芭蕉属植物cpDNAL16序列限制性片段长度多态性研究
第七章 真菌的分子生物学鉴定方法
（二）真菌线粒体DNA限制性片段长度多态性（RFLP）分析 限制性片段长度多态性分析（restriction fragment length polymorphism, RFLP），将目标DNA序列经一定数目和种类的限 制性内切酶(RE)进行酶切,由于不同生物体的基因组DNA在限制性 内切酶的酶切位点的遗传信息有差异, 限制性内切酶在其上的识别
Orbilia Fr.(1849), Orbiliaceae, Anamorphs
Arthrobotrys, Dactylella, Dicranidion, Dwayaangam,
Helecoon, Monacrosporium,Trinacrium,c.34(on wood etc., sometimes nematode-trapping),widespread. See Baral(SA 13: 113,1994; concept), Benny et al.(CJB 56: 2006,1978;biol.)
聚类树状图与基于ITS构建的分子系统发育图，表明该
聚类树状图不适于分析种间亲缘关系。
三 rDNA序列分析的方法及应用
基因序列在生物进化过程中的改变速率是一定的，目前
很多真菌学家在真菌分子系统学研究的基本方法之一是 对菌体的某一段DNA序列进行同源性比较,构建系统树, 以此探讨它们的系统演化关系。目前现有的序列资料, 常用于真菌系统学研究的基因片段主要有线粒体基因组
RAPD技术是群体遗传研究、菌物鉴定等的很好的分子 标记，已经被成功地用于动物、植物、人和微生物的遗 传多样性检测、基因定位、品系鉴定、医学诊断、遗传 图谱构建和系统学研究等。 在分析生物间系统发育关系、分析突变以及亲缘关系鉴 定等方面显示出卓越的功能,一些表型上不能反映的遗传 物质的细微变化都可以通过RAPD技术显示出来。
云南辣木资源遗传多样性的AFLP分析
云南辣木资源遗传多样性的AFLP分析郑硕理;邵建辉;张敬丽;高熹;田洋;张广辉;杨生超;马春花【摘要】为了揭示云南栽培辣木的遗传多样性和亲缘关系,为国内辣木种质资源的进一步有效开发与利用提供依据,采用AFLP技术对27份云南栽培辣木材料进行了遗传多样性分析,筛选得到9对条带清晰、多态性高的引物,共扩增出946条条带;其中,多态性条带913条,平均每对引物扩增条带105条,多态性条带101条,多态性位点频率为96.19％,表明云南栽培辣木具有较为丰富的遗传多态性.27份材料间遗传相似系数变化范围为0.657 5～0.838 3.UPGMA聚类结果表明:27份材料可分为6类,来自同一栽培区域的材料并没有聚在一起,具有相同性状的材料也没有聚在一起,表明栽培辣木种群内遗传分化较大,遗传背景复杂,相关性状和遗传的关系仍需进一步研究.【期刊名称】《云南农业大学学报》【年(卷),期】2016(031)005【总页数】6页(P850-855)【关键词】辣木;AFLP;遗传多样性【作者】郑硕理;邵建辉;张敬丽;高熹;田洋;张广辉;杨生超;马春花【作者单位】云南农业大学,云南省优势中药材规范化种植工程研究中心,云南昆明650201;云南农业大学园林园艺学院,云南昆明650201;云南农业大学云南辣木研究所,云南昆明650201;云南农业大学,云南省优势中药材规范化种植工程研究中心,云南昆明650201;云南农业大学园林园艺学院,云南昆明650201;云南农业大学云南辣木研究所,云南昆明650201;云南农业大学云南辣木研究所,云南昆明650201;云南农业大学,云南省优势中药材规范化种植工程研究中心,云南昆明650201;云南农业大学,云南省优势中药材规范化种植工程研究中心,云南昆明650201;云南农业大学,云南省优势中药材规范化种植工程研究中心,云南昆明650201;云南农业大学园林园艺学院,云南昆明650201;云南农业大学云南辣木研究所,云南昆明650201【正文语种】中文【中图分类】S794辣木(Moringa oleifera Lam.)为辣木科辣木属植物，原产于印度，又称为鼓槌树，是多年生热带落叶乔木(若一些地区冬季温度高，水肥条件好，则表现为常绿)。
枇杷野生型与栽培型的cpDNA_sup_TrnS-TrnG+_sup_及cpDNA_sup_TrnQ-rps16+_sup_序列多态性的比较
园艺学报 2012，39（10）：1913–1918 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@ 枇杷野生型与栽培型的cpDNA TrnS-TrnG及cpDNA TrnQ-rps16序列多态性的比较王云生，林顺权*（华南农业大学园艺学院，广州 510642）摘 要：为了从野生型驯化为栽培品种的角度了解枇杷（Eriobotrya japonica Lindl.）的遗传多样性，对55个来自世界各地有代表性的栽培品种及多份野生枇杷的cpDNA TrnS-TrnG及cpDNA TrnQ-rps16基因位点序列的核苷酸多态性进行了比较分析。
结果显示：栽培枇杷群体在这两个基因位点不存在变异，而野生枇杷群体在cpDNA TrnS-TrnG位点出现了两个替代变异及1个插入/缺失变异，在cpDNA TrnQ-rps16位点出现了3个替代变异及两个插入/缺失变异，表明在从野生型驯化为栽培品种的过程中发生了严重的遗传瓶颈，导致了栽培枇杷群体的遗传基础狭窄。
关键词：枇杷；遗传多样性；野生资源；栽培品种中图分类号：S 667.3 文献标志码：A 文章编号：0513-353X（2012）10-1913-06A Comparative Study on the Polymorphism of Loci cpDNA TrnS-TrnG and cpDNA TrnQ-rps16 in Cultivated and Wild LoquatsWANG Yun-sheng and LIN Shun-quan*（College of Horticulture，South China Agricultural University，Guangzhou 510642，China）Abstract：In order to understand the genetic diversity of loquat（Eriobotrya japonica Lindl.） in view of domestication of wild loquat，the sequences of loci cpDNA TrnS-TrnG and cpDNA TrnQ-rps16 of 55 accessions cultivated and some wild loquats collected from different locations were analyzed and compared in this studies. No nucleotide polymorphism was found in cultivated population. However，one indel/insert and two substitutes appeared in the segment of cpDNA TrnS-TrnG，and three mutants and two indel/inserts appeared in the segment of cpDNA TrnQ-rps16 of wild populations. The results implied very low genetic diversity existed in cultivated population of loquat induced by the severe genetic bottleneck generated during the process of domestication of cultivated loquat.Key words：loquat；genetic diversity；wild resource；cultivars中国是枇杷种植总面积最大、总产量最高的国家，有栽培品种300多个（Zheng，2007）。
叶绿体DNA(cpDNA)研究与植物系统学
一．叶绿体DNA（cpDNA）研究与植物系统学1. 分子系统学研究中常用的标记分子生物学技术的发展为植物育种提供了一种基于DNA变异的新型遗传标记——DNA分子标记，或简称分子标记。
与传统应用的常规遗传标记相比，分子标记具有许多明显的优点，因而已被广泛应用于现代作物遗传育种研究的各个方面，大量以前无法进行的研究目前利用分子标记手段正蓬勃开展，并取得丰硕的成果。
尤其是当分子标记技术走出实验室与常规育种紧密结合后，正在为植物的系统学研究带来一场新的变革。
目前用于植物系统进化、遗传多样性以及植物地理学研究的分子标记和方法有多种。
总体来看可以分为4类，即:（1）蛋白质标记；（2）DNA序列分析；（3）DNA指纹分析；（4）DNA构象变化与SSCP 分析[1]。
DNA序列可以直接反映物种的基因型，并记录进化过程中发生的每一个变化，含有极为丰富的进化信息。
依据DNA序列上的差异来比较植物的亲缘和演化关系，可以为植物系统与进化研究提供最直接的证据。
当前用于研究的DNA序列主要分为两大类:叶绿体基因组（Chloroplast DNA，cpDNA）和核基因组（nuclear DNA，nDNA）本文采用的是叶绿体DNA（cpDNA）序列分析，故在此主要接介绍cpDNA序列分析。
2.cpDNA叶绿体基因组（cpDNA）占植物总基因组DNA的10-20%，为双链闭环结构，一般为120-220kb（多在120-160kb之间），被2个长约22-25kb的反向重复序列（IR）分成大拷贝区（LSc）和小两个单拷贝区（SSC）。
在过去二十年里，.植物系统学家们依据叶绿体DNA序列进行了大量的系统发育分析[2]。
因为cpDNA具有一下优势：第一，叶绿体基因组在植物细胞中虽为多拷贝，但其序列都是一样的，便于操作[3];第二，叶绿体基因组是单亲遗传的，不存在核基因中出现的基因重组等问题；第三，由于叶绿体基因组序列的保守性，扩增叶绿体片段的引物是通用的；第四，非编码区的叶绿体DNA具有更多的信息位点，且测序的工作量不大，更适合于低等级类群的系统发育研究。
末端限制性片段长度多态性技术_T_省略_微生物群体分析上的应用与技术优化_李献梅
中国农业大学学报 2009,14(4):1-9Journal o f China A g ricultur al U niv ersity末端限制性片段长度多态性技术(T -RFLP)在微生物群体分析上的应用与技术优化李献梅 王小芬 崔宗均*(中国农业大学农学与生物技术学院/中国农业大学生物质工程中心,北京100193)摘 要 末端限制性片段长度多态性技术(T-RFL P)是以荧光标记引物P CR 为基础,根据末端限制性片段长度区分出微生物群体组成的一种微生物群体图谱法。
本文综述了该方法在群体微生物分析上的应用及DN A 提取、PCR 扩增、酶切和数据分析等步骤的技巧与优化,总结了科学应用该技术的要求以及和多重PCR 、gy r B 基因等相结合的观点。
关键词 T -RF LP ;微生物群体;图谱分析;PCR;克隆中图分类号 Q 936 文章编号 1007-4333(2009)04-0001-09 文献标志码 A收稿日期:2008-10-27基金项目:国家/十一五0科技支撑计划(2006BAD07A 01;2006BA D25B04)第一作者:李献梅,博士研究生,E -mail:staro fchina@g 通讯作者:崔宗均,教授,主要从事生物质资源利用与微生物生态研究,E -mail:acuizj@Applications and optimizations of T -RFLP in fingerprintingenvironm ental microbial populationsLI Xian -mei,WANG Xiao -fen ,CUI Zong -jun *(College of Agronomy and Biotechnology/Center of Biomas s Engineeri ng,Chi na Agricul tural U nivers i ty,Bei jing,100193,China)Abstract Terminal re stric tio n fra gment leng th polymorphis m (T -RFLP)is one o f micro bia l popula tio n fing erprinting me tho ds tha t is ba sed o n labele d primers -PCR to ide ntify microbial co mposition a ccording to diffe re nt terminal re stric tio n frag me nt leng ths.The applic ations and te chnica l o ptimizations we re o ve rv iew ed o f T -RFLP thro ugh the pro cedures of DNA preparation,PCR,enzyme dig estion and da ta analysis.The sc ientific applic ation re quire me nts and new view s of combination with multiple -PCR o r g yr B g e ne we re dra wn.Key words T -RFLP;microbial po pulation;fing erprinting ana lysis;PCR;clone libra ry当前环境微生物组成及生态研究已经成为微生物领域的一大热点[1]。
芭蕉属植物基于线粒体ccb256序列的分类研究
ｄ ｕ ｉａａ ｓ ． ｎ ｓ 与 大 量 的 栽 培 蕉 聚 到 了 一 组 ，证 明其 与 栽 培 蕉 具 有 较 近 的 亲 缘 关 系 。 结 果 还 ｃ ｍ ｎ ． ｐｂ ｋｉ ｔ ｓ ａ ｉ
热 带 作物 学 报 ２ １ ，３ （ ） １８ — ６ １ ０ １ ２ ９ ： ６ ７ １ ９
Ｃ ｉｅｅ Ｊｕ ｎ ｌｏ ｒｐ ｃ ｌＣ ｏ ｓ ｈｎ ｓ ｏ ｒ ａ ｆＴ ｏ ｉａ ｒｐ
芭蕉属植物基 于线粒 体 ｃｂ ５ 列的分 类研究 ｃ ２ ６序
邓 长 娟 】，王 静毅 ｚ 陈 友 ｓ Ｉ ２ ， ，冯 慧敏 ， ，徐 小 雄 ， 武耀 廷 ，
１海 南大 学农 学院 ．海 南海 口 ５ ０ ２ ７２８
２ 昱 冀 差曩 圭葬 霎 篓 海 海 ７ １ 农部带物物术点放验 １ 裹 霉翥 粟 囊 妻 碍 碍 １ 业 热作 生技 重 开 实 室 南 口５０
３ 琼 州学 院 ．海 南 三亚 ５ ２ ２ ７０ ２
摘 要 利 用 Ｐ Ｒ 和 Ｐ Ｒ 产 物 直 接 序 列 分 析 技 术 ，获 得 了 芭 蕉 属 ４ Ｃ Ｃ ２份 材 料 ｃｂ ５ ｅ ２ ６线 粒 体 Ｄ Ａ 片段 的 序 列 。 Ｎ 采 用 Ｍ Ｇ ４软 件 构 建 了 芭 蕉 属 植 物 的 Ｍ Ｅ Ａ Ｐ树 。 结 果 表 明 ，Ａ ｓｒ ｉ ｓ ｕｔ ｌ ａｍｕａ组 和 Ｃ ｌｍ ｓ ａ ｉｕａ组 聚 到 一 起 ，真 蕉 组 的 ｌ
Ａｂ ｔ ａ ｔ Ｔ ｅ ｈ ｌ ｇ ｎ ａ ｄ ｅａ ｉｎ ｈ ｐ ｍｏ ｇ ２ ｃ ｅ ｓｏ ｓ ｓ ｒ ｃ ｈ ｐ ｙｏ ｅ ｙ ｎ ｒ ｌｔ ｓ ｉ ａ ｎ ４ ａ ｃ ｓ ｉｎ ｗｅｅ ｎ ｅ ｔ ａ ｅ ｂ ａ ａｙ ｉ ｇ ｏ ｒ ｉｖ ｓｉ ｔ ｄ ｙ ｎ ｌｚｎ ＤＮ ｇ Ａ ｓ ｑ ｅ ｃ ｅｕｎ ｅ
基于芭蕉属EST序列的地涌金莲SSR引物开发
ｔ ａ ｏ １３ ８ｐ ｂｉｌ ａ ａ ａｌ ｓ Ｓ ｑ ｅ ｃｓ ４９ ４（ ３ ４ ％ ）ｏ ｅ ｏｔｉｅ １ （ ５ ６ ％ ）Ｓ Ｒ ｏ ｌ ｆ ０ ｕ ｌ ｙ ｖｉ ｂｅ ｔ ３ ｃ ｌ ＭｕａＥ Ｔｓ ｕ ｎ ｅ． ４ ２ ．０ ｅ ｆ ｈｍ ｃｎａ ｄ ４ ６ ２ ．３ ｔ ｎ ５ Ｓ
Ａｂｓｒ ｃ ｔ ａ ｔ：２１ ９ ｎ ｎ－ｅ ｎ ａ ｔｃｕ ｔｒ ２ ｏ ｒ ｄｕ ｄ ｎ ｌ ｓｅ ｓ，ｃ ｎ ａｎｉ ｇ ３ ８１ ｏ ｔｇ ｎ １ ｉ ｇｅ ｏ ，ｗｅ ｅ ｉ ｅ ｉ ｅ ｒ ｍ １ ｏ ｔ ｉ ｎ ８ ｃ ｎ ｉ ｓａ ｄ １ ３１ ｓｎ ｌｔｎｓ ７ ｒ ｄ ｎｔ ｉ ｄ ｆｏ ａ ｆ
Ｄｅ ｅｏ ｍｅ ｔｏ Ｓ Ｍ ａ ｋ ｒ ｆＭ ｕ ｅｌ ａ ｉ ｃ ｒ ａ ｂ ｖ ｌｐ ｎ ｆＳ Ｒ ｒ ｅ ｓ ｏ ｓ ｌ ｌ ｓｏ ａ ｐ ｙ ａ Ｄａ ａ Ｍ ｉ ｉ ｇ ｉ ｕ ａ ＥＳ Ｓ ｑ ｅ ｃ ｓ ｔ ｎ ｎ ｎ Ｍ ｓ Ｔ ｅ ｕ ｎ ｅ
ｍ ｔｓ ａ ｄｔｅｄ一２ ． ０ ） ｔ一５ ．５ ）ａ ｄｔｔ ．ｕｌｏｉ １ ．５ ）ａｅｔｅｍａ ｔｓ ｆ ｌＳ Ｒ ｂ ｏｉ ， ｎ ｉ １ ８ ％ ， ｒ （２ ５ ％ ｆ ｈ （ ｉ ｎ ｒ ｎ ｃ ｔ ｅ（４ ５ ％ ｅａ ｅ ｄ ｒ ｉ ｍｏ ｆ ｏ ｌ Ｓ ｓｏ— ｈ ｎ ｉ ａ
基于 cpDNA trnL-F 序列的胡黄连保护遗传学研究
基于 cpDNA trnL-F 序列的胡黄连保护遗传学研究李国栋;尹子丽;刘小莉【摘要】Neopicrorhiza scrophulariiflora (Scrophulariaceae), a monotypic genus perennial species, is endemic to the Eastern Himalayas and the Hengduan Mountains region. It only distributes in Yunnan and Tibet in China, ranging from 3 600 m to 4 200 m in elevation. The long and creep rhizomes (Rhizoma Neopicrorhizae) are of high medicinal value and dysentery by traditional Chinese and Tibetan medicine. Mainly because of large-scale acquisitions activity, natural popu-lations of this species have suffered rapid declines and now it is classified as an endangered species under second catego-ry of key protected wild plants in China. In order to protect the decreasing natural genetic resources of N. scrophulariiflo-ra, in this study, the chloroplast DNA (cpDNA) trnL-F noncoding sequence was used to estimate the genetic diversity and genetic structure and the evolutionary significant units (ESU) were proposed. A total of 91 individuals of N. scrophu-lariiflora were collected from seven populations, covering almost all areas of its distribution ranges. Of these seven popu-lations, four were from Yunnan Province and three populations were from Tibet. The statistical results showed that the haplotype sequences length varied from 871 bp to 876 bp. A total of five haplotypes were detected based on trnL-F nucle-otide variation. Yunnan contains three haplotypes and Tibet contains two. However, none of common haplotypes were shared between the populations from Yunnan and Tibet. A normal lowlevel of genetic diversity (Hd = 0.434 19) and nucleotide diversity (Dij = 0.004 66) were identified at the species level. A high level of genetic differentiation (0.96) among populations was revealed. AMOVA results from chloroplast data indicated that 0.78% of the genetic variation was partitioned within population, 60.97% among populations within groups, and 38.25% among groups under the condition that N. scrophulariiflora was divided into two groups including Yunnan and Tibet. The U-statistic test for phylogeographi-cal structure showed that NST was significantly higher than GST(NST >GST , P < 0.01), which suggested a distinctly phylo-geographical pattern The gene flow (Nm) was extremely low with only 0.04. The higher NST than GST(P<0.01) suggested a distinctly phylogeographical pattern. Conjoint Fst (0.864 520), gene flow, GST and AMOVA results all indicated a sig-nificant high level of genetic differentiation among populations, which could be a consequence of the limited gene flow caused by geographic isolation among populations. Phylogenetic analysis of the haplotypes sequences identified three ten-tative clades (Ⅰ,Ⅱand Ⅲ) according to Majority-rule consensus tree. All of which had distinct geographic range: CladeⅠcomprised four populations (CZ, YZ, SN, BM) which were located at the Hengduan Mountains region; CladeⅡcom-prised one population (BMI), which was located at the Eastern Himalayas region; and Clade Ⅲ comprised two popula-tions (DR, NLM) located at the Central Himalayas region. Based on the phylogenetic analyses and uniqueness of the populations, three evolutionary significant units (ESU) were identified and conservation strategies were discussed forthis endangered species. Baimaxueshan and Cizhong, Bomi, Nielamu and Dingri populations respectively concluded in the three evolutionary significant units and the five populations all contained special haplotypes. Based on these findings, all the populations should be protected. However, in consideration of the actual distribution of every population, Baimax-ueshan population from Yunnan and Bomi population from Tibet shouldbe given priority for conservation and in situ con-servation should be the ideal implement.%胡黄连为特产中国-喜马拉雅特有高山植物,作为常用中、藏药材,受到灭绝性采挖,作为濒危和二级保护植物亟待科学的保护。
芭蕉属植物基于线粒体ccb256序列的分类研究
芭蕉属植物基于线粒体ccb256序列的分类研究邓长娟;王静毅;陈友;冯慧敏;徐小雄;武耀廷【期刊名称】《热带作物学报》【年(卷),期】2011(032)009【摘要】The phylogeny and relationship among 42 accessions were investigated by analyzing DNA sequence obtained from mtDNA cytochrome c biogenesis orf256 (ccb256). The phylogenetic tree was constructed following maximum parsimony (MP) method using MEGA4. The results indicated that Australimusa and Callimusa section grouped together; AA and other species from Eumusa clustered with Rhodochlamys section. BB species from Eumusa section were placed a outgroup which revealed its primitive position in evolution of Musa L. In addition, Ice cream (ABB) and M. Balbisiana formed one group which showed that M. Balbisiana may be male parent providing B genotype for Ice cream. Except for Improved lady finger (AAB), other cultivated accessions and M. Acuminata formed a group. It was inferred that M. Acuminata provided A genotype for these accessions as a paternal plant. M.Acumlnata.ssp.banksii, which was considered to be the original parent of cultivars, grouped with almost all the cultivated accessions. It had a close relationship with cultivars. The results also showed that ccb256 sequence had a moderate evolutional rate, which should assist in gaining a better understanding of the evolution of wild and cultivated bananas and of therelationships between diploid and triploid bananas.%利用PCR和PCR产物直接序列分析技术,获得了芭蕉属42份材料ccb256线粒体DNA片段的序列.采用MEGA4软件构建了芭蕉属植物的MP树.结果表明,Australimusa组和Callimusa 组聚到一起,真蕉组的AA、其它种和观赏蕉组聚到一起,无法明显区分.真蕉组的BB 单独聚到一起,且位于MP的基部,揭示了其在芭蕉属植物进化中占据着最原始的地位.另外,栽培蕉Ice cream(ABB)与M.balbisiana聚到一起,可能是由M.balbisiana为父本提供B型供体杂交而来,而除Improved lady finger(AAB)外,其它的栽培蕉均与M.acuminata的亚(变)种聚到一起,推测由M.acuminata为父本提供A型供体杂交而来.被认为是所有栽培蕉最原始亲本的M.acuminata.ssp.banksii与大量的栽培蕉聚到了一组,证明其与栽培蕉具有较近的亲缘关系.结果还表明ccb256序列进化速率适中,能用于研究芭蕉属内种间及亚种间的系统进化关系.【总页数】5页(P1687-1691)【作者】邓长娟;王静毅;陈友;冯慧敏;徐小雄;武耀廷【作者单位】海南大学农学院,海南海口 570228;中国热带农业科学院热带生物技术研究所海南海口 571101;农业部热带作物生物技术重点开放实验室;中国热带农业科学院热带生物技术研究所海南海口 571101;农业部热带作物生物技术重点开放实验室;琼州学院,海南三亚572022;琼州学院,海南三亚572022;琼州学院,海南三亚572022;琼州学院,海南三亚572022【正文语种】中文【中图分类】S667.9【相关文献】1.基于多变量形态度量学和线粒体Cytb序列的鲈属鱼类分类探讨 [J], 海萨;李家乐;冯建彬;木拉提2.芭蕉属植物cpDNAL16序列限制性片段长度多态性研究 [J], 李博;陈雪婷;姚益娟;冯慧敏;武耀廷3.基于线粒体COⅠ基因序列探讨臂尾轮属的系统发生和几种轮虫的分类地位 [J], 程双怀;席贻龙;项贤领;胡好远4.基于线粒体DNA控制区序列变异探讨黑龙江和图们江细鳞鲑属鱼类的分类地位[J], 马波;姜作发;霍堂斌5.基于ITS2序列的清风藤属药用植物分类鉴定研究 [J], 严福林;温迪;任得强;王波;徐文芬;孙庆文;魏升华因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
应用扩增性rDNA限制性酶切片段多态性分析技术研究竹鼠盲肠细菌菌群的多样性
选取6只健康成年竹鼠作为试验动物，采集 新鲜的盲肠内容物和盲肠液混合均匀，4层纱布过 滤去除食物残渣，1450r/min离心30min，取上 清，12000r/min离心15min，弃上清，沉淀用磷酸 盐缓冲液(PBS)洗涤3次后悬浮，-80℃保存。
收稿日期：2013-04-11 基金项目：中柬越英国际合作项目(DelPHE ROUND 5，DelPHE project852) 作者简介：周建波(1986一)，男，浙江杭州人，硕士研究生，从事生物技术在饲料方面的研究。E-mail：dudu64174615@ *通讯作者：王士长，教授，硕士生导师，E-mail：2457957290@
细菌菌群大部分是未培养或未知的菌株，在分类学上具有潜在意义的被选菌株，而且存在可能
和脂肪代谢有关的微生物群体。同时也有乳酸菌属、芽孢杆菌属、梭形杆菌属和多黏类芽孢杆
菌属的分布。从结果中看出，芽孢杆菌属、梭形杆菌属和2个未知菌株的克隆数都大于20个，
是优势菌株。
关键词：竹鼠；16S rDNA；ARDRA；克隆
中图分类号：S811.3
文献标识码：A
文章编号：1006-267X(2013)10-2504-05
竹鼠(Rhizomyidae)，又名竹根鼠、竹鼬、茅根 鼠、芭茅鼠，为哺乳纲啮齿目竹鼠科竹鼠属，主要 分布在我国的中部及南部地区，缅甸北部和越南 也有分布。竹鼠体大肉多，味道鲜美，营养丰富， 毛皮绒厚柔软，有较高的经济价值。竹鼠为植食 性动物，一般以苇草根、白茅根、竹叶、竹节、竹根 为食，对粗纤维的消化能力特别强。竹鼠的盲肠 是消化道的重要组成部分，盲肠中分布的微生物 可以促进营养物质的消化和吸收，同时也可以分 泌营养素。肠道菌群的多样性和平衡是个体健康 和发挥正常生理功能的基础，同时在提高自身生 产性能以及对食物的利用率、减少病害等方面有 着重要的意义。扩增性rDNA限制性酶切片段多 态性分析(amplified ribosomal DNA restriction analysis，ARDRA)技术是美国最新发展起来的一项现 代生物鉴定技术[1-2]，它依据原核生物rDNA序列
香蕉植株内生细菌群落多态性研究
香蕉基因组学研究20年：成就与挑战
香蕉基因组学研究20年：成就与挑战作者：金志强来源：《热带作物学报》2020年第10期摘要：香蕉基因组学研究已逾20年，取得了一些进展。
本文从全基因组测序、亚基因组分化、基因水平上的染色体结构变异、多倍体背景下的染色体交换及基因组扩张与功能等5个方面，论述了香蕉基因组学研究取得的进展，并对未来基因组学研究的重点方向进行了展望。
关键词：香蕉;基因组学;A基因组;B基因组中图分类号：S668.1 文献标识码：AAbstract： Banana genome has been studied for more than 20 years， and some progress has been made. In this paper， the achievements of banana genomics research were reviewed from five aspects： whole genome sequencing， subgenome differentiation， chromosomal structural variation at genome level， chromosome exchange under polyploid background， genome expansion and function.Keywords： banana （Musa L.）; genomics; A genome; B genomeDOI： 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.10.007基因组学（genomics）是研究基因组（genome）的科学。
从分子遗传学的角度，基因组是指一个生物体或一个细胞器所有DNA分子的总和[1]。
基因组学的发展是以1990年10月1日启动人类基因组计划（Human Genome Project， HGP）作为起点的，至2000年在全世界科学家的共同努力下，覆盖大部分基因组的基因组序列草图绘制完成[2]。
基于ISSR标记的航天香蕉新材料的遗传特异性
基于ISSR标记的航天香蕉新材料的遗传特异性作者：王金英李华盛鹿金颖蔡长福蔡邦平来源：《热带作物学报》2024年第01期关键词：航天育种；香蕉；ISSR；遗传特异性根据APGⅢ分类系统，香蕉（MusananaLour.）是单子叶植物分支下的姜目（Zingiberales）植物，属于芭蕉科（Musaceae）芭蕉属（Musa）。
香蕉主要产于热带及亚热带地区，是世界上非常重要的一种热带水果和粮食作物，也是我国南部地区的重要经济作物之一。
福建省香蕉栽培历史悠久，但是福建地处我国香蕉栽培适区的北缘，具有一定的局限性[1]。
现今福建的香蕉产业受到病害、寒害或风害的严重威胁，以及外来或进口香蕉的冲击，正面临着规模萎缩的处境。
因此，选育抗病、耐寒、优质、高产的香蕉新品种，已成为福建香蕉研究亟需解决的重要课题。
航天育种是利用太空环境中的极端条件（微重力、强辐射、高真空等因素），诱发植物的遗传物质发生改变，从中选择优良变异，培育优质、高产、多抗的植物新品种的育种方法[2]。
将传统的育种技术与航天诱变技术相结合实现育种目标的方法，已经得到国内外育种专家的广泛认可。
我国自1987年首次开展返回式卫星航天搭载水稻等农作物种子，距今已有30多年[3]。
随着我国航天事业的发展，通过航天育种方式已选育出一大批优质、高产、多抗的新品种，正服务并助推着相关产业的发展。
航天育种为植物新品种的选育打开了新世界的大门，也为香蕉新品种的选育开拓了新的途径。
简单重复序列区间（inter-simplesequencerepeat，ISSR）是由ZIEDEWIEZ等[4]提出的、基于SSR的基础上发展起来的一种DNA扩增多态性检测技术。
因其具有DNA模板用量少、引物设计简单、操作快速高效、多态性好、稳定性好、可重复性高等优势，常在植物遗传多样性、种质资源鉴定、分类及亲缘关系分析等方面有广泛的应用[5-8]。
本研究以2份航天香蕉种质和18份其他香蕉种质为材料，通过ISSR标记技术，旨在构建航天香蕉新材料的分子指纹图谱，以期为航天香蕉新品种的鉴定和分类提供参考。
基于cpDNA和nrITS对濒危植物掌叶木的基因检测
掌叶木（Handeliodendron bodinieri Levl.Rehd.）是无患子科（Sapindaceae ）掌叶木属（Handeliodendron Rehd.）植物，是我国稀有单种属植物之一，又称鸭脚板、平舟木等，为我国特有的树种。
掌叶木为落叶灌木或乔木，最高能达到15m ，树皮为黄白色；其小枝为黄褐色，有散生的皮孔，常生长在海拔高度为500~900m 的石灰岩山地[1]。
目前，掌叶木生长分布的范围较为狭小，仅零星分布于中国贵州南部以及广西西北部。
掌叶木生长在喀斯特地貌，具有异乎寻常的明显特征，喀斯特地貌具有其独特的生态学特性，是我国特有植物的分布区域之一。
通过学者调查发现，在喀斯特地貌生长的植物中，已知的高等植物有4287种[2]，其中喀斯特地貌特有的植物就占到28%[3]。
但由于砍伐、放牧、开垦北方农业学报2017，45（3）：23～28JOURNAL OF NORTHERN AGRICULTUREdoi:10.3969/j.issn.2096-1197.2017.03.05收稿日期：2017-04-01基金项目：广州大学大学生创新训练项目（CX2016010）；全国大学生“挑战杯”课外科技活动项目作者简介：滕婕华（1990—），女，在读硕士，研究方向为植物资源保护与利用。
通讯作者：谢国文（1957—），男，教授，硕士，主要从事植物资源保护与利用方面的研究工作。
基于cpDNA 和nrITS 对濒危植物掌叶木的基因检测滕婕华1，倪敏1，李超群2，李鹏伟2，谢国文1（1.广州大学生命科学学院，广东广州510006；2.中国科学院植物研究所，北京100093）摘要：通过使用叶绿体基因和核糖体基因，对掌叶木进行基因检测研究。
采用基因测序方法，用叶绿体基因（cpDNA ）包括rpl 32-trnL ，trnH-psbA ，trnL-F ，trnS-G ，trnT-L ，matK ，trnH-trnK 及rps 16和核糖体核酸内转录间隔区基因（nrDNA ITS ）包括ITS 1-4及ITS5f -2r 的序列，进行基因测序。
根据cpDNA trnT-trnF序列变异分析中国互花米草种群的遗传结构
大 量 的研 究 表 明 ， 来人 侵种 能在 如此 短 的时间 内迅 速地 作 出适 应性 的进 化 ， 外 可能 与其 自身 的遗传结 构 密切 相关 ＿ ］ 】 。因此 ， 对入 侵 物种种群 遗传 结构 的研究 将有 助 于理解其 入侵 进化 机制 。Ｄ ＮＡ 分子 作 为遗传信 息 的直 接 载体 不受 外界 因素 和生 物体发 育 阶段及 器官组 织差 异 的影 响 ， 因此 Ｄ ＮＡ 分子标 记技 术 和直接 的 Ｄ ＮＡ 测 序技 术 被广 泛应 用于 揭示 ＤＮ 序 列差异 ， 析种群 的遗传 结 构 。应 用较 多 的分 子标 记 技术 主要 有 ＲＡＰ 随 机 扩增 Ａ 分 Ｄ（
一
般来 说 ， 叶绿 体基 因组属 于单 亲遗传 ， 且结 构简单 、 定 ， 并 稳 极少 或 者不 发 生重 组 和种 内变 异 ， 是 叶绿体 但
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的一些 基 因间 区序列 进化 速度 较快 ， 用 于植 物 的系统 发 育 研究 和 遗 传 进 化 分析 。ｔｎ －ｒ Ｆ 序 列 为植 物 叶 绿 常 ｒ Ｔ ｔｎ 体基 因组 的一段 序列 ， 由编码 ｔ ＮＡ 的 ｔｎ ＵＧ Ｒ ｒ Ｔ（ Ｕ）３外显 子 至 ｔ Ｌ ＵＡＡ） 因的基 因 问 区 ，ｒ Ｌ ＵＡＡ） ｒ （ ｎ 基 ｔｎ （ 内含 子 以及 ｔｎ ＵＡＡ）３夕 显子 至 ｔｎ ＧＡＡ） 间的基 因 间区组成 ， ｒ Ｉ（ ， ｒＦ（ 之 ２段非 编码 区序列 进化 速率 快 ， 能提 供 较 多 的
互 花米草 （ ｐ ｒｉａａｔｒ ｚｒ ） Ｓ ａ ｔ ｌ ｎ， 是一 种原 产北美 大西 洋沿岸 的禾 本科 米 草属 的多年 生六 倍 体植 物 ＿ ， ｎ ｅ ０ １ 因其 ］
烟碱转运候选基因NtABCG6L_生物信息学及表达特征分析
( ＧＳＴꎬＡＢＣＥ２ꎬＡＢＣＦ１ 和 ＳＬＹ１) ꎮ 但这些蛋白在
烟碱转运过程中的功能并未得到进一步验证ꎬ还
需进行深入挖掘和验证研究ꎮ
ＡＢＣ 转运蛋白是一类功能多样的跨膜转运蛋
白ꎬ可直接利用水解 ＡＴＰ 供能ꎬ实现对植物次生代
行差异蛋白质组学分析时ꎬ筛选到可能影响烟碱含
量的 ＮｔＡＢＣＧ６Ｌ 蛋白( 登录号:Ａ０Ａ１Ｓ３ＸＩ７６) [２２] ꎮ
该蛋白为 ＡＢＣ 转运蛋白 Ｇ 家族成员ꎬ推测 ＮｔＡＢ￣
ＣＧ６Ｌ 基因可能具有与烟碱转运相关的功能ꎮ 本
研究利用生物信息学方法对 ＮｔＡＢＣＧ６Ｌ 的结构和
生物学功能进行预测ꎬ并分析该基因在烟草打顶
Ａｂｓｔｒａｃｔ Ｔｏ ｐｒｅｄｉｃｔ ｔｈｅ ｎｉｃｏｔｉｎｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｏｆ ＮｔＡＢＣＧ６Ｌ ｇｅｎｅ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｉｎ ｅａｒｌｉｅｒ ｔｉｍｅ ｗｈｉｃｈ
ｍｉｇｈｔ ａｆｆｅｃｔ ｎｉｃｏｔｉｎｅ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ｔｏｂａｃｃｏꎬ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ｕｓｅｄ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｍｅｔｈｏｄ ｔｏ ａｎａｌｙｚｅ ｔｈｅ ｐｒｏｍｏｔｅｒ ｓｅ￣
碱与 ＮｔＡＢＣＧ６Ｌ 蛋白进行分子对接ꎬ并分别在烟株打顶 ０、７、１４、２１ ｄ 取根、茎、叶测定烟碱含量和 ＮｔＡＢＣＧ６Ｌ
基因的相对表达量ꎬ以分析 ＮｔＡＢＣＧ６Ｌ 基因表达量与烟碱转运效率的关系ꎮ 结果表明ꎬＮｔＡＢＣＧ６Ｌ 基因共编码
７２９ 个氨基酸ꎻＮｔＡＢＣＧ６Ｌ 蛋白分子量为 ８１.２９ ｋＤａꎬ理论 ｐＩ 值为 ８.９７ꎬ含有 ＡＢＣ＿ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ－ｌｉｋｅ＿ＡＴＰ －ｂｄ、ＡＢ￣
单核苷酸多态性的发掘、鉴定及其在果树上应用的研究进展
单核苷酸多态性的发掘、鉴定及其在果树上应用的研究进展魏召新;张凌云;曾培;李翀;钟广炎【期刊名称】《中国南方果树》【年(卷),期】2010(39)3【摘要】单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记,已在主要模式植物和作物中大规模开发研究。
在果树中,SNP研究起步相对较晚,但进展不小。
对以果树为主的SNP鉴定、开发状况,SNP在遗传多样性分析、系统进化分析、分子标记与遗传作图、基因定位及功能研究中的最新进展进行了综述。
展望了SNP研究在果树上的利用前景。
【总页数】5页(P86-90)【关键词】单核苷酸多态性;分子标记;果树;遗传育种【作者】魏召新;张凌云;曾培;李翀;钟广炎【作者单位】西南大学园艺园林学院;中国农业科学院柑桔研究所;重庆市农业科学院果树研究所【正文语种】中文【中图分类】Q503;S660.3【相关文献】1.IS6110限制性片段长度多态性和间隔区寡核苷酸分型技术在结核分枝杆菌菌株鉴定中的应用 [J], 郭艳玲;王甦民;李传友;刘洋2.IS6110-限制性片段长度多态性和间隔区寡核苷酸分型技术在结核分枝杆菌菌株鉴定中的应用 [J], 郭艳玲;王甦民;李传友;刘洋3.核桃育苗种子的干藏和催芽;鉴定果树种子活力的几种方法;枣、柿接穗蜡封技术;繁育无花果苗木新方法;"倒拉枝"在桃树上的应用;苹果轮纹烂果病菌的侵染时期及影响因素;果树重茬土壤消毒法 [J],4.单核苷酸多态性标记在牛亲子鉴定中的应用与展望 [J], 李东;初芹;王雅春5.用于四种常用品系大鼠鉴定的单核苷酸多态性标记筛查和应用研究 [J], 曾玉琳;蒙裕欢;张钰;杜红丽因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
水稻DNA限制性片段长度多态性的初步研究
水稻DNA限制性片段长度多态性的初步研究
郑康乐;沈波
【期刊名称】《中国水稻科学》
【年(卷),期】1990(000)004
【摘要】应用19个不同的探针/限制性内切酶组合,测定了8个不同基因型水稻间的DNA限制性片段长度多态性(RFLP)。
结果表明:RFLP在水稻中普遍存在,同一亚种内的RFLP较少,而在不同亚种间则较大;栽培稻与野生稻间的RFLP较多,而以粳稻和野生稻之间RFLP最多,达58%～68%。
用IBM/PC计算机分析了这些基因型之间的遗传距离,粳稻和籼稻可明显地分成二组,野生稻与籼稻的亲缘大于与粳稻的亲缘。
具有广亲和能力的爪哇型品种Ketan Nangka偏向籼型。
【总页数】5页(P145-149)
【作者】郑康乐;沈波
【作者单位】不详;不详
【正文语种】中文
【中图分类】S511.101
【相关文献】
1.一个水稻T-DNA插入类病斑突变体的初步研究 [J], 陈健;赵增琳;张世宏;潘洪玉
2.外源植物DNA处理水稻胚获取再生株后代性状变异的初步研究 [J], 蒋伦伟
3.野生稻等外源DNA导入宁夏水稻品种的初步研究 [J], 韩国敏;马静;李树华;何军
4.大豆DNA导入改良水稻恢复系R73的初步研究 [J], 刘胜利;王文静;孔新
5.四川主要水稻恢复系的DNA多态性初步研究 [J], 何光华;唐梅;裴炎;杨光伟;谢戎;杨正林;李永洪
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（ 海 南大 学农 学 院 海 南海 口 ５ ０ ２ ； １ ７ ２ ８
２ 琼 州 学 院 海 南 三 亚 ５ ２ ２ ） ７ ０ ２
摘 要 采 用 限 制 性 内切 酶 Ｓ ｕ Ａ 、Ｍｓ Ｉ Ｔ ｑ ｄ ａ３ Ｉ ｐ 、 ａ ｏ 、Ａｌ１ 别 对 获 得 的 Ｌ ６基 因 序 列 进 行 理 论 酶 切 。 通 过 限 制 ｕ分 １
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分类 号
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性 内切 酶 酶 切 后 ．酶 切 片 段 大 小 相 同的 记 为 １ ．不 同 的记 为 ０ 相 似 系 数 和 聚 类 分 析 应 用 Ｎ Ｓ Ｓ ｐ ２ ０ 。 ＴＹ — ｃ ． １数 据 分 析 软 件 进 行 ．采 用 Ｎ ｉ的 方 法 计 算 相 似 系数 ，Ｕ Ｇ Ａ方 法 聚 类 ，绘 制 树 状 图 。 结 果 表 明 芭 蕉 属 种 间 存 在 较 为 丰 ｅ ＰＭ 富 的 ｃＤ Ａ Ｐ Ｒ Ｒ Ｌ ｐ Ｎ Ｃ — Ｆ Ｐ多 态 性 ．种 内 差 异 性 不 明 显 ．有 些 亚 种 间无 法 区分 开 。而 和 变 种 ，遗 传 差 异 大 。多 样 性 丰 富 。 关键 词
Hale Waihona Puke Ｌ ｂ ｖ Ｃ Ｅ ｕ ｔ ｇ Ｙ Ｏ ｉａ Ｆ Ｎ ｕ ｎ ＷＵ Ｙ ｏｉｇ Ｉ ｏ Ｈ Ｎ Ｘ ｅｉ ｖ Ａ Ｙｊ ｎ ｎ ｕ Ｅ Ｇ Ｈｉ ｍｉ ａｔ ｎ
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２１ ０ １年 ７月
Ｊ ｌ ． ０１ ｕｙ ２ １
热 带 农 业 科 学
ＣＨＩ Ｓ ＯＵＲＮＡＬ ＯＦ Ｔ ＮＥ Ｅ Ｊ ＲＯＰ Ｃ Ｉ ＡＬ ＡＧＲＩ ＵＬ Ｃ ＴＵＲＥ
第 ３ １卷 第 ７期
Ｖｏ ． １ Ｎｏ ７ １ ， ． ３
芭 蕉属植 物 ｅＤ Ａ ｐ Ｎ Ｌ １ ６序列限制性 片段 长度 多态性研究①
ｇ ｎ ｔ ｄｖ ｒｉ ，ａ ｄ ｓｍ ｅ ｕ ｓ ｅ ｉｓ ｃ ｎ ｎ ｔ ｄｆｅｅ ｔ ｔ．Ｉ ｄ ｉｏ ，Ｍ ．ａ ｕ ｉａａ ｈ ｓ ｐ ｏｉｃ ｅ ｅｉ ｉｅｓ ｃ ｙ ｔ ｎ ｏ ｓ ｂ ｐ ｃｅ ａ ｏ ｉ ｒｎｉ ｅ ｎ ａ ｄｔ ｎ ａ ｉ ｃ ｍ ｎ ｔ ａ ｒ ｌ ｉ ｆ ｓ ｂ ｐ ｃｅ ｎ ｂ ｒａ ｔ ｐ ｃｅ， ｎ ａ ｅａｂｇｈ ｒｄｔ ｉｃｅ ａ ｃ ． ｕ ｓ ｅ ｉｓａ ｄａ ｅｒｎ ｅ ｉｓ ａ ｄｈ ｖ ｉ ｅｅ ｉ ｄｓｒｐ ｎ ｙ ｓ ｙ Ｋｅ ｗｏ ｄ ｂ ｎ ｎ ６ ｇ ｎ ；ｃ ｙ ｒ ｓ ａ ａ ａ Ｌ１ ｅ ｅ ｐ ＤＮＡ ；ｇ ｎ ｔ ｉｅｓｔ ；Ｐ Ｒ－ Ｌ ｎ ｌｓｓ ；ｒｌｔ ｎｈｐ ｅ ｅｉ ｄｖ ｒｉ ｃ ｙ Ｃ ＲＦ Ｐ ａ ａｙ ｉ ｅａｉ ｓ ｉ ｏ