circRNA qPCR引物设计的方法
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circRNA qPCR引物设计的方法
1、通过cirbase数据库(/)获得circRNA的序列，如hsa_circ_0014629：
进入如下页面
点击fasta,获取序列,如下:选择spliced
>hsa_circ_0014629|NM_001037533|GON4L
CCTCCTCAGTTTGTGGATATCCACCTTGAAGAAGATGATTCCTCAGATGAAGAATACCAGCCGGATGATGAAGAAGAAGA TGAAACTGCTGAAGAGAGCTTATTGGAAAGTGATGTTGAAAGCACTGCTTCATCTCCACGTGGGGCAAAGAAATCCAGAT TGAGGCAGTCTTCTGAGATGACTGAAACAGATGAGGAGAGTGGCATATTATCAGAGGCTGAGAAAGTCACCACACCAGCC ATCAGGCACATCAGTGCTGAGGTAGTGCCCATGGGGCCCCCGCCCCCTCCAAAGCCGAAACAGACCAGAGATAGTACTTT CATGGAGAAGTTACATGCGGTAGATGAGGAGCTGGCTTCCAGTCCAGTCTGCATGGATTCTTTCCAGCCCATGGATGACA GTCTCATTGCATTTCGAACGCGTTCTAAGATGCCCCTGAAAGATGTTCCCCTGGGCCAATTAGAGGCAGAGCTCCAAGCT TTGATGGGAGCTATGCAGCTGATTGAAGACTTCAGCACACATGTCAGCATTGACTGCAGCCCTCATAAAACTGTCAAGAA GACTGCGAATGAATTTCCCTGTTTGCCAAAGCAAGTGGCTTGGATTCTGGCCACAAGCAAGGTTTTCATGTATCCAGAGT TACTTCCAGTGTGTTCCCTGAAGGCAAAGAATCCCCAGGATAAGATCGTCTTCACCAAGGCTGAGGACAA
2、取首尾各150bp进行拼接，末尾150bp作为拼接后的首序列，如下：
GACTGCGAATGAATTTCCCTGTTTGCCAAAGCAAGTGGCTTGGATTCTGGCCACAAGCAAGGTTTTCA
TGTATCCAGAGTTACTTCCAGTGTGTTCCCTGAAGGCAAAGAATCCCCAGGATAAGATCGTCTTCACC
AAGGCTGAGGACAACCTCCTCAGTTTGTGGATATCCACCTTGAAGAAGATGATTCCTCAGATGAAGAA
TACCAGCCGGATGATGAAGAAGAAGATGAAACTGCTGAAGAGAGCTTATTGGAAAGTGATGTTGAAAG
CACTGCTTCATCTCCACGTGGGGCAAAG
3、将该部分300bp用primer-blast进行引物设计，具体参数如下：
https:///tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHo
me
4、选择引物对。注：PCR产物包含back-splicing位点
Sequence (5'->3') Template strand Length Start Stop Tm Forward primer ATTCTGGCCACAAGCAAGGT Plus 20 44 63 60.18 Reverse primer CACAAACTGAGGAGGTTGTCCT Minus 22 165 144 60.16 Product length 122