一步一步教你使用 NCBI 查找DNA
ncbi使用指导
ncbi使用指导导言：NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库。
NCBI提供了丰富的生物学资源，包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。
本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。
一、注册NCBI账号在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。
在NCBI官方网站（）的主页上，点击右上角的“Sign In”按钮，并选择“Register for an NCBI account”。
根据提示提供相关信息，完成注册流程。
二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后，点击主页上的“Search”按钮，进入搜索页面。
2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符，如“BRCA1”。
3. 点击“Search”按钮进行搜索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的基因序列，点击链接进入该基因的详细信息页面。
5. 在详细信息页面中，您可以获取该基因的序列信息，可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。
三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中，选择“PubMed”为搜索目标。
2. 输入您感兴趣的科学文献关键词，如“cancer treatment”。
3. 点击搜索按钮进行检索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的文献，点击链接进入该文献的详细页面。
5. 在详细页面中，您可以阅读文章摘要，并根据需要下载全文或进行其他操作。
四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中，选择“Tools”进行工具选择。
2. 根据您的需求选择相应的工具，如“BLAST”进行序列比对分析。
3. 进入选择的工具页面后，按照提示上传或输入您的序列数据。
4. 设定参数并运行分析。
5. 分析完成后，您可以查看比对结果、序列保守性等信息，并进行进一步的分析和解释。
五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。
一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、...最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白
NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个全球顶级的生物医学数据库，提供了大量的基因序列和相关的生物信息。
在这个教程里，我们将介绍如何在NCBI中基因转录本序列以及相关编码蛋白。
第一步：访问NCBI网站首先，打开你的浏览器，并输入 "NCBI"，然后点击按钮。
在结果中，选择并点击进入 "NCBI - National Center for Biotechnology Information" 的官方网站。
第二步：选择数据库在NCBI的官方网站中，你可以看到很多不同的数据库。
对于本教程，我们将使用 "GenBank" 数据库来基因转录本序列以及相关编码蛋白。
点击页面左上角的 "Databases" 菜单，然后选择 "Nucleotide" 数据库，它是用于基因序列的数据库。
第三步：基因转录本序列在 "Nucleotide" 页面中，你会看到一个框，可以输入你感兴趣的基因的名称或相关关键词。
在框中输入基因的名称或相关关键词，然后点击按钮。
此时，你将看到与该基因相关的转录本序列的结果列表。
除了查找基因转录本序列，你还可以使用NCBI相关的编码蛋白质序列。
在 "Nucleotide" 页面中，选择 "Protein" 或 "Protein database" 选项卡。
在框中输入与你感兴趣的蛋白质相关的关键词，并点击按钮。
此时，你将看到与该蛋白质相关的转录本或基因的结果列表。
点击结果列表中感兴趣的蛋白质，你将进入蛋白质的详细页面。
在这个页面上，你可以找到该蛋白质的序列以及其他相关信息。
总结：在NCBI中基因转录本序列及相关编码蛋白可以通过以下步骤完成：1.访问NCBI官方网站；2.选择 "GenBank" 数据库；3.你感兴趣的基因的名称或相关关键词；4.点击结果中的转录本，查看序列和其他详细信息；5.如果你想相关编码蛋白质，选择 "Protein" 选项卡，并输入相关关键词；6.点击结果中的蛋白质，查看蛋白质序列和其他相关信息。
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA 一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历(经验)跟大家交流一下 BCBI 的使用。
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关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子(Promoter)下面以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤1( 打开Map viewer 页面，网址为: 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示:2(点击“GO”出现如下页面:3( 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图:说明一下:1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
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一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA
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现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
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第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
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尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
一步一步教你使用NCBI数据库资源
一步一步教你使用NCBI数据库资源NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物医学和基因组学信息的在线数据库资源平台。
它提供了众多的数据库和工具，包括基因序列，蛋白质序列，文献数据库等。
下面将一步一步地介绍如何使用NCBI的数据库资源。
第一步：打开NCBI网站第二步：选择想要访问的数据库或工具NCBI提供了多个数据库和工具，根据自己的需要选择相应的链接。
一些常用的数据库和工具包括：- PubMed：PubMed是由NCBI提供的一个生物医学文献数据库，包含众多的科学论文和文章。
- GenBank：GenBank是一个存储DNA序列的数据库，包含了全球范围内的基因序列数据。
-BLAST：BLAST是一个用于序列比对和相似性序列的工具。
- Gene：Gene是一个存储基因信息的数据库，提供了基因功能、表达和序列等信息。
- Protein：Protein是一个存储蛋白质序列和功能信息的数据库。
- Structure：Structure是一个存储蛋白质三维结构信息的数据库。
-GEO：GEO是一个存储基因表达和调控数据的数据库。
第三步：使用数据库或工具进行查询根据选择的数据库或工具，进入相应的页面后，你可以使用框输入关键词进行查询。
例如，在PubMed中可以输入关键词来相关的科学论文。
在GenBank中，你可以输入基因名或序列来查找相应的DNA序列信息。
第四步：浏览结果并获取需要的信息第五步：导出或保存数据如果你想保存查询结果或将其用于后续分析，NCBI提供了导出和保存的选项。
可以将结果导出为文本文件或保存为特定的格式（如FASTA格式的基因序列）。
第六步：使用其他工具进行进一步分析NCBI还提供了各种分析工具，可以对查询结果进行进一步分析和处理。
例如，可以使用BLAST工具进行序列比对，找到与查询序列相似的序列。
总结：NCBI的数据库资源为生物医学和基因组学研究者提供了丰富的数据和工具。
ncbi使用指导
ncbi使用指导NCBI是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写，是一个提供生物医学和遗传学相关数据和信息的数据库。
NCBI提供了许多工具和资源，以帮助研究人员在基因组学、蛋白质学、遗传学和生物信息学等领域进行研究。
以下是使用NCBI的一些基本指南：1. 访问NCBI网站：使用任何现代网络浏览器，打开NCBI的主页（https://）即可开始使用。
2. 搜索文献：在NCBI主页上的搜索框中，输入你要搜索的关键词，如基因名、疾病名或其他相关的信息。
点击“搜索”按钮，即可看到与你的搜索关键词相关的论文和研究。
3. 搜索序列：如果你希望搜索某个特定基因或蛋白质的序列，可以使用“基因”或“蛋白质”选项卡下的搜索工具。
在搜索框中输入你要搜索的序列信息，点击“搜索”按钮，即可找到与该序列相关的信息和研究。
4. 访问数据库：NCBI提供了许多数据库，如GenBank（基因组数据库）、PubMed（文献数据库）和BLAST（序列比对工具）。
你可以使用NCBI的导航菜单，选择你感兴趣的数据库进行浏览和搜索。
5. 下载数据：在NCBI的数据库中，你可以找到大量的基因组序列、蛋白质序列和其他相关数据。
你可以通过点击数据记录的链接，进入详情页，然后选择下载你需要的数据文件或信息。
6. 利用NCBI工具：NCBI还提供了一些生物信息学工具，如BLAST（序列比对工具）、Primer-BLAST（引物设计工具）和Gene Expression Omnibus（基因表达数据库）。
你可以使用这些工具进行基因序列比对、引物设计和基因表达分析等。
7. 阅读文献：NCBI的PubMed数据库是一个广泛的生物医学文献数据库，你可以使用关键词搜索文献，并阅读或下载全文。
你还可以使用PubMed Central（PMC）访问免费的全文文章。
总之，NCBI是一个丰富的生物医学信息资源，提供了许多工具和数据库，以帮助研究人员进行基因组学和生物信息学研究。
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI在线BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的生物信息学工具，用于比对和分析DNA、RNA或蛋白质序列。
它可以对已知和未知序列进行，找到与查询序列相似的序列，并提供有关相似性和功能的信息。
使用NCBI在线BLAST可以分为四个主要步骤：选择BLAST程序，输入查询序列，选择目标数据库，解析和分析结果。
第一步：选择BLAST程序NCBI提供了多种BLAST程序可供选择，包括BLASTN（DNA对DNA的比对）、BLASTP（蛋白质对蛋白质的比对）、BLASTX（DNA对蛋白质的比对）等。
根据实际需求选择相应的BLAST程序。
第二步：输入查询序列在查询序列的文本框中输入待比对的序列。
可以输入单个序列，也可以上传包含多个序列的文件。
如果输入的序列是DNA或RNA序列，需要选择相应的序列类型。
此外，还可以选择是否使用掩码序列或低复杂性筛选来优化比对结果。
第三步：选择目标数据库用户可以选择目标数据库来与查询序列相似的序列。
NCBI提供了多个常用的数据库，如nr（非冗余蛋白质数据库）、nt（核酸数据库）等。
此外，还可以选择特定的物种数据库来限制比对范围。
第四步：解析和分析结果在BLAST运行完成后，会生成一个结果页面，其中包含了比对结果的详细信息。
结果页面包括比对统计信息、序列比对图、E值、分数等。
通过分析这些信息，可以了解查询序列与目标数据库中的序列之间的相似性和可能的功能。
此外，NCBI在线BLAST还提供了一些高级选项，例如使用特定的算法或参数来进行比对、设置比对阈值、选择比对输出格式等。
这些选项可以根据实际需求进行调整。
总结起来，使用NCBI在线BLAST可以通过选择BLAST程序、输入查询序列、选择目标数据库以及解析和分析结果来比对和分析序列。
通过权衡算法和参数选择，在特定数据库中找到与查询序列相似的序列，从而获得有关其相似性和功能的信息。
使用 NCBI 查找DNA引物设计BLAST序列比对
最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
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第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
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使用 NCBI 查找DNA引物设计BLAST序列比对
最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
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操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
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在NCBI中查找基因并下载自己想要的前后序列
大功告成
• 现在你可以看到右边的序列了，但是很多时候都会有一些 N，那就说明这个序列在de novo过程中有一些GAP。这接 下来正是你发挥的好时候，可以通过PCR把这序列扩全。
大功告成?现在你可以看到右边的序列了但是很多时候都会有一些n那就说明这个序列在denovo过程中有一些gap
首先打开NCBI网址
/
• 选择Gene，后面填入基因名字和物种，如 GDF9 goat. • 点search
• 这是出现了你要的基因，点第一个就行。
• 进去后，你可以看到这个基因的所有信息，包括 所处的染色体、最新的文献、以及mRNA、蛋白、 DNA号。我们这里主要讲拉出该基因的前后两端 的序列，所以只关注以下部分。首先是位置号 40636994..40641698 ，其次是转录方向。
基因所处位置
序列
反向转录基因
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
• 网页往下走，可以看到Gnomic这一行。点击 GenBank.
• 这时，你看到这样一个界面，请注意红圈 那一块才是我们的重点。
您需要的基因区域，第4张 PPT里面的位置。你可以对区 域进行调整，如你需要该基 因的上游序列3000bp序列,由 于该基因反向转录，所以可 将后面的数字改成40644698. 然后点update view.
因为你需要得到序列，所以得把这 个勾上，如果你需要反向互补，也 可以勾上。记得一定要点update view.
如何在NCBI查找基因序列
如何在NCBI查找基因序列在NCBI（美国国家生物技术信息中心）网站上查找基因序列是生物学和生物医学研究中常见的任务之一、NCBI提供了各种数据库和工具，可以轻松地和检索各种基因序列。
以下是一些可能有助于您查找基因序列的指南：1.登录NCBI网站：2.选择合适的数据库：- GenBank: GenBank是一个基因组、核酸序列和蛋白质序列的公共数据库。
您可以在GenBank上找到来自各个物种的多个基因序列。
- RefSeq: RefSeq是一个包含参考序列信息的数据库，包括基因组、转录本和蛋白质序列。
-GEO:GEO是一个基因表达谱数据库，可以提供基因序列在不同组织和条件下的表达情况。
- dbSNP: dbSNP是一个单核苷酸多态性（SNP）数据库，可以提供不同个体之间的基因序列差异信息。
3.使用工具：NCBI提供了多种工具和选项，可以帮助您查找特定基因序列。
-基础：在NCBI的主页上，您会看到一个栏。
在栏内输入基因名称、基因ID、关键词、物种等信息，然后按下按钮，系统会返回与您条件相匹配的结果。
-BLAST：BLAST（基本局部序列比对工具）是一个广泛使用的比对工具，可以用来查找特定序列。
您可以在主页上找到BLAST栏，将您的序列输入到栏内，选择相应的数据库，然后点击按钮，系统将返回与您的序列相似的其他序列。
4.进一步筛选和过滤结果：在结果页面，您可以使用不同的过滤选项来进一步筛选和过滤结果。
您可以根据物种、序列长度、相似性等进行筛选。
6.使用NCBIAPI和高级选项：如果您需要进一步定制化的和分析，您可以使用NCBI提供的API （应用程序编程接口）来自动化和批量处理。
此外，NCBI还提供了高级选项，可以通过高级菜单来设置更复杂的条件。
一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA教学资料
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第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
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教你使用NCBI查找DNAmRNAcDNA
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第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
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NCBI使用攻略
（一）DNA序列比对分析一）两个DNA序列的相似性比对分析1．进入NCBI主页（）2. 点击所有资源（All Resources）3．点击工具栏目（Tool）点击进入。
5. 找到Specialized BLAST，点击Align two (or more) sequences using BLAST (bl2seq)6. 将序列1复制、黏贴到Enter Query Sequence框中。
7. 将序列2复制、黏贴到Enter Subject Sequence框中。
8. 在Program Selection下面，选择Highly similar sequences (megablast) （高度相似序列）或其他分析程序9、点击BLAST按钮，进行比对分析。
10、观察、记录和分析两序列比对结果。
二）待查DNA序列与国际基因数据库中已有DNA序列的相似性比对分析。
1、进入NCBI主页（）2、点击所有资源（all resources）3．点击工具栏目（Tool）点击进入。
5．在Basic BLAST下，找到nucleotide blast（Search a nucleotide database using a nucleotide query），点击进入。
6. 将DNA序列复制、粘贴到Enter Query Sequence下面的方框中。
7. 在Choose Search Set栏目下，选择others数据库8. 选择Highly similar sequences (megablast)或其他程序。
9. 按BLAST按钮。
10. 观察、记录和分析DNA序列与国际基因库已有序列的比对结果。
（二）DNA序列开放阅读框的分析1．进入NCBI主页（）2．点击所有资源（all resources (A-Z) ）3．点击工具栏目（Tool）4. 找到Open Reading Frame Finder (ORF Finder)，点击进入。
怎样使用NCBI搜索并下载基因序列
注意事项
NCBI的功能非常强大，熟练使用才能快速找到目标序列。
觉得实用投个票呗，共同学习！搜索键入“NCBI”，点击“搜索”，第一个就是官方主页，点击打开。
2
关键字查找
以H9亚型流感病毒HA基因下载为例，说明详细过程。
既然要下载基因序列，需要在栏目内找到“Nucleotide”，搜索栏内填入“Avian influenza virus H9 HA”，点击“search”。
3Leabharlann 添加限定词点击搜索后，我们看到页面中间显示了很多关于“Avian influenza virus H9 HA”的基因序列，如果其中的一个符合你的要求，就可以下载。如何不符合你的要求，可以继续在搜索条内添加限定，比如添加“2010”，即2010年分离到的病毒。
4
序列选定
找到目标基因序列后，我们要将其下载下来。以给出第一个序列为例，点击序列前面的“小方格”，将其选定。
怎样使用NCBI搜索并下载基因序列
分步阅读
NCBI是生物学科经常使用的搜索引擎，其收纳了大量的基因和蛋白序列，可以对这些序列进行比对、设计引物等，功能非常强大，下面是小编经常使用的一个功能，即基因序列信息的查找和下载，希望和大家一起学习。
工具/原料
NCBI，基因序列，查找，下载
方法/步骤
1
打开NCBI
5
下载序列
选定后，点击页面右上角的“Send to”，选择“file”，再将format选择为“FASTA”格式，点击“Create file”，将序列下载到自定的文件夹内。
6
用DNAStar打开
下载的序列为FASTA格式，需要使用相关的软件打开，小编经常使用的是DNAStar中的Editseq，这个功能还是很强大的。
(精编资料推荐)一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
如何使用NCBI中的Blast
如何使用NCBI中的BlastNCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物信息学数据库和工具的综合性资源平台。
其中，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种经典的序列比对工具，用于比对和分析DNA、RNA和蛋白质序列的相似性。
使用NCBI中的BLAST可以有多种方式，包括在线使用和本地使用。
下面将对这两种使用方式进行详细介绍。
一、在线使用NCBIBLASTNCBI提供了一个在线的BLAST界面，用户可以直接在浏览器中使用。
具体步骤如下：1. 打开NCBI网站，点击"Blast"选项卡，然后选择需要比对的序列类型，例如，DNA、蛋白质或者其他。
2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。
或者，您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。
3.选择适当的数据库。
NCBI提供了多个数据库供选择，根据您的研究目的选择合适的数据库。
4.配置其他参数。
您可以选择不同的比对算法、设置匹配参数、设定范围等。
5.点击"BLAST"按钮开始比对。
该过程可能需要一些时间，取决于比对数据的大小和服务器的负载情况。
6.一旦比对完成，系统将生成一个结果页面，显示比对结果。
您可以查看比对的统计信息、序列相似性分析、注释信息等。
7.针对一些结果，您可以选择进一步分析和操作，例如，设计引物、进行序列比对、构建进化树等。
二、本地使用NCBIBLAST3.准备待比对的序列，并保存到FASTA格式的文件中。
4.打开终端或命令提示符，并导航到BLAST软件的安装目录。
5. 运行BLAST命令。
根据您的比对需求，运行适当的BLAST命令，例如，“blastn”用于DNA比对，”blastp”用于蛋白质比对。
6.设置适当的输入参数，包括查询序列文件、目标数据库、比对算法等。
ncbi中查找基因序列的方法和三个登录号
ncbi中查找基因序列的方法和三个号码一．例子：查找酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）里的海藻糖合成酶基因（tps1）即可出现很多条目，找到Saccharomyces cerevisiae的就是NC_001134了，点击后就进入该基因所在染色体的界面了，再在“编辑”中“查找”tps1就可以看该基因所在的位置，再点击CDS或者GeneID:852423都可以出现相关链接！当然，如果你在文献查到目的蛋白的序列号如NP_009684.1或者GeneID:852423，那分别在Search后选择Protein或者Gene也可以出现相关链接！二．基因CDS区界面的3个号码/entrez/viewer.fcgi?val=50593115&from=488899&to=490386& view=gbwithparts找到后，我发现该界面有3个标记，一个是NC_001134 ，其次是gi:50593115，最后是FEATURES中的gene中的/db_xref= “GeneID:852423”，他们分别是什么号码，用在什么地方呢？尝试中，终于发现，在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是NC_001134，最终go 到该基因所在染色体全长序列的信息，所以NC_001134应该是该染色体的登录号吧？在Search“Nucleotide”或者“Core Nucleotide”时，for后面是50593115，最终go到该基因所在染色体全长序列的信息，所以50593115应该是该染色体的号吧？在Search“Gene”时，for后面是852423，最终go到该基因的信息，所以852423应该是该基因的登录号吧？所以我们如果要记住目的基因在ncbi中的位置就记住这个GeneID！其他像NP_009684当然是基因编码的蛋白质的登录号啦，不说了。
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一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即 reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在 Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。
我推荐大家选择 GenBnak 格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA格式只有基因序列。
6．在 Sequence Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA 片断，由于内含子的存在，所以 mRNA 在DNA 序列上分成了几段。
CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从 3660 开始的（ATG），由于剪接作用所以 CDS 区也是不连续的。
说到这里，可能很多朋友都已经明白了 promoter 即启动子区域在哪里了。
但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究 promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的 2000 个碱基进行研究，一般默认的是这样。
当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000 到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。
希望大家可以发帖交流，让我们把 NCBI 用的更好！6第二部分如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（依然以人类的 IL6 为例）1．进入NCBI 主页：/在 search 后面选择 Gene，在 for 后面填写需要查找的基因的名字。
如图所示：出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases）与你的目的基因一致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。
上图中我需要的 IL6 是标号为2的序列。
2.1 查找 cDNA 序列2.1.1 点击Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示：2.1.2 点击Clone Sequence 后面的链接即可得到cDNA 序列。
点击后如图所示（只抓取其中一部分）2.2 查找 mRNA、蛋白序列回到步骤 1 点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面 (只抓取相关部分)：页面的下半部分，即可以获取 mRNA和蛋白序列的部分：找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNA and Protein ”区可以让我们找到连续的编码 mRNA 序列和蛋白序列。
在 mRNA and Protein下面有两个序列代码（中间划有一个箭头），这代表了 mRNA序列和蛋白序列。
分别点击就可以得到相应的序列页面。
点击后如图所示，mRNA 序列：NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是 Reference assembly，它下面显示的是 Genomic ，点击 Genomic 下面Reference assembly 对应的 Genbank 或 FASTA 即可出现编码的 DNA 序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有5‘非编码区）。
一步就不做贴图演示了吧，呵呵。
这样我们就可以找到基因的 cDNA 序列、连续的编码 mRNA 序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA 序列了。
相信这些操作对很多战友还是有用的。
如果大家有更好的方法，欢迎发帖交流！友情提示：在 NCBI 里打开的每一个页面都会给我们提供大量的信息，大家不妨好好看看，可能会有令我们惊喜的收获！最后唠叨一句：最近我实验比较忙，只能在深夜发帖，可能要过几天再发第三部分[Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列]，希望“期待下集”的朋友可以理解。
第三部分运用STS 查找已经公布的引物序列STS，序列标签位点（Sequence Tagged Site）：一段短的DNA 序列（200－500 个碱基对），这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序都是已知的。
在PCR 反应中可以检测处STS 来，STS 适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定DNA 的方向和特定序列的相对位置。
以上内容基本是STS 的定义，我主张活学活用，下面就介绍一下我个人用STS 数据库查找引物的一点经验。
还是使用人的IL6 基因为例，呵呵1．打开 NCBI 主页，在 Search 后面的下拉菜单选择 UniSTS，在 FOR 后面填写目的基因。
操作完毕如图所示这是你会发现 NCBI 又提供了很多序列，下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。
2．根据物种、目的引物所在染色体的位置等选择相应序列（可能不只一个），点击。
下面以点击第一个进入的画面为例。
你会发现这个页面直接就给出了引物序列，PCR之后的片段长度也是给了的（247bp）。
下面还有很多相关的信息……3．点击GeneBank Accession 后面的代码，进入下一个页面。
啊！前后引物都呈现在眼前了，还有反应体系和反应条件！其中 Primer A 是前引物序列，Primer B 则是后引物序列，并且给出了他们在 DNA 序列中的位置。
有兴趣的朋友可以在序列中找一下，是可以找到的，不过要注意，PCR 是双链扩增，在序列中可以直接找到的是 Primer A 的原序列和 Primer B的互补序列。
在步骤二里面我只点开了一个序列，继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物，不过这要你自己慢慢发掘了。
这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道，实用程度不是很高，但如果这里面恰好有你想 P 的片段的话，恭喜你，这些引物都是很成熟的引物，可以直接拿过来使用了。
如果想寻找引物，大家可以查阅相关论文，已经报道的引物我们为什么不用呢？！既省时间，可靠性又强。
如果这两种方法都不能找到你需要的引物的话，那就自己设计吧，建议使用 Primer 5 和Oligo。
引物设计的详细内容我在这里就不多说了，推荐两个帖子给大家看一下，第一个是本版版主 liuzeyi2002 发起的，内容很丰富，很值得学习，另一个则是我发的。
/bbs/post/view?bid=64&id=9517792&sty=1&tpg=1&age=0/bbs/post/view?bid=67&id=9523263&sty=1&tpg=1&age=0第四部分如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性提到序列比对，绝大多数战友都会想到 BLAST，但 BLAST 的使用确实又是一个很大的难题，因为他的功能比较强悍，里面涉及到的知识比较多，而且比对结束后输出的结果参数（指标）又很多。
如果把 BLAST 的使用详细的都讲出来，我想我发帖发到明天也发不完，更何况我自己也不是完全懂得 BLAST 的使用。
所以我在这里也就“画龙点睛”——以比对核酸序列为例来给大家介绍一下 BLAST 的使用，也算是 BLAST 的入门课程吧。
请看帖的战友好好体会，如果你用心看，在看帖完毕之后 BLAST 的基本使用（包括其他序列的比对）应该没有问题了。
1．打开BLAST 页面，/BLAST/打开后如图所示：对上面这个页面进行一下必要的介绍：BLAST 的这个页面主体部分（左面）包括了三部分：BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST、Specialized BLAST。