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Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
1. 目的：纯菌种16S rRNA,利用Sanger方法双端测序，然后检查测序质量，将双端测序 的序列拼接成一条完整的序列,利用这个长序列去与数据库比对，判断这个序列最 可能是从哪个微生物来的。
2. 具体操作过程：以一个纯菌种的16S rRNA测序为例，练习序列拼接（assembly). 用Sanger方法，从两端测序，引物为27F和1492R。
正向引物27F测得的序列
Overlap
反向引物1492R测得的序列
拼接 (assembly)
Contig
.
1
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第一步：Sanger测序下机文件为.abi文件，可以用Bioedit打开查看测序质量。峰型好 的碱基质量较好，把质量好的碱基部分提取出来，存成fasta文件。
.
2
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第二步：将27F和1492R测得的序列都整接成 一个长的contig。
操作如下：file----new alignment-----file----import ------sequence alignment file---同时选择 Seq27F.fas和seq1492R.fas-----file-----save as 27F+1492R.fas-----file----open 27F+1492R.fas ---点击选择两个文件名-----accessory applications-----CAP assembly contig program-----run application-----enter----随即产生了contig序列，delete原始的序列（seq27F.fas和 Seq1492R.fas),给contig命名，另存为Seq27F+1492R_contig.fas。
具体操作流程： File -----Open----找到文件Sanger_Seq27f.abi。出现两个界面，根据测 序峰确定高质量测序区段；然后双击另一个界面的文件名字，即出现一个新的编辑框。 将质量差的碱基区域去掉，然后另存为一个.fasta文件,存成seq27F.fas。另一个文件存 为seq1492R.fas.
Classifier
Submit for Classification
test drive
Select your file to upload
(Sample file name: Seq100)
.
4
第三部：将contig序列拷贝到NCBI Blast中去比对， 看与数据库中哪些序列最相近。
.
3
RDP 平台简单介绍：分类
1. 目的：利用RDP平台中的分类功能，对测定的高通量测序数据进行系统进化分类。 得到微生物群落的组成信息：门、纲、目、科、属、种。
2. 具体操作过程：
RDP pipeline
1. 目的：纯菌种16S rRNA,利用Sanger方法双端测序，然后检查测序质量，将双端测序 的序列拼接成一条完整的序列,利用这个长序列去与数据库比对，判断这个序列最 可能是从哪个微生物来的。
2. 具体操作过程：以一个纯菌种的16S rRNA测序为例，练习序列拼接（assembly). 用Sanger方法，从两端测序，引物为27F和1492R。
正向引物27F测得的序列
Overlap
反向引物1492R测得的序列
拼接 (assembly)
Contig
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1
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第一步：Sanger测序下机文件为.abi文件，可以用Bioedit打开查看测序质量。峰型好 的碱基质量较好，把质量好的碱基部分提取出来，存成fasta文件。
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2
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第二步：将27F和1492R测得的序列都整接成 一个长的contig。
操作如下：file----new alignment-----file----import ------sequence alignment file---同时选择 Seq27F.fas和seq1492R.fas-----file-----save as 27F+1492R.fas-----file----open 27F+1492R.fas ---点击选择两个文件名-----accessory applications-----CAP assembly contig program-----run application-----enter----随即产生了contig序列，delete原始的序列（seq27F.fas和 Seq1492R.fas),给contig命名，另存为Seq27F+1492R_contig.fas。
具体操作流程： File -----Open----找到文件Sanger_Seq27f.abi。出现两个界面，根据测 序峰确定高质量测序区段；然后双击另一个界面的文件名字，即出现一个新的编辑框。 将质量差的碱基区域去掉，然后另存为一个.fasta文件,存成seq27F.fas。另一个文件存 为seq1492R.fas.
Classifier
Submit for Classification
test drive
Select your file to upload
(Sample file name: Seq100)
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4
第三部：将contig序列拷贝到NCBI Blast中去比对， 看与数据库中哪些序列最相近。
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RDP 平台简单介绍：分类
1. 目的：利用RDP平台中的分类功能，对测定的高通量测序数据进行系统进化分类。 得到微生物群落的组成信息：门、纲、目、科、属、种。
2. 具体操作过程：
RDP pipeline