细菌分类与鉴定
细菌分类学
弧菌属。
1838年，德国生物学家Eheneberg对微生物分类做 了修改，把细菌列为纤毛虫纲，分为2科。
1857年，德国植物学家Nagali在《植物学杂志》上发表
文章指出，这些微生物具有细胞壁，应归属于植物界，
并独立设一纲，取名裂殖菌纲。
1872年，德国植物学家Cohn发表新的细菌分类系统， 吧细菌分为4个族，每个族由一个或几个属组成。 1909年，Jensen发表了一种新的分类法，该方法在采用
第一章
微生物分类学
——细菌分类学
第一节 细菌分类学概述
一、细菌分类鉴定的意义
细菌分类学的任务是在全面了解细菌的
生物学特征的基础上，研究他们的种类，
探索其起源、演化以及与其他类群之间的
亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分
类系统，并将微生物加以分门别类。
二、细菌分类学研究简史
1675年，荷兰人用自制显微镜观察到“微小动物” 第一个尝试生物分类的科学家—林奈 丹麦动物学家Muller提出新的分类系统，其中包括 动物、藻类、细菌。并建议将细菌分为单胞菌属和
常用的细菌分类学术语：
（1）种（species）物种，生物分类中基本的分类单元 高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准 微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群 与其他类群的菌株有很明显的区别。 (2). 亚种(subspecies): 是正式分类单元中地位最低的 分类等级。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性
1 （6）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生
物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、 摇瓶培养物等。
各类细菌的分类鉴定
④V~W变异：失去全部Vi抗原的变异。
变形 杆菌 属
G-b
有周身鞭 毛（摩根 菌属的部 分菌株在 30℃以上 不形成鞭 毛） 无芽孢 无荚膜
营养琼脂和血琼脂平板：迁徙扩散生 长（普通变形和奇异变形），可被0.1% 苯酚、4%硼酸、5%~6%琼脂及同型血清 或胆盐所抑制。普罗威登斯菌和摩根 菌属无迁徙生长现象。
H2O2（+）；多数致病性葡萄球菌能分 解甘露醇产酸、液化明胶和产生血浆 凝固酶。
①蛋白抗原：SPA蛋白 （存在于葡萄球菌表 面，结合在细胞壁的黏 肽部分，具有抗吞噬作 用），有种属特异性。
②多糖抗原：有型特异 性。
1.侵袭性疾病：①皮肤及软组织感 染（毛囊炎、疖、痈）；②全身性 感染（败血症、心内膜炎）；③呼 吸道感染；④医院内感染
伯菌
属
G-b
无鞭毛 无芽孢 有荚膜
血平板：圆形，凸起，灰白色，不溶血的菌 落。有时菌落呈黏液性，用接种环挑取时呈 长丝状。
肠道选择培养基：乳糖产酸菌落。
液体培养基：浑浊生长，可形成菌膜与黏性 沉淀物。
糖类发酵：发酵乳糖；h2o2（+）；脲酶（+）；OX（-）；鸟氨酸（-）；动力（-）。
本菌对氨苄西林天然耐药。 对产ESBLs菌株的治疗可用 碳青酶烯类、B-内酰胺类抗 生素/酶抑制剂或头孢菌素 类进行治疗。
糖类发酵：发酵乳糖；
OX（-）；DNA酶（-）；
^夫
尼亚
菌属
G-b
无荚膜 无芽孢 有周鞭毛
糖类发酵：发酵葡萄糖产酸产气； 可利用枸橼酸盐、乙酸盐和丙二酸 盐作为唯一碳源；
H2S（-）；山梨醇（-）；DNA酶（-）；赖氨酸（ +）；
细菌的分类及命名
细菌分类学包括分类，命名和鉴定
一．细菌分类：根据细菌各自的特征，并按照亲缘关系分类，以 不同等级编排系统。分类有两种：
1. 细菌的生理生化分类法，包括有传统分类法和数值分类法。 细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法，称种系分类或自然分类。
细菌命名：在分类基础上，给每种细菌一个科学名
01
称，便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名
○ 学名用拉丁文，遵循“双名法”。 ○ 每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分组成如：产气荚膜梭菌
（Clostridium perfringens） ○ 属名在前，字首字母要大写，其余小写 ○ 整个属名及种名在出版物中应排成斜体 ○ 中文译名，种名在前，属名在后
二．分类学文献中的细菌拉丁文学名， 属名和种名之后，往往还要加上首次 定名人（加括号）、现名定名人和现 名定名年份，这些均用正体排字。
○ 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， ○ Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
如果是新种，在新种的 拉丁文学名之后还要加 上“sp.nov。”，nov 是novel的缩写。
例如Lawsonia intracellularis gen．Nov. sp . Nov.， 译为：胞内劳森菌，新 属新种。
○ 一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和 种名之后的部分均予省略。
○ 如：Escherichia coli
例如
大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillu coli， Castellani及Chalmers于1919年改为现名。
医学细菌名称及分类鉴定
医学细菌名称及分类鉴定
哇塞！一听到“医学细菌名称及分类鉴定”，是不是感觉有点头大？哈哈，我一开始也是这么觉得的，不过后来发现还挺有趣的呢！
你知道吗？细菌就像一群小小的调皮鬼，到处乱窜。
比如说金黄色葡萄球菌，这家伙可坏啦！它就像一个捣乱的小霸王，要是跑到我们身体里，能引起好多毛病，像化脓感染啥的。
再说说大肠杆菌，它有时候是“好人”，有时候又变成“坏蛋”。
正常在我们肠道里待着的时候，还能帮忙消化呢，可要是一不小心跑错了地方，那就糟糕啦！这像不像一个在班上有时候表现好，有时候又调皮捣蛋的同学？
还有链球菌，它就像一支纪律不太好的队伍，到处惹是生非。
能导致猩红热、风湿热这些让人头疼的病。
那怎么给这些细菌分类鉴定呢？这就像是给一群调皮的孩子分班级一样。
要看看它们长得啥样，是圆圆的还是长长的？是单个自己玩还是一群抱在一起？还要看看它们喜欢吃啥，对什么环境喜欢或者讨厌。
比如说，有些细菌喜欢在有氧的环境里蹦跶，这就是好氧菌；有些讨厌氧气，那就是厌氧菌。
这是不是就像有些小朋友喜欢在操场上疯跑，有些就喜欢在教室里安静看书？
医生和科学家们可厉害啦！他们拿着显微镜，就像拿着超级放大镜一样，仔细地观察这些细菌。
然后做各种实验，来确定它们到底是哪一类。
哎呀！想想这些细菌，虽然小小的，但是威力可不小。
我们可得好好注意卫生，别让它们有机会跑到我们身体里捣乱呀！
我觉得呀，了解医学细菌的名称及分类鉴定真的太重要啦！只有这样，我们才能更好地预防疾病，保护自己的身体，让自己健健康康的！。
食品细菌的分类和鉴定
食品细菌的分类和鉴定一、细菌的分类细菌是一类微生物，广泛存在于自然界中的各个环境中，包括土壤、水体、空气以及人类和动物的体内。
根据细菌的形态、生理特征和遗传特征，可以将细菌分为不同的分类群。
目前，细菌的分类主要基于其形态特征、代谢方式和基因组序列等方面。
1. 形态分类根据细菌的形态特征，细菌可以分为球菌（如链球菌、葡萄球菌）、杆菌（如大肠杆菌、结核杆菌）、弯曲菌（如弯曲菌属）和螺旋菌（如梅毒螺旋菌）等。
形态分类是最早也是最常见的细菌分类方法之一。
2. 代谢分类根据细菌的代谢方式，细菌可以分为厌氧菌和好氧菌。
厌氧菌是指只能在无氧条件下生长和繁殖的细菌，而好氧菌则是指只能在有氧条件下生长和繁殖的细菌。
此外，还有一类兼性厌氧菌，即可以在有氧或无氧条件下生长的细菌。
3. 基因组分类近年来，随着基因测序技术的发展，基因组序列成为细菌分类的重要依据之一。
通过比较不同细菌的基因组序列，可以确定它们之间的亲缘关系，进而将它们分为不同的分类群。
这种基于基因组序列的分类方法被称为系统发育分类。
二、细菌的鉴定细菌的鉴定是指通过对细菌进行一系列的实验和观察，以确定其属于哪个分类群的过程。
细菌的鉴定对于食品安全和疾病防控具有重要意义。
1. 形态鉴定形态鉴定是最直观、最常用的细菌鉴定方法之一。
通过观察细菌的形态特征，如大小、形状、颜色等，可以初步确定细菌的分类群。
例如，链球菌是一种球形细菌，呈成串状排列；大肠杆菌是一种杆状细菌，呈短杆状。
2. 生理鉴定生理鉴定是通过观察细菌的生理特征，如代谢产物、酶活性等，来判断其分类群的方法。
例如，大肠杆菌可以产生酸和气体，而结核杆菌则不能。
这种方法需要在实验室中进行一系列的生理实验，需要一定的实验技巧和经验。
3. 分子鉴定随着分子生物学技术的进步，分子鉴定成为了细菌鉴定的重要手段之一。
通过提取细菌的基因组DNA，并使用特定的引物扩增目标基因，然后通过测序和比对，可以确定细菌的分类群。
常用的分子鉴定方法包括PCR、16S rRNA测序等。
奴卡菌的培养和鉴定
1
一、分类与命名
分类：
细菌域-放线菌纲-放线菌亚纲-放线菌目-棒杆菌亚目-诺卡菌科-诺卡菌属
与医学有关旳菌种：
脓肿诺卡菌
非洲诺卡菌
星形诺卡菌
巴西诺卡菌
短链诺卡菌
肉色诺卡菌
皮疽诺卡菌
新星诺卡菌
豚鼠耳炎诺卡菌 假巴西诺卡菌
二、生物学特征
（一）形态与染色
1、革兰氏染色： 革兰氏阳性或不定，无芽孢和鞭毛。菌体呈多向旳分枝丝状，直径 μm。 培养早期可见丰富旳菌丝体，常有次级分枝。 培养后期菌体裂解为球形或杆状卡星 红霉素
RSSR.
RRSR
SSSR
RRRR
短链诺卡菌
皮疽诺卡菌 星形诺卡菌Ⅳ
+ Cit -
星形诺卡菌Ⅳ 皮疽诺卡菌 +
巴西诺卡菌 假巴西诺卡菌 星形诺卡菌Ⅰ /Ⅵ 豚鼠耳炎诺卡菌
MH明显黄色菌落
星形诺卡菌 -
巴西诺卡菌 假巴西诺卡菌
星形诺卡菌Ⅰ /Ⅵ 豚鼠耳炎诺卡菌
马红球菌 SBA 粗糙型
属间鉴定
马红球菌 24h 弱抗酸
马红球菌 5d 革兰氏染色
4.与棒状杆菌旳鉴别 棒状杆菌不形成菌丝，菌体呈栅栏状排列。
属间鉴定
三、鉴定与鉴别
（二）属内鉴定
乙酰胺水解、抗生素敏感试验、芳香基硫酸酯酶、利用糖产酸、利用碳水化合物、七叶苷 水解、明胶液化、硝酸盐还原、温度耐受、脲酶试验等。
星形奴卡菌
巴西奴卡菌
星形奴卡菌
形态染色
星形奴卡菌 24 h
星形奴卡菌 72 h
形态染色
2、改良抗酸染色为弱阳性（1%硫酸水溶液），呈不均匀性，易被脱色呈 阴性。
星形奴卡菌
细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展
细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展一、本文概述随着分子生物学技术的快速发展，其在细菌分类鉴定领域的应用已经取得了显著的进展。
本文旨在对细菌分类鉴定的分子生物学方法研究进展进行系统的梳理和总结，以期为相关领域的学者和从业人员提供全面的科研进展参考。
本文将重点介绍分子生物学技术在细菌分类鉴定中的应用，包括基因测序技术、PCR技术、基因芯片技术、宏基因组学方法等，并探讨这些技术在细菌分类鉴定中的优势、挑战以及未来发展趋势。
同时，本文还将对近年来细菌分类鉴定领域的重要研究成果进行综述，以期为细菌分类鉴定领域的研究提供有益的参考和启示。
二、细菌分类鉴定的传统方法及其局限性传统的细菌分类鉴定方法主要依赖于细菌的表型特征，包括菌落形态、细胞形态、生理生化特性、血清学反应以及生态习性等。
这些方法在过去的一个多世纪里为细菌学的发展做出了重要贡献，随着科学技术的进步和细菌学研究的深入，传统方法的局限性逐渐显现。
传统方法的鉴定过程往往繁琐耗时，需要经过多步实验操作，包括细菌培养、形态观察、生理生化试验等，这不仅增加了实验成本，也限制了鉴定效率。
传统方法对于某些表型特征相似的细菌种类往往难以准确区分，容易出现误判或漏判的情况。
传统方法对于新出现的、未知的或者难以培养的细菌种类往往束手无策，无法进行有效的鉴定。
随着分子生物学技术的发展和应用，人们开始尝试将分子生物学方法引入细菌分类鉴定领域，以期能够更快速、更准确地进行细菌鉴定。
分子生物学方法以其高灵敏度、高分辨率和高通量的特点，为细菌分类鉴定提供了新的可能性和解决方案。
三、分子生物学方法在细菌分类鉴定中的发展与应用近年来，分子生物学技术的飞速发展极大地推动了细菌分类鉴定领域的研究进展。
这些技术以其高度的特异性和灵敏度，为细菌分类鉴定提供了全新的视角和强大的工具。
在细菌分类鉴定中，16S rRNA基因序列分析已成为最常用的方法之一。
16S rRNA基因在细菌中高度保守，同时又在不同种属间存在足够的变异，使得其成为细菌分类鉴定的理想靶标。
《乳酸细菌分类鉴定及实验方法》
《乳酸细菌分类鉴定及实验方法》一、引言乳酸细菌（Lactobacillus）是一类常见的益生菌，它们能帮助消化系统聪明，同时也可以通过促进有益的肠道微生物的生长来改善肠道健康。
因此，乳酸细菌的分类和鉴定对于研究乳酸细菌的功能和应用具有重要意义。
本文将首先介绍乳酸细菌的分类和鉴定，然后介绍乳酸细菌的实验方法。
二、乳酸细菌的分类和鉴定1. 乳酸细菌的分类乳酸细菌是属于细菌科（Bacteroidetes）的一类细菌。
它们可以分为三大类：乳酸菌（Lactobacillus）、乳酸乳球菌（Streptococcus）和乳酸变形杆菌（Bifidobacterium）。
每一类乳酸菌都有不同的特征，如形态、生长习性和生理功能。
2. 乳酸细菌的鉴定乳酸细菌的鉴定可以分成宏观鉴定和微观鉴定两种。
宏观鉴定可以从外观上分辨不同种类的乳酸细菌，其中包括形态、大小、色泽和膜结构等。
微观鉴定则是从细节上来识别乳酸细菌的特征，包括菌体的形态、菌落的形状、菌落的大小和染色等。
三、乳酸细菌的实验方法1. 样品采集乳酸细菌的实验方法首先要从样品的采集开始。
乳酸细菌的样品可以从食品、生物体表面、自然环境或肠道等环境中获取。
采集的样品应当及时保存，以防乳酸细菌的生长和繁殖。
2. 培养基制备乳酸细菌的培养基是乳酸细菌实验的基础，它可以保证乳酸细菌的生长和繁殖。
常用的乳酸细菌培养基有MRS培养基、MRS-glucose培养基和MRS-sucrose培养基等。
这些培养基中的成分可以满足乳酸细菌的需求，从而促进乳酸细菌的繁殖和活力。
3. 培养和筛选采集到的样品和制备好的培养基可以混合在一起，然后置于培养室中，根据规定的条件进行培养。
一旦乳酸细菌在培养基中获得了生长和繁殖的机会，就可以开始筛选。
筛选的过程可以通过诸如生长观察、生理鉴定和生化鉴定等方法来进行。
4. 分子鉴定最后，分子鉴定是乳酸细菌分类鉴定的最关键步骤。
分子鉴定可以通过PCR技术、限制性片段长度多态性分析（RFLP）和16S rRNA基因测序等方法准确地识别乳酸细菌的种类。
用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法
基因组测序技术
Sanger测序
基于双脱氧核苷酸链终止法的第一代测序 技术，具有读长长、准确性高的特点。
第二代测序技术
如Illumina测序，采用边合成边测序的原 理，具有高通量、低成本的优势。
第三代测序技术
如PacBio测序和Oxford Nanopore测序 ，具有长读长和实时测序的特点。
利用质谱仪对细菌代谢物 进行分离和检测，获得代 谢物的质荷比和相对丰度 信息。
核磁共振技术
通过核磁共振仪对细菌代 谢物进行分析，获得代谢 物的结构和浓度信息。
色谱技术
利用色谱柱对细菌代谢物 进行分离，结合检测器对 代谢物进行检测和定量。
代谢组数据分析
数据预处理
对原始数据进行去噪、归一化、 标准化等处理，提高数据质量。
转录因子与靶基因分析
预测转录因子与靶基因的相互作用， 解析转录调控网络。
功能注释与富集分析
对差异表达基因进行功能注释，揭示其在 细菌生理过程中的作用，并通过富集分析 确定显著富集的生物学过程或通路。
转录组学在细菌鉴定和分类中的应用
物种鉴定
通过分析特定基因或基因集合的
表达模式，可以对细菌进行物种
水平的鉴定。
基因组比较分析
全基因组比对
通过比对不同细菌的全基 因组序列，揭示基因组间
的共线性和重排事件。
基因家族分析
鉴定不同细菌基因组间共 享的基因家族，以及特定
细菌特有的基因家族。
比较基因组学
基于大量细菌基因组数据 ，研究基因组的进化、功
能和多样性。
03
细菌转录组学
转录组测序技术
01
02
食品细菌的分类和鉴定
食品细菌的分类和鉴定
食品细菌可以根据不同的分类方法进行分类和鉴定。
以下是常见的分类方法和鉴定技术：
1. 形态分类：根据细菌的形态特征，如形状、大小和结构等，将细菌分为球形菌（球状、椭圆状）、杆菌（短杆菌、长杆菌）、螺旋菌等。
2. 生理生化分类：根据细菌的生理和生化特性，如营养需求、产生的代谢产物、对环境的适应能力等，将细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌，以及其他特定分类。
3. 基于DNA序列的分类：利用细菌基因序列的比较和分析，
如16S rRNA基因序列分析和全基因组测序等，将细菌进行系
统进化分析和分类。
食品细菌的鉴定常用的技术有：
1. 培养和形态学鉴定：通过将细菌分离培养在适宜的富养基上，观察其菌落形态、生长特征、染色性质和形状等，以确定细菌种类。
2. 生理生化鉴定：通过检测细菌的生化酶活性、代谢产物、利用碳源的能力等特性，运用生理生化试剂盒或标准试剂盐评价，进行细菌鉴定。
3. 免疫学鉴定：利用免疫学方法，如免疫沉淀、荧光抗体和酶
标记抗体等，检测细菌的表面抗原、抗体反应和细菌抗原抗体反应，确定细菌的种类。
4. 分子生物学鉴定：利用PCR技术、DNA测序或基因芯片等方法，对细菌的DNA序列进行检测和分析，以获得更准确的细菌鉴定结果。
综合使用这些方法可以对食品细菌进行分类和鉴定，确保食品的安全和卫生。
植物病原细菌的分类和鉴定
植物病原细菌的分类和鉴定植物病原细菌是引起植物疾病的主要致病因子之一，对植物健康生长和农作物产量造成了严重的危害。
为了有效地防治植物病害，了解和鉴定病原细菌的分类和鉴定方法至关重要。
本文将介绍植物病原细菌的分类和鉴定的基本知识。
一、植物病原细菌的分类植物病原细菌按照形态、生理特性和致病性等方面的差异，可以分为以下几类：1. 革兰氏阳性细菌：这类细菌的细胞壁含有厚重的胞壁，染色时会呈现出紫色或蓝色。
常见的革兰氏阳性细菌有红单胞菌、普通炭疽菌等。
2. 革兰氏阴性细菌：这类细菌的细胞壁较薄，染色时会呈现出红色或粉红色。
常见的革兰氏阴性细菌有普通立枯病菌、普通溶藻菌等。
3. 袋状杆菌属：这类细菌的细胞形态呈现出袋状或棒状，常见的有普通炭疽杆菌、普通溶藻杆菌等。
4. 黄单胞菌属：这类细菌的细胞形态为杆状，呈现出黄色。
常见的黄单胞菌有黄单胞菌、黄病单胞菌等。
二、植物病原细菌的鉴定鉴定植物病原细菌的方法主要包括形态观察、生理生化特性鉴定、分子生物学鉴定等。
1. 形态观察：通过显微镜观察细菌的形态特征，如细胞形态、大小、颜色等。
形态观察可以初步判断细菌的分类。
2. 生理生化特性鉴定：通过对细菌的生理生化特性进行测试，如对不同营养源的利用能力、产酶能力、氧气需求等进行检测。
这些特性的差异可以帮助鉴定细菌的种属。
3. 分子生物学鉴定：利用PCR、DNA测序等技术进行细菌的分子生物学鉴定。
通过比对细菌的基因序列与数据库中已知的基因序列，可以准确鉴定细菌的种属和亚种。
以上是鉴定植物病原细菌常用的方法，不同方法的组合使用可以提高鉴定的准确性和可靠性。
总结起来，植物病原细菌的分类和鉴定是植物病理学中的重要内容。
通过对病原细菌的分类和鉴定，可以更好地了解病原细菌的特性和致病机制，为植物病害的防治提供科学依据。
因此，加强对植物病原细菌的分类和鉴定研究，对于保护农作物健康生长和提高农业生产效益具有重要意义。
细菌分离鉴定范文
细菌在我们的生活中经常出现，对于医学、食品工业、环境卫生等领域都有着重要的意义和应用价值。
然而，在不同的场合下，我们往往需要对不同种类的细菌进行分类和鉴定，以此为基础做进一步的研究和应用。
本文将从细菌分类、分离、鉴定的基本原理和常用方法以及实际案例的分析等方面，详细探讨细菌分离鉴定的流程和方法，以期为读者提供一些实用的参考。
一、细菌分类基本原理细菌是生物学中的单细胞微生物，其大小一般在0.2-10微米之间，形态不一，可以是球形、杆状、螺旋型、分枝或者不规则形等。
在自然环境中，细菌繁殖能力很强，有些品种一天内可以繁殖出数百万个，因此，在病原生物领域中有着重要地位。
在细菌分类学中，一般认为细菌的分类与划分是基于其形态、生理和生化特征等方面的。
细菌的分类可根据细菌的形态、生理和生化特征等不同方面的特征进行划分。
其中，形态包括细胞形态和芽孢形态；生理可从营养类别、温度范围、适应性和繁殖特点等方面来划分；生化特征能够从碳水化合物的代谢方式、氧化过程、酸碱度、酶和药敏等方面进行分类。
因此，不同的分类方式均有其适用性和局限性，对于不同的研究有其相应的分析价值。
二、细菌分离的基本原理和方法细菌分离也是细菌学中的一个重要方法和理论，其主要是从环境中获取微生物的样品，然后通过多种方法，将其中的细菌进行分离。
细菌分离的基本原理是根据细菌生长过程中自身的基础特征，例如形态、营养需求、酸碱度、生化代谢、药敏感性等等，利用不同的培养基，将目标细菌分离出来。
1、培养基的配方培养基是细菌分离中至关重要的环节。
设计高效的培养基配方需要考虑多种因素，例如营养成分、pH值、渗透压、温度等等。
为了获得高纯度的细菌样本，选择合适的培养基是至关重要的。
根据细菌的生长方式，我们可以将培养基分为液体培养基和固体培养基两类。
液体培养基：液体培养基包括固定pH值的酸碱度培养基和需要调节pH值的生长培养基两部分。
根据营养成分的不同，液体培养基可以进一步分为复合培养基和基础培养基两类，前者包括牛肉膏蛋白、大肠杆菌营养琼脂、蛋白胨肉汤、生肉汤等等，后者则是利用单一成分创造的最基础培养基，例如淡卡门钠盐，乳糖肉汤等。
细菌的分类与鉴定
2014.3
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1
一、细菌的分类概述
（一）通用分类单元 （二）微生物的界级分类学说
二、细菌的分类和鉴定
（一）生物分类的两种基本原则 （二）细菌分类鉴定的指标 （三）细菌分类鉴定的实验室技术
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2
一、细菌的分类概述
（一）通用分类单元 （二）微生物的界级分类学说
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3
• 微生物分类学（microbial taxonomy）：是一 门按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清 楚的各种分类单元或分类群的科学。
细菌原界、真核生物原界。
分子生物学的发展，特别是rRNA 和rDNA的序列分析为整个生物 界系统发育的研究提供了大量的数据。分子系统发育学已经表明，传 统的魏泰克五界系统并不完全代表生物的五个进化谱系。伍斯（Woese） 和伍夫（Wolfe）提出原核生物在进化上有两个重要分支，应将原核生 物分为二界：古细菌界（甲烷菌、极嗜盐菌和嗜热嗜酸菌）和真细菌 界（包括古细菌以外的其他原核生物，蓝藻、真细菌等）。真核生物 分四界（原生生物界、真菌界、动物界和植物界）。因此，提出六界 分类系统。1990年，伍斯根据分子生物学的研究资料，对生物分类提 出新的建议，认为整个生物界可以区分为三个独立起源的大类群，即 形成三个原界：古细菌原界、真细菌原界和真核生物原界。
• 具体任务 – 分类（classification） – 鉴定（identification） – 命名（nomenclature）
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4
分类(classification)：根据一定的原则对微生物进行分群 归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分 类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进 行鉴定。
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23
*
第七章 微生物的分类命名及鉴定.
其特点是随机的和非系统的。
2、数值分类法
又称表现型分类法。其原理是将多种分类依据如形态、着色性、 有无鞭毛和芽孢、生化反应、营养需要及致病性等全部等同编号， 并将全部数据输入计算机，进行运算和比较，从数字角度来计算细 菌间的相似值，从而确定各种细菌间的亲缘关系。即将拟分类的细 菌按其性状相似程度归类定位。其特点是采用多项分类依据。
菌株
是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可以有许多菌株，其主 要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。
(三) 细菌的分类方法
1、传统分类法
该方法是采用传统的双歧法进行分类，即主要依据形态特征，
其次是生理生化特征，然后在细菌的各种性状中，选择一项或数 项被认为是最主要的基本性质，作为分类指征，在最高一级的分 类等阶上将细菌分成若干类别；然后在这些类别中选择数项次要 性状为指征，将细菌作次一等阶分类，依此类推，一直划分到种。
及蓝细菌、紫色光合细菌等。
(二) 细菌分类单元
细菌分类单位和动植物一样,也有纲、目、科、属、种，种是最基本的分 类单元，其次是属。
属
是具有共性的若干种的组合，应与其他属有明显的差异。不同属之间的 16SrRnA序列有较大的差异，但尚未提出差异的量化标准。
种
是微生物学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它 与其他菌株群体有明显差异。凡是16SrRNA序列同源性大于 97%的两株细菌 即可确定为同一种。
形 态 学 检 查
病 原 学 检 查
血 清 学 检 查
报告鉴定结果
（二）细菌的分离与鉴定
1、病料的采集
正确采集病料是细菌分离鉴定的重要环节。采集病料时力求在濒死时或 死后数小时内无菌或尽量减少杂菌污染进行采集。通常可根据所怀疑病的类型 和特性来决定采取哪些器官或组织的病料。一般要求采取病原微生物含量多、 病变明显的部位，同时易于采取，易于保存和运送。如果缺乏临诊资料，剖检 时又难于分析诊断可能属何种病时，应比较全面地取材，例如血液、肝、脾、 肺、肾、脑和淋巴结等，同时要注意带有病变的部分，如怀疑炭疽,则非必要 时不准作尸体剖检。
原核微生物的分类和鉴定
（三）分子分类法
分类的依据：遗传特征（背景知识点：教材P45）
1、G+C百分比的测定
G+C百分比值=
G+C ×100%
G+C+A+T
A-腺嘌呤 T-胸腺嘧啶 G-鸟嘌呤 C-胞嘧啶
原 理：
（1）同种细菌DNA中的碱基对的顺序、数量和比例稳定。 （2）不同细菌G+C百分比值的变化幅度较大（27-75%）
二、细菌分类鉴定的依据和方法
（一）经典方法（依据细菌形态、细胞结构、生理生化特性）
1、细胞的形状、大小、结构和染色反应 （3）细菌结构与染色反应
与细菌鉴定有关的细胞结构： 细胞壁 芽孢 荚膜 鞭毛 内含物
细胞结构的光学鉴定方法：染色 革兰氏染色法 芽孢染色法 荚膜染色法 鞭毛染色法
第七节 细菌的分类与鉴定
某些细菌能分解培养基中 的含硫氨基酸(如胱氨酸,半 胱氨酸),生成硫化氢.硫化氢 遇到培养基中的铅盐(醋酸 铅)或铁盐(硫酸亚铁),则形 成黑褐色硫化铅或硫化亚 铁沉淀物
正反应(黑色) 负反应(黄色)
氧化酶试验 (Oxidast test )
氧化酶（细胞色素氧化酶） 是细胞色素呼吸酶系统的最 终呼吸酶 底物：1%盐酸四甲基对苯 二胺或1%盐酸二甲基对苯 二胺
分解葡萄糖产生丙酮酸，二分 子丙酮酸缩合成乙酰甲基甲醇。 若在培养液中加入氢氧化钾， 生成红色化合物，称为V-P阳性。 反之则为V-P阴性。
左 未接种 中 正反应(红色) 右 负反应(黄色)
硝酸盐还原试验(Nitrate reduction test)
有些细菌具有还原硝酸盐的能力，可将 硝酸盐还原为亚硝酸盐、氨或氮气等。 亚硝酸盐的存在可用硝酸试剂检验。 试验方法：试剂a（磺胺酸冰醋酸溶液） 试剂b（α－萘胺乙醇溶液），10min内 呈现红色即为试验阳性，若无红色出现 则为阴性。
用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法
16s rRNA 的同源性分析最适用于属及属以上的远缘关系。目前, 已对 2000 种( 约相当于50%) 以上的真细菌的16s rRNA 进行了测序, 不同菌属 的16s rRNA 序列同源性为70% ～ 95% , 16s rRNA 序列和DNA-DNA 同源性相关关系的研究表明: 序列的相性不 在99. 8%以上就不能达到70%以上DNA-DNA 的同源性。16s rRNA 总共约有 1500bp, 0. 2%的不同相当于3 个碱基。由于数据库中的数据不一定完全而且 个人读取数据也可能出现错读, 因此由16s rRNA 序列鉴定种是很难的。 第一，由于16 S rDNA具有高度保守性，且分子小、包含的信息量较少，对 于亲缘关系较近的细菌，其分辨率不高。 第二，16 S rDNA序列分析只能在属的水平上区分细菌，而在水平分类这个 环节上仍然需要借助其他手段加以辅助分析。
用于细菌鉴定和分类的分子生 物学方法
报 告 人：王浩丞 2012年4月26日
主要内容
• DNA-DNA杂交 • 16SrDNA在细菌分类鉴定的应用 • 几种“看家基因”（Housekeeping genes）在细菌分类鉴定的应用
DNA-DNA杂交
现代细菌分类学中，DNA-DNA分子杂交一直认为是作为细菌分类和 鉴定的“黄金法则”。 基本原理：使用DNA解链的可逆性和碱基配对的专一性，将不同来源 的DNA在体外变性（高温或pH)，并在合适的条件下(盐类浓度和温度）， 使互补的碱基重新配对，测量杂交百分数(常以同源%表示；也有称碱基相 似性%）百分数越高，杂交的两种DNA之间碱基线性序列的相似性就越高， 说明它们之间的亲缘关系也就越近。
16SrRNA基因结构图ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
其序列包含10 个可变区（variable region）和11 个恒定区（constant region），其中V1、V2、V3和V4共4个高变区，尤其是V2这一高变区， 由于其进化速度相对较快，其中所包含的信息，足够用于物种属及属以 上分类单位的比较分析。因此，Johes S W和Neller H F等报道测定16 S rDNA基因的部分序列即可达到鉴定的目的
细菌分类与鉴定
一、形态学特征
培养特征、
运动性、
特殊的细胞结构、
细胞形态及其染色特性、
等等
微生物分类和鉴定的重要依据：
a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性；
二、生理生化特征
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关；
血清学试验
生态特性
蛋白质分析
噬菌体分型
氨基酸顺序
细胞壁等细胞成分 通过原核生物的转化、转导、接合来判断原核生物的亲缘关系等等。1 Nhomakorabea2
3
4
5
6
5、其它
二、细菌的命名
属名重复出现，可缩写 如：E.coli （大肠杆菌）； S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌）
只确定属名，未确定种名的某一株细菌 Salmonella sp.
只确定属名，未确定种名的若干菌株Salmonella spp.
亚种用subsp.（正体）表示 Pasteurella multocida subsp. septica
几种不同的书写情况：
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）；
亚属和属指定模式种（type species）；
属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的菌株，如果其G+C含量的差别大于5%，则肯定不是同一个种，大于15%则肯定不是同一个属。
不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系就越近，反之亦然。
微生物的鉴定与分类方法
微生物的鉴定与分类方法微生物是指在肉眼下无法看到的微小生物，包括细菌、真菌、病毒等多种类型。
微生物在人类社会中具有非常重要的作用，既有益处也有危害。
因此，对微生物进行鉴定和分类是十分必要的，本文将介绍一些微生物的鉴定与分类方法。
一、细菌的鉴定与分类方法1. 形态学方法细菌的形态学特征包括菌体的大小、形状、颜色、质地等。
通过显微镜观察细菌的形态特征，可以初步判断细菌的类别。
2. 染色法常用的染色法有革兰氏染色法、酸杆菌染色法等。
这些染色方法可以通过染色后的颜色反映出不同细菌的内部构造和化学成分。
3. 生化试验法利用不同细菌对同一物质的不同反应进行分类。
比如利用MM测试葡萄糖在酵母菌中的代谢反应情况，初步判断出酵母菌的种类。
二、真菌的鉴定与分类方法1. 形态学方法真菌的形态学特征与细菌相似，包括菌体的大小、形状、颜色、质地等。
通过显微镜观察真菌子实体的形态，可以初步判断真菌的类别。
2. 细胞壁化学成分分析法真菌的细胞壁主要由多糖、蛋白质和小分子化合物组成，通过分析细胞壁中的化合物种类和含量，可以对真菌进行分类。
3. 分子生物学方法利用PCR扩增真菌的特定基因或DNA序列，然后对扩增产物进行分析，可以快速准确地对真菌进行鉴定和分类。
三、病毒的鉴定与分类方法1. 组织培养法通过利用感染病毒的细胞进行培养，观察细胞的病变情况并检测病毒复制情况，确定病毒类型。
2. 免疫学方法利用病毒所携带的特异抗原，通过免疫学试验检测血清中的抗体和抗原，对病毒进行鉴定和分类。
3. 分子生物学方法利用PCR扩增病毒的特定基因或DNA序列，然后对扩增产物进行分析，可以快速准确地对病毒进行鉴定和分类。
总之，微生物的鉴定与分类方法有多种，需要根据不同微生物类型采用不同方法。
除了以上三类微生物外，还有其他微生物如真菌的一种子类物质被称作酵母菌,氧化器类蛋白與乙白酒酵母等微生物也需要进行分类和鉴定，才能最大程度地了解其性质和应用前景。
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种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。 美国典型培养物保藏中心（ATCC） 德国微生物及细胞保藏中心（DSM）
细菌分类命名权威杂志:国际系统与进化微生物学杂志（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,IJSEM）
第一版 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。 第二版 由George Garrity主编分为5卷，将从2000年起陆续出版。这一版纳入了研究核糖体RNA测序所产生 的许发育)分类系统。
四、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法，可把它们分成四个不同的水平： • ①细胞形态和行为水平； • ②细胞组分水平； • ③蛋白质水平； • ④基因组水平。 • 在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典的分类
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物 等。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；对不同 来源的同一种细菌称为该菌的不同菌株。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应该完全相同，次要性状可 稍有差异，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。
• 只确定属名，未确定种名的若干菌株Salmonella spp. • 亚种用subsp.（正体）表示
Pasteurella multocida subsp. septica
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
培养特征、
细胞形态及其染色特性、
特殊的细胞结构、
运动性、
微生物分类和鉴定的重要依据：
a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
等等
b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性；
二、生理生化特征
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型；
与氧的关系；
对温度的适应性；
对渗透压的适应性；
对pH的适应性；
代谢产物等
微型、简便、快速或自动化鉴定技术
1、 API 细菌数值鉴定系统 2、 Enterotube 系统 3、 Biolog 全自动或手动细菌鉴定系统
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种 时，可以细分为不同的型。（如不同血清型、噬菌型等）
菌株与型的区别： 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据，不同型的细菌之间存在鉴别性特 征的差异，命名或鉴定不同的型必需有分类学依据。
任何分离鉴定的新细菌的有关论文应在该杂志发表
二、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)
伯杰氏手册: 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书，其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属 种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。
鉴定法
五、微生物分类鉴定的方法 生物分类的传统指标 分子生物学指标 微型、简便、快速或自动化鉴定技术 细菌的数值分类
生物分类的传统指标 形态学特征 生理学特征 生态学特征
从不同层次，用不同学科的技术方法来研究和比较不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物， 从中发现的反映微生物类群特征的资料。
一、形态学特征
伯杰氏细菌鉴定手册
1923年以来已出至第九版(1994)； 第九版伯杰氏细菌鉴定手册设立35个群，将古细菌部改编为5个群，全书描写了约500个属。 划分为四大类：
第一类 具细胞壁的革兰氏阴性真细菌 第二类 具细胞壁的革兰氏阳性真细菌 第三类 无细胞壁的真细菌 第四类 古细菌
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。
二、细菌的命名
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法” 就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小 写（即使种名以人名或地名命名）。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。
细菌分类与鉴定
1
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
如：Escherichia coli 属名+种名 Salmonella pullorum (S. pullorum)
几种不同的书写情况：
• 属名重复出现，可缩写 如：E.coli （大肠杆菌）； S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌）
• 只确定属名，未确定种名的某一株细菌 Salmonella sp.