PDB数据库中查找蛋白质结构数据

一、PDB数据库中查找蛋白质结构数据

1、

2、查找蛋白质结构,在检索框输入关键字或名称。

输入内容:比如2DC3

二、在线观瞧三维数据结构

4、选择3D view,可视化蛋白三维结构视图呈现。由于就是远程计算机服务器进行图型构建,且数据量较大,需要较长的时间才能在窗口显示。

自定义设定

脚本选项:

二、下载三维数据文件

1、在查询结果窗口的右边找到以下图型。

如图:选择Download Files。

2.确定下载的文件类型,一般根据您要使用蛋白质结构数据而定。

选择PDB )、

3、用写字板打开PDB文件,可以瞧到蛋白质数据库文件实质也就是文本文件。

4、下载Pymol,并安装。点DOWNLOAD进入下载,选择windows版本,并安装(需要pay money)。

或到此网站下载:

选择win32,1.7.1、1版本。并安装,需要python编程软件的支持,可从360软件管件直接安装。安装如图:

使用详情参见教程,注意打开程序需要找到python的安装目录:C:\Python27\PyMOL,找到PyMOL、exe文件,双击启动程序。

打开2DC3、pdb

或使用RasMol软件进行三维视图分析,步骤同上。