深度测序小RNA
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Illumina HiSeq TM2000深度测序所得的小RNA(sRNA)几乎涵盖所有RNA，包括miRNA、siRNA、piRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、repeat associate sRNA、exon或intron降解片段等。通过与已知数据库进行比对、寻找样品与数据库之间在基因组位置上的overlap等方法，对sRNA进行注释，同时选取没有被注释上的sRNA，使用华大自主开发的软件Mireap预测novel miRNA。
1．实验流程
小分子RNA是生物体内一类重要的特殊分子，诱导基因沉默，参与细胞生长、发育、基因转录和翻译等诸多生命活动的调控过程。基于Illumina HiSeqTM 2000高通量测序技术的小RNA数字化分析，采用边合成边测序(SBS-sequencing by synthesis)，可减少因二级结构造成的一段区域的缺失。并具有所需样品量少，高通量，高精确性，拥有简单易操作的自动化平台和功能强大等特点，一次性获得数百万条小分子RNA序列，能够快速全面地鉴定该物种在该状态下的小分子RNA并发现新的小分子RNA，构建样品之间的小分子RNA差异表达谱，为小分子RNA功能研究提供有力工具。其实验流程如图1和图2：
2．信息分析流程
Illumina HiSeqTM 2000测序所得49nt序列，通过去接头、去低质量、去污染等过程完成数据处理得到干净序列，对其进行序列长度分布的统计及样品间公共序列统计。将清理后的干净序列分类注释，可以获得样品中包含的各组分及表达量信息。将所有小RNA片段注释后，用剩下的未注释片段来进行：1. novel miRNA的预测；2.已知miRNA 的碱基编辑预测。其流程如下图：
3．技术优势
♦高通量：一次测序得到800万条以上的序列
♦不依赖已知信息：既能鉴定已知small RNA又能发现新small RNA
♦高分辨率：可以检测单碱基差异
♦高精确度：从几个到数万个拷贝精确计数
♦良好的重复性：深度测序保证了检测随机性，重复性非常好，无需技术重复
4．应用领域
5．运用small RNA测序技术发表的部分文章
⑴ Hu ZB, Chen X, Zhao Y, et al. Serum microRNA signatures identified in
a genome-wide serum microRNA expression profiling predict survival of non-small-cell lung cancer. Journal of Clinical Oncology. 2010, 28(10): 1721-1726.
⑵ Chen X, Gao CH, Li HJ, et al. Identification and characterisation of microRNAs in raw milk during different periods of lactation, commercial fluid, and powdered milk products. Cell Research. 2010: 1-10.
⑶ Liu SP, Li D, Li QB, et al. MicroRNAs of Bombyx mori identified by Solexa sequencing. BMC Genomics. 2010, 11: 148.
⑷ Liang CW, Zhang XW, Zou J, et al. Identification of miRNA from Porphyra yezoensis by High-Throughput Sequencing and Bioinformatics Analysis. PLoS ONE. 2010, 5(5): e10698.
⑸ Song CN, Wang C, Zhang CQ, et al. Deep sequencing discovery of novel and conserved microRNAs in trifoliate orange (Citrus trifoliata). BMC Genomics. 2010, 11: 431.
⑹ Chen X, Li QB, Wang J, et al. Identification and characterization of
novel amphioxus microRNAs by Solexa sequencing. Genome Biology. 2009, 10(7): R78 (1-13).
⑺ Wei Y, Chen S, Yang P, et al. Characterization and comparative profiling of the small RNA transcriptomes in two phases of locust. Genome Biology. 2009, 10(1): p. R6.
⑻ Chen X, Ba Y, Ma LJ, et al. Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases. Cell Research. 2008, 18: 997-1006.