第9章 酶的作用机制和酶的调节
生物化学(第三版)第九章 酶促反应动力学课后习题详细解答_ 复习重点

第九章酶促反应动力学提要酶促反应动力学是研究酶促反应的速率以及影响此速率各种因素的科学。
它是以化学动力学为基础讨论底物浓度、抑制剂、pH、温度及激活剂等因素对酶反应速率的影响。
化学动力学中在研究化学反应速率与反应无浓度的关系时,常分为一级反应、二级反应及零级反应。
研究证明,酶催化过正的第一步是生成酶-底物中间产物,Michaelis-Menten该呢举中间产物学说的理论推导出酶反应动力学方程式,即Km、Vmax、kcat、kcat/Km。
Km是酶的一个特征常数,以浓度为单位,Km有多种用途,通过直线作图法可以得到Km及Vmax。
Kcat称为催化常数,又叫做转换数(TN值),它的单位为s-1,kcat值越大,表示酶的催化速率越高。
kcat/Km常用来比较酶催化效率的参数。
酶促反应除了单底物反应外,最常见的为双底物反应,按其动力学机制分为序列反应和乒乓反应,用动力学直线作图法可以区分。
酶促反应速率常受抑制剂影响,根据抑制剂与酶的作用方式及抑制作用是否可逆,将抑制作用分为可逆抑制作用及不可逆抑制作用。
根据可逆抑制剂与底物的关系分为竞争性抑制、非竞争性抑制及反竞争性抑制3类,可以分别推导出抑制作用的动力学方程。
竞争性抑制可以通过增加底物浓度而解除,其动力学常数Kˊm变大,Vmax不变;非竞争性抑制Km不变,Vˊmax变小;反竞争性抑制Kˊm及Vˊmax均变小。
通过动力学作图可以区分这3种类型的可逆抑制作用。
可逆抑制剂中最重要的是竞争性抑制,过度态底物类似物为强有力的竞争性抑制剂。
不可逆抑制剂中,最有意义的为专一性Ks型及kcat型不可逆抑制剂。
研究酶的抑制作用是研究酶的结构与功能、酶的催化机制、阐明代谢途径以及设计新药物的重要手段。
温度、pH及激活剂都会对酶促反应速率产生重要影响,酶反应有最适温度及最适pH,要选择合适的激活剂。
在研究酶促反应速率及测定酶的活力时,都应选择酶的最适反应条件。
习题1.当一酶促反应进行的速率为Vmax的80%时,在Km和[S]之间有何关系?[Km=0.25[S]]解:根据米氏方程:V=Vmax[S]/(Km+[S])得:0.8Vmax=Vmax[S]/(Km+[S])Km=0.25[S]2.过氧化氢酶的Km值为2.5×10-2 mol/L,当底物过氧化氢浓度为100mol/L时,求在此浓度下,过氧化氢酶被底物所饱和的百分数。
第9章 酶的催化特性及反应动力学
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(五)活性部位微环境的影响
⑴ 疏水环境 介电常数低,加强极性基团间的作用。 ⑵电荷环境 在酶活性中心附近,往往有一电荷离子,可稳 定过渡态的离子
(六)金属离子催化
1、需要金属离子的酶
(1) 金属酶 (metalloenzyme)
• 含紧密结合的金属离子
Fe2+、Cu2+、Zn2+、Mn2+、Co3+
酶 的 活 性
2
A
B
8 pH
10
pH对某些酶活性的影响 A: 胃蛋白酶; B: 葡萄糖-6-磷酸激酶
一些酶的最适 pH 值
酶 胃蛋白酶 最适 pH 1.8
过氧化氢酶
胰蛋白酶
7.6
7.7
延胡索酸酶
核糖核酸酶 精氨酸酶 碱性磷酸酶
7.8
7.8
9.8 10. 5
5.激活剂(activator)
激活剂(A):凡是能提高酶活性的物质。 无机离子或小分子有机物: 如:Na+、K+、Ca2+、Mg2+、Cu2+、 Zn2+、Co2+、Cr2+、Fe2+、Cl-、Br-、I-、CN-、 NO3-、PO4-等;
底物(Substrate): 酶作用的物质。
(一)酶的专一性
—指酶对底物的选择性,也称特异性。 绝对专一性 结构专一性 相对专一性 基团专一性 键专一性
立体异构 专一性
旋光异构专一性
几何异构专一性
与酶专一性有关的学说
(1)锁钥学说——刚性构象
(2)诱导契合学说
(3)过渡态互补学说
——静电效应、极性相同
Km:酶促反应速度为最大速度一半时的底物 浓度。
《生物化学》酶的作用机制和酶的调节
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side view
胃蛋白酶原
在pH5.0以下断裂 切去44个氨基酸片断
胃蛋白酶
溶菌酶
必需基团
酶的活性中心往往只是包括酶蛋白的几个氨基酸残 基,而对于活性中心以外的氨基酸残基,并非是可有可无 的,有些氨基酸残基也是酶表现催化活性所必需的,称为 必需基团。因此酶的活性中心属于必需基团的一部分,必 需基团还包括其它一些对酶活性必需的氨基酸残基。
(五)金属离子催化
1、需要金属的酶分类 (1)金属酶 含紧密结合的金属离子,多属于过渡金 属离子如,Fe2+、Fe3+、Cu2+、Zn2+、 Mn2+或Co3+。 (2)金属-激活酶 含松散结合的金属离子,通常为碱和碱 土金属离子,如Na+、K+、Mg2+或Ca2+。
(五)金属离子催化
2、金属离子以三种主要途径参加催化过程: (1)通过结合底物为反应定向 (2)通过可逆的改变金属离子的氧化态调 节氧化还原反应 (3)通过静电稳定或屏蔽负电荷
(一)酶活性部位的特点
1、活性部位在酶分子的总体中只占相当小的部分。 2、酶的活性部位是一个三维实体。 3、酶的活性部位并不是和底物的形状正好互补的,而 是在酶和底物结合的过程中,底物分子或酶分子, 有 时是二者构象同时发生变化后才互补的。 (诱导 契合学说)。 4、酶的活性部位位于酶分子表面的一个裂缝内,底物 分子结合到裂缝内并发生催化作用。 5、底物通过次级键较弱的的力结合到酶上。 6、酶活性部位具有柔性或可运动性。
广义酸基团 (质子供体) 广义碱基团(质子受体)
(四)共价催化(covalent catalysis)
共价催化又称亲核催化或亲电子催化,在催化时, 亲核催化剂或亲电子催化剂能分别放出电子或汲 取电子并作用于底物的缺电子中心或负电中心,迅 速形成不稳定的共价中间复合物,降低反应活化能, 使反应加速。
酶九章-核酶 PPT课件
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基因治疗的主要策略可以分为: (1) 向体内导入外源基因取代体内 的有缺陷的基因发挥作用; (2) 对致病基因进行抑制。
其中:第二种方法是用反义核 酸或核酶通过干涉致病基因的转 录或翻译而清除其表达产物。
对医疗应用来说最主要的还 是那些具有切割特定RNA顺序,从 而可以在体内抑制某些有害基因 的核酶
在体外,组Ⅱ内含子的剪接 是经过两个转酯化反应来实现的, 无蛋白质参与。
组Ⅰ和组Ⅱ内含子的主要差 别是第一步反应的化学机制。
在组Ⅰ内含子中,外部的鸟 苷的3’-羟基作为进攻基团,而在 组Ⅱ内含子中是内部腺苷的2’-羟 基起作用(图 7-4b)。
这个反应的结果形成一个带突环 的内含子-3’外显子分子,其中第 一个核苷酸经由2’,5’-磷酸二酯 键与内含子的A相连。在第二步反 应中,5’外显子的3’-羟基进攻内 含子-3’外显子连接点,结果是两 个外显子相连,并释放出带有突 环的内含子。
第九章
核 酶 工 程
1981年Cech等发现四膜虫的核 糖体前体RNA可以在没有蛋白 质存在的情况下自身催化切除 内含子,完成加工过程。
该具有催化活性的RNA的 发现改变了传统上“酶是蛋白 质” 的观念,从此对具有催化 活性的RNA,即核酶(ribozyme) 的结构、催化机制以及应用的 研究日益深入。
剪接型 核酸酶
1、剪切型核酶 ——催化自身或者异体RNA的切 割,相当于核酸内切酶。
——主要包括锤头型核酶,发夹 型核酶,丁型肝炎病毒(HDV)核酶, 以及有蛋白质参与协助完成催化 的RNaseP
核酸酶的结构
锤头状模型
核酸酶 的结构
发夹模型
自身剪切的核酸 酶的二级结构
2、剪接型核酶 ——实现mRNA前体自我拼接, 具有核酸内切酶和连接酶两种活 性。 ——主要包括组I内含子和组II内 含子
第9章__酶动力学
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max
V max [ S ] V max V Km [ S ] 2
K 3 [ E ][S ] V max [ S ] K 3 [ E ][S ] 复 习 V K 3 [ ES ] V K 3 [ ES ] Km [ S ] Km [ S ] Km [ S ]
失活 (inactivation):凡是酶活力的降低或丧失都称为 酶的失活。 抑制 (inhibition):使酶活力下降或丧失但并不引起酶 蛋白变性,它主要改变酶活性中心的化学性质。 抑制剂( inhibitor ):引起酶的抑制作用的物质称为 酶的抑制剂。
研究抑制剂对酶的作用有重大的意义: (1)药物作用机理和抑制剂型药物的设计与开发;抗癌药 (2)了解生物体的代谢途径,进行人为调控或代谢控制发酵; (3)通过抑制剂试验研究酶活性中心的构象及其化学功能基 团,不仅可以设计药物,而且也是酶工程和化学修饰酶、酶 工业的基础。
最适温度: 温度对酶促反应速度的影响有两个方面: 1. 温度升高,加快反应速度。 2. 温度升高,酶变性失活。 最适温度不是酶的特征常数,它与底物种类、作用时间、pH、离子强 度 等因素有关。 温血动物酶的最适温度35℃—40℃;植物酶最适温度40℃—50℃;微生 物差别大,如细菌Taq DNA聚合酶70℃。 温度系数 Q10:温度升高 10℃,反应速度与原来的反应速度之比,大多 数酶的Q10一般为1~2。
(二) 小分子有机物的激活作用
1.某些激活剂(如Cys、GSH)能还原巯基酶中的某些二硫键使 成-SH,-SH是巯基酶起催化作用所需的基团,提高了酶活性。 2.金属螯合剂,如EDTA(乙二胺四乙酸),可络合一些重金属离 子,解除它们对酶的抑制,从而使酶活升高。
生物化学(第三版)第十章 酶的作用机制和酶的调节课后习题详细解答_ 复习重点
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第十章酶的作用机制和酶的调节提要酶的活性部位对于不需要辅酶的酶来说,就是指酶分子中在三维结构上比较靠近的几个氨基酸残基负责与底物的结合与催化作用的部位,对于需要辅酶的酶来说,辅酶分子或辅酶分子上的某一部分结构,往往也是酶活性部位的组成部分。
酶活性部位有6个共同特点。
研究酶活性部位的方法有:酶分子侧链基团的化学修饰法,动力学参数测定法,X射线晶体结构分析法和定点诱变法,这些方法可互相配合以判断某个酶的活性部位。
酶是催化效率很高的生物催化剂,这是由酶分子的特殊结构所决定的。
经研究与酶催化效率的有关因素有7个,即底物和酶的邻近效应与定向效应,底物的形变与诱导契合,酸碱催化,共价催化,金属离子催化,多元催化和协同效应,活性部位微环境的影响。
但这些因素不是同时在一个酶中其作用,也不是一种因素在所有的酶中起作用,对于某一种酶来说,可能分别主要受一种或几种因素的影响。
研究酶催化的反应机制,始终是酶学研究的一个重点,通过大量的研究工作,已经对一些酶的作用机制有深入了解,该章对溶解酶、胰核糖核酸酶A、羧肽酶A、丝氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶等的催化作用机制进行了详尽的讨论。
酶活性是受各种因素调节控制的,除了在第8章中已介绍的几种因素外,主要还有①别构调节,例如ATCase。
②酶原的激活,如消化系统蛋白酶原的激活及凝血系统酶原的激活。
③可逆共价修饰调控,如蛋白质的磷酸化,一系列蛋白激酶的作用。
通过以上作用,使酶能在准确的时间和正确的地点表现出它们的活性。
别构酶一般都是寡聚酶,有催化部位和调节部位,别构酶往往催化多酶体系的第一步反应,受反应序列的终产物抑制,终产物与别构酶的调节部位相结合,由此调节多酶体系的反应速率。
别构酶有协同效应,[S]对υ的动力学曲线呈S形曲线(正协同)或表现双曲线(负协同),两者均不符合米氏方程。
ATCase作为别构酶的典型代表,已经测定了其三维结构,详细研究了别构机制和催化作用机制。
为了解释别构酶协同效应的机制,有两种分子模型受到人们重视,即协同模型和序变模型。
第九章固定化酶
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(游离α--氨基,lys—ζ—NH2, Arg胍基,-COOH, Asp—γ--羧基Glu--羧基, 酚羧基,巯基,咪唑基) 但是,载体、酶分子上的基团是不能直
接反应,功能基团要活化,
第九章 固定化酶
1)重氮化
芳香氨基载体
方法特点:
载体先用亚硝酸处理成重氮盐衍生物, 在温和条件和酶分子上相应基团直接偶联。
现有多孔物质包络法,超过滤法 等。实际上用包埋法最多
第九章 固定化酶
各种固定化方法的优、缺点比较
吸附法
固定化方法 物理吸附法 离子吸附法 包埋法 共价键结合法 交联法
制备难易
易
易
较难
难
较难
结合程度
弱
中等
强
强
强
活力回收 高,酶易流失 高
高
低
中等
再生
可能
可能 不能 不能
不能
费用
低
低
低
高
中等
底物专一性 不变
第九章 固定化酶
2)微囊型包埋 常用微囊型包埋剂有尼龙膜、火棉胶、
醋酸纤维素等。
用半透膜将酶包埋在里面, 半透膜容许底物和产物自由出入膜囊,
囊的表面积相对体积的比值大, 底物和产物的交换进行迅速。
第九章 固定化酶
例子:尼龙膜界面聚合包埋
(酶+己二胺水溶液)+庚二酰氯有机溶剂(氯仿)
混合
乳化,二种单体(己二胺和庚二酰氯) 在水相、有机相交界处聚合
芳香族重氮化具疏水性,倾向于进入分子 中Tyr等集中的疏水区偶联而导致失效。
a.当载体为电中性或疏水性时,这种倾向 性越大。
b.当载体用亲水极性物质时,这种疏水区 的特性就大大减小了。
第九章 酶动力学
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抑制剂I
激活剂A
一、酶反应速度
测量:单位时间内底物的减少或产物的增加。 (v=dp/dt) 反应进程曲线 初速度
只有初速度的 测定才有意义
初速度 产
酶促反应速度逐渐降低 物
0
时
间
酶反应进程曲线
酶反应的速度不停在变
)
二、底物浓度对酶反应速度的影响
零级反应 v = k [E] 混合级反应
4.Km与Ks:Km不等于Ks,只有在特殊情况下,Km 才可表示酶 和底物的亲和力。
S + E
k1 k2
ES
k3
E+P
∵ Km= (k2 +k3)/k1 当k2>>k3时 Km ≈ k2 / k1 ∴ Km可以看作ES的解离常数ks : [S][E] Km= ks = ———— [ES]
5. 当反应速度达到最大反应速度的90%,则
抑制作用:使酶的必需基团的化学性质改变而降
低酶活性甚至使酶完全丧失活性的作用,引起作用 物质称为抑制剂(I)(选择性)。 研究抑制作用的意义?
类型:
不可逆抑制作用
可逆抑制作用
竞争性抑制
非竞争性抑制 反竞争性抑制
1.不可逆抑制(irreversible inhibition)
抑制剂与酶的必需基团以牢固的共价键结合, 使酶丧失活性, 不能用透析超滤等物理方法除去 抑制剂使酶恢复活性. 例1: 巯基酶的抑制
例: 反应时间短,最适温度高。 反应时间长,最适温度低。
温度系数: 当温度增高10摄氏度,反应速度与原来 反应速度的比。对于大多数酶,温度系数为2.
五、 pH对酶反应速度的影响
A: 胃蛋白酶; B: 葡萄糖-6-磷酸酶 酶 的 活 性
王镜岩版生物化学总复习习题
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生物化学各章复习题第 3 章氨基酸回答问题 :1. 什么是蛋白质的酸水解、碱水解和酶水解,各有何特点?2. 写出 20 种基本氨基酸的结构、三字母缩写和单字母缩写。
3. 甘氨酸、组氨酸和脯氨酸各有何特点?4. 什么是氨基酸的等电点?写出下了列氨基酸的结构、解离过程,并计算等电点:缬氨酸、谷氨酸和精氨酸。
5. 在多肽的人工合成中,氨基酸的氨基需要保护,有哪些反应可以保护氨基?6. Sanger 试剂、 Edman 试剂分别是什么?与氨基酸如何反应,此反应有何意义?7. 试写出半胱氨酸与乙撑亚胺的反应,此反应有何意义?8. 写出氧化剂和还原剂打开胱氨酸二硫键的反应。
9. 蛋白质有紫外吸收的原因是什么,最大吸收峰是多少?10. 什么是分配定律、分配系数?分配层析的原理是什么?11. 什么是 HPLC?12. 课本 P156,15 题。
第 4 、 5 章蛋白质的共价结构,三维结构一.名词解释:单纯蛋白(举例),缀合蛋白(举例),辅基,配体,蛋白质的一、二、三、四级结构,超二级结构,结构域,肽平面(酰胺平面),谷胱甘肽(结构式),对角线电泳,完全水解,部分水解,同源蛋白质,不变残基,可变残基,α - 螺旋β - 折叠,膜内在蛋白,脂锚定膜蛋白,蛋白质的变性与复性,单体,同聚体,杂多聚蛋白二.回答问题:1. 试举例说明蛋白质功能的多样性?2. 那些实验能说明肽键是蛋白质的连接方式?3. 试述肽键的性质。
4. 试述蛋白质一级结构测定的策略。
5. 如何测定 N- 端氨基酸?6. 图示胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、嗜热菌蛋白酶及胃蛋白酶的作用专一性。
7. 书 p194 —第 2 题8. 研究蛋白质构象的方法都有哪些?9. 稳定蛋白质的三微结构的作用力有哪些?10. 影响α - 螺旋形成的因素有哪些?11. 胶原蛋白的氨基酸组成有何特点?12. 蛋白质变性后有哪些现象?13. 举例说明蛋白质一级结构决定三级结构。
第 6 章蛋白质结构与功能的关系一.名词解释:珠蛋白,亚铁血红素,高铁血红素,亚铁肌红蛋白,高铁血红蛋白二.回答问题:1. 肌红蛋白和血红蛋白的氧合曲线有何不同,试从蛋白质结构与功能的关系上加以解释。
第10章酶的作用机制和酶的调节
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第10章酶的作用机制和酶的调节第10章酶的作用机制和酶的调节教学目的:掌握酶的活性部位结构与功能、酶活性的别构调节、酶原激活,了解酶高效性原因教学重点:酶活性部位的结构与功能及酶的活性的别构调节教学难点:酶活性的别构调节教学方法:多媒体教学内容:一、酶的活性部位及确定方法(一)酶活性部位概念及特点1、酶的活性中心(活性部位):指酶分子中的表面有一个必需基团比较集中、并构成一定空间结构的微小区域。
酶活性中心的基团,按其功能可分为结合基团和催化基团。
活性中心的基团都是维持酶活性的必需基团,2、酶活性部位的共同点:(1)酶活性部位仅占酶体积的很小一部分,通常只占整个酶分子体积的1~2%,酶分子是大分子物质,由很多氨基酸构成,而活性部位仅由几个氨基酸残基组成催化部位一般由2~3个氨基酸残基组成。
结合部位氨基酸残基数目,不同的酶有所不同。
可能是一个,也可能是多个。
(2)酶的活性部位具有三维结构,构成酶活性中心的基团,可位于同一条肽链上,也可位于不同的肽链上,在一级结构上可能相距甚远,但在空间结构上位置必须相互靠近;酶的空间结构受物理或化学因素影响时,酶的活性部位可能会遭破坏,酶会失活。
(3)活性中心的结合基团与底物专一性结合,这需要活性部位的基团精确排列。
活性部位具有一定的柔韧性,活性部位的结构并不是与底物的结构正好互补。
在酶与底物结合过程中,酶活性中心的构象在底物的诱导下可发生形变,然后嵌合互补形成中间产物,而底物在酶活性中心的诱导下也可发生形变,变的易与酶结合,有时是两者的构象同时发生变化后才互补契合(诱导契合学说)。
(4)酶活性部位位于酶分子表面的一个裂缝内,底物分子或底物分子的一部分结合到裂缝中,裂缝内的非极性基团较多,形成一个疏水环境,提高与底物的结合能力,也有极性的氨基酸残基,以便与底物结合并催化底物发生反应。
(5)底物通过较弱的次级键与酶结合。
组成酶活性中心的氨基酸残基,常见的有:组氨酸、赖氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、丝氨酸、半胱氨酸和酪氨酸3、研究酶活性部位的方法(1)共价修饰(2)亲和标记法(3)切除法(4)X射线晶体结构分析法二、酶促反应机制(一)基元催化的分子机制:酶的催化作用包括若干基元催化。
第九章:酶的作用机制和酶的调节1
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3.用于判断和确定酶活性中心的方法 1)酶的专一性研究 通过研究酶的专一性底物的结构特点,来判断和确定 活性中心的结构特点→确定活性中心的结构 研究酶的竞争性抑制剂的必需结构、酶与专一性底物 的相互关系,来确定酶活性中心结构。
2)酶分子侧链基团的化学修饰法 使用一些对酶分子侧链功能基团可进行共价修饰的 试剂作用与酶,以查出哪些基团是保持酶活力所必需 的。
三.与酶高效催化作用有关的因素 1.底物与酶邻近效应和定向效应 在酶促反应中,底物分子结合到酶的活性中心,一方 面底物在酶活性中心的有效浓度大大增加,有利于提高 反应速度; 另一方面,由于活性中心的立体结构和相关基团的诱 导和定向作用,使底物分子中参与反应的基团相互接近, 并被严格定向定位,使酶促反应具有高效率和专一性特 点。
第九章:酶的作用机制和酶的调节 1.酶的活性 部位 2.影响酶催 化效率的有关 因素 3.酶活性的 调节控制 4.同工酶
第一节:酶活性中心
以一个独立三级结构为完整生物共能分子最 高形式的酶,称为单体酶;以四级结构作为完整生物 功能分子结构的酶,称为寡聚酶。 1.酶的活性中心 酶蛋白中只有少数特定的氨基酸的侧链基团核 酶的催化活性直接有关,这些官能基团称为酶的必需 基团。在酶分子三级机构的构象中,由少数必需基团 组成的能与底物分子结合并完成特定催化反应的空间 小区域,称为酶的活性中心或酶活中心。构成酶活性 中心的必需基团,主要是某些氨基酸残基的侧链基团。
在酶的活性中心出现频率最高的氨基酸残基有:丝 氨酸、组氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、天冬氨酸、谷氨酸 和赖氨酸,它们的极性侧链基团常常是酶活性中心的必 需基团。
2.酶的活性部位的特点
活性部位在酶分子的中提及中只占相当小的一 部分,通常只占整个酶分子体积的1%-2%。酶的活性 部位是一个三维实体 酶的底物部位并不是和底物的形状正好互补的, 而是在酶和底物结合的过程中,底物分子或酶分子, 有时是两者的构象发生了一定的变化后才互补的, 这时催化基团的位臵也正好在所催化底物键的断裂 和即将生成键的适当位臵。这个动态的辨认过程称 为诱导契合。 酶的活性部位是位于酶分子表面的一个裂缝内。 底物通过次级键较弱的力结合到酶上。 酶活性部位具有柔性或可运动性。
《生物化学》酶促反应动力学
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k4
[ES]
(3)推导过程-1 由中间产物学说可知,酶促反应分两步进行
在稳态下,ES的生成速率与分解速率相等,达到动态平衡即:
VES生成 = VES分解
k1([E]- [ES]) [S]=(k2+ k3) [ES] 令Km = (k2+ k3)/ k1,则
([E]- [ES]) [S]/ [ES]= (k2+ k3)/ k1= Km
第二单元 酶化学
第8章 酶通论 第9章 酶促反应动力学 第10章 酶的作用机制和酶的调节
第9章 酶促反应动力学
一、化学动力学基础(P351) 二、底物浓度对酶反应速率的影响(P355) 三、酶的抑制作用(P368) 四、温度对酶反应的影响(P378) 五、pH对酶反应的影响(P379) 六、激活剂对酶反应的影响(P380)
1、不可逆的抑制作用
抑制剂与酶的必需基团以共价键结合而引起酶活力丧失, 不能用透析、超滤等物理方法除去抑制剂而使酶复活,称 为不可逆抑制(irreversible inhibition)。
2、可逆抑制作用
抑制剂与酶的必需基团以非共价键结合而引起酶活力丧 失,能用透析、超滤等物理方法除去抑制剂而使酶复活, 称为可逆抑制(reversible inhibition)
4、抑制百分数:
i%= (1- a) × 100% = (1-vi/ v0)× 100%
(二)抑制作用的类型
抑制剂: 凡使酶的必需基团或酶的活性部位中的基团的化学
性质改变而降低酶活力甚至使酶完全丧失活性的物质, 称为抑制剂,用I表示,其作用称为抑制作用。
抑制作用一般分为: 不可逆抑制作用和可逆抑制作用两类。
的速率方程称为本征动力学方程,有具体的物理
酶的概念与作用特点
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(三)酶的编号: 在酶表中每一种酶的位置可用4个数字表示,数字间 用“·”隔开,用EC代表酶学委员会,如:乳酸脱氢酶 (EC1.1.1.27) EC 1. 1. 1. 27
第1大类,氧化还原酶 第1亚类,氧化基团CHOH 第1亚亚类,H受体为NAD+
该酶在亚亚类中的流水编号
★这个分类方法的一大优点就是一切新发现的酶都能按 照这个系统有适当的编号。
• 1930~1936年Northrop(诺思罗普 )和Kunitz(库尼茨 ) 得到了胃蛋白酶、胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的结晶,并 也证明酶是蛋白质。 Sumner和Northrop获得了1949年 的诺贝尔化学奖。
一、酶研究的简史
• 1963年Hirs(希尔什 ),Moore(摩尔 )和Stein(斯坦 ) 测定了RNaseA的氨基酸序列。
四、酶的命名与分类 (一)酶的命名 1、酶的习惯命名 习惯命名一般有以下原则: (1)(绝大多数酶)依据底物来命名,既在底物名称后 面加一个酶字。 如:催化蛋白质水解的酶称蛋白酶。 (2)有的酶依据催化反应的性质命名,既在催化反应名 称后面加一个酶字。如:水解酶、转氨酶、脱氢酶等
(3)有的结合上述两个原则命名,既表明底 物又表明催 化反应的类型,如琥珀酸脱氢酶等。 (4)有时加上酶的来源,如:胃蛋白酶等 习惯命名较简单,但缺乏系统性。
(一)酶的命名 2、系统命名 系统名称应明确标明酶的底物及催化反应的性质,如果一 种酶催化两种底物共同反应,两种底物都标出,中间用“ :”隔开。 如:谷丙转氨酶(习惯名) 催化的反应:丙氨酸+α--酮戊二酸→Glu+丙酮酸 系统名: 丙氨酸:α-酮戊二酸氨基转移酶 又如:乙酰CoA水解酶(习惯名) 催化的反应:乙酰CoA+水=乙酸+CoA 系统名:乙酰CoA:水解酶 如果底物之一是水,可省略一个水
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(2)Kat
在标准条件下(25 ℃ ,最适pH和最适 底物浓度)每分钟催化1µ摩尔底物转化为 产物所需的酶量。 1 Kat =1 mol/s = 6×107 IU ——酶活力单位标准化
(3)比活力 (specific activity)
• 每mg酶蛋白所含的酶活力单位数。 • u/mg酶蛋白 • 酶产品质量评价中常使用, • 一定程度上代表酶的纯度。
自 身 催 化
弹性蛋白酶原
+
胰蛋白酶
α-胰凝乳蛋白酶 +二肽 羧基肽酶原A 弹性蛋白酶 + 碎片 羧基肽酶A + 碎片
肠激酶启动的酶原激活
(三)可逆的共价修饰
——通过其它酶对其多肽链上的某些基 团进行可逆的共价修饰,使酶处于 活性/非活性的互变状态,从而调节酶的 活性。
蛋白激酶,磷酸化
• 酶
b、当其他别构物参与调节时
V
别构激活
别构抑制 底物敏感区
0
[S]
• 整体上产生激活、抑制现象
• 改变了调节的敏感区位置
(3)K型效应物和V型效应物:
K0.5:别构酶催化反应达到1/2 Vmax时的[S] 改变K0.5不改变Vmax:K型效应物 改变Vmax不改变K0.5 :V型效应物
A为K型效应物
如果酶原的激活过程发生异常,将导致 一系列疾病的发生。如出血性胰腺炎的发 生就是由于胰蛋白酶原在未进入小肠时就 被激活,激活的胰蛋白酶水解自身腺细胞, 导致胰脏出血、肿胀、腹部剧痛。
3 酶原激活举例
胰脏分泌的胰蛋白酶原进入小肠后,可 被肠液中的肠激酶激活或自身激活,自N端 切下一个6肽后,肽链重新折叠而形成有活 性的胰蛋白酶。
H+
AH
+
B+
+ E-COO-
A- +
E-COOH
E-COO- + H+
碱催化
酸催化
+
稳 定 活 性 中 心
使肽键失稳
吸 附 羧 氧 原 子
(四)共价催化
——酶活性中心亲电/亲核基团参与S敏 感键断裂的机制。
亲电基团——带正电荷性质的基团 亲核基团——带负电荷性质的基团
中间产物不稳定,断裂,形成产物,酶复原。
O O
-
O O
-
O O
-
O O
-
N
-
P O
P O
P O
H2C O OH OH
调节亚基
催化亚基
② 3-磷酸甘油醛脱氢酶
具有负协同效应的别构酶代表
(2)别构酶的动力学
S形曲线(正协同) 表观双曲线(负协同效应)
V=
V[S] Km + [S]
90%V时 [s]
当Vபைடு நூலகம்90%V
10%V 时[s]
= 81
过渡态
非催化反应活化能
能 量 改 变
一般催化剂 反应活化能 酶促反应活化能
初 态
反应总能量变化
终 态 活 化 过 程
酶促反应降低活化能
(一)底物和酶的邻近效应和定向效应
靠近 静电吸引 疏水作用
定 向
底物
酶
(二)底物的形变和诱导契合
诱导 互补性
契合
能否契合—
结构变化
专一性的由来
• 产物脱离
酶复原-催化剂
酶
AA残基
活性中心AA
核糖核酸酶 溶菌酶 胰凝乳蛋白酶
羧肽酶A 胰蛋白酶
124 129 241
307 223
HHKRDE D E H D S
R E Y Zn2+ H D S
二、酶催化高效性的机制
• 诱导契合机制
酶与底物靠近 定向
酶与底物相互诱导变形
产物脱离
契合成中间产物
酶催化的本质:降低反应的活化能。
四、 酶促反应动力学
1 酶促反应速度 用单位时间内底物的减少量或产物的 增加量来表示。
2 酶促反应速度曲线
3 酶促反应速度的测定方法
[P] 产 物 浓 度 V0 VX
用哪一个速度来表示
酶促反应的速度特征呢?
反应初速度 Vo
反应初速度表示酶活力
0 X 时 间 T
产物浓度变化曲线
4 活力单位 (U)
多原催化和协同效应
N CH3O CH3O CH3O O
O CH3O O H O CH3O CH3O CH3O H
N
..
H
..
O H
H C O
CH3O
酶催化反应机制的实例
(一)溶菌酶(lysozyme)
(二)胰凝乳蛋白酶
疏水口袋
活性位点残基
三、酶原激活
1 酶原激活的概念 有的酶在生物体内首先合成出来的是无 活性前体,即酶原。这些酶原必须去掉一 个或几个肽段后,才能产生具有催化能力 的构象,才有酶的活性。这一过程称为酶 原激活。
5、所催化的反应有侧重点
如:
生理及临床意义
在代谢调节上起 着重要的作用; 用于解释发育过 程中阶段特有的代谢 特征; 同工酶谱的改变 有助于对疾病的诊断; 同工酶可以作为 遗传标志,用于遗传 分析研究。
酶 活 性
心肌梗死酶谱
正常酶谱
肝病酶谱
1
2
3
4
5
心肌梗死和肝病病人血清LDH同工酶谱的变化
0.9Km=0.1[S] [S]=9Km
当V=10%V
[S]=1/9Km
a 、仅底物是别构调节物
底物是别构抑制剂
V V
1
1负协同
2米氏曲线
90%V
2
底物是别构激活剂
3正协同
3
10% V 0
[S]90%V [S]10%V
81
[S]
S曲线:正协同<81—V↑随[S]↑而加快
双曲线:负协同>81—V↑随[S]↑而减慢
别构抑制剂
①天冬氨酸转氨甲酰酶
COOO H2N C O O P O
-
-OOC
O HN
O
-
+ H3N
+
CH2 C COOH
Zn2+ ATCase
Pi
O
CH2 C COO-
+ H2N
C NH
CTP反馈抑制ATCase
O
N H
COO-
NH2 N
CTP(嘧啶生物合成的终端产物)
ATP 别构激活剂 CTP 别构抑制剂
• 含紧密结合的金属离子
(2)金属激活酶( metal-activited
enzyme)
• 含松散结合的金属离子
2、金属离子的作用
A、参与底物反应的定向 B、通过价态改变参与电子转移 C、通过静电稳定/屏蔽负电荷
(六)活性部位微环境的影响
酶在反应中提供一个特殊的环境, 如溶菌酶分子表面有一个凹穴,活性 部位就位于这个凹穴里面,当底物与 活性部位结合时就被埋没在疏水环境 中,这样的微环境有利于酶的 催化 作用。
2 酶原激活的生理学意义
(1)一方面它保证合成酶的细胞本身不受蛋 白酶的消化破坏。
(2)它们在特定的生理条件和规定的部位受 到激活并发挥其生理作用。 如组织或血管内膜受损后激活凝血因子; 胃主细胞分泌的胃蛋白酶原和胰腺细胞分 泌的糜蛋白酶原、胰蛋白酶原、弹性蛋白 酶原等分别在胃和小肠激活成相应的活性 酶,促进食物蛋白质的消化就是明显的例 证。
主 要 是 Ser
Thr
Ca2+ 依赖性 蛋白激酶(PKC)
六、同工酶(isoenzyme)
(一)定义:
催化相同的化学反应,但其蛋白质分子 结构、理化性质和免疫性能等方面都存在明 显差异的一组酶。
(二)特点:
1、都是寡聚酶 2、不同的亚基组成 3、不同亚基的活性中心非常相似
4、组织分布部位不同
位于活性中心
必需基团 活性中心以外, 稳定分子构象
非必需基团
活性中心以外 的必需基团
底物
催化基团
结合基团
活性中心
(二) 酶活性部位的特点
1、几个残基+辅助因子(单纯/结合)
2、在空间构象上集中到一起(单体/寡聚) 3、疏水空穴 4、通过次级键与底物结合
5、与底物诱导契合
6、活性中心构象具有柔韧性和可塑性
1965年由Monod、Wyman和Changeux提出。 该模型的要点 :
2、序变模型(sequential model,也称KNF模型)
1966年由Koshland、Nemethy和Filmer提出。 该模型的要点 :
(二)酶原的激活
酶原(zymogen):酶的无活性的前体 酶原的激活:由无活性的酶原转变为有活 性的酶的过程。 酶原激活的意义:在特定的环境和条件下 发挥作用;避免细胞自身消化;有的酶原可 以视为酶的储存形式。
酶单位(U): 在一定条件下、一定时间内、将一定量的 底物转化为产物所需的酶量。
如: 每小时催化1克底物 每小时催化1ml某浓度溶液 每分钟催化1ug底物
一定时间 一定量底物
(1)国际单位(IU)
在标准条件下(25 ℃ ,最适pH和最适底物 浓度)一分钟内催化1微摩尔底物转化为产 物所需的酶量。 1 IU= 1 mol / min
羧肽酶 A
羧肽酶催化中的电子云形变
+
电子云形变
+=O- C
定向 极性专一性 契合区 + 靠近 C端确认区 H2+N=C 精氨酸
注 意
(三)酸碱催化
酶活性中心提供H+/H+受体使敏感键断裂的机制。
酸催化(-OH、-NH3+、=NH+、-COOH、-SH)
H2 O EH EEH + OH-