视。
在推荐的检测方法中，二代基因测序方法（next generation sequencing，NGS）被“共识”列入强烈推荐范围——DNA二代测序方法纳入RET检测「強烈推荐」等级，RNA二代测序方法也备受认可获「推荐」。
中国非小细胞肺癌精准治疗新篇章：迎来首个获批的RET抑制剂2021年3月24日，因优越和持久的临床抗肿瘤活性且耐受性和安全性良好，国家药品监督管理局（NMPA）通过优先审评审批程序附条件批准RET抑制剂普拉替尼胶囊（pralsetinib，商品名：普吉华）上市，用于既往接受过含铂化疗的RET基因融合阳性的局部晚期或转移性非小细胞肺癌（NSCLC）成人患者的治疗。
该药品上市意味着中国迎来了首个RET抑制剂，为局部晚期或转移性NSCLC成人患者提供了新的治疗选择，也打开了中国NSCLC精准治疗的“RET抑制剂新篇章”。
2020年6月，燃石医学与基石药业达成伴随诊断（CDx）战略合作，双方携手开发和商业化普拉替尼在中国地区的CDx伴随诊断, 用于检测肿瘤患者的RET基因变异。
RET基因融合变异和激活突变是NSCLC和甲状腺髓样癌（MTC）等多个癌种中重要的肿瘤驱动基因变异。
此外，肉瘤、结直肠癌、胆管癌和卵巢癌等癌种中也检出了较低频率的RET融合。
二代测序方法获「強烈推荐」“共识”指出，准确检测RET基因融合是实施RET抑制剂治疗的前提。
二代测序（NGS）临床应用4大要点，你还不知道？
二代测序（NGS）临床应用4大要点，你还不知道？•NGS 有什么用?•NGS 结果可以指导治疗方案制定吗？•哪些人应该做 NGS 检测？•哪些 NGS 项目并不值得做？相信不少人听到 NGS 都会想知道上面这些问题，今天我们就来好好扒一 NGS。
1什么是 NGS？肿瘤是一个多基因疾病，基因变异在肿瘤的发生发展、治疗指导中的作用已经毋庸置疑，因此基因检测已经成为肿瘤患者的常用诊疗工具。
随着科技的发展，NGS 也成为目前最为炙手可热的检测技术。
NGS 也称为大量并行测序（MPS）或高通量测序技术（HTS），允许短时间内同时检测大量核苷酸，因此以低成本、高准确度、高通量和快速检测而成为目前最常用的基因检测手段之一。
临床进行 NGS 时，可根据实际需要而使用包含不同数量基因的组套（panel）。
目前基因检测最常见的 3 部分为：•靶点和生物标志物检测；•化疗药物敏感性检测；•以及遗传易感性检测。
2靶点和生物标志物检测一项美国 SEER 注册分析显示，2006 年到 2013 年，癌症患者的死亡率每年降低 3.2%，2013 年到 2016 年则每年降低 6.3%。
可以说，是这期间出现的靶向药物和免疫药物彻底改变了晚期肿瘤的治疗格局。
使用靶向药要先明确是否具有相应靶点。
反过来说，具有多种基因突变且有相应靶向药物治疗机会的晚期肿瘤患者应该首选 NGS 检测。
ESMO 推荐意见中，建议晚期非鳞非小细胞肺癌（NSCLC），晚期前列腺癌，晚期卵巢癌和晚期胆管癌患者常规应用 NGS 进行检测。
在晚期结肠癌中，NGS 可作为聚合酶链式反应（PCR）的替代方法。
例如在晚期非鳞NSCLC 中，应常规检测EGFR、ALK，MET、BRAF、ROS1、NTRK、RET、KRAS 和ERBB2 基因。
分别检测费时且价格昂贵，而 NGS 就是同时进行多基因检测的良好方法。
虽然没有获批的靶向药物，但是患者已经进入后线治疗，没有理想治疗方案时，可以考虑使用 NGS 检测是否存在低级别证据（表 1 中的 C 级和 D 级）的靶点。
《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》要点
《二代测寤技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》要点二代测序（NGS ）又称大规模平行测序，能同时对上百万甚至数十亿个DNA 分子进行测序，实现大规模、高通量测序的目标，时继Sanger测序之后的革命性进步。
目前在临床肿瘤实践中,NGS主要用于驱动基因测序, 是肿瘤精准诊疗的重要环节。
NGS有明显的通量优势及发现未知基因变异的优势,但是在使用中也存在包括检测技术、数据管理、分析与报告、解读与临床咨询等方面的各种挑战。
在我国现阶段，肿瘤患者数目庞大,驱动基因诊断和检测应用需求巨大。
但在实际应用中会出现因为检测技术的准入门槛低、缺乏临床公认的NGS 指导规范，肿瘤诊疗中可能存在检测质量低下、结果准确性差，检测结果解读不专业，甚至盲目追求基因检测结果的现象。
本共识文中的"声明"是专家组讨论的各个要点，也即专家组形成的共识或推荐。
—、NGS在临床肿瘤诊断中的质量需求声明1 :临床肿瘤诊断应用的NGS项目应符合相应的诊断技术标准.声明2 : NGS检测项目的目的和临床益处应明确二NGS在临床肿瘤应用的检测内容声明3 :如果NGS用于临床分子诊断，应明确至少哪些基因需纳入检测名单中声明4:可靶向作用基因的变异可能会影响临床决策,医师需要根据基因分型的检测结果来指导临床诊疗方案声明5 :应根据实际情况需对检测内容进行更新声明6 :应对每个基因变异点进行明确定义注释声明7 :NGS项目的检测流程和生物信息学分析需针对特定平台和分析项目进行充分优化和标准化三、NGS应用中的样本处理声明8:为提高NGS检测肿瘤驱动基因的准确性，应提供高质量的临床生物材料样本声明9 :样本登记过程中每个标本应在NGS分析中有唯一性标识声明10 :应有充分的样本评估和起始核酸用量声明11:应对抽提后^文库构建后的核酸样本进行质控声明12:应预留生物材料用于后续验证四、NGS测序技术及流程声明13 :NGS检测需符合严格的检测坏境要求声明14 :应对NGS试剂进行严格的管理和质控声明15 :每个特定NGS测试项目均需经过严格技术验证后才可用于临床肿瘤检测声明16 :应制定有明确的检测流程声明17 : NGS技术检测项目应达到标准化声明18 :人员配备和熟练程度应满足实践需求声明19 :需使用核心基因清单与相应的检测标准品用于各个实验室间的质控比较五、NGS数据的产生、管理、信息学分析声明20 :应对所采用的数据分析工具（软件）进行能力验证声明21 :检测实验室应规范数据产生和管理储存流程声明22 :数据储存应米用通用的FASTQ、BAM、VCF格式，便于数据交换及实验室间评价声明23 :NGS原始数据的质量检杳,应有严格的操作规程指导声明24 :不同肿瘤的NGS数据分析应遵循相同的基本流程声明25 :体细胞与胚系来源的变异应加以区分声明26 :应对应对各个瘤种中具有明确或重要临床意义的基因变异进行关注分析和说明声明27 :中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）建议，临床肿瘤组织本的NGS检测数据中测序有效深度应达到500倍以上，测序深度是指测序得到的碱基总量与基因组大小的比值，是评价测序量的指标之一；血浆游离DNA标本的NGS有效测序深度应达到1000倍以上声明28 : CAGC项目数据的管理应在标准流程和各类数据管理方面实现同一化六、NGS结果报告与咨询声明29 :报告格式和内容需标准化,应能适应短期未来的发展趋势（靶点知识和检测内容的变更）声明30 :报告范围应根据测试目的及测序能够达到质量要求的覆盖范围来决定声明31 :NGS报告应简明扼要、明确易懂声明32 :结果解释需客观中肯，平实地描述肿瘤突变结果声明33 :遗传咨询需多学科支持七、知情同意声明34 :NGS检测项目开展刖应向患者提供知情冋意或相关遗传咨询八、NGS用于硏究与诊断的区别声明35 :研究项目获得有临床意义的分子变异结果需进一步在诊断条件下确证后才可纳入患者的医疗记录声明36 :硏究和诊断的检测结果都应建立数据库管理九、精准月中瘤学研究项目(CAGC-POI) NGS的监督管理。
二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识(2020版)要点全文
二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识（2020版）要点全文肺癌是目前全球最常见、致死率最高的恶性肿瘤。
非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌中最常见的组织学类型，在肺癌病例中占比超过80%。
在NSCLC领域，随着基因检测技术的进步和一系列新药临床研究的突破，近10年间新发现的肿瘤驱动基因不断增多，推动了NSCLC靶向治疗药物的研发和临床应用。
全面的肿瘤相关基因检测方法成为提升NSCLC患者治疗效果及预后的有效手段。
CSCO NSCLC诊疗指南提出应采用经过验证的检测方法同时检测多个驱动基因。
NCCN NSCLC指南则强烈支持通过全面分子测序的结果，指导临床治疗方案的确定，或纳入相关临床试验中。
目前，国外已发表了多个NGS检测技术指南，但现有的NGS指南通常侧重检验科室的技术参数标准，尚缺乏可指导NGS检测在实体瘤临床诊疗路径中应用的指南或共识，然而我国NSCLC患者数量庞大，精准治疗药物的可及性高，全面而准确的肿瘤基因诊断结果已经成为肺癌医师临床诊疗的刚需。
因此，国内外业内资深专家共同讨论并撰写了本共识，旨在为我国NSCLC临床诊疗规范使用二代基因测序（NGS）这一新型基因检测技术提供指引。
NGS检测的适用人群共识1：推荐所有病理诊断为肺腺癌、含有腺癌成分的肺癌以及不能分型的晚期新发或术后复发的NSCLC患者常规进行基因检测。
【I级推荐】对经小标本活检诊断为含有腺癌成分或具有腺癌分化的混合型鳞癌，以及年轻或不吸烟/少吸烟肺鳞癌患者，也推荐进行基因检测。
【II级推荐】虽然单纯肺鳞癌患者中有4%的EGFR突变率，但尚无证据支持肺鳞癌患者使用靶向EGFR TKI显著获益，因此不推荐对单纯肺鳞癌患者进行EGFR基因检测。
共识2：针对敏感型突变发生率高的NSCLC患者（见“共识1”），常规基因检测结果为阴性时，建议使用NMPA或FDA批准的NGS产品进行复检。
【III级推荐】晚期新发或术后复发NSCLC患者首次进行基因检测共识3：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，首次检测建议采用NMPA批准的检测产品，检测至少包括NSCLC常见驱动基因:EGFR突变（应涵盖18号、19号、20号、21号外显子），以及ALK融合、ROS1融合。
2020年中国前列腺癌患者基因检测专家共识(完整版)
2020年中国前列腺癌患者基因检测专家共识（完整版）1、前言随着第二代测序（next-generation sequencing，NGS）技术在包括前列腺癌等肿瘤临床诊疗中得到愈发广泛的应用，对NGS在前列腺癌临床应用过程中的检测内容、检测技术、生物信息学分析、数据处理及解读等环节的质量管理提出了更高的要求。
国外已出台了诸如《基因检测对遗传性前列腺癌风险评估作用：2017年费城前列腺癌会议共识》［1］（以下简称《费城共识》）等共识以规范该技术在前列腺癌患者诊疗及筛查中的应用；中国抗癌协会泌尿男生殖系肿瘤专业委员会也相继出版了《中国前列腺癌患者基因检测专家共识（2018年版）》［2］和《中国前列腺癌患者基因检测专家共识（2019年版）》［3］。
《中国前列腺癌患者基因检测专家共识（2020年版）》（以下简称《2020年版共识》）在综合国内外最新指南共识的基础上，参考最新发表的前列腺癌精准治疗相关研究数据和文献，进一步规范和指导前列腺癌基因检测的对象、内容、技术、数据处理和解读。
推荐有意愿进行基因检测的受检者以指导治疗决策或以遗传咨询为目的进行基因检测。
随着中国前列腺癌患者基因突变特征及精准治疗数据的不断产出，未来将继续结合中国前列腺癌患者的精准诊疗数据更新本共识；同时继续呼吁建立医院、基因检测实验室（公司）等相关机构共同参与的协作数据共享平台或数据库，以明确中国前列腺癌患者的驱动基因突变分子特征及其与转移、复发、疗效评估、药物不良反应的相关性等信息。
《2020年版共识》专家委员会也倡导各单位组建生殖泌尿肿瘤精准医学专家团队（genitourinary molecular tumor board，GU-MTB），为肿瘤治疗提供更多选项，优化患者的个体化诊疗方案，并建立生物标志物引导的临床治疗路径。
2、适宜进行基因检测的对象不同病情和治疗阶段的前列腺癌患者的基因突变特征各异［4］，基于前列腺癌临床实践及药物研发现状，推荐基于“提供遗传咨询”和“制定治疗决策”为目的的NGS基因突变检测（表1）。
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识
临床分⼦病理实验室⼆代基因测序检测专家共识临床分⼦病理实验室⼆代基因测序检测专家共识临床分⼦病理实验室⼆代基因测序检测专家共识近年⼆代基因测序（next-generation sequencing，NGS）技术快速发展，其应⽤已进展⾄临床检测，如遗传疾病、实体肿瘤、⾎液肿瘤、感染性疾病、⼈类⽩细胞抗原分析及⾮侵袭性产前筛查等。
国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应⽤。
中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、⽣物信息等专家进⾏了充分讨论，拟在NGS的操作流程、数据处理、结果解读等⽅⾯作规范和建议，以规范NGS在分⼦病理领域的应⽤。
临床分⼦病理实验室NGS样本可采⽤甲醛固定⽯蜡包埋组织（formalin-fixedparaffin-embedded，FFPE）、新鲜组织、各种体液上清液、体液离⼼细胞块、⽯蜡包埋标本和⾎浆/⾎液标本等。
本共识特⾊是基于病理评估的组织样本（FFPE、新鲜）的规范。
测序分析范围基于⽬前临床需求，本共识着重在于⽬标区域测序（panel）分析的实践。
随着技术的更新和应⽤的成熟，本共识将持续更新以满⾜临床需求。
⼀、实验室总体要求NGS检测实验室的总体设计与要求应参考《分⼦病理诊断实验室建设指南（试⾏）》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室⼯作导则》、《个体化医学检测质量保证指南》、《肿瘤个体化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应⽤技术指南（试⾏）》进⾏。
1.NGS检测⼈员的资质要求：NGS检测技术⼈员应具备临床病理学、分⼦⽣物学的相关专业⼤专以上学历，并经过NGS 技术的理论与技能培训合格。
数据分析⼈员应具有临床医学或分⼦⽣物学或遗传学知识背景并经⽣物信息学培训。
最终报告应由中级或硕⼠以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字⼈（医学博⼠学位或⾼级职称）审核。
2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、⽂库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第⼀扩增区）、⽂库扩增区（第⼆扩增区）、⽂库检测与质控区、测序区、数据存贮区。
NGS-蔺亚妮二代测序技术在血液肿瘤中的应用
1 二代测序技术概述
二代测序在血液肿瘤中的应用
2
及病例分享
一代测序—Sanger测序
优点：准确性高达99.999%，“金标准” 缺点：通量低，成本高
二代测序—高通量
成本低
Trends Genet. 2014 Sep;30(9):418-26
灵敏度高
缺点：读长短
血液病基因筛查靶定112个基因
ABCB1 ABL1
CALR CBL
CXCR4
EZH2
CYLD FAM46C
IDH1 IDH2
LYST MAFB
NPM1 NRAS
PTPN11 SMC1A RAB27A SMC3
TRAF3 U2AF1
ADAMTS13 CCND1 DDX3X FANCA IKZF1 MAPK1 PAX5
GATA2
BIRC3 CSF3R EPHA7 GATA3
IL7R ITK JAK1 JAK2 JAK3 KIT KRAS SH2B3
MLL2 PDGFRB RELN
STX11 UNC13D
MPL
PHF6
RUNX1 STXBP2
WAS
MUM1 PIK3CA SAMHD1 SUZ12 WHSC1
MYD88 PRDM1 SETBP1 TAL1
Blood. 2015 May 28;125(22):3501-8
MFC-MRD & NGS-MRD
Blood. 2015 May 28;125(22):3501-8
Relapse risk by post-HCT NGS-MRD
Blood. 2015 May 28;125(22):3501-8
二代测序技术在医学领域中的应用
RNA-seq的优势
• 不局限于已知的基因组序列信息，适用于未 知基因组序列的物种的高通量转录组研究 • 相对于芯片技术，背景信号值低，没有检测 上限，对于基因表达谱有非常宽的检测范围。 在有内参的情况下，在定量方面显示出了较 高的准确度和可重复性。 • 不需要克隆的步骤，操作简单，需要的样本 量少，可在单细胞的水平上进行表达谱分析 • 通量高，成本比Tilling array或者大规模的 EST测序要低。
全外显子测序（WES）
• Nimblegen (Roche) • SureSelect (Agilent) RNA Oligo • Trusight (Illumina)
WES应用领域
• • • • 癌症相关（人） 遗传性疾病（人） 其它非传染性疾病（人） 主要用于寻找罕见突变，遗传性突变 及癌症相关的体细胞突变 • 可以做SNP，InDel分析，但由于捕获 区域较短，一般不用于CNV，SV分析。
二代测序技术在医学领域中的应用
魏冬凯
概要
• • • • 二代测序技术简介 常见医学领域NGS方案 石蜡包埋样本解决方案 CTC和ctDNA
二代测序技术简介
人类基因组 Human Genome
• • • • 30亿对碱基来自母亲 30亿对碱基来自父亲 线粒体基因组来自母亲 与人类共生的微生物基因组
Kuroda, M., Katano, H., Nakajima, N., Tobiume, M., Ainai, A., Sekizuka, T., … Sata, T. (2010).. PloS One, 5(4), e10256. doi:10.1371/journal.pone.0010256处理，会引入一定的偏倚。 • PCR会造成表达量的变化。 • 海量短序列数据的比对或拼接情况复杂， 对重复序列和多匹配序列的精确定位存在 明显问题。 • 高等真核生物可变剪接和反式剪接的鉴定 仍有相当的误差。 • 测序深度的确定因物种、器官、组织、时 期而变，很难有统一公式直接计算。
二代测序在临床中的应用 培训 -回复
二代测序在临床中的应用培训-回复二代测序在临床中的应用以及相关培训引言随着生物技术的不断发展，二代测序技术逐渐成为临床医学中不可或缺的工具。
二代测序技术通过快速获取大量的基因组序列信息，为临床医学的诊断和治疗提供了有力支持。
本文将深入探讨二代测序在临床中的应用，以及相关的培训内容。
一、二代测序在临床中的应用1. 遗传病的诊断与筛查二代测序技术能够高效地获取个体基因组的全部或大部分信息，可用于各种遗传病的诊断与筛查。
通过对患者或家系成员的基因组进行测序，可以检测出与遗传病相关的突变或变异，并为临床医生提供指导治疗的依据。
例如，在常规产前诊断中，可以通过对胎儿基因组的二代测序，快速检测出有无染色体异常或遗传病突变。
2. 癌症基因突变的检测二代测序技术在癌症基因突变检测方面也有广泛应用。
通过对肿瘤样本中的DNA进行测序，可以发现肿瘤相关基因的突变信息，从而为肿瘤的分型、分级和治疗提供重要的依据。
此外，二代测序还可以通过监测肿瘤DNA是否存在于血液中，实现早期癌症的早期检测和监测疗效。
3. 个体化用药和药物反应性预测个体的基因组信息对于药物治疗的选择和效果预测有着重要意义。
二代测序技术可以获取个体的基因组序列，进而分析个体可能存在的药物代谢途径、药物敏感性等信息，为个体化的用药提供指导。
基于二代测序的药物反应性预测可以大大提高用药的安全性和疗效。
二、相关培训内容针对二代测序在临床中的应用，相关培训内容主要包括以下几个方面：1. 测序技术的基本原理和方法二代测序技术的基本原理和常用方法是培训的基础内容。
包括测序平台的介绍、DNA提取和文库构建、测序过程中的质控与数据处理等内容。
2. 数据分析和解读二代测序生成的数据量庞大，需要进行合理的数据分析和解读。
培训应包括数据分析的基本步骤，如数据质控、数据清洗、序列比对、突变检测等，以及相关的数据分析软件的使用。
3. 临床应用案例分析临床应用案例分析是培训的重要环节，可以通过真实的病例进行分析，让学员们了解二代测序在临床实践中的具体应用场景和注意事项，培养他们的实际操作能力和解读能力。
第二代测序在肿瘤临床研究中的应用
精准医学杂志2018年 2 月第33 卷第 1 期J P re c is M e d，F e b ru a ry2018, V l33,N o.doi：10.13362/j.jpmcd.201801023 文章编号：2096529XC2018)01-0081-06•综述•第二代测序在肿瘤临床研究中的应用孙亦挺张娣赵泽毅李松刘联(山东大学齐鲁医院肿瘤内科，山东济南250012)[摘要]高通量测序又称下一代测序（NGS)技术，即第二代测序技术。
其主要特点是通量高、灵敏度高、信息 量丰富、成本低等。
N G S技术在基因组从头测序、重测序、转录组学测序及表观遗传学研究中发挥了重要作用。
近 年来，N G S技术逐渐被应用于研究肿瘤的发病机制、分子分型、诊治手段及预后分析等方面，取得了一系列重大突破。
基于N G S技术的肿瘤临床研究必将极大推动以基因大数据与个体化医疗为特征的现代肿瘤精准医学的发展，影响和改变我们的临床实践，给肿瘤患者的生存带来质的突破。
[关键词]肿瘤；高通量测序；精准医学；免疫疗法；综述[中图分类号]R730 [文献标志码]八随着现代医学科学技术的飞速发展，恶性肿瘤的诊治已经进人了生物信息大数据与个体化治疗相结合的精准医疗时代。
在这个发展过程中，高通量测序又称下一代测序（theN extG enerationSequen- cing，NGS)技术以其通量高、信息量大、灵敏度高、耗时短的优势发挥了关键性的作用，逐渐被越来越多的研究者所接受和采用。
作为新一代的测序技术，N G S可对数以百万计的不同D N A片段混合物进行深度测序，使得短时间内获知个体或疾病的全部基因组信息成为可能。
与基因芯片、单核苷酸多态性（SingleN ucleotidePolym orphism，SNP)分析和传统的Sange r测序相比，高通量测序可以对从样本中得到的D N A和R N A进行更大规模和更高覆盖度的快速测序，从而得到全景式的分析，并能有效检测到发生频率很低的D N A及R N A变化；有效克 服了全基因组关联研究（Genome-W ideAssociation Studies,G W A S)中假阳性率、假阴性率较高，以及 检测到的S N P很少位于功能区，或对致病的稀有变异和结构变异不敏感等的局限性。
多发性骨髓瘤应用二代测序监测微小残留病的实验室标准化技术规范专家共识（2021年版）
多发性骨髓瘤应用二代测序监测微小残留病的实验室标准化技术规范专家共识（2021年版）多发性骨髓瘤（multiple myeloma，MM）是一种细胞遗传学高度异质的克隆性浆细胞增殖性肿瘤，是血液系统的常见肿瘤[1]。
近几年多种新型作用机制靶向药物的上市大大提高了MM患者治疗的缓解深度并延长了生存期。
但由于大部分患者体内存在微小残留病（minimal residual disease，MRD），最终仍会复发。
二代测序（next-generation sequencing，NGS）作为新的分子生物学技术，具有通量高、灵敏度高、成本低等优势，已成为MM患者MRD评估的主要研究方法之一。
为实现检测结果标准化，专家组制订了在MM 患者中应用NGS监测MRD实验室标准化技术规范的中国专家共识。
一、背景1．MRD监测意义：MRD可在低于传统形态学检测多个数量级下检测恶性肿瘤是否持续存在，是评估肿瘤负荷的常用指标，可反映患者对治疗的反应，也可作为评估患者未来复发风险的预后工具。
国际骨髓瘤工作组（International Myeloma Working Group，IMWG）在2016年更新了MM治疗应答标准，在原有传统疗效评估标准之外增加了MRD 疗效标准，主要包括二代流式细胞术和NGS两种监测方法[2,3]。
2020年版中国MM诊治指南也推荐将NGS纳入MM患者的MRD评估标准。
国内外文献也证实NGS检测的MRD状态可作为MM的主要预后因素之一，是MM患者疗效评价的重要标准[4,5,6]。
2．MRD目标基因：目前应用NGS监测MM患者MRD，主要检测的目标基因是IG 基因克隆性重排。
需要先确定初诊MM患者全骨髓细胞中肿瘤浆细胞IG克隆性重排，包括IGH和（或）IGK基因克隆性重排的类型和序列[7]。
在患者后续的随访标本中，以诊断时检测到的克隆性重排序列作为分子标志进行MRD监测[8]。
二、实验流程1．样本采集：MM患者建议采集新鲜骨髓标本进行NGS检测，不推荐使用外周血。
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识教学文案
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识近年二代基因测序（next-generation sequencing，NGS）技术快速发展，其应用已进展至临床检测，如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。
国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用。
中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等专家进行了充分讨论，拟在NGS的操作流程、数据处理、结果解读等方面作规范和建议，以规范NGS在分子病理领域的应用。
临床分子病理实验室NGS样本可采用甲醛固定石蜡包埋组织（formalin-fixedparaffin-embedded，FFPE）、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。
本共识特色是基于病理评估的组织样本（FFPE、新鲜）的规范。
测序分析范围基于目前临床需求，本共识着重在于目标区域测序（panel）分析的实践。
随着技术的更新和应用的成熟，本共识将持续更新以满足临床需求。
一、实验室总体要求NGS检测实验室的总体设计与要求应参考《分子病理诊断实验室建设指南（试行）》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》、《个体化医学检测质量保证指南》、《肿瘤个体化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行。
1.NGS检测人员的资质要求：NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过NGS技术的理论与技能培训合格。
数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。
最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职称）审核。
2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。
二代测序技术在医学领域中的应用
• 预计花费2亿美金;最终花费30亿美金 • 怎样才能降低试剂消耗？
降低消耗的办法
1. 将分子克隆替换成聚合酶链式反应 PCR;先给DNA片段加上尾巴&
桥式PCR 2. 降低反应体积 把测序反应装到小的空间里去& 10ul的试剂做更多的DNA测序反应&
CTCs的检测有助于早期转移肿瘤患者的诊断、监 测术后患者肿瘤的复发与转移
有助于评估抗肿瘤药物的敏感性与患者预后以及选 择个体化的治疗策略
CTCs研究难点
无显著 特异性
CTCs并没有显著的特异性同其它血细胞明确区分 且不同组织学类型和分子表型的肿瘤分别表达不同 的标志物&
数量少
67 CTCs在外周血中数量稀少;一般在10 -10 个白细 胞中仅含有1个&
什么是CTCs？
• CTCsCirculating Tumor Cells自发或 因诊疗操作由实体瘤或转移灶释放进 入外周血循环的肿瘤细胞.
• CTCs是肿瘤转移过程中在血液循环系 统中存活的肿瘤细胞;它的生成被认为 是肿瘤发生转移的必要前提&
CTCs研究意义
深入研究CTCs有助于对肿瘤转移机制进一步了 解 ， 为抗肿瘤转移的治疗提供新的依据
WGRS/DNA-Seq
• 全基因组重测序是对基因组序列已知 的个体进行基因组测序;并在个体或群 体水平上进行差异性分析的方法&随着 基因组测序成本的不断降低;人类疾病 的致病突变研究由外显子区域扩大到 全基因组范通量测序;实现在全 基因组水平上检测疾病关联的常见、 低频、甚至是罕见的突变位点;以及结
• 降解程度与石蜡包 埋的时间相关
二代测序技术在实体肿瘤诊疗中的应用进展
2020年10月第10卷第20期·综 述·二代测序技术在实体肿瘤诊疗中的应用进展翚 缨 曾 灏广西壮族自治区贵港市人民医院检验科，广西贵港 537100[摘要] “二代测序技术”又称为“高通量测序”，具有探索新的生物标志物并靶向识别特异性基因突变的能力，在临床上的应用前景十分广泛。
在实体肿瘤的诊疗中，主要针对驱动基因进行检测研究，以提高常见肿瘤诊断的精准度；同时在检测技术的实施过程中，不断根据癌细胞变化情况，予以针对性的治疗干预，也有利于预后工作的开展。
本研究主要对近年来二代测序在实体肿瘤诊疗中的应用进行阐述，并简单分析二代测序技术的方法和优点，对未来临床的应用作出展望。
[关键词] 二代测序技术；肿瘤；研究进展[中图分类号] R730.4 [文献标识码] A [文章编号] 2095-0616（2020）20-40-04Application progress of next-generation sequencing technologyin the diagnosis and treatment of solid tumorsHUI Ying ZENG HaoDepartment of Laboratory,Guigang City People's Hospital,Guangxi,Guigang 537100,China[Abstract] "Next-generation sequencing technology", also known as "high-throughput sequencing", has the ability to explore new biomarkers and to specific gene mutations, and has a broad clinical application prospect. In the diagnosis and treatment of solid tumors,detection and research are mainly aimed at driving genes to improve the accuracy of common tumor diagnosis; At the same time,during the implementation of detection technology, targeted therapeutic interventions are continuously provided according to the changes in cancer cells in favor of the development of prognosis work. This article mainly describes the application of next-generation sequencing in the diagnosis and treatment of solid tumors in recent years,and briefly analyzes the methods and advantages of the next-generation sequencing technology, and makes a prospect for future clinical applications.[Key words] Next-generation sequencing technology;Tumors;Research progress[基金项目] 广西壮族自治区卫生健康委员会科研课题（Z20190320）。
二代测序在常规脑肿瘤诊断中可促进整合诊断及确定可行的治疗靶标
二代测序在常规脑肿瘤诊断中可促进整合诊断及确定可行的治
疗靶标
Sahm F;Schrimpf D;Jones D T;李晓玲(翻译);王行富(审校)
【期刊名称】《临床与实验病理学杂志》
【年(卷),期】2016(32)7
【摘要】随着神经肿瘤的预后和预测性分子标记数量逐步增多，对神经病理样本进行全面分子分析的需求明显增加。
因此，作者开发了一个特定的基于富集／杂交一捕获原理的二代测序（NGS）基因板（gene panel），它包含了近期发现的脑肿瘤中存在变异的130个基因的完整编码区和部分内含子及启动子区域，可以检测出单核苷酸变异，基因融合和拷贝数变异。
【总页数】1页(P840-840)
【关键词】脑肿瘤诊断;治疗靶标;测序;基因融合;启动子区域;分子标记;神经肿瘤;分子分析
【作者】Sahm F;Schrimpf D;Jones D T;李晓玲(翻译);王行富(审校)
【作者单位】不详;福建医科大学附属第一医院病理科,福州350005
【正文语种】中文
【中图分类】R739.41
【相关文献】
1.二代测序在肺癌的诊断和治疗中的应用进展 [J], 常艳
2.基于二代测序技术的基因组拷贝数变异测序联合核型分析技术在产前诊断中的应用价值 [J], 蔡海延
3.二代测序在妇科肿瘤诊断及治疗中的应用 [J], 寻方方;孟莹;张萍
4.基于二代基因测序在免疫抑制合并重症肺炎病原诊断及治疗中的应用 [J], 马肖龙;高锋;冯思涵
5.宏基因组学第二代测序技术对比传统实验室微生物培养在脓毒症病原学诊断中的优势 [J], 张淋;洪城;孟新科;李颖
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《二代测寤技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》要点
二代测序（NGS ）又称大规模平行测序，能同时对上百万甚至数十亿个DNA 分子进行测序，实现大规模、高通量测序的目标，时继Sanger测序之后的革命性进步。
目前在临床肿瘤实践中,NGS主要用于驱动基因测序, 是肿瘤精准诊疗的重要环节。
NGS有明显的通量优势及发现未知基因变异的优势,但是在使用中也存在包括检测技术、数据管理、分析与报告、解读与临床咨询等方面的各种挑战。
在我国现阶段，肿瘤患者数目庞大,驱动基因诊断和检测应用需求巨大。
但在实际应用中会出现因为检测技术的准入门槛低、缺乏临床公认的NGS 指导规范，肿瘤诊疗中可能存在检测质量低下、结果准确性差，检测结果解读不专业，甚至盲目追求基因检测结果的现象。
本共识文中的"声明"是专家组讨论的各个要点，也即专家组形成的共识或推荐。
—、NGS在临床肿瘤诊断中的质量需求
声明1 :临床肿瘤诊断应用的NGS项目应符合相应的诊断技术标准.
声明2 : NGS检测项目的目的和临床益处应明确
二NGS在临床肿瘤应用的检测内容
声明3 : 如果NGS用于临床分子诊断，应明确至少哪些基因需纳入检测名单中
声明4: 可靶向作用基因的变异可能会影响临床决策,医师需要根据基因分型的检测结果来指导临床诊疗方案
声明5 : 应根据实际情况需对检测内容进行更新
声明6 : 应对每个基因变异点进行明确定义注释
声明7 : NGS项目的检测流程和生物信息学分析需针对特定平台和分析项目进行充分优化和标准化
三、NGS应用中的样本处理
声明8:为提高NGS检测肿瘤驱动基因的准确性，应提供高质量的临
床生物材料样本
声明9 :样本登记过程中每个标本应在NGS分析中有唯一性标识
声明10 : 应有充分的样本评估和起始核酸用量
声明
应对抽提后^文库构建后的核酸样本进行质控
11 ：
声明12: 应预留生物材料用于后续验证
四、NGS测序技术及流程
声明13 : NGS检测需符合严格的检测坏境要求
声明14 : 应对NGS试剂进行严格的管理和质控
声明15 : 每个特定NGS测试项目均需经过严格技术验证后才可用于临床肿瘤检测
声明16 : 应制定有明确的检测流程
声明17 : NGS技术检测项目应达到标准化
声明18 : 人员配备和熟练程度应满足实践需求
声明19 :需使用核心基因清单与相应的检测标准品用于各个实验室间的质控比较
五、NGS数据的产生、管理、信息学分析
声明20 : 应对所采用的数据分析工具（软件）进行能力验证
声明21 : 检测实验室应规范数据产生和管理储存流程
声明22 : 数据储存应米用通用的FASTQ、BAM X VCF格式，便于数据交换及实验室间评价
声明23 : NGS原始数据的质量检杳”应有严格的操作规程指导
声明24 : 不同肿瘤的NGS数据分析应遵循相同的基本流程
声明25 : 体细胞与胚系来源的变异应加以区分
声明26 :应对应对各个瘤种中具有明确或重要临床意义的基因变异进行关注分析和说明
声明27 : 中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）建议，临床肿瘤组织样本的NGS检测数据中测序有效深度应达到500倍以上，测序深度是指测序得到的碱基总量与基因组大小的比值，是评价测序量的指标之一；血浆游离DNA标本的NGS有效测序深度应达到10oo倍以上
声明28 : CAGC项目数据的管理应在标准流程和各类数据管理方面实现同一化
六、NGS结果报告与咨询
声明29 :报告格式和内容需标准化,应能适应短期未来的发展趋势（靶
点知识和检测内容的变更）
声明30 :报告范围应根据测试目的及测序能够达到质量要求的覆盖范围来决定
声明31 : NGS报告应简明扼要、明确易懂
声明32 : 结果解释需客观中肯，平实地描述肿瘤突变结果
声明33 :遗传咨询需多学科支持
七、知情同意
声明34 : NGS检测项目开展刖应向患者提供知情冋意或相关遗传咨询八、NGS用于硏究与诊断的区别
声明35 :研究项目获得有临床意义的分子变异结果需进一步在诊断条件下确证后才可纳入患者的医疗记录
声明36 : 硏究和诊断的检测结果都应建立数据库管理
九、精准月中瘤学研究项目(CAGC-POI) NGS的监督管理。