细菌分类与鉴定
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如：Escherichia coli 属名+种名 Salmonella pullorum (S. pullorum)
几种不同的书写情况：
• 属名重复出现，可缩写 如：E.coli （大肠杆菌）； S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌）
• 只确定属名，未确定种名的某一株细菌 Salmonella sp.
任何分离鉴定的新细菌的有关论文应在该杂志发表
二、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)
伯杰氏手册: 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书，其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属 种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。
鉴定法
五、微生物分类鉴定的方法 生物分类的传统指标 分子生物学指标 微型、简便、快速或自动化鉴定技术 细菌的数值分类
生物分类的传统指标 形态学特征 生理学特征 生态学特征
从不同层次，用不同学科的技术方法来研究和比较不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物， 从中发现的反映微生物类群特征的资料。
一、形态学特征
生物系统学(systematics)
一、分类单元及其等级 界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia) 属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
Leabharlann Baidu
伯杰氏细菌鉴定手册
1923年以来已出至第九版(1994)； 第九版伯杰氏细菌鉴定手册设立35个群，将古细菌部改编为5个群，全书描写了约500个属。 划分为四大类：
第一类 具细胞壁的革兰氏阴性真细菌 第二类 具细胞壁的革兰氏阳性真细菌 第三类 无细胞壁的真细菌 第四类 古细菌
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种 时，可以细分为不同的型。（如不同血清型、噬菌型等）
菌株与型的区别： 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据，不同型的细菌之间存在鉴别性特 征的差异，命名或鉴定不同的型必需有分类学依据。
细菌分类与鉴定
1
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
第一版 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。 第二版 由George Garrity主编分为5卷，将从2000年起陆续出版。这一版纳入了研究核糖体RNA测序所产生 的许发育)分类系统。
四、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法，可把它们分成四个不同的水平： • ①细胞形态和行为水平； • ②细胞组分水平； • ③蛋白质水平； • ④基因组水平。 • 在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典的分类
• 只确定属名，未确定种名的若干菌株Salmonella spp. • 亚种用subsp.（正体）表示
Pasteurella multocida subsp. septica
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物 等。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；对不同 来源的同一种细菌称为该菌的不同菌株。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应该完全相同，次要性状可 稍有差异，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。 美国典型培养物保藏中心（ATCC） 德国微生物及细胞保藏中心（DSM）
细菌分类命名权威杂志:国际系统与进化微生物学杂志（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,IJSEM）
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。
二、细菌的命名
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法” 就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小 写（即使种名以人名或地名命名）。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。
培养特征、
细胞形态及其染色特性、
特殊的细胞结构、
运动性、
微生物分类和鉴定的重要依据：
a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
等等
b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性；
二、生理生化特征
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型；
与氧的关系；
对温度的适应性；
对渗透压的适应性；
对pH的适应性；
代谢产物等
微型、简便、快速或自动化鉴定技术
1、 API 细菌数值鉴定系统 2、 Enterotube 系统 3、 Biolog 全自动或手动细菌鉴定系统
几种不同的书写情况：
• 属名重复出现，可缩写 如：E.coli （大肠杆菌）； S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌）
• 只确定属名，未确定种名的某一株细菌 Salmonella sp.
任何分离鉴定的新细菌的有关论文应在该杂志发表
二、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)
伯杰氏手册: 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书，其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属 种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。
鉴定法
五、微生物分类鉴定的方法 生物分类的传统指标 分子生物学指标 微型、简便、快速或自动化鉴定技术 细菌的数值分类
生物分类的传统指标 形态学特征 生理学特征 生态学特征
从不同层次，用不同学科的技术方法来研究和比较不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物， 从中发现的反映微生物类群特征的资料。
一、形态学特征
生物系统学(systematics)
一、分类单元及其等级 界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia) 属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
Leabharlann Baidu
伯杰氏细菌鉴定手册
1923年以来已出至第九版(1994)； 第九版伯杰氏细菌鉴定手册设立35个群，将古细菌部改编为5个群，全书描写了约500个属。 划分为四大类：
第一类 具细胞壁的革兰氏阴性真细菌 第二类 具细胞壁的革兰氏阳性真细菌 第三类 无细胞壁的真细菌 第四类 古细菌
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种 时，可以细分为不同的型。（如不同血清型、噬菌型等）
菌株与型的区别： 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据，不同型的细菌之间存在鉴别性特 征的差异，命名或鉴定不同的型必需有分类学依据。
细菌分类与鉴定
1
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
第一版 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。 第二版 由George Garrity主编分为5卷，将从2000年起陆续出版。这一版纳入了研究核糖体RNA测序所产生 的许发育)分类系统。
四、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法，可把它们分成四个不同的水平： • ①细胞形态和行为水平； • ②细胞组分水平； • ③蛋白质水平； • ④基因组水平。 • 在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典的分类
• 只确定属名，未确定种名的若干菌株Salmonella spp. • 亚种用subsp.（正体）表示
Pasteurella multocida subsp. septica
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物 等。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；对不同 来源的同一种细菌称为该菌的不同菌株。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应该完全相同，次要性状可 稍有差异，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。 美国典型培养物保藏中心（ATCC） 德国微生物及细胞保藏中心（DSM）
细菌分类命名权威杂志:国际系统与进化微生物学杂志（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,IJSEM）
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。
二、细菌的命名
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法” 就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小 写（即使种名以人名或地名命名）。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。
培养特征、
细胞形态及其染色特性、
特殊的细胞结构、
运动性、
微生物分类和鉴定的重要依据：
a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
等等
b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性；
二、生理生化特征
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型；
与氧的关系；
对温度的适应性；
对渗透压的适应性；
对pH的适应性；
代谢产物等
微型、简便、快速或自动化鉴定技术
1、 API 细菌数值鉴定系统 2、 Enterotube 系统 3、 Biolog 全自动或手动细菌鉴定系统