结构域分析2

粘贴氨基酸序列
蛋白质序列分析
比对参数
输出格式
用户自定 义模拟的 模板序列
是否用WhatCheck程序 检查预测结果
在选项前打上钩
PHD和 3D-PSSM 分析
蛋白质序列分析
输出结果
• 打开邮箱查看输出结果 • 返回“Welcome” ，“TraceLog”，“WhatCheck”和 “Model”等多封信
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_prosite http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan http://www.expasy.org/tools/scanprosite/ http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/
TOPITS ， VAST Prospect ， THREADER HMMSTR/ ROSSETA
蛋白质序列分析
同源建模法分析步骤： 多序列比对 与已有晶体结构的蛋白质序列比对 确定是否有可以使用的模板 序列相似度>25% 序列相似度<25%，结合功能，蛋白质一级序列、二级结构或结构域信息 构建三维模型 三维模型准确性检验 Whatcheck 程序 Ramachandran plot计算检验 手工调整多序列比对，重新拟和，构建新的模型 *
RASMOL 2.7.2.1
蛋白质序列分析
SWISS-PdbView观察三维模型
• SWISS-PdbView工具 – http://swissmodel.expasy.org/spdbv/
• 观察和修改分子的三维结构
控制面板
菜单栏/ 工具栏 图层窗口
主窗口
序列联配窗口
Posttranslational modification tools http://www.cbs.dtu.dk/services/
确定功能和结构
蛋白质三维结构预测工具
• SWISS-MODEL工具 – http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html • 同源建模方法 • 与PDB数据库已知结构的蛋白质序列比对进行预测
蛋白质序列分析
主要参数/选项
输入用户Email
输入用户名
输入序列名
结构域分析
From:www.genecool.com
Protein domain motif databases and tools SMART Prosite Scan Motif_scan ScanProsite InterProScan
http://smart.embl-heidelberg.de
Motif Scan
蛋白质三维结构
• 结构与功能、进化密切相关 • 三维结构数据库： – 已通过X晶体衍射或核磁共振确定三维结构
– PDB：http://www.rcsb.org/pdb/ 最常用 – MMDB：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Structure
结果一 TraceLog
如数据库 中序列比 对的结果
蛋白质序列分析
结果二 WhatCheck
检测有问 题的原子
蛋白质序列分析
结果三 Model
附件：***.pdb
与模板序列 比对结果， 并显示二级 结构区域
原子坐标
三维结构图示和修改工具
蛋白质三级结构预测——三维结构图示和修改工具
Swiss-PdbViewer See in 3D http://www.expasy.org/spdbv/ Web http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml Windows/ Linux ftp://ftp.ncbi.nih.gov/cn3d/Cn3D-4.1.msi http://www.bernstein-plus-sons.com/cgibin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.MSWIN/ raswin.exe Windows/ Linux
– NRL-3D：http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/nrl3d.html – Psdb：http://www.psdb.org.br/
三级结构预测
方法 特点 工具
SWISS-MODEL，
基于序列同源比对，对于序列相似度>25 同源建模法 ( Homology modelling ) ％的序列模拟比较有效，最常用的方法 串线法 (Threading) 从头预测法 ( ab initio ) “穿”入已知的各种蛋白质Fra Baidu bibliotek叠骨架内，适 于对蛋白质核心结构进行预测，计算量大 基于分子动力学，寻找能量最低的构象， 计算量大，只能做小分子预测