细菌的分类和鉴定

1、DNA G+C mol%测定
DNA分子两条链上4种碱基的总分子量 为100，测定其中G+C或A+T摩尔百分比， 能反应出细菌间DNA分子的同源程度，习惯 上以G+C 作为细菌的分类标记。
不同菌属间的G+C mol%范围很大，在 25%~75%之间，但同一种细菌G+C mol% 相当稳定，不受菌龄、培养条件和其它外界 因素影响，亲缘关系越近的细菌，它们G+C mol%越接近（但并非G+C mol%越接近， 亲缘关系就越近？？？）。
四、细菌的分类等级
界 （Kingdom）
门 （Phylum） 纲（Class） 目（Order） 科（Family） 属（Genus） 种（Species）
五、细菌的命名（一）
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规 定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。即每一种 细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属 名第一个字母必须大写，其余均应小写（即使种 名以人名或地名命名）。整个属名及种名在出版 物中应排成斜体。 如：Escherichia coli 属名+种名
2.遗传学分类法
（一）生理学与生化学分类法
主要以细菌的形态、染色以及细菌的特 殊结构为最基本的分类依据，其它依据还包 括细菌生长条件等等。
主要有两种方法 1、传统分类法
2、数值分类法
1、传统分类法
主要以细菌的形态、生理特征为分类基 础，选择一些较稳定的生物学性状如细菌的 形态结构、染色性、培养特性、生化反应、 抗原性等作为依据，然后按主次顺序逐级区 分。
2、核酸同源值测定
为什么不能说G+C mol%越接近，亲缘 关系就越近？
因为G+C mol%只能反映细菌的碱基总 数而不能反映碱基序列！！！
而利用DNA分子杂交的技术就可以精确 测定DNA分子的碱基序列。这就是核酸同源 值测定。
3、核蛋白体RNA碱基序列测定
核蛋白体RNA碱基序列测定属于核酸范 畴。
细菌的分类和鉴定
一、微生物的分类
根据微生物的大小、结构、组成等分三类
原核细胞 如：细菌、放线菌、螺旋体、支原体、 型 衣原体、立克次体。（也称广义的细菌）
真核细胞 型
如：真菌、原虫
非细胞型 如：病毒、亚病毒、朊粒
二、细菌的分类方法
根据每种细菌各自特征，并按照它们的 亲缘关系分类，分类方法有两类
1.生理学与生化学分类法（传统方法）
五、细菌的命名（二）
几种不同的书写情况 属名重复出现，可缩写
如：E.coli （大肠杆菌）； 只确定属名，未确定种名的某一株细菌
Salmonella sp. （沙门菌属）； 只确定属名，未确定种名的若干菌
Salmonella spp. 亚种用subsp.（正体）表示
Pasteurella multocida subsp. septica
六、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法，可 把它们分成四个不同的水平： ①细胞形态和行为水平； ②细胞组分水平； ③蛋白质水平； ④基因组水平。
在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴 定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典 的分类鉴定法
七、细菌的分类方法
生物分类的传统指标 分子生物学指标 微型、简便、快速或自动化鉴定技术 细菌的数值分类
（二）生理生化特征
包括营养类型、与氧的关系、对温度的适应 性、碳水化合物的代谢试验、蛋白质和氨基酸的 代谢试验及的碳源和氮源利用试验、各种酶类试 验、抑菌试验等等。
生理生化特征特点： 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物
基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易；
由于核蛋白体RNA（rRNA）序列比较保 守，其变化十分缓慢。其中，16s rRNA具 有高度的保守性和特异性以及该基因序列足 够长，因此，被作为细菌鉴定的快速、准确 方法，素有“细菌化石之称”。
（三）两类分类法的优点和意义
方法
优点
意义
生理学与生化学 方便、简单、廉 分类法 价
主要用于鉴定
准确、可靠；
殊形态结构的细菌； 许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相
对的稳定性；
（二）生理生化特征
包括营养类型、与氧的关系、对温度的适应 性、碳水化合物的代谢试验、蛋白质和氨基酸的 代谢试验及的碳源和氮源利用试验、各种酶类试 验、抑菌试验等等。
生理生化特征特点： 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物
基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易；
遗传学分类法 有利于了解细菌 主要用于分类 的进化和原始亲 缘关系
三、原核微生物（广义细菌）分类系统
《伯杰鉴定细菌Байду номын сангаас册》
(Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
伯杰氏手册:是目前进行细菌分类、鉴定的 最重要参考书，其特点是描述非常详细，包括 对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实 验的具体方法。
八、生物分类的传统指标
形态学特征 生理、生化学特征
从不同层次，用不同学科的技术方法来研究和比较 不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现反 映微生物类群特征的资料。
（一）形态学特征
包括培养特征、细胞形态及其染色特性、 特殊的细胞结构、运动性等等。
形态学特征指标特点： 易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特
2、数值分类法
对细菌各种生物学性状按“等重要原则” 进行分类，选用多项生理、生化指标逐一进 行比较，通过查表或计算机分析各菌间相似 度，完成细菌分类。
（二）遗传学分类法
以细菌的核酸、蛋白质等在组成的同源 性程度分类。
主要有三种方法 1、DNA G+C mol%测定 2、核酸同源值测定 3、核蛋白体RNA碱基序列测定