熊江辉_用网络药理学研究药物组合_中药研究潜在应用
基于数据挖掘和网络药理学研究国家专利中药复方治疗帕金森病的作用机制
基于数据挖掘和网络药理学研究国家专利中药复方治疗帕金森病的作用机制潘宇;王亮;王鹏;杨明会【期刊名称】《海南医学院学报》【年(卷),期】2022(28)24【摘要】目的:运用数据挖掘及网络药理学方法,分析治疗帕金森病中药复方专利的用药规律与机制,为帕金森病临床用药、新药研发提供思路。
方法:通过检索专利公布公告官网建库至2022年5月31日治疗帕金森病的中药复方。
建立Excel表,对纳入的复方进行术语规范化后,采用Excel及IBM SPSS Modeler 18.0进行频数统计等数据挖掘。
并应用网络药理学方法研究高频药物,利用TCMSP与TCM database@Taiwan获取药物成分并运用TCMSP平台与Swiss ADME筛选,通过UniProt与Swiss Target Prediction平台收集靶点;从GeneCards等数据库获取帕金森病疾病靶点,取药物-疾病靶点交集,使用Cytoscape3.8软件制作“药物-疾病-靶点”网络,运用Metascapep平台进行GO、KEGG富集分析。
结果:共纳入113项中药专利复方,涉及药物394味,其中天麻、当归、白芍等药物最常用;药物四气以温、寒为主;五味以甘、苦、辛为主;归经以肝、心、脾为主;关联规则分析共得27组药物组合;聚类分析可将药物分成8类。
获得药物靶点442个,疾病靶点4 884个,药物-疾病公共靶点324个。
结论:研究发现治疗帕金森病中药专利复方等药物药性以温、寒为主,药味以甘、苦为主,归经以肝、心、脾经为主,治法主要为固护肝肾,滋补气血,熄风疏络。
核心成分有4-乙氧基甲基苯基-4’-羟基、棕榈酸、木犀草素等;主要作用靶点有PTGS2、PTGS1、SCN5A、等;参与PI3K-Akt、cAMP等信号通路。
研发相关复方可根据临床症候,适当化裁,灵活使用此类药物,以期获得最佳疗效。
【总页数】8页(P1896-1903)【作者】潘宇;王亮;王鹏;杨明会【作者单位】中国人民解放军总医院中医医学部【正文语种】中文【中图分类】R285【相关文献】1.基于数据挖掘及网络药理学方法探讨中药治疗肥胖的用药规律及作用机制2.基于数据挖掘及网络药理学方法探讨中药复方抗上呼吸道感染的用药规律及作用机制3.基于数据挖掘和网络药理学探讨国家专利中药复方治疗肛周湿疹的用药规律及作用机制4.基于数据挖掘、网络药理学和分子对接的中药治疗牙周疾病的用药规律与作用机制5.基于数据挖掘和网络药理学收集的国家专利复方治疗肝硬化腹水作用机制分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于数据挖掘和网络药理学探讨中医药治疗结肠癌的配伍规律
基于数据挖掘和网络药理学探讨中医药治疗结肠癌的配伍规律兰济乐;童晓岚;程亮;阮叶萍【期刊名称】《临床医学研究与实践》【年(卷),期】2022(7)28【摘要】目的研究“中国方剂数据库”“方剂现代应用数据库”中治疗结肠癌的中药配伍规律,并探讨高频药对的作用机制。
方法通过Excel2019软件统计中药频次,以Apriori算法进行关联分析,R语言包arules以euclidean法和ward.D2算法进行聚类分析,运用BATMAN-TCM分析工具构建“成分-靶点-通路-疾病”网络,并对其作用靶点进行GO和KEGG通路富集分析。
结果共纳入1152个有效方剂进行分析,涉及397味中药,核心中药有当归、木香、大黄、肉桂、三棱,常用中药类型为活血化瘀药、补虚药、理气药,中药四气以温、寒为主,中药五味以辛、苦为主,中药归经以脾经、肝经为主,关联规则分析共得到高频药对规则16条,药组规则3条,聚类分析得到12个方剂,挖掘得到莪术-三棱高频药组,其调控细胞代谢、免疫系统等功能,并作用于Hippo信号通路、AMPK信号通路、cGMP-PKG信号通路。
结论关联规则和聚类分析结果表明中药治疗结肠癌以活血化瘀、行气止痛、润肠通便为主要原则;莪术-三棱有效成分通过多通路、多组分、多靶点发挥抗结肠癌作用。
【总页数】6页(P9-14)【作者】兰济乐;童晓岚;程亮;阮叶萍【作者单位】浙江中医药大学;中药植物精油浙江省工程研究中心【正文语种】中文【中图分类】R285.5【相关文献】1.基于数据挖掘和网络药理学的丹参配伍规律及其防治冠心病作用机制研究2.基于数据挖掘和网络药理学分析《中国药典》治疗心悸药物配伍规律及其作用机制3.基于数据挖掘和网络药理学探讨李杰教授中医药巩固治疗乳腺癌经验4.基于数据挖掘和网络药理学探讨中医药治疗急性胰腺炎的用药规律及潜在机制5.基于数据挖掘和网络药理学探讨中医药治疗乳腺癌的用药规律及作用机制因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于网络药理学研究当归补血汤延缓衰老的作用机制
基于网络药理学研究当归补血汤延缓衰老的作用机制基于网络药理学研究当归补血汤延缓衰老的作用机制引言：随着人口老龄化问题的凸显，人们对于延缓衰老的方法越发关注。
衰老是人类生命过程中不可避免的一部分，但在科学的研究中，一些天然植物药材被发现具有抗衰老的潜力。
当归作为传统中药中的重要成分之一，被认为具有补血、调经、活血、养颜的功效。
本文将通过网络药理学研究的方法，探讨当归补血汤在延缓衰老中的作用机制。
第一部分：当归的化学成分及药理特点首先，了解当归的化学成分对于进一步研究其作用机制是非常重要的。
当归富含多种生物活性物质，其中包括多糖类、挥发油、有机酸、黄酮类、矿物质等。
比如，它含有丰富的维生素B2、B12、E和纤维素等微量元素。
当归中的挥发油成分主要由川芎酮、川芎醇和巴豆酚等组成，这些物质具有抗氧化、抗炎、抗衰老等作用。
第二部分：网络药理学研究的方法和意义网络药理学是一种从系统层面研究药物与靶标间相互作用的方法。
借助计算机技术和大数据分析，可以对药物的机理进行预测和解析。
研究当归补血汤的作用机制，我们可以通过网络药理学方法挖掘其潜在的靶标和作用途径，为进一步的实验研究提供指导和参考。
第三部分：当归补血汤的作用机制研究基于网络药理学的研究方法对当归补血汤进行分析，发现了多个潜在的靶标和作用途径，这些靶标和途径与衰老过程相关。
比如，经过分析发现，当归补血汤可能通过抗氧化、抗炎、延缓血管老化等方式来延缓衰老过程。
1. 抗氧化作用：当归中的挥发油成分具有抗氧化活性，可以减轻自由基对身体组织的损伤。
而自由基是导致衰老的重要因素之一，抑制自由基逐渐积累的过程能够一定程度上延缓衰老。
2. 抗炎作用：慢性炎症在衰老过程中扮演了重要角色。
当归中的一些化学成分具有明显的抗炎作用，可以减轻炎症反应，降低炎症对身体机能的影响，从而延缓衰老过程。
3. 延缓血管老化：血管老化是衰老过程中的一个重要方面，当归中的某些成分能够改善血管弹性和保护血管内皮功能，有助于维持良好的血管系统，从而延缓衰老。
利用网络药理学和分子对接技术分析“猫爪草-_冬凌草”对肝癌的治疗作用机制
[基金项目]贵州省科技计划项目（黔科合支撑[2020]4Y156号）。
△杨青斌，李进 贵州中医药大学2021级中西医结合临床专业在读硕士研究生△司维群，刘静 贵州中医药大学2022级中西医结合临床专业在读硕士研究生△吴佳龙 贵州中医药大学2023级中西医结合临床专业在读硕士研究生▲通讯作者利用网络药理学和分子对接技术分析“猫爪草-冬凌草”对肝癌的治疗作用机制杨青斌1△ 徐 静2▲ 李 进1△ 司维群1△ 刘 静1△ 吴佳龙1△1.贵州中医药大学，贵州贵阳 550000；2.贵州中医药大学第二附属医院肿瘤科，贵州贵阳 550000[摘要]目的 利用网络药理学和分子对接技术对猫爪草与冬凌草进行分析，探讨其治疗原发性肝癌的作用机制。
方法 基于对中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）与传统中药百科全书（ETCM）数据库的检索，掌握有关药物的有效成分与其作用靶点，借助有机小分子生物活性数据库（PubChem）以及小分子药物预测作用靶点平台（Swiss Target Prediction）的支持下，收集一系列肝癌的靶点。
参照蛋白互作数据库（STRING）进行药物与肝癌的蛋白互作（PPI）网络的构建。
在将网络系统应用于探索药物的抗癌过程和作用机理的同时，结合Cytoscope3.9.1软件成功构建“成分-靶点-通路”体系，并借助Metascape 功能实现对共同靶点和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的富集处理。
此外，利用分子模拟软件AutoDock 展开活性成分与关键靶点间分子对接情况的探究，获取所需的系列研究成果。
结果 筛选出冬凌草与猫爪草的有效活性成分分别有23、9个；两味药的药物靶点总共1020个，共同交集靶点299个；药物和肿瘤疾病共有26个常见靶点。
KEGG 通路的富集显示，药物靶点涉及的通路主要有癌症通路、脂质与动脉粥样硬化通路、PI3K-Akt 信号通路等。
结论 猫爪草与冬凌草相须配伍，具有多成分、多靶点、多通路的作用特点，能协同发挥抗肝癌作用，为后续机制研究提供了切实可行的参考依据。
网络药理学指导下的中药有效成分发现策略
网络药理学指导下的中药有效成分发现策略宋阔魁;毕天;展晓日;李志勇;王俊文;何巍;童元元;李彦文【期刊名称】《世界科学技术-中医药现代化》【年(卷),期】2014(000)001【摘要】网络药理学是建立在疾病-基因-药物的多层次网络基础上，用于从整体上预测药物靶点、提高药物发现效率的新兴学科，其研究理念同中药发挥整体疗效的观点十分相似，使得越来越多的医药研究人员开始寻找中药与网络药理学的结合点，并出现了一系列研究疾病相关基因、预测靶点信息及中药活性成分的方法。
本文对网络药理学研究的主要工具与数据库及其应用进行归类总结与介绍，并在此基础上，提出了应用网络药理学进行中药有效成分靶向分离的科学策略，以期提高中药有效成分发现的效率与速率。
【总页数】5页(P27-31)【作者】宋阔魁;毕天;展晓日;李志勇;王俊文;何巍;童元元;李彦文【作者单位】中央民族大学中国少数民族传统医学研究院北京 100081;中央民族大学中国少数民族传统医学研究院北京 100081;中国中医科学院中药资源中心北京 100700;中央民族大学中国少数民族传统医学研究院北京 100081;中国中医科学院中医药信息研究所北京 100700;中国中医科学院中医药信息研究所北京100700;中国中医科学院中医药信息研究所北京 100700;中国中医科学院中药资源中心北京 100700【正文语种】中文【中图分类】R284【相关文献】1.认知发现说指导下的地理教学策略 [J], 赫兴无2.基于网络药理学的抗肿瘤药物发现策略 [J], 肖智勇;周文霞;张永祥3.五倍子抗炎、抗菌活性指导下的有效成分分离与抗口腔溃疡网络药理学评价 [J], 齐云云;温鹏;于诗怡;李全凯;李晓娟;陈文;韩博4.基于中药有效成分的防治血栓性疾病的靶标发现 [J], 寇俊萍;余伯阳5.基于体内过程的中药有效成分和有效效应物质的发现策略 [J], 杨秀伟因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于网络药理学和分子对接技术探讨三草保肝汤抗肝癌作用机制
基于网络药理学和分子对接技术探讨三草保肝汤抗肝癌作用机制李慧;李亚南;周俊福;王玉娟;代鑫燕;沈立都;严亨秀【期刊名称】《西南民族大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2024(50)2【摘要】利用网络药理学和分子对接技术,研究三草保肝汤(SancaoBaogan decoction,SBD)治疗肝癌的物质基础及其可能的作用机制.利用TCMSP数据库获取SBD的药材成分信息;利用TCMSP、Swiss target prediction、GeneCards、OMIM数据库得到药物和肝癌靶点;R语言统计得到SBD和肝癌靶点的交集,交集导入STRING平台绘制PPI网络,筛选核心靶点;利用Cytoscape构建“三草保肝汤⁃活性成分⁃潜在靶点”和“关键靶点⁃活性成分”互作网络,筛选主要成分;利用Metascape数据库对共有靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;分子对接验证活性成分与靶点.Wersternblot实验验证三草保肝汤作用肝癌细胞的核心靶点.结果发现,SBD 4种主要活性成分为木犀草素、鞣花酸、山奈酚和槲皮素;SBD可通过多成分、多靶点、多通路发挥抗肝癌作用,其中,AKT1、MAPK3是抑制肝癌的重要靶点.【总页数】10页(P157-166)【作者】李慧;李亚南;周俊福;王玉娟;代鑫燕;沈立都;严亨秀【作者单位】西南民族大学药学院;西南民族大学青藏高原研究院【正文语种】中文【中图分类】R285【相关文献】1.基于网络药理学与分子对接技术探讨益肝草凉茶解酒保肝的作用机制2.基于网络药理学与分子对接技术探讨金银花抗肝癌作用机制研究3.基于网络药理学和分子对接技术探讨龙胆泻肝汤治疗孤独症谱系障碍的活性成分及作用机制4.基于网络药理学和分子对接技术探讨小青龙汤治疗慢性支气管炎的分子靶点和作用机制5.UPLC-Q-TOF/MS结合网络药理学和分子对接技术探讨山豆根抗肝癌的药效物质及作用机制因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于网络药理学预测黄芪抗肝癌的有效成分及其潜在靶点
!!肝癌是世界范围内死亡率最高的恶性肿瘤之一&近 "# 年 来其死亡率呈逐年升高趋势+$, % 据统计&"#$A 年我国恶性肿 瘤中&肝癌患病率居第 E 位&死亡率居第 = 位+", % 中医辨证发 现&肝癌的证型多 为 气 滞 血 瘀 证& 其 次 为 肝 郁 脾 虚 证’ 有 学 者 从中医单一证型的角度&将临床常用的肝癌证型拆开&对单证
!基金项目"国家自然科学基金资助项目# <-;Q$=@=%QE$ !硕士研究生% 研究方向"中药学% &5N(,)"$$EQA$QA#%Rgg;M-N > 通信作者"主任药师&博士&研究员% 研究方向"中药药理学% &5N(,)"S7(-0)"QAAR$"?;M-N
进行统计分析&发 现 气 滞 证 出 现 频 率 最 高& 其 次 为 血 瘀 证* 脾 气虚证等+=, % 黄芪为传统中药&始载于. 神农本草经/ &其味 甘*性温&归肺*脾经&具有补气升阳*固表止汗*脱毒生肌和利 水消肿等功效&与肝癌的治则相符’同时&大量研究结果表明& 黄芪所含的黄芪多糖*黄酮类及皂苷类等成分具有抗肿瘤作 用+E5@, % 但目前对于黄芪治疗肝癌的作用及机制研究较为缺 乏&故本研究拟应用网络药理学方法&分析及预测黄芪抗肝癌 的有效成分及潜在靶点&以期为后续实验研究及临床用药提 供参考%
;7,2<;32!GPb&9YH:&" Y-83-^6,.+-+766226M+,’6M-N8-.6.+1(./ 8-+6.+,()+(346+1-2C1+3(4()*1,. (.+,5),’63 M(.M63^(16/ -. .6+d-3e 87(3N(M-)-40;]&Y[GF\" P061+(^),17,.4(/(+(16+-2+76/3*4+(346+-2C1+3(4()*1(./ ),’63 M(.M63/,16(16+(346+/(+(16+& +76( ,.436/,6.+15+(346+5/,16(16) ,.+63(M+,’6.6+d-3e -2C1+3(4()*1,. +36(+N6.+-2),’63 M(.M63d(1M-.1+3*M+6/;Y76(M+,’6,.436/,6.+1(./ 8-+6.+,()6226M+1-2C1+3(4()*1+-(.+,5),’63M(.M63d636836/,M+6/ ^0 ’,1*()(.()01,1;B&\UZY\" C1+3(4()*1N(0(M+-. 83-+6,. +(346+11*M7 (1,.+63)6*e,.5?& M6))+*N-3(.+,46. 8A=& 9_‘=CE& N,+-46.5(M+,’(+6/ 83-+6,. e,.(16$E& M0M),. C"& (./ 9_‘"C? /,36M+)0 (./ 1,N*)+(.6-*1)0 364*)(+,.4 .*M)6-+,/65^,./,.4-),4-N63,S(+,-. /-N(,.5),e636M68+-31,4.(),.48(+7d(01& Y<a 1,4.(),.48(+7d(01& 187,.4-),8,/ 1,4.(),.48(+7d(01(./ -+7638(+7d(01+-(M7,6’6+76,3+763(86*+,M4-()1;9G<9ZU\HG<\" Y7,11+*/0836),N,.(3,)0 36’6()6/ +768-+6.+,()364*)(+-30.6+d-3e -2C1+3(4()*1(4(,.1+),’63M(.M6+73-*47 .6+d-3e 87(3N(M-)-40& d7,M7 83-’,/6/ (362636.M62-3+762-))-d5*8 6c863,N6.+()3616(3M7 (./ M),.,M()(88),M(+,-. -2C1+3(4()*1; =>?@A<6,!C1+3(4()*1’ Z,’63M(.M63’ <6+d-3e 87(3N(M-)-40’ Y(346+
基于网络药理学研究丹参治疗作用机制
基于网络药理学研究丹参治疗作用机制一、概括丹参(Salvia miltiorrhiza)作为中国传统中草药的代表，具有悠久的历史和丰富的药用价值。
近年来随着对中药的研究不断深入，丹参在治疗心血管疾病、糖尿病等疾病方面的潜在作用得到了广泛关注。
网络药理学作为一种新兴的研究领域，为揭示丹参治疗作用机制提供了新的视角。
本研究旨在通过网络药理学方法，探讨丹参在不同疾病状态下的作用靶点及其相关通路，以期为丹参的临床应用提供理论依据和新思路。
1.1 研究背景和意义随着全球人口老龄化趋势的加剧，心血管疾病、脑血管疾病等慢性病的发病率逐年上升，给人类健康带来了严重的威胁。
丹参作为一种广泛应用于中医药领域的传统药材，具有活血化瘀、抗氧化、抗炎等多种药理作用，已被证实对多种心血管疾病和脑血管疾病具有良好的治疗作用。
然而目前关于丹参治疗作用机制的研究尚不完善，尤其是在分子水平上的探讨较为有限。
因此深入研究丹参的治疗作用机制对于指导临床用药、提高治疗效果具有重要的理论和实践意义。
网络药理学作为一种新兴的药物发现方法，通过整合大量公开发表的文献资料，建立药物与靶点之间的网络关系，从而揭示药物的作用机制。
近年来网络药理学在中药研究领域取得了显著的成果，为揭示丹参等中药的治疗作用机制提供了有力的理论支持和技术手段。
本研究基于网络药理学的方法，旨在深入探讨丹参治疗心血管疾病的分子机制，为临床用药提供科学依据。
1.2 研究目的和方法本研究旨在通过网络药理学方法，探讨丹参治疗作用的机制。
首先我们收集了大量关于丹参的临床文献、实验研究和网络资源，以便对丹参的药理活性进行全面了解。
然后我们利用网络药理学软件(如Web of Science、PubMed等)对这些数据进行筛选、整理和分析，以确定丹参的主要活性成分及其作用途径。
在分析过程中，我们采用了多种统计方法，如关联规则挖掘、网络聚类、路径分析等，以揭示丹参治疗作用的关键环节。
同时我们还结合了实验数据和临床资料，对丹参的有效成分进行了验证。
基于网络药理学及分子对接探讨二至丸治疗早发性卵巢功能不全的作用机制
CHINA MEDICINE AND PHARMACY Vol.14 No.7 April 202477[基金项目]贵州省卫生健康委科学技术基金项目（gzwkj2022-408）。
△贵州中医药大学第二临床医学院2021级中西医结合临床专业在读硕士研究生▲通讯作者基于网络药理学及分子对接探讨二至丸治疗早发性卵巢功能不全的作用机制简万妍1△ 王艳群1 陈美玲1 曾 莉2▲1.贵州中医药大学第二临床医学院，贵州贵阳 550002；2.贵州中医药大学第二附属医院妇科，贵州贵阳 550001[摘要] 目的 基于网络药理学方法探讨二至丸治疗早发性卵巢功能不全（POI）的可能分子作用机制。
方法 使用网络药理学平台（TCMSP）采集二至丸的有效成分和相关的基因；通过基因组注释数据平台（GeneCards）、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）数据库获取POI 疾病靶点；用蛋白互作网络数据库（STRING）构建蛋白质相互作用网络（PPI），通过CytoHubba 筛选核心靶点。
使用生物学信息注释数据库（DAVID）平台进行富集分析，采用Cytoscape3.10.0软件进行拓扑学分析，利用AutoDockTools 进行分子对接。
结果 二至丸内最主要的有效成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、刺槐素等，其中的AKT1、TP53等是关键靶点，包含的通路主要为PI3K-Akt 信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路等。
分子对接验证大部分靶点与成分能进行有效结合。
结论 揭示二至丸能够经多种成分、靶点及多条信号通路对POI 发挥协同治疗作用。
[关键词] 二至丸；早发性卵巢功能不全；网络药理学；分子对接[中图分类号] R271.9 [文献标识码] A [文章编号] 2095-0616（2024）07-0077-05DOI:10.20116/j.issn2095-0616.2024.07.18Study on the mechanism of Erzhi pills in treating premature ovarian insufficiency based on network pharmacology and molecular dockingJIAN Wanyan 1 WANG Yanqun 1 CHEN Meiling 1 ZENG Li21. The Second Clinical Medical College of Guizhou University of Traditional Chinese Medicine, Guizhou, Guiyang 550002, China;2. Department of Gynecology, the Second Affiliated Hospital of Guizhou University of Traditional Chinese Medicine, Guizhou, Guiyang 550001, China[Abstract] Objective To explore the possible molecular mechanisms of Erzhi pills in the treatment of premature ovarian insufficiency (POI) based on network pharmacology. Methods The Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP) was used to collect the active ingredients and related genes of Erzhi pills, POI disease targets were obtained through the genome annotation data platform (GeneCards) and the Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) database, a protein-protein interaction (PPI) network was constructed using the protein-protein interaction networks database (STRING), and core targets were screened through CytoHubba. Enrichment analysis was conducted using the bioinformatics annotation database (DAVID) platform, topology analysis was performed using Cytoscape 3.10.0 software, and molecular docking was performed using AutoDockTools. Results The main active ingredients in Erzhi pills were quercetin, luteolin, kaempferol, locust, etc. Among them, AKT1, TP53, etc. were key targets, and the pathways include PI3K-Akt signaling pathway, fluid shear stress, atherosclerosis signaling pathway, etc. Molecular docking verifies that most targets and components could effectively bind. Conclusion Erzhi pills can exert synergistic therapeutic effects on POI through multiple components, targets, and multiple signaling pathways.[Key words] Erzhi pills; Premature ovarian insufficiency; Network pharmacology; Molecular docking早发性卵巢功能不全（premature ovarian insufficiency，POI）[1]指的是女性在40周岁以前发生的一种生殖内分泌疾病，以月经稀发、频发甚至闭经，生育力下降甚至不孕或出现潮热盗汗等为主要临床症状，并伴随卵泡刺激素（follicle-stimulating hormone，FSH）水平升高（FSH>25 IU/L）、雌激素水平降低。
基于网络药理学、分子对接探讨熊果酸治疗缺血性脑卒中的分子机制
基于网络药理学、分子对接探讨熊果酸治疗缺血性脑卒中的分子机制刘彩玉;王凌;蔡方晴;黄美佳;郑慧敏;王大海;阮君山【期刊名称】《创伤与急诊电子杂志》【年(卷),期】2024(12)1【摘要】目的运用网络药理学、分子对接方法,挖掘熊果酸(ursolic acid,UA)治疗缺血性脑卒中的作用靶点及其潜在的分子机制。
方法通过中药系统药理学数据库与分析平台及SwissTargetPrediction数据库对UA进行靶点预测,在Gene Cards数据库中获取缺血性脑卒中的靶点,并构建UA-缺血性脑卒中交叠靶点,通过String 平台构建交叠靶点蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络图,应用Cytoscape 3.9.1软件对PPI网络图进行拓扑属性分析,筛选出关键靶点后,进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,最后进行靶点-UA分子对接进行验证。
结果共筛选得到UA相关靶点122个和3509个缺血性脑卒中靶点;获得UA-缺血性脑卒中交叠靶点98个及19个关键靶点;其中白细胞介素-6(interleukin 6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素-1β(interleukin 1β,IL-1β)、信号转导及转录激活因子3(signal transducers and activators of transcription,STAT3)、过氧化物酶体增殖激活受体γ(peroxisome proliferative activated receptor gamma,PPARG)是排名前5的核心靶点;KEGG 通路富集分析结果显示关键靶点主要富集在血脂和动脉粥样硬化、TNF信号通路、白细胞介素17(interleukin 17,IL-17)信号通路、晚期糖基化终末产物-受体(advanced glycation end products-receptor for advanced glycation endproducts,AGE-RAGE)信号通路;GO功能富集分析显示关键靶点主要涉及转录因子活性、神经元凋亡过程的正向调节、炎症反应等过程;分子对接结果显示UA和排名前5的核心靶点可以稳定的结合,结合能均小于0 kcal/mol。
网络药理学在中药领域中的研究进展与应用策略
网络药理学在中药领域中的研究进展与应用策略一、本文概述随着科技的进步和研究的深入，网络药理学作为一种新兴的研究方法，在中药领域中的应用日益受到关注。
网络药理学以网络生物学为基础，通过构建生物网络模型，研究药物与生物系统之间的相互作用，从而揭示药物的作用机制和疗效。
本文旨在综述网络药理学在中药领域中的研究进展，分析其在中药药效物质发现、作用机制解析以及新药研发等方面的应用策略，以期为推动中药现代化和国际化提供新的思路和方法。
本文将首先介绍网络药理学的基本原理和研究方法，然后重点分析网络药理学在中药领域的具体应用案例，包括中药药效物质的发现、中药作用机制的解析以及中药新药研发等方面。
还将探讨网络药理学在中药领域面临的挑战和未来的发展方向。
通过本文的综述，旨在为中药研究者和从业人员提供网络药理学在中药领域的应用参考，促进中药研究的创新和发展。
二、网络药理学的基本原理与方法网络药理学，作为一种新兴的研究范式，致力于整合生物网络、多组学数据以及计算生物学方法，以更全面、系统地理解药物与生物系统之间的相互作用。
在中药研究领域，网络药理学提供了一种全新的视角和策略，为深入探索中药的复杂作用机制提供了强大的技术支持。
网络药理学的基本原理在于，它认为药物与生物系统的交互作用是一个复杂的网络过程，而非单一的线性关系。
这一网络由多个生物分子（如基因、蛋白质、代谢物等）和它们之间的相互作用构成。
中药作为一种多成分、多靶点的复杂体系，其药效往往是通过与生物网络中的多个节点（即靶点）进行交互，从而发挥其整体疗效。
网络药理学的研究方法主要包括以下几个步骤：通过高通量技术（如基因芯片、蛋白质组学等）获取生物网络中的多组学数据；利用生物信息学方法对这些数据进行处理和分析，识别出与药物作用相关的关键节点和通路；通过实验验证这些预测结果，从而揭示药物的作用机制和药效物质基础。
在中药研究中，网络药理学的方法可以应用于以下几个方面：一是中药活性成分的筛选和鉴定，通过构建药物-靶点网络，预测药物的可能作用靶点；二是中药作用机制的解析，通过分析药物对生物网络的影响，揭示中药发挥疗效的分子机制；三是中药配伍规律的研究，通过网络药理学的方法，探究不同中药之间的相互作用和协同作用机制；四是中药新药的研发和优化，基于网络药理学的预测和分析，为新药的研发提供科学依据。
基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗甲状腺功能减退症的作用机制
基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗甲状腺功能减退症的作用机制张强;蔡萧君【期刊名称】《中医学》【年(卷),期】2024(13)1【摘要】目的:基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗甲状腺功能减退症的作用机制。
方法:运用中医药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)平台筛选出血府逐瘀汤组成药物的活性成分,利用有机小分子生物活性数据库(PubChem)查找活性成分的化学结构,根据化学结构在SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的潜在靶点。
在Genecards数据库及Disgenet数据库中检索甲状腺功能减退症的相关靶点。
利用韦恩图获得药物靶点及疾病靶点的交集靶点基因。
利用STRING数据库对药物与疾病交集靶点进行蛋白质相互作用网络构建,获得血府逐瘀汤治疗甲状腺功能减退症的关键靶点。
利用David数据库对交集靶点进行基因组百科全书(KEGG)信号通路与基因本体论(GO)功能富集分析。
结果:得到药物有效成分208个,药物靶点1066个,甲状腺功能减退症靶点1386个,最终取交集靶点195个,KEGG信号通路20条。
血府逐瘀汤治疗甲状腺功能减退症的关键靶点为STAT3、EP300、AKT1、MAPK1。
关键的信号通路包括:肿瘤信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。
结论:本研究初步揭示了血府逐瘀汤多成分、多靶点、多途径治疗甲状腺功能减退症的机制,为血府逐瘀汤的临床开发利用提供了依据。
【总页数】10页(P123-132)【作者】张强;蔡萧君【作者单位】黑龙江省中医药科学院哈尔滨【正文语种】中文【中图分类】R73【相关文献】1.基于中药整合药理学平台探讨补中益气汤治疗甲状腺功能减退症的作用机制研究2.基于网络药理学研究血府逐瘀汤治疗血管性认知功能障碍的作用机制3.基于网络药理学及肝肾同源理论探讨肉苁蓉-巴戟天干预迟发性性腺功能减退症作用机制4.基于数据挖掘和网络药理学探讨中医药治疗甲状腺功能减退症的用药规律及作用机制5.基于网络药理学和分子对接技术探讨杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于网络药理学和分子对接技术研究桑寄生抗炎的作用机制
基于网络药理学和分子对接技术研究桑寄生抗炎的作用机制熊辉;李哲;于永洲;洪霞;李娜【期刊名称】《承德医学院学报》【年(卷),期】2023(40)1【摘要】目的基于网络药理学与分子对接技术探究桑寄生抗炎的作用机制。
方法通过TCMSP数据库筛选桑寄生的活性成分及作用靶点。
采用Gene Cards、TTD 及OMIM数据库检索炎症相关靶点。
通过Cytoscape 3.7.1构建“化合物-靶点-疾病”网络。
利用String数据库绘制蛋白互作网络,采用clusterprofiler R package对桑寄生干预炎症进行基因本体GO和KEGG通路富集分析。
利用Auto Dock Tools及Auto Dock Vina软件中进行分子对接验证,通过PyMOL软件进行可视化。
结果收集桑寄生46个活性成分、418个潜在作用靶点、696个炎症相关靶点,桑寄生-炎症共同靶点71个;GO及KEGG通路富集分析筛选出1703个条目、139条信号通路(P<0.05),主要涉及脂质和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF-α、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路等。
分子对接结果示槲皮素与AKT1结合能力最强。
结论桑寄生可能通过槲皮素、齐墩果酸、扁蓄苷等活性成分作用于IL-6、IL-1β、Rel A、MAPK1、AKT1等靶点调节多条信号通路发挥抗炎作用,为后续研究提供参考。
【总页数】7页(P5-11)【作者】熊辉;李哲;于永洲;洪霞;李娜【作者单位】承德医学院/河北省中药研究与开发重点实验室;承德医学院/河北省神经损伤与修复重点实验室【正文语种】中文【中图分类】R285【相关文献】1.基于分子对接和网络药理学的黄芪-桑寄生-木瓜药对治疗骨关节炎的作用机制2.基于网络药理学和分子对接技术研究抗601合剂的抗病毒抗炎作用机制3.基于网络药理学和分子对接探讨多基源品种石韦抗炎作用机制的异同4.基于网络药理学及分子对接探究瘀血痹胶囊抗类风湿性关节炎和镇痛作用机制5.基于网络药理学和分子对接探讨藏药唐古特乌头抗炎作用机制因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于网络药理学预测白藜芦醇治疗阿尔茨海默症的关键潜在靶点
基于网络药理学预测白藜芦醇治疗阿尔茨海默症的关键潜在靶点田晓燕 江思瑜 张睿 许顺江 李国风*【摘要】目的通过网络药理学预测白藜芦醇(resveratrol,RSV)治疗阿尔茨海默症(Alzheimer's disease,AD)的关键靶点。
方法 利用TCMSP数据库检索含RSV的中药，并对其性味、归经和功效进行归纳分析。
利用SwissTargetPrediction、SEA、HERB数据库预测RSV作用靶点；利用GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNRT 数据库检索AD靶点；取RSV的作用靶点与AD靶点的交集为潜在治疗靶点。
利用DAVID数据库进行潜在治疗靶点的GO分析。
利用STRING数据库获取潜在治疗靶点的KEGG富集分析和蛋白质交互作用（protein-protein interaction, PPI），并用Cytoscape绘制PPI网络图。
AlzData数据库验证AD关键靶点变化。
SwissDock网站对RSV与关键蛋白进行分子对接。
结果含RSV中药的性味为苦味最多；归经中入肝经最多；功效中清热解毒功效最多。
RSV预测靶点388个，AD靶点1624个，交集靶点119个。
KEGG富集通路中的阿尔兹海默症通路共富集到27个蛋白。
AlzData数据库分析发现AD患者表达发生变化的蛋白。
分子对接结果发现，RSV与丝氨酸/苏氨酸激酶(serine/threonine kinase 1, AKT1)、白介素-6(interleukin-6, IL-6)、连环蛋白-1(β-catenin, CTNNB1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)均有较好的结合能力。
结论网络药理分析结果显示RSV对AD的治疗是多靶点、多通路的，可为后续研究方向提供参考。
【关键词】 网络药理学；白藜芦醇；阿尔兹海默症；分子对接中图分类号 R285文献标识码 A 文章编号1671-0223(2023)24-1879-08Predicting the key potential targets of resveratrol in the treatment of Alzheimer's disease based on network pharmacology Tian Xiaoyan, Jiang Siyu, Zhang Rui, Xu Shunjiang, Li Guofeng. Chengde Medical University, Chengde 067000, China【Abstract】Objective Key targets of resveratrol (RSV) in the treatment of Alzheimer's disease (AD) are predicted by network pharmacology. Methods The traditional Chinese medicines which contain RSV were searched by the TCMSP database, and their property and flavor, meridian distribution and phamacologic action were summarized and analyzed. The targets of RSV were predicted by SwissTargetPrediction, SEA and HERB databases. The targets of AD were retrieved using GeneCards, OMIM, TTD and DisGeNRT databases. The intersection targets of RSV and AD were taken as the potential therapeutic targets.Analysis gene ontology (GO) annotations of potential therapeutic targets by biological information annotation database (DAVID). Did KEGG cluster analysis and protein interactions (PPIs) of potential therapeutic targets in STRING database, and mapped PPI networks in Cytoscape. Verified changes of AD key targets in AlzData database.Docking RSV and key proteins in SwissDock website. Results The most Tropism of taste of the traditional Chinese medicines that contain RSV: bitter, cold, in the liver. And the main phamacologic action is clearing away heat and toxic materials.There are 388 predicted targets of RSV,1624 targets of AD, 119 intersection targets. Alzheimer's pathway in KEGG enriched pathway was enriched to 27 proteins. The proteins which expression changed of AD patients was analysised in AlzData database. The results of molecular docking showed that RSV had good binding ability with AKT1, IL-6, CTNNB1 and TNF. Conclusion The results of network pharmacological analysis show that the treatment of AD by RSV is multi-target and multi-pathway, which can provide reference for subsequent research directions.【Key words】 Network pharmacology; Resveratrol; Alzheimer's disease; Molecular docking作者单位：067000 河北省承德市，承德医学院研究生学院 （田晓燕、李国风）；河北医科大学第一医院中心实验室（江思瑜、张睿、许顺江）；河北省疾病预防控制中心药物研究所（李国风）*通讯作者现代科学研究认为，阿尔兹海默症（Alzheimer disease，AD）是一种不可逆的退行性神经疾病，临床上多以记忆力障碍、执行能力障碍以及人格变化等为特征，是老年性痴呆的最主要因素。
基于网络药理学从PI3K-Akt通路研究疏肝和胃汤的抗抑郁作用机制
基于网络药理学从PI3K-Akt通路研究疏肝和胃汤的抗抑郁作用机制基于网络药理学从PI3K/Akt通路研究疏肝和胃汤的抗抑郁作用机制摘要：抑郁症是一种常见的心理疾病，目前的治疗方法仍然存在一定的局限性。
本研究旨在利用网络药理学方法，从PI3K/Akt通路入手，揭示中药方剂疏肝和胃汤在抗抑郁作用中的机制。
引言：抑郁症是一种常见的心理疾病，严重影响了患者的生活质量。
传统的抗抑郁治疗药物常常存在副作用及耐受性问题，因此寻求新的治疗方法具有很高的价值。
中药方剂疏肝和胃汤被广泛应用于抑郁症的治疗，然而其作用机制尚不明确。
本研究采用网络药理学方法，探索疏肝和胃汤在抗抑郁中的作用机制。
方法：首先，我们通过数据库筛选，获得与抑郁症相关的靶点，并构建药物-靶点网络。
然后，我们应用网络分析工具，如Cytoscape和STRING，对网络进行可视化分析，并评估其功能和富集通路。
同时，我们使用目标预测数据库SWISS-MODEL，对疏肝和胃汤中活性成分的靶点进行预测。
最后，我们结合文献综述，对结果进行解释和讨论。
结果：我们获得了210个与抑郁症相关的靶点，并构建了药物-靶点网络，其中包括疏肝和胃汤中的活性成分和这些靶点的关联。
网络分析显示，PI3K/Akt通路是疏肝和胃汤的主要调节通路。
同时，富集通路分析结果显示，疏肝和胃汤通过调节PI3K/Akt信号通路调控细胞凋亡、神经胶质的活化、炎症反应等相关通路，发挥其抗抑郁作用。
讨论：PI3K/Akt通路在神经系统中起着重要的调节作用，其异常表达与抑郁症的发生和发展密切相关。
通过网络药理学方法的研究显示，疏肝和胃汤通过调节PI3K/Akt通路发挥抗抑郁作用。
这一发现为疏肝和胃汤作为抗抑郁疗法的机制提供了新的证据，并为进一步研究和开发新型的抗抑郁药物提供了启示。
结论：本研究利用网络药理学方法，初步揭示了疏肝和胃汤在抗抑郁作用中的作用机制。
研究结果表明，PI3K/Akt通路在抑郁发生和发展中发挥重要作用，并且疏肝和胃汤通过调节该通路来发挥抗抑郁作用。
基于数据挖掘和网络药理学探讨国家专利中药复方治疗肛周湿疹的用药规律及作用机制
基于数据挖掘和网络药理学探讨国家专利中药复方治疗肛周湿疹的用药规律及作用机制梁彪;高家治;滕卉茹;王建东;徐朝辉;施展【期刊名称】《中医临床研究》【年(卷),期】2022(14)4【摘要】目的:运用数据挖掘和网络药理学分析国家专利中药复方治疗肛周湿疹的用药规律,并探讨核心药物治疗肛周湿疹的作用机制。
方法:检索国家知识产权局专利库中治疗肛周湿疹的中药复方专利,通过中医传承计算平台V3.0进行频次统计、关联规则、聚类分析等。
通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)对核心药物进行活性成分、靶点筛选,使用Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络图;在Gene Cards、OMIM数据库检索肛周湿疹靶点,运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;运用DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。
通过Autodock Vina对活性成分和关键靶点进行分子对接验证。
结果:纳入中药复方专利67项,涉及中药297味,药物性味以苦、寒为主,药物归经主要为肝经、脾经、肾经等;核心药物有苦参、黄柏、蛇床子、地肤子、白鲜皮等。
通过TCMSP数据库筛选出69个药物活性成分和190个靶点,核心靶点有白细胞介素6(Interleukin-6,IL6)、基质金属蛋白酶9(Matrix Metalloproteinase 9,MMP9)、趋化性细胞因子8(Chemokine 8,CXCL8)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、肿瘤抑制p53蛋白(Tumor Protein P53,TP53)等,GO富集分析得到生物过程129个,细胞组分10个,分子功能15个,KEGG富集分析得到48条信号通路。
基于microRNA调控网络的癌症药物筛选系统及其药物基因组学应用
基于microRNA调控网络的癌症药物筛选系统及其药物基因
组学应用
朱丽达;梁峰吉;刘娟;李莹辉;熊江辉
【期刊名称】《中国药理通讯》
【年(卷),期】2012(029)003
【摘要】目的：药物对基因调控网络的扰动有可能改变生物体表型，甚至可能发挥疾病治疗作用。
miRNA作为一种内源性的、靶向多个基因并实施高效调控的分子，在疾病的发生发展及药物作用过程中发挥重要作用。
本文拟构建基于功能基因集的miRNA调控网络，通过全局网络的变化反映疾病特征和药物作用特征，进而探索该网络在药物筛选和临床药物疗效预测中的应用，基于网络类型的创新为网络药理学的研究提供全新的视角与工具。
【总页数】1页(P54-54)
【作者】朱丽达;梁峰吉;刘娟;李莹辉;熊江辉
【作者单位】100094
【正文语种】中文
【中图分类】R394
【相关文献】
1.基于细胞功能的超高通量筛选在化学基因组学药物发现中的应用 [J], 陈苏红;王华;王升启
2.功能基因组学在微生物药物筛选中的应用进展 [J], 杨桂英;顾觉奋
3.从方剂到网络药物:基于系统 & 网络生物学与中医方剂学结合的新型药物研究[J], 冯前进
4.基于细胞功能的超高通量筛选在化学基因组学药物发现中的应用 [J], 陈苏红;王华;王升启
5.科学家构建基于癌症基因组学的非组织特异标签的药物重定位新方法 [J], 上海营养与健康研究院
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基于网络药理学探讨甘草枳壳活性成分抗乳腺癌作用机制
四、讨论和结论
尽管我们对半枝莲抗胰腺癌的作用机制进行了深入的研究，但仍有许多问题 需要解决。例如，多糖在体内的药代动力学特性、长期使用的毒副作用以及与其 他抗肿瘤药物的协同作用等，都是我们未来需要进一步探讨的方向。对于半枝莲 其他可能具有抗胰腺癌活性的成分，也需要进行深入的研究。
四、讨论和结论
总的来说，通过本研究，我们初步揭示了半枝莲抗胰腺癌的作用机制，为进 一步研究提供了有价值的理论依据。随着对半枝莲作用机制的深入理解，我们有 望为胰腺癌患者提供更有效的治疗策略。
结论
结论
网络药理学为杜仲主要活性成分及药理作用机制的研究提供了新的视角和方 法。通过构建药物-靶点-疾病网络，我们可以更全面地了解杜仲的生物活性及作 用机制，为中药材的现代化研究和应用提供理论基础。也为其他中药材的研究提 供了新的思路和方法。
参考内容二
基本内容
基本内容
摘要： 本次演示运用网络药理学和分子对接技术，对四物汤抗乳腺癌的作用机制进 行了深入研究。通过对四物汤成分及其对应受体、信号转导通路和基因表达等多 层次的分析，揭示了四物汤抗乳腺癌的作用机制和潜在靶点。关键词：四物汤， 网络药理学，分子对接，乳腺癌，作用机制。
基本内容
引言： 甘草和枳壳是传统的中药材，具有广泛的药理作用和临床应用价值。近年来， 越来越多的研究表明，甘草和枳壳的活性成分具有抗肿瘤作用，尤其是对乳腺癌 的治疗具有显著效果。然而，甘草枳壳抗乳腺癌的作用机制尚不完全明确，涉及 到多靶点、多途径的复杂调控网络。因此，本次演示采用网络药理学方法，对甘 草枳壳活性成分抗乳腺癌的作用机制进行深入探讨。
参考内容
引言
引言
杜仲是一种常见的中药材，被广泛应用于传统中医中。它具有多种生物活性， 如抗炎、抗氧化、抗肿瘤、免疫调节等。近年来，随着网络药理学的快速发展， 该领域的研究为杜仲的活性成分和药理作用机制提供了新的视角。本次演示将探 讨网络药理学在杜仲主要活性成分及药理作用机制研究中的应用。