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如何在 genbank 中查找一基因的序列

1、在 GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了，下面网址就是一个基因的全部序列信

息的例子，，在记录的末尾有各种记录的详细说明，如果你没有accession 号，可以把你手头的编号用source 等信息源转换成accession号，中文教程太古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是

特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真

的很别扭，希望对你有帮助。

2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会：

最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；

如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；

搜索的时候建议先用NCBI 的 Gene数据库搜索，这样得到的 accession 号是属于 NCBI工作人员重新整理过的 Refseq 的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子生

物学操作 or 分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析or 其他目的需要全面分析该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列，如

果 Gene 数据库里没有收录，那就只有在Nucleotide数据库里找了，但是还是建议采用Refseq 的序列，Refseq 序列特征如下：

Accession prefix Molecule type Comment

AC_Genomic Complete genomic molecule, alternate assembly

NC_Genomic Complete genomic molecule, reference assembly

NG_Genomic Incomplete genomic region

NT_Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSa

NW_Genomic Contig or scaffold, primarily WGSa

NS_Genomic Environmental sequence

NZ_b Genomic Unfinished WGS

NM_mRNA

NR_RNA

XM_c mRNA Predicted model

XR_c RNA Predicted model

AP_Protein Annotated on AC_ alternate assembly

NP_Protein

YP_c Protein

XP_c Protein Predicted model

ZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic records

a Whole Genome Shotgun sequence data.

b An ordered collection of WGS for a genome.

c Computed.

其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子；

其他未尽事宜大家补充！

3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列

你输入这个细菌的名字直接查，一般会有的 ~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列 ~~~进入 ncbi 的首页，database 选 nucleotide ，输入你的关键词 , 如果库里收录里就会有的

4、如何查找基因序列——在Genbank中

寻找目的基因的实例

（1）根据文献

搞 reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在

Genbank中

的

ID 号，那就好办了，直接打开，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把 Genbank ID 号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。

举例说明，例如：在 2003 年 JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“ calreticulin Kinase Demonstrates (GenBank accession

number gi )”，那么把“”输入GO前面的文本框中，点“ GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序

列等相关信息）。

在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的AY047586 就可以看到基因的相关信息了...

呵，是不是有点太......easy了）

这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link ，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的

链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。

（呵（2）点击 AY047586 后出现的界面如下：

如果你只想获得序列（例如去设计 PCR引物的时候），那就可以选择 FASTA，这样就得到了 FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。

这就是 FASTA格式的序列：

正如路漫漫所说，如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的

VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢还是一步一步来...

打开

在 search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO...

搜索结果出来了，let me see...啊，怎么这么多689 条，哪一条是我想要的基因呢

（作者注：这也许是大多数人对Genbank 的第一印象，即东西太多了，不知道是哪个。）

点击箭头所指的Limits

Limits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能大大精简查询结果。

我们接着来，在 Limits这个界面，先选择查询的限定范围。我们要找什么基因来着想起来了，是人的VEGF 基因，那就开始选择：先选Gene name(基因名称) ；然后再选择Limit by Taxonomy（生物分类限定）中的Homo sapiens（人类），然后再点击“GO”