质谱数据分析资源

质谱数据分析资源

1 数据库

（1）蛋白质序列数据库：

/

/sites/entrez?db=Protein

/IPI/IPIhelp.html

（2）实验数据：

/pride/startBrowse.do

/OPD/

/

/data.jsp

Adipose Proteome Database: http://proteome.biochem.mpg.de/adipo

Organellar Map Database: http://proteome.biochem.mpg.de/ormd/

Body Fluid Database - Seminal: http://proteome.biochem.mpg.de/seminal/

Body Fluid Database - Tear: http://proteome.biochem.mpg.de/tear/

Body Fluid Database - Urinary: http://proteome.biochem.mpg.de/urine/

Red Blood Cell Database: http://proteome.biochem.mpg.de/rbc/

2 数据分析工具

（1）蛋白质组专家系统：/tools/ 提供的工具链接：

Aldente：利用PMF数据鉴定蛋白质，使用了Hough变换来处理图谱，对图谱进行再校正和异常值排除。提供单机版下载。

FindMod：利用PMF数据鉴定蛋白质中存在的修饰，考虑的修饰是Swiss-Prot数据库中包含的注释。

FindPept：利用PMF数据鉴定蛋白质，处理非特异性酶切的数据，考虑了化学修饰，翻译后修饰等因素。

GlycoMod：利用PMF数据预测蛋白质中可能发生的糖基化修饰，鉴定糖肽。

Mascot：商业化的数据库搜索软件，提供PMF搜库，PFF搜库以及混合搜库的功能，网站有大量的背景知识介绍。网址为：/。

PepMAPPER：PMF数据搜索软件。

PFMUTS：从PMF数据中寻找可能的肽段突变（1~2个）。

ProFound：基于贝叶斯模型的搜库软件。

ProteinProspector：系列搜库软件，包括MS-Fit, MS-Pattern, MS-Digest 等。 Popitam：从图谱数据中寻找未知修饰。

Phenyx：商业化串联质谱数据搜库软件。

OMSSA：开放源码的搜库软件，由NCBI提供。

PepFrag： 搜库软件。

SearchXLinks：搜索修饰、cross-linked的特殊搜库软件。

（2）系统生物学研究所：/software.php提供的连接：

S E Q U E S T：/sequest/ 搜库软件SEQUEST的使用资料，十分详细。还同时提供extractms ，2to3，MS2，SQTSort，DTASelect，DaughterDB，RelEx等工具的使用说明，可以向网站维护者索要这些工具。

PeptideProphet： /PeptideProphet.php 肽段鉴定结果验证工具，新的版本已经整合在TPP中，开放源代码，能够处理现在主流搜库软件SEQUEST、Mascot，Phenyx，X!Tandem等软件的结果。

SBEAMS：数据库管理系统，开放源码。

（3）蛋白质组共享平台：/tools.jsp

提供了包括数据整理、数据格式转换、搜库、搜库结果分析、数据共享等74个工具: INTERACT: /Interact.php

Out2Summary: /out2summary.php

Trans-Proteomic Pipeline: /TPP.php

Scaffold - Free Viewer:

/Scaffold/Scaffold_viewer.htm

PrestOMIC: /p/prestomic/wiki/PrestOMIC

Human ProteinpediA:

Microbial Protein-Protein Interaction Database - MiPPI: Integrated Post-Genomic Data Resource: / Mascot File Parsing and Quantification:

RAP, JRAP, RAMP: /rap.php

T2Extractor 2.0: /archive/1114637208624/

Peak List Conversion Utility (Java Web Start):

/current/531/ConvertPeakList.jnlp

mzXML2Other: /current/522/

ReAdW: /ReAdW.php

MassWolf: /MassWolf.php

mxStar: /mzStar.php

Prototype C-Sharp Converter:

/PrototypeCSharpConverter.php

Mascot Peptide Mass Fingerprint:

/cgi/search_form.pl%3fFORMVER=2%26SEARCH=PM F

Aldente: /tools/aldente/

PROCLAME: /

Genome-based Peptide Fingerprint Scanning (GFS): /

Human ProteinpediA:

TheGPM (Human):

TheGPM (Prokaryotes):

TheGPM (Plant UniGene):

TheGPM:

TheGPM (Xenopus):

TheGPM (T. brucei):

Mascot MS/MS Ion Search:

/cgi/search_form.pl%3fFORMVER=2%26SEARCH=MIS The Open Mass Spectrometry Search Algorithm (OMSSA):

/omssa/index.htm

Phenyx Web Interface (PWI): http://phenyx.vital-it.ch/pwi/login/login.jsp PeptideProphet: /PeptideProphet.php ProteinProphet: /ProteinProphet.php

InsPecT: high-throughput identification of peptide mass spectra:

/inspect.html

VEMS 3.0: http://yass.sdu.dk/

Sequit! 4.0 Online: /sub/s505-Sequit.htm

Pep_Probe: /public/search/pep_probe/search.jsp

Popitam: /tools/popitam/