LncRNA-康成生物-Arraystar-2015
LncRNA在宫颈癌组织中的表达谱变化及意义
LncRNA在宫颈癌组织中的表达谱变化及意义陈干涛;杨潇;程艳香【摘要】目的研究宫颈癌组织中lncRNA的表达变化情况,为探讨lncRNA参与宫颈癌发生与发展提供分子依据.方法取20例宫颈癌患者的宫颈癌组织和20例正常宫颈组织,应用高通量lncRNA芯片技术分别检测两组中ln-cRNA表达谱的变化情况,并应用qRT-PCR技术对结果加以验证.结果与正常宫颈组织相比,宫颈癌组织中共有30586条lncRNA和13982条mRNA存在差异性表达,通过GO聚类分析表明,上调mRNA和下调mRNA分别参与多种不同的生物过程.通过进一步分析发现变化差异性最明显的10个lncRNA可能通过影响相应的mRNA来发挥其生物学功能.qRT-PCR结果与芯片检测结果一致,提示4个lncRNA(BC008359,RP11-521B24.5,BRE-AS1,和RP11-229P13.15)在宫颈癌组织中发挥重要作用.结论本实验阐述了宫颈癌组织中lncRNA的变化情况,为探讨lncRNA参与宫颈癌发生与发展以及治疗提供新的分子依据.%Objective To investigate the changes of lncRNA in cervical cancer tissues,and provide molecular basis for investigating the occurrence and development of cervical cancer related with lncRNA.Methods 20 cervical cancer patients and 20 normal cervical tissues were selected.Applicated with high-through put microarray lncRNA,we tested the variation of lncRNA expression profiles of normal cervical tissues and cervical cancer tissues.The result was verified by real-time quantitative RTPCR.Results Compared with normal cervical tissues,a total of 30586 lncRNA and 13982 mRNA were identified as differentially expressed in cervical cancer tissues.GO cluster analysis showed that up-regulated mRNAs and down-regulated mRNAs were associated withvarious biological processes respectively.The 10 lncRNA showed the most obvious difference analyzed to influence mRNA corresponding to exert its biological function.Quantitative PCR results were consistent with the microarray results suggested four lncRNA (BC008359,RP11-521 B24.5,BRE-AS1,and RP11-229P13.15) played important roles in cervicalcancer.Conclusion The changes of lncRNA in cervical cancer,and provide molecular basis for investigating the occurrence and development and the therapy of cervical cancer related with lncRNA.【期刊名称】《实用癌症杂志》【年(卷),期】2017(032)004【总页数】5页(P523-527)【关键词】宫颈癌组织;lncRNA;高通量lncRNA芯片技术【作者】陈干涛;杨潇;程艳香【作者单位】430060 武汉大学人民医院;430060 湖北省仙桃市第三人民医院;430060 武汉大学人民医院;430060 武汉大学人民医院【正文语种】中文【中图分类】R737.33宫颈癌(cervical cancer)是最常见的妇科恶性肿瘤之一,仅次于乳腺癌，且宫颈癌发病呈年轻化趋势[1]。
冠心病病人血清lncRNATUG1和miR-140-3p水平与血清炎性因子、斑块稳定性指标的相关性
冠心病病人血清lncRNA TUG1和miR-140-3p 水平与血清炎性因子、斑块稳定性指标的相关性孙静,石丽媛,康美丽摘要目的:探讨冠心病病人长链非编码RNA牛磺酸上调基因1(lncRNA TUG1)㊁微小RNA-140-3p(miR-140-3p)与血清炎性因子㊁斑块稳定性指标的关系㊂方法:选取我院收治的140例冠心病病人为研究对象,其中稳定型心绞痛(SAP)病人(SAP组)68例,不稳定型心绞痛(UAP)病人(UAP组)72例,同期选取66名健康体检者作为对照组㊂采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平,采用酶联免疫吸附法(ELISA)检测血清炎性因子白介素(IL)-6㊁IL-1β㊁IL-18㊁C-反应蛋白(CRP)㊁肿瘤坏死因子-α(TNF-α)㊁可溶性细胞间黏附分子-1(sICAM-1)及斑块稳定性指标正五聚素-3(PTX3)㊁脂蛋白相关磷脂酶-A2 (Lp-PLA2)㊁成纤维细胞生长因子-23(FGF23)㊁基质金属蛋白酶-9(MMP-9)水平,采用彩色多普勒超声诊断仪测量内膜中层厚度(IMT);采用Pearson相关分析法分析冠心病病人血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平与炎性因子㊁斑块稳定性指标的相关性㊂结果: UAP组血清lncRNA TUG1及IL-6㊁CRP㊁TNF-α㊁IL-1β㊁IL-18㊁sICAM-1㊁IMT㊁PTX3㊁Lp-PLA2㊁FGF23㊁MMP-9水平高于SAP组和对照组,miR-140-3p水平低于SAP组和对照组(P<0.05);SAP组血清lncRNA TUG1及IL-6㊁CRP㊁TNF-α㊁IL-1β㊁IL-18㊁sICAM-1㊁IMT㊁PTX3㊁Lp-PLA2㊁FGF23㊁MMP-9水平高于对照组,miR-140-3p水平低于对照组(P<0.05)㊂SAP㊁UAP病人血清lncRNA TUG1与miR-140-3p水平均呈负相关(r值分别为-0.522,-0.586,P<0.001),且炎性因子IL-6㊁CRP㊁TNF-α㊁IL-1β㊁IL-18㊁sICAM-1及斑块稳定性指标IMT㊁PTX3㊁Lp-PLA2㊁FGF23㊁MMP-9与lncRNA TUG1均呈正相关(P<0.001),与miR-140-3p均呈负相关(P<0.001)㊂结论:冠心病病人血清lncRNA TUG1水平升高,miR-140-3p水平下降,且二者与炎性因子㊁斑块稳定性指标均有一定的相关性㊂关键词冠心病;斑块稳定性;炎性因子;长链非编码RNA牛磺酸上调基因1;微小RNA-140-3p;相关性d o i:10.12102/j.i s s n.1672-1349.2023.08.024冠心病是一种缺血性心脏病,近年来发病率呈升高趋势,在临床实践中,冠心病主要预防措施包括改变生活习惯㊁药物干预㊁手术及定期检测相关指标等[1-2]㊂长链非编码RNA牛磺酸上调基因1(long non-coding RNA taurine up-regulated gene1,lncRNA TUG1)及微小RNA-140-3p(microRNA-140-3p,miR-140-3p)与冠心病有密切联系,且二者之间存在调控关系[3-5]㊂流行病资料表明,全身炎症增加与心血管事件风险增加存在一致的关系,心血管疾病病人斑块炎症严重程度与斑块稳定性密切相关[6]㊂本研究探讨冠心病病人血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平与炎性因子㊁斑块稳定性指标的相关性,以期为冠心病的治疗及发病机制的探讨提供依据㊂1资料与方法1.1一般资料选取2019年9月 2021年8月我院收治的140例冠心病病人为研究对象,其中稳定型心基金项目2021年廊坊市科学技术研究与发展计划项目(No. 2021013144)作者单位河北中石油中心医院(河北廊坊065000),E-mail: *******************引用信息孙静,石丽媛,康美丽.冠心病病人血清lncRNA TUG1和miR-140-3p水平与血清炎性因子㊁斑块稳定性指标的相关性[J].中西医结合心脑血管病杂志,2023,21(8):1483-1486.绞痛(stable angina pectoris,SAP)病人(SAP组)68例,男32例,女36例,年龄40~76(52.64ʃ10.53)岁;不稳定型心绞痛(unstable angina pectoris,UAP)病人(UAP组)72例,男38例,女34例,年龄42~74(52.77ʃ10.81)岁㊂同期选取66名健康体检者为对照组,男35名,女31名,年龄40~74(51.98ʃ10.84)岁㊂纳入标准:冠心病诊断符合SAP和UAP的诊断标准[7-8],并经冠状动脉CT血管成像检查证实;劳累或休息时有明显的心绞痛等冠心病临床症状;病历资料完整㊂排除标准:合并恶性肿瘤;近期有抗炎㊁抗凝治疗史或既往有冠状动脉介入等治疗史;合并严重肝㊁肾功能障碍疾病;合并感染㊁自身免疫系统疾病㊂1.2方法1.2.1血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平检测抽取健康体检者体检时及冠心病病人确诊后24h内静脉血,静置30min,以3000r/min离心10min后收集上层血清,置于-80ħ冰箱待检㊂按照Trizol试剂盒(沈阳万类生物科技有限公司)说明书对血清总RNA 进行提取,检测其浓度和纯度,质检合格后按照逆转录试剂盒(上海研卉生物科技有限公司)说明书对总RNA进行逆转录操作(逆转录为cDNA),之后采用7500型实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)仪器检测血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平,以GAPDH 及U6为内参,软件设计引物后由北京鼎国生物科技有限公司合成,引物序列见表1㊂血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p相对表达水平采用2-әәCT法计算,各样本均重复进行3次㊂qRT-PCR反应条件:95ħ5min,95ħ30s,60ħ30s,72ħ30s,45个循环㊂详见表1㊂表1qRT-PCR引物序列(5'-3')基因名称正向引物反向引物lncRNA TUG1GACCTCGGACGAGTCGAGC GTGCACTGGTGCACTGGGAC GAPDH ACCTACCACGTGCTGAGAG TACGATAGTCGGTGCAGCG miR-140-3p TGGGCTATGCCTGATAAG TGCAGCACGAAGTGTAGC U6TCACGACTGAGCACTTCGC CGAAGCAGGCTGACGTTGAC1.2.2血清炎性因子及斑块稳定性指标检测采用酶联免疫吸附法(ELISA)检测血清炎性因子白介素(interleukin,IL)-6㊁IL-1β㊁IL-18㊁C-反应蛋白(C-reactive protein,CRP)㊁肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-alpha,TNF-α)㊁可溶性细胞间黏附分子-1 (soluble intercellular adhesion molecule-1,sICAM-1)及斑块稳定性指标正五聚素-3(pentraxin3,PTX3)㊁脂蛋白相关磷脂酶-A2(lipoprotein associated phospholipase A2,Lp-PLA2)㊁成纤维细胞生长因子-23 (fibroblast growth factor-23,FGF23)㊁基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinase-9,MMP-9)水平㊂IL-6㊁IL-1β㊁IL-18试剂盒均购自北京索莱宝科技有限公司, CRP㊁TNF-α㊁sICAM-1试剂盒均购自武汉益普生物科技有限公司,PTX3试剂盒购自上海富雨生物科技有限公司,Lp-PLA2㊁FGF23㊁MMP-9试剂盒均购自上海瓦兰生物科技有限公司㊂采用高频探头(频率7~15 MHz)的AU5彩色多普勒超声诊断仪(德国百胜公司)测量健康体检者及冠心病病人颈总动脉㊁颈外动脉㊁颈内动脉及分叉处的内膜-中层厚度(intima-media thickness,IMT)㊂1.3统计学处理采用SPSS25.0统计学软件进行数据分析,符合正态分布的定量资料以均数ʃ标准差(xʃs)表示,3组间比较采单因素方差分析,两组间比较采用SNK-q检验;定性资料以例数㊁百分比(%)表示,采用χ2检验㊂采用Pearson相关分析法分析冠心病病人血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平与炎性因子㊁斑块稳定性指标的相关性㊂以P<0.05为差异有统计学意义㊂2结果2.13组血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平比较UAP组血清lncRNA TUG1水平高于SAP组和对照组,miR-140-3p水平低于SAP组和对照组(P< 0.05);SAP组血清lncRNA TUG1水平高于对照组, miR-140-3p水平低于对照组(P<0.05)㊂详见表2㊂表23组血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平比较(xʃs)组别样本量lncRNA TUG1miR-140-3p对照组66 1.01ʃ0.20 1.02ʃ0.21 SAP组68 1.69ʃ0.27①0.68ʃ0.16①UAP组72 2.49ʃ0.38①②0.38ʃ0.14①②F值433.847239.696P<0.001<0.001与对照组比较,①P<0.05;与SAP组比较,②P<0.05㊂2.23组血清炎性因子水平比较UAP组血清炎性因子IL-6㊁CRP㊁TNF-α㊁IL-1β㊁IL-18㊁sICAM-1水平均高于SAP组和对照组(P<0.05);SAP组血清炎性因子IL-6㊁CRP㊁TNF-α㊁IL-1β㊁IL-18㊁sICAM-1水平均高于对照组(P<0.05)㊂详见表3㊂表33组血清炎性因子水平比较(xʃs)组别样本量IL-6(pg/mL)CRP(mg/L)TNF-α(ng/L)IL-1β(μg/L)IL-18(pg/mL)sICAM-1(pg/mL)对照组667.64ʃ1.12 3.39ʃ0.48 5.94ʃ1.02 3.71ʃ0.67 4.12ʃ0.78 3.67ʃ0.46 SAP组6814.36ʃ1.42①10.84ʃ1.23①15.78ʃ2.69①8.40ʃ1.21①9.24ʃ1.05①8.31ʃ0.98①UAP组7221.58ʃ2.09①②24.72ʃ2.15①②29.42ʃ3.03①②19.07ʃ1.27①②18.32ʃ2.27①②14.54ʃ1.46①②F值1292.0263717.8991622.3413621.7051521.0181821.319P<0.001<0.001<0.001<0.001<0.001<0.001与对照组比较,①P<0.05;与SAP组比较,②P<0.05㊂2.33组斑块稳定性指标比较UAP组斑块稳定性指标IMT㊁PTX3㊁Lp-PLA2㊁FGF23㊁MMP-9均高于SAP组和对照组(P<0.05);SAP组斑块稳定性指标IMT㊁PTX3㊁Lp-PLA2㊁FGF23㊁MMP-9均高于对照组(P<0.05)㊂详见表4㊂表43组斑块稳定性指标比较(xʃs)组别样本量IMT(mm)PTX3(μg/L)Lp-PLA2(μg/L)FGF23(μg/L)MMP-9(ng/L)对照组660.56ʃ0.140.94ʃ0.1924.98ʃ2.16 2.03ʃ0.6186.92ʃ10.54 SAP组68 1.08ʃ0.25① 3.21ʃ0.34①46.74ʃ4.81① 4.68ʃ0.64①227.83ʃ23.95①UAP组72 1.45ʃ0.36①② 4.37ʃ0.56①②72.35ʃ6.78①②7.58ʃ1.02①②386.78ʃ24.86①②F值189.7831303.7891540.539861.0753522.602 P<0.001<0.001<0.001<0.001<0.001与对照组比较,①P<0.05;与SAP组比较,②P<0.05㊂2.4冠心病病人血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平与炎性因子㊁斑块稳定性指标的相关性Pearson 法分析结果显示,SAP㊁UAP病人血清lncRNA TUG1与miR-140-3p水平均呈负相关(r值分别为-0.522,-0.586, P<0.001),且炎性因子IL-6㊁CRP㊁TNF-α㊁IL-1β㊁IL-18㊁sICAM-1及斑块稳定性指标IMT㊁PTX3㊁Lp-PLA2㊁FGF23㊁MMP-9与lncRNA TUG1均呈正相关(P< 0.001),与miR-140-3p均呈负相关(P<0.001)㊂详见图1㊁图2和表5㊁表6㊂图1SAP病人血清lncRNA TUG1与miR-140-3p 水平的相关性分析散点图图2UAP病人血清lncRNA TUG1与miR-140-3p水平的相关性散点图表5SAP病人血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平与炎性因子㊁斑块稳定性指标的相关性指标lncRNA TUG1r值PmiR-140-3pr值PIL-60.491<0.001-0.489<0.001 CRP0.486<0.001-0.476<0.001 TNF-α0.504<0.001-0.472<0.001 IL-1β0.492<0.001-0.496<0.001 IL-180.479<0.001-0.475<0.001 sICAM-10.486<0.001-0.480<0.001 IMT0.515<0.001-0.510<0.001 PTX30.503<0.001-0.500<0.001 Lp-PLA20.497<0.001-0.504<0.001 FGF230.482<0.001-0.494<0.001 MMP-90.501<0.001-0.497<0.001表6UAP病人血清lncRNA TUG1㊁miR-140-3p水平与炎性因子㊁斑块稳定性指标的相关性指标lncRNA TUG1r值PmiR-140-3pr值PIL-60.486<0.001-0.479<0.001 CRP0.472<0.001-0.475<0.001 TNF-α0.494<0.001-0.472<0.001 IL-1β0.468<0.001-0.481<0.001 IL-180.472<0.001-0.473<0.001 sICAM-10.475<0.001-0.492<0.001 IMT0.521<0.001-0.509<0.001 PTX30.504<0.001-0.514<0.001 Lp-PLA20.509<0.001-0.492<0.001 FGF230.507<0.001-0.517<0.001 MMP-90.494<0.001-0.504<0.0013讨论冠心病是常见的心脏疾病,根据心肌缺血程度不同分为SAP㊁UAP及急性心肌梗死,其发病机制复杂,血小板聚集㊁血管炎症反应及血管内皮损伤等均参与冠心病动脉粥样硬化[9]㊂冠心病特点是脂质和免疫细胞在冠状动脉内皮下空间或动脉管壁中积聚,这一过程涉及血管内皮的炎症反应[10]㊂尽管冠心病的治疗已取得了巨大的进步,但在世界范围内,冠心病是导致死亡的主要原因,说明目前冠心病诊断㊁治疗等方法仍存在不足[11]㊂lncRNA TUG1是一种在损伤血管内皮细胞中高表达的RNA,通过调控内皮细胞增殖㊁凋亡等过程参与血管内皮细胞损伤,进而在心血管疾病中发挥着重要作用[12]㊂本研究对冠心病病人血清lncRNA TUG1水平的检测结果与既往研究结果[13]一致,SAP㊁UAP病人血清lncRNA TUG1水平均升高,且UAP病人高于SAP病人㊂提示lncRNA TUG1高表达参与冠心病的发生发展㊂既往研究显示,炎症反应在冠心病的发病过程中发挥着重要作用,炎性因子水平可预测冠心病发展,炎症是冠状动脉粥样硬化斑块破裂的重要病理机制[14-15]㊂IMT㊁PTX3㊁Lp-PLA2是反映冠状动脉粥样硬化斑块稳定性的重要指标,其水平升高提示斑块稳定性降低[16]㊂本研究中lncRNA TUG1与IL-6㊁CRP㊁IMT㊁PTX3等炎性因子及斑块稳定性指标均呈正相关㊂因此推测lncRNA TUG1可能通过增强炎症反应损伤血管内皮细胞,进而增加动脉粥样硬化斑块不稳定性,参与冠心病发生发展㊂Zhu等[17]研究显示,miR-140-3p在外周动脉疾病中显著下调,且可能参与支架内再狭窄㊂冯六六等[18]研究表明,miR-140-3p是冠心病病人经皮冠状动脉介入术后支架内再狭窄的影响因素㊂上述研究说明miR-140-3p可能参与冠心病的发生发展㊂本研究相关性结果显示,miR-140-3p水平降低可能导致炎性因子水平升高,炎症反应加剧,进一步损伤血管内皮功能,发生恶性循环,造成动脉粥样硬化斑块不稳定性增加,加重病情,发生心血管不良事件㊂本研究结果显示,lncRNA TUG1与miR-140-3p呈负相关㊂推测lncRNA TUG1可能通过负向调节miR-140-3p表达进而参与冠心病的发生发展㊂综上所述,冠心病病人血清lncRNA TUG1水平异常升高,miR-140-3p水平异常降低,二者水平均与炎性因子及斑块稳定性指标相关㊂lncRNA TUG1㊁miR-140-3p在冠心病早期诊断及病情评估中可能有重要价值,今后可在临床实践中进一步验证㊂参考文献:[1]MA Q,LIU J C,LI C B,et al.Effects of off-pump coronary arterybypass grafting on clinical efficacy,cardiac function and theincidence of major adverse cardiovascular events in patientswith coronary heart disease[J].American Journal ofTranslational Research,2021,13(3):1742-1749.[2]JIMENEZ-TORRES J,ALCALÍ-DIAZ J F,TORRES-PEÑA J D,et al.Mediterranean diet reduces atherosclerosis progression incoronary heart disease:an analysis of the CORDIOPREVrandomized controlled trial[J].Stroke,2021,52(11):3440-3449.[3]YAN 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[5]杨璐,钱岷江,吴姗姗.LncRNA TUG1通过miR140-3p调控脑胶质瘤细胞增殖㊁迁移㊁凋亡[J].解剖科学进展,2021,27(6):673-676.[6]PATEL N H,DEY A K,SOROKIN A V,et al.Chronic inflammatorydiseases and coronary heart disease:insights fromcardiovascular CT[J].Journal of Cardiovascular ComputedTomography,2022,16(1):7-18.[7]中华医学会心血管病学分会介入心脏病学组,中华医学会心血管病学分会动脉粥样硬化与冠心病学组,中国医师协会心血管内科医师分会血栓防治专业委员会,等.稳定性冠心病诊断与治疗指南[J].中华心血管病杂志,2018,46(9):680-694.[8]中国医师协会急诊医师分会,中华医学会心血管病学分会,中华医学会检验医学分会.急性冠脉综合征急诊快速诊疗指南[J].中华危重症医学杂志(电子版),2016,9(2):73-80.[9]陈入菲,郑俊晨,秦建宁,等.冠心病患者血清IMA㊁cathepsin S㊁RBP4水平与炎性因子及心肌缺血程度的相关性研究[J].现代生物医学进展,2021,21(16):3101-3105.[10]MEDINA-LEYTE D J,ZEPEDA-GARCÍA O,DOMÍNGUEZ-PÉREZ M,et al.Endothelial dysfunction,inflammation and coronary arterydisease:potential biomarkers and promising therapeuticalapproaches[J].International Journal of Molecular Sciences,2021,22(8):3850.[11]NARASIMHAN B,NARASIMHAN H,LORENTE-ROS M,et al.Therapeutic angiogenesis in coronary artery disease:a review ofmechanisms and current approaches[J].Expert Opinion onInvestigational Drugs,2021,30(9):947-963.[12]CHEN X C,MAO M,SHEN Y,et al.lncRNA TUG1regulateshuman pulmonary microvascular endothelial cell apoptosis viasponging of the miR-9a-5p/BCL2L11axis in chronic obstructivepulmonary disease[J].Experimental and Therapeutic Medicine,2021,22(2):906.[13]周芳,曹军,孙跃玲,等.冠状动脉粥样硬化性心脏病痰热互结证患者外周血LncRNA TUG1与血管内皮损伤的相关性[J].中医学报,2019,34(5):1039-1042.[14]DUGANI S B,MOORTHY M V,LI C Y,et al.Association of lipid,inflammatory,and metabolic biomarkers with age at onset forincident coronary heart disease in women[J].JAMA Cardiology,2021,6(4):437-447.[15]PENG J,LE C Y,XIA B,et al.Research on the correlationbetween activating transcription factor3expression in the humancoronary artery and atherosclerotic plaque stability[J].BMCCardiovascular Disorders,2021,21(1):356.[16]吴佳璘.高血压合并冠心病患者血清同型半胱氨酸与炎症水平㊁颈动脉硬化斑块相关性分析[J].医学检验与临床,2020,31(3):5-8.[17]ZHU Z R,HE Q,WU W B,et al.MiR-140-3p is involved in In-stentrestenosis by targeting C-myb and BCL-2in peripheral arterydisease[J].Journal of Atherosclerosis and Thrombosis,2018,25(11):1168-1181.[18]冯六六,白艳艳,史骏,等.血液循环中微小RNA-140-3p和Toll样受体4表达与冠心病患者经皮冠状动脉介入术后支架内再狭窄的关系研究[J].实用心脑肺血管病杂志,2020,28(12):21-26.(收稿日期:2022-05-09)(本文编辑薛妮)。
基因芯片大攻略
基因芯片大攻略基因芯片按应用领域主要分以下几类，用于基因组研究的SNP和CNV芯片；用于mRNA表达研究的基因表达谱芯片；用于转录调控研究的microRNA芯片和LncRNA芯片；以及用于表观遗传研究的DNA甲基化芯片。
目前世界上主流的芯片制造商主要有4几家，分别是采用第二代基因芯片技术的美国affymetrix公司、美国agilent公司和ROCH nimblegen公司，以及采用第三代基因芯片技术的美国illumina公司。
在SNP芯片研究领域，美国illumina公司毫无疑问是霸主，illumina公司凭借自己开发的GoldenGate技术和infinium专利技术一直在SNP芯片领域处于垄断地位。
虽然affymetrix公司也有SNP芯片，但无论是从芯片的技术水平、发表的文章数量和芯片的种类以及覆盖SNP 位点的数量都没法和illumina相比，已发表的GWAS文章90%以上都是使用illumina的SNP 芯片。
至今affymetrix只有人的SNP5.0、SNP6.0、Axiom这3款芯片，种类少得可怜，而且覆盖位点数量最多的SNP6.0芯片仅可检测90万个SNP位点，并且是2007年上市的。
随着Hapmap计划和千人基因组计划如火如荼的进行，illumina公司每年都会发布好几款新的SNP 芯片，至今已有几十款产品，覆盖位点数量从6000个到500万个不等。
包括人、大鼠、小鼠、牛、马、羊、猪、犬、鸡、玉米、苹果、桃子等十来个物种，其中仅人的SNP芯片就有十几款（停产的芯片不算），最多覆盖位点数量可达到500万个。
并且illumina还可以提供灵活快捷的定制SNP芯片，适用于大样本量分析。
Illumina和affymetrix的SNP芯片都可用于CNV分析，但illumina芯片因覆盖位点数量较多，所以在CNV分析中可提供更高分辨率的CNV数据。
在基因表达谱芯片领域，affymetrix表达谱芯片无论是从知名度、发表的文章数量、芯片物种种类都是NO.1，因affymetrix的表达谱芯片上市时间最早，所以知名度和用户也是最多的，价格也是最贵的。
ArraystarlncRNA芯片SCI文章盘点（2018年）
ArraystarlncRNA芯片SCI文章盘点（2018年）
Arraystar lncRNA芯片自2009年推出以来，成为了lncRNA高通量筛选的首选利器，康成生物丨数谱生物作为Arraystar公司在中国区独家的技术服务提供商，已为超过1000家科研单位提供过技术服务。
目前国内客户使用Arraystar lncRNA芯片发表的SCI成果超过400篇。
在刚刚过去的2018年，发表的lncRNA研究相关的SCI文章共计120篇，其中影响因子超过15分的有5篇。
Arraystar lncRNA芯片---同时检测lncRNA和mRNA的表达量变化
•检测lncRNA表达量灵敏度高、技术最成熟。
lncRNA表达水平比mRNA低，芯片比RNA-seq更适合对低丰度RNA分子的检测。
•收录lncRNA更新最及时，覆盖最全面、最可靠。
可同时检测lncRNA和编码蛋白的mRNA。
•注释LncRNA基因组信息、分类及潜在的调控机制，为深入研究lncRNA复杂生物学功能提供参考信息。
•设计针对lncRNA不同转录本异构体的转录本特异性探针，对不同转录本检测更准确、特异性更高。
•提供丰富的数据信息，用于调控型lncRNA与编码蛋白的mRNA 之间共表达及关联研究。
2018年国内客户使用Arraystar lncRNA芯片发表的SCI文章精选（影响因子大于5）：
欢迎联系康成生物丨数谱生物销售工程师索要Arraystar lncRNA
芯片SCI文章原文或相关技术资料。
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Normoxia
Hypoxia
lncRNA
mRNA
lincRNA-p21
Glycolysis
Fan Yang. et al. (2014) Molecular Cell
Hypoxia Inducible Factor 2 Alpha Inhibits Hepatocellular Carcinoma Growth Through the
Transcription Factor Dimerization Partner 3/ E2F Transcription Factor 1–Dependent Apoptotic Pathway. Hepatology. 2013.(IF: 11.665) CRL4B Catalyzes H2AK119 Monoubiquitination andCoordinates with PRC2 to Promote
康成生物
KANGCHEN®
Excellence for Research
提纲
Part 1 lncRNA上游调控机制研究
• 表观遗传研究前沿及其对lncRNA的调控
• 康成提供的研究工具 • 研究思路 Part 2 lncRNA下游调控机制研究 • 研究背景介绍 • 分子标志物 • lncRNA功能及机制研究
小鼠
4*180K
大鼠
4*180K
康成生物
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康成生物ChIP-seq/MeDIP-seq分析特色:lncRNA启动子
高通量测序数据
数据预处理
序列比对基因组
甲基化/组蛋白修饰区域鉴定及注释
LncRNA区域甲基化/组蛋白修饰分析
mRNA区域甲基化/组蛋白修饰分析
类型 由RNA polyA？ pol II转录？ 7mG cap? 受表观遗 亚细胞定 位? 传，转录 因子调控? Protein Coding?
RNA Protein RNA
mRNA
✓
✓
✓
✓
细胞质
✓ X
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LncRNA
✓
✓
✓
细胞质， 细胞核 Djebali et al. (2012). Nature
LncRNA 的调控与被调控
——Arraystar LncRNA芯片与表观遗传
2015
黄引
康成生物
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LncRNA介绍
长度大于200nt，无编码蛋白质能力的RNA分子 大多数lncRNA由pol II 转录形成
DNA
选择性剪接、加帽、加尾 参与重要生物学过程，与多种疾病相关
DNA hydoxymethylation HDAC, HAT 组蛋白去/乙酰化转移酶 H3k4me3, H3k9AC…..
5mC
JJames S. Hagood(,et,.al,(2014),Physiology
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干细胞分化过程中LncRNA的表达受表观遗传调控
Arraystar
基于测序
MeDIP-sequencing（DNA甲基化） hMeDIP-sequencing（DNA羟甲基化） ChIP-sequencing（组蛋白修饰，转录 因子）
Illumina
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Arraystar 非编码RNA启动子芯片
探究细胞特异性表达lncRNAs的是 否受到表观控研究
比较不同分化状态的三种细胞 （ES,NPC,FIB）差异表达的 lncRNAs
分析lncRNA启动子的组蛋白修饰 状态与lncRNA表达关系
lncRNA 表达谱
lncRNA启动子组蛋白修饰
ES: 胚胎干细胞 NPC：神经祖细胞 FIB： 成纤维细胞
1,600 lincRNA Long intergenic non-coding RNA
MitchellGuttman, et.al(2009),Nature
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LncRNA表达受到严格的调控: 表观遗传学
Epigenetics is the science field that studies how gene expression is regulated
PCR验证 biomarker
过表达及敲低 In vitro In vivo
LncRNA芯 片
KM曲线 ROC曲线 生存分析
筛选疾病相关的差异LncRNA
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提纲
Part 1 lncRNA上游调控机制研究
• 表观遗传研究前沿及其对lncRNA的调控
Franck Morceau et al. (2013) Molecular science
✓
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for
Research
LncRNA研究前景
3500
lncRNA近年发表文章趋势
3000
2500
本重大研究计划2015年度计划资助“直接费用”3400万元。计划资 助培育项目16 项，直接费用的平均资助强度为100万元，… ；计划资 2000 助重点支持项目6项左右，直接费用的平均资助强度为300万元，…
康成生物
More papers please refer to
康成生物lncRNA启动子研究平台
表观
Platform MeDIP-chip（DNA甲基化）
Producer
基于芯片
hMeDIP-chip（DNA羟甲基化） ChIP-on-chip（组蛋白修饰，转录因 子）
1500 1000
发表文章
500 0 2007
2014 年度安排研究经费 2800 万元。拟资助培育项目 10项，资助期限 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 为3年，平均资助强度 100万元/项；重点支持项目6项左右，资助期 限为4年，平均资助强度300万元/项。
monocytic leukemia. Nat. Genet, 2011 （IF : 35.53）
The N-terminus of histone H3 is required for de novo DNA methylation in chromatin. PNAS. 2009 (IF: 9.771)
表观遗传定义：
在基因组序列不变的情况下，可以 决定基因表达与否的调控密码
Transcript factor
DNA methylation, 表观修饰酶
DNA羟/甲基化转移酶 组蛋白甲基化转移酶
H3K27me3, H3K9me3……
名称 Tet, DNMT EZH2, ASH1, MLL…
DNA / 组蛋白去甲基化酶 KDMs
LncRNA差异甲基化/组蛋白修饰分析
mRNA差异甲基化/组蛋白修饰分析
康成数据分析特色
GO，Pathway分析
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康成表观平台数据报告– lncRNA分析结果展示
MeDIP-seq/ChIP-seq
甲基化区段坐标
甲基化程度
lncRNA信息
结论：lncRNA像编码基因一样受 到H3K4me3 和 H3K27me3的调控
Wu SC. et al. (2010) Cell research
康成生物
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lncRNA调控与被调控：转录因子
The Warburg effect, characterized by enhanced
Excellence for Research
康成表观遗传平台客户文章
Prognostic significance of 2-hydroxyglutarate levels in acute myeloid leukemia in China.
PNAS, 2013 (IF: 9.73) Menin promotes hepatocellular carcinogenesis and epigenetically upregulates Yap1 transcription. PNAS.2013. (IF: 9.73)
• 康成提供的研究工具 • 研究思路 Part 2 lncRNA下游调控机制研究 • 研究背景介绍 • 分子标志物 • lncRNA功能及机制研究
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经典LncRNA：HOTAIR和表观
HOTAIR组织特异性——表观调控结果
HOTAIR的发现——表观标志物
甲基化区段的相 对位置信息
Arraystar ncRNA 启动子芯片
4*180K
Arraystar 4x180K mRNA启动子芯片
芯片名称 Arraystar Human RefSeq Promoter Array NEW! Arraystar Mouse RefSeq Promoter Array NEW! Arraystar Rat RefSeq Promoter Array NEW! 物种 人 规格 4*180K 覆盖范围 23,148 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) 22,327 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) 15,987RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)