病毒的分类与命名
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4、病毒命名的一般规则:
病毒命名不是采用Linnaeus创立的双名法. 地名、人名(如Rous、EB) 症状或病理特征(如花叶、登革热、脊髓灰质炎) 病毒粒子形态(如弹状、丝状、纺锤状) 宿拼字、字母、数字(如T4) 为了使病毒命名能够统一,ICTV在原有的病毒分类 和命名规则的基础上,于1996年8月在耶路撒冷召开 的第十届国际病毒大会上,公布了病毒分类和命名 38条规则。1998年在ICTV常务委员会的提议下,又 批准了41条新的分类和命名规则。(一般规则、种 的规则、属的规则、科的规则…书写规则…)
(1951年第五届国际微生物学会)
1、形态和复制方法 2、化学成分和物理性质 3、免疫学性质 4、对物理、化学因子的敏感性 • 、自然传播方式 把早期分类学上的生物学特性,特别是症状 5 学特性降到相对次要的地位 6、与寄主、组织或细胞的关系 7、包括内含体形成的病理学 8、症状学
病毒分类的国际组织机构
ICNV的宗旨:
1、建立一个国际公认的病毒分类系统 2、为各分类组群确定一个国际公认的 名称 3、通过举行会议、出版报告、交流病 毒学家关于病毒分类和命名的最新 结果
二、关于病毒密码程式cryptogram
1966年,国际病毒命名委员会ICNV建立“编码子委员会”
核酸类型 核酸分子量 病毒粒子外形 寄主种类
3、病毒的命名不统一
植物病毒曾使用:
1、俗名法
寄主俗名+症状特点+“病毒”
烟草花叶病毒Tobacco mosaic virus
2、目录法
寄主俗名+“病毒”+在寄主上发现的顺序 TMV Tobacco virus 1 TEV Tobacco virus 7 (etch 蚀纹)
3、拉丁双பைடு நூலகம்法
寄主属名+病毒 TMV Nicotiana virus
• 1999年第7次分类报告:认可的病毒约4000 种,设3个目
• 不是所有病毒都必须隶属某个目,在没有适当目的情况 下,科可以是最高的病毒分类等级
2、病毒最新分类系统:
1999年第7次分类报告:3个目、64科、233属
• • • • • • 有尾噬菌体目caudovirales 3科 dsDNA 2002年,在巴黎召开ICTV会议,产生6个新科,8个新属 单分子负链RNA目mononegavirales 4科 -ssRNA 另有3个属名发生变化 套病毒目nidovirales 2科 +ssRNA 未确定目 55科 未确定目、科(独立属) 29属 亚病毒感染因子:subvirus 卫星病毒 satellites 类病毒 viroids 2科 朊病毒 prions
三、病毒分类进展及最新分类系统 “Species”: 一个基本分类单元,一大群表型特征高度 相似,亲缘关系极其接近,与同属内其它物种有 明显差异的菌株的总称。 1、病毒“种 species”的定义:
A virus species is defined as “a polythetic class of viruses that constitutes a replicating lineage and occupies a particular ecological niche” • 构成一个复制谱系——系统进化特性(共同祖先) • 占据特定的小生境——特定的生物学特性、地理 分布、寄主范围、致病机理等 • 具有多个分类特征——多原则分类
4、病毒命名的一般规则:
1、分类和命名应是国际性的.并普遍适用于所有病毒; 2、国际病毒分类系统采用目(order)、科(family)、亚科(sub family)、 属(genus)、种(species)分类阶元; 3、ICTV不负责病毒种以下的分类和命名,病毒种以下的血清 型、基因型、毒力株、变异株和分离株的名称由公认的国际 专家小组确定; 4、人工产生的病毒和实验室构建的杂种病毒在病毒分类上不予 考虑,它们的分类由公认的国际专家小组负责;
4. 1970~
• 只寄生于脊椎动物 • 只寄生于无脊椎动物
• 只寄生于细菌 国际病毒命名委员会(ICNV)改为国际病毒分类委员会 • 只寄生于植物 (ICTV, 1973) ;
第三届国际病毒学代表大会, ICTV报告特点:
从实际工作出发,首先按宿主分五大类; 病毒的化学组成、形态结构、生理生化仍是重要依据;
2 国际病毒分类委员会
• • 病毒命名筹备委员会(PCNV) 1963 国际病毒命名委员会(ICNV) 1966
Preparatory Committee for Nomenclature of Virus
International Committee for Nomenclature of Virus
一、病毒分类与命名的沿革
3. 1966~1970
Wildy 任ICNV主席,第一次报告——病毒的分类与命名, 描述并划定43个属(或相当于属的组、群)及其他成员; 《病毒学论文集》第5卷 采用了密码进行分类(每个密码包括4对符号); 通过了“国际病毒命名法则”,共18项。
• 寄生于一种以上寄主 一、病毒分类与命名的沿革
第四章 病毒分类和命名
P 21~43
第四章 病毒分类和命名
• 病毒是一类比较原始的、有生命特征的、能够 自我复制和严格细胞内寄生的非细胞生物 • 病毒的定义随着分子病毒学的发展而不断延伸 • 类病毒、卫星病毒、朊病毒的发现丰富了病毒 学的内容 • 病毒分类学是随着病毒学尤其是分子病毒学的 发展而建立起来的,并逐渐走向成熟。
• 病毒分类的主要依据
第四章 病毒分类和命名
一、病毒分类与命名的沿革 二、关于病毒密码程式 三、病毒分类进展及最新分类系统
一、病毒分类与命名的沿革
1. 1961以前 各自研究领域的科学家提出或建立一些分类
系统,进展缓慢,缺乏国际间的协作;
2. 1962~1966 借助国际微生物学术会议(1966, 莫斯科),
类群 病毒 细菌 真菌 藻类
已知种 5 450 6 660 72 000 40 000
估计种 400 000 100 000 1 500 000 400 000
已知种占 的比例%
生 物 资 源 种 类
• 仅从1994年的不完全统计,已有新发现约40种病毒对人
1.3 6.7 5 10
类健康构成新的威胁; 40 000 200 000 原生动物 • AIDS 、疯牛病、肝炎、感冒、 SARS ;
被子植物 线虫 昆虫 鱼类 鸟类 哺乳动物
270000 15 000 950000 19 000 9 198 4 170
320 000 500 000
84
20 3
8 000 000 24 000 9 500 4 300
12 80 ~ 100 ~100
本章要点
• 了解病毒分类的现状 • 病毒分类与其它微生物分类的区别
2、病毒最新分类系统:
2005年第8次分类报告(1259页): 5450个病毒 最大特点:进一步明确了“种”作为病毒分类系统中的 3个目; 最小分类阶元,在每一个确定种下面列出了至少1个、 73科、11亚科; GenBank 上的登 至多几十个不同的分离物以及它们在 录号,增加了许多反映病毒基因序列同源性关系的系统 289属 树图,并将原子分辨率的粒子三维结构插入到相应的科 1950种 /属中,使读者对病毒粒子空间结构有更详细的了解。
:
核酸链类型 核酸含量
:
核衣壳外形
:
传播方式/传播介体
R/1
:
2/5 :
E/E
:
S/O
RNA/SS: 200万Da/5% : 截头杆状/截头杆状: 种子植物/确切介体不详
R/1 : 2.3/5+ 0.6-1.3/5 :
E/E : S/Ne (TRV)
1977年终止
三、病毒分类进展及最新分类系统
1、病毒的命名与分类仍然很乱,不够统一 • 命名: 地名(马尔堡,布尼亚)、人名(Rous, Epstein&Barr) 症状或病理特征(花叶,登革热,脊髓灰质炎等) 病毒粒子形态(弹状、丝状等) 宿拼字、字母、数字(Bromo, T4, ΦX174) • 分类: 动物病毒分类等级——科、属、种 植物病毒——组、亚组、种
建立国际病毒命名委员会(ICNV,International
Committee for Nomenclature of Virus)
3. 1966~1970 Wildy 任ICNV主席期间,组织国际间的协
作,发表ICNV的第一次报告
4. 1971~ 今 病毒分类与命名的工作得到巩固和发展
一、病毒分类与命名的沿革
1. 1961以前•
一、病毒分类与命名的沿革
2. 1962~1966
成立国际病毒命名委员会(ICNV),制定4项基本方针:
(1) (2) (3) (4)
必须明确列出病毒的组(或属) 提出这些组的代表成员(种) 提出各组(或属)的名称 探讨利用密码进行分类的方法
存在问题:
(1) 存在明显的不调和态度 (2) 脊椎动物病毒分类与其他病毒分类差别显著 (3) 需同时应用专门知识并采取共同途径 (4) 制定病毒学工作者愿意采用的病毒名称
国际病毒分类委员会(ICTV) 1973年
International Committee on Taxonomy of Virus
PCNV推荐病毒分类的8条标准:
(1963年国际微生物学命名委员会病毒分会)
1、核酸的类型、结构和分子量; 2、病毒粒子的形状和大小; 3、病毒粒子的结构; 4、病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性; 5、血清学性质和抗原关系; 6、病毒在细胞培养上的繁殖特性; 7、对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性; 8、流行病学特征。
增加了科、属、种、群名词的词源;
设立七个小组委员会。
ICTV 八次报告(2005年7月),不断修改。
病毒分类的国际组织机构
1 病毒命名分会委员会(SCNV) 1951
Subcommittee on Virus Nomenclature
巴西 里约热内卢: 第五届国际微生物学会议
SCNV推荐病毒分类的8条标准:
1. 1961以前 植物病毒分类法
(1) Johnson &Hoggan 提出的分类标准(1935):
病毒传播方式及昆虫介体 自然的寄主植物范围及鉴别寄主 在活体外的存活期 致死温度 症状特点
一、病毒分类与命名的沿革
1. 1961以前 植物病毒分类法
(2) Hansen (1956):
将所有已知的病毒,根据核酸的类型分为八大类群: 三、病毒分类进展及最新分类系统
• 95年以前植物病毒不设目
• •
• DNA病毒——ssDNA病毒 • DNA病毒——dsDNA病毒
• DNA与RNA逆转录病毒 • 年采用科、属、种分类系统 RNA病毒——dsRNA病毒 95 • RNA病毒——负链、ssRNA病毒 1991 年ICTV第5次报告设1个目: • RNA病毒——正链、ssRNA病毒 • 裸露 RNA病毒 单分子负链 RNA病毒目 • 类病毒 Mononegavirales • 另增设亚病毒因子 (subviral agent)
强调拉丁双名法的属名应反映出寄主类别、传播 方式及病毒颗粒形态,分4目: 蚜传病毒目(Aphivirales) 叶蝉传病毒目(Cicavirales) 无介传病毒目(Invirales) 介传传病毒目(Xenovirales)
一、病毒分类与命名的沿革
(1)呼吸道病毒群 • (1)外胚层病毒群 • (2)肠道病毒群 • (2)外胚层及内胚层病毒群 动物病毒分类法 • (3)肝炎病毒群 • (3)中胚层及内胚层病毒群 • (1) 波氏病毒属:多角形包涵体 • (4)皮肤及黏膜病毒群 (1) 根据组织胚胎学与病毒的组织亲和性,将脊椎 • (4)外胚层向神经性病毒群 • (2)动物病毒分为 史氏病毒属:折光性和多态性的包涵体 8 个类群 • (5)虫媒病毒群 • (5)内胚层向神经性病毒群 • (3) 勃氏病毒属:细胞质内有颗粒状包涵体 • (6)神经系统病毒群 (2) 临床及流行病学分类法(根据病毒传染途径、 • (6)中胚层病毒群 • (4)侵染部位及所致的症状分 瓦氏病毒属:昆虫痘病毒 • (7)眼病毒群 10群) • (7)血流感染病毒群 • (5) 摩氏病毒属:无包涵体 • (8)唾液腺病毒群 (3) 昆虫病毒分类法 (根据病害类型、包含体有无及 • (8)致肿瘤病毒群 (9)慢病毒群 形状分4~5• 属) • (10)肿瘤病毒群