基于线粒体CO+Ⅱ和Cytb基因序列的8种漠甲系统发育关系
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万方数据
的差异研究生物之间的进化关系,为分类学和 系统发育研究提供了新的手段,可以从分子水 平上阐明系统学和进化问题幢1。
当前,线粒体DNA(mitchondrial DNA, mtDNA)由于母性遗传方式、易于分离和纯化、 进化速率较核DNA快等特点,已成为研究昆虫 系统发育、种群遗传变异和分化、近缘种和种下 分类单元鉴定等最为广泛的遗传标记之一[,’4】。
-宁夏大学自然科学基金资助项目(N¥0503)。 **E-mail:d叫∞5@163.corn 重登收稿日期:2007-09.1l,侈回日期:2007.11-05,2008-01-02再 修回
2008 45(4)
昆虫知识Chinese Bulletin of Entomology
。555‘
其中蛋白质编码基因细胞色素b(cytochrome b。Cytb)基因进化速度适中,适合种间甚至科 间的系统发育分析b1。细胞色素氧化酶亚基II 基因(cytochrome oxidaseⅡgene,CO 11基因)在 mtDNA中的位置比较保守,有较多的进化信息 位点,常被用来分析亲缘关系较近的种、种下分 类单元以及地理种群之间的系统关系№J。目前 国外从分子水平上对拟步甲昆虫进行的研究还 较少,国内仅刘晓丽等对9种拟步甲的16S
一样品的扩增体积为50血,反应体系为:10 X bu跪r 5.0汕,25 mmol/L的Mgcl2 4.0止,0.25 mmol/L dNTPs 1.25皿,10 pmol/弘L的1对引物 各1.5汕,约50 ng,弘L的模板DNA 2.0止, TaqDNA聚合酶1.5 U,加去离子水至50血。扩 增条件为:94。C预变性4 min后,按下列参数进 行35个循环:94℃变性45 S,50℃退火l min,
万方数据
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昆虫知识Chinese Bulletin of Entomology
2008 4Biblioteka Baidu(4)
72。C延伸l rain,最后1个循环后,72。C再延伸5 IIlin。扩增产物用1.2%的琼脂糖凝胶电泳检测 大小和亮度,检测结果见图l。对扩增效果良 好的样品委托上海生工生物工程有限公司进行 纯化和双向测序,测序仪为ABI PRISM377型。
’ITI'11 TGA GGW-37;REBCBJ:5 7一ACT GGT CGA
GCT CCA ATT CAT GT.3’。CO II引物序列为
TL2一J一3037:5’·AATAT()GCAGA7兀’AGl'GC一3’;C2一 N.3661:5 7.GCTCCACAAAT rIrI℃TGAGCA.3’。每
2.1 Cytb基因序列组成及变异 分析表明,8种昆虫Cytb基因序列(长579
bp)中共有239个核甘酸变异位点,162个简约 信息位点,变异率为41.3%。碱基T,C,A,G的 平均含量分别为34.4%.22。5%。32.4%和 10.7%,A+T平均含量(66.8%)明显高于G+ C含量(33.2%)。第三位点表现出非常强的 AT含量偏向性,A+T含量较之前2个位点 高,达到74.1%,而该位点碱基G的含量最低, 平均仅为3.2%。8种昆虫的579 bp序列共编 码193个氨基酸,其中34个发生取代,变异率 为17.6%。在氨基酸组成中,除鳖甲族的宽腹 东鳖甲A.gravidula、波氏东鳖甲A.potanini和 克氏小鳖甲M.kraatzi 3种昆虫外,其余5种均 不含半胱氨酸(Cys),由19种氨基酸组成,其中 亮氨酸(Leu)含量远高于其它氨基酸。从碱基 替换的结果看,序列间转换(transition,'IS)略多 于颠换(transversion,TV),"IS/Tv的平均值为 1.3。转换的发生主要以C—T为主,颠换的发 生主要以A—T为主,其它类型的替换很少发 生。碱基替换主要发生在密码子第三位点,占 总替换数的74.6%,第二位点最保守,很少发 生替换,替换率仅为5.2%。 2.2 COⅡ基因序列组成及变异
本实验测得8种漠甲COⅡ基因序列长度 为585 bp的片段,其中变异位点210个,变异率 为35。9%。简约信息位点149个。碱基T,C, A,G的平均含量分别为33.1%,加.0%,34.6% 和12.4%,A+T平均含量为67.7%,第三位点 高达80.1%,该位点碱基G的含量在种间差异 很大,在1.0%一8.2%之间,平均为4.1%。共 编码195个氨基酸,其中33个发生取代,变异 率为16.9%。密码子以A、T结尾频率高,第三 位是G的密码子使用较少。在氨基酸组成中, 所有种类均不含半胱氨酸(Cys),由19种氨基 酸组成,其中亮氨酸(ku)、异亮氨酸(1le)含量 最高,反映出CO 1I基因在氨基酸组成上具有 一定偏向性。从碱基替换的结果看,序列问转 换略多于颠换,转换主要发生在C++T之间,颠
1.3 DNA序列分析 用ContigExpress软件进行正反链的拼接。
将正反链匹配校正后的序列剪除引物部分即所 测得的序列。用ChstalXl,8软件对8条序列进 行多重比对,用MEGA2.1软件统计核苷酸组 成,分析各物种间的序列差异。以土甲族的 Eumylada potanini(Genbank检索号:EU250295、 EU250306)作为外群,基于Kimura.2参数,采用 邻接法(Neighbor-Joining method,NJ法)、最简约 法(Maximum Parsimony,MP法)构建系统树。
关键词漠甲亚科,Cytb基因,COII基因,系统发育
漠甲亚科Pimeliinae隶属于鞘翅目 Coleopetra拟步甲科Tenebrionidae,分布在古北 区、新北区、新热带区和埃塞俄比亚区的荒漠和 半荒漠地区,全球已知约37族4 000种。我国 已知有10族,西北地区7族。该亚科昆虫经济 意义重大,成虫取食各种沙生植物的残花、落 叶、茎皮和种子,幼虫危害植物嫩芽和根部…。 国内外对漠甲亚科昆虫的研究多集中于形态描 述,不同的分类系统中各类群分类地位差异很 大,这就给研究该类昆虫的系统进化关系带来 了一定的困难。而昆虫的进化关系很难从形态 上来判别,这就需要通过其它辅助方法。现代 分子生物学的发展使我们可以利用生物大分子
ZHANG Da-Zhi(啦Science College,Ningxia Umversity,Yinchuan 750021,China)
Abstract The phylogenetic relationships among 8 species of Pimeliinae based on a 579 bp Cytb and a 585 bp CO II gene sequences were analyzed.The results showed that the average contents of T,C,A and G in the 1 164 bp sequences were 33.7%,21.2%,33.5 and 11.6%,respectively.The content of A+T is significantly higher than that of C+G.with 77.2%of A+T at the third cedon position but only 4.O%of G at the tⅫrlle position.Transition/ transversion mostly occur between C++T or A H T at the third position.With Eumylada potanini∞outgroup. phylogenetic trees were reconstructed based on these DNA sequences.The trees showed that Platyopini and Pimeliini were placed in a clade.which is consistent with the current opinion that Platyopini w衄merged into Pimeliini. Meanwhile.Tentyriini formed another monophyletic clade in the缸优. Key words Pimeliinae,Cytb gene,CO II gene,phylogeny
1
2
3
4
5
67
M
bp
一2 000
—l 000
-750 —500 -250
一loo
图1部分种类PER结果检测结果
I,P,mongolica 2.M.8randls 3.A.potanini 4.A, gravidula 5.M.kraa场6.P.础tata 7.T.pseudopimelia
M.DNA milker
rDNA部分序列进行了分析"J,而应用Cytb和 COll基因序列进行的相关研究还未见报道。
本研究以线粒体Cytb和C011基因作为分 子标记,对漠甲亚科8种昆虫进行特异性扩增
和测序,对它们的序列组成特点进行分析,并以 其序列数据为依据构建分子系统树,对各分类 单元之间的系统关系进行了探讨,为深入研究 该类昆虫的分子进化提供分子水平的证据和资 料。
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昆虫知识Chinese Bulletin of Entomology
基于线粒体COⅡ和Cyt b基因序列的8种漠甲 系统发育关系*
代金霞” 张大治
(宁夏大学生命科学学院银川750021)
Phylogenetic analysis of eigm species of Pimeliinae based oa CO II and Cyt6薛眦sequences.DAI Jin-Xia"’,
摘 要对8种漠甲昆虫线粒体Cytb基因579 bp和C011基因585 bp的序列片段进行联合分析。结果 表明,8种甲虫在长度为l 164 bp的序列中碱基T,C,A.G的平均含量分别为33.7%,21.2%,33.5和 11.6%,A+T平均含量明显高于G+c含量。密码子第三位点A+T含量高达77.2%,而该位点G的平 均含量仅为4.O%。序列中碱基替换多发生于第三位点,转换略多于颠换,转换主要以C—T为主,颠换 以A—T为主。以土甲族的Eumyladapotanini为外群构建的系统发育树表明:漠王和漠甲以很高的置信 值聚为一支,二者的关系与Bouchard最新的分类观点相吻合,即漠王族并入漠甲族成为一族;鳖甲族在 支序图上另成一支,可视为一个单系群。
换主要发生在A++T之间,咧’1'v的平均值为
万方数据
昆虫知识Chinese Bulletin of Entomology
1材料和方法
1.1供试材料 本实验所用昆虫标本均为采集或饲养的新
鲜标本经无水乙醇固定后于一20。C保存。供试 材料种类、采集日期、地点如表1所示,标本的 鉴定采用Watt的系统…。
表1供试材料名称及来源
1.2实验方法 1.2.1 DNA的提取 剪取每种昆虫个体前胸 背板下的肌肉少许,采用传统的蛋白酶K法, 用酚一氯仿提取基因组总DNA后加去离子水 溶解,4℃冰箱保存备用。 1.2.2 PCR扩增和测序 分别用1对通用引 物扩增线粒体Cytb基因(目的片段长度579 bp)和COⅡ基因(目的片段长度585 bp)序列片 段。引物参考Simon等的方法设计修订¨1,由 上海生工生物工程有限公司合成。Cytb引物 序列为REVCB2H:5'-TGA GGA CAA ATA TCA
2 结果
本研究测定了漠甲亚科8种昆虫Cytb基 因长度为579 bp和C011基因长度为585 bp的 部分序列,将所测序列经BLAST搜索GenBank 表明与现有昆虫的Cytb和CO II基因序列有很 高的同源性,序列中无碱基的插入和缺失。用 MEGA2.1软件分别统计2个基因的序列组成, 使用无脊椎动物线粒体密码表,对8种昆虫的 密码子使用频率进行统计,推断出各物种Cytb 和CO II基因编码区的密码子使用频率及氨基 酸组成。
的差异研究生物之间的进化关系,为分类学和 系统发育研究提供了新的手段,可以从分子水 平上阐明系统学和进化问题幢1。
当前,线粒体DNA(mitchondrial DNA, mtDNA)由于母性遗传方式、易于分离和纯化、 进化速率较核DNA快等特点,已成为研究昆虫 系统发育、种群遗传变异和分化、近缘种和种下 分类单元鉴定等最为广泛的遗传标记之一[,’4】。
-宁夏大学自然科学基金资助项目(N¥0503)。 **E-mail:d叫∞5@163.corn 重登收稿日期:2007-09.1l,侈回日期:2007.11-05,2008-01-02再 修回
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其中蛋白质编码基因细胞色素b(cytochrome b。Cytb)基因进化速度适中,适合种间甚至科 间的系统发育分析b1。细胞色素氧化酶亚基II 基因(cytochrome oxidaseⅡgene,CO 11基因)在 mtDNA中的位置比较保守,有较多的进化信息 位点,常被用来分析亲缘关系较近的种、种下分 类单元以及地理种群之间的系统关系№J。目前 国外从分子水平上对拟步甲昆虫进行的研究还 较少,国内仅刘晓丽等对9种拟步甲的16S
一样品的扩增体积为50血,反应体系为:10 X bu跪r 5.0汕,25 mmol/L的Mgcl2 4.0止,0.25 mmol/L dNTPs 1.25皿,10 pmol/弘L的1对引物 各1.5汕,约50 ng,弘L的模板DNA 2.0止, TaqDNA聚合酶1.5 U,加去离子水至50血。扩 增条件为:94。C预变性4 min后,按下列参数进 行35个循环:94℃变性45 S,50℃退火l min,
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72。C延伸l rain,最后1个循环后,72。C再延伸5 IIlin。扩增产物用1.2%的琼脂糖凝胶电泳检测 大小和亮度,检测结果见图l。对扩增效果良 好的样品委托上海生工生物工程有限公司进行 纯化和双向测序,测序仪为ABI PRISM377型。
’ITI'11 TGA GGW-37;REBCBJ:5 7一ACT GGT CGA
GCT CCA ATT CAT GT.3’。CO II引物序列为
TL2一J一3037:5’·AATAT()GCAGA7兀’AGl'GC一3’;C2一 N.3661:5 7.GCTCCACAAAT rIrI℃TGAGCA.3’。每
2.1 Cytb基因序列组成及变异 分析表明,8种昆虫Cytb基因序列(长579
bp)中共有239个核甘酸变异位点,162个简约 信息位点,变异率为41.3%。碱基T,C,A,G的 平均含量分别为34.4%.22。5%。32.4%和 10.7%,A+T平均含量(66.8%)明显高于G+ C含量(33.2%)。第三位点表现出非常强的 AT含量偏向性,A+T含量较之前2个位点 高,达到74.1%,而该位点碱基G的含量最低, 平均仅为3.2%。8种昆虫的579 bp序列共编 码193个氨基酸,其中34个发生取代,变异率 为17.6%。在氨基酸组成中,除鳖甲族的宽腹 东鳖甲A.gravidula、波氏东鳖甲A.potanini和 克氏小鳖甲M.kraatzi 3种昆虫外,其余5种均 不含半胱氨酸(Cys),由19种氨基酸组成,其中 亮氨酸(Leu)含量远高于其它氨基酸。从碱基 替换的结果看,序列间转换(transition,'IS)略多 于颠换(transversion,TV),"IS/Tv的平均值为 1.3。转换的发生主要以C—T为主,颠换的发 生主要以A—T为主,其它类型的替换很少发 生。碱基替换主要发生在密码子第三位点,占 总替换数的74.6%,第二位点最保守,很少发 生替换,替换率仅为5.2%。 2.2 COⅡ基因序列组成及变异
本实验测得8种漠甲COⅡ基因序列长度 为585 bp的片段,其中变异位点210个,变异率 为35。9%。简约信息位点149个。碱基T,C, A,G的平均含量分别为33.1%,加.0%,34.6% 和12.4%,A+T平均含量为67.7%,第三位点 高达80.1%,该位点碱基G的含量在种间差异 很大,在1.0%一8.2%之间,平均为4.1%。共 编码195个氨基酸,其中33个发生取代,变异 率为16.9%。密码子以A、T结尾频率高,第三 位是G的密码子使用较少。在氨基酸组成中, 所有种类均不含半胱氨酸(Cys),由19种氨基 酸组成,其中亮氨酸(ku)、异亮氨酸(1le)含量 最高,反映出CO 1I基因在氨基酸组成上具有 一定偏向性。从碱基替换的结果看,序列问转 换略多于颠换,转换主要发生在C++T之间,颠
1.3 DNA序列分析 用ContigExpress软件进行正反链的拼接。
将正反链匹配校正后的序列剪除引物部分即所 测得的序列。用ChstalXl,8软件对8条序列进 行多重比对,用MEGA2.1软件统计核苷酸组 成,分析各物种间的序列差异。以土甲族的 Eumylada potanini(Genbank检索号:EU250295、 EU250306)作为外群,基于Kimura.2参数,采用 邻接法(Neighbor-Joining method,NJ法)、最简约 法(Maximum Parsimony,MP法)构建系统树。
关键词漠甲亚科,Cytb基因,COII基因,系统发育
漠甲亚科Pimeliinae隶属于鞘翅目 Coleopetra拟步甲科Tenebrionidae,分布在古北 区、新北区、新热带区和埃塞俄比亚区的荒漠和 半荒漠地区,全球已知约37族4 000种。我国 已知有10族,西北地区7族。该亚科昆虫经济 意义重大,成虫取食各种沙生植物的残花、落 叶、茎皮和种子,幼虫危害植物嫩芽和根部…。 国内外对漠甲亚科昆虫的研究多集中于形态描 述,不同的分类系统中各类群分类地位差异很 大,这就给研究该类昆虫的系统进化关系带来 了一定的困难。而昆虫的进化关系很难从形态 上来判别,这就需要通过其它辅助方法。现代 分子生物学的发展使我们可以利用生物大分子
ZHANG Da-Zhi(啦Science College,Ningxia Umversity,Yinchuan 750021,China)
Abstract The phylogenetic relationships among 8 species of Pimeliinae based on a 579 bp Cytb and a 585 bp CO II gene sequences were analyzed.The results showed that the average contents of T,C,A and G in the 1 164 bp sequences were 33.7%,21.2%,33.5 and 11.6%,respectively.The content of A+T is significantly higher than that of C+G.with 77.2%of A+T at the third cedon position but only 4.O%of G at the tⅫrlle position.Transition/ transversion mostly occur between C++T or A H T at the third position.With Eumylada potanini∞outgroup. phylogenetic trees were reconstructed based on these DNA sequences.The trees showed that Platyopini and Pimeliini were placed in a clade.which is consistent with the current opinion that Platyopini w衄merged into Pimeliini. Meanwhile.Tentyriini formed another monophyletic clade in the缸优. Key words Pimeliinae,Cytb gene,CO II gene,phylogeny
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2
3
4
5
67
M
bp
一2 000
—l 000
-750 —500 -250
一loo
图1部分种类PER结果检测结果
I,P,mongolica 2.M.8randls 3.A.potanini 4.A, gravidula 5.M.kraa场6.P.础tata 7.T.pseudopimelia
M.DNA milker
rDNA部分序列进行了分析"J,而应用Cytb和 COll基因序列进行的相关研究还未见报道。
本研究以线粒体Cytb和C011基因作为分 子标记,对漠甲亚科8种昆虫进行特异性扩增
和测序,对它们的序列组成特点进行分析,并以 其序列数据为依据构建分子系统树,对各分类 单元之间的系统关系进行了探讨,为深入研究 该类昆虫的分子进化提供分子水平的证据和资 料。
·554·
昆虫知识Chinese Bulletin of Entomology
基于线粒体COⅡ和Cyt b基因序列的8种漠甲 系统发育关系*
代金霞” 张大治
(宁夏大学生命科学学院银川750021)
Phylogenetic analysis of eigm species of Pimeliinae based oa CO II and Cyt6薛眦sequences.DAI Jin-Xia"’,
摘 要对8种漠甲昆虫线粒体Cytb基因579 bp和C011基因585 bp的序列片段进行联合分析。结果 表明,8种甲虫在长度为l 164 bp的序列中碱基T,C,A.G的平均含量分别为33.7%,21.2%,33.5和 11.6%,A+T平均含量明显高于G+c含量。密码子第三位点A+T含量高达77.2%,而该位点G的平 均含量仅为4.O%。序列中碱基替换多发生于第三位点,转换略多于颠换,转换主要以C—T为主,颠换 以A—T为主。以土甲族的Eumyladapotanini为外群构建的系统发育树表明:漠王和漠甲以很高的置信 值聚为一支,二者的关系与Bouchard最新的分类观点相吻合,即漠王族并入漠甲族成为一族;鳖甲族在 支序图上另成一支,可视为一个单系群。
换主要发生在A++T之间,咧’1'v的平均值为
万方数据
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1材料和方法
1.1供试材料 本实验所用昆虫标本均为采集或饲养的新
鲜标本经无水乙醇固定后于一20。C保存。供试 材料种类、采集日期、地点如表1所示,标本的 鉴定采用Watt的系统…。
表1供试材料名称及来源
1.2实验方法 1.2.1 DNA的提取 剪取每种昆虫个体前胸 背板下的肌肉少许,采用传统的蛋白酶K法, 用酚一氯仿提取基因组总DNA后加去离子水 溶解,4℃冰箱保存备用。 1.2.2 PCR扩增和测序 分别用1对通用引 物扩增线粒体Cytb基因(目的片段长度579 bp)和COⅡ基因(目的片段长度585 bp)序列片 段。引物参考Simon等的方法设计修订¨1,由 上海生工生物工程有限公司合成。Cytb引物 序列为REVCB2H:5'-TGA GGA CAA ATA TCA
2 结果
本研究测定了漠甲亚科8种昆虫Cytb基 因长度为579 bp和C011基因长度为585 bp的 部分序列,将所测序列经BLAST搜索GenBank 表明与现有昆虫的Cytb和CO II基因序列有很 高的同源性,序列中无碱基的插入和缺失。用 MEGA2.1软件分别统计2个基因的序列组成, 使用无脊椎动物线粒体密码表,对8种昆虫的 密码子使用频率进行统计,推断出各物种Cytb 和CO II基因编码区的密码子使用频率及氨基 酸组成。