蛋白质序列分析常用网站-2018.8
生物信息学网站网址(全)
生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1. SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器) http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/2. 分子生物学数据库及服务器概览/people/pkarp/mimbd/rsmith.html3. BioMedNet图书馆4. DBGET数据库链接http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html5. 哈佛基因组研究数据库与精选服务器6. 约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器/Dan/proteins/owl.html7. 生物网络服务器索引，USCS /network/science/biology/index.html8. 分子生物学数据库列表(LiMB) gopher:///11/molbio/other9. 病毒学的WWW服务器，UW-Madison /Welcome.html10. UK MRC 人类基组图谱计划研究中心/11. 生物学家和生物化学家的WWW资源http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html12. 其他生物网络服务器的链接/biolinks.html13. 分子模型服务器与数据库/lap/rsccom/dab/ind006links.html14. EMBO实际结构数据库http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html15. 蛋白质科学家的网络资源/protein/ProSciDocs/WWWResources.html16. ExPASy分子生物学服务器http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc17. 抗体研究网页18. 生物信息网址http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html19. 乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业/~michaels/Bioinformatics/20. INFOBIOGEN数据库目录biogen.fr/services/dbcat/21. 国家生物技术信息研究室/data/data.html22. 人类基因组计划情报/TechResources/Human_Genome23. 生物学软件及数据库档案/Dan/software/biol-links.html24. 蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html序列与结构数据库一．主要的公共序列数据库1. EMBL WWW服务器http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html2. Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录) /genbank/query_form.html3. 蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构) 4. 欧洲生物信息学研究中心(EBI) /5. EBI产业支持/6. SWISS-PROT(蛋白质序列库) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html7. 大分子结构数据库/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms8. Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子) /modeling/net_services.html9. PIR国际蛋白质序列数据库/Dan/proteins/pir.html10. SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC /scop/data/scop.l.html11. 洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库/immuno/index.html12. TIGR数据库/tdb/tdb.html13. NCBI WWW Entrez浏览器/Entrez/index.html14. 剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构) 15. 基因本体论坛/GO/二. 专业数据库1. ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) .au/2. O-GL YCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库) http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html3. 基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序) 4. EBI蛋白质拓扑图/tops/Serverintermed.html5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP) /6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html7. EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) /ecocyc/ecocyc.html8. Eddy实验室的snoRNA数据库/snoRNAdb/9. GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质) /html/ecoli.html10. NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库) http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html11. YPD(酿酒酵母蛋白质) /YPDhome.html12. 酵母基因组数据库/Saccharomyces/13. LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编) /14. MPDB(分子探针数据库) http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html15. tRNA序列及tRNA基因序列汇编http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html16. 贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库/dbs/SRPDB/SRPDB.html17. SRPDB(信号识别粒子数据库) /dbs/SRPDB/SRPDB.html18. RDP(核糖体数据库计划) /19. 小核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html20. 大核糖体亚蛋白RNA结构http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html21. RNA修饰数据库/RNAmods/22. 16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)/Departments/Biology/Databases/RNA.html23. SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html24. PRINTS /bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html25. KabatMan(抗体结构及序列信息数据库) /abs26. ALIGN(蛋白质序列比对一览) /bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html27. CATH(蛋白质结构分类系统) /bsm/cath28. ProDom(蛋白质域数据库) http://protein.toulouse.inra.fr/29. Blocks数据库(蛋白质分类系统) /30. HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库) http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/31. FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类) /dali/fssp/fssp.html32. SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断) http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/33. TransTerm(翻译控制信号数据库) /Transterm.html34. GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库) /~regulate/trevgrb.html35. REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库) /rebase/36. RNaseP数据库/RNaseP/home.html37. REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库) http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/38. TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库) http://transfac.gbf.de/39. MHCPEP(MHC结合肽数据库) .au/mhcpep/40. ATCC(美国菌种保藏中心) /41. 高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库/Baxevani/HISTONES42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库) /servers/3Dee.html43. InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源) /interpro/序列相似性搜索1. EBI序列相似性研究网页/searches/searches.html2. NCBI: BLAST注释/BLAST3. EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索/searches/blitz_input.html4. EMBL WWW服务器http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#55. 蛋白质或核苷酸的模式浏览/compbio/PatScan/HTML/patscan.html6. MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究) /meme/website7. CoreSearch(DNA序列保守元件的识别) http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html8. PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库) /cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl9. 苏黎世ETH服务器的DARWIN系统http://cbrg.inf.ethz.ch/10. 利用动态规划找出序列相似性的Pima IIhttp://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html11. 利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat /protein-seq/dashPat-new.html12. PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索) http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html13. 序列搜索协议(集成模式搜索) /bsm/dbbrowser/protocol.html14. ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类) http://www.protomap.cs.huji.ac.il/15. GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索) http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html16. SSearch(对特定数据库的搜索) http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html17. Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索) http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html18. PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点) /searches/prosite.html19. PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索) /index.html序列和结构的两两比对1. 蛋白质两两比对(SIM) http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html2. LALNVIEW比对可视化观察程序ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview3. BCM搜索装置(两两序列比对) /seq-search/alignment.html4. DALI蛋白质三维结构比较/dali/5. DIALIGN(无间隙罚分的比对程序) http://www.gsf.de/biodv/dialign/html多重序列比对及系统进行树1. ClustalW(BCM的多重序列比对) /multi-align/multi-align.html2. PHYLIP(推测系统进行树的程序) /phylip.html3. 其它系统进行树程序，PHYLIP文档的汇编http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html4. 系统进行树分析程序(生命树列表) /tree/programs/programs.html5. 遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表) /education.html6. 用于多重序列比对的BCM搜索装置/multi-align/multi-align.html7. AMAS(分析多重序列比对中的序列) /servers/amas_server.html8. 维也纳RNA二级结构软件包http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/四. 有代表性的预测服务器1. PHD蛋白质预测服务器，用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html2. PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类) http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html3. PSIpred(蛋白质结构预测服务器) /psipred4. THREADER(戴维. 琼斯) /~jones/threader.html5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测) http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/6. 蛋白质结构分析，BMERC /protein-seq/protein-struct.html7. 蛋白质域和折叠预测的提交表http://genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html8. NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构) /pss/pss.html9. Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器) http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html10. SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测) /jong/predict/sspred.html11. 法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构) http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopm.html12. TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务) http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html13. TMpred(跨膜区域和方向的预测) /software/TMPRED_form.html14. MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构) /zpred.html15. BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测) /seq-search/struc-predict.html16. COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测) /software/coils/COILS_doc.html17. Coiled Coils(卷曲螺旋) /depts/biol/units/coils/coilcoil.html18. Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位) /bab/webcoil.html19. PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构) http://www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html20. EV A(蛋白质结构预测服务器的自动评估) /eva/五. 其他预测服务器1. SignalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/2. PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具) http://pedant.mips.biochem.mpg.de/六. 分子生物学软件链接1. 生物信息学可视化工具/alan/VisSupp/2. EBI分子生物学软件档案/software/software.html3. BioCatalog /biocat/e-mail_Server_ANAL YSIS.html4. 生物学软件和数据库档案/Dan/softsearch/biol-links.html5. UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件/research/compbio/sam.html七. 网上博士课程1. 生物计算课程资源列表：课程大纲http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html2. 生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程http://www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html3. 分子科学虚拟学校/vsms/sbdd/4. EMBnet 生物计算指南http://biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html5. 蛋白质结构的合作课程/PPS/index.html6. 自然科学GNA虚拟学校http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html7. 分子生物学算法/education/courses/590bi。
ncbi蛋白质序列的二级结构
ncbi蛋白质序列的二级结构
NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个国际知名的生物医学信息数据库，提供了大量的生物学、生物医学和基因组学等相关数据。
在NCBI数据库中，可以通过查询蛋白质的序列标识（如蛋白质的NCBI Accession号码）来获取该蛋白质的相关信息，包括二级结构信息。
获取蛋白质的二级结构信息可以通过以下步骤进行：
1. 在NCBI的主页（https:///）上的搜索栏中输入蛋白质的序列标识，点击搜索按钮进行搜索。
2. 在搜索结果页面中，找到与蛋白质相关的条目，点击进入对应的记录页面。
3. 在记录页面中，可以找到蛋白质的基本信息、序列信息等。
如果该蛋白质的二级结构信息可用，通常会在“Structure”或“3D structure”等部分提供相关链接。
4. 点击相关链接，可以进入蛋白质的二级结构数据库（如PDB，Protein Data Bank）或相关工具网站，以查看该蛋白质的二级结构信息。
需要注意的是，不是所有蛋白质的二级结构信息都可以在NCBI数
据库中直接获取，有些蛋白质可能没有经过结晶和测定结构的报道，或者相关信息尚未被整理和存储在数据库中。
此外，蛋白质的二级结构信息也可以通过其他生物信息学工具和数据库进行预测和推断。
考试常用网站
1.采用blastp同源搜索比较（相似性）/2.蛋白质的基本性质预测（分子量、氨基酸组成、等电点PI、结构域）DNAman软件在线分析软件/tools/protparam.html3.信号肽区域http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/4.跨膜蛋白，是否有跨膜片断/software/TMPRED_form.html/protein/AA T36316.1NCBI上的蛋白质序列数据库信息有限，没有和蛋白质结构相关的信息最大的蛋白质序列数据库，综合其他的数据库/iProClass数据库是用于描述蛋白质家族之间的关系以及结构和功能特征的综合数据库uniPROT/Swiss-prot 也是综合蛋白质数据库，适合一般查询PIRSF 蛋白质结构家族数据库uniPROT/Swiss-prot数据库重点掌握/蛋白质模体数据库PROSITE、Pfam /酶的催化位点配体结合位点金属离子结合点二硫键小分子或者结合区域蛋白质结构数据库和结构分类数据库PDB /pdb/▪国际上权威的核酸序列数据库（1）美国生物技术信息中心的GenBank /（2）欧洲分子生物学实验室的EMBL（3）日本遗传研究所的DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp//pubmed/Align（对给定序列进行比对分析,两两比较，最好使用fasta格式文件）●Clustal(对给定序列进行多重比较比对分析,多序列比较)●Fasta（对给定序列与数据库序列进行比对分析）●Blast（对给定序列与数据库序列进行比对分析）三、Ebi的数据库中三种序列对比工具的使用●Align /Tools/emboss/align/●Clustal/Tools/clustalw2/●Fasta/Tools/fasta33/nucleotide.html的真实遗传信息序列污染的来源1.载体（vecscreen）2.接头和PCR引物3.转座子和插入序列4.样品纯度不高如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，vecscreen十条PCR引物的设计原则总述①引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。
蛋白质分析相关数据库及网站
表1蛋白质相互作用分析相关数据库及网站蛋白质序列分析和结构预测【实验目的】1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析；3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；4、了解蛋白质结构预测。
【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素（adiponectin）蛋白质序列；2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析；5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。
【实验方法】1、人脂联素蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址（/Entrez）；（2）在Search后的选择栏中选择protein；（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号NP_004788 （adiponectin precursor；adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens]）后显示序列详细信息；（6）将序列转为FASTA格式保存（参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列）；2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；或者选择protein后，点击Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平；3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：（1）进入NCBI/Blast网页；（2）选择Protein-protein BLAST （blastp）；（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击BLAST；（5）查看与之同源的蛋白质；4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：（1）进入http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN网页；（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；（3）点击Scan；（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）；5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：（1）进入下列蛋白结构预测服务器网址http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html（The PredictProtein Server）；（2）在You can栏点击default；（3）填写email地址和序列名称；（4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit；（5）从email信箱查看分析结果；6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：（1）进入/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页；（2）填写email地址、姓名和序列名称；（3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击Send Request；（5）从email信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。
常用的生物信息学网址大全
常用的生物信息学网址大全，非常全面时间：2006-12-26 13:42:58 来源：点击：3398 用生物信息学数据库和分析工具网址数据库因特网网址网上生物信息学教程 EMBL biocomputing tutorials/Embnetut/Gcg/index.html Plant genome dababase tutorial /pgdic生物信息学机构NCBI/International Nucleotide Sequence Database Collaboration./collab/ EBI/ USDA/ Sanger Centre/ 北京大学生物信息学中心数据库信息发布及其它GenBank Release Notesftp:///genbank/gbrel.txtdbEST summary report/dbEST/dbESTsummarv.html EMBL release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl DDBJ release noteshttp://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/ddbj relnote.html Eukaryotic promoter database release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.htmlSwissProt release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?swissprot PIR release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pirPRF release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf PDBSTR release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbstr Prosite release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prosite PDB release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb KEGG release noteshttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway核苷酸数据库GenBank/dbEST/dbEST/index.htmldbSTS/dbSTS/index.html dbGSS /dbGSS/index.html Genome (NCBI)/Entrez/Genome/org.html dbSNP/SNP/HTGS/HTGS/UniGene/UniGene/ EMBL核苷酸数据库/embl Genome (EBI)/genomes/ 向EMBL数据库提交序列/embl/Submission/webin.html DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ Plant R gene database /rgenes启动子数据库Eukaryotic promoter databasehttp://www.epd.isb-sib.chhttp://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html转录因子数据库 FRANSFAChttp://transfac.gbf.de ooTFD 蛋白质数据库 SWISS-PROT或TrEMBL/swissprot/http://www.expasy.ch/sprot/ PIR/pir/ PRFhttp://www.prf.or.jp/ PDBSTRhttp://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www bfind?pdbstr-today Prositehttp://www.expasy.ch/sprot/prosite.html结构数据库 PDB/pdb NDB/NDB/ndb.html/ DNA-Binding Protein Database/NDB/structure-finder/dnabind/index.html NMR Nucleic Acids Database/NDB/structure-finder/nmr/index.html Protein Plus Database/NDB/structure-finder/protein/index.html Swiss3Dimagehttp://www.expasy.ch/sw3d/ SCOP/scop/ CATH/bsm/cath/ 酶、代谢和调控路径数据库 KEGG http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html Enzyme Nomenclature Database http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html Protein Kinase Resource (PKR) /kinases/ LIGANDhttp://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html WIT/WIT/ EcoCyc/ecocyc/ UM-BBD/umbbd/多种代谢路径数据库/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html基因调控路径数据库(TRANSPATH)http://transfac.gbf.de基因组数据库日本水稻基因组数据库(RGP)http://rgp.dna.affrc.go.jp 华大水稻基因组框架图 欧洲水稻测序（第12染色体）s.fr 拟南芥基因组数据库 USDA Database/ Demeter’s Genomes RiceGenes/cgi-bin/WebAce/webace?db=ricegenes RiceBlastDB/cgi-bin/WebAce/webace?db=riceblastdb FlyBase/.bin/fbidq.html?FBgn0003075 Mouse Genome Informatics/bin/query_accession?id=MGI:97555 Saccharomyces Genome Database/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22 多种基因组数据库/GenomeWeb 文献数据库 PubMed/PubMed/ OMIM/Omim/ Agricola/ag98/关键词为基础的数据库检索 Entrez/Entrez/ Entrez Nucleotide Sequence Search/Entrez/nucleotide.html Entrez Protein Sequence Search/Entrez/protein.html Batch Entrez/Entrez/batch.html Sequence Retrieval System, Indiahttp://bioinfo.ernet.in:80/srs5/ Sequence Retrieval System, Singapore.sg:80/srs5/ Sequence Retrieval System, US:80/srs/srsc Sequence Retrieval System, UK/ GetEntry Nucleotide & Protein Sequence Searchhttp://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-e.html Database Search with Key Wordshttp://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-e-new.html DBGET/LinkDBhttp://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html序列为基础的数据库检索 BLAST/BLAST/ FASTA/fasta3/ BLITZ/bicsw/ SSearchrs.fr/bin/ssearch-guess.cgi Electronic PCR/STS/ Proteome analysis/proteome/多序列分析 Clustal multiple sequence alignment:9331/multi-align/Options/clustalw. html BCM:9331/multi-align/multi-align.html EBI ClustalW analysis 系谱分析 PAUP/PAUP/ EBI ClustalW analysis GCG package/ PHYLIP/phylip.html MEGA/METREE/imeg Hennig86/~mes/hennig/software.html GAMBIT/mcdbio/Faculty/Lake/Research/Programs/ MacClade /macclade/macclade.html Phylogenetic analysis /stc-95/ResTools/biotools/biotools2.html基因结构预测分析 GENSCAN/GENSCAN.html GeneFinder/gf/gf.shtml/nucleo.html Gene Feature Searches:9331/ Grail/Grail-1.3/ GrailEXP/grailexp/ GeneMark/GeneMark/hmmchoice.html Veil/labs/compbio/veil.html AAT/aat.html GENEIDhttp://www.imim.es/GeneIdentification/Geneid/geneid_input.html Genlang/~sdong/genlang_home.html GeneParser/~eesnyder/GeneParser.html Glimmer/labs/compbio/glimmer.html MZEF/genefinder Procrustes/software/procrustes/蛋白质结构预测分析 Expasyhttp://www.expasy.ch/ Predicting protein secondary structure:9331/pssprediction/pssp.html Predicting protein 3D Structureshttp://dove.embl-heidelberg.de/3D/ Predicting protein structures:9331/seq-search/struc-predict.html其它分析工具和软件 Putative DNA Sequencing Errors Checkhttp://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/ MatInspectorhttp://www.gsf.de/cgi-bin/matsearch.pl FastMhttp://www.gsf.de/cgi-bin/fastm.pl Web Signal Scanhttp://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/sigscan/signal.html BCM Search Launcher:9331/seq-util/seq-util.html Webcutter/cutter/cut2.html Translate DNA to proteinhttp://www.expasy.ch/tools/dna.html ABIMhttp://www-biol.univ-mrs.fr/english/logligne.html sequence motifs: Pfam/Pfam// ProDomhttp://protein.toulouse.inra.fr/prodom.html PRINTS/bsm/dbbrowser/PRINTS/其它多种数据库、分析工具和生物信息学机构/stc-95/Restools/biotools 多种数据库和分析工具/Tools/ Comparative sequence analysishttp://www.bork.embl-heidelberg.de/ 功能基因组分析 Transcription profiling technologies/ncicgap/expression_tech_info.html Protocols for cDNA array technology/pbrown/array.html Data management and analysis of gene expression arrays/DIR/LCG/15k/HTML/Examples of commercially available filter arrays: GeneFiltersTM (Research Genetics) Gene Discovery Arrays (Genome Systems) AtlasTM Arrays (CLONTECH)。
蛋白质组学常用的网站和数据库
蛋白质组学常用的网站和数据库蛋白质组学研究中常用的网站和数据库蛋白质, 数据库, 研究本帖引用网址：一、蛋白质数据库1.UniProt (The Universal Protein Resource)网址：简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供详细的蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等，同时提供其他数据库，包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。
2.PIR(Protein Information Resource)网址：简介：致力于提供及时的、高质量、最广泛的注释，其下的数据库有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用。
3.BRENDA(enzyme database)网址：简介：酶数据库，提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据。
4.CORUM(collection of experimentally verified mammalian protein complexes)网址：简介：哺乳动物蛋白复合物数据库，提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等5.CyBase(cyclic protein database)网址：简介：环状蛋白数据库，提供环状蛋白的序列、结构等数据，提供环化蛋白预测服务。
6.DB-PABP网址：简介：聚阴离子结合蛋白数据库。
聚阴离子结合蛋白与聚阴离子的互作在胞内定位、运输、蛋白质折叠等生命过程中起重要作用，此外许多与神经衰退疾病相关的蛋白质均为聚阴离子结合蛋白。
该数据库提供已被鉴定的聚阴离子结合蛋白的数据，与NCBI蛋白数据库存在交叉应用。
蛋白质相关网站
/pdb
生物分子结构库，主要是核算和蛋白质
英国人类基因组研究计划中心
NIH的人类基因组图谱研究所
www.expasy.ch
瑞士生物信息研究所（SIB）的ExPASy(蛋白质分析系统专家)蛋白质组学服务器
欧洲生物信息研究所，包括数据库入口以及蛋白质研究软件
美国国立分子生物信息资源
众多数据库的序列检索系统
/rebase/bebase.html
限制性内切核酸酶数据库
/sql/BMRBgate.html
生物分子核磁共振数据库
/tree/phylogeny.html
生命树网页
/Omim
在线人类孟德尔遗传、遗传病在线数据库
/biocomp/index.html
伦敦大学的生物计算资源集合
注释测序基因组的数据库
www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html
蛋白质二级结构预测服务器
/pirwww/pirhome3
蛋白质信息资源中心
/uwcm/mg/hgmd0.html
人类基因突变数据库
基因组数据库
/hgmis
美国人类基因组计划信息
/bsm/cath
蛋白质结构分类（CATH）
/scop
蛋白质结构分类（SCOP）
/bsm/sidechains
蛋白质侧链相互作用图谱
美国化学协会（蛋白结构与功能）。
蛋白质预测分析-网址集锦
蛋白质预测分析网址集锦2007/04/06 18:31物理性质预测：Compute PI/MW http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE ftp:///pub/fasta/ SAPShttp://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html基于组成的蛋白质识别预测AACompIdent http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html AACompSim http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH http://www.embl-heidelberg.de/prs.html二级结构和折叠类预测nnpredict/~nomi/nnpredictPredictprotein http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMAhttp://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPREDhttp://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html特殊结构或结构预测COILS http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe/matsudaira/macstripe.html与核酸序列一样，蛋白质序列的检索往往是进行相关分析的第一步，由于数据库和网络技校术的发展，蛋白序列的检索是十分方便，将蛋白质序列数据库下载到本地检索和通过国际互联网进行检索均是可行的。
由NCBI检索蛋白质序列可联网到：“:80/entrz/query.fcgi?db=protein”进行检索。
常用生物信息学网址
常用生物信息学网址NCBI 生物信息学研究工具：/Tools/NCBI 生物信息学研究工具网站由美国国家生物技术信息中心支持。
该网站提供了许多程序的链接，内容包括数据挖掘、核酸和蛋白质组分析等。
同时，网站还提供了许多相关链接和资源。
欧洲生物信息学研究所：/欧洲生物信息学研究所是一个非盈利学术机构，是欧洲分子生物学实验室的一部分。
它是生物信息学研究和服务的中心。
它所管理生物数据的数据库包括核酸，蛋白质序列和大分子结构。
它的使命是保证从分子生物学和基因组研究的日益增长的信息向公众公开，并且对科学研究团体提供任何方面的免费使用，以促进科学发展。
欧洲生物信息学研究所Ensembl 基因组浏览器：ttp:///ensembl/index.html欧洲生物信息学研究所Thornton 研究组：/Thornton/index.html欧洲生物信息学研究所多序列联配数据库:/embl/Submission/alignment.html欧洲生物信息学研究所工具箱:/Tools/欧洲生物信息学研究所核酸数据库:/Databases/nucleotide.html欧洲生物信息学研究所计算基因组研究组:/research/CGG/index.html欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库:/genomes/欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组:/seqdb/index.htmlBrutlag 生物信息学研究组：/Brutlag 生物信息学研究组是斯坦福大学的一个研究团体，主要研究从蛋白质一级结构预测蛋白质结构和功能，其开发了EMOTIF 、EMATRIX 和3MOTIF 软件应用于非鉴定的基因组序列的功能确定，另外还开发了LOCK 和3DSEARCH 软件用于比较蛋白质结构和蛋白质结构数据库的搜索。
生物GBF 信息学小组主页：http://transfac.gbf.de/生物信息学小组主页是德国生物技术研究中心的生物信息组的主页。
常用生物学分析网站_综合工具
综合工具BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) , 功能最为完整的网上服务器。
包括核酸的酶切位点、motif、开读框等搜索，PCR引物设计，二级结构预测，多序列比较及分子进化树构建，等等；蛋白分析则包括酶切图谱，功能区搜索，分子进化分析，蛋白二级结构预测，等等；此外还提供序列管理等功能。
收费站点，但提供两周的全功能免费试用期http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html ，另一个综合性的提供序列分析功能的网站 ,内容丰富的站点，有数据库及教程、在线分析工具等，常用其预测编码区、搜索启动子和结合位点等功能编码区统计特性分析http://cbrg.inf.ethz.ch ,常用其基因预测及验证功能，预测DNA序列的外显子。
还有其它一些在线服务启动子及调控元件分析BDGP-promoterTfsitescan内含子/外显子剪接位点NetGene服务的Email地址是：netgene@cbs.dtu.dk重复序列分析CENSOR的Email服务地址是：censor@XBLAST：ftp:///pub/jmcRepbase：ftp://ncbi//repository/repbase/REF从氨基酸组成辨识蛋白质ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/PROSEARCH：http://www.embl-heidelberg.de/prs.html预测蛋白质的物理性质：等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/ ，有较多的蛋白分析工具，包括分子量、亲疏水性、表面积、二级结构、与SWISS-PROT数据库收录分子同源性比较、极性、折射率等分析FASTA：ftp:///pub/fasta/SAPS：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html跨膜区预测：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html蛋白质二级结构预测nnPredict：/~nomi/nnpredict.htmlPredictProtein：/predictprotein/PredictProtein的国内镜像：/predictprotein/SOPMA：http://pbil.ibcp.fr/二级结构预测：/~nomi/nnpredict-instrucs.html卷曲螺旋预测COILS：/software/COILS_form.html跨膜区段和在膜上的取向预测TMpred：/software/TMPRED_form.html信号肽的剪切位点SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/蛋白质的三维结构SWISS-MODEL：http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.htmlCPHmodels：http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/启动子分析网站：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html/seq_tools/promoter.html。
核酸与蛋白质分析网站
一、DNA序列分析与引物设计1.碱基组成：采用DNRSTAR6.0软件。
2.外显子、内含子分析：Blast，即基因组与cDNA或mRNA比对，结合“GT-AG法则”。
或：GENSCAN：/GENSCAN.html3.启动子预测：/molbio/proscan//seq_tools/promoter.htmlhttp://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/4.CpG Island 分析：/Tools/emboss/cpgplot/5.http://www.cbs.dtu.dk/services/6.酶切位点分析：Primer Premier 57.引物设计：Primer Premier 5和Primer 3。
三、RNA分析RNA二级结构分析用DNASTAR6中的Genequst程序进行或RNAstructure 软件进行。
四、cDNA的序列分析1.ORF分析：采用NCBI的ORF工具，或者采用DNRSTAR6.0软件。
2.碱基组成：采用DNRSTAR6.0软件。
3.电子定位：采用NCBI中的Blast工具，与牛的基因组比对可得。
五、蛋白序列及结构分析：1.氨基酸序列的推导：采用DNRSTAR6.0软件。
2.氨基酸数目、组成：采用DNRSTAR6.0软件。
3.分子量、等电点：/tools/pi_tool.html4.疏/亲水性：/tools/protscale.html5.信号肽：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/6.跨膜结构：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/7.蛋白质结构域预测：http://smart.embl-heidelberg.de/或者/prosite/8.亚细胞定位：http://psort.nibb.ac.jp/form2.html9.同源性分析：/blast10.系统发生树：采用DNAMAN软件。
蛋白质常用数据库一文看懂!
蛋白质常用数据库|一文看懂！蛋白质数据库是指专门存储蛋白质相关信息的数据库。
它们收集、整理和存储大量的蛋白质数据，包括蛋白质序列、结构、功能、互作关系、表达模式、疾病关联等信息。
蛋白质数据库提供了对这些数据的检索、查询和分析功能，为科学研究人员、生物信息学家和药物研发人员等提供了重要的资源。
蛋白质数据库的内容通常来自于实验室实际测定的蛋白质数据，如蛋白质序列测定、结晶学、核磁共振、质谱等技术获得的数据。
这些数据经过验证和标准化后，被整合到数据库中，使研究者能够方便地访问和利用这些数据进行各种研究工作。
下面是笔者总结的常用蛋白质数据库及网址，供大家参考。
⓪BioXFinder：BioXFinder是国内第一个也是唯一一个生物数据库：收录50多万条高质量的、整合多个来源数据，手工注释的非冗余的蛋白质信息，包含蛋白质的基本信息、序列、序列特征、功能、名称和谱系、亚细胞定位、疾病与变异、翻译后修饰、表达、相互作用等信息。
蛋白结构库：收录19多万条经过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质结构数据。
包括蛋白3D结构、基本信息、实验数据、参考文献等。
①UniProt：UniProt是一个综合性的蛋白质数据库，提供了大量蛋白质的序列、结构、功能、互作关系和注释信息。
它整合了多个来源的数据，包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR数据库。
②Protein Data Bank (PDB)：PDB是存储蛋白质和其他生物大分子结构的数据库。
它提供了实验确定的蛋白质结构的三维坐标数据，可用于结构生物学研究、药物设计和分子模拟等领域。
③NCBI Protein：NCBI Protein是美国国家生物技术信息中心（NCBI）提供的蛋白质数据库，包含了大量的蛋白质序列数据，可以进行蛋白质的基本信息查询和比对分析。
④Ensembl：Ensembl是一个综合性的基因组注释数据库，包含了多个物种的基因组序列、基因结构、转录本和蛋白质信息。
ncbi蛋白质序列
ncbi蛋白质序列
NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物技术信息的数据库，其中包含了大量的蛋白质序列数据。
要获取特定蛋白质的序列，你可以按照以下步骤进行：
1. 打开NCBI的网站（）。
2. 在搜索栏中输入你感兴趣的蛋白质的名称或相关关键词，然后按下回车键进行搜索。
3. 在搜索结果中，你可以点击进入相关蛋白质的页面。
4. 在该页面中，你可以找到蛋白质的序列信息，通常可以在“Sequence”或“Sequence Information”等标签下找到。
5. 如果你需要特定格式的序列数据，比如FASTA格式，你可以在页面上选择相应的选项进行下载或复制。
此外，你还可以使用NCBI提供的工具和数据库来进行更深入的蛋白质序列分析，比如BLAST（Basic Local Alignment Search
Tool）等工具可以用来比对蛋白质序列，了解其在不同物种中的保守性等信息。
总之，NCBI是一个非常强大的资源，可以帮助你获取并分析蛋白质序列数据，希望这些信息能对你有所帮助。
蛋白质序列分析常用网站
蛋白质序列分析常用网站Pleasure Group Office【T985AB-B866SYT-B182C-BS682T-STT18】蛋白质序列分析蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点，亲水性，和疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。
蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得。
例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。
同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标(其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网。
WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。
基本理化性质分析：信号肽预测：在生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔开，这样就涉及到蛋白质的转运。
合成的蛋白质只有准确地定向运行才能保证生命活动的正常进行。
一般来说，蛋白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构中，并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表达。
在起始密码子之后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA片段，这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列。
含有信号肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作用，从而具有潜在的应用价值。
糖基化位点预测：跨膜区分析：TMORED蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。
蛋白酶的结构功能进行预测和分析：同源建模分析：二级结构及折叠类预测：Predictprotein特殊结构或结构预测：COILS MacStripe疏水性分析：ExPASy的ProtScale基于序列同源性分析的蛋白质功能预测：至少有80个氨基酸长度范围内具有25%以上序列一致性才提示可能的显着性意义。
类似于核酸序列同源性分析，用户直接将待分析的蛋白质序列输入NCBI/BLAST()，选择程序BLASTP就可网上分析。
蛋白质结构预测网址
蛋白质结构预测网址
下面是比较常见的蛋白质结构预测网站：
1. Protean3D：这是一个用于蛋白质结构预测的非常流行的网站，有一个易于使用的图形用户界面，可以使用免费的计算机资源来进行模拟。
它还提供了许多有用的工具，如标准化的序列比对，位点推理等。
2.I-TASSER：这是一个专为蛋白质结构预测而设计的软件包，它使用动力学模拟来模拟蛋白质的结构形态。
I-TASSER可以根据蛋白质序列生成三维结构，并可以检查构象的稳定性。
3. FoldX：这是一个蛋白质结构预测工具，准确度比较高，可以用于模拟蛋白质的结构形态，特别是用于分析和预测蛋白质突变和热稳性之间的关系。
4. RaptorX：这是一个基于深度学习（deep learning）技术的蛋白质结构预测工具，可以从蛋白质序列中推断出三维结构。
RaptorX可以预测蛋白质组装，蛋白质相互作用以及蛋白质热稳定性的变化。
5.CASTp：这是一个蛋白结构分析工具，主要用于计算蛋白质接口的热力学参数，以及蛋白质组装热力学稳定性和构象的动力学性质。
6. ProSight：这是一款用于预测蛋白质结构的软件，它可以以统计学的方式预测蛋白质结构，并得到极高的准确率。
这四个网站了解一下，让你轻松预测相互作用蛋白！
这四个网站了解一下，让你轻松预测相互作用蛋白！蛋白质互作网络是由不同蛋白通过彼此之间的相互作用构成，参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。
在进行基因机制研究中，寻找互作蛋白是一个深入探究基因功能的过程，寻找未知蛋白充满艰辛，而通过数据库预测互作蛋白能够为我们的研究拓展思路，提供方向，让我们在科研道路上更加轻松。
下面就为大家推荐四个可以用来预测相互作用蛋白的网站！一：STRING网站1.STRING数据库是比较经典的蛋白互作数据库。
数据库使用简单。
2. 输入基因名称后，可以获得蛋白互作网络图，其中圆圈节点之间的直线代表该直线连接的两个蛋白之间的相互作用关系，点击直线可查看蛋白的详细信息。
3.网站下方提示不同颜色的直线代表不同的相互作用关系证据来源。
包括蛋白质之间的直接物理相互作用，也包括蛋白质之间的间接功能相关性。
它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。
二：Genemania网站。
1. Genemania也是比较常用的蛋白互作网站，网站结果类似cytoscape app，但是无需下载安装软件，直接在线使用，非常方便。
2.在网站左上方可以选择查询物种以及基因名称，同时点击下方不同的图标能够设置网络图展示形式：列表式、环状等。
3 .网站右侧可以设置网络边的来源，所应用的生物信息学方法有：物理互作、基因共表达、基因共定位、基因富集分析以及网站预测等等，通过这种方法能够设定检索范围。
三：unihi 网站1. unihi是一个用于检索，分析和可视化人类分子相互作用网络的数据库。
其主要目的是为广泛的生物学和医学研究人员提供一个全面且易于使用的网络调查平台。
UniHI目前包括基因，蛋白质和药物之间近350,000个分子相互作用，以及许多其他类型的数据，如基因表达和功能注释。
2.网站支持输入单基因或者多基因名称，寻找与之互作蛋白。
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蛋白质序列分析蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等电点，亲水性，和疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。
蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得。
例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。
同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标(其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网。
WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。
基本理化性质分析：https:///protparam/信号肽预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/在生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔开，这样就涉及到蛋白质的转运。
合成的蛋白质只有准确地定向运行才能保证生命活动的正常进行。
一般来说，蛋白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构中，并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表达。
在起始密码子之后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA片段，这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列。
含有信号肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作用，从而具有潜在的应用价值。
糖基化位点预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/Net NGlyc/跨膜区分析：TMORED蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。
蛋白酶的结构功能进行预测和分析：http://smart.embl-heidelberg.de/同源建模分析：//SWISS-MODEL.html二级结构及折叠类预测：Predictprotein特殊结构或结构预测：COILS MacStripe疏水性分析：ExPASy的ProtScale基于序列同源性分析的蛋白质功能预测：至少有80个氨基酸长度范围内具有25%以上序列一致性才提示可能的显著性意义。
类似于核酸序列同源性分析，用户直接将待分析的蛋白质序列输入NCBI/BLAST(/blast)，选择程序BLASTP就可网上分析。
基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大，所以对其的分析也是生物信息学的一个部分。
同时，分子进化方面的研究表明，蛋白质的不同区域具有不同的进化速率，一些氨基酸必须在进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能。
在序列模式的鉴定方面有两类技术，第一类是依赖于和一致性序列(consensus sequence)或基序各残基的匹配模式，该技术可用于十分容易并快速搜索motif数据库。
Motif数据库-PROSITE最好的是/prosite)。
InterProScan是EBI 开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT，TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域，motif等信息统一起来，提供了一个较为全央的分析工具。
/interpro/scan.html简单模块构架搜索工具(simple modular architecture research tool，SMART)一个较好的蛋白质结构功能域的数据，可用于蛋白质结构功能域的分析，所得到的结构域同时提供相关的资源的链接http://smart.embl-heidelberg.de/ InterProScan综合分析网站InterProScan是EBI 开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT，TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域，motif等信息统一起来，提供了一个较为全央的分析工具。
/interpro/scan.html蛋白质的结构功能域分析简单模块构架搜索工具(simple modular architecture research tool，SMART)一个较好的蛋白质结构功能域的数据，可用于蛋白质结构功能域的分析，所得到的结构域同时提供相关的资源的链接http://smart.embl-heidelberg.de/蛋白质结构预测PDB数据库蛋白质基本立体结构数据库(PDB，)其中有大量工具用于查看PDB数据库中的结构，如rasmol，可用于显于出蛋白质的空间结构，下载地址: /microbio/rasmol)PDBFinder 数据库是在PDB、DSSP、HSSP基础上建立的二级库，它包含PDB序列，作者，R因子，分辨率、二级结构等，这些些信息随着PDB库每次发布新版，PDBFinder 在EBI自动生成，网址为“www.sander.embl-heideberg.de/pdbfinder/ftp://swift.embl-heidelberg.de/pdbfinder. NRL-3D数据库：是所有已知结构蛋白质的数据库，可用于查询蛋白序列时行相似性分析以确定其结构/Dan/protein/nrl3d.htmlISSD数据库：蛋白质序列数据库，其每个条目包含一个基因的编码序列，同相应的氨基酸序列对比，并给出相应的多肽链结构数据。
www.protein.bio.msu.su/issdHSSP数据库：是根据同源性导出的蛋白质二级结构数据库，每一条PDB项目都有一个对应的HSSP文件，www.sander.embl-heidelberg.de/hssp蛋白质结构分类数据库对已知蛋白质三维结构进行手工分类得到的数据库，位于剑桥的站点也提供BLAST检索服务/scop/MMDB蛋白质分子模型数据库是ENTREZ检索工具所使用的三维结构数据库，以ASN格式反蚋的PDB 中的结构和序列数据。
NCBI同时提供一个配套的三维结构显示程序的Cn3D，/Structure/Dali/FSSP数据库基于PDB数据库中现有的蛋白质三维结构，用自动结构对比程序Dali比较而形成的折叠单元和家庭分类库。
/dali蛋白质二级结构预测基于序列进行蛋白质二级结构方面已有了大量文献描述，本质上，这些研究可被分为两大类:基于单一序列的分析和基于多重序列对齐的分析。
文献报道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了从二级结构到折叠方面分析的多种资源。
其网址为www.embl-heidel-berg.d ... tprotein.html，也可通过email:predictprotein@embl-heidelberg.de进行数据分析。
蛋白质三级结构预测蛋白质同源家庭的分析对于确立物种之间的亲缘关系和预测新蛋白质序列的功能有重要意义，同源蛋白质(homolog)进一步划分为直系同源(ortholog)和旁系同源(paralog)，前者指不同物种中具有相同功能和共同起源的基因，后者则指在同一物种内具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白、β珠蛋白和肌红蛋白。
蛋白质分类数据库(ProtoMap)是对SWISS-PROT数据库中的全部蛋白质由计算机自动时行层次分类，把相关者聚集分极所得到的数据库。
www.proteinmap.cs.huji.ac.il蛋白质序列多重对齐分析及进化分析如果发现一个未知蛋白质序列和较多不同和种属或同一种属的蛋白质序列具有较高的同源性(大于30%)那么提示待分析的蛋白质序列可能是相应家族的成员，从而可从分子时化的角度对蛋白质序列进行综合分析。
常用在线蛋白工具BCM Search Launcher蛋白序列二级结构预测综合站点，从此出发，输入蛋白序列，可以根据需要，使用各种在线预测工具，包括Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAP S、TMpred、SOUSI、Paircoil、Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search、S OPM，使用十分方便。
/seq-search/。
DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域。
TopPred 2：斯德哥尔摩大学理论化学蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测Topology prediction of membrane proteins在线工具。
SOSUI：东京农业科技大学(Tokyo University of Agriculture and Technology)提供的膜蛋白分类和二级结构预测在线工具。
PSIpred - MEMSAT2：本蛋白结构预测服务器允许你提交一个蛋白序列，进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测，并将结果用EMAIL提供给您。
HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器。
TMpred：预测蛋白序列跨膜区。
TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋。
The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务。
SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询，显示出其结构域及跨膜区等。
SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器。
PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区。
TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务。
MULTALIN：蛋白序列对照服务器，比较几条蛋白序列的结构。
Protein Sequence Analysis（PAS）PAS服务器为美国波士顿大学生物分子工程研究中心(the BioMolecular Engineering Research Center )开发，提交氨基酸序列，预测二级结构及折叠区域。
巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在线工具，绝对精选。
PRS：EMBL提供的以未知蛋白序列的氨基酸组成而非氨基酸序列顺序进行蛋白家族及各种特性预测的服务器，并将结果通过EMAIL发给您。
AAA：EMBL氨基酸分析服务器，与上一个服务类似，以氨基酸残基组成为蛋白分析基础数据，结合蛋白数据库进行分析。
Motif数据库-PROSITE最好的是/prosite)InterProScan是EBI 开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT，TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域，motif等信息统一起来，提供了一个较为全央的分析工具。
简单模块构架搜索工具(simple modular architecture research tool，SMART)一个较好的蛋白质结构功能域的数据，可用于蛋白质结构功能域的分析，所得到的结构域同时提供相关的资源的链接http://smart.embl-heidelberg.de/。