结构化学模型实习讲义
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景、组装策略、学术思想、 实验方法、研究手段等,以及自己从文章中获得的启示和 帮助,利用文中的科学思想设计一 个实验,自组装得到一个超分子配合物结构,并通 过适当的分析手段研究其性能。 ) 1. Xin-Long Wang, Chao Qin, En-Bo Wang and Zhong-Min Su, “An unusual polyoxometalate-encapsulating 3D polyrotaxane framework formed by molecular squares threading on a twofold interpenetrated diamondoid skeleton”, Chem. Commun., 2007, 4245– 4247. 2. Chun-Feng Zhuang, Jianyong Zhang, Qing Wang, Zhao-Hua Chu, Dieter Fenske, and Cheng-Yong Su, “Temperature-Dependent Guest-Driven Single-Crystal-to-Single-Crystal Ligand Exchange in a Two-Fold Interpenetrated CdII Grid Network”, Chem. Eur. J. 2009, 15, 7578 – 7585. 3. Hai-Ying Deng, Jian-Rong He, Mei Pan, Lei Li and Cheng-Yong Su, “ Synergistic metal and anion effects on the formation of coordination assemblies from a N,N′-bis(3-pyridylme thyl)naphthalene diimide ligand”, CrystEngComm., 2009, 11, 909–917. 1
本文由suprachem贡献 doc文档可能在WAP端浏览体验不佳。建议您优先选择TXT,或下载源文件到本机 查看。 结构化学模型实习讲义 (2010) ) 姓名 专业 学号 中山大学化学与化学工程学院 实习一 分子的立体构型和分子的性质 姓名 一、目的 从分子中原子排布的几何关系和点群对称性描述分子的结构, 对于了解分子的 性质具有 重要意义。本实习通过自己动手制作和观察分子模型,掌握分子的空间结构 与点群对称性, 加深对分子构型和分子性质的了解。 学号 专业 成绩 二、内容: 内容: 1、 搭出下列分子模型, 了解它们的对称性, 填写表中各栏内容。 4, 2O2, 6, 4(CH2)6, CH H SF N ,C C6H12(环己烷:船式和椅式) 2H6(重叠式,交叉 式以及介于这两者之间的型式) 2、搭出下列丙二烯型化合物的模型,了解它们的对 称性。 H2C=C=CH2, ClHC=C=CH2, Cl2C=C=CH2, ClHC=C=CHCl 3、根据模型填写下表 分 子 CH4 (四面体) SF6(八面体) B12(二十面体) 环 己 烷 船式 椅式 H2O2 重叠式 C2H6 交叉式 中间式 N4(CH2)6 H2C=C=CH2 ClHC=C=CH2 Cl2C=C=CH2 ClHC=C =CHCl 注意:在搭制分子的球棍模型时,通常按照下面的惯例用不同的颜色表示不同 的原子:C 黑 色,H 浅灰色,O 红色,N 蓝色,Cl 绿色,Br 红棕色,I 红紫色,S 黄色,P 紫色;金属原 子则以该金属单质显示的颜色表示。 对 称 元 素 及 数 目 对 称 轴 镜 面 i 点 群 偶 极 矩 旋 光 性 实习二 杂化轨道和硼烷结构 姓名 一、目的 (1)杂化轨道理论在分子结构和配合物结构中具有重要的应用价值。通过观察 各种杂 化轨道的模型, 掌握不同杂化轨道的空间结构和组成, 加深对杂化轨道理论 的了解和应用程 度。 (2)硼烷是一种具有特殊构型的非金属原子簇化合物,因为其 中存在不同类型的缺电 子多中心键而表现出特殊的结构和性能特点。 通过观察各种 硼烷结构的模型, 掌握不同类型 的缺电子多中心键的特点,加深对硼烷结构的了解 。 学号 专业 成绩 二、内容: 内容: 1、观察杂化轨道模型并填写下表 杂化轨道 sp sp2 sp3 dsp2 dsp3 之一 dsp3 之二 d2sp3 sp3 d3 参加杂化的原子轨道 构型 点群 实例 2、观察硼烷结构模型并填写下表 硼烷 styx 数码 点群 B 2H 6 B4H10 B 5H 9 B5H11 B6H10 B10H14 实习三 超分子配合物研究中几种常用化学软件介绍 姓名 1. Chemdraw 和 chem3D 2. Gauss03 和 GaussView 作业:利用 Chemdraw 画出 下面配体(任选其一)的结构,导入 chem3D 得到三维结构并优 化,然后导入 Gaus sView 程序,利用 B3LYP 方法,6-31G*基组,计算单重态和三重 态单点能,打印出
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: + 3. 讨论 (1)在 14 种点阵型式中,为什么有四方 I, 而无四方 F? 为什么有 正交 C, 而无四方 C? 为 什么有立方 F, 而无立方 C? 根据什么原则确定点阵型式?
(2)结构基元、点阵点、晶胞和点阵型式等概念的正确含义和相互关系怎样?
实习六 等径圆球的堆积 姓名 一、目的 通过等径圆球的堆积来模拟金属单质中原子的堆积, 了解金属单质的若干典 型 结构型式,加深对金属结构的了解。 学号 专业 成绩 二、内容: 内容: 1. 密堆积层 . 取若干等径圆球,分别排列成密堆积层和四方平面层,比较它 们的异同,填 写下表。 (设圆球半径为 R,球的配位数是指与一个圆球直接接触的 圆球数目。 计算空隙中心到球面的最短距离,用半径 R 表示) 密堆积层 四方平面 层 每个球的配位数 法线方向上的对称性 空隙中心到球面的最短距离 面积利用率 2 . 等径圆球的最密堆积 . 将密堆积层按 ABAB和 ABCABC两种重叠方式分别组成六方和立方最密堆积。各 取一个晶胞,观察并填写下表。 堆积方式 球的配位数 一个球平均占有的四面体空隙 数 一个球平均占有的八面体空隙数 点阵型式 密堆积层方向(用晶胞单位矢量 表示 ) 晶胞内球的分数坐标 六方(A3) 立方(A1) 3. 最密堆积中的空隙 . (1) 四面体空隙 一个四面体空隙由 4 个球构成,所以一个球在一个四面体中 占有分之一的空隙. 一个球参与个四面体空隙的构成。因此,平均一个球占有个四面 体空隙。 计算四面体空隙到球面的最短距离(用球半径 R 表示)。 (2)八面体空隙 一 个八面体空隙由 6 个球构成,所以一个球在一个八面体中占有分之一的空隙. 一个球 参与个八面体空隙的构成,因此,平均一个球占有个八面体空隙. 计算八面体空隙到球 面的最短距离(用球半径 R 表示)。 4.体心立方堆积和简单立方堆积 体心立方堆积和简单立方堆积 将球做体心立方堆积和简单立方堆积,取其晶胞,观察并填写下表。表中密置列 是指球 沿一维直线紧密排列,其方向以晶胞单位矢量表示。 堆积方式 密置列方向 球的配位数 晶胞内球的坐标 空隙型式 晶胞内空隙数 空 隙中心到球面的最短距离 一个球平均占有的空隙数 体心立方 简单立方 5. 列式计算立方紧密堆积、六方最密堆积、体心立方堆积、简单立方堆积等的 堆积系数。 列式计算立方紧密堆积、六方最密堆积、体心立方堆积、简单立方堆积等 的堆积系数。 实习七 离子晶体的结构 姓名 学号 专业 成绩 通过观察和分析下表所列 6 个二元离子晶体的结构模型, 了解离子晶体的结构 , 将结果 填入下表,总结归纳二元离子晶体的结晶化学规律。 晶体 负离子堆 积方 式 正负离子 半径比 正负离子 数量比 正离子占 什么空隙 正离子占 空隙比率 正离 子的 配位数 配位多面 体连接方 式 负离子的 配位数 点阵型式 结构基元 晶胞中正 负离子数 离子分数 坐标 NaCl CsCl 立方 ZnS 六方 ZnS CaF2 金红石 实习八 超分子自组装和晶体工程 姓名 学号 专业 成绩 在网络数据库中查阅下面超分子自组装和晶体工程方面的综述文献, 任选一篇 , 写出不少于 1000 字的读书报告。 (内容:用自己的语言概括文中总结的研究背
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gjf 文件。 (不需要提交任务) 学号 专业 成绩 R N N N R N N N R N R = -CH 3, -CH 2CH3 , -CH 2CH2 CH3, -CH 2CH2 CH2 CH 3, -CH 2CH=CH2, - CH 2Ph, L1 L2 L3 L4 L5 L6 NTB O N N antipyrine N S S N C4TQ 实习四 配位化合物和配位场 姓名 学号 专业 成绩 一、目的 (1)理解配位场和晶体场理论,区分强弱八面体场造成的电子排布自 旋状态的不同,会计 算八面体场和四面体场中的晶体场稳定化能(LFSE) 。 (2) 了解不同配位数情况下可能存在的配位构型及其常见配合物实例,初步了解低配位数 下配位场中 d 轨道的分裂情况。 (3)了解过渡金属簇合物的 18 电子规则和常见 几何构型。 二、内容 1. 理解配位场理论的内容,填写下表。 配位离子 配位体场( 指出 强/弱八面体或 四面体场) 自旋态(高/低) 电子组态 LFSE(-Δ0) [Fe(H2O)6]2+ [Fe(CN)6]4[Fe(CN)6]3[CoF6]3[Co(en)3]3+ [Co(NO2)6]4[FeCl4 ][Ag(NH3)4]+ [ZnCl4]22. 观察下列配位数模型,填写下表。 配位数 4 配位构型 点群 d 轨道分裂情况 (用短线图表示) 实例 5 6 7 8 9 12 / / / 3. 观察下列多面体模型,与过渡金属簇合物的结构相对应,填写下表。 多面体 四面体 八面体 双帽四面体 加帽四方锥 三棱柱 二十面体 金属原子间 成键总数 b 实例 MnLm 与 Mn 有关的价 电子总数 g 实习五 点阵和晶胞 姓名 一、目的 了解点阵、结构基元、晶胞等基本概念,掌握 14 种布拉维格子的分类、特征及 一些常 见化合物的晶胞结构。 学号 专业 成绩 二、内容: 内容: 1. 观察 14 种布拉维格子,填写下表。 格子名称 记号 所属晶系 每个晶胞中 含点 阵点个数 点阵参数的限制 2. 根据晶体结构模型写出下表各栏内容。 尿素 结构基元 点阵型式 氟化钙 氯 化铯 氯化钠 金刚石 闪锌矿 六方石墨 (AB 型) 三方石墨 (ABC 型) 特征对称 元素 晶系 正当晶胞 中结构基 元数 原子分数 坐标 只写 Ca2 坐标
景、组装策略、学术思想、 实验方法、研究手段等,以及自己从文章中获得的启示和 帮助,利用文中的科学思想设计一 个实验,自组装得到一个超分子配合物结构,并通 过适当的分析手段研究其性能。 ) 1. Xin-Long Wang, Chao Qin, En-Bo Wang and Zhong-Min Su, “An unusual polyoxometalate-encapsulating 3D polyrotaxane framework formed by molecular squares threading on a twofold interpenetrated diamondoid skeleton”, Chem. Commun., 2007, 4245– 4247. 2. Chun-Feng Zhuang, Jianyong Zhang, Qing Wang, Zhao-Hua Chu, Dieter Fenske, and Cheng-Yong Su, “Temperature-Dependent Guest-Driven Single-Crystal-to-Single-Crystal Ligand Exchange in a Two-Fold Interpenetrated CdII Grid Network”, Chem. Eur. J. 2009, 15, 7578 – 7585. 3. Hai-Ying Deng, Jian-Rong He, Mei Pan, Lei Li and Cheng-Yong Su, “ Synergistic metal and anion effects on the formation of coordination assemblies from a N,N′-bis(3-pyridylme thyl)naphthalene diimide ligand”, CrystEngComm., 2009, 11, 909–917. 1
本文由suprachem贡献 doc文档可能在WAP端浏览体验不佳。建议您优先选择TXT,或下载源文件到本机 查看。 结构化学模型实习讲义 (2010) ) 姓名 专业 学号 中山大学化学与化学工程学院 实习一 分子的立体构型和分子的性质 姓名 一、目的 从分子中原子排布的几何关系和点群对称性描述分子的结构, 对于了解分子的 性质具有 重要意义。本实习通过自己动手制作和观察分子模型,掌握分子的空间结构 与点群对称性, 加深对分子构型和分子性质的了解。 学号 专业 成绩 二、内容: 内容: 1、 搭出下列分子模型, 了解它们的对称性, 填写表中各栏内容。 4, 2O2, 6, 4(CH2)6, CH H SF N ,C C6H12(环己烷:船式和椅式) 2H6(重叠式,交叉 式以及介于这两者之间的型式) 2、搭出下列丙二烯型化合物的模型,了解它们的对 称性。 H2C=C=CH2, ClHC=C=CH2, Cl2C=C=CH2, ClHC=C=CHCl 3、根据模型填写下表 分 子 CH4 (四面体) SF6(八面体) B12(二十面体) 环 己 烷 船式 椅式 H2O2 重叠式 C2H6 交叉式 中间式 N4(CH2)6 H2C=C=CH2 ClHC=C=CH2 Cl2C=C=CH2 ClHC=C =CHCl 注意:在搭制分子的球棍模型时,通常按照下面的惯例用不同的颜色表示不同 的原子:C 黑 色,H 浅灰色,O 红色,N 蓝色,Cl 绿色,Br 红棕色,I 红紫色,S 黄色,P 紫色;金属原 子则以该金属单质显示的颜色表示。 对 称 元 素 及 数 目 对 称 轴 镜 面 i 点 群 偶 极 矩 旋 光 性 实习二 杂化轨道和硼烷结构 姓名 一、目的 (1)杂化轨道理论在分子结构和配合物结构中具有重要的应用价值。通过观察 各种杂 化轨道的模型, 掌握不同杂化轨道的空间结构和组成, 加深对杂化轨道理论 的了解和应用程 度。 (2)硼烷是一种具有特殊构型的非金属原子簇化合物,因为其 中存在不同类型的缺电 子多中心键而表现出特殊的结构和性能特点。 通过观察各种 硼烷结构的模型, 掌握不同类型 的缺电子多中心键的特点,加深对硼烷结构的了解 。 学号 专业 成绩 二、内容: 内容: 1、观察杂化轨道模型并填写下表 杂化轨道 sp sp2 sp3 dsp2 dsp3 之一 dsp3 之二 d2sp3 sp3 d3 参加杂化的原子轨道 构型 点群 实例 2、观察硼烷结构模型并填写下表 硼烷 styx 数码 点群 B 2H 6 B4H10 B 5H 9 B5H11 B6H10 B10H14 实习三 超分子配合物研究中几种常用化学软件介绍 姓名 1. Chemdraw 和 chem3D 2. Gauss03 和 GaussView 作业:利用 Chemdraw 画出 下面配体(任选其一)的结构,导入 chem3D 得到三维结构并优 化,然后导入 Gaus sView 程序,利用 B3LYP 方法,6-31G*基组,计算单重态和三重 态单点能,打印出
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: + 3. 讨论 (1)在 14 种点阵型式中,为什么有四方 I, 而无四方 F? 为什么有 正交 C, 而无四方 C? 为 什么有立方 F, 而无立方 C? 根据什么原则确定点阵型式?
(2)结构基元、点阵点、晶胞和点阵型式等概念的正确含义和相互关系怎样?
实习六 等径圆球的堆积 姓名 一、目的 通过等径圆球的堆积来模拟金属单质中原子的堆积, 了解金属单质的若干典 型 结构型式,加深对金属结构的了解。 学号 专业 成绩 二、内容: 内容: 1. 密堆积层 . 取若干等径圆球,分别排列成密堆积层和四方平面层,比较它 们的异同,填 写下表。 (设圆球半径为 R,球的配位数是指与一个圆球直接接触的 圆球数目。 计算空隙中心到球面的最短距离,用半径 R 表示) 密堆积层 四方平面 层 每个球的配位数 法线方向上的对称性 空隙中心到球面的最短距离 面积利用率 2 . 等径圆球的最密堆积 . 将密堆积层按 ABAB和 ABCABC两种重叠方式分别组成六方和立方最密堆积。各 取一个晶胞,观察并填写下表。 堆积方式 球的配位数 一个球平均占有的四面体空隙 数 一个球平均占有的八面体空隙数 点阵型式 密堆积层方向(用晶胞单位矢量 表示 ) 晶胞内球的分数坐标 六方(A3) 立方(A1) 3. 最密堆积中的空隙 . (1) 四面体空隙 一个四面体空隙由 4 个球构成,所以一个球在一个四面体中 占有分之一的空隙. 一个球参与个四面体空隙的构成。因此,平均一个球占有个四面 体空隙。 计算四面体空隙到球面的最短距离(用球半径 R 表示)。 (2)八面体空隙 一 个八面体空隙由 6 个球构成,所以一个球在一个八面体中占有分之一的空隙. 一个球 参与个八面体空隙的构成,因此,平均一个球占有个八面体空隙. 计算八面体空隙到球 面的最短距离(用球半径 R 表示)。 4.体心立方堆积和简单立方堆积 体心立方堆积和简单立方堆积 将球做体心立方堆积和简单立方堆积,取其晶胞,观察并填写下表。表中密置列 是指球 沿一维直线紧密排列,其方向以晶胞单位矢量表示。 堆积方式 密置列方向 球的配位数 晶胞内球的坐标 空隙型式 晶胞内空隙数 空 隙中心到球面的最短距离 一个球平均占有的空隙数 体心立方 简单立方 5. 列式计算立方紧密堆积、六方最密堆积、体心立方堆积、简单立方堆积等的 堆积系数。 列式计算立方紧密堆积、六方最密堆积、体心立方堆积、简单立方堆积等 的堆积系数。 实习七 离子晶体的结构 姓名 学号 专业 成绩 通过观察和分析下表所列 6 个二元离子晶体的结构模型, 了解离子晶体的结构 , 将结果 填入下表,总结归纳二元离子晶体的结晶化学规律。 晶体 负离子堆 积方 式 正负离子 半径比 正负离子 数量比 正离子占 什么空隙 正离子占 空隙比率 正离 子的 配位数 配位多面 体连接方 式 负离子的 配位数 点阵型式 结构基元 晶胞中正 负离子数 离子分数 坐标 NaCl CsCl 立方 ZnS 六方 ZnS CaF2 金红石 实习八 超分子自组装和晶体工程 姓名 学号 专业 成绩 在网络数据库中查阅下面超分子自组装和晶体工程方面的综述文献, 任选一篇 , 写出不少于 1000 字的读书报告。 (内容:用自己的语言概括文中总结的研究背
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gjf 文件。 (不需要提交任务) 学号 专业 成绩 R N N N R N N N R N R = -CH 3, -CH 2CH3 , -CH 2CH2 CH3, -CH 2CH2 CH2 CH 3, -CH 2CH=CH2, - CH 2Ph, L1 L2 L3 L4 L5 L6 NTB O N N antipyrine N S S N C4TQ 实习四 配位化合物和配位场 姓名 学号 专业 成绩 一、目的 (1)理解配位场和晶体场理论,区分强弱八面体场造成的电子排布自 旋状态的不同,会计 算八面体场和四面体场中的晶体场稳定化能(LFSE) 。 (2) 了解不同配位数情况下可能存在的配位构型及其常见配合物实例,初步了解低配位数 下配位场中 d 轨道的分裂情况。 (3)了解过渡金属簇合物的 18 电子规则和常见 几何构型。 二、内容 1. 理解配位场理论的内容,填写下表。 配位离子 配位体场( 指出 强/弱八面体或 四面体场) 自旋态(高/低) 电子组态 LFSE(-Δ0) [Fe(H2O)6]2+ [Fe(CN)6]4[Fe(CN)6]3[CoF6]3[Co(en)3]3+ [Co(NO2)6]4[FeCl4 ][Ag(NH3)4]+ [ZnCl4]22. 观察下列配位数模型,填写下表。 配位数 4 配位构型 点群 d 轨道分裂情况 (用短线图表示) 实例 5 6 7 8 9 12 / / / 3. 观察下列多面体模型,与过渡金属簇合物的结构相对应,填写下表。 多面体 四面体 八面体 双帽四面体 加帽四方锥 三棱柱 二十面体 金属原子间 成键总数 b 实例 MnLm 与 Mn 有关的价 电子总数 g 实习五 点阵和晶胞 姓名 一、目的 了解点阵、结构基元、晶胞等基本概念,掌握 14 种布拉维格子的分类、特征及 一些常 见化合物的晶胞结构。 学号 专业 成绩 二、内容: 内容: 1. 观察 14 种布拉维格子,填写下表。 格子名称 记号 所属晶系 每个晶胞中 含点 阵点个数 点阵参数的限制 2. 根据晶体结构模型写出下表各栏内容。 尿素 结构基元 点阵型式 氟化钙 氯 化铯 氯化钠 金刚石 闪锌矿 六方石墨 (AB 型) 三方石墨 (ABC 型) 特征对称 元素 晶系 正当晶胞 中结构基 元数 原子分数 坐标 只写 Ca2 坐标